由中唐到五代的一段时期，中国文化的哲学思想，文学风格、艺术和生活，都陶冶在禅宗的韵味中。禅宗本身，也在中唐、晚唐、五代之间，另建立了五家宗派，各有教授的方法，如临济、曹洞、云门、沩仰、法眼等。这时禅宗的学风，也如南北朝的玄谈，可以先后媲美，第一流的人才，多半逃禅入佛，当然这有许多政治与社会因素的背景，才形成那个时代的风气。欧阳修撰《五代史》，认为五代无人物。王安石却认为他的观点不对，说是五代的人才，都入禅宗的网罗之中，这倒是有相当的理由。因此到了宋初开国的时期，上有宋太祖赵匡胤，下有宰相赵普和后来范仲淹等的提倡，有宋一代的儒学，一变而有理学五大儒等的兴起，这便是说明一个文化思想传统，积久成弊的反正。宋代的理学家，接着唐代韩愈、李翱等的启发，经欧阳修等的领导，突然崛起于千余年之后，号称直承孔孟心法，在汉唐的儒学以外，别树一帜，不须讳言，那是受到禅宗的影响，并也渗入老庄思想的成份，这才构成一番宋儒的面目。换言之，宋代的佛教，已由佛而入儒，因禅宗而产生理学，这是中国文化史上必然的演变，也是佛教文化与中国文化融会的成果。当汉末、魏、晋、南北朝、隋、唐、五代以来，佛教虽然已成为中国的佛教，但儒、释、道三家的互争学术地位，与三家同源的思想，在历史上，一直没有停止它的运动。到了南宋末期，禅宗大师们大谈其儒家学理，而且佛学儒化、儒学佛化的迹象，已经非常明显，所以宋代理学的产生，可谓由来已久，只是到了五大儒等手里，才算正式开始而已。
因西藏密宗势力随元朝军事统治力量的推展，普遍渗入全国各地，据有宗教的特权，喇嘛们幻想政教合一的局面，全国各宗派的佛法，都受到极大的斫丧，从此各宗佛教，元气大丧，几至一蹶不振，只有禅宗在丛林制度的卵翼下，尚能存其微弱的传统命脉。净土宗因其平易近人，始终还能存在，而为民间普遍的信仰。
明代承元朝的余绪，到永乐年间，虽然放逐密宗，但因两宋以后，理学家的思想，已深入知识分子的阶层，又因朱明政权提倡儒学与朱注经疏，将它们定为士大夫进身的范本，在明代三百年间，作为佛教唯一权威的禅宗，也难与理学相抗衡，只好故步自封，它的传统也是不绝如缕。晚明垂末，理学家的王学大行，佛教人才衰落，僧众良莠不齐，难以重振唐、宋时代的声威。到万历时期，先后产生佛教四位名僧，如憨山（德清）、紫柏（真可）、莲池（袾宏）、蕅益（智旭），佛教界称之谓“明末四大老”。他们都是深习儒家学说，后来宣扬佛教的思想，也都是儒佛同参，互为依傍。憨山大师因名位过高，牵涉宫廷争立太子的案中，被贬到过潮州，他一生著作等身，门弟子编集其全部著作，自题为《梦游集》，其中有佛化言儒的《大学》、《中庸》直指，佛化言道的《老子》、《庄子》注等。莲池、蕅益两位大师专弘净土。而蕅益的著述，也有佛化言儒的《论语点睛》和《周易禅解》等书。紫柏因争立太子案牵连，在狱中坐化。明末佛教的命运，也随帝室的兴衰而日趋没落。在明清交接之间，还有一位有名的诗僧苍雪大师，为明末志士遗老们的方外密友，以阴助他们匡复明室的活动。
清代入关之初，西藏密宗黄教的祖师，第五代达赖，已经在明末时期，潜与满人有了默契，同时满人为了牵掣蒙占，联合满蒙的力量，也极力崇敬章嘉呼图克图。所以满人入关之初，便册封达赖、班禅，又尊奉章嘉十四世为国师。自顺治至康熙，都与蒙藏两地的密教，有息息相关之妙。顺治虽然也从玉琳国师学过禅宗，但并不因此而改变其羁縻喇嘛，推崇密教的政策。无论为政治的需要，或宗教的信仰，初期的满清，是偏向佛教的密教的。到了雍正年间，因他本人在藩邸的时间，曾经与逝陵性音禅师等相往还，有过一段不算短的时间，专志参究禅宗，自己以为已经大彻大悟，认为迦陵性音的禅是不够的，倒是推崇章嘉十四世国师，说他是一位真知灼见的见道者。等到他就职登位的时候，以一代帝王之尊，在深宫内院领导和尚道士参禅，自称为“圆明居士”，也是一代禅宗的大宗师。并且屡下诏书，大弘禅宗的临济宗派，废除明末以来密云圆悟禅师旁门的汉月法藏禅师法统。命令天下禅师，可以随便找他谈禅论遭，决不以帝王的尊贵自恃。同时又下诏书，训诫和尚们不可学作文章诗词，要以专心修道为务。据传，中国佛教徒的出家僧众，受戒时在头顶上灼烧戒疤，便是他的杰作。因为他信仰佛教，大发慈悲，准许天下士庶，自由出家。但又恐明末的志士遗老，混迹其间，难免掀起匡复的工作，便在出家人的头上烧疤，以资辨认，同时也是防止乱源的办法。是有意或无意的作为，一时还难考证，但是佛教徒出家的滥觞，确从清初开启厉禁，为始阶，可谓“爱之适以害之”了。乾隆一代，承皇室传统习惯，也笃信佛教，他是专修密宗法术的专家，到了他退位为太上皇时，更加虔诚，临死前还口念咒语不绝。嘉庆以后，因欧风的东渐，西洋文化思想，随教会以俱来，佛教的命运，也随时势的推移，而大有转变了。