自从西方教士跟随各帝国主义列强用大炮和精神鸦片打开中国大门的那一天起，中国民众自发兴起的反洋教运动就一天也没有停止过。十九世纪下半叶以来，在中国各地城市及乡村焚毁教室、杀戮传教士的事件此起彼伏，愈演愈烈。待到1895年中日甲午战争中方惨败、各帝国主义列强因此又掀起一股瓜分中国的狂潮时，多年都积在人民心中的仇视洋人洋教的怒火便再也无法抑制地爆发出来。于是，中国民众又一轮反抗帝国主义文化侵略的浪潮又掀起了，其发展势头迅猛如燎原之火，很快就遍及大河上下，长江南北，这便是世纪之交震惊中外的伟大的义和团运动。
当时反洋教运动最初的一个著名的口号就是：“我君可欺，而我民不可欺；我官可玩，而我民不可玩！”这个口号，可以说典型地反映了清朝末年中国百姓的苦闷心声。中国人民再也不能忍耐下去了，他们要奋起，要抗争，要夺回失去的大好山河，要重铸迷失已久的中华民魂。就这样，以义和团为首的各地反帝群众运动，终于在山东等地率先揭竿而起，锋芒所向，直指各帝国主义列强及其他们在华地侵略急先锋--洋人教会。
当年在帝国主义列强瓜分中国的狂潮中，山东首当其冲。本来中日甲午战争期间，山东胶东半岛人民就已饱受了战争的残酷蹂躏和掠夺。不料战争结束以后，这里民众的灾难却丝毫不见减少，反而更是有过之而无不及。
1896年初，山东济宁州群众打毁教堂并伤及教士，兖州滋阳和兖镇居民群集抵制德国主教安治泰入城传教，并伤其从人、毁其住宅。德国帝国主义以“兖州事件”为由借端生衅，无理要求赔款代修教堂胚要求“令县令迎接（安治泰入城传教），绅士摘顶”等等。当时的山东巡抚李秉衡“素不喜谈洋务”，本就是个排外保守人士，对于这种有伤统治阶级体面的要求，亦表示坚决拒绝。
1896年冬和“1897年初，德国政府曾两次向清政府要求“租借”胶州湾，清政府“恐他国援例效尤，”表示拒绝。加上所谓的“兖州事件”，当时的德皇威廉二世几欲动用武力实行强占，但不知何故最后都没有付诸行动。
1897年11，山东曹州府巨野县大刀会攻击张家庄天主教堂，杀死德国传教士能方济和韩理二人。随后济宁州、兖州府寿张县、曹州府菏泽、单县和城武等州县，焚毁教堂及教士住宅，打伤教士及教民的事件不断发生。山东南部的反洋教运动进人了一个新高潮。
于是帝国主义德国借“巨野教案”为口实，悍然发动了对中国的武装侵犯。侵略者一面向清廷提出6项无理要求，一面派兵舰3艘进入胶州湾，并派海军陆战队立即登陆强占胶州。德国侵略者终于实现了“租借”胶州湾的目的。
1898年，卖国的清政府竟完全接受了德国的要求，将山东巡抚李秉衡革职，赔偿孝堂“损失”并代修教堂及教士住宅，还下令屠杀和监禁“闹事”之人，保护德国传教士等等。同时，清政府还将胶州湾内各岛屿（包括青岛）及湾外海面群岛“租借”德国，以99年为期；并允许德国在山东建造两条铁路，开采铁路沿线30里内的矿产。
随着帝国主义列强对中国政治、经济侵略的加紧，外国传教士的文化侵略活动也随之更加猖撅。列强铁蹄践踏到哪里。宗教“十字军”就开到哪里。这些传教士在中华大地上肆无忌惮地设立教区厂建教堂，散布殖民主义思想；有的甚至非法组织武装力量，拥有武器并纠集教民欺压百姓，干涉地方政务，一时间简直为所欲为。面对这一切，清朝廷不但不出面制止，反而包庇迁就，有的传教士还得以加官晋爵。如德国传教士安治泰，即被清廷赏以二品顶戴以上的官衔，凌驾督抚之上，成了地方上的太上皇。
到十九世纪末，西方的天主教、基督教以及沙俄东正教的传教士在中国已多达3300多人，而加入各种洋教的中国教徒多达8万余人。
1898年10月，义和拳组织冠县十八村庄的乡民，宣布“誓与教民为难，将境内天主堂焚毁”。又在日照县发动群众反对传教，打伤德国教士，烧毁街头教民住宅。接着，曹州、沂州、柳水等处也随之掀起反洋教的斗争。曹州的大刀会并且提出了“灭洋人。杀赃官”的口号。
德国帝国主义者为镇压人民的爱国运动和扩大侵略权益，于1899年2月公然派兵占领兰山、日照、即墨等地，并继续向高密。沂州进犯。而清朝统治者不但不加抵抗，反而派兵与德军“会同弹压”，屠杀爱国人民。于是，终于激起了以朱红灯和东明和尚为首的义和团武装起义。
义和团这个组织来源于长江以北各省中流传很久的一种民间秘密结社--白莲教。在1796年白莲教大起义和1813年的白莲教的支派天理教起义失败以后，几十年间白莲教的支派继续在直隶、山东、河南、山西等省以各种名义暗暗流传，其中八卦教传播最广。中日甲午战争期间，山东的有些地区已有义和拳组织的活动。战后几年，在鲁南活动的大刀会，也同义和拳组织广有联系。这种组织有“过拳会”、“红拳会”、“义和拳会”等名义。义和拳开始时并不自称为“团”，“团”的名义是后来在一种特殊条件下才使用和被义和拳接受的。
和流行在长江以南的哥老会（天地会、三合会）系统一样，白莲教也没有统一的领导和组织，而是分散在各地的许多平行的组织。它的成员中有大量的贫苦农民，但江湖游民在里边起主要作用。它是江湖游民和各种贫苦劳动人民在政治和经济上的互助团体，缺乏明确的政治斗争纲领，因而也往往抵制不了混进来的地主豪绅的影响，甚至为他们所把持。比起南方的哥老会来，白莲教的迷信色彩更浓厚一些。他们所请的神五花八门，大多是神话故事和流行小说中的角色，如洪钧老祖、俪山老母、关羽，张飞、黄三太、黄天霸、孙行者和猪八戒等，反映了义和团在组织上的分散性。由于没有统一的组织，必然没有统一的“神”。
1899年，山东全省包括省城附近，都有义和团在活动。山东西北部沿运河一带，义和团的声势最大。这里是全省中外国教堂最密集的地区，广大群众与教会、教民的矛盾极为尖锐。越来越多的人卷进了以练拳为名而形成的与洋教会为敌、与官府作对的斗争。
朱红灯，山东茬平人，自称明青，号天龙。东明和尚，杨姓，善拳法。1899年春天他们在山东思县、平原一带率命起义，“列队千人，开放大炮，拒敌官兵”。前往镇压的清军多次被击败。是年秋末冬初，起义之火烧到了高唐、在平、长清等州县，集众8000多人。
为了争取“合法”地位，朱红灯揭出了“扶清灭洋”的口号，号召一致对外。在民族危机极为深重的形式下，某些受帝国主义欺压的中、小地主及官僚们为着“扶清”的目的，纷纷参与了“灭洋”运动。于是，义和团的声势更加壮大。
这时任山东巡抚的亦是“痛恨西人”的守旧派官僚毓贤。一方面，他从封建守旧的立场出发仇视“洋教”，讨厌帝国主义分子的蛮横干涉和妨害其统治权，甚至认为“与教民为难者，即系良民”；同时，他看到“扶清”的口号及部分地主、官僚参加了“灭洋”的活动，觉得对义和拳大有控制和利用的可能。所以，清军统领袁世敦应平原知县蒋楷的请求，与朱红灯大战时，毓贤认为蒋楷办事谬妄并奏参革职。1899年冬，毓贤决计与义和拳妥协。他请让义和拳改称“义和团，承认了它是“团练”一类的合法团体。于是朱红灯等竖起“扶清灭洋”及“毓”字大旗，在义和团的名义下，取得了公开在山东境内活动的条件，势力进一步发展。
毓贤改义和拳为“义和团”，是为了对义和团加以控制和利用。但他没想到，朱红灯等人是不会轻易听从毓贤摆布的，所以毓贤设计诱捕了朱红灯和东明和尚，囚于省城。毓贤这样做的结果，无异火上浇油，激起了群众的更大愤怒。王立言统领在平、高唐一带团众继续斗争，济南、东晶、曹州三府、济宁、临清二直隶州共有团民数十起，每起数百人，仇教如故、抗官如故。结果弄得毓贤惶恐不安，束手无策。
毓贤的“顽固”与“无能”，招致了帝国主义列强的不满。1899年10月，美国公使康格向清朝的总理衙门直截了当地提出把毓贤撤职的要求，要求清府改派能够和愿意“镇压暴徒”的人去代替毓贤。
慈禧太后虽然很赏识毓贤，但是不敢违抗洋人的旨意，于是毓贤被调任山西巡抚。在戊戌变法中起了重要作用的袁世凯接任山东巡抚。
“戊戌变法”中袁世凯出卖了维新志士，其后仍在天津小站练兵。他所统率的“新建陆军”7000人是一支拥有新式武器的军队。后来他在山东把这支军队扩充到2万人。当时，袁世凯就任山东巡抚后立即发布“禁止义和拳匪告示”。断然否认义和团的合法性并开始实行武力镇压。这以后山东的义和团没能以坚固的组织和强大的声势来对抗袁世凯的武力镇压，在很大程度上是受了毓贤愚弄的缘故。
袁世凯虽然做到了使他统治下的山东没有大规模的义和团的活动，但是毕竟他不可能完全扑灭已经燃烧起来的这场大火。从1900年开始，义和团运动的重心便自山东转移到了直隶省。
当时，由于通州在北京城以东40华里处，是京杭大运河的北源头和平通铁路的起点，又是北京通往南方各省的交通枢纽，水陆交通方便异常，亦是京东重镇。清朝过去的漕运和军队的调遣，都是由大运河运到通州集中，然后改为陆运转送北京。所以，义和团运动兴起后，尤其是其重心转到直隶省之后，很快便在通州地区传播开来。因为这个缘故，当时所在通州的潞河书院不得不停课放假。1900年6月，即将毕业的孔祥熙途经保定、石家庄。太原和榆次，返回老家太谷。
归途中，孔祥熙一路所看到的都是焚烧教堂、剿杀洋人的轰轰烈烈的场面。
当时，山西省因为紧靠直隶，故亦是义和团运动发展速度最快且斗争最激烈的地区之一。
从1900年5月开始，以省城太原为中心，义和团运动遍布全省各地。6月27日，义和团群众在东夹巷教堂前示威时，教堂内的外国武装竟然开枪射击，当场打死群众4人、伤1人。愤怒的群众当即焚毁了教堂。在巡抚毓贤（由山东调任，义和团被镇压后毓贤流放新疆并在途中病故）的暗中指令下，义和团群众还烧毁了太原的寿阳教堂，并将适居于太原太平巷客馆的44名外国人以及罪恶相同的7名教民一起擒获，立即正法”。有位老教士在巡抚大堂受审时抗辩道：
“我们是传教士。我们只传播福音，宣扬真理。我们原有的罪恶都已蒙主洗刷清楚了，我们不再有罪。”毓贤听后勃然大怒，拔出利剑一下就把受审的老教士砍死了。
是年7月10日，愤怒的群众又毁烧了太原北门的天主教堂，并杀死了教堂内的200多名修女。
在太谷受省城太原义和团运动的影响，当地民众也抓获了几个借讲经传道而横行霸道的外国传教士并将其处死。此即史称的“山西教案”。
当时年仅20岁的孔祥照看到这一幅幅悲惨的场面，既理解不了为什么这么多的传教士被杀和这么多的教堂被烧，更不能放弃自己本身信奉的基督教转而去同情义和团运动。他只想赶快回到太谷，去看望和保护曾经关怀、培养过自己并且和自己亲如父子的几位传教士。
途经榆次，孔祥熙登门拜访了他的五叔孔繁杏。孔繁杏时任榆次知县。对于子侄辈孔繁杏最偏爱的就是孔祥熙。在孔祥熙眼里，除了父亲，最能谈得拢的就算这位小叔叔了。在孔家人的眼中，叔侄二人都是违背祖训的叛逆者，一个应科考走官场，一个背家训皈依基督教。相同的经历，使得叔侄二人同命相怜，心心相印。
由于信任这位小叔，孔祥熙把要回太谷救“恩人”的打算告诉了孔繁杏。那知，孔繁杏听了大惊失色。也是出于对爱侄自身安全的考虑，孔繁杏劝孔祥熙不要回老家去招惹是非。为此叔侄二人争了起来。孔繁杏一看说服不了样熙，一气之下，把孔祥熙“软禁”在榆次县衙内。
一天孔繁杏外出办案，孔祥熙乘机溜出县衙，跑回了太谷家中。孔繁慈看到儿子平安归来，自感万分庆幸。但又转念一想，儿子就读于教会学校，眼下正值家乡也不太平，于是脸上不免又多了几分愁云。看到父亲犯愁的样子，孔祥熙自然也不敢再说出自己的打算了。他只是向父亲要了一笔钱，暗中买通了看守洋人的乡民，两次看望了包括卫禄义、高雅格在内的9名外国传教士，嘱咐他们寻机赶紧逃跑，并留下了一部分钱。后来没过多久，其中3名传教士便越狱逃跑了。
只是世上没有不透风的墙。孔祥熙的行动再诡秘，也逃不过众人雪亮的眼睛。当义和团得知孔祥熙看望并放跑3个传教士的行为后，团众们不禁个个怒火满腔，声言抓到孔祥熙要立即处死。并由此将孔祥熙这个名字，列人义和团通缉的名单。
没办法了，孔祥熙在父亲的帮助下，东躲西藏。但躲得了初一躲不了十五，紧急中孔祥熙的父亲只好求助于他的五弟孔繁杏。
孔繁杏毕竟是孔祥熙的五叔，吵归吵闹归闹，关键时刻总要伸出手来拉爱侄一把的。怎么救呢，也是急中生智，孔繁杏想出一条妙计：他托辞回老家搬运器物，带了县府内的一批人马，鸣锣开道回到太谷。他们把大木柜底部打了几个通气孔，把孔祥熙藏在其中然后抬上骡车。就这样孔祥熙从义和团群众的眼皮底下溜走了。
就当孔祥熙在太谷老家营救洋教士的同时，1900年吕月下旬，八国联军攻占了北京和天津。这是继40年前的1860年英法联军占领北京以后，北京城再一次沦陷为帝国主义强盗所占领。北京沦陷的时候，慈禧太后携了光绪皇帝和一些皇族大臣，仓皇离宫自北京城西北出德胜门逃走了。一路上他们经昌平、出居庸关，辗转进入山西省境内。一时间，大内无主，真真是天下大乱了。
侵略军占领北京以后，并没有停止进攻。当年8月20日侵略军进至保定，稍事休息后又向南攻至正定一带，并做出了要进兵山西省的姿态。当时应侵略军的要求，在直隶省境内的清军都自动向西撤退，一直退到了山西省灵丘和平型关一带。同年12月德法两国军队由正定向西出兵，清军再次后退至娘子关。次年3月，法军又进占了娘子关。后来也是侵略者自感兵力不足，才放弃了攻占山西的计划。
大约也就在此时，孔祥熙接到潞河书院发来的复课通知，于是他便收拾行装从山西返回北京通州。
但是，当孔祥熙回到北京通州后，并没有立即回校上课，而是穿梭于外国传教士之间，与他们频繁地接触起来。孔祥熙先后拜见了英国传教士叶守贞和李提摩太。叶守贞是英国贵族，有30年在中国传教的历史，精通多国语言，现正在八国联军总部担任要职，干着有损于中国人民的罪恶勾当。李提摩太也是一个有名的英国传教士，在上海办有广学会，侨居中国多年，能说一口流利的中国话，当时正应李鸿章的邀请，帮助协调中外关系。
孔祥熙不愧是基督教会培养出来的好青年，很会揣摸洋人的心理。当叶守贞询问“山西教案”的情况时，孔祥熙特别解释道：“山西教案完全应由山西巡抚毓贤一人负责，与一般平民无关。”并进一步提醒说：“教案之发生，纯因人民无知所至。为求永息教案，必须先开通民智，提倡科学及兴办新文明教育。”孔祥熙还请求二位传教士，用他们的地位去影响八国联军，停止对中国的进攻特别是对山西的进攻。由于彼此气味相投，孔祥熙当即得到了叶守贞和李提摩大的欣赏。
不管是不是真的由于孔祥熙的乞求，还是什么别的原因，当时八国联军果真停止了对山西的进攻。对此孔祥熙在1943年11月1日，其就任财政部长10周年纪念会上，曾非常生动并大加渲染地描述了他一生中这段最为得意的一页：
“当八国联军占了北京、天津，将要再向西进攻的时候，清廷恐惧万分，以为如果再攻山西，和议必不能成，国家就要全盘动摇了。当时，我接到潞河学院通知，复课在即，我便赶回北京，希望完成毕业考试。
“到京后，有英国的叶守贞大夫来询问其在山西太原所设立之医院情形……当他问到山西拳匪杀害教士教民的情形，我就特为解释，并述明晋省的拳匪暴乱，完全应由山西巡抚毓贤一人负责，与一般贫民无关。例如巡抚衙门门口200余外国男女老幼之屠杀，即为毓贤卫队以红布包头，伪装拳匪所为者。叶大夫听到我的报告以后，他又转知（告）了李提摩太先生……固自教案发生以来，议和大臣李鸿章在外交上十分困难，为了便利外交工作的进行，他就聘请李提摩太先生协助，代为折冲此案。
“当时问题的症结所在，就是联军对山西进军一事，主张分歧。李鸿章的意思，希望借重李提摩太先生的关系，来设法阻止联军向山西进攻。倘使能将山西教案作一合理公平的解决，就使交涉上便利的多了。同时他还拨出库平银75万两，作为山西殉难教士的抚恤金，交付李氏处理。李提摩太先生由叶大夫处知悉我来京消息，次日即来访我，我们二人当天曾作了一次很深很长的谈话，谈话内容是先将教案之经过详细说明，其次将拳匪倡乱动机仔细剖解，结论指出，此案之发生，纯因人民无知所致……
“李鸿章虽身为议和大臣，而清廷却无人主政，办理交涉，颇费周章，尤以德法意三国力主向山西进军最感棘手。由我对叶。李两氏说明山西教案之真相，而英美乃坚定立场，决定由联军要求清廷惩办祸首毓贤等，不再进军扰民。于是联军人攻山西计划，就因外交之折冲而作罢。
“联军方面的放弃山西，连李鸿章都觉得有些奇怪，他摸不清联军的态度何以会由强硬转为缓和了，就向各方面打听其中的原故。……吴挚甫（汝给）知道联军态度转变，其中有一部分是我的作用，所以就把这始末根由向合肥（李鸿章）说了。
“合肥那时已经七十有八岁了，凭他几十年办理外交的经验，知道折冲是很难办的一回事，这个刚刚走出茅庐的后生晚辈，居然可以片言解纷，化干戈为玉帛，替国家在外交上解决了重大的困难，使他非常警异，凭着他那喜欢‘奖掖后进’的脾气，立刻命吴挚甫……来找我，约去谈话，并且想要邀我出来‘参办教案’，给我一个‘帮办洋务’的名义。但是我因前时曾发誓不与西太后主持下的政府合作，同时觉得要为国家做事非求新知不可，所以就谢绝了李合肥的好意。
“后来我想起山西那几位被害的传教士，有两位是美国人，曾经托我把他们的信送回家去，我借着这个机会，何不到美国去一趟，而且顺便在美国读书深造呢？我把这个意思间接和李鸿章说了，李鸿章很表同意，……发给了我一个赴美的护照，动身的时候，李鸿章还电我国驻美公使伍秋府关照。这种殊荣，简直就不是我始料所及的了。”
据说，当时孔祥熙在太谷冒险援助教士，并在北京进言洋教士促成山西教案的解决之事不胜而走，很快传遍了潞河书院，师生们引以为荣。事后当他返回学校时，校园内竟组织了自发的欢迎活动。在欢迎的人群中，有一位在太谷被孔祥熙救出的洋教士麦纳女医生，她是专来潞河学院搜集有关孔的资料的，并曾专程去过太谷考察孔氏家世。后来，麦纳以孔祥熙和与另一位也曾营救洋教士的潞河学生费起鹤的事情为题材，写成一部名为《华夏两英雄》的书在英国出版。
实际上，当时无论是孔祥熙与外国传教士的密秘接触，还是李鸿章与八国联军的公开议和，结果都是以牺牲中国人民利益为代价，来换得外国侵略者的满足和清朝反动统治的苟延残喘。同时，必然会出现这样一幅凄凉的画面：一方面是爱国志士被屠杀示众，另一方面则是传教士又卷土重来耀武扬威。此真所谓“反帝爱国有罪，侵略卖国有功”啊！