蒋介石很想把一切权力都揽在自己手中，但由于抗战军务缠身，分身无术，他在保留了最后决定权的情况下，还是将人事的日常管理权交给了陈果夫。
1937年11月湖沪会战中国军队失败以后，日军乘胜西上，江苏南部大部分地区，很快沦于日军之手。在这种情况下，不懂军事的陈果夫在苏南已难以立足，于是蒋介石免去了他江苏省主席职务，另派第三战区副司令长官顾祝同为江苏省主席。
1938年1月，蒋介石命陈果夫出任中央政治学校代教育长，此时政治学校已由南京迁至湖南蓝江。2月18日，陈果夫自长沙西行赴任。6月下旬，率中央政治学校离开花江，沿川湘公路迁重庆。8月，国民党中央政府拟改组甘肃省政府，派陈果夫出任甘肃省主席。陈经考虑，认为甘肃情况复杂，在战争期间，以不改组政府，维持政权稳定为第一，因此，“电复蒋先生，以不主张此时更动甘主席，军政仍应统一，及考虑盛氏（盛世才）之猜疑为主旨，”力主甘肃省政权维持现状。此时，陈果夫除了管中央政校外，基本上无所事事，前方军事他指挥不了，后方政治又无可参予。百无聊赖之时，他没事找事，利用自己还在承担的导淮委员会副委员长之职，大力主张“抗战后经济建设应以水利为基本工作，”并“函蒋先生以拟邀集专家，商讨全国水力计划。”这时正值武汉会战进入吃紧阶段，前方激战正酣，打胜这一仗非常重要。而这时陈果夫以与战事毫无关联，而且看起来颇为遥远的“战后水利问题”就商于蒋介石，无疑是告诉蒋自己现在没事做，得给分配点工作。于是，当1939年2月国民党中央设立“党政训练班”时，蒋介石发表陈果夫为办公厅主任。陈工作积极，态度认真，连日分批接见学员，随时分别评定其学识能力”，对训练班的各种工作大加操纵，企图控制训练班，使之成为自己的势力范围。
陈果夫对训练班的干预不久引起了陈诚的不满。陈将党政训练班的住址由重庆南岸小温泉归并入中央训练团，自第二期起迁至重庆浮图关，仍由陈果夫兼任办公厅主任。陈诚此举，实际上是逼陈果夫离开。陈果夫身体一直很弱，加以又处处揽权，身体每况愈下。陈果夫的本职是中央政治学校代教育长，中央政治学校是二陈多年经营的CC派大本营。当党政训练班在重庆南岸小温泉时，是在中央政治学校校内，尽管陈果夫二处兼职，处处干预，勉强还应付得过来。而浮图关是原四川军阀建造的军事要塞，距小温泉路途很远，让身体屠弱的陈果夫二处兼职，每天奔波，简直是要他的命。陈诚此举，使得陈果夫不能兼顾，只能辞去党政训练班办公厅主任一职。陈诚挤走了陈果夫后还要卖乖，派朱家骅和王东原前往挽留，请陈果夫继续主持党政训练班第二期训练，陈果夫有苦说不出，只得婉言谢绝。
抗战进入第二年之后，蒋介石愈益感到人才的重要。他在重庆设立中央训练团，其目标在于人才的培养，中训团的团长是蒋介石，副团长是陈诚，其训练要求是“经过短时间的听课，相互观察，增进共同的认识与了解，化除过去派系与地域观念；中央对受训者的智能得以了解，作为考核选拨的依据，而对各省人才，地方首长用人的能力，也因此可知其概况。”受训结业后的学员，回到本身岗位后，如何能继续进修，保持受训的成绩，并更能奋发努力，就必须有负责联系，管理、督导、考核甚至调迁的单位来办理。为此，蒋介石决定，在党政训练班之下，组建人事处，专门负责毕业学员的联系、管理、督导、考核等工作，命陈果夫主持。但此时，党政训练班已在陈诚控制之下，陈果夫知道，陈诚不会让他轻轻易易地打入。另外，人事处附属党政训练班，陈果夫也不愿屈居陈诚之下。因此，陈果夫反对在党政训练班之下组建人事处，如果一定要组织，也应该在蒋介石的侍从室。蒋介石认为组建专管人事的机构，不仅必要，而且应该立即着手，并将其亲拟的人事处组织大纲交给陈果夫，让他研究筹办。
陈果夫在经过细致的研究，并征求有关人员意见后，于1939年5月1日，将拟好的《人事处组织条例草案》，《人事处规程》、《人事处办事程序）、《人事处编制》，面呈蒋介石审核。经蒋审核后，决定将原拟设在党政训练班之下的人事处改设在委员长侍从室，名为第三处，由陈果夫任主任。另设副主任二人，一由黄埔军校早期毕业生担任，另一个由学者担任。第三处下设秘书室和5个业务组：第七组主管调查，第八组主管登记，第九组主管考核，第十组主管分配，经十一组主管通讯，主要是主持中央训练团党政训练班毕业学员通讯、督导等事。
第三处机构和人选确定后，陈果夫前往黄山，与蒋介石商谈人事处人选和与其它有关机构的关系问题。蒋介石要他以后注意可任省秘书长和民政厅长的人选。有关人事处各种文件经蒋介石批准后，人事处立即筹备成立。7月1日，召开了两个副主任和各组组长的第一次会议。8日正式成立，地址也在中央政治学校所在地的重庆市郊南温泉。
蒋介石侍从室第三处是抗日战争时期国民党最高统帅部的人事幕僚机构，其主职是管理党政训练班毕业学员的联系与督导，并协调栓叙部门工作。其眼前工作任务为考核各大机构官贝，以加强管理；长远任务为查清各类人才，合理使用。但事实上，由于国民党诸大员都有自己的人事系统，很多人在蒋介石面前说话的份量一点也不比陈果夫轻，有的甚至比陈果夫更有份量，实际上第三处并不能起到考核功绩才能，按功按才提拔的作用。诸如何应钦，陈诚、顾祝同、胡宗南、汤恩伯、蒋鼎文、朱绍良等高级将领和各省主席都可以直接向蒋介石推荐人员，第三处只能备案。而在桂系控制的广西和安徽，阎锡山控制的山西，傅作义控制的绥远，有时甚至连一张名单报表也不给第三处。
侍从室第三处的职能，和国民政府的考试院非常近似。考试院院长是戴季陶，无论在政治上和私交上和陈果夫都是老朋友了。对于第三处的成立，戴感到有点莫名其妙。他不明白有考试院为什么还要成立这个第三处，也不明白他这个政治上的老盟友是不是在向自己夺权。当然，成立第三处的意图蒋介石是明白的，戴季陶毕竟不象陈果夫那样对自己言听计从，有时为了自己的老脸和考试院的尊严还和蒋介石争一争，由陈果夫主持第三处，完全能如自己所愿。从组织第三处时起，陈果夫就预料到这必然会引起考试院方面的猜疑和不满，所以他竭力使第三处在职权方面不与考试院冲突；一是在名称上不称人事处，而称第三处；二是只做幕僚工作，自称是侍从室的人事参谋机构，不是独立机构，只提建议、设想，不对外发布公文式的文件或公告。由于陈果夫对第三处职权的这种界定，确实不影响考试院行使职权，而且是第三处干活，考试院得名，因而戴季陶非常高兴。第三处成立后，考试院召开了规模盛大的全国人事行政会议，对第三处的工作表示欢迎。
第三处的工作，基本上可以分为对上、内部和对下三种。对上主要是在蒋介石官邸举行的“官邸会报”，由蒋介石主持，会报与聚餐同时进行，没有定期，一般一个月举行一次。会报出席者有第一、第二、第三三个处的主任、副主任及各组组长，每处并指定高级职员一至二人轮流列席；另外，军事委员会参事室主任和主要党政大员也参加。开会时大家围一长桌而坐，蒋介石居中，侍从室各处主任、副主任坐两边，其他参加者或坐蒋的对面，或依次坐在左右。先吃饭，饭菜很简单，做六到八个家常菜放在桌上，谁想吃什么就盛什么。吃完饭，会报开始。有报告，有请示，也有专题报告，有时干脆闲聊趣事要闻。会开完后，蒋介石先退出会场，剩下的人依官阶大小依次退出。
内部主要是第三处会报，在每周四上午举行。出席的人员有：主任、副主任、各组长、副组长、秘书、专员等十六、七人。主任陈果夫为当然主席，先由各组主管按顺序作业务报告，随后讨论问题，最后由主席作指示。
对下是对全国党、政、军、教育各系统和公私生产企业有成就的人以及民意代表和社会各阶层的领导人，作全面普遍的调查。调查完后，对凋查结果加以登记，分为党、政、军、学、企、别等六类，按其待点，分成450目，做成分类卡，编排索引。调查采取两种方式：一是写信直接向各机关要某某人的材料；二是派人直接调查。调查完后，给被调查者下一简单评语，然后登记、编排、甄审、摘录、补充、分析、归类、统计，最后制成有关这个人各方面情况的卡片，供蒋介石录用人员时参考。
侍从室第三处也作专案视察凋查，并向蒋介石提出具体处理方案。如1939年11月15日，日军在广西的北海登陆后，向北推进，于24日攻陷南宁，12日4日，日军攻占昆仑关。16日以后，杜聿明第五军开始向昆仑关反攻，20日收复昆仓关。1940年2月19日，收复南宁。此后，为处理收复失地后的善后问题，国民党中央派内政部次长广西人雷殷率人前往视察，回来后写成报告，送第三处转呈蒋介石。陈果夫看了雷的报告之后，深受启发，即交第十一组研究、拟订具体方案，确定处理沦陷区收复后各种问题的解决办法。同时邀请国民党内政部、社会部、司法行政部等有关部门，各派代表一人，又聘请中央政治学校政治系、法律系主任及专家10人，成立专案小组，及陈果夫和第十一组组长共12人，开25次会，最后拟定了《战后伪军处理办法》、《战后汉奸处理办法》、《战后社会问题处理办法》等十二个方案，送交蒋介石审阅。蒋虽仔细看了这些方案，但并未重视，战后一个也未采纳执行。
陈果夫虽然把第三处设在了中训团之外，但并未不再干预中训团的事。中训团设有各种训练班，党政训练班学员由各地党政机关推荐介绍而来，要经第三处审核资格后方能入班学习，结业后由第三处通讯处也就是第十一组管理与指导。受训学员按地区编成通讯小组，由所在地高级受训学员担任指导员，负责考核与督导。学员必须出席各种要求出席的会议，每两个月要向第三处报告一次，报告内容包括工作情况、地方党政状况、社会分析、自身情况以及读书心得等。这些学员中的优秀分子，陈果夫直接向蒋介石推荐重用。实际上，通讯处是类似中统的变相的特务机构。
中央训练团高级训练班学员入学也由第三处提名，蒋介石指定中央几位要员集体决定，因此引起了不满。为缓和矛盾，陈果夫叫人分访双方有影响的成员，每月会餐一次，以沟通情感。
抗日战争期间，由于陈果夫几乎整天都跟在蒋介石身边，所以对军事以外的大事大都参予意见，有时还协助蒋介石直接处理一些事情。例如，四川在四川省主席刘湘去世以后，川军各军阀都有染指四川省主席一职的野心，蒋介石为进一步控制四川，派四川出生的张群出任四川省主席。蒋介石本以为在四川诸军阀争论不休时，由张群出任省主席各方都会接受，没想到这些军阀立即消解了互相之间的矛盾，结束内争，反对张群主川。张群不敢去成都就职，结果形成了不上不下的尴尬局面。蒋介石无奈，知道谁去也压服不了这些军阀，而让这些军阀中的一个人担任主席，又会立即引发内争，最后只得自兼省主席，以熟悉四川事务的贺国光任秘书长。蒋这时有对日战争一事已忙得焦头烂额，根本顾不上主持四川省政，最后于1939年8月命陈果夫飞赴成部，代蒋拟定了四川省施政纲要。8月17日，施政纲要拟定送交蒋介石，蒋看后甚为满意，基本上未做更改，就提请四川省政府会议通过。1940年2月中旬，蒋介石又命陈果夫拟订《社会政策》《经济政策》草案，陈立即组织中央政治学校教授六、七个人共同商议，将其拟出呈蒋介石批准。
自从1930年10月，陈果夫辞去国民党中央组织部长一职以后，除了中央政治学校教育长一职外，他实际上未再正式承担有关党务的职务。但由于掌握国民党中央组织工作的仍是CC大员，陈果夫仍是他们最大的后台。1940年10月，由干身体状况继续恶化，陈果夫上书蒋介石，辞去了党政考核委员会党务组主任职务；1941年7月，辞去中央政治学校代理教育长一职，由张道藩继任。陈果夫几乎已完全没有国民党内职务，但他还是未放松对国民党组织的控制。在党务问题上，在抗战期间，他再次和蒋介石发生争执。
蒋介石对杨永泰倡导的“融党于政军”一直未能忘怀。1943年6月，他又将这一政策搬了出来，以解决各地事权统一的问题。1943年6月8日，国民党中央组成特别小组，讨论县行政工作指导方针问题，陈果夫也奉命参加。蒋介石认为，县长兼县党部书记长，中心小学校长兼保长是划一事权的最佳办法。陈果夫认为这样不行，他说：“县长未办过党，不知党之内容，亦不知办党之方法，如今兼任，如省主席之兼省党部主委，反为不美。又乡村教师，身份何等尊重，如令兼保长，即失其尊严，不能起领导作用。”在这里，陈果夫指出了杨永泰主张的省主席兼省党部主任委员一事来证明县长兼县书记长不可行，坚决反对这么做。这件事在蒋介石头脑中，本也没有固定想法，无可无不可，最后便迁就了陈果夫，由陈主持拟定了《县以下党政工作计划》，提报国民党中常会通过。
蒋介石为了提高战时工作效率，曾命陈果夫研究如何提高工作效率的“工作竞赛”办法。陈果夫于是邀请了一大批人，草拟了《工作竞赛办法》，呈报蒋介石核定。随后在国民政府社会部内成立社会竞赛委员会，主持有关工作办法推行事宜。这种办法在全国推行后，机关的行政效率确实有所提高，农工生产效率也有所增加。
由于战时物资耗费较大，消费增加，物价自然上涨。国家财政收入有限，常常入不敷出，因此想举办一些公共工程，常因资金无着而作罢。但同时，在业人员又常常工作时间不足，处于半工半歇的状态。看到这种情况，陈果夫想出了一个利用闲置劳动力进行公共工程建设的办法。他发起公众义务劳动，进行生产与交通建设。并写了一个提案，向国民党中央全会提出，经大会通过后，公推陈果夫拟定义务劳动实施办法。该办法拟定后，陈呈蒋介石过目，经蒋核准，转批由国民政府社会部主办。该办法的推行，对战时生产有一定促进。
抗日战争八年，陈果夫有六年多是在蒋介石侍从室第三处工作。表面上看，主管人事的第三处非常重要，但事实上，第三处在重要性上远比第一、第二处差。第一处主管军事，其主任为钱大钧、张治中、林蔚等人；第二处主管政治，主任为陈布雷。按说，主管人事应该是最重要的，但问题是，人事方面最关键的部分如人员的选拔，各级官员的任免等都不归第三处管，第三处只管各行各业人才的品评存档和党政训练班毕业学员的联系和督导。事实上，第三处只起到两种作用，一是为蒋介石建立了一个人才库，二是加强了对地方党政官员的封建隶属式的控制。另外，蒋介石对第三处选拔的人才怎样评价也大可怀疑，因为从陈果夫的活动中可以看出，只有陈向蒋推荐人才的记录，而蒋是否重用却未说，可见其推荐结果不怎么好。
抗战胜利后，侍从室按部门并入国民政府。第三处人员也分发国民党中央或地方党政机构。1945年9月29日，第三处结束工作。
二陈虽得宠于蒋介石，但与陈诚相比，无论功绩才干，都略逊一筹，所以二陈和陈诚在蒋介石面前的争斗，二陈总是输家。
陈诚是浙江青田人，保定陆军军官学校毕业，父亲是一位颇有名望的中学校长。1924年蒋介石在广东创建黄埔军校，陈诚南下，担任军事教官。陈诚和蒋介石本无任何渊源，在黄埔军校担任教官时，也默默无闻，并没有什么惊人的表现。但是这位中学校长家庭出身、受过保定军校严格军事训练的青年军官很快便受到蒋的赏识。陈军事知识渊博、无论战略还是战术都有相当高的造诣，为人精明、实干，不摆花架子，不招摇过市，勤奋、诚实、富有政治眼光，能从大局着眼，不计较私利。无论从才干还是作风上讲，蒋介石对陈都非常满意，所以当北伐军占领南昌时，陈已出任国民革命军总司令部警备司令。南京政府建立以后，更出任南京警备司令。虽然此时陈诚和陈果夫的国民党中央组织部长一职相比，还要低得多，但从他能任此职看，显然颇受蒋介石的器重。
1927年8月桂系的李宗仁、白崇禧联合何应钦将蒋介石赶下台。不久，孙传芳利用蒋氏下台、南京政权不稳，军心不定的有利形势渡江南下，反攻南京，在龙潭一带和南京政府下的桂系、何应饮部展开激战，最后孙传芳惨败。当龙潭战役开始时，陈诚在何应钦指挥下作战，此时陈正卧病在床，在会战关键时刻，躺在担架上指挥，作战颇力。战役结束后，当检讨作战过程时，有人指责陈作风腐化，坐着轿子指挥作战，殆误战机。而此时何应钦因蒋介石错杀王天培，对蒋颇有怨言，恨屋及乌，当即宣布兔去陈诚本兼各职，陈一下子便成了闲人。1928年蒋介石复职后，对陈诚无辜被免职虽心有不平，但南京警备司令一职早已另有他人，不便强夺回来再给陈诚，于是派他去新近归顺的赣军第二十一师，充任曹万顺的副师长，并负责该部整训工作。陈诚孤身一人前往二十一师，虽有蒋介石的支持，但也可以说是白手起家，他毫无怨言，奋然前往，蒋对他这种识大体、勇于做事的精神非常赞赏。不久曹万顺因指挥作战不力被免职，陈诚接任第二十一师师长，他将二十一师整理为十一师，这便成了陈诚赖以起家的老本。
十一师从一开始就受到蒋介石的照顾，武器装备甚至优于胡宗南的第一师。1930年中原大战，十一师大出风头，一直冲在前头，顶住了素称能战的西北军的进攻。而且在开战初期，蒋军的几次大的败退中，屹立不退，对稳住蒋军的阵脚起了关键的作用，因此陈诚更加受到蒋介石的重视，以他的十一师和由十一师扩充而成的十八军为班底，形成了陈诚的“土木系”。
陈诚开始并不重视政治，也不过问和插手政治，只是严谨治军。尽管黄埔学生是天子门生，在十一师和十八军中黄埔毕业生不少，但陈诚严禁“复兴社”和军统插手，部下军官更不允许加入，一经发现有人加入“复兴社”或军统，立即赶出十八军。当然，CC派想插手十八军就更不可能了。从此可以看出，陈诚虽不直接干预政治，但对政治还是有自己的一套的。
陈诚参予政治是蒋介石有意扶植起来的，这应该从庐山军官训练团说起。1933年蒋介石在庐山举行暑期训练，由蒋介石任团长，陈诚为副团长兼教育长，营长竟是诸如黄绍竑一类的人。蒋介石之所以扶陈诚，除了陈确实精明强干外，地位比较超然也是主要因素，陈将其带领的十八军治理得井井有条，手下军官也循规蹈矩，很少横行不法或飞扬跋扈。而此时以黄埔学生为主组成的“复兴社”和以CC派核心组成的“青白团”，或互相之间，或在各自内部争权夺利，斗得乌烟瘴气。因为这样，蒋介石才有1938年将“复兴社”和CC团的“同志会”等国民党内各种小团体全部解散，并入“三青团”，由陈诚出任三青团书记长一举。
陈诚和二陈的争斗，并不是陈诚想插手国民党党权，自己取而代之，而主要是挖二陈的墙脚或趁机渔利。陈诚和二陈的争斗主要有以下几件事；
1、为张厉生撑腰：张厉生是河北人，1927年充任以邵元冲为市长的浙江杭州市政府秘书，邵辞去市长一职后，写信把他介绍给了陈诚和陈果夫，张便投奔了陈诚，出任国民革命军总司令部警备司令部秘书。不久，陈诚团龙潭战役“坐轿”指挥作战去职，张亦随同去职。蒋介石于1928年重新上台后，张投奔国民党中央组织部，在陈果失手下任组织部主任秘书。从人事关系上说，张和陈诚、陈果夫都有渊源。但实际上，从张厉生离开邵元冲后投陈诚而未投陈果夫一事看，张从一开始就更愿接近陈诚。所以以后，陈诚虽在军界，而张厉生已走上党务系统，但陈诚和张厉生的关系一直未断。1933年，陈诚偕其妻谭祥北上游览时，张厉生亲自设宴招待，所以张厉生一直自称他和陈诚的关系早于陈果夫不是没有道理。
张厉生有意接近陈诚只是问题的一个方面，问题的另一方面是，陈诚也在拉张厉生。1936年12月，陈诚给张厉生公开撑腰，支持他当国民党中央组织部部长，并公开在蒋介石面前攻击陈果夫推荐的另两位人选徐恩曾和叶秀峰为鸡鸣狗盗之徒。陈诚之所以如此大胆妄为，他和张厉生关系密切可能只是问题的一个方面；另一方面，是蒋介石此时也不愿让二陈夹袋中的人出任组织部长。他自己不愿说，由陈诚出面反对再好不过。随后，陈诚竟公然拉走了张厉生，让他出任自己的副手，国民政府军事委员会政治部副部长。张厉生叛离二陈后，官运亨通，竟然做了连二陈想做都做不上的官，先任国民政府行政院内政部部长，抗战结束后出任国民政府秘书长。
2、挖走项本善：徐恩曾主持的中统，下设三个组和一个研究室，项本善在第一组。项是安徽人，南京中央大学历史系毕业，未毕业之前，他就参加了CC团。项平时不多讲话，但每当开会研究问题时，他总能拿出一套很能说服人的办法，因此在第一组中的地位，直线上升。第一组是专门搞情报的，他主管中统全国情报系统的时间长达五年之久，地位仅次于组长张国栋。
项本善是个单身汉，一直未结过婚，也没有其他中统特务那种寻花问柳的习惯，整天守在办公室，徐恩曾很重视他，也很信任他。
1938年，陈诚出任三民主义青年团中央书记长，很想建立起他自己的一套体系。其中有一部分机构是专门用来搞特务工作的，定名为“调查处”，任他的亲戚郭外川为处长。陈诚急于建立起自己的系统，到处拉人。项本善是郭外川在南京中央大学时的同系同班同学，关系很好。郭在陈诚面前对项本善大加赞扬，极力推荐。陈诚见了他几次面，在各方面作了一番考察，也认为项很能干，称得上情报方面的专家，很想将他拉入队伍。而项这时在中统也干得有点厌烦，极力想出来，所以中间经郭外川一拉，一拍即合，立即回去向徐恩曾要求调出中统系统。
徐恩曾自认待项本善不薄，而且项也确实是他的台柱子，本未料到项真的要走。所以当项提出要走时，徐一再劝项，说他在中统的前程很远大，眼下就走可惜了，要再仔细想想，要打销去意，继续留在中统，安心工作，有什么困难和不满意之处，都可以商量解决。对徐的这些漂亮的慰留语言，项一概不予作答，只是一意坚持要走。徐劝留无效，非常生气，最后二人还是闹翻了。按中统的规矩，叛离中统是要受纪律制裁的，但这时项本善的后台是陈诚，比徐恩曾强硬得多，徐不敢对项行使纪律，只能老实放人。
项本善离开中统，立即承担起了三青团中央“调查处”的筹备工作，招揽了大批的人参加，只用了几个月的时间，就形成了规模。陈诚大为满意，因有郭外川的关系，很想培养为亲信。但没想到这位项本善是个短命鬼，此时陈诚兼任第六战区司令长官，常驻湖北恩施，项有事向陈汇报，常常坐汽车由重庆到恩施向陈诚请示。在一次去恩施途中，项翻车身死。
3、出任三青团书记长：自从“复兴社”成立以后，这些黄埔毕业生们便把CC派当成了斗争的主要国际，和CC派在各省、市激烈争夺，搞得乌烟瘴气。CC派也不示弱，以牙还牙，以肯还齿。而由于CC派操纵历届国民党代表大会代表的产生和一些有关党务系统的中央委员的选定，所以每当某次代表大会举行时，既是CC派最耀武扬威的时候，也是CC派最难过的时候。当选者纷纷登门向二陈致谢，杯光盏影，喜宴连连；落选者怨声载道，恶语相加，二陈又成了这些人攻击和怒骂的对象。蒋介石虽然知道二陈受指责在很大程度上是因为自己，但也不完全尽然，二陈有时很是袒护自己的亲信。所以，当看到会场上二陈和有些代表恶语相加，甚至打成一团，也觉得有失体统，面上难堪。1938年3月，国民党在重庆举行临时全国代表大会，蒋介石很想让这次大会出现一种团结、祥和的气氛。可二陈积习难改，在选举代表和选举中央委员时，又横加操纵，以至会场上出现了“分子和二陈对骂，进而大打出手的局面，这为蒋介石所不满。所以会议一结束，蒋介石便决定解散国民党内存在的各种小团体，成立三民主义青年团，将这些小团体的成员全部置于三民主义青年团的旗帜之下。由于黄埔学生的“复兴社”和CC派的“同志会”积怨已久，互不相能，和二者都没有什么关系的陈诚因为地位超然，又为蒋介石所信任而坐收渔利，轻而易举地取得了三民主义青年团中央书记长的职位。陈诚未费吹灰之力，便将“复兴社”和CC派多年经营，在各地青年中组织起来的势力，全部收揽在了自己的旗下。陈诚出任三青团书记长这一举动，对二陈的打击决不下于杨永泰的“融党于军政”。此后，二陈除了还能控制CC派的正规阵地各地各级党部外，CC派的其它组织全部划归三青团系统，二陈多年的辛苦经营，几乎全部化为乌有。
4、从组织系统挤走陈立夫；1937年中日战争全面开战以后，蒋介石接受宋子文、孔祥熙等财政官员的意见，裁员简政，紧缩开支，以充实抗战经费。裁并国民党中央党政机构，都并入军事委员会编制之内。为对日保密，军事委员会各部一律以数字相称，国民党中央秘书处、中央组织部、中央宣传部。中央训练部、中央党务调查统计处和原有的军事委员会政治训练处合并为军事委员会第六部，以陈立夫充任部长，张厉生为副部长。陈立夫此次出任军事委员会第六部部长，权力大增，立即将CC派中稍有能力者分派各省市党部，协助动员抗日工作。可是，这些CC分子争权夺利是本行，并不怎么懂得如何发动各地群众协助抗战。所以这些人到了各地以后，抗日动员工作没做多少，向当地原有负责党务工作的人夺权一事，却干得热火朝天。这些人去地方不禁未起到组织民众，稳定政局的作用，反而把水搅得更浑。各地指摘中央来人过失的状纸从各种渠道雪片似地飞到了国民政府临时所在地汉口，引起了人们对陈立夫的不满。而此时，陈立夫把第六部也搞得一团糟，他将自己的CC亲信大加重用，而对原各部人员恨不得一脚全踢出去，以致引起众怒，人言喷喷，一齐指摘陈立夫的是非。蒋介石不得已解散第六部、恢复政治部，由陈诚出任部长，接管原第六部职权，陈诚将张厉生拉了过来，要他充任该部秘书长，全权处理内部工作，陈本人则对外应付，张厉生慨然应允。
陈诚挤走陈立夫，CC派为避免引起蒋介石不快，未敢径直攻击陈诚，却拿张厉生出了气。陈果夫、陈立夫、徐恩曾亲自挑头披挂上阵，率领大批CC唆吵，抓住陈诚最初要张厉生担任秘书长一事攻击张厉生说，他以前曾任国民党中央组织部长，现在却降格去充任陈诚的秘书长，是自甘堕落，有失体统。张厉生引经据典，声称自己最早是给陈诚当秘书，早先就是陈诚的部下，这次重新出任陈诚的秘书长，追随老长官，完全在情理之中，没有什么可大惊小怪的。陈诚知道张厉生为自己受了委屈，心有不忍，于是奏准蒋介石，改让张厉生出任副部长。此时政治部已有副部长两位，一为名闻天下的共产党人周恩来，一为曾为北伐时号称“铁军”的第四军军长黄琪翔，周、黄二人在资历上都比陈诚者得多，此时都甘为陈的助手，张厉生北伐时才为陈的秘书，后生晚辈，能和周恩来、黄琪翔平起平坐，不仅不算是自甘堕落，简直是大大的抬举。陈诚又为张厉生挽回了面子，张对陈当然更是佩服得五体投地。
1938年国民党临时全国代表大会之后，国民党中央各部恢复原有编制，新增中央训练委员会，取消了中央组织部原有的党员训练处。陈诚出任中央训练委员会主任委员，张厉生回任组织部长，朱家骅出任国民党中央秘书长。陈立夫被挤出中央组织系统，取代王世杰，出任教育部部长。
陈果夫对张厉生倒向陈诚一直不满，但又无可奈何。1939年11月国民党召开五届三中全会，陈果夫不顾一切，签请蒋介石更换国民党中央组织部长，同时推荐朱家骅继任。陈果夫扯下面皮要给张厉生点颜色看看，蒋介石也不能不敷衍，于是撤换张厉生，改派朱家骅。但是，蒋介石知道，张厉生同陈诚关系非同一般，再说无端撤换张厉生，只是为了给陈果夫泄愤也会引起众人不满，所以张厉生一卸任组织部长，立即出任职权比陈立夫的教育部长还要大得多的内政部长。张厉生看到有陈诚在背后，他和二陈斗得再激烈也不会吃什么亏，所以从此干脆撒开双手，处处和二陈作对。
5、从中训团挤走陈果夫：国民党中央训练团从历史渊源上说，成立是比较早的，它实际上是“庐山训练团”、“峨嵋山训练团”、武汉“珞珈山训练团”一脉相承的后继者，只是“庐山训练团”、“峨嵋山训练团”、“珞珈山训练团”侧重于军事，而中央训练团侧重于政治。
中央训练团1938年成立于重庆，团长为蒋介石。最初团址因借住于国民党中央政治学校在重庆的南温泉院内，便由陈果夫兼任教育长。这时陈诚正任国民党中央训练委员会主任委员，听说了这个消息，直接向蒋介石表示反对，他说：“让一个痨病鬼当中央训练团教育长，这个训练将成什么样子。”
陈果夫之所以将中央训练团放在中央政治学校院内，本是想将其置于自己的控制之下。此时陈果夫除了代理中央政治学校教育长一职外，并无其它实职，所以他对办中训团的事很热心。但是，中训团的团长是蒋介石，蒋对中训团抱的希望很大，不愿将中训团办成中央政治学校附属单位这样一个不尴不尬的单位。陈诚摸透了蒋的这个心理，所以坚决主张将中训团迁出中央政校。陈果夫看中训团迁走事所难免，只能答应。于是，陈诚便将中训团迁到重庆浮图关，为了清楚表明办中训团的意图，蒋介石特将浮图关改名“复兴关”，一方面表明了他自己对“复兴民族”的决心；另一方面，也间接说出了对受训学员的期望。陈果夫知道中训团教育长一职自己很难保住，加上中央政校和中训团住址相距颇远，两边都跑身体吃不消，因而向蒋介石要求辞去教育长一职，蒋介石顺水推舟，准其辞职，任命陈诚担任教育长。
陈果夫虽辞去了中训团教育长一职，却不能说他已从中训团退出了。他有自己的小算盘，他认为，党政系统训练应属他的势力范围，因此，他在辞去教育长一职的同时，打主意将中训团内的党政训练班附设在中央政校内，由他控制，陈诚对此当然坚决反对，蒋介石对陈果夫此举也不满意。这样，党政训练班也随中训团一起去了浮图关。
蒋介石兼任中训团团长，本来就是挂名，所以，中训团迁到浮图关以后，基本上是由陈诚主持。但陈诚此时兼职颇多，主要的就有：第六战区司令长官，军事委员会政治部部长，三青团中央书记长。这些职位哪个都比中训团教育长重要，所以他在挤走了陈果夫以后不久，就升任了挂名的中训团副团长，将教育长一职移交给了他的好友、保定军校同学王东原。在陈诚出任中训团教育长以后，中训团的人事几乎由他一手包办。陈诚自己亲信中，可以办党，有办党经验的人不多，只有一个张厉生，还得在政治部为他看家，所以他在选了没有党政经验，只有军事阅历的王东原出任教育长之后，他选拔的主管中训团的人，几乎都是二陈的对头。
段锡朋本也曾是CC中的一员，自1929年3月国民党三大未获国民党中委候选人提名后，便反出了CC派。1938年陈立夫出任教育部长后，又把他从教育次长的位子上赶了下来，当段正彷徨无计时，陈先拉他当了国民党中央训练委员会主任秘书，不久，陈诚升任中训团副团长，便把中训会主任委员一职让给了段锡朋，并让他以中训会主任委员名义兼任中训团教育委员会主任委员，和中训团教育长王东原一起控制中训团。
中训团由教育长王东原总揽一切。但在实际分工上，王只管教育长办公室、办公厅和军事大队部。王东原这一摊，除了中训团常务工作外，主要业务是军事，他并不管党政训练。办公厅由陈诚、王东原的保定同学刘绍先任主任。这一摊二陈不能，也不想插进手去。
主管党政训练这一摊的是段锡朋。1938年陈果夫被陈诚挤出中训团后，蒋介石为了在情绪上安抚陈果夫，曾于1939年5月嘱他可在党政训练班附设一人事处，后经陈果夫修改，人事处改设在侍从室，称第三处。但由于第三处初设，人员机构都未走上正轨，开始陈果夫并未干涉中训团。而且这时陈果夫的老友，他任江苏省主席时的保安处长项致庄和他在第三处的现任秘书程仲清以赴前方考察为名，跑到上海投敌，惹得议论纷纷，陈果夫被指责得抬不起头来，他不敢再惹麻烦。但1940年以后，他开始干涉中训团的人事，尤其是和段锡朋冲突最大。
陈果夫干涉中训团业务不再采取到中训团兼职这种手法，也不管中训团内部事务，却利用侍从室第三处主管全国人事这种有利地位，包办党政班招生前的工作，如调训什么人，训练人数、类别、缀别、政治表现，以至人选等都要参予。另外，主管调训人员结业后的联系、督导、政绩考核等。
面对陈果夫的卷土重来，段锡朋不象陈诚，有实力把陈果夫的干预直接摒于门外。但段锡朋也有段锡朋的办法，他一方面背靠陈诚，和陈果夫虚于委蛇；另一方面，对朱家骅多方拉拢，并利用段曾是北大学生，朱家骅曾是北大教授这种感情因素，拉拢了一大帮北大毕业生，作为政治上的奥援。段锡朋还把张厉生拉进了战团，这样，中训团党政班的学员人选就不是由陈果夫一个人提供，一个人定了。而是由陈果夫、朱家骅、张厉生、段锡朋四个人提供人选，四个人商定。虽然陈果夫主管人事，提名的人最多，别人提的名，也得他同意才行，但是，朱、张、段三人这时都是陈果夫的对头，他们在反对陈果夫问题上意见一致，所以往往形成三对一的局面。最后决定权虽在陈果夫，但陈也得让其他三人满意才行。张厉生是代表陈诚参加讨论，段锡朋也是以陈诚为后台，这样讨论来讨论去，最后人选还是陈诚派的人占了大多数。
1942年，陈果夫建议成立党政训练班高级班，训练时间半年，以培养高级党政人员。陈并建议，党政高级班虽在中训团内，但行政人事和教育另行一套办法，其目的在于便于自己控制。没想到张厉生捷足先登，首先抢占了班主任的位置，高级班的人选仍是由朱家骅、陈果夫、张厉生、段锡朋四人提出，各占一份，最后同意权也仍是由陈果夫决定，但最后也还是陈诚派的人居多。
蒋介石也曾倡导第二次国共合作。在蒋介石主持下，最先试图和苏联关系正常化、国共合作的实际操办者都是陈立夫。
蒋介石在江西“剿共”取得成功以后，从1935年1月起，其内外政策即有转变的迹向。为了腾出手来全力对付日本，1935年春，他派驻苏大使颜惠庆率文化艺术代表团赴莫斯科演出，表示友好；并派侍从秘书邓文仪为驻苏大使馆武官，以表示对中苏军事关系的重视。与此同时，蒋介石还利用美国、英国和纳粹德国与日本在远东问题上的矛盾，压制日本，支援中国。对日态度也渐趋强硬，1936年1月，明确否认中国同意所谓的日本外相广田“对华三原则”。3月，中日就调整关系问题进行会谈，中方提出：“调整中日邦交，最正当之办法，应由东北问题谈起。”这实际上等于是中国要求把归还东北作为中日关系正常化的先决条件。5月，日本增兵华北，国民政府指令驻日大使向日本提出抗议。同时，对国内的反日也持容忍的态度。天津学生举行抗日示威，日方要求取缔，宋哲元在南京政府全力支持下声称；“学生行动没有越轨，不便取缔”。6月，在共同抗日的前提下，蒋介石和平解决了“两广事变”。7月，国民党召开五届二中全会，蒋介石在阐述外交方针时，明确表示将“抵抗侵略，进行自卫”，“中央对于外交所抱的最低限度，就是保持领土主权的完整，任何国家要来侵扰我们领土主权，我们绝对不能容忍，我们绝对不签订任何侵害我们领土的协定，并绝对不能容忍任何侵害我们领土主权的事实。再明白些说，假如有人强迫我们签订承认伪国等损害领土主权的时候，就是我们不能容忍的时候，就是我们最后牺牲的时候”。1936年8月和9月，相继发生了击毙两个日本人的“成都事件”和一个日本人被杀的“北海事件”，面对日本“惩凶、赔款、道歉、保证不再发生类似事件”的一揽子要求，南京政府一概加以拒绝，使谈判不得进展。总体上说，这时南京政府的内外政策可以概括为以下几个要点：
1、尽力利用美、英、德、法、意等国在远东和日本的矛盾以及这些国家一些官员对中国同情的情绪，压制日本，在外交、军事、财力等方面支持中国。
2、缓和中苏关系，利用苏联惧怕日本在远东称霸的心理，争取苏联在军事、财力上的支持。
3、对日采取低姿态，在不损害国家利益的前提下，尽力避免中日矛盾迅速激化，导致战争立即爆发。
4、尽力统一国内意志，避免大的内乱，内部冲突尽力使用政治手段解决。
5、对国内抗日运动，更多采用抚慰、解释手段，为避免迅速引发战争爆发，并加以限制、引导。
6、整理军队，加强军备，准备财力，为未来战争作准备。
蒋介石这些措施，明显地把施政重点放在了应付将来的外敌入侵上，因此对国内民心也有明显影响。1936年三月，北平学生南下向蒋“献剑”，有“诚社”和北平的“中华复兴社”分子劝诱、引导的因素，但更主要的还是学生的自愿，他们看到了蒋介石在对日问题上的变化。
由于苏联和日本在远东的矛盾特别突出，所以蒋介石在1935年以后，对中苏关系特别重视。1935年底，他派陈立夫秘密访苏，商谈建立对日军事同盟。后因时机尚不成熟，蒋又命陈返回南京，与苏驻华大使鲍格莫托夫继续会谈，商讨两国订立互不侵犯条约等问题。
在上述内外政策指导下，蒋介石对中共态度也起了变化。1935年冬开始，由于对苏交涉涉及中共问题，12月19日，蒋对鲍格莫洛夫说，如果苏联政府能够促进达到国共两党团结，我将感到高兴。次年1月，蒋对鲍说，他准备同意中共合法化，但不能让中共红军存在，如果这个问题能谈判解决，其余问题都好解决。蒋企图通过苏联政府的斡旋，与中共达成和解。1935年8月1日晚，中共八一宣言发表，二陈手下专门研究中共问题的专家张冲的电台收听到这个宣言后，随即抄送蒋介石。八一宣言向全国同胞呼吁：无论各党派间过去和现在有任何政见和利害的不同，无论各界同胞间有任何意见上或利益上的差异，无论各军队间过去和现在有任何敌对行动，大家都应当有“兄弟间于墙外御其侮”的真诚觉悟，停止内战，以便集中一切国力去为抗日救国的神圣事业而奋斗。宣言中表示：国民党军队只要停止进攻苏区，只要实行抗日，不管过去和现在与红军间有任何旧仇宿怨，红军不仅立刻对之停止敌对行为，而且愿意与之亲密携手共同救国。蒋介石对这个宣言非常重视，1935年12月，蒋介石派驻苏大使馆武官邓文仪通过苏联政府和中国共产党驻共产国际代表团接触，提出国共谈判的要求，中共代表团遂派潘汉年回国同各方联系。1936年5月，潘抵香港，7月在上海同中共中央驻沪代表冯雪峰取得联系，随后，和国民党代表曾养甫接谈。
在此同时，蒋介石又经宋子文通过宋庆龄派董健吾直接送信给中共中央，表示愿意谈判，联合抗日。张闻天、博古等人在陕北保安见信后将情况电告了在山西前线指挥作战的毛泽东、周恩来、彭德怀等人。3月4日，毛、彭回电表示愿意与南京谈判，并向国民党提出了五项要求：一、停止内战，全国武装不分红白，一致抗日；二、组织国防政府与抗日联军；三、容许全国主力红军迅速集中河北，抵御日军；四、释放政治犯，容许人民政治自由；五、内政和经济上实行初步必要的改革。
3月5日，董健吾携带这五项要求离开陕北，经西安回南京向宋庆龄复命。与此同时，宋子文、陈立夫派曾养甫通过湛小岑经翦伯赞介绍找到吕振羽，吕随即向北平市委宣传部长周小舟汇报，北平市委即派吕振羽赴南京与曾养甫会谈。中共北方局于1936年1月至3月又两次派周小舟去南京面谈国共合作条件。
1936年5月和6月，曾养甫两次写信给周恩来，要求面谈，因为他看出周小舟等人授权不够，不能做决定。9月，中共中央派潘汉年为最高代表去南京与陈立夫谈判。11月，播又和陈立夫、张冲等人在上海、南京举行了两次会谈。由于中共这时偏居陕北，陈立夫的条件是“对立的政权与军权必须取消，红军保留三千人，师长以上领袖一律解职出洋”。仍等于是不让红军存在，潘汉年拒绝了陈立夫的条件。不久，西安事变发生，中共和蒋介石在西安直接实现了和解，陈立夫参予中共和国民党和谈的使命结束。
战时担任教育部长的陈立夫，在建立各种战时学校的同时，也把蒋介石的办学思想、办学办法和CC组织带进了学校。
全面抗战开始后，陈立夫出任军事委员会第六部部长，由于第六部是由国民党中央秘书处、组织部、宣传部、训练部、中央调查统计处和军事委员会政训处六个单位合并成的，在合并时大批人员被裁并下来，再加上1936年蒋介石在国民党中央常会提议设立，行政院附设的全国专科以上学校毕业生就业训导班未派工作的学员，总共有50人需要安置。这时由于北平附近已处于战争状态，大批北平、天津学生南下，这些人到南京后，也需要安置。于是，陈立夫、张厉生以这些人为基础，组织战地服务团，以利用闲散人力，为抗战服务。
军事委员会第六部战地服务团共100人，由“诚社”组织者，张厉生的亲信胡梦华任主任。下辖两个大队，每大队50人，大队设大队长一人，大队副一人，每个大队分5个分队，每个分队有团员10人，设分队长一人，分队副一人，团员都享受中尉待遇。
战地服务团第一大队由国民党中央各部裁并剩余人员和训导班未派工作学员组成，大队长为黄埔军校第五期毕业生沈亮，大队副为第六期毕业生孙寅。第二大队由北平流亡南京的学生组成，基本上都是胡梦华手下的“诚社”分子，由刘青原任大队长，郭稚云为大队副。
战地服务团的任务为配合国民党军队就地动员民众，联系党政部门协助抗战。其具体工作为对民众宣传，指导民众组织训练，协助军队挖战壕、建筑工事、救护伤员，搜集日军情报以及侦查汉奸等。其工作方式为；以一个大队为一单位，配合蒋军一军或一师工作；或以一分队为一单位、配合蒋军师旅以下单位工作，工作时分为小组，每两人为一组，承担上述动员和组织工作。原计划第一大队沿津浦路北进，配合津浦路沿线军队；第二大队沿平汉路北进，配合平汉路沿线军队作战。
战地服务团两个大队分别在南京市立中学和安徽中学集训一个月，随后，胡梦华放弃原计划，率两个大队一同到达汉口，再转车北上，将团部设于郑州，开始工作。同时扩充组织，建立第三大队，收容从北平、天津南逃的各校学生。
1938年第六部取消后，战地服务团改称政治部直属政治大队，退至豫南一带。1938年底政治部直属政治大队撤销，所有人员都派往各军、师中充当了政工人员。
从根本上说，战地服务团并未起到发动民众、组织民众，宣传抗日的作用，但在当时局势比较混乱的情况下，战地服务团对收留流亡学生，使这些人免于失业和流离失所，还是起了一定的作用。
1938年1月，陈立夫出任国民政府教育部长，离开了他长期把持的国民党组织系统。在他担任教育部长期间，他主要做了两方面的工作，前期主要是收容、安置流亡学生，后期主要搞反共教育。
陈立夫出任教育部长时，日军在华北、华东都已占领大批地区，同时徐州一带战火又起，从战区和沦陷区逃往后方的中小学教师、学生人数极多，教师生活无着，学生无法安置，一时急得教育部诸官员团团乱转，束手无策。这时，教育部官员顾树森向陈建议，把大部分中等学校教师和学生，分别在适当地区设立国立临时中学，予以收容；对一部分中学教师和一些小学教师、社会教育人员，设立战区中小学教师服务团，使他们得以继续工作，维持生活。此建议得到陈立夫的支持，他先在河南斯川上集设立国立河南临时中学，专门收容河北、察哈尔、北平、天津等省市流亡教师学生，以后又陆续在贵州钢仁设立国立贵州临时中学。在四川合川设立国立四川临时中学，专门收容南京、上海、江苏、安徽、浙江等省市逃亡后方的中等学校教师、学生。后来，经国民政府行政院批准，各临时中学去掉“临时”二字，改为国立中学。陆续在陕西安康设立国立陕西中学，甘肃天水设国立甘肃中学，湖北郧阳设国立湖北中学，陕西洋县设国立山西中学，湖南乾城设国立安徽中学，分别收容各战区陆续退到后方的中等学校教师和学生。教育部迁到重庆后，陈立夫将这些国立中学，按照成立的先后次序，分别定名为第一、第二、第三、第四等中学，到1942年，共成立国立中学22所。此外还专门设有招收女教师和女学生的国立女子中学，专门招收华侨学生的第一、第二、第三等三个华侨中学和其它特设的国立中学。
国立中学收容的一般都是流亡后方的零散教师学生，还有一些大学、中学、小学整个搬到后方，但在搬迁过程中，由于人员流散，已不能单独成校，陈立夫便把这些学校，收笼合并，采用战时措施，成立联合学校。联合学校大学、小学。中学都有，其中以中、小学居多，大学著名的有西南联大和西北联大，西南联大设在昆明，西北联大设在西安。
国立中学的设置，包括高中、初中、师范、简师、职业各科训练等。国立中学校长人选，由教育部秘书主任张廷休把持，经费的支配和发放，由总务司长CC分子章益掌握。陈立夫基本上管不了各联合大学，但对各国立中学控制极严，竭力防范各校教师、学生思想左转。为了约束学生，他大发国民党入党志愿书和党证，动员中学教师和学生整批入党或集体入党。为了随时观察学校动向，他极力在各校中发展CC分子，从内部监视教师、学生的动向。有的学校发展不了CC分子，他就派人强行打入，充当教师或学生。有的充当教师或学生的CC分子，既不教课，也不学习，整天在学校四处乱逛，查找别人的思想问题。
战区中、小学教师服务团主要有在河南的第一、第二服务团，在四川的第三服务团，在湖南、贵州的第四服务团和在湖北的第五服务团。以后，又成立陕西第六服务团、甘肃第七服务团、山西第八服务团、湖南第九服务团和宁夏第十服务团。服务团的任务，最初以办理中、小学，编订地方教材、辅导国民教育、社会教育和地方自治工作等为主。根据各省市当地的实际需要，按急缓先后实施。中、小学教师服务团采取委员制，设主任委员一人，委员若干人，名义上由普通教育司管，实际上由主任秘书负责。到1941年，服务团改为团长制，团长由教育部指定所在地区教育厅厅长担任，团员工作由所在地教育厅指定若干地区为工作区，每区成立工作队。到1943年，各服务团工作结束，工作交由所在地方办。
对于沦陷区，陈立夫基本上根据《沦陷区教育设施方案》制订各种管理办法。将江苏、安徽、浙江、河南、河北、山东、山西、察哈尔、绥远等九省和北平、天津、上海、武汉四市划分为50个教育指导区，每区设置专员，负责办理从沦陷区撤退到敌踪不到地区的各中等学校。1939年“教育部战区指导委员会”成立后，重行划分全国沦陷区为70区，由陈立夫亲自指挥。“教育部战区指导委员会”下辖三个组，分别主管特种教育、战区教育和战区救济工作。
陈立夫出任教育部长，除了安置战时流散教师、学生、恢复教学秩序外，更重要的是统制教育，也就是让教育完全成为国民党统治的工具，这也是蒋介石让他出任教育部长最重要的目的。陈立夫统制教育主要采取了三方面的措施：
首先，推行国民教育。1938年4月，国民党五届四中全会曾有《改进地方行政组织，确立地方自治基础》的决议案，1939年9月，国民政府根据此决议案制订《新县制组织纲要》，其中关于教育方面，规定乡镇设中心学校，保设国民学校，受教育者包括儿童、成年人和妇女三部分。乡镇长、中心学校校长、乡壮了队长，保长、保国民学校校长、保壮了队队长，分别暂以一人兼任。在教育、经济发达的地区，乡镇中心学校校长和保国民学校校长以专任为原则，乡镇中心学校教员，兼任乡镇公所文化股主任及干事；保国民学校教员，兼任保办公处文化干事。教育部根据这个规定，于1940年制订颁布了《国民教育实施纲领》，3月正式实行。
国民教育实施纲领的实施有两重目的，一是在乡村中进行文化普及工作，提高普通民众的文化水平；二是加强乡村统治，乡镇长、校长、乡镇壮了队长由一人担任，实际上等于是由乡镇长一人垄断了基层单位的行政、教育和治安三项权利，乡镇长对其治下的民众不仅有管理权，还有教育权和训练指挥权，这对加强对一般民众的控制显然有利。
但是，以乡保长兼任校长的做法马上就出了问题。按规定：“乡镇中心国民学校校长，保国民学校校长，以专任为原则；在经济、教育不发达的区域，乡镇长、保长、乡镇中心学校校长、保国民学校校长及壮了队队长，暂以一人兼任之”。可国民教育一经实行，各地都成了不发达地区，各省市借口地方人才经费缺乏，一律以乡镇长兼任中心学校校长，保长兼任国民学校校长。而乡长镇长，尤其保长，大多是有点钱财的乡村土地主，既无见识，也不懂教育，有的甚至目不识丁，也当了校长。这些校长上台以后，立即行使职权，把一些亲戚朋友，滥竿充数，硬拉进来充当教员。原有的校长教员，要么被排斥，要么离职出走。而这些新上来的土地主校长和他们的亲戚教员又维持不住局面，于是学校变成了挂牌学校。鉴于此种情况，陈立夫不得不改变办法，下令各省市校长仍以专任为原则。但是，放出去容易，收回来就难了，很多土地主校长好不容易捡了个校长头衔，怎肯轻易放弃？很多人死乞白赖，占在校长的位子上硬不下来，陈立夫也没办法，只好无可奈何地说：“地方教育更困难了。”
国民教育的推行，是采用了所谓“行政三联制”。即由教育部制订全国各省、市五年实施计划，派员视察，考核；再由各省市根据教育部计划拟订本省市分年实施计划，并督导所属县市统筹拟订分年实施计划，派员视察考核。
其次，实施特种教育。特种教育是蒋介石在南昌行营“剿共”期间对占领的根据地，即所谓的“收复区”民众进行的一种欺骗教育，其内容可分为管、教、养、卫四个方面，实行地区主要是赣、闽、皖、豫、鄂五省。
1934年3月，蒋介石在南昌行营召开10省民政、教育厅长、秘书长、行政督察专员会议。他说：“五省横遭赤祸，匪区民众多受煽惑，更有所谓列宁小学，一县多至数百所，以为麻醉青年之利器。此种思想之流毒，实较有形匪患为尤甚。甚或因祸害切肤，思奋起自救者，亦苦无教育上有力之指导。现经收复，不得不有管、教、养、卫施之特种教育，予以感化的、公民的、职业的、自卫的训练，以正确其思想，健全其人格，发展其生计，扶植其生存。”推行特种教育的办法是，建立中山民众学校，集中力量，把普通教育和社会教育结合起来，以弥补人才、经费不足的缺陷。中山民校分设儿童班、成人班和妇女班，根据情况，酌情设立高级班或职业班。教学内容为：“宣扬三民主义，揭破赤匪之错误与罪恶；并针对民众之思想言论，为深切之指导，教以礼、义、廉、耻与忠孝、仁爱、信义、和平等美德，表扬历史上为民族生存，为国家牺牲的伟大事迹，解说国家现在所处之地位与国际环境，授以普通文、应用文、歌曲等，注意阅读及思想发表之训练，并公民生活之常识。”
陈立夫未参加过南昌时期的特种教育工作，他继任教育部长后，采取了两项措施，加强自蒋介石那里继承来的特种教育：一、到原来实行过特种教育的省区视察中山民校，搜集原来中共编写的课本、教材；二、针对中共课本教材，编印读物和宣传材料，作反宣传。三、编印统一的中山学校教科书。中国教育本来没有指定的教科书。朱家骅第一次任教育部长时，发起编印中小学教科书。王世杰继任后继续编辑，但各学校仍自由使用，不作为固定教科书。陈立夫担任教育部长后，先编了一部小学教科书，通令全国采用。随后，他又操纵编写了一套“国定中学教科书”。陈立夫编的这两套教科书，有两个特点；一是重视宣传儒家思想，二是注意宣传国民党的三民主义。甚至把国民党的党员守则十二条也作为小学训练要目编了进去。
陈立夫借战争时期，大家都在注意战争，不怎么关心教育这种有利时机，为确立国民党的统治思想，在教育界拼命地折腾，在中国国内并未引起什么大的反响。由于陈立夫的办法和蒋介石一脉相承，甚至完全效法蒋的做法，对巩固蒋的统治又有利，蒋介石更是大力支持。但是，陈的这种肆无忌惮的做法毕竟为大多数人所厌恶。1944年，美国报纸纷纷指责陈立夫“统制思想”，蒋介石不敢得罪美国人，只得将陈立夫从教育部长的职位上撤了下来。
朱家骅与二陈处处作对的真正后台是蒋介石。但当蒋需要操纵国民党六大时，还得依靠陈果夫。这样，二陈在抗战胜利前夕再次掌握了国民党组织大权。
蒋介石对谁都不相信，所以在他手下的每个系统中，他都有意制造两个或两个以上的派别互相牵制，互相抗衡，以利于他自己独揽大权。蒋介石的这种手法和意图，在当时就已为他的一些手下发现。复兴社重要分子萧作霖在回忆复兴社之所以被解散，贺衷寒被贬的情况时，引述了一段贺衷寒对蒋介石评价的话，他回忆说：
“1941年我自西北调回重庆，也因投闲置散，无所事事，与贺衷寒往还较多。记得有一次他邀我到他的李子坝住处吃腊狗腿，我在醉后大发牢骚，痛骂蒋介石昏暴。贺衷寒大约也有点醉了，竟也说出了他的真心话。他说：“你哪里知道，蒋先生暴则有之，昏则完全不然。你没有看到他的统驭术的绝顶高明。他一向抓得很紧的是军队、特务和财政这三个命根子。他这三个命根子各有一套他最亲信的人替他看守；同时他又让这三种力量互相依赖互相牵制，而只听命于他一人。这三个方面的每一个方面，又都各有三个鼎足并峙的力量，使其互相牵制。军队方面是陈诚、汤恩伯和胡宗南；特务方面是戴笠、徐恩曾和毛庆祥；财政方面是孔祥熙、宋子文和陈氏兄弟；他们之中谁也不敢有所挟持而无所顾忌。所有这些人，除了孔、来是他的至戚外，其余又都是浙江人，连宋子文的原藉也是浙江，可以说，都是他极亲信的人了。可是他对这些人都还有个防而不备，备而不防，难道这还能算是昏？他对我们湖南人尤其是懂得点政治的湖南人，是绝对不放心的。象复兴社这样的组织，他也只是一时利用一下子，等到他已被捧成绝对的独裁领油，当然就不再要这个组织了。因为他唯恐复兴社会发展列一旦难于驾驭的地步；尤其是这个组织的高级骨干又多数是湖南人，这也是他所难以放心的。他的运用和打算都是有极高明的权术的，你还骂他昏！可见你还是年轻不大晓事，你自己才是有点昏！”
蒋介石之所以让二陈主持国民党中央党务多年，没有给他们二人培植反对派，除了二人对蒋比较忠心而外，还有两个原因更重要，一是党一直是一块蒋系和其它派系如汪精卫派、胡汉民派、西山会议派争夺的阵地，蒋还不能在内部分散自己的力量，必须一致对敌；二是国民党是一块只能作为发表意见用的讲坛，起的决定作用并不大，枪口的说服力比人口大得多，让二陈香自己去和这些人吵嘴，免得让这些人有精力找上自己。这样，二陈垄断党务近十年，一直未发生内部危机。
但是，二陈并不是一点儿私利都不讲，百依百顺的那种奴才，一旦身居高位，手下又有一帮可靠的喽啰以后，说话办事，逐渐难免有点骄横，对蒋介石也不是十分听话了，常常也敢为了自己或手下人的事和蒋顶上几句，蒋对二陈不能不产生怀疑。
从1935年起，蒋介石便在忠于自己的党棍中给二陈物色对手，以打破他们垄断党务的局面。最初，他选中了张厉生，所以在1935年12月不顾陈果夫的反对，把张推上了国民党中央组织部长的位置，张在布置组织部人马时，以王星舟代骆美奂，并提倡读书，想给组织部带来点新气象。但陈果夫树大根深，经营组织部多年，张厉生又多年为陈果夫手下，积威之下，张战战兢兢，并不敢对二陈的人马大动手术。加上张厉生的支持者是陈诚，属于军界，张本人在国民党内没有强硬后台，认识的人大都是CC分子，也没有一支自己的队伍，张唯恐自己出了差错，没人搭救，所以一直未敢对二陈下辣手。虽然事实上已叛离CC，表面上还得尊重二陈。张以后依靠陈诚走向政界，事实上是自己脱离了党务系统，也可能是在党务系统为二陈排斥而不能立足。
张厉生虽未敢向二陈开刀，但陈果夫对他的叛投陈诚一直耿耿于怀，1939年11月国民党五届六中全会期间，陈果夫亲自出马，上书蒋介石，要求张厉生下台，同时并推荐朱家骅。蒋介石此时也对张厉生未完成他的意图不满，同意由朱家骅出任组织部长。不想陈果夫一念之差，赶走了张厉生，迎来了朱家骅，倒真的招来了拆自己台的冤家。
朱家骅，字骝先，浙江湖州人，本是二陈的湖州小老乡，曾任北京大学地质系教授。1926年戴季陶任广州中山大学校长时，把朱请到广州，推举他为副校长，以后升任校长。南京政府建立后，朱曾出任中央大学校长、教育部长和交通部长。
朱家骅和二陈的关系本来不错，应该说也是CC关系上的人。但从一开始，朱家骅同二陈的关系就不是类似于张厉生、张道藩、余井塘等人居于二陈之下的上下级隶属关系。朱颇受戴季陶、张静江、吴稚晖这些党国元老的重视，三人也频频在蒋面前对朱大加赞扬，因而蒋介石对朱的印象一日好过一日，而朱在国民党内的官场行情也日渐看涨。朱和二陈关系处理得不错，一是看二陈势大，得罪不起；二是自己没有基本队伍，需要借和二陈的关系护身；三是因为朱是湖州人，属浙江系，二陈有意拉朱，想利用朱在学术教育界为CC出点力，也想利用朱和戴季陶的特殊关系，让戴多在蒋介石面前说点好话。戴季陶因为和蒋介石有盟兄弟的关系，又不拉帮结派，不恋官位，敢说敢干，不怕伤人，在蒋介石眼中一直占有特殊的地位，蒋对他的意见，颇为重视。二陈怕戴季陶，并不是想让戴推荐他们，更怕的是戴也加入反对他们的战团，如果那样，二陈是万万吃不消的。基于双方利害的需要，朱家骅自然而然地便和二陈更加接近。在朱家骅当交通部长的时候，他拉CC大将之一张道藩当了交通次长，二陈对朱有什么要求，都通过张道藩向朱提出，基本上可以说是有求必应。抗战开始后，朱家骅还是紧紧地靠拢着军委会第六部部长陈立夫，CC高级分子在第六部聚会商议重要问题时，朱家骅基本上都被邀参加，陈果夫、陈立夫对朱说话，既不象对外，也不象对部下，既尊敬又亲切，口口声声叫“骝先”。
1938年3月，国民党在武汉召开了临时全国代表大会，在这次会议上，蒋介石当选国民党总裁，汪精卫当选副总裁。表面上着，蒋汪已结束了党权之争，但实际情况，远非如此。汪精卫对选举结果并不满意，在他的头脑里，总裁的位置应该给他。蒋介石虽如愿以偿，但对汪仍不放心。多年的党权斗争，蒋介石知道汪不是一个容易对付的角色，尤其善长宣传和组织活动。他手下的改组派诸如陈公博、顾孟余也都是些拿得起、放得下的厉害人物，所以蒋总裁拖着汪副总裁这个尾巴，让汪自由活动，实在寝食难安。更要命的是，蒋介石要负责全国各战场的军事指挥，有关军事的一切活动都要由他最后决定和组织。战场军情，瞬息万变，要掌握各种情况，做出决策，并非易事，蒋介石必须全力以赴，这便等于是将党政舞台完全让给了副总裁汪精卫。
在党务方面，本来有二陈看家，但二陈无论在组织能力、宣传鼓动和资历、才干上都远逊汪精卫。张厉生这时正任组织部长，更是后生晚辈，在政治上没有号召力。在这种情况下，戴季陶给蒋介石出了个主意：将国民党中央秘书处秘书长提高一级，改称中央秘书长，居于国民党中央各部部长之上，其地位仅次于总裁、副总裁；为使中央秘书长有执行的能力，使之兼任国民党中央调查统计局局长，秘书长主持中央党部工作。秘书长一职的提格，目的显然是为了架空副总裁。
按说，以地位实力而言，出任中央秘书长的最佳人选是陈果夫或陈立夫，但这时的二陈，正值包办了国民党临时代表大会之后，受到国民党内各种派系的围攻，人言啧啧，苦于分辩，而戴季陶正在此时也加入了攻击二陈的战团。
戴季陶和陈果夫本是上海交易所的老朋友，但和戴的字“传贤”很有相似之处的是，戴颇为爱才，所以他推荐的人，大多不是从亲疏关系上考虑，而是注重才能。戴季陶对二陈不满，一方面是陈果夫不懂理论，不学无术，没有一点中国古代哲学和三民主义的知识基础；陈立夫这位洋学生，侈谈“四书”“五经”，一知半解，半通不通，常闹出笑话。在用人上，二陈没有一点承前启后，继往开来的样子。把国民党的元老精英，都放在了一边，不知从什么地方拼凑了一帮后生晚辈，来指导国民党的党务，把国民党的人事和思想搞得乱七八糟，这样下去，连国民党本身都保全不了，如何能对付共产党？尤其重要的是，陈果夫在上海交易所不过是戴季陶的一个晚辈，自从包办了国民党之后，对他并不怎么太尊重。
戴季陶不满意二陈，却对朱家骅颇为欣赏，因此向蒋介石极力推荐，于是朱家骅顺利地当上了国民党中央秘书长兼中央调查统计局长。朱家骅之为国民党中央秘书长比他的前任叶楚伧、陈立夫的国民党中央秘书处头子的中央秘书长地位要高得多，权力也大得多，可以指导指挥中央各部会的首长，成了国民党中央真正的第三把手。在工作上，他不象叶楚伧那样胆小怕事，遇事推、拖、拉，而是干脆明了，立刻决断；在干劲上，他比陈立夫还要精力充沛，生气勃勃，经常揽事找事做。
朱家骅主持国民党常务工作这种大包大揽的风格，就是为了让汪精卫无法插足，但汪精卫也不甘寂寞，他为了冲破朱家骅以中央秘书长地位对他和中央各部关系的隔离，他规定每隔两星期的一个星期六，召集各部秘书、处长以上人员，到中央秘书处会餐，漫谈工作，解决疑难问题。朱家骅对之表面应付，暗地另加布置。国民党中央各部部长也都知道汪朱的关系，对汪一味敷衍，所以在会上好好形成的决定，一转身走出中央秘书处，便成了空话。汪精卫本以为他以前受蒋介石的气，这次蒋忙于军务，不能抽身，在党务问题上应该有决定权了，没想又冒出个朱家骅来，对汪这位副总裁的帐一点不买。汪眼见掌权无望，一气之下于1938年12月18日离开重庆，飞往昆明，次日飞赴河内，干脆投降了日本。
精力充沛、干劲十足的朱家骅不仅架空了汪精卫，在中央大权独揽，而且将手伸向了地方，他把属于中央组织部职权的沦陷区和战区的东北、华北、江南各省党部人事、经费全部揽在手中，由他选派委员，发放经费。对陈立夫、徐恩曾主持的中央统计局，他也毫不放松。他派刘次箫充该局主任秘书，核间重要文件情报，按时向他汇报。又派专员高越天，拿着他的名章在文件上盖章，他还亲自去中统局召见过一次中统员工，以表示他对该局工作的重视。
对于朱家骅的欺上压下，陈果夫表示大力支持，他把朱家骅当作自己人，自称朱是自己的知己。对于朱家骅从张厉生手中夺取东北、华北、江南沦陷区和战区国民党各省市党部委员人选，陈不以为怪，他乐于见到张厉生出乖露丑，只要是有损于张厉生的事，他都愿意看到，甚至推动其发生。
汪精卫投日后，朱家骅的中央秘书长职务已失去初设时的意义，陈果夫乘机推荐朱家骅出任国民党中央组织部长。陈此举的意图，一方面仍是对朱表示推崇；另一方面，也是为了赶走他所讨厌的张厉生。戴季陶此时对二陈虽颇为不满，但对陈果夫推荐的朱家骅却非常赏识，以全力支持他，戴季陶推荐朱家骅出掌中组部长的意图和陈果夫截然相反，他是想让朱家骅把陈果夫、陈立夫在国民党内搞得糟得很的一套，全部抛掉，来一个一百八十度大转变。用一句话说，就是把二陈原来在组织部的一套人员和工作办法，连窝端掉。蒋介石对朱家骅敢干敢为、能干能为的作风也非常赏识，他觉得交给张厉生的任务张已不能完成，要给二陈在党务系统内树立一个反对派，得让朱家骅来干。这样，1939年底，朱家骅接任了国民党中央组织部长一职。
朱家骅接任后，对元老们果然尊重，他把由戴季陶订立“的以三民主义与儒家学说混而为一的国民党党员守则12条，塞进了总理纪念周日程，于每星期一上午8—9点对国民党党政军人员讲述。在人事上，朱家骅对外结三青团为奥援，内部丁惟汾的“大同盟”分子、改组派遗留成员以及少数胡汉民派分子，一并收揽，唯独对CC分子大加清洗。陈果夫看到此种情形，不知道朱的后面有蒋介石的默许和戴季陶的支持，对受了排挤的CC分子大发牢骚：“朱骝先太不象话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变”。朱家骅的反CC阵营诸如“大同盟”、“改组派”分子，长期被CC分子在各地压得抬不起头，这次有朱家骅撑腰，立即反攻，无论在什么地方，什么部门，朱家骅派和CC分子互不相容。朱家骅收揽人才，不管过去和自己的关系如何，只要现在帮助自己反CC，一并收入，甚至对被他取代的张厉生手下人员，也企图拉为己用。1940年初，朱家骅亲自找张厉生手下的第一号干将朝梦华谈话，要求他继续留任组织部党务视察室主任。并借和胡是南京中央大学校友的关系，要求胡留下来，帮他彻底清除二陈留下的一套。由于张厉生反对胡梦华留任，胡只得辞职，由张介绍出任了河北省政府秘书长。但朱竟不以此为意，继续要求胡照顾他所派的河北及东北党务督导员渡河进入日占区，开展工作和发放经费，而且强拉硬套，让胡出任国民党河北省党部委员。
1944年，蒋介石准备召开国民党第三次全国代表大会，因陈果夫包办历次全国代表大会有经验，蒋介石叫朱家骅将国民党中央组织部部长职位让给陈果夫，不久，陈果夫因肺结核病重，不能再担任组织部长，改由陈立夫担任，朱家骅改任原由陈立夫担任的教育部长。于是，双方争斗再次激烈起来。陈立夫将朱家骅安置在组织部的人大批赶走，朱家骅则在教育部清洗二陈的爪牙。1945年5月，国民党第三次全国代表大会选举中央委员时，朱家骅系与中华复兴社分子联合向CC派争中委名额，双方针锋相对，寸步不让，吵得热火朝天，以至每次会议，蒋介石都被闹得头昏脑胀。有一次，蒋在中央党部纪念周上大发脾气，训斥说：“现在有些人一天到黑互相吵闹，我看闹垮了，还闹什么。”
除组织和教育系统外，二陈与朱家骅争夺的第三个部门是中统。本来，国民党临时代表大会后，蒋介石之所以不让徐恩曾出任中统局长，不让戴笠出任军统局长，是嫌二人资历太低，所以才让朱家骅兼任中统局长，林蔚兼任军统局长，而以二人为副局长主持工作，负实际责任。林前出任军统局长后，很知趣，并不过问军统的事情，一切让戴笠全权处理；可朱家骅就不同了，他不满意空头局长这个名义，而要名实相符，真抓实管。实际上，二陈和朱家骅的冲突，首先就发生在谁控制中统的问题上。
朱家骅本来是没有自己的班底的，出任中央秘书长以后，由于有组织部长张厉生在，也不好立即招兵买马。由于中统是组织严密，颇有实力的全国性特务组织，而朱又兼任中统局长，所以他的建立自己基本班底的主意首先便打在了中统局上。中统局由朱家骅任局长，对中下层的中、小特务来说，是值得庆幸的事，这一方面是朱家骅职高权重，兼任局长，显示了中统机构的重要；另一方面，中统局毕竟是一个叫得出口的机关，不象过去的名称“特工总部”（中统在1938年正式建局以前名叫特工总部）那样不伦不类，中统特务们可以不再抱怨“我们就象小老婆养的一样”了。但对徐恩曾来说，就不怎么满意了，原来他毕竟是“特工总部”的一部之主，这次以“部”改“局”，他一下子多了个婆婆朱家骅，尽管朱原也是CC线上的人，但徐心怀恐惧，怕没事还要找着揽事的朱家骅真的行使起局长职权来。这时朱在蒋介石面前红得发紫，如果真的那样，徐恩曾只有让出实权，乖乖服从的份。徐恩曾虽心怀疑惧，但对二陈来说，由朱兼任中统局长也未尝不可，朱毕竟和二陈颇有渊源，而且朱这时在国民党内很受欢迎，二陈人缘不好，在好多地方有用得着朱这样的人物去缓冲一下摩擦冲突的需要，所以对他进入中统相当欢迎，没有完全把他当作仅有空名的局长看待。这样，朱家骅便以自己自愿，徐恩曾无奈，二陈支持的背景象模象样地当起了中统局长。
这时，正值国民政府的大批机构由武汉迁往重庆，朱家骅到重庆后，徐恩曾还未到。这位“真正的”中统局长在重庆找不到中统局的行踪，便在重庆连电催徐，叫他立即率人赶往重庆。徐恩曾夏电说，原特工总部的人大部分还在武汉、衡阳，路途遥远，交通困难，短时间不能赶到重庆，中统机关不能马上成立。朱家骅便跳着脚大骂徐恩曾混蛋，并不管三七二十一，独自作主，将陆续到达重庆的干部进行了安排。朱家骅安排干部，有的是自己的亲信，有的是过去反对徐恩曾的人，有的是中统的对了军统分子，不管背景如何，只要来投奔自己，一概安置。徐恩曾到重庆后，看到这种情况，非常恼火，却也无可奈何。接着，发生了让徐恩曾更为恼火的事。原“特工总部”主任秘书濮孟九外调，濮前脚刚走，朱马上以“中央秘书处”的名义推荐他的亲信刘次萧接替。何培荣是朱家骅任浙江省民政厅长兼杭州警官学校校长时的学生，当时戴笠任该校政治特派员，何在校时就加入了戴的特务组织，朱家骅喜欢何，便让他出任了中统四川省调查室主任。此外，局内的处长，专员室级别较高的专员，由朱家骅任命的也超过一半以上。朱又控制着中统的经费，没有朱的批准，经费就拿不到手。对此，徐恩曾只能忍气吞声，朱的人做处长，徐的人就做副处长，处处让着未。徐恩曾虽表面上还忍得住，但徐原来手下的喽啰们却忍不住了，他们想出种种办法，给朱派来的人和朱难堪。
朱的人多是新来乍到，并不懂中统局的业务，所以有时遇上问题，就得向徐的人请教，但徐的人往往持不买帐的态度，有时还反问对方：“你是领导，为什么问我们。”有的干脆消极怠工，躺倒不干。朱家骅为笼络人心，缓和与徐的手下的矛盾，于1940年春通知给全体人员发委任状，明确任职，在徐的支持下，徐的手下人串通一气，“不予接受”，弄得朱家骅十分难堪，最后还是拉上了徐恩曾，由徐多方做工作，徐的手下人才勉强接受。以后，徐派人员又多次对朱发难，朱徐的矛盾越来越深。
朱家骅要将二陈控制的中统据为己有也引起了二陈的不满，他们开始想办法赶走朱家骅。1939年11月，国民党五届三中全会召开，陈果夫推荐朱出任国民党中央组织部长，原中央秘书长由叶楚伧回任。没想到朱离开中央组织部长职后，赖着中统局长不辞，而叶楚伧和他的继任者吴铁城也不以为意，听之任之。这样，朱家骅仍旧兼任中统局长。由于在朱家骅和徐恩曾争夺中统控制权的斗争巾，二陈偏袒徐恩曾，终于引发了朱家骅和二陈矛盾的公开化，他在出任组织部长后，全力和二陈作对。
朱家骅和徐恩曾的争夺也未停止，为了壮大自己的声势，徐恩曾保荐自己的亲信顾连中为副局长，而朱家骅也从陕西调来了陕西省党部书记长郭紫峻，保荐为副局长。这样，朱家骅和徐恩曾二人的争夺，就变成了以朱、郭为一方，徐、顾为另一方的四人争夺。1944年，朱家骅离开组织部长职位，出任教育部长。郭紫峻失去后台，不得不向徐恩曾屈服。可徐恩曾穷追不舍，仍要痛打丧家犬，逼得郭紫峻走投无路，便和戴笠勾结了起来。1945年初，郭当面向徐提出：“我为着你，为着整个团体，请求你自动向总裁辞职，由我来过渡一个时期，以后再交权给你，行不行？”徐不同意，并立即表示对郭不信任。郭气愤之极，向戴笠通报了徐恩曾走私和贪污的情况，戴立即行动，人赃俱获，并马上上报蒋介石。蒋介石对徐恩曾行动不力早已不满，借此机会立即下令免去徐本兼各职，“永不录用”。当徐走私贪污，人赃俱获时，据说朱家骅也立即向蒋汇报了徐的种种非法行径。这样，徐恩曾便在军统和朱家骅的联合夹击下倒了台。
朱家骅与二陈的斗争并没因徐恩曾的倒台而稍息，双方仍在讨好蒋介石，低毁对方。1946年，是蒋介石60大寿，朱家骅为了讨好蒋介石，发动各大学特别党部醵金铸了九个鼎，准备在蒋介石寿辰之日，献鼎祝寿。在未发起铸鼎祝寿一事之前，朱曾签呈蒋介石请示，蒋表示默许，批了一个“阅”字。等到鼎已铸好，预备在祝寿大会上献给蒋时，CC派到处声言，说向蒋献九鼎是把蒋比成皇帝，将会使反蒋的人有所借口。蒋没法下台，只得把一腔怒气撒到朱家骅身上，在大会上痛骂了朱家骅一顿，朱被弄得狼狈异常。但事后，蒋介石并未再向朱家骅追究铸鼎的责任，朱的教育部长也原官照当。朱家骅与二陈也就仍旧苦斗不已。这种情况，一直维持到国民党被赶出大陆，二派势力都不复存在，才算彻底干净地结束。