俄国是在亚洲腹地进行活动的唯一的欧洲大国，它在满洲这个天地里占有一种特殊地位。1689年的尼布楚条约曾经规定过一条大致的边界，并且在清帝国和莫斯科帝国之间确立了平等的原则。1727年的三项初步协定和恰克图条约，曾使边界线向西延伸，并规定蒙古北部边境上的恰克图和尼布楚附近满洲边境上的粗鲁海图为俄国人进行贸易的地点。清帝国的商人和俄国商人可以在这两个地方进行免税的贸易，不过粗鲁海图并未能发展成为一个商业中心，所以所有合法的私人商业，实际上都是在恰克图进行的。总之，自十八世纪二十年代以来，俄国便拥有一个双方按平等原则交往的从事中俄私人贸易的市场。这种条件是英国和其他西方列强在十九世纪四十年代以前想要在中国沿海取得而未能如愿以偿的。
除了恰克图的贸易外，俄国还可以每三年派一个商队前往北京，不过条件是该商队的领队得履行中国方面的朝贡礼节，而俄方则获准在北京保持一个东正教传教士团。除了这些特许权外，清政府不让所有俄国人入中华帝国之境。
俄国官方的商队并不是有足够的利益可图的。走私的皮毛充斥于北京的市场。俄国的出口货物绕过恰克图前来蒙古的库伦和满洲的嫩江，而中国的货物则绕过恰克图运往伊尔库茨克。自1755年以后，俄国政府不再派遣国家的商队前往北京。在1768年，恰克图条约的一条修改条款重申了在恰克图和粗鲁海图进行的免税贸易，并试图改善有关边境事务的管理。但是困难依然无法克服，于是清政府便不时中断贸易，其中时间最长的一次发生在1785至1792年。但是，即使在恰克图关闭期间，中俄贸易仍然通过定期集市继续进行。在十八世纪的绝大部分时期中以伊尔比特的集市最为重要，它在该世纪的最后二十五年中遇到了马卡尔耶夫集市（它在1816年的一次火灾后迁到了下诺夫哥罗德）的竞争。运往这些地方的货物，有从阿尔汉格尔斯克和沃洛格达运来的毛皮；有从莫斯科和雅罗斯拉夫里运来的棉布；也有从伏尔加河各城市运来的皮革。俄国商人将这些货物售与西伯利亚和中亚的商人，然后换回中国和亚洲其他国家出产的货物。
1792年，清俄双方谈判再开恰克图的贸易，同意各自根据本国法律惩处非法越境的人犯，从而清除了一系列枝节问题上的麻烦。但是，为了报答这次贸易的重新开放，俄方政府必须忍受清帝国的恩赐的口吻，这种恩赐的态度，在1792年的恰克图市约中有所反映，虽然反映得相当隐晦。造成清朝与俄国之间关系恶化的复杂情况依然未变，原因是自从十七和十八世纪以来，清王朝进行的征服在某种程度上使俄国吃了亏，因为征服减少了俄方的贸易，并在游牧民的心目中确立了清王朝的主导地位。到十八世纪九十年代俄方还多了一层耽心，这就是英国人在中国所取得的商业成就有可能损害恰克图的贸易。
大约在十九世纪初期，欧洲俄国对茶叶的需求日益增长（与此同时，英国人在广州也需求这种商品），这也促进了在恰克图用俄国毛皮交换中国棉花和丝绸的交易。不久，茶叶的出口额便达到了中国对俄总出口额的百分之四十。其他的中国出口货物有球状烟草（此物在西伯利亚特别行销）、草药、香料、大黄以及品种繁多的各项奢侈品和工业制品，如磁器、金属制品和玻璃制品。这种贸易恐怕只是以物易物，不过，尽管清朝作了许多限制，仍然有相当数量的白银通过恰克图流出了中国。
1800年，俄国政府试图靠加强官方控制和公布一套《对恰克图关卡和贸易合伙人的指令》的办法，从恰克图的边境贸易中获得更多的好处。此办法企图划一价格、调整关税和取缔外国的竞争。欧洲和美洲的商人被禁止在恰克图的俄国一侧进行贸易，可是外国的制造商们仍然在市场上占有很大的比重，只有1812年是例外，当时拿破仑侵入了俄国。从1800到1824年是恰克图贸易的高峰年代，商业总额增加了将近90％，即贸易额从8，383，846卢布增加到了15，960，000卢布。
到1800年时，在新疆西北边境，固勒扎和塔尔巴哈台也进行非法的中俄贸易。由于俄国商人对在伊犁和塔尔巴哈台唯一享有贸易权利的哈萨克人的贸易额一直在扩大，清政府于1768年曾规定哈萨克人除牲畜外，不得运进其它任何货物，以此来限制他们携带俄国货物。但是随着时间的推移，哈萨克人的贸易项目又逐渐繁多起来，同时随着违反商业规定的事件日益增加，政府当局便另谋别法来对付这种情况。俄罗斯帝国的商人们开始自己来做生意了。最初来到这里的只有鞑靼人和西伯利亚的穆斯林。住在塞米巴拉金斯克的塔什干人也参加了贸易，他们每次用两三匹马把小批货物偷运到伊犁和塔尔巴哈台，并且充当哈萨克苏丹的代理人。开始时，新疆地方当局故作不知，但是过了不多时间便开始向这种商业征税。清政府并不为表面现象所迷惑，它一直严密监视着俄方的活动。例如它竟然发现俄方在纳伦河地区内设置了边境哨所。清当局对此提出抗议，后来清政府和俄方官员在1794年几经交涉，俄国人才将几个最易引起反感的哨所拆毁。
1797年，俄国政府命令该国官员沿额尔齐斯河加速发展与新疆之间的贸易（虽然这样做是违反恰克图条约的），而同时固勒扎和塔尔巴哈台的贸易仍在不断发展。中国的汉族商人和清朝的官吏贪婪地购买俄国人的棉布、钟表、刀和其他杂货，而其中的筒风琴在当时被当作奇珍而大受欢迎。清朝的臣民愿意出俄国人视为荒唐的高价，用砖茶和锦缎（特别是受到高度赞赏的和阗彩色棉织物）以及条文规定不准出口的白银来交换这些俄国货物。清朝的商人欣然同意赊欠，于是俄国的鞑靼人便发了财，新疆也就成了“冒险家的不折不扣的加利福尼亚州”。虽然出身于欧俄的贸易家也不时来到新疆边界上，但是，当时因在固勒扎和塔尔巴哈台做大生意而闻名的只有一个人，他名叫桑尼科夫，一位塞米巴拉金斯克的商人。
在进入十九世纪的前后，还有其他一些信基督教的商人和旅行家也来到了新疆。其中人数最多的是亚美尼亚人。来自伊斯坦布尔的两位阿达拉修教派的教士在叶尔羌、和阗和阿克苏曾经商多年而未受限制，而设在喀什噶尔的亚美尼亚人的商会甚至还有它们自己的教堂。来自第比利斯的一位格鲁吉亚人名叫拉费尔·达尼别加什维里曾游历了拉达克、叶尔羌、阿克苏、吐鲁番和准噶尔，而且大约就在这时，一位德国军官兼英国东印度公司的代理人——人们只叫他乔治·吕德维希·封……——则游历了帕米尔诸国、浩罕、哈萨克草原、喀什噶尔和叶尔羌。印度的贸易者在新疆经商显然是不受干预的。
从十八世纪七十年代或比这还早的时候起，主要是由卫拉特蒙古人运来的俄国货就打进了西藏。在班禅喇嘛赠送给英属东印度公司的礼物中就包括“打着沙皇双头鹰金印的俄国皮革”，而早在十九世纪初便传说亚洲的俄国商人在西藏和中亚细亚出售法国布匹。确实，当时俄国在亚洲的政策最重要的目标之一就是要通过新疆和西藏发展对印度和中国的贸易。为此，俄国政府便于1803年设立了布赫塔尔马关卡，1804年又由西伯利亚当局派遣一个商队前往固勒扎和阿克苏，领队是一位名叫别兹诺西科夫的翻译官，此人当时假装做哈萨克苏丹的代理人来从事收集情报的工作。1805年，在普加乔夫暴乱中被俘的鞑靼人加贝杜拉（乌拜德·阿拉）·阿米罗夫在游历了布哈拉和印度以后回到了俄国，这使俄国人对遥远的亚洲贸易的兴趣又增添了知识和热情。因此就更可以理解，为什么英国人对印度的渗透会“引起圣彼得堡一阵忙乱”，而需要在外交事务委员会中设立一个“特别司”来处理有关亚洲各民族的事务了。
在十八世纪最后三十年期间，俄国人的商业兴趣在北太平洋大为扩展，这在很大程度上是由于猎捕者追寻日益减少的皮毛来源造成的。在1799年，俄国政府成立了俄美贸易公司，这是“俄国历史中第一个由沙皇批准的股份有限公司”。但公司如果要变得有利可图，它必须设法供应它的前沿分站，扩大皮毛市场，并遏制外国的竞争。因此，圣彼得堡开始又注意黑龙江，使之可能成为一条把货物从中西伯利亚运往太平洋的路线。
对推销该公司的皮毛来说，中国似乎是最理想的市场；但在中国，西欧——特别是美国——的商人保持着竞争的优势，因为他们可以在五个月内就把皮毛从西北美洲运至广州。俄美贸易公司的皮毛运往恰克图不但开销惊人和旷日持久（从阿拉斯加运出皮毛需时两年多），而且俄国人在阿拉斯加和堪察加的分站对给养的需要非常迫切，所以公司的外国竞争者可以在业务上扼其咽喉，即把给养售给公司各分站来换取皮毛，然后运往广州销售。因此，俄美贸易公司如要取得成就，也许甚至可以说，如要取得生存，就取决于它是否象欧洲人和美国人那样能争取清朝同意俄国人通过海路与中国进行贸易。
根据这个逻辑，圣彼得堡在1803年知照北京说，沙皇希望派一名使节前往中国；同年，又派出纳杰日达号和涅瓦号两艘轮船在封·克鲁森斯腾的率领下从喀琅施塔得驶出作环球航行。封·克鲁森斯腾乘纳杰日达号，与他同行的是宫廷大臣和俄美公司的董事列赞诺夫；后者此行的目的是说服日本人同意俄国人来进行贸易。但列赞诺夫的使命完全失败。日本人拒绝在江户接待他，退还了他的礼物，并在打发纳杰日达号离开时命令俄国船只不准再来日本；于是列赞诺夫单独回国，而封·克鲁森斯腾乘纳杰日达号载运堪察加的皮毛驶向广州，以期与涅瓦号在1805年后期会合。
与此同时，理藩院却答复说，清帝愿意接纳一名俄国使节；于是圣彼得堡派戈洛夫金伯爵去试探清朝对俄国人所提一连串迫切要求的反应。戈洛夫金想说服北京向俄国人开放整个俄-清边界以进行贸易，把俄国在固勒扎和塔尔巴哈台的贸易合法化，并同意把贸易扩大到额尔齐斯河和布赫塔尔马河会合处。此外，他还企图使俄国获准在中国内地不受限制地进行商队贸易和取得在南京的贸易垄断权。另外还有许多其他要求，如通过西藏与印度贸易；俄国的监督官有权陪同伏尔加河流域的卡尔梅克人到拉萨朝圣；在黑龙江航行；在黑龙江河口建立仓库；广州对俄国船只开放（首先从纳杰日达号和涅瓦号开始）。根据俄国枢密院后来送交理藩院的一份说明，戈洛夫金应在纳杰日达号和涅瓦号驶抵广州前到达北京并正式宣布它们之到达广州，同时解释它们在广州进行贸易的理由。
但是清朝的朝贡礼仪这一棘手问题，特别是叩头的问题，在戈洛夫金到达清朝京城前就破坏了他的使命。俄国派往北京的使节一直行清廷要求其属国履行的三跪九叩首之礼。但在1793年，马戛尔尼勋爵作为俄国主要商业敌国的大使已经拒绝行叩头礼，可是清帝仍予召见。当时这个英国人在北京要求取得与俄国人享受的相似的贸易权利（每三年来一次朝贡商队），而清帝的答复是，俄国人的贸易仅限于恰克图，英国人的贸易就应同样限制在广州。
到戈洛夫金出使时期，清政府当然会担心：给一个欧洲强国以特许权，其他欧洲列强会起而效尤。自马戛尔尼事件以后，清王朝比过去更热衷于坚持合乎体统的朝贡仪式，特别坚持叩头的礼节。另一方面，戈洛夫金知道马戛尔尼拒绝行叩头礼后，很可能下决心尽量不使自己降低身分。在俄国使节到达北京前，清当局要他在张家口对披挂着黄绸的代表清帝的象征物叩头，以此来考验他。戈洛夫金拒绝照办。清政府坚持这一要求。戈洛夫金也寸步不让；因此他除了回俄国外就无事可做。此事发生后，理藩院和枢密院之间互相不愉快地交换了几次照会。
就在1805年末期间，封·克鲁森斯腾的两艘船只未经通知就抵达广州，它们在那里顺利地进行了贸易，但在它们离开后，清政府着重重申，它要把非纳贡性的中俄商业限制在恰克图的以物易物贸易范围内。封·克鲁森斯腾回到俄国后，又重复了1787和1797年早期探险者的荒谬的主张，即库页岛是一个半岛，黑龙江河口被泥沙淤塞，船只已不能通航。这种错误看法受到封·克鲁森斯腾这样一个权威人士的支持，就推迟了俄国向黑龙江地区的推进几乎达半个世纪之久。
戈洛夫金出使的失败，使俄国只有靠两条在十八世纪争取到的非纳贡性途径与中国接触：一条是在北京的传教士团，一条是恰克图的市场。沿边境一带的非法贸易增加了，但恰克图的贸易根据1800年的《指令》中关于禁止用现金或用赊欠交易的规定照旧进行。当然，也有违反这项规定的情况，但俄国政府对违禁者严予惩处，所以一般说来，中俄商业在1854年前还是限制在以物易物的基础上，到了这一年恰克图当局才准许俄国商人以金、银购买中国货物。1855年，俄国政府仍希望扩大俄国对华的合法贸易，因而进一步放松了恰克图的各项规定。其直接后果是，恰克图的商业交易多少增加了，但也造成了俄国的收支不平衡，俄国在恰克图的出口继续下降。
如果不提俄国通向中国的另一条非纳贡性途径——俄国东正教传教士团，那就对十九世纪的中俄关系不会有完整的记述。清政府在1683—1685年把所有逃亡到清帝国的莫斯科人和哥萨克人组织起来，并把有些俘虏编进一个满洲镶黄旗旗兵的独立分队后，曾准许俄国每十年依次派一批东正教教士和学生来到北京，他们于1716年在北京居住，后来又建立了自己的教堂。俄国这批十八世纪的传教士团以懒散、酗酒和放荡而最为著名，但历史文献可能过于强调了这些消极面，因为正是通过这些传教士团的学者，才奠定了俄国的中国学基础，并使俄国政府掌握了有关中国的大部分知识。
到十九世纪初，这个传教士团已有一所寄宿处（只供传教士团本身使用）、尼古尔斯基教堂、一所学习汉文和满文的学校和一所学习俄文的满人学校。已有八届传教士团在清朝京师驻扎过。第八届传教士团除两名成员外，其余都已死亡；因此亚历山大一世在1806年派出由夏真特神甫比丘林指导的第九届传教士团。比丘林与他的前人一样，在北京时相当放荡。有一次，理藩院召集了第九届传教士团全体，指责他们的不道德行为。但比丘林却获得了扎实的中文知识，并有一批中文藏书。在他的领导下，第九届传教士团奠定了俄国的中国学基础，并且逐步收集了有关中国本土、满洲、蒙古和西藏等地的材料。第十届传教士团出了达尼伊尔·西维洛夫，他在1837年在喀山大学设立第一个中文讲座；还有O.P.沃伊采霍夫斯基，此人是第十届传教士团中的医生，后来接替西维洛夫的讲座。1830年，J.E.科瓦列夫斯基（O.M.科伐列夫斯基）送第十一届传教士团来北京，次年回国时为喀山大学带回了一批中文、满文和藏文图书；他编的三卷本蒙文词典仍是蒙文词典学方面的杰作。后来担任该传教士团临时团长和大司祭的圣僧阿瓦库姆·切斯诺伊在1841年回俄国后，就成为外交部亚洲司（1819年设立）的顾问。
第十二届传教士团出了第一个真正现代意义的俄国的中国学家，此人名魏西里夫，他曾是西维洛夫的学生，从中国回国后就成了中文和满文教授（代替沃伊采霍夫斯基），后来在1855年成了圣彼得堡大学的第一个中文教授。第十二届传教士团另一个成员，即鲍乃迪大司祭（N.N.卡法罗夫）也成了一名有成就的中国学家。他发明了一套俄文拼写中文的体系，并且发表了许多有关中国主题的重要文章，同时在政治方面也为俄国政府收集过情报。他之经常在北京，已成为十九世纪五十年代后期有特殊意义的事，因为那时俄国正在与中国商谈条约和划分黑龙江和滨海的领土。从1850年起，每届传教士团的驻期从十年缩短为五年，这样就可使更多的俄国学生能在北京取得第一手的经验。