额尔金现在依靠巴夏礼充当他的主要翻译和代表，正如他在1858年曾经依靠李泰国扮演一个桀骜不驯的蛮夷的角色一样。善于从事持久谈判的桂良和其他北京使臣来到天津议和，但清廷一如既往力图顽固地维护朝贡制度的基本规定，提出外国使节（即使他带有四百名警卫）也必须由清政府护送至京，并按照清廷制度给他们安排住宿和供应。在谈判的同时，联军拒绝停止进军，也拒绝考虑任何条件，直到他们到达北京以东十几英里外的运河终点通州为止。在通州，代替桂良在9月17日同巴夏礼进行谈判的满族亲王（怡亲王载垣）发现，联军要求清帝接见，以便交换条约批准书。此时联军也发觉，僧格林沁的部队已经准备了一次伏击，因此就向他们发动进攻。这样，9月18日谈判破裂。巴夏礼及其一行（二十五名英国人和十三名法国人）一同被扣留，并铐押收监。9月21日，联军部队再一次打败清军，逼近北京。第二天，清帝逃出长城前往热河，留下他的兄弟恭亲王来收拾残局。
巴夏礼被扣押三个星期，受到压力，但实际上并未受到拷问，而额尔金和葛罗却迫于形势，在等待天津运来弹药。因为现年三十二岁的巴夏礼有两年半时间曾经是广州政府里的首要洋人，所以北京的顽固抵抗者自然要把他视为有权势的头子而奇货可居。他们派遣早年在广州和巴夏礼同事的海关监督恒祺每天对他进行劝说。远在热河的清帝下令要处决人质，但在这一紧要关头恒祺却把巴夏礼和其他十二个人统予释放。其余的人被处死，于是额尔金和葛罗决定亲自对清帝进行示威性的惩罚：他们烧毁了已被外国军队抢掠一空的北京城西北的离宫圆明园。
1860年秋季，北京经历了一场外交上的纷乱。这时法国和英国在欧洲的对抗很激烈。渴望建立一个帝国的法国人已在越南获得了立足点，它在中国又俨然充当着罗马天主教的护法神。同时，狡猾的俄国外交人员为了自身的利益，两面讨好，又替入侵的联军献计，又替中国卫国者出谋划策。俄国在北京的东正教传教士团给了俄国外交人员一个左右逢源的好办法，使之试图在敌对双方之间进行调解，或假装调解的样子，同时争取清廷承认他们自己对东北领土的要求（见第七章）。按照列强在中国大鱼吃小鱼的次序，美国人几乎要屈居末位（他们曾于1859年以一种不光彩的方式交换了条约批准书），而以承担主要负担的英国人居首位，并由他们定调子。
恭亲王奕訢（1833—1898年），是和他的异母兄长咸丰帝在一块长大的，原来激烈主战；这时在赞同与入侵者和解时却发觉自己在朝廷中属于少数派。对京城以外的事缺乏经验的二十七岁的奕訢，现在不得不着手处理王朝的命运了。在有经验的满族人，尤其是桂良和恒祺的指点下，他进行北京条约的谈判，此约确认1858年的条约文件，并且增加了赔款和将香港的九龙半岛割让给英国的内容。冬季来临，供应短少，额尔金和葛罗迫于形势而撤军。1860年11月，北京条约签字不久，英法联军便离开北京，只在天津留下了一支警卫部队。英国外交从此便致力于支持由恭亲王为首的对外和平妥协派。英国人已经避免了一次封锁：这种封锁本来会给在南方与他们十分顺利交往的商人阶级带来损害的。现在他们力求加强已经和他们签约的北京掌权者的地位。这样，另一个中外联合而治的创始期便得到了巩固。
朝新秩序的最后转变，在第二年也未能实现。咸丰帝拒绝回北京，从而回避了对居住在那里的外国公使的觐见与叩头的问题。1861年8月，咸丰帝去世。在热河的几位亲王领袖作为新立幼主的赞襄政务大臣而掌握了大权。但在11月，两位皇太后在一次政变中和恭亲王合作，逮捕了诸摄政王，并处死了几个主要政敌（见第九章）。这样，一个新的领导班子控制了朝廷。它这时才着手同在北京的新的外国公使以及同在华中对太平军作战的部队新统帅打交道。入侵者受到抚慰，但清朝的生存命运仍然取决于能否镇压这场大叛乱。
进一步的研究会表明，十九世纪五十年代末中国对外关系中的主要事件应该是中外贸易团体的建立，但它在引人注目的炮舰、士兵和外交人员这一调兵遣将事实的掩盖下竟未被注意。即使在这个战争和不安定的时期，贸易量和贸易值仍有所增加（虽然增加得不稳定），但能够为共同目的合作共事的人员，在两方面都出现了：中国方面出现了商人、买办和条约口岸的官员；外国方面出现了商人、领事和传教士。这样，受过英国教育的广东人唐景星就在1857—1861年间做了上海海关的翻译和首席秘书（唐景星后来是查顿的主要买办和李鸿章所创官办的轮船局的负责人）。1857年起任上海道台的薛焕，在1860—1862年是江苏巡抚和钦差大臣，1863—1867年又在北京总理衙门任职。这样的例子还有不少。
用炮舰外交，即用陆军和海军的高压手段开创的不平等条约制度，使订约列强在中国获得大量特权。这种特权到1860年被确立，即订约列强国民的领事裁判权（治外法权）；外国对条约口岸租界的管理权；外国军舰在中国水域航行和外国军队在中国土地上驻扎的权利；外国在中国沿海贸易中的航运权及内陆航行权；受条约限制的关税税率等等。在以后年代中增加的外国权利和特权，又进一步缩小了中国主权的范围。优越的外国力量——一般地包括商业、财政、军事、工业和技术等方面——将带着破坏性的力量日益加紧向中国传统的社会、政治和文化进行冲击。
在回顾这个过程的第一阶段时，我们可以看到清朝的几个虚弱方面：第一，与西方列强相对抗的清朝的军事力量和行政能力在内乱激烈的时期渐趋崩溃。内乱的确引起了外患。第二，根本弱点是思想和体制方面的，也就是对外国的现实一贯无知，并且存心不去考虑这一现实。最彰明较著的证明就是他们愚不可及地主张，清帝国的政体应高于所有外国的君主。北京拒绝以平等态度交往，直到不得已时才在不平等条款的基础上被巧取豪夺。
必须把1860年以后的条约制度视为中国政体的一个特殊部分，中国的主权在这里不是被消灭，而是被订约列强的主权所掩盖或取代。在整个中国内地，政治经济的传统部分很少有直接的变化。同样地，在对邻近国家的关系方面，朝贡使节继续前来北京，好象什么也没有发生似的。从1860到1894年，朝鲜向中国朝贡的年份有二十五年，琉球八年，安南（越南）五年，尼泊尔四次，缅甸一次。但与此同时，在沿海和上溯通航河流凡受到现代影响而发达起来的地带，尤其是在条约口岸，一种新的混合政体已经形成。炮舰在条约口岸和水路航线上代表着外国的权力。外国军事力量在中国的增长，后来也促使清朝逐渐采用西方武器装备它的军事力量，并且最后装备汽轮而形成了一支海军。然而这一切已经为时太晚，不能拒外国人于国门之外了。
在经济方面，混合的中外秩序最初主要限于中国商人和外国商人合作的对外贸易方面。当然，在对新兴的口岸城市的管理方面，还有一个外国领事的因素在起作用。既然英国驻北京的公使和驻条约口岸的领事就近掌握有皇家海军的炮舰，他们此时已是中国权力结构的一个组成部分，那么，在总税务司监管下的中国海关既同中国、又同外国有关方面进行密切的合作，就完全是可行的了。回顾一下利用非中国人来管理中国对外贸易的这些丰富的历史先例是有必要的。譬如说，蒙古人征服南宋以后，斡脱，即中亚穆斯林商人的行会，在“与蒙古贵族的合伙关系”中行使承包租税的特权；到十三世纪八十年代末他们开始“在海上商业方面……起领导作用”。1860年以后，商埠中的税务司既是中国海关监督的行政上的同事，又是外国领事的社会上的同仁。赫德在北京是总理衙门的雇员和总理衙门首脑恭亲王的顾问，同时又是英国公使的同胞和亲密顾问。