迨唐玄宗太极元年七月，（是年改元三次，曰太极，延和，先天。）命门人往新州国恩寺建塔，督令促工，次年夏末落成。七月一日，集徒众曰：吾至八月，欲离世间，汝等有疑，早须相问，为汝破疑，令汝迷尽。吾若去后，无人教汝，众闻咸皆泣下，大师即示以生灭来去，本性真如之义（语载坛经）。
至七月八日，忽谓门人曰：吾欲归新州，汝等速理舟楫。大众哀留甚坚，大师曰：诸佛出现，犹示涅槃，有来必去，理亦当然，吾此形骸，归必有所。众曰：师从此去，早晚可回？大师曰：叶落归根，来时无口。又问曰：正法眼藏，传付何人？师曰：有道者得，无心者通。又问：此后莫有难否？大师曰：吾灭后五六年，当有一人来取吾首，听吾谶语：「头上养亲，口里须餐，遇满之难，杨柳为官。」
先天二年癸丑岁，八月初三日，于国恩寺斋罢，即与徒众说法，示去意，复说偈曰：「兀兀不修善，腾腾不造恶，寂寂断见闻，荡荡心无着。」师说偈己，端坐至三更，忽谓门人曰：吾行矣。即泊然迁化。于时异香满室，白虹贯地，林木变白，禽兽哀鸣。广、韶、新三郡官僚，洎僧俗门人争迎真身，莫决所之。乃焚香祷曰：香烟指处，师所归焉？时香烟直贯曹溪，十一月十三日，迁神龛，并所传衣钵而回。次年七月二十五日，出龛，弟子以香泥涂之，后以铁叶漆布，固护师颈，盖门人忆大师有人取首之记也。入塔时，忽于塔内白光出现，直上冲天，三日始散。大师春秋七十有六，年二十四传衣，三十九祝发，说法利生三十七载，嗣法四十三人，悟道超凡者，莫知其数。
至唐玄宗开元十年壬戌，八月三日，夜半，忽闻塔中如有拽铁索声，众僧惊起，见一孝子自塔中走出，寻见大师肉身颈上有伤，具以贼事闻于州县，时县令杨侃，刺史柳无恭，得牒切加捕缉，逾五日，于石角村捕得贼人张满，送韶州鞠问，供称受新罗僧之贿，令取大师首归而供养。大师弟子等谓：若以国法论，理须诛夷，但佛教慈悲，冤亲平等，况彼志求供养，罪可恕矣。柳刺史闻而叹服，遂赦之。
上元元年，肃宗遣使，请衣钵归内供养，至永泰元年，五月五日，代宗梦六祖大师请衣钵，遂归曹溪，并敕加护。后或为人偷窃，皆不远而获，如是者数四。大师肉身至今尚在，大陆沦陷前，闻虚云和尚曾迁至云门寺供养云云。