由汉末魏晋南北朝以来，学术思想的风气，一反两汉的朴质，普遍趋向于形而上的追求，佛教和道教的宗教学术，也便在这个时期，日益发达。儒家学说，依违佛道之间。复因南北朝以来帝王政权的提倡，佛教受到朝野的尊崇，无以复加。但由两晋到隋唐之间的佛教，大半仍随印度佛教方式，受中国文化的洗炼，在渐渐蜕变当中。到了南朝梁武帝时代，因他对宗教信仰，特别有兴趣，所以对佛、道两教，也都并存信奉，不过对佛教更有偏好，南朝佛教寺院林立，凡名山胜迹，多半有寺庙的建立，所以唐人杜牧《江南春》的题咏里，便有“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的名句。可是这还只是指大江南北附近的佛寺而言，至如黄河南北的佛教建筑，尚不包括在内。与其说南北朝的文化思想，是玄学的时期，毋宁说是宗教文化思想的时期来得恰当。在梁武帝和北魏武帝时代，印度佛教的教外别传，禅宗第二十八代祖师菩提达摩由海道到达广东，东来中国，与梁武帝一度对话不合，便渡江而北，隐居在嵩山的少林寺，面壁九年，这便是禅宗传入中国的开始。自初唐以后，禅宗大兴，使佛教一跃而变为纯粹中国化的佛教，慧远大师创立净土宗，和菩提达摩传入禅宗，可以说是两件大事因缘。因为学术思想，和政治因素的交错为用，使南北朝六代以来，中国的历史文化，陷在一个非常紊乱的局面。因此隋唐之间，有文中子——王通的讲学河汾，综罗洗刷儒、佛、道三家的学术思想，开创初唐以来的唐代文化。这个时期，隋有智顗大师正式创建了佛教的天台宗，以禅那的“止观”为佛教实证的方法，用三种止观的体系，统摄全部佛学教理，开始分科判教，对佛学传承，作系统的批判整理。智者大师著有《摩诃止观》一书，应是中国佛教第一部佛学导论或概论的巨著。后来宋代永明寿禅师等所著的《宗镜录》，算足第二部佛学导沦的巨著。
以唐太宗的英明雄略，辅以初唐开国时期的文武将相，大多都是博识之才，加以接受了六朝以来的政治经验和惨痛教训，对于宗教的态度，无论为佛教、道教，甚至景教、袄教，都是一律优容，任由全国上下，自由信仰。在政府的体制里，僧有僧正，道有道箓，等于已经设立了各个宗教的专门管理部门。这时在中国文化史和佛教史上最大的一件大事，便是玄奘大师自印度留学回国，唐太宗为他设立译场，集中国内学僧与文人名士数千人，参加佛经的翻译工作。太宗一面尽力提倡宗亲教主的道教（道教奉道家的老子为教主，老子姓李，与唐同姓），一面也笃信佛教的宗旨，而且对玄奘大师，敬爱有加，几次劝他还俗出任宰辅，都被玄奘大师所婉拒。因玄奘大师唯识法相的弘扬，使印度后期佛教哲学，和大、小乘的经典，在中国得剑广泛传播。同时因法藏（贤首）大师建立华严宗，使佛教更为兴盛。随天台宗以后，复因华严宗的观点，对全部佛教教理，有更进一层的分判。接着道宣法师极力兴起律宗，佛教戒律的确立，和中国佛教的规范，便从此奠定，基础稳固。随之而来，三论、俱舍、成实等佛教宗派，也欣欣向荣，争放奇葩，各自发扬它的门庭学系，形成中国佛教的十宗教派，有如附表：
| 宗派 | 印度宗师 | 中国宗师 | 创立时期 | 所宗经论 | 宗旨 |
| 净土宗 | 马鸣龙树 世亲菩萨等。 |
慧远法师 | 东晋时期 | 以《无量寿经》、《观无量寿经》、《阿弥陀经》及《往生论》、《大乘起信论》为主。 | 以一心念佛，往生西方极乐世界为修证法门。 |
| 律宗 | 以佛说律藏为主，故以持律第一优波离尊者为始祖。 | 从昙柯迦罗(此云法时)之羯磨受法，为中土受戒之始。 | 曹魏嘉平二年 | 以《四分律》、《五分律》、《十诵律》等为主。 | 兼撮大小乘律学，以持戒证圣为宗旨。 |
| 天台宗 | 慧文禅师及其再传弟于智顗大师所创。 | 北齐，隋时期 | 以《妙法莲华经》为正依，《大智度论》为指南，肚《涅槃经》为扶疏，《大品经》为观法。 | 以一乘成佛为宗旨，三种止观为修证法门 | |
| 成实宗 | 师子铠 | 鸠摩罗什法师弘扬 | 姚秦弘始十三年 | 采小乘诸部最胜教义及诃梨跋摩所作《成实论》为主 | 以《成实论》为宗旨，以二十七位法摄贤圣修证之阶梯。 |
| 三论宗 | 龙树菩萨 | 鸠摩罗什 | 姚秦时期 | 以《中论》《百论》、及提婆菩萨所作《十二门论》为主。 | 破真俗二谛之执，显空、有不住 |
| 俱舍宗 | 世亲菩萨 安慧论师 |
真谛三藏玄奘法师 | 陈文帝天嘉四年真谛三藏译旧本《俱舍》，唐太宗贞观七年玄奘译新本《俱舍》。 | 宗《四阿含经》等，并以《俱舍论》为正依，另以《婆沙论》、《阿毗昙心论》、《杂阿毗昙心论》等为主。 | 本宗以玄奘所译世亲菩萨所作《俱舍论》为宗旨，立七十五位法以摄心色等等事理。 |
| 禅宗 | 迦叶尊者 | 菩提达摩 | 梁隋时期 | 《楞伽经》、《金刚经》。 | 以教外别传、不立文字、直指人心、见性成佛为宗旨。 |
| 华严宗 | 杜顺和尚所创，贤首(法藏)大师弘扬之，故又名贤首宗 | 陈隋时期 | 以《华严经》为主 | 以《华严经》四法界、十玄门之学为宗旨。 | |
| 法相宗 | 弥勒菩萨，无著菩萨 | 玄奘三藏法师盛弘于中土 | 唐太宗贞观年间 | 以六经十一论为主。六经为：《华严经》、《解深密经》、《如来出现功德庄严经》，《阿毗达磨经》、《楞伽经》、《密严经》。十一论为《瑜伽师地论》、《显扬圣教论》、《大乘庄严论》、《集量论》、《摄大乘论》、《十地经论》、《分别瑜伽论》、《辩中边论》、《二十唯识记》、《观所缘缘论》、《阿毗达磨杂集论》。又有以五经十三论为主之说。 | 明万法唯识之妙理 |
| 密宗 | 龙猛菩萨 | 又有东密（由中国传入日本）、藏密(西藏密教)之分，唐时善无畏、金刚智、不空东来弘传，莲花生大师入西藏弘传。 | 初唐时期 | 以《大日经》及《金刚顶经》为根本所依。 | 亦称真言宗，立十住心统率诸教，建立曼荼罗，身口意三密相应，即可由凡入圣。 |
由于初唐时期文化思想的博厚雄浑，佛教学者的名僧辈出，他们都以才堪大用的资质，从事于弘扬宗教的事业。使中国佛教真正开展的，应该归功于唐代。到了唐高宗与武则天时期，正好当佛教学僧们钻进佛经学术的注疏、述论的牛角尖，多数佛教名匠的博雅学者，大阐其佛学义理，和相率走近了迷宫似的唯识、法相之学的时候；禅宗忽然崛起，以教外别传、不立文字、直指人心、见性成佛相标榜，极其适合中国人的简朴，和唐代思想学风朴实浑厚的要求。而且在遍地都是佛学学者的情景里，禅宗又出了一位目不识丁的大匠——六祖慧能。他在广东曹溪，对平民社会大肆弘扬不立文字、见性成佛的宗旨。同时还有他的同学师兄神秀，在武则天的王朝里，被尊为国师的地位，也大弘其禅宗的佛法。神秀大师的学识很好，他的禅学，是以渐修为主，因为唐朝宫廷及士大夫的崇奉，禅学在从政的知识分子中极为普遍。慧能大师的一支，是以顿悟为主，因为他出身平民，不依文字，说法都用通常的口头语，使高深难懂的佛学，完全脱离酸腐的头巾气味，一变而为纯粹通俗的平民哲学，所以禅宗的宗风，便如风行草偃，大为畅兴。他们师兄弟在初唐时期，对于朝野的影响，形成南北上下两股交汇的巨流，自然要冲击到今后学术思想的转变，形成别开生面的光华了。
慧能大师一支的禅宗，以后便风行全国，我们尽可强调地说：“请看唐室之域中，尽是禅宗之天下”了。自他再传以后，便有马祖道一禅师，和他的弟子百丈禅师二人，毅然改制，把佛教传入中国以后的规模，一变而为中国式的丛林制度。当时百丈师徒，被佛教徒们骂为破戒比丘，极尽诋毁讥评。殊不知以后佛教之所以能够长久传布，却全靠这个制度而存在，其规制的流传，时至今日，并为国内外的佛教寺院所仿行。而且这种制度，影响后来中国社会，政治体制，都有很大的作用。禅宗丛林制度的特色，约有四点：
(一)改革佛教徒僧众们以乞化为生的依赖性，以集体从事农业生产，达到自给自足的经济制度。
(二)集中修持，以导师制来领导学者，从事知行合一的实证佛学。
(三)消除刻板的宗教迷信仪式，以身心实践求证，完成人性佛性的心佛平等，集体教学的目的。
(四)以适合中国文化和国情的清规，取代一部分印度化的戒律，建立群众和个人行为道德的标准。所以宋代大儒程伊川，叹为“三代礼乐，尽在是矣”。
一般说慧能大师一派禅宗的兴起，是佛教的革命。其实真正佛教的革命性史实，应该推尊于百丈禅师的改制才对。关于丛林制度的研究，拙著有《丛林制度与中国社会》一书，在此暂不多作介绍。
唐代的佛教，自禅宗的崛起，使佛教成为一个纯粹理性的宗教，变成中国文化的巨流。此外，还有初唐时期，由北印度传入西藏地方的密宗；和中唐时期，由中南印度传入中国的密宗，也是中国佛教史上一大转变。印度佛教有密宗的必起，依据比较可靠的史实，实在是在后期佛教学说，综合般若中观与唯识的佛教学理，融合印度固有的婆罗门、瑜伽术的修持方法，所形成的一个兼容古今修证方法的宗派，而且和释迦牟尼住世时代所说的修证方法，大有出入，这是一个非常驳杂与繁复的问题，一言难尽。总之，在唐太宗开国的时期，西藏王松赞干布要求内地文化的传播，只因唐太宗的宰相房玄龄一念之差，没有准许他的请求。后来除了答应下嫁文成公主，带去部分的佛经、佛像，和跟去几位道士等以外，始终没有重视文化的传播。一个政治措施的影响，岂但只为“百年大计”，同时也要顾及“远垂千古”，此于后世史家或读史者所见得失成败之效，概可客观判定的。西藏地方从此便转向印度，以乞求文化的传播，最初请了几位名僧入藏，开始传播佛教文化，模仿梵文而制立藏文，跟着便有密教大师莲花生的入藏，弘扬密宗的教法。于是西藏便在唐代以后，完全成为佛教密宗的佛土，而且演变为政治宗教合一的特别行政区域。历宋元明清以来，密教在西藏的传承，始终不衰，中间虽然难免也有内部派别之分，但其密教形式，并无多大变更，一个高居雪山北麓的高原，历一千四百余年，成为佛教文化的世外桃源，这也算是东方历史的奇迹。西藏的密教，由原始的宁玛派（红教），后来又分出迦举派（白教）和萨迦派（花派）。到了明代永乐年间，有青海人宗喀巴者，自幼在西藏出家，学成以后，又创建黄教。以后他的四大弟子，历代都以转生的传统，分据西藏、蒙古地区，宣扬教化。在前藏的达赖，和后藏的班禅，都成为政教合一、以教统政的法王。而章嘉与哲布尊丹巴存内、外蒙古，也都各自世世转生以传续他们的法统。但他们历代都承受中国帝室的封号而尊为呼图克图（具有大师、活佛等意义）。中国内地，在唐玄宗时代。有印度密宗大师善无畏、金刚智、不空，世称“开元三大士”，传进密宗的教法，他们都有一部分的神通，对传教更为便利。那时除了禅宗以外，最富于神秘色彩，而且有新奇刺激性的，就莫过于密宗的佛法了。所以朝野竞习，不久便流行于中国各地。到了元朝忽必烈时代，他尊崇西藏萨迦派的密教大师癹思巴为国师。那时癹思巴只是十五岁的少年，不但学问渊博，而且具有许多神异的奇迹，他仿照藏文为蒙古制立文字，随着忽必烈进入中原，便奉密教为国教，甚至元朝历代帝王就位，都要先经喇嘛的灌顶仪式，宫廷和民间秽迹，普遍流行，从此禅宗和其他各宗派，也大受影响，因此南宋末代的有名禅宗大师高峰原妙，便宣布闭死关，足迹永不下山了。到了明代永乐时期，认为密宗是不经之道，便有放逐的措施。因此由开元三大士传入的密教，便流传在日本，世称“东密”，西藏的密教，也因宗喀巴大师的整理，而于全藏建立了黄教的规模，只有在西康与西藏的边境，还流传着原始密宗的教法。这便是世称的“藏密”了。