自十七世纪的中叶，清朝入关以后，佛教虽然仍被敬信，但是清廷为了笼络蒙藏地区边疆民族的关系，对密教的佛法，尤极尊崇，这自元朝以来，已经相沿成习，且为国家政策的一贯传统。内地的佛教，自雍正以后，禅宗一派，在丛林制度的庇荫下，其法统的传承，有形式的保留，但实际上，已是一蹶不振，只有净土一宗还能保持划日的阵容，普遍流传于民间社会。此外，如天台一宗，也是若隐若现，不绝如缕。华严、唯识等宗，大多已名实不符，附和于禅宗、天台、净土三宗之间。这是当时佛教的一般概况。
我们如就佛教学术的盛衰，及其学术的立场，严格说来，到了明末清初阶段，佛学在中国学术思想史上，已经盛极而衰，而且因理学的阳明之说大行，明末少数禅师和法师们，虽然身为僧众，有些还是从阳明之学才理解到佛法的心要。所以，从清初到以后三百年间，(一)士大夫们，竭诚致力于匡复大业，大多专志于经世实用之学。出家的师僧们，在佛学见地上，又无特别的创获，所以佛学在知识分子间，不能再有唐宋以来的声望。(二)佛教本身，人才衰落，极少有如唐宋高僧的嘉言懿行，以为风世的楷范。到了清朝中叶以后，许多号称禅宗的大和尚们，为了虚誉，为了流传，剿袭历代禅师的语录，闭门虚构一些所谓“语录”的“传家之宝”，吩咐后代法子徒孙，争取编入《大藏经》，以为光荣。比较稍具学识的名僧，则又竞相入京，奔走权门，纳交官府，一意攀高结贵，希望求得皇帝的封号。如果能够得到一纸诏书的敕封或称号，便可以国师自命，而夸耀于善男信女之间。所以民间俗谣，便有“在京和尚出京官”的感叹了。这种风气，由明末开始，到雍正时代，已经相当严重，因此雍正一再下诏，切责师僧们不必学习诗文，一心只想以文字因缘，与士大夫们来往。他说：“你们作诗再作得好，总也比不上我们翰林学士们，既然出家为僧，便应努力修行证果，何苦与文人们争取文名呢”！这些倒是很诚恳的老实话，决不能因人而废言了。有清一代，专重真参实证，以打坐参禅相标榜的，以南方的金山寺和高旻寺两大名刹最为有名。他如天童、育王诸寺院，比较已在其次。
因为唐宋以来丛林制度的遗荫，全国各地，无论庵、堂、寺、院，都有相当的私产，如山林，如寺田，产业数目，相当可观。民国初年，有人作过初步的调查，认为如果集中佛教的全国寺院财产，大可富埒天主教，可与罗马教廷的财富柏媲美。虽然调查末必准确，然其资财的富有，为不争的事实，由此殆可以想见一斑。但自明末以至清代，这个本来完美的制度，已经产生很大的流弊，全国各地，除了少数有名的几个大丛林寺院，还保留着它的“共有”“共享”制度，而为公天下的“十方丛林”以外；有些地方寺院，已经一变而为“子孙丛林”的私天下了。所谓“子孙丛林”，便是师徒历代传授法统，同时也授受了本寺资产的管理权。如果一师数徒，他们也同世俗人家一样，分为数房，如大房、二房等房份，以次递分，争权夺利的事情，也处处可见，因此师僧结交官府，称霸一方的也不少。除了“子孙丛林”以外，在教内的术语，还有“小庙”，“小庙”的南方僧众，又有“禅门”与“应门”的分别。所谓“禅门”，讲究清修；所谓“应门”，专作佛事。他们念经拜忏，乃至荐亡送死，藉此赚些报酬，聊资糊口。至于招收皈依弟子，造成信众的派系等，已经不在话下。我们回溯往史，释迦牟尼昔以充满慈悲的宏愿，创为救世的佛教，如今已是自救不暇，衰颓到了极点。所有宗教，大约都不许违背良心说谎话，所以我写到这里，也只好实活实说，俾明大概，以为有远见的佛徒们，对佛教的兴衰成败，作一策励的检讨和反省的惕勉。