禅宗起源于印度，发扬在中国。因此，常称中国是禅宗的宗祖国。但要讲到禅宗初期的发展史，疑案重重，真使人有迷离惝恍的感觉。属于禅宗创建史的疑案，便是释迦在灵山会上拈花示众，大家不得要领，只有他的大弟子摩诃迦叶尊者破颜微笑，因此而有“教外别传”的心法开始之第一疑案，向来便为宗门以外的学者所怀疑。其次，关于达摩大师东来的生卒年代，以及他的存殁去留等问题，也是一般学者所争辩的疑案。再其次，便是二祖传法于三祖之间的公案，其中缺乏史料的证据。到了初唐之际，便有六祖慧能与神秀禅师南北两宗的争执问题，以及现代一般学者对于《六祖坛经》与神会（荷泽）之间的节外生枝的疑案等等，足够一般学者去游心妄想，搜罗考证。
其实，禅宗的本身，它与密宗有同源异脉的关系。如果禅宗的教授法，不走公开传法的路线，几乎也会成为另一密宗的派系。倘使我们对密宗的传承史料，也想一一加以一般学术性的考据，那就保证你穷尽毕生精力，也难找出它的确实结果。这个根本问题，倒不是他们不肯注重史料的关系，实在是他们的修养和见解，只重传道精神的信仰，早已薄视世俗的留芳与扬名的观念，因此而忽略这些史料的记载。禅宗在隋、唐以后，已经融入中国文化深厚的气息，对于历史和传统的观念，也和其他佛学的各宗派一样，注重“史迹”的记载，所以才形成唐、宋以后中国禅宗的风格。初唐以后中国的密宗（包括西藏的密宗），也才开始注重师授传承的历史资料。不过，密宗传承的资料，始终还是保持秘密的作风不公开。
禅宗自达摩大师到三祖僧璨之间，正值南北朝的齐、梁变乱，以及北周武宗的灭佛灭僧的风暴中。他们不但先有避世高蹈的志向蕴存心中，同时又加上南北朝时代世风的紊乱，士风的颓丧，于是更加强他们“邦无道，危行言逊”的情操，因此“入山唯恐不深”，“逃名唯恐不彻”。虽然如此，如果从学术发展史的立场而言，在禅宗有关的史料中，对于二祖三祖之间传承事迹的记载，实在有很多矛盾与疏忽之处，确也耐人寻味。
自达摩大师将心法与衣钵传授二祖神光（慧可）以后，神光的事迹以及二祖传授三祖僧璨之间的史实，根据禅宗初期的史书《景德传灯录》与《五灯会元》等的记载，与唐代高僧道宣所著《续高僧传》的资料，其中出入之处，就大有问题。
《传灯录》记载二祖神光（慧可）的事迹云：“大师继阐玄风，博求法嗣。至北齐天保二年（梁简文帝大宝二年，公元五五一年），有一居士，年逾四十，不言名氏，聿来设礼而问师曰：弟子身缠风恙，请和尚忏罪。师曰：将罪来与汝忏。居士良久云：觅罪不可得。师曰：我与汝忏罪竟。宜依佛法僧住。曰：今见和尚，已知是僧，未审何名佛法？师曰：是心是佛，是心是法。法佛无二，僧宝亦然。曰：今日始知罪性不在内，不在外，不在中间，如其心然，佛法无二也。大师深器之，即为剃发，云：是吾宝也，宜名僧璨。其年三月十八日于光福寺受具。自兹疾渐愈，执侍经二载，大师乃告曰：菩提达摩，远自竺乾以正法眼藏密付于吾，吾今授汝并达摩信衣，汝当守护，无令断绝。听吾偈曰：‘本来缘有地，因地种华生。本来无有种，华亦不曾生。’大师付衣法已，又曰：汝受吾教，宜处深山，未可行化，当有国难。璨曰：师既预知，愿垂示诲。师曰：非吾知也，斯乃达摩传般若多罗悬记云‘心中虽吉外头凶’是也。吾校年代，正在于兹，当谛思前言，勿罹世难。然吾亦有宿累，今要酬之，善去善行，俟时传付。”