日本佛教的正式传入，约当中国南朝梁末时期，在钦明天皇即位的第十三年。当时百济国王遣使至日本，并奉赠佛像经论等，从此日本王朝，才渐有崇佛的倾向。数十年后，圣德太子兴起，佛教才得以发展。太子是日本当时的政教主，建寺弘法，极力宣扬佛教；他并制定了十七条宪法，成为日本历代帝室的法典。自著《胜鬟》、《维摩》、《法华》三部佛经的疏述，也是日本后世佛教的范本，所以素为日本人所尊崇以为千载明王。
再过百余年间，到了飞鸟、奈良两朝，政教渐趋一致，陆续创建维摩、仁王、金光明等佛会，中国佛教的三论、法相、华严、戒律、成实、俱舍各宗，也相继在日本兴起，这便是日本佛教有名的古京六宗。那时高僧辈出，佛教大行，慧灌僧正由高丽传入三论宗，后来又分为元兴、大安两派。成实一宗，附庸于三论。玄昉僧正由唐传入法相宗，后又分为南、北两寺，互争优劣。俱舍一宗，附庸于法相。道璿律师传华严宗，鉴真和尚传戒律宗，都渊源传承自中国的佛教。
从此再过百余年间，到了平安朝代，天台宗的传教大师最澄，真言宗（密宗）的弘法大师空海，相继而兴。最澄大师开始弘扬佛教于比睿山，备受王室的信仰，后来又入唐求法，得受天台、真言、禅、戒律等四宗的传承而归，因此便大张比睿山的规模，包罗台、密、戒、禅四宗而立说，尽量发挥天台宗的教义，声望隆极一时。那时空海大师也与最澄先后入唐求学，从惠果阿阇黎受学真言宗，回国后，创方东寺，极力弘扬密宗的“金刚”、“胎藏”两界法仪，声势弥盛，因此而开高野山永久的基业。这时日本的佛教，可谓是天台、真言两宗的天下了。
最澄大师所传天台宗的内容，包括兼摄佛学的“显教”和“密宗”两部，所以又称为“台密”。后来他的弟子圆仁、圆珍，又相继入唐求学，台密宗派更加畅扬，与空海大师所创的东寺密教，所谓“东密”的法门对峙。后来因徒众的不和，又分为山门、寺门两派，从此支流繁多，各自传授。总之，当时的密教势力，极为普遍，不论日本何种宗派的佛法，都带有这种神秘的色彩，信众大都注重祈祷，比较灵验，佛教便一变而为神异的、奇迹的秘密神教，形成大众社会各阶层间的一大势力，所以流弊百出，有违佛教原旨本色。当时又因日本政治社会变乱不安，影响一般人心，易于趋向厌世，空也上人便在这段时期，努山提倡净土宗的念佛法门；良忍上人也从而提倡融通念佛的教义，创立融通念佛派。日本史上，这时正有源、平两氏的内战，他们大事杀戮，弄得民不聊生，所以法然、亲鸾和尚所倡依仗他力念佛的教门，也就乘时而兴了。
到了镰仓时代，正当中国的南宋时期，日本佛教的新兴教派，举如：净土宗、真宗、时宗、禅宗、日莲宗等，都应运而起，而且名僧迭出，振兴佛教，大畅宗风。净土法门，由法然上人开始，独创一宗，他本受学于比睿山，后来因仰慕中国善导大师的法系，大倡净土念佛一门。他的门弟子，英才众多，所以后来传下的流派也不少。亲鸾上人，便是他的得意高足，他秉承法然大师的意旨，特别主张出家人可以娶妻食肉，认为唯仗发挥信仰的愿力，但可绝对得到佛力的加庇，往生西方极乐世界。因为他的教义通俗易行，所以能够深揽人心，独成一格，因此便名为净土真宗。它的势力广被，直到现在还盛行不衰。此外，如一遍上人的游行念佛，创立时宗，也是法然大师门的流派。
禅宗的法门，本来早已流传日本，但至荣西、道元两家，才开始建立专宗。他们两人都曾入宋求法，分传临济、曹洞两派的禅宗，以直指人心，见性成佛的宗旨相号召，极适合于当时人们的需要，便普遍流传。因禅宗以了生脱死为话头，后来便影响到日本人不畏死的武士道精神，并且对于他们生活艺术的栽花种竹，诗情画意，都大有裨益，处处以禅意相号召了。
此外，有名的日莲宗，原由日本本土的天台宗蜕变而兴，为日莲上人所开创，乃是主张以唱念《妙法莲华经》的经题，便可见性成佛的法门。上人生性豪迈，为人刚正，以英雄的气质，行佛慈的教化，且具精力充沛，毕生以“自度度他”为职事，所以教法大行，确为日本僧史中的特殊人物。弟子人才辈出，益使法门大张。此时新兴宗派，相继兴起，古宗、平宗两地原有的名宗，也受到激发而振兴起来，便形成日本佛教最为兴盛的时代。
再后至吉野、室町时代，正当中国明朝时期，日本佛教，以禅宗的临济宗最为盛行，京师、关东之间，有五山十刹，二十四流之繁衍。曹洞宗则在东北边隅仅自苟延而已。日莲宗因有日莲上人的倡导，起初传教于京都，后来又盛行于东西各地，流派更多。其他如净土宗，有白旗、名越两派的兴盛。真宗有莲如上人的中兴运动。但从此便逢“战国”之乱，佛教各宗命运，也随政治的没落，以致濒于衰败。
过此以往，到了德川时代，正当中国明清时期，德川家康统一日本之后，他想凭藉宗教的力量，以收揽劫余的人心，所以极力提倡佛教，因此佛教势力，声威重振，便有各家“学舍”和“谈林”等的创设，但此一时期，佛教学术思想的转变，可比之如中国两晋的玄谈，汉唐的疏释。举例说来，如华严，有风潭上人的新说；如临济，有白隐禅师的宗风；天台宗，大兴其安乐律；真言宗，行施其正法律。另外，如真宗有东西本愿寺的分立；日莲宗，有教系的争议。同时中国隐元禅师东渡，开立黄蘖一宗；而曹洞宗，也于此时再度必起。因此佛教学术思想大盛，并且都以俱舍、唯识为其共通的修学基础，这便是日本人所称“佛教的注解时代”。
到了十九世纪中叶，日本“明治维新”励精图治，首先接受西洋的新观念，国家政治思想，以及学术教育等一切施为，大有由东而西，改途换辙之势。因此佛教方面，虽然仍旧保有其俨然国教的地位，但天皇皇权神授的思想，和旧有神通设教的精神，也同时崛起。于是日
本佛教便又别开生面，而转向于两个道路，那就是：
(一)佛教神道不分的民间社会，宗派普遍繁兴，以与军阀们的军国主义，密切联系。
(二)知识分子，学习西洋治学方法，重新研究佛学思想，由宗教们信仰转变为哲学的探讨。同时又以怀疑的态度，考据佛经学说。
但无论如何，在学术思想上，佛法反因此而昌明，且大行于日本，数十年后，直到二十世纪之间，其影响于中国佛学界，也最为有力。在佛教徒的僧众方面，也受时代潮流的刺激，兴立各级佛学学校，印订藏经，努力从事社会弘法事业，也益形发达。
及至二次世界大战之后，军国主义的思想没落，军阀干政的权力也悉被摒除，在战后悔过自新的日本，国人为了生存的需要，大量向美国等西方国家移民，因此佛教文化也连带输出，而进了新大陆的美国。现在美国已有佛教寺院的创建，和出家僧众的雏形，说实在话，这些都是得力于战后日本人的灌输。此外，专门在美国和西方国家弘扬禅学的日本学者，如铃木大拙，使日本禅学的风气，在二、三十年间，便传遍全世界，日本政府，现在封他为“国宝”。这样一来，从此西方国家，只知禅在日本，不知禅宗的传承，实系渊源于中国。国人虽然稍受感染，群起谈禅，大都学无师承，师心自用，不能真正了解禅宗。我们对此，实有无限惭愧，不胜怅惘的感叹!
总之，要研究世界性的佛教，日本佛教虽然传自中国，但千余年来，它已的确成为一个代表世界性的“佛国重镇”，确是有其重要地位的。我们回溯往史，日本佛教的学术思想，虽起先从中国传入，但其教义，却自始至终，已渐渐地隐约变质，到了“明治维新”以后，直至现代，日本佛学，已变成为另一系列的哲学思想，或与其国家政治相关联，并非原来面目。这在研究日本佛学史者，但须稍为留心，便不待言而可知。例如，第二次世界大战爆发以前，日本佛教解释“大日如来”，便有隐含军国主义的色彩。一九三五年前，日本驻杭州的领事馆门前，大书特刻其“大日如来”的标语，这是著者所亲见的事实，这也就是当时日本佛学思想的作用。可是至今举世言佛学者，都举日本佛学为准绳，甚至包括中国大部分佛教信众的观念也如此，我只能引用一句佛语，说它“不可思议”。至于日本的禅学（是否可说是禅宗），更难下一判语了。现代的日本佛教，在其国内，从第二次世界大战以后，神佛小分的教派，和佛教、道教混合的宗支，乃至与秘密社会的关系，如雨后春笋，大约有三、四百家之多，一变再变，这岂仅是“橘逾淮而成枳”的不同而已！目前如日莲宗创价学会的兴起，标榜佛教而图参政，甚至未来的发展，是否别有意图，均难遽下断语。展望二十世纪末造的日本佛教，唯有合掌遥祝其前途远大，正法与国运，并世昌隆！