戴笠的特务处成立以后，蒋介石对手下的两大特务组织：中央组织部调查科与复兴社特务处虽没有明文界定各自的业务范围，但大体上有约定俗成的分工。中央组织部调查科所任用的特务大都出身于党政教育文化部门，对搞党派政治斗争及文化教育界等方面的情报比较熟悉，因此，一般涉及到这方面的情报和行动则指定由调查科去执行；而特务处隶属于复兴社系统，所任用的干部也大都是军校学生，在搞军事情报和监视军队各级将领、策反瓦解杂牌军队、排除异已势力、以及搞绑票、暗杀等一类“全武行”活动方面驾轻就熟，因此，大都指定戴笠负责这方面的行动和情报。
起初，戴笠对这一分工并无异议，也能大体按照这个分工去做。可是，戴笠渐渐发现，这个分工被调查科占了便宜，而自己则吃了亏。因为在蒋介石的既定国策中，一贯是把反共作为自己第一要务的，即使面临敌国入侵、疆土肢解的危险也在所不惜。这就是蒋常说的敌国入侵只是皮肤之患，只有中共组织才是心腹之患。而中央组织部调查科主要负责对中共组织的特工活动，多年来，在陈立夫、徐恩曾的主持下做出些成绩，颇受蒋介石的器重。
当时，调查科与特务处二者在蒋介石心目中相权，调查科其势似在特务处之上。
戴笠是很会争强好胜的。特务处成立以来，虽然在分化瓦解反蒋势力、暗杀政敌、摄取军事情报等方面出力颇大，也受到蒋介石的信任，但他揣摸蒋的心理，蒋最关心的还是与中共的斗争。不在反共方面做出显著成绩，终不能为老头子彻底分忧，也不能得到老头子的高度宠信。为此，戴笠在30年代中期，开始逐步调整特务处工作重点，用很大一部分精力和力量与中共地下党组织进行斗争，有时为了抢着干这项工作，以至与调查科发生摩擦，也在所不惜，甚至被CC 系头目和调查科的特务们骂为“不务正业”。戴笠听到这些言论，不怒反喜，他经常对特务处的大特务们强调，随着形势的变化，一切反蒋派人物、地方军阀、民主党派、中间派人士以至日本人，都可以为我所用，这些都是不足虑的，唯有共产党才是我们的真正敌人和心腹大患。
真正能和我们争夺政权的不是那些反对委员长的异己分子，而是具有完整的政治纲领、严密的组织纪律和高度献身精神的共产党人。我们“团体”的使命是保卫国家政权，既要作革命先锋，又要保卫委座的安全。因此，任何时候，清共除奸都是我们“团体”的主要责任。
由于上海是中共首脑机关所在地，在最初的几年中，戴笠把与中共作斗争的重点放在上海区，自翁光辉被扣押撤去区长职务后，戴笠选调中共叛徒出身的余乐醒任上海区第二任区长，也是寄希望于余乐醒能在这方面作出成绩。结果余乐醒和前任翁光辉一样，也不能完成戴笠所希望的打入中共在上海组织的任务，甚至连中共中央从上海迁往江西苏区这样重大的行动都没有得到一点消息，使得戴笠大为恼火，觉得在蒋介石面前丢了脸。于是，戴笠在1934 年再次改组上海区，派出吴乃宪、张师、陈质平等人组成强大阵容，接管上海区。
吴乃宪是广东琼山人、黄埔一期生，因出卖“第三党”领袖邓演达而得到戴笠的重用。戴笠把他派到上海任区长，希望通过第三党中一部分人接近中共组织的关系，在反共方面做出成绩。张师原为中共叛徒，对中共组织的活动特点比较熟悉，戴笠派他到上海任区书记，协助吴乃宪与中共组织开展斗争。陈质平任区督察，对吴乃宪、张师起监视作用。
吴乃宪、张师到上海后，吸取前任区长余乐醒开展反共斗争不力，因而经常挨戴笠臭骂的教训，一开始就把工作重点放在与中共组织斗争方面，并设想和运用了不少办法，也取得了一些成绩，但由于戴笠对反共斗争的心理期望值甚高，因而始终不能令戴笠满意。特别是没有能打入中共组织内部，对中共组织造成重大破坏。戴笠为此专程到上海，召集上海区长吴乃宪、书记张师、督察陈质平以及组长一级的骨干特务到四马路杏花楼吃饭。席间，戴笠非常生气地责备吴乃宪等人说：“这样搞下去，我们的工作要垮台。你们怎么连一个共产党的组织都打不进去。”戴笠在席间反复强调，对中共是一场生死存亡的斗争，一再要求每个特务都要不惜作出最大的努力和牺牲，与共产党作殊死斗争，做出与“团体”地位相称的成绩。
戴笠在这次训话后不久，又对上海区作了第三次调整。吴乃宪调任京沪杭甬铁路局警察局长。张师虽然在上海对打入中共组织内部没有做出多大贡献，但对处理中共情报颇有建树，因而调南京处本部任书记长。新调王新衡任上海区长，秦承志任区书记。王新衡是宁波人，曾在莫斯科中山大学留学，也是中共叛徒。王新衡是一位知识型的大特务，思路敏捷，工作活跃，善于结交各方面关系。他和杜月笙关系密切，是“恒社”中最受欢迎的客人。王新衡任上海区长期间，先后收买了不少留苏的叛徒、上海青洪帮分子以及上海邮务总工会和上海工商业文化界方面的人参加特务处，受到戴笠青睐。虽然这样，王新衡在反共方面，同样不能做出使戴笠夸耀的成绩。戴笠对不能在这方面与调查科一较高低，得到蒋的高度重视，深为伤心。
综观特务处成立到抗战前夕，戴笠在反共方面能够算得上成果只有3 次。第一次是破坏中共江苏省委组织，省委负责人王克全和不少共产党员被捕。王克全被捕后，经不住戴笠的威逼利诱，叛变革命，成为戴笠手下一名凶恶的鹰犬。第二次是破获了中共党组织的“打狗队”。30 年代前期，中共地下组织曾设置“特科”行动队，专门制裁叛徒的出卖变节活动，对特务、暗探等鹰犬进行惩戒。共产党人把这些人俗称之“狗”，故又把特科行动队称为“打狗队”，外人则称之为“红色恐怖队”，简称为红队。当时，无论是中央组织部调查科还是复兴社特务处，对“红队”既无法破获，又不能阻止他们的行动，不少叛徒、特务均死于“红队”的枪下。这期间，中央组织部调查科上海区连续三任区长（亦称驻上海特派员）被刺，结果两死一伤，弄得戴笠手下的特务们提心吊胆，草木皆兵。特务到上海，往往办完事就赶回南京，不肯在上海多住。1935 年，特务处上海区的1 个中共叛徒被“红队”
击中两枪，但未中要害。戴笠得讯后，立即设下“钓饵”，指示上海区把这个叛徒送到法租界西区偏僻处的1 家小医院进行治疗，然后选择1 家民营小报发布了一条社会新闻，故意泄露了这条消息，暗地里却指挥上海区和淞沪警备司令部侦察大队的特务控制住通往这所医院的各个道口，进行监视。果然在第五天，两名“红队”队员再次闯入医院将这个叛徒击毙，然后特务们暗中跟踪，发现了法租界福煦路一家银楼里的“红队”密点。于是，戴笠指挥侦察大队副大队长杨凤岐、大队附兼第二组长许鹏飞、大队督察兼行动组长沈醉，率领大批军警特务在法租界巡捕房的配合下直扑银楼，逮捕了4 名“红队”队员，并抄出手枪6 枝、子弹数十粒和现款数百元。经审讯，这几名“队员”不肯供出任何情况。不久，戴笠将他们全部押往南京处决。对于这次行动，戴笠十分得意。第三次是所谓一起“怪西人案”。事情起源于特务处湖北站逮捕了一名中共嫌疑人员，叫关兆南。戴笠派南京总处司法科法官周养浩去武汉审讯，进行劝诱说服。关兆南叛变革命，与特务处合作逮捕了上海方面的交通员陆独步，由陆独步供出其兄陆海防。又由陆海防供出第三国际中国总支部的负责人罗伦斯，化名约瑟夫·华尔敦。陆海防任华尔敦的英文秘书，每周可以见面一至两次。但陆海防每次与华尔敦见面时，均由华尔敦临时通知，而且只有两个人在场。至于华尔敦的真名、真正职务、地址以及国籍等等，陆海防均一无所知。结果华尔敦被捕后，虽然成为一件轰动中外的大事，但由于华尔敦面对审讯始终缄默不语，身上又没有任何证明文件，一直不能证明华尔敦的确切身份。此案也成了一件无头案。报刊上由此而称为“怪西人案”。戴笠在当初向蒋介石汇报时，为了抬高这件案子的身价，故意把约瑟夫·华尔敦说成是第三国际远东地区负责人，使得蒋介石也对这件案子寄予莫大希望。现在一无所获，蒋大骂戴笠不中用，戴笠一肚子怨气无处发泄，也把叛徒陆海防找来，拳打脚踢地大闹了一番才罢休。
几年中，戴笠通过不断总结提高，积累了一套反共经验，归纳起来，不外是，由外向内：培养专门与中共作斗争的特工人才混入中共外围组织，再伺机潜入中共组织内部进行破坏；由内向外：利用叛徒拉拢叛徒，达到利用一个、牵出一串的目的；由浅及深：利用一些持中间立场或表面进步、口头反蒋的人出面搞社会活动，想方设法与中共人员发生接触，以便发现中共组织；由疏及亲：收买与中共有关系的亲朋故旧，由此发展线索，接近中共核心人员；监视跟踪：一旦发现嫌疑人员，不惜长期监视跟踪，以期发现线索；侦测监视：建立无线电侦测网，控制无线电器材等，对中共地下电台进行侦测，或研译中共电台密码等，进而破获中共组织；引诱上钩：通过办“灰色”
或“粉红色”的刊物、剧团、社会团体等，吸引中共人士的注意，引诱他们自动上钩；放鹞跟进：对被捕后坚贞不屈的中共嫌疑人员，有选择地开释几个阅历不深、斗争经验不丰富的，然后在他们寻找组织关系时，进行跟进围捕；撒网过筛：利用各种公开特务机关从各方面找线索，对重点地区、重点部门、重点人员，用邮电检查、电话窃听、户口保甲调查、水陆交通检查等办法，反复进行过滤搜捕，直到找出线索为止；连续突击：发现一个线索，破坏后充分扩大战果，进行连续突击，不让被破坏对象有喘息和补救的机会；层层设防：在中央机关和各地的要害部门内成立防谍防奸组织，调训各机关中的一些职员，让他们与中共地下组织进行反渗透斗争等。
这套办法，虽然不见得有什么高明的地方，但是由于戴笠执行起来异常认真，一丝不苟，因此也多少收到一些效果。戴笠几年中在反共方面不能有上佳表现，失策在于他的反共心情太过迫切，处处表现得急于求成和急功近利，每发现一个中共方面的线索，马上迫不及待地下令逮捕，然后严刑逼讯，结果总是因中共人员的坚贞不屈而使线索中断，反共斗争也因此不能深入下去。另外一方面，特务处初期的成员大多来自军校学生，一部分来自社会上的三教九流，这些特务的思想、文化、气质、道德水准与中共人员相去甚远，因而在反共中难以有上佳表现。戴笠是个好大喜功的人，由于不能达到与中央组织部调查科在反共方面争功夺宠的目的，因而常常把一腔怒气发泄到手下的特务头上，大骂特务们是一群酒囊饭袋，不能为“团体”争气，好在蒋介石也没有在反共方面对戴笠过分苛求，戴笠也只得罢了。但是，由于CC系特务在这一方面常常跑在他的前面，由此却更增加了戴笠对CC 系特务组织的嫉妒和仇恨，恨不能把他们置之死地而后快。