看来，大部分留学生已经学到的主要教训似乎是理解了民族主义的重要性。他们在日本的感受必然使他们在同乡观念中增添了一种日益强烈的中国人的意识。在神田，由于中华民族和中国特点这两种觉悟的鼓舞，一个全国性组织开始形成。神田的中国学生会起了使学生团结一致的重要作用。辛亥革命前不久，美国人办的基督教青年会（也设在神田）能够利用它不受日本人约束的地位，使其规模超过了日本人办的早期的学生会馆。但它们都被用作集会场所，都促使同乡观念与民族主义相融合。同乡意识从未丧失过，大部分留学生首先与本省人集会结社。对革命组织的详细研究表明，它们招收成员和做报告都是通过设在东京的各省同乡会进行的。但留学生的聚集地与革命一样，也把同乡渊源与民族觉悟融合在一起了。
日本在许多方面为加强留学生的民族意识做了工作。恩施态度和民族歧视当然起了重要作用。日本人对中国和中国人长期存在的敬仰心情已在中日甲午战争中表现的自负心面前烟消云散，关于这场战争，日本政府和人民都认为是文明与中世纪精神之间的一场斗争。在西方不平等待遇面前经过了几十年的长期耐心等待之后终于战胜了中国，这件事产生了影响日本社会和思想意识等一切方面的沙文主义。民间的印刷品、传说和诗歌以及狂热的歌曲，都被用来灌输和加强突然爆发的廉价和哗众取宠的爱国主义。到日本的中国留学生必然首当其冲。他们的国家已被视为一个弱国，一个无准备的和非现代化的国家。幸德秋水指出，“在对华战争时，日本人的爱国主义空前极端地发展起来了。他们藐视中国人，骂中国人软弱无能，还痛恨中国人。而且这些不只是用言辞来表达；从白发老人直到幼童都对这四亿人满怀着血腥的敌意。”留学生就这样深受嘲弄和蔑视。街上的顽童集中嘲弄他们的发辫，并且跟在他们的后面高声叫喊“清国佬”。
这种环境经常提醒中国人，叫他们不要忘记自己的弱点和失败。一部叙述中国留学生的小说描写说，甚至日本的苦力也撂下了人力车转身问乘车的中国留学生是否知道日本刚打败了俄国，还问这个胜利是否使他们产生嫉妒之意。
可以预料，其后果是激怒了留学生，促使他们剪辫子，易西服，自充现代化。景梅九描述他最初几次与同校的日本人用汉字笔谈的情况。他们说：“辫子不好看，剪了好，我们称豚尾。”在羞辱的驱使下，他直奔理发馆，打着手势要剪辫子。
这种蔑视的态度终于与中国一词联系了起来。“支那”一词可以追溯到唐代，当时此词通过从印度传入的佛经而在中国语汇中使用。虽然此词日本人已在德川时代后期和明治时期用得很多，但仍与“清”交替使用，中日甲午战争仍被称为日清战争。此后，日本人越来越多地使用“支那”一词；在学生运动初期，因为它具有含蓄的颠覆性的暗示，而又可以回避提清王朝之名，所以学生曾被此词所吸引。但随着“支那”逐渐与在街头呵斥追逐中国人的孩子们联系起来时，它就使人联想到中国的虚弱。在民国时期发生的一些灾难和二十一条要求以后，中国人的愤怒变得愈加厉害了。但在明治时期，这个过程还刚开始。
日本通过示范，对中国的民族主义作出了更积极的贡献。明治时期的最后十年是日本民族因成就而产生的自豪感蓬勃高涨的十年，它明显地表现在与英国的结盟和对俄战争的胜利上。日本的民族主义对一些甚至非常不关心政治的留学生也有深刻的影响。一个年轻的河南人在日记里对他的学业或环境不怎么关心，但对日本人的爱国主义却感到惊奇。乃木将军在旅顺口丧子的故事赢得了他的钦佩；他写道，甚至日本姑娘也如此爱国，以致她们之中很少有与中国留学生结婚的。梁启超描写了上野青年参军时其亲戚朋友热烈欢送他们的场面，他说他看到一面旗上写着“祈战死”三字。他写道，见此情景，不禁为之矍然肃然，不能忘怀。日本人有“大和魂”，对中国来说，最紧迫者莫过于发展“中国魂”。梁启超随即强调，最迫切需要的就是确立自爱心和爱国心，这样国民就会爱其祖国。要分享强盛只有起而仿效日本人的自爱和爱国心。日本法学家穗积八束的《国民教育：爱国心》刚问世，就立刻被北京大学堂官书局作为教科书翻译出版。许多论述爱国主义方面的日本著作和传记很快都有了中译本。
由于学生运动充当了培养中国民族主义的温床，所以留学生的人数自然而然地随着政治情绪的高昂或挫折，时而增加，时而减少。从数字看，留学生在1906年以后锐减，虽然人数依然很可观。人数减少的另一个原因，是对许多人在东京所受教育的质量越来越不满。有些观察家认为，这种不满情绪似乎是与那些受教育者质量下降的状况相符合的；事实上，日本刊物开始觉察到，优秀的中国学生正被送到其他国家，只有不很合格的才来日本。这些看法也许有些根据；美国首先免除了义和团之乱的赔款，作为1908年中国学生的教育经费，而日本人直到1924年才开始这样做。对准备差的学生不加控制地涌进日本所造成的破坏性影响，中国政府的调查报告和它的代表们开始表示惊慌不安，于是清政府的章程开始规定选拔学生和选修课程的标准，同时禁止受短期训练。日本的教育当局会同执行这些章程，以便管理留学生。这样，又转而引起留学生对本国政府和东道国的愤怒。根据学校毕业生的数字，教学质量可能改进了，但学生组织和不满情绪也随之加强。1907年两国达成协议：日本最好的国立高等学校将向中国留学生开放，让他们学习正规课程；因此在以后两年中，有四百六十多名中国留学生在这些学校入学。1911年6月，中国政府安排在北京开办一所预科学校，以便培养到日本高等专门学校求学的学生。到中国的月本教师的人数也有增加，他们有的自办学校，有的也在中国学校任教。
东京和北京的观察家们和官府的忧虑，因留学生变得日益自觉、激动和警觉而与日俱增。对他们的每一次冒犯只会更激发他们的民族主义，并且使他们的东道主和赞助人感到不便，往往还感到惶惧。1902年，章炳麟等人预定组织一次集会来纪念明朝的末代皇帝，但在最后时刻被日本当局取消了。同年，中国公使蔡钧决定拒绝为九名自费留学生在成城学校入学提供必要的保证。一批留学生拒绝在公使接见他们以前离开公使馆，这时公使馆就召来日本警察抓人，这就给留学生以口实来指责中国当局使用日本警察，要他们把本国国民从享受豁免权的中国使馆中赶出去。由于学生们早已听到蔡钧已经上疏北京，说他们中间有人倾向革命，所以他们的愤怒更趋于白热化。被捕和被驱逐出境的吴稚晖在被押送经过东京的锻冶桥时，企图跳河自杀。梁启超也卷进了这场纠纷，他在他的《新民丛报》中谴责公使是“文明之敌”。实藤调查了当时的十四种报纸，除了两种保持中立外，其他都支持学生。经过日本官员和私人的广泛调解，达成了放宽学生保证这一规定的妥协。同时，中国公使馆任命一名官员担任学生监督。此后不久公使被替换，这九名留学生即进入成城学校就学。
第二年，中国政府把攻读军事的留学生转到一所为入日本军事学校而新办的预科学校。这是中国政府针对新公使的呼吁所作的相应措施，因为新公使提出，日本陆军着重忠君爱国，服从长官，无不服管教或反对政府之危险。清政府作出规定，将选派一百名十八至二十二岁的官费留学生去受军事教育。同时，东京大学教授寺尾亨办了一所学校，使自费留学生也得以受军事教育，尽管北京政府抵制这种学校。
1903年中国留学生成功地组织了一次行动，反对把中国少数民族和福建人的产品放在大阪博览会的人类馆中展出。大阪商人也参加抗议。但到那时为止，这些纠纷都没有导致中日对抗。由于这些年来日本反俄思潮泛滥（寺尾亨教授就是积极推动战争的“七主战论者”之一），所以下一个事件，即发生在1903年4月和5月以拒俄为主要内容的事件，就更不可能发生对抗了。这次运动的引起是由于俄国拒绝按期撤出满洲和俄国对华提出了它开始否认后来又承认的“七条要求”（奇怪的是它们竟先于1915年日本的二十一条要求），因为俄国人想长期在满洲盘据。中国的留学生从日本的报刊收集情报，这些报刊对将会长期危害日本在满洲利益的可能入侵非常警惕。没有明显看到日本支持和煽动学生举行示威的迹象，而且事实上日本政府还因害怕造成外交麻烦而加以阻挠和禁止，但是示威活动无疑与日本的舆论是一致的，并且还受到后者的欢迎。留学生自己在神田学生会中组织起来，组成第一个拒俄义勇队，后来又组成学生军。留学生在慷慨激昂的场面中签名发表他们视死如归的声明，并且派代表回国敦促袁世凯总督宣战。不过袁世凯的属员反而劝他们再去读书。中国政府在英国和日本的支持下，拒绝了俄国人的要求。日本外务省在接见北京的代表后，警告留学生说，他们的活动正在给日本带来外交上的麻烦。正在这个时候，运动夭折，其组织改为毫不掩饰其革命意图的军国民教育会。这一连串事件对利用各省刊物和学生会主要学生组织来调动各省学生的支持是很重要的。留学生中象黄兴和陈天华等非常重要的人物，也乘机进一步进行民族主义的和反满的煽动。
到此时为止，留学生的活动名义上是针对外国帝国主义和反对蔑视中国的民族尊严和主权，而不是反清。但它仍表现了日益强烈的反北京政府的倾向。与上海几个不满分子中心的联系是密切的；而东京各省同乡会发行的刊物，使全中国都惶惶不安。邹容撰写并有章炳麟作序的激烈反满小册子《革命军》1903年首先在上海出版，同时有香港和东京的版本。冯自由认为它的发行总数达一百万册。最近的研究已把这本著作与其他三本书（即章炳麟对康有为改良主义的抨击，以及陈天华在拒俄运动后不久写的《猛回头》和《警世钟》）列为革命时期最重要的小册子。
1905年发生了留学生与日本教育当局的冲突。那年11月，日本文部省公布了一套《清国留学生取缔规则》。其中第九条和第十条专门规定学校应保证留学生住在具体分配的寄宿舍中，并对他们进行管理；学校要监督学生的行为，拒绝可疑的人入学，并停止犯规学生的学籍。这一规则体现了中国人和日本人的关注，因为张之洞已经因学生的闹事和激进主义而变得十分惊慌，所以他警告说，八千多名留学生的思潮充满了革命的危险；但他又说学生十之九受胁迫，煽动肇事者不足什一。留学生立刻抗议，说此项规则是对他们的歧视，因为规则单单不给他们享受日本人享受的宪法自由，并且指责规则具有政治目的。原来推动留学生来日本的各省同乡会和出版物马上又煽动他们退学以示抗议。大批学生归国，没有归国的几千名留学生则罢了四十天课。为了解决这场纠纷，日本驻北京公使内田康哉和张之洞还进行了几次谈判。
在谈判进行时，日本当局开始担心留学生的骚乱。12月7日，《朝日新闻》认为罢课是由于留学生对规则及其目的的误解引起的。它一开始就指出：“东京各地区学校的八千多名中国留学生的罢课成了一大问题。罢课的理由是站不住脚的，它是由于留学生对文部省规则进行了极为狭隘和片面的解释而引起的不满造成的；它还起因于中国国民似乎特有的放纵卑劣的意志”。当时尚未积极参加罢课的陈天华花了大半夜写就一份遗书，号召同胞们永远不要忘记“放纵卑劣”这四个字。“惟留学生而皆放纵卑劣，则中国真亡矣！”次日，他在大森跳海自杀，这就使他的遗言更有分量了。他在遗书中写道：“时时勿忘此四字，而做此四字之反面，坚忍奉公，力学爱国。”结果，几乎有两千名留学生返回了中国。随着罢课的深入发展，日本议会议员和其他领导人介入了讨论，于是学生运动再也没有恢复它早期的劲头。对学生的住宿要求不可避免地放松了，到1906年1月罢课开始缓和下来。
罢课为中日两国学生一起行动这一少有的大规模尝试提供了机会。虽然许多人私人之间结成友谊，但大部分中国留学生很少有机会在任何社交或非正式场合了解他们的日本同学。1906年1月，发起了成立中日学生会的活动。成立大会有一千五百名学生参加，他们听了大隈伯爵、青木子爵和其他知名人士的演说。大隈又把中国与四十年前的日本相比，并且指出中国学生留学日本的必然性。马相伯号召中国留学生爱国勿忘学习，学习勿忘爱国。有些留学生获得了更有意义的个人感受。鲁迅后来在赞扬他的导师藤野教授时说，藤野在借给他笔记和检查他的笔记本时的关心是如此引人注目，以致他担心其他学生会指责藤野偏心。但中国留学生回忆录中更常见的，是对日本人傲慢的愤慨和对本国软弱的体会的记载。北一辉后来指出，弱者和强者很少能成为朋友；很明显，最近才弱起来和最近才强起来的人们，在象中日两国那样关系复杂的情况下，似无成为朋友之可能。
尽管留学生人数稍有减少，并且入学的人逐渐只限于更加合格和认真学习的学生，但学生运动逐渐成为产生动荡、不满和行动的重要源泉。在清代的最后几年中，在东京的中国各省的和全国性的留学生组织一直警惕地注视着对中国主权尊严或真或假的侮辱。和其他列强一样，日本人在这些事情上常常有些过错，甚至为了革命者的利益（这些利益可能更合学生的口味）而去冒犯北京的尊严时也是如此。在连续发生的铁路借款和争夺势力范围的纠纷中，留学生发现不乏可以用来保持他们政治觉悟的事件。