北魏菩提留支译出《深密解脱经》後，曾广开法会，集缁俗名流对经文大意乃至章句进行反复研讨，这是中国佛学界《深密》研究的开始。真谛和求那跋陀罗都只译出了《深密》中的一部分，他们未窥经典之全貌，更不了解《深密》的严密学理系统，因此他们的翻译工作未能对《深密》研究造成真正的影响。
从印度的情况来看，《解深密经》则的确肇端了大乘唯识学之自觉与建构。无著在其《摄大乘论》中引用了「阿陀那识甚深细，一切种子如暴流」这一著名偈颂，借以证成第八识即阿赖耶识的存在。该偈颂出自《解深密经》之(心意识相品)，这说明在早期的唯识学体系建构中，《解深密经》为无著的学理自觉提供了重要的启发和借鉴。
我们知道，阿赖耶识的成立不仅是唯识全部观念的出发点，而且也是唯识思想成熟的标志。而《解深密经》中的种子识、阿陀那识能贮藏一切生命活动的潜能，能维持世俗生命的经验同一性，能引导生命由存在的此一周期向彼一周期流转，所以它事实上和无著的「第八识」没有任何差别。从印度大乘佛教理念发展的整个趋势来看《解深密经》第一次规范化、结构化地成立了深层心识的概念，从而把佛学思维由对存在的破斥引向对存在的「存在性」之认知。这样《解深密经》不仅为唯识佛学提供了最根本的思考方向，而且也为它发掘出了最深层的生命现象，这就为唯识学理的一切展开准备了最深厚的基础。
玄奘学宗护法，上通无著、世亲，得唯识之真传，在他的提倡和启动下，随著《解深密经》的重新翻译，中土遂兴起《深密》研究的高潮，出现了一大批注疏著作，《解深密经》的深刻意蕴获得佛学界前所未有的广泛而深切的体认。
据竟无居士的统计，唐代之《深密》专门注疏著作计有：令因，疏十一卷：玄范，疏十卷：元晓，疏三卷：憬兴，疏若干卷：圆测，疏十卷。
以上诸疏中，现存仅圆测疏一种。测疏广徵博引，於大小乘比类发明，为《深密》研究及唯识学研究提供了大量的资料，实为法苑至宝。然而他的著作由於枝蔓太多，有时过於游离，极不利於初学。
此外，《瑜伽师地论》引了《深密》全经，故凡唐代《瑜伽》的注家，也必同时注《深密》。从古代经典目录中可以看到的《瑜伽》注疏著作计有以下十八种，它们是：窥基，钞十六卷：遁伦，记二十四卷：真空，疏二十五卷：文备，疏十三卷：慧景，疏三十六卷；元晓，中实论四卷：义荣，林章五卷；本立，钞六卷：智周，疏四十卷：太贤，纂要三卷：神泰，羽足五卷：道峰，决择补缺钞五卷：行达，料简一卷：憬兴，料简三十六卷：胜庄，疏十二卷：真兴，文义次第二卷，略饮二卷：信行，音义四卷；亡名，义决一卷。
以上诸种注疏中，今惟存窥基钞、遁伦记二种。可是，《瑜伽师地论》引《解深密经》在第七十五卷以後，而窥基的注疏则自第六十七以下即佚之，因此真正依附《瑜伽师地论》得以保存的《深密》注疏事实上只有遁伦的《伦记》这一种。
《伦记》主要记录慧景、文备、窥基、神泰等人的观点，间或夹以遁伦自己的看法，在有一些地方，《伦记》还保存了玄奘的一些「口义」。景、备、基、泰诸人皆亲承玄奘门下，遥承护法一叶，所以他们对《深密》的注释是可反映唯识宗人的基本观念。
宋以後，唯识学衰落，《解深密经》注释传统也随之一蹶不振。直至清季民初，著名佛学大师欧阳竞无居士始发愤整理唯识学，他说：「三时教尊深密，六经此为第一。」认为《解深密经》是全部唯识学典籍中最为重要的一部，《深密》所传达的「第三期教法」更是全部教法传统中最圆满的真理陈说方式。同时他有鉴於《深密》研究百废待兴的这样一个局面，遂决择於圆测《疏》、遁伦《记》之间，博取诸家之说，成立注释《解深密经》的系统，这就成了金陵刻经处印行的《解深密经注》，经文序品中历代无人注释，竟无居士又取印度论师亲光之《佛地经论》中相关章节以足之。竟无居士编成的这个会释本虽本述作，少有创意，但他的草创之功实大有利於《解深密经》的阅读、研究和弘扬!