此谕下后，复昭雪肃亲王豪格冤，封豪格子富寿为显亲王；郑亲王子富尔敦，亦受封为世子。将刚林、祁充裕二人下刑部狱，讯明罪状，着即正法。大学士范文程也有应得之罪，命郑亲王等审议，吓得这位范老头儿坐立不安，幸亏他素来圆滑，与郑亲王不甚结怨，始议定一个革职留任的罪名。范老头儿，免不得向各处道谢，总算是万分侥幸。这时，江南总督洪承畴，在江南地方整治政事，暇时想起皇太后的旧情，便常差人到宫里去，暗下请安，通问音信。这时，顺治皇帝年已十六岁，尚未立后，睿亲王在日，指定科尔沁卓礼克图亲王吴克善女为后。是年二月，卓礼亲王吴克善送女到京，暂住行馆，由巽亲王满达海等请举行大婚典礼。顺治帝不许，延至秋季，仍无大婚消息。这位科尔沁亲王在京已六七月，未免焦急起来，便运动亲王向皇太后说项，由太后降懿旨，令皇帝举行大婚礼。
顺治帝迫于母后，不好遽违，只得命礼部尚书准备大典，于八月钦派满汉大学士、尚书各二员，迎皇后博尔济吉特氏于行辕。是日，龙旌凤辇，倍极辉煌，宫娥、内监、侍卫、执事人等，分队排列，簇拥皇后入宫，至丹墀降舆。这时，天子临轩，百官侍立，诸王、贝勒、六部九卿，无不入宫庆贺。这是清室入关后第一次立后盛举。宫女搀扶皇后徐步上殿。皇后穿着黄服绣帔，满身金凤盘绕，珍翠盈头，珠光耀目，当即面北而立，由礼部尚书捧读玉册，洪胪寺正卿赞礼道："皇后跪伏听命。"册读毕，洪胪寺导皇后起立，文华殿大学士捧上皇后宝玺，武英殿大学士捧上玺绶，由坤宁宫总监跪接，转授宫眷，佩在皇后身上，皇后再向帝前俯伏，口称："帝妾博尔济吉特氏，谨谢圣恩。"谢讫，皇帝退朝，皇后正位。礼毕入宫，笙箫迭奏，仙乐悠扬，随与皇帝行合卺礼。次日，帝率后到慈宁宫请安，遂加上皇太后尊号，称为昭圣慈寿恭简皇太后。只是顺治帝终究不乐。隔了两年，竟将皇后降为静妃，改居侧宫。大学士冯铨等，奏请皇帝静思远虑，应复静妃为皇后。
大学士冯铨因顺治皇帝降皇后为妃，特上奏章。皇帝看了奏章，不以为然，反严旨申饬。礼部尚书胡世安等，复交章力谏，皇帝又发下圣旨说："皇后博尔济吉特氏，系睿王于朕幼冲时，因亲定婚，册立之始，即与朕志愿不协，宫阃参商。该大臣等所陈，未悉朕意，着诸王大臣再议。"郑亲王济尔哈朗覆奏："圣旨甚明，无庸再议。"于是改册科尔沁镇国公绰尔济女为后，原正宫博尔济吉特氏，竟从此不见天日，忧郁而死。顺治帝半身朝服像自博尔济吉特氏死后，顺治皇帝越发闷闷不乐。忽一日，江南总督洪承畴回京，带一个歌妓，名叫董小宛。这小宛生得丰容盛鬋，美貌如花，被洪总督仗势抢了来，带到京里，连夜送进宫去。皇帝见小宛如此娇艳，当夜便留宫临幸。一连几日，欢宠无比，当下便封董小宛为董鄂妃。顺治皇帝自从得了小宛，便将一生的郁闷统统消除，每天除朝见亲王、大臣外，终日躲在宫里，和董鄂妃寻欢作乐。这时，皇太后已四十余岁，徐娘半老，风韵犹存。自从多尔衮死后，觉得格外冷寂。顺治帝亲政，皇太后难以放荡，亏得还有洪承畴不时地进宫谈叙，聊解寂寞。顺治皇帝也尽孝道，常到宫里请安。
自多铎等人带兵南征，那些明帝子孙--福王、唐王、鲁王等相继败亡。平西王吴三桂、平南王尚之信、靖南王耿精忠，俱各守汛地，食清朝的俸禄。在这三王之中，以吴三桂功劳顶大，他连年东征西讨，南荡北杀，足足征了十数年工夫，才将明朝的根株荡灭殆尽。后来，因他又追明朝的桂王，到了云南地方，驻扎下来。捷报到京，皇帝也惧他兵权太重，怕他到内地来存异心，便索性一道圣旨，令他留守云南。这吴三桂留守云南，本没有什么大事，可以安稳度日，他偏欲翦灭明宗，上了一本奏章。这奏章叫作"三患二难疏"。他说："李定国、白文选等，托名拥戴，引着溃众肆扰边境，患在门户；上司易被煽惑，遍地蜂起，患在肘腋；投诚将士，或系念故明，边闻有惊，携贰乘机，患在腠理。"这便叫作三患。又说："滇中米粮腾踊，输络绎，在在需赀，养兵难，安民亦难。"这便叫作二难。奏章还有"当及时进剿，净尽根株，方得一劳永逸"等语。
顺治帝因中原混一，已存厌世之心，不想再劳兵众。览了此奏，犹在迟疑，朝上一班大臣，都赞成三桂议论，乃命内大臣爱星阿为定西将军，赴滇会剿。爱星阿到滇后，与三桂进兵木邦，擒住白文选，直入缅境，一面传谕缅酋，索献桂王，一面飞报捷音。顺治帝得此捷报，见中原已定，民心归清，加之朝中人臣忠心保国，十分宽心。这时，范文程已死，那明朝的降臣也同样忠心保着清孝惠章皇后朝服像国，顺治皇帝心无远虑，便萌发出家做和尚的心事来。他因为看破红尘，感到做皇帝也不过如此，不如做个和尚，真是六根清净，四大皆空，何等的超脱？只因为宫中有个董鄂妃，未免多情，为一缕丝牵。不忍遽辞尘网。老天偏要成全顺治帝初志，竟降了二竖下来，陪着董妃左右，从此董妃日渐瘦弱，一病不起，膏肓成痼，药石无灵，可怜一朵娇花，竟与流水同逝。顺治帝十分悲痛，辍朝五日，特谕礼部，略称："皇贵妃董鄂氏薨逝，奉圣母皇太后懿旨，宜追封为皇后，以示褒崇；朕仰慈承谕，特用追封，加之谥号，谥曰'孝献庄和至德宣仁端敬皇后'。"礼部奉旨，办理丧葬事宜，自必格外从丰，无庸细说。这是顺治十七年仲秋事。梧桐叶落，翡翠衾寒。转眼间，霜雪连天，益增忉怛。顺治帝经此惨事，益发看破世情，遂于次年正月，改了平民装束，偷偷溜出大内，四处游玩，没一个晓得他是当今的顺治皇帝。后来走到五台山，遇见一个癞和尚，谈得投机，便削发到山里修行了。他临出宫时，留下一道上谕在御案上，太监们见皇帝没了，便将这上谕说是遗诏。诏曰：
此诏一传，各王大臣异常惊疑，说："昨日早朝皇上康健如恒，怎么今日会晏起驾来？且遗诏上面亦并未说起病源，正是奇怪得很。"当下照例哭临，辅政四大臣及信郡王铎尼、大学士洪承畴等率了八龄新主，即帝位于太和殿。这便是皇三子玄烨嗣位，定年号叫康熙，次年改元，是为清圣祖仁皇帝。