明末清初，儒、释、道三家之学，亦随国运而有变动，宋明新儒家的理学，自王阳明以后，已如强弩之末，学说过于支芜。禅宗自密云悟、破山明、汉月藏以后，也多流于口头禅，极少真参实证之辈。道家亦自吕纯阳、张紫阳以后，主要化分为四派：明嘉靖间，新兴东派，从陆潜虚等为主，以双修为尚；清咸丰间，又有西派产生，从李涵虚为主，以性命为宗，南派则远承张紫阳，旁出多门；北派自丘长春以后，即成为道教北宗龙门派的砥柱。此外，有伍冲虚、柳华阳师徒为主的伍柳派，专主炼精化气，炼气化神，炼神还虚的内功丹法，以断欲而修证身心气脉，幻出化身以成神仙正果，其说似是而非，不胫而走，不久即普遍流传民间。自清初以至现在，几已淹没数千年来正统道家神仙方士所有的学术，实为正统道家的枝指，不及详论，但一二百年以来，凡言道家修炼的丹法，莫不奉之为金科玉律，仙才衰落，辨正无人，殊可叹息。至于师承不同，各立宗旨，凡此各派，因限于篇幅，亦不详论。
此外，自明末国破，满清入关之初，有明朝进士杨来如，在山东、河北一带，创设理门(现在称为“理教”)，综合儒、释、道三家修心养性的一般方法，类似宋末元初的全真道，虽其初立教的方式，亦与道教有关，但现在已自成为新兴的另一宗教，亦不备述。