密宗的历史渊源，已如上文所说，有“东密”与“藏密”两种不同的传述。但都是扑朔迷离，更增加了密宗的神秘。笃信现实资料的学者，对此“莫须有”之说，益加不信，甚至讥笑它为愚妄的迷信。虔诚信仰密教的人，对此神秘而难明其所以然的说法，则更加肃然起敬，视为神奇尊贵。其实，两是两非都非定论。密宗之密，经过智慧的透视，究源溯本，也并非完全不能使之明朗化。总之，从现代学术的立场来研究密宗，首先要把握它的关键，从早期的东密传述中开出南天铁塔的龙树菩萨说起。（菩萨，是梵文“菩提萨缍”译音的简称，意义即是得道的觉者，但又留情入世而广度众生的慈悲大士。）
龙树，迟于释迦牟尼五六百年，出生在印度。幼时聪敏过人，而且喜爱神秘的学术。在少年时代，与同学二人，曾经遍学印度的神秘学。据说，已经练成隐身的法术，便与他的同学，行为不轨，夜入王宫，戏弄宫女，有些宫女们因此而怀孕，震惊了整个宫廷。国王用尽种种方法，甚至请术士入宫捉妖，但都无可奈何。后来接受大臣的建议，认为如非鬼怪，必是人为。就连夜在宫中布防，使每一角落，都遍布武士，随意向空握戈刺杀，只有国王周围一丈以内，不准侵入。结果，他的两个同学都被杀死，失去了法术的灵效，而显现人身。只有龙树，屏闭呼吸，躲在国王的身后，虔诚向佛祷告，许下忏悔罪恶的心愿，立誓过此一关，即出家为僧，方免于死。
龙村出家以后，潜心佛法，不久，即遍习大小乘的佛经，而且融会贯通，毫无疑义。于是就认为佛法不过如此，而释迦既然能够创教，当然他也可以独创一格。据说因此而感动了龙王现身，欢迎他到龙宫的藏经处参观收藏的真正佛学经典。他在龙宫的“图书馆”中，骑着白马，走马看佛经的题目，三个月还没有全部看完。因此，大为折服，放弃他的傲慢思想，便向龙王商量，取来人世尚未流传的《华严经》一部。据说，龙树自龙宫取出的《华严经》，一共有十万偈（印度上古原始的佛学，喜欢用长短句的诗歌方式记述，后来翻成中文，经文之外，又有长短句的韵语，便称它为偈语）。中国佛经中，由梵文翻译出来的三种《华严经》，最完备的一部，也只有八十卷。据说，龙树仅只取出原经的万分之一而已。后来龙树登台说法，也时常显现神通，使听众们只见座上有一圆满的光轮，但闻其声而不见其人云云。
关于龙树菩萨个人的历史故事，在佛教《大藏经》中，另有他传记的专著资料，译文虽然不大典雅，但大体可读，足资参考。而龙树所著的《中论》，以及与《般若经》有关《大智度论》等的佛教要典，确是佛学的重镇，思精义深，绝不可以轻视。后来传入中国的佛教，经过四五百年的吸收融会，到唐代为止，建立了中国佛教的十大宗派。而龙树菩萨，却成为中国佛教的八宗之祖，如：禅宗、密宗、唯识（法相）、天台、华严、三论、成实、净土等。可以说他真是佛教中的主药，方方有份，实在不大简单，也并非偶然的事。
知道了这些比较简要的龙树菩萨的历史资料，如果也用考证的方法来求证，实在无此必要。例如龙王是否代表某一人名等等问题，都是无法解决的事实。
（一）因为上古到中古的印度文化，已经没有文献可徽。过去的印度人，自己并不注重历史。后世的印度文化史，是在十八世纪英国的东印度公司成立以后，才由欧洲的学者们开始搜集中古以后的残余资料，并以推测为考证，处心积虑地建立起它的体系，此须再加小心地求证于中国佛经所保存的资料。因为大乘佛教在印度，当中国的宋朝中叶，早已销声绝迹，完全从南北印度传入中国，成为中国的佛教了。
（二）世界上的神秘之学，如果都可—一考证得出来，它就失去了神秘的价值而不神秘了。
但中国近世和现代研究佛学的学者们，也稍微注重考证，重新估价，认为佛教史上所称开启“南天铁塔”、传承密宗的大师，不是龙树，而另有其人，名为龙猛。于是龙猛与龙树，又二即为一，一又为二的迷离两可之说，更无定论了！然而无论如何，密宗与唯识学一样，大体说来，都是释迦牟尼涅槃（灭度）以后五百年间开始，到八百年间而集其大成的印度后期佛学，应无疑问。
把握住以龙树菩萨为密宗中心的关键，暂时撇开佛教，再来研究印度文化发展史的另一关键，就应当了解古印度的文化思想向来就偏重于宗教和神秘的学术。尤其南印度方面，是古代世界上神秘学术的发祥地，它与埃及、中国、希腊、大西洋文化系统等神秘学，都有一脉相通的关联之处。至于印度的宗教学方面，强调一点来说，它与中古以来，流传各地所创的宗教，都有亲切和秘密的关联，犹如古印度的香料一样，东西双方，都从那里输入。如果说，在这方面，就说是印度传统文化的光荣，当可受之而无愧。除此之外，又须另当别论了！
释迦牟尼创立佛教以前，印度原有存在的宗教，便有婆罗门教，而且他的教士们，还是印度历史上第一等阶级的人物。与婆罗门同时存在，先后流传，甚至与释迦创立佛教时，也同时盛行，比较庞大而有力量的，还有瑜伽士派等许多派别，也就是佛经上常常提到的外道六师门。他们都与婆罗门教一样，在佛教以前，就有出家修行、吃素苦行的制度和习惯。中国佛学翻译梵文的“沙门”这个名词，在古代的印度便是一切出家修行人的通称。自释迦创建佛教的理论与行证以后，虽然他毕生说法四十九年，弘扬正理，驳斥盛行于当时印度的许多宗派和哲学理论——包括有唯物思想的，有放任主义的，有以苦行为道的，以及婆罗门教的宗教哲学，主张“神我”独尊的观念。但真正服膺释迦佛教，笃信“缘生性空”、“性空缘起”的“般若”正观的，为数并不太多。而且他当时教化所及的地区，多在中印度和邻近北印度一带，并未完全到达南印度的区域。
释迦涅槃以后，他的弟子，又因戒律（制度）和所闻心得的见地不同，逐渐分成二十多个派别，而且多半属于小乘的佛学思想，互相争论见解，达四五百年之久。至于奠定大乘佛学的根基，实由马呜菩萨开其先河。但使释迦尚未完成的传教大业得以完成“般若空观”与“非空非有”的“中观”体系，实自释迦过后四五百年之间，由于龙树的兴起，确有密切的关系。换言之，龙村曾经遍学佛教以外的各宗各派的外道，就利用他们的习惯方法，揉集而成为另一系统。但将佛学的中心见地与思想，灌注其中，并不违反人们固有信仰的习惯，而乐于接受，使得佛法普遍弘开，厥功甚伟。因此可知，密宗，实在便是印度各宗派神秘学术的总集成，而它的中心见地与思想，却皆归于佛的大教。至于显教和密教的佛法，真正开张推广的，却是后来印度名王，笃信佛教的阿育工之力。但这种演播，只是限于原始的东密而言。有关后来藏密建立大小乘佛学完整体系的理论，使释迦与龙树尚未尽臻美满的教理，完成“唯识”心学的体系和程序，则归功于距释迦八百年后，弘扬“弥勒”法统的无著、世亲两兄弟。因此而使后来的藏密学理，贯串显密的学术而成为通途的条贯。融通“般若”的“毕竟空”，与“唯识”的“胜义有”为一体两用，使佛学的奥义，更上一层楼而目极霄汉，诚有莫大的功勋。