虽然无疑问的是，人口压力是晚清叛乱的根源，但也应该注意，这种叛乱的火焰在新开发的边疆地区比在人口稠密的长江、珠江及其流域更容易点燃。因此，人口压力的后果通过清代的大量国内移民而扩散开来，而在从十八世纪初年起就已出现人口不断涌入的地区一般最容易发生叛乱：例如在台湾岛、四川省多山的边区、广西省落后的农村和湖南贵州交界线上土著苗民的寨子等地方，即是如此。这些地区的社会特点仍然未经充分研究，但是从中也可以发现有几种促使发生叛乱的共同因素：一种强烈的共同体或少数民族的心理意识——它因边境地区人口的复杂种族来源而变得尖锐化，而且常常由于语言歧异而得到了加强；另外就是高度军事化组织，这是由于边境地区的土匪活动或村社械斗的需要而产生的。随着十九世纪社会危机的加深，在这种情况下发生的叛乱往往扩展到平原和三角洲的定居人口中而取得不同程度的成功。
汉人和满人对中国中部和西部土著社会的压迫，部分是由于清政府在原来自治的地区推行正规官僚统治的结果，部分是由于汉民迁移到内部山地边区寻求农业土地的结果。所谓“改土归流”的政策开始于十八世纪二十年代，引起了苗民的猛烈反抗。接着便发生了一系列苗民起事，它们在整个十八世纪以及十九世纪的好多年内一直持续不断。苗民叛乱招致文武官员的进一步高压。叛乱苗民的土地被国家没收，一系列军事要塞建造起来以支撑在苗民地区建立的政府权力。随着清政府的行政和军事控制，汉族移民前来寻求土地，汉族商人和高利贷者前来追求利润。
湖南贵州边境1795年苗民大叛乱之所以发生，显然是“客民”——即寻找土地的贫苦的汉族移民——大量涌进边境地区的结果。虽然政府也曾试图在十八世纪后半期控制这一移民趋势。但移民的压力已显得太大，控制行动也太不得力。到1795年，已没有有效方法来拦阻大量移民了。移民和地方官及书吏在一起，发现苗民为容易掠夺的对象，苗民土地开始迅速地转入到汉人手中。苗民领袖石三保和石柳邓领导的1795年初的武装叛乱，促使大量清军分遣队进入了苗区。冲突是长期而残酷的，只是在1806年才以最后粉碎苗民的抵抗而告结束。
叛乱迫使清朝的官员注意到必须稳定边区汉苗民族关系这一紧迫问题。负责残酷镇压苗民的县官傅鼐，起草了据以严密监督汉苗关系的条例。建立了军事农垦地（“屯田”），它的双重目的是把汉移民和苗民都置于军事纪律之中，同时建立汉人的民兵力量来保卫政府当局。贸易只许在官方严格控制下在指定地点进行。苗民头人可以担任象苗弁这样的地方职务，汉人衙役则禁止进入苗民村寨。这就是要求把种族间的接触减少到最低限度，同时就不会发生双方土地互相转让的情况。地方官员后来又感到很难保持军垦地的统一性，因为有大量移民继续涌了进来。下面种种原因事实上导致了进一步的冲突：在政府没收的土地上要求苗民佃农付出高得使自己无以为生的佃租；傅鼐精心制订的政策，即引进汉族教育和禁止传统的宗教仪式活动来摧折苗族文化。1855年又爆发了大规模苗民起事，一直延续了十八年。这些事实上是与汉人文化世界相隔绝的苗民群众的起事，与汉人的叛乱没有产生过持久的联系。然而它们却是晚清社会内部正在产生的无情的人口压力的征兆，即它们表明中国人开始蚕食当时看来是他们最后的边疆。
通常被称为“三合会”（Triads）的会社实际上是一种组织松 散的结社，它有许多不同名称，例如三合会、三点会、天地会，或者集体地称为洪门。这种三合会出现在清代初期，或许是去台湾的福建移民所创建。它们在十八世纪流传到大陆上的福建、广东和广西诸省，到十九世纪的开头数十年已发展到长江各省。这一结社的最初成员是内陆河渠上的劳工和船户、流徙的城镇工人以及官府中的小吏员。它也变成了海面和陆地上匪帮效忠的中心。三合会势力的扩展显然与清代社会的某些主要发展趋势有关，特别是与国内移民、城市化运动和国内外贸易的发展有关。其中每一个进程都产生了象下面这样的人民群众：他们传统的社会纽带已经削弱或被割断，只有秘密结社这种假亲属结构能够给他们以安全、互助和组织安排。
从国家的观点来看，这些秘密结社最危险的方面是，它与诈骗及盗匪活动相结合就可能最终导致叛乱。但是三合会的犯罪的一面和政治表现是可以截然分清的。结社的基层分会（“堂”）是盗匪帮伙、走私者和沿海海盗的理想组织形式，它们的成员多少脱离了定居社会的母体。同样地，它们的内部联系和纪律是用来在集市和城市中搞欺诈和赌博活动。它们的成员之所以免受告发，是因为有人渗透到了衙役中间。它们在这些牟利领域中活动的主要目的是想与正统社会求得共存，以便利用它为自己谋利，而不是想搞垮它。
但是，秘密会社也是南方诸省的无望的、但又是坚持不渝地忠于明室思想的汇聚地。它们的仪式和政治倾向都是为了复辟（“反清复明”）。它们反满的调子是斥骂北方入侵者，因为入侵者篡夺了王位并败坏了汉人土著文化。然而，这些南方会社的思想意识中没有什么东西表明要推翻现存的社会和政治制度。它们的观点不仅是复辟派的，而且还有些保守派色彩，因为它们在力求加强内部纪律方面所用的语言是以传统的亲属原则为基础的。它们的平等主义与真正血缘家族中的平等主义没有什么不同；在这种血缘家族中，（理想地说来）经济竞争受到压制以利于血亲集团范围内的互助。他们对于君主和官吏的看法完全是传统的看法。恢复明室的思想仍然是用来发起零星的地方反抗的正当理由，但几乎不能成为推动社会变革的工具。
可是，十八世纪末和十九世纪初的社会危机产生了三合会行动主义的浪潮，也造成了秘密会社社会性质的异常的变化。1786年台湾移民集团在三合会领袖林爽文的领导下爆发了大规模暴动。虽然它很快地被镇压下去，三合会的活动在后来几十年内在大陆上迅速蔓延，导致了福建、广东和广西许多县里的地方起事。在十八到十九世纪之交，三合会参与了安南人支持的、骚扰中国南部海岸的海盗活动。十九世纪最初几十年，三合会的影响扩展到了湖南与江西交界的南部多山地区，即横跨在从广州北上的贸易和走私道路上的地区。到十九世纪中叶，秘密会社已在某种程度上深入到了湖南广西边境地区的少数民族中间。
但对政府说来，更加危险的是秘密会社新近在珠江三角洲周围富庶诸县组织定居农民的能力发展了。这一过程似是开始于十九世纪四十年代，它标志着该会社的社会基础有了明显的变化。它们的组织原来主要在城市和贸易道路上的破产者以及在山间和海上的亡命者中间招兵买马，现在能在富饶的三角洲诸县的定居社会中占有一席重要的地位了。其原因至今还不清楚。练武术（包括传统的拳术）的三合会会员在互成世仇的宗族中间找到了方便的庇护所。或许更加重要的是，三合会有能力使一部分农民抱有得到集体保护和在经济竞争中幸存下来的希望，因为他们得不到正统家族制度的好处。以公共捐赠的田地及其收益为形式的宗族的资产往往归富户豪绅掌握；它们的利益很少泽及贫苦农民。在人口过剩和激烈的经济竞争的情况下，濒临赤贫境地的农民可以通过加入三合会会堂得到幸存的机会。三合会会堂的网络结构也向西延展到广西省的各河流域，它们在这里变成了小股盗匪和走私活动的大本营。由“米饭主”主持的会堂的公共金库把赃物分给会徒。虽然这种组织与流浪的盗匪建立了紧密的和谋求财物的联系，但它们本质上仍然保持着地方的性质，之所以如此，是由于村庄和集市社会中有尚待填补的社会和经济需要。
这种由共同神话连结起来的信徒们的网络结构使广泛的动员有了可能性；所以紧接在鸦片战争的大破坏之后，广东的分裂的社会产生了一些更加野心勃勃的三合会冒险活动。从十九世纪四十年代中叶开始，人数达数千人的各股三合会会徒开始集结；它们侵占城市；广州城也受到威胁。地方民团和政府军队的镇压行动只取得了暂时的成功。高潮是1854年红巾军的大规模暴动，数万名三合会会徒攻占了许多县城，包括广州西南的大镇佛山在内。但是在他们最得势的时候，叛乱领袖却失去了势头。他们的恢复明室的口号没有得到地方名流的支持，同时他们想建立文官政府和整饬掳掠行为的企图使他们与其追随者离心离德。城内的三合会被隔绝，得不到乡村的支持，因为地方名流领导的、以宗族组织为骨干的民团与之进行了激烈的战斗。民团得到政府的坚决镇压行动的帮助，使红巾军在1855年初被击溃。由于没有新的、令人相信的皇室旗号可资利用，又没有新的社会幻想足以动员和训练它们的徒众，这些秘密会社便注定地陷入了瓦解和失败的命运。
以三合会来衡量，白莲教不是一个秘密的会社，而是一个虔诚的宗教信徒集会的网络结构，它是西起四川省东到山东省这一地带几个省的民间宗教的主要传布工具。这一教派发源于十一世纪的一个世俗宗派，是更古老得多的佛教净土宗的继承者。它的僧侣能结婚，主张吃素和念诵白话经文，这使得它同时受到正统佛教僧侣和儒家文人的反对。白莲教由于扎根在地方社会中，它所信奉的经典因地而异，而且各个教派的信仰是兼收并蓄的。白莲教在它原来的阿弥陀佛教义中又增添了创世的神话和民间道教的养生法，以及弥勒佛的千年太平说和摩尼教教义。这后两种因素看来是使它参与叛乱的手段。“未来”佛——弥勒佛——的降世表示要进入世界历史的最后阶段和建立一个和平与富饶的盛世。而且一个降生的摩尼教神祗——“明王”——将在世界最后大劫难中使光明战胜黑暗。象三合会那样，白莲教在各地方的村社中有一个普遍的、分权主义的组织基础。另外，它与三合会不同的是，它把热诚的信仰和叫人非信不可的末世论具体化起来，使这些宗教因素能够动员广大的信徒群众起来反对现存的国家制度。
还有一点与三合会不同，白莲教以能够回顾自己的一个重大的历史功绩而感到自豪，即它在十四世纪中叶的大叛乱中帮助打垮了异族的蒙古王朝。虽然它在元朝的继承者明朝的统治下遭到残酷的镇压，可是在明代快要垮台之前，这个教派仍然不断地参加了动荡不安的十七世纪的许多次起事（最著名的是1622年的山东叛乱）。
它在清初的地方社会中挣扎着生存了下来，但直到十八世纪的最后二、三十年它才又开始显示出大肆活动的新迹象。
乾隆时代重新恢复起来的白莲教领导是由教首们组成的松散的网络结构：这些教首的地位是通过世袭获得，他们的内部关系则是通过师徒的纽带结合起来的。他们的信徒用捐钱来支持他们，有些人便当上了游方的传教师，并把白莲教教义传布到了许多省份里去。例如，未来的叛乱基地鄂川陕地区是由河南和安徽来的人广为传道而改变了宗教信仰的。政府的迫害实际上反而使这种传教活动得到了发展，因为它的领袖们总是迁移住处以避免被抓获。使白莲教恢复活动的先驱是河南人刘松，他早在1775年便被认为是白莲教的组织者，并被驱逐到甘肃省。他的传教事业被他的主要门徒刘之协所继承，后者显然是一位有魅力的人物和能干的战略家，他马上宣称发现了明宗室的合法后裔，并且宣布刘松的一个儿子是弥勒佛转世。这些启示性的政治信条是爆发人民叛乱的强大推动力。恢复明室的思想（与在元代有恢复宋室的思想一样）看来是一个附属要素，一个主要是乞灵于汉族种族主义的机会主义提法，而不是白莲教教义的一个组成部分。刘之协负责在湖北西部建立了许多组织，但他没有能够把领导权集中在自己手里。他的一个门徒与他闹分裂，自己另外招募了一批追随者。各地方的组织迅速发展了自己的领袖，但它们只把刘之协等人在精神上尊为巡方式的先知。
1793年，政府意识到了叛乱迫在眉睫，下令调查整个中国中部的白莲教组织。对地方政府中掠夺成性的人来说，这证明是一次特许他们敲诈勒索的好机会，于是农村笼罩上了恐怖的统治。白莲教的组织在被迫要么出钱或要么教徒死亡的情况下，纷纷拿起武器自卫。湖北西南部的宜都和枝江等县由于附近的湖南和贵州在1795年爆发苗乱而实行了军事化措施。在白莲教的影响下，这些地方自卫组织变成了抵抗的核心。这些武装起来的村社面对着不可忍受的官吏压迫（地方官还往往暗示它们与苗民勾结），便于1796年2月爆发了公开的叛乱。叛乱沿着湖北西部边境山区迅速向北扩展，并且迅速席卷了湖北、四川与陕西的三省交界的地区。白莲教徒从一开始就缺乏保卫和治理战略城市的能力。他们攻占过行政中心，但都不能长久占领。白莲教徒退回山区中的设防乡村，袭击山谷里的市镇来取得给养和征集兵员，顽强地抗拒派来消灭他们的清军。
中国民间宗教和叛乱之间的关系是一个难以解释清楚的问题。铃木中正和奥弗迈耶等人的最近研究表明这种糅合诸说的教派，如白莲教和它的许多地方性变种形式，主要的宗旨是拯救灵魂和治疗疾病，因而这些功能便形成了它们村社集会的主要重点。怎样说明这些信神的村社教派与大规模反王朝叛乱的爆发之间的历史联系，这已经成了研究传统中国叛乱的主要课题。由于华北及华中诸省受佛教影响的教派同华南秘密会社之间在形式与宗旨上存在着混淆不清的现象，所以这个研究题目变得复杂了。如果说三合会包含有一种充分发展然而是暗藏的、结合在秘密结社的仪式中并有神话做背景的反王朝意图，那么，民间佛教宗派难道就一定不会出现这种情况吗？禁欲式的摄生法和虔诵佛经，不是也可以作为掩饰得很深的政治意图的掩护物吗？
白莲教信条的复杂性确实能起到巧于解释的作用。摩尼教与弥勒佛的混合信仰中有一种启示性的说教，在社会和政治状况处于最恶劣的时候它能起到它的历史作用。救世主的降临，不管是摩尼教的明王还是“未来佛”（弥勒佛），都能够预示一切世俗制度将有变化，从而在分散的信徒集会组织之中点燃武装暴动之火。深深地融合在白莲教观点和教义中的这些千年太平盛世的预言，能够在经济极端贫困和政治极端压制的时候起到号召公开叛乱的作用。
看来这时白莲教已扩大它的队伍了，这些新参加进来的人拥护千年太平的幻想，但不一定学什么禁欲的摄生法，也不一定具有原来集会组织中的那种虔诚的献身精神。与此同时，巡方领袖如刘之协等在地区分散的地方组织中促进了较大的团结。个别集会组织现在在会员之间发展更大程度的互相依赖——包括用军事化方式进行共同防御，借以应付日益恶化的社会状况。
但集会组织内部的发展并不能充分说明白莲教运动终将显示出来的军事能力。只有把信仰向外面传布出去并与惯于暴力方式的集团建立联系，才能爆发大规模叛乱。白莲教现在与之结盟的那些军事化的集团（铃木中正称它们为“老百姓中间的军人集团”）必须同白莲教教派本身区别开来。虽然边境地区的武装匪帮也信奉白莲教的某些宗教信仰，但这些集团却有另外的传统，即精于老百姓当中细心训练和传授的“武术”，它包括为了自卫而操练的徒手拳术和棍棒对打的技术。正是这样一些集团，而不是个人主义的、以祈祷为能事的、以期望超度为宗旨的一般白莲教教派，形成了叛乱的军事骨干。虽然对“军人集团”与宗教教派之间的主要联系尚待提出有效的证明文献，但大致上可能是这样一种情况，即这种联系一旦形成，就成了白莲教和其他类似的叛乱所不可缺少的因素。
就白莲教来说，“军人集团”的主要组成成分是“啯噜”股匪，它们的起源可以相当肯定地追溯到乾隆初期。“啯噜”在三省边区的森林里过着军事化的股匪生活，但在某种程度上仍和农民社会维持着正常的关系。在特定的情况下，他们与村寨中的自卫队（“团”）的领导形成了互利关系，也与基层地方政府中的衙役和保甲长形成了互利关系。这种武装的黑手党掠夺地方社会而不需要进行战斗。由于“啯噜”被认为在叛乱时期在白莲教中起过重要的作用，所以应该有理由假定，他们早已与地方上的宗教教派建立了联系。从这个意义上说，他们颇象南方三合会传统的“堂匪”，后者也包括武装的小集团，这些小集团是和现存社会单元中的生活及活动紧密地连结在一起的。
与“啯噜”紧密连结在一起（或许形成为他们的一部分）的是私盐贩子和诈骗犯，国家对这些人曾经采取过武力镇压措施。私盐问题特别重要，因为它是十九世纪华北发生的许多叛乱（包括十九世纪五十年代和六十年代的捻军大叛乱）的根源。促使陶澍等省级官员之关心改革官盐制度，其部分原因就是出于私盐问题所产生的社会动乱。当鸦片在十九世纪三十年代和四十年代变成最有价值的走私物品时，这种动乱形式也出现在南方诸省。
在评价白莲教教派本身与整个白莲教叛乱的关系时，重要的是要看到在官方估计的叛乱者人数表面下的东西。实际上形成信教者内层圈子一部分的叛乱者所占的比例，一定比人们想象的要小得多。许多与白莲教毫不相干的地方农民起事，也由于清代行政法律的特点把它们错划了类别。例如当某官员的官署被叛乱分子夺占，如果这事件是由于他们自己的吏治不当引起的，他应受严厉处分；但如果能证明这些叛乱分子属于“邪教”，那他就只是丢官了事。官员的报告有假，自然是不足为奇的。据一位御史在1800年估计，由真正教徒组成的白莲教军队不会超过全部人数的百分之十。
虽然清军在1793年在保卫西藏藩属的好大喜功的战役中打败了尼泊尔的廓尔喀人，这曾使北京感到高兴，但它此后不久在中国本部的表现却显示了清代军事已把锋芒丧失到什么程度。政府把讨伐苗叛的领导权最初交给了满人福康安，此人与乾隆帝有姻亲关系，也是和珅的密切伙伴。和珅的弟弟和琳也参与了他的讨伐。当时的非官方记载指责他们说，他们生前就把军事拨款用来肥了官吏们的私囊，并且让高级指挥官在战场上过舒适生活。他们掩盖盗用公款的手法是一味乐观地谎传捷报。征苗之役的性质很容易做到避免战斗和谎报斩获数量，后来的讨伐白莲教之役也是这样。汉人和苗人正规军用传统战术打击游击队，即主要用追捕游击队首领的办法来搞搜索和歼灭行动。平民伤亡过多和农民村庄被毁，这些都是不可避免的代价。乡村被破坏的惨状与有城墙的城镇的命运形成鲜明的对照，因为大部分城镇从未被叛军占领，也没有被长期围困过。将军们在叛军进攻时宁愿撤退到这些设防地区，听任叛乱分子随意劫掠乡村，而且常常不许农民进城来避难。因此，乡村——它们保护带兵统领们免得因丢弃城镇给叛军而遭受严厉惩治——便成了代城镇受难的替身。
在历次战斗中被杀的“敌人”的组成成分从来是不清楚的。对这些战役的指挥进行批评的官员们报告说，大部分死者不是叛乱分子，而是被裹胁来作战的农民（“胁民”），他们或者是被暴力驱使而来，或者是出于私利来的；而且在事实上，他们在战场上的对手往往不是官方的正规军，而是地方的乡勇。
福康安与和琳都在1796年殁于战阵，比和珅早死三年。次年，征苗的将军们开始转移到湖北前线来打白莲教造反者，在苗区留下了约二万官军。1800年以前官方在这两条战线上恢复秩序的努力不断遭到失败，这显然是与战场上的官吏当初给皇帝谎奏胜利消息（他们的继任者对这种谎报不敢指斥其非）有关，也与嘉庆帝因他的父亲还活着而一般地不能乾纲独断有关。尽管和珅在军队中的两个心腹已死，上面两个因素似乎反过来说明了他的影响是广泛存在的。
现在得让地方官吏自己执行镇压措施了。他们借鉴明代以来的一项行政传统，在战略村（“寨”）的基础上建立起了地方控制系统。他们把老百姓和谷物都集中在寨子里，不让这些人和物资敌。随着最著名的战略村战略家龚景瀚最后把它定型，人们把这种行动称为“坚壁清野”。寨的组织以现存的保甲制度为基础，用来补充以“团”这种编制为基础的新的乡勇征募制度。龚景瀚等官员在举办民团时依靠的是地方名流，在这些人中已有许多人在举兵保卫自己的家乡了。所用的办法是给这些地方领袖加官进爵，把他们拴在官方的责任制度上。新任命的两位讨伐白莲教战役的指挥官明亮和德楞泰于1797年正式向清帝提出了这个办法。他们建议，在叛乱时期应建造小型的地方性堡寨给农民提供庇护所。他们认为，这样会鼓励县官们组织他们自己的防御，不用求助于中央的军事力量了。它也会保卫农民，使他们不致被迫加入叛匪。清帝驳斥了这一建议，严词指斥了倡议者，并且重申他赞成现行办法，即继续追捕叛乱领袖。
直到两年以后，即在和珅死后不久，上述方案由勒保等人再次提出时才被采纳；后来它成为胜利地打败白莲教叛乱的基础。清帝这个一百八十度大转变的决定是否可以归因于和珅的废黜？当然，新政策会威胁到以中央政府为中心的那个军事庇护制网络结构。它意味着要分散决策和征兵的权力，减少对中央调拨的军需和资财的依赖。反之，之所以需要实行这样的分权，直接的原因似乎是中央集权的军事机构已没有能力打一场游击战争了。虽然和珅的当权放慢了采纳这个政策的速度，但“坚壁清野” 策略却是另外一个例子，它说明有关方面在大力寻求各种办法以解决那些旧式官僚组织不再能解决的问题。
在采用这一策略的动机中有一个复杂的因素，这就是官方记载中的“胁民”的显著作用。所谓农民非甘心情愿地被胁迫参加叛乱的概念，不符合当时同样被人经常提到的“官逼民反”的事实。白莲教蔓延的速度之快和范围之广都表明，它的根子是在复杂的社会问题中，和珅的影响不过是这些问题的一种表现而已。
虽然政府最后镇压叛乱的成功，应大部分归功于地方控制的加紧，但在某种程度上也应该归因于正规军的能力有了明显的——虽然是短暂的——恢复。在白莲教叛乱地区，支撑政府权力的是不惜耗资很大而直接从满洲调来的大约七千名壮健的八旗兵，以及从贵州和云南开进来的、比较起来尚未腐化的绿营兵。象额勒登保、明亮和德楞泰这些决心很大的八旗将军们着手使他们的部队逐渐具备有纪律的外貌。但尽管作了这些努力，他们仍感到需要雇用地方雇佣兵（“乡勇”）以补充正规军之不足。这些雇佣军中有些人是冷酷无情的亡命之徒，他们经常被清政府用来做攻打白莲教的先锋。
清军毫不留情的攻击渐渐地改变了战役的特点。被迫从他们的基地和保垒中逃出来的、被打散了的白莲教军队，现在在四省的部分地区被追击。由于战略村策略日益扩展，他们经常逃窜并且与地方社会断绝了联系，因而被追捕，被歼灭。有一股一度数逾十万人的叛军，在1805年基本上被消灭了。如果有人愿意大胆地把白莲教和两代人以后的叛乱的战略作一个比较的话，他会主要地想到，人口稠密的河谷和盆地地区的农村社会还有残留的稳定性。正统名流人士的权力在这里还是至高无上的。虽然叛军能够在三省交界山区的不稳定村社中找到立脚点，但他们不能动员低地社会的财富和人力，因此从未得到向旧制度进行胜利的挑战的势头。
但是，从长远看，白莲教叛乱给了清王朝一个破坏性的打击。第一，它表明，如果没有地方名流、新建的地方控制体系以及雇佣兵的合作，正规军已不可能镇压国内的叛乱。雇佣兵归根到底是个权宜之计，既花钱，又危险。约一万人在叛乱之后被并入了正规绿营，但事实证明他们动辄哗变，不可驾驭。因此不是鸦片战争，而是白莲教，使人们看出清朝军事力量已不可逆转地下降了。第二，十年斗争的破费对帝国的国库是毁灭性的。乾隆后期的盈余约七千八百万两因镇压叛乱而消耗净尽，镇压叛乱耗资达一亿二千万两。
白莲教的幽灵也没有被弄得绝迹于大地。它的分散的细胞组织使它拥有很大的死灰复燃的力量。1813年，白莲教的一个支派叫天理教的，在林清和李文成领导之下，在山东、河南和直隶举行了一次短暂而猛烈的暴动。它的一个小分队还事实上渗进了北京的皇宫。在十九世纪二十年代和三十年代，豫皖边境不断地卷起了白莲教起事，它们通常与地方股匪和私盐贩子配合行动。白莲教的种子在整个华北和华中遍地开花，其中有八卦教、义和拳、虎尾鞭，以及不计其数的其他地方教派。他们无休无止的叛乱和政府决不心慈手软的镇压，成了十九世纪上半叶地方史中的主题。