五祖送大师至九江驿边，令祖上船，即把橹自摇，大师曰：请和尚坐，弟子合自摇橹。祖曰：合是吾渡汝。大师即曰：迷时师度，悟时自度，度名虽一，用处不同；弟子生在边方，语音不正，蒙师传法，今已得悟，祇合自悟自度。祖曰：如是，以后佛法，由汝大行，汝去三年，吾方逝世，汝今好去，努力向南，不宜速说，佛法难起。
大师辞违祖已，即发足南行，五祖归来，数日不上堂，众疑而诘请曰：和尚少病恼否？曰：病即无，衣法己南矣。问：传授何人？曰：能者得之。众议卢行者名慧能，必是他得，遂纠众数百人来逐，欲夺衣钵。其中一僧俗姓陈，名惠明，出身将军，性行粗燥，极意追寻，遂越众而先。将两月余，追至大庾岭，己及矣，大师即掷衣钵于石上曰：此衣表信，可力争耶！大师自隐草莽中。
惠明至，尽力提举衣钵不能起，乃唤曰：行者，行者，我为法来，不为衣来！大师乃出坐盘石上，惠明致礼求法。大师曰：汝旣为法而来，可屏息诸缘，勿生一念，吾为汝说。惠明依教，良久而住。大师乃曰：不思善，不思恶，正恁么时，那个是明上座本来面目？惠明言下大悟，复问曰：上来密语密意外，还更有密意旨否？大师曰：与汝可说者，即非密也，汝若返照，密在汝边。明曰：惠明虽在黄梅，实未省自己面目，今蒙指示，如人饮水，冷暖自知，今行者即惠明师也。大师曰：汝若如是，吾与汝同师黄梅，善自护持。明又问：惠明今后向何处去？大师曰：「逢袁则止，遇蒙则居。」（惠明后往袁州蒙山，避祖讳，更名道明。）明即礼辞，回至岭下，谓来逐之众曰：向陟崔嵬，竟无踪迹，当别道寻之，众信为然，遂渐散去。
大师自得法后，回至韶州曹侯村，人无知者。有儒士刘志略，礼遇之甚厚。志略有姑为尼，名无尽藏，当诵大涅槃经，大师偶闻，即知妙义，遂为解说。尼乃执卷问字，大师曰：字即不识，义即请问。尼曰：字尚不识，焉能知义？大师曰：诸佛妙理，非关文字。尼惊异之，遍告里中耆旧云：此乃有道之士，宜请供养。有魏武侯玄孙曹叔良及居民，竞来瞻礼。时宝林古寺，自隋末废于兵火，众遂就其故基，为修建梵宇，俄成宝坊，迎请大师居之。
住九月余，又为恶党寻逐而至，乃避遁于前山，逐者复纵火焚林木，大师匿居石中得免。忆五祖有怀会止藏之嘱，遂行隐于此二邑间。旋复为恶人追踪而至，再避隐于四会猎人队中。凡经一十五载，时与猎人随宜说法。猎人常令守网，每见生命，尽放之。每至饭时，以菜寄煮肉锅，或问，则对曰：但吃肉边菜。
一日思惟，时当弘法，不可终遯，遂出至广州法性寺，值印宗法师讲涅槃经，时有二僧论风旛义，一曰：风动，一曰：旛动，议论不已。大师乃曰：不是风动，不是旛动，乃仁者心动。众闻之骇然。印宗法师即延至上席，征诘奥义，见其言简理当，不由文字，至为叹服。问曰：行者定非常人，久闻黄梅衣法南来，莫是行者否？大师曰：然也。宗于是作礼，告请出示衣钵，备众瞻仰起信，复诘问法要（语载坛经中）。
唐高宗仪凤元年丙子正月十五日，印宗法师普会四众，为师剃发为僧，二月八日集诸名德，授其足戒。时西京智光律师为授戒师，苏州慧静律师为羯磨，荆州通应律师为教授，中印度耆多罗律师为说戒，西国密多三藏为证戒。其戒坛乃刘宋朝求那跋陀罗三藏所创建，且预记曰：后当有肉身菩萨，于此受戒。又梁天监元年，智药三藏，自印度航海而来，将彼土菩提树一株，植此坛畔，亦预记曰：后一百七十年，有肉身菩萨，于此树下，开演上乘，度无量众，真传佛心印之法主也。大师至是祝发授戒，及与四众开示单传之旨，一如昔识。
次年春，大师辞众归宝林，印宗偕僧俗相送者达千余人，直至曹溪。大师住曹溪，大开禅宗法门，地以人灵，曹溪二字，后世便为禅宗祖源代表。