《清规》就是百丈禅师所创立，作后世丛林清净仪轨的守则。后代的禅师们，虽亦有另作规则的，但都宗奉《百丈清规》为主。明太祖朱元璋作的《祖训》，清帝康熙作的《圣喻广训》，他们原始体裁的渊源，便是由于《禅门清规》和《禅林宝训》所启发。《百丈清规》原件，早已失传，现在仅有的清规，只有元代敕修的《百丈清规》，以及《百丈清规证义》、《禅苑清规》、《入众日用》、《入众须知》、《幻住清规》、《丛林校定清规总要》、《禅林备用清规》、《日用清规》、《禅林两序须知》等书。日本另有《大鉴清规》、《永平清规》、《莹山清规》等书。但都时届千余年，已经不是百丈旧时原式。就是本文所记叙的，也只简略杂合近代的丛林规矩，已经加入不少的时代气氛了。兹且摘录数则有关文字以作参考。
释怀海，闽人也。少离朽宅，长游顿门，禀自天然，不由激劝。闻大寂始化南康，操心依附。虚往实归，果成宗匠。后檀信请居新吴界，有山峻极可千尺许，号百丈屿。海既居之，禅客无远不至，堂室隘矣。且日：吾行大乘法，岂宜以诸部阿笈摩教为随行邪！或曰：《瑜伽论》、《璎珞经》是大乘戒律，胡不依随乎？海日：吾于大小乘中，博约折中，设规务归于善焉，乃创意不循律制，别立禅居。初自达摩传法至六祖以来，得道眼者号长者，同西域道高腊长者呼须菩提也。然多居律寺中，唯别院异耳。又令不论高下尽入僧堂，堂中设长连床，施椸架，挂褡道具。卧必斜枕床唇，谓之带刀睡，为其坐禅既久，略偃息而已。朝参夕聚，饮食随宜，示节俭也。行普请法，示上下均力也。长老居方丈，同维摩之一室也。不立佛殿，唯树法堂，表法超言象也。其诸制度，与毗尼师一倍相翻。天下禅宗如风偃草。禅门独行由海之始也。以元和九年甲午岁，正月十七日归寂。享年九十五矣。生当元宗开元十六年。穆宗长庆元年，敕谥大智禅师。
洪州百丈山怀海禅师，福州长乐人，王氏子。儿时随母入寺拜佛，指佛像问母日：此为谁？母曰：佛也。师曰：形容与人无异，我后亦当作佛。早岁离尘，三学该练。参马大师为侍者。檀越每送斋饭来，师才揭开盘盖，马大师便拈起一片胡饼示众云：是什么？每每如此。经三年，一日侍马祖行次，见一群野鸭飞过。祖曰：是甚么？师日：野鸭子。祖曰：甚处去也？师曰：飞过去也。祖遂把师鼻扭，负痛失声。祖日：又道飞过去也？师于言下有省。却归侍者寮，哀哀大哭。同事问曰：汝忆父母耶？师曰：无。曰：被人骂耶？师日：无。曰：哭作甚么？师曰：我鼻孔被大师扭得痛不彻。同事曰：有甚因缘不契？师日：汝问取和尚去。同事问大师，曰：海侍者有何因缘不契，在寮中哭，希和尚为某甲说？大师曰：是伊会也，汝自问取他。同事归寮曰：和尚道，汝会也，教我自问汝。师乃呵呵大笑。同事复曰：适来哭，如今为甚却笑？师曰：适来哭如今笑。同事罔然。次日，马祖升座，众才集，师出卷却席。祖便下座。师随至方丈，祖曰：我适来未曾说话，汝为甚便卷却席？师曰：昨日被和尚扭得鼻头痛。祖曰：汝昨日向甚处留心？师曰：鼻头今日又不痛也。祖曰：汝深明昨日事。师作礼而退。师再参，侍立次，祖目视绳床角拂子，师曰：即此用，离此用。祖曰：汝向后开两片皮，将何为人师？取佛子竖起。祖曰：离此用，即此用。师挂佛子于旧处，祖振威一喝，师直得三日耳聋。未几，住大雄山，以所处岩峦峻极，故号百丈。四方学者麕至。一日谓众曰：佛法不是小事，老僧昔被马大师一喝，直得三日耳聋。
百丈大智禅师以禅宗肇自少室，至曹溪以来，多居律寺，虽列别院，然于说法住持，未合规度，故常尔介怀。乃日：佛祖之道，欲诞布化元，冀来际不泯者，岂当与诸部阿笈摩教，为随行耶！或曰：《瑜伽论》、《璎珞经》，是大乘戒律，胡不依随哉？师曰：吾所宗，非局大小乘，非异大小乘，当博约折中，设于制范，务其宜也。于是创意，别立禅居。凡具道眼者，有可尊之德，号曰长老，如西域道高腊长呼阿阇黎等之谓也。即为教化主，处于方丈，同净名之室，非私寝之室也。不立余殿，先树法堂者，表佛祖亲嘱受，当代为尊也。所裒学众，无多少，无高下，尽入僧堂，依夏次安排。设长连床，施椸架，挂褡道具。卧必斜枕床唇：右肋吉祥睡者，以其坐禅既久，略偃息而已，具四威仪也。除入室请益，任学者勤怠，或上或下，不拘常准。其合院大众，朝参夕聚，长者上堂，升座，主事徒众，雁立侧聆。宾主问酬，激扬宗要者，示依法而住也。斋粥随宜，二时均遍者，务于节俭，表法食双运也。行普请法，上下均力也。置十务寮舍，每用首领一人，管多人营事，令各司其局也。或有假号窃形，混于清众，别致喧挠之事，即当维那检举，抽下本位挂褡，摈令出院者，责安清众也。或彼有所犯，集众公议行责，即以拄杖杖之，遣逐从偏门而出者，示耻辱也。详此一条，制有四益：一、不污清众，生恭信故。二、不毁僧形，循佛制故。三、不扰公门，省狱讼故。四、不泄于外，护宗纲故。大众同居，圣凡孰辨。且如来应世，尚有六群之党，况今像末，岂得全无。但见一僧有过，使雷例讥诮，殊不知轻众坏法，其损甚大。今禅门若稍无妨害者，宜依百丈丛林规式，量事区分。且立法防奸，不为贤士。然宁可有格无犯，不可有犯无教。惟大智禅师，护法之益，其大矣哉!禅门独行，自此老始。清规大要，遍示后学，令不忘本也。其诸轨度，集详备也。亿叨睿旨，删定《传灯》，成书图进，因为序引。翰林学士开国侯杨亿述。
丛林以无事为兴盛。修行以念佛为稳当。
精进以持戒为第一。疾病以减食为汤药。
烦恼以忍辱为菩提。是非以不辩为解脱。
留众以老成为真情。执事以尽心为有功。
语言以减少为直截。长幼以慈和为进德。
学问以勤习为入门。因果以明白为无过。
老死以无常为警策。佛事以精严为切实。
待客以至诚为供养。山门以耆旧为庄严。
凡事以预立为不劳。处众以廉恭为有礼。
遇险以不乱为定力。济物以慈悲为根本。
一、念身不求无病，身无病则贪欲易生。
二、处世不求无难，世无难则骄奢必起。
三、究心不求无障，心无障则所学躐等。
四、立行不求无魔，行无魔则誓愿不坚。
五、谋事不求易成，事易成则志存轻慢。
六、交情不求益吾，交益吾则亏损道义。
七、于人不求顺适，人顺适则心必自矜。
八、施德不求望报，德望报则意有所图。
九．见利不求沾分，利沾分则痴心亦动。
十、被抑不求急明，抑急明则怨恨滋生。
是故圣人设化，以病苦为良药，以患难为逍遥，以遮障为解脱，以群魔为法侣，以留难为成就，以敝交为资粮，以逆人为园林，以布德为弃屣，以疏利为富贵，以屈抑为行门。如是居碍反通，求通反碍。是以如来于障碍中，得菩提道。至若鸯崛摩罗之辈，提婆达多之徒，皆来作逆，而我佛悉与记莂，化令成佛。岂非彼逆，乃吾之顺也，彼坏乃我之成也。而今时，世俗学道之人，若不先居于碍，则障碍至时，不能排遣，使法王大宝，由兹而失，可不惜哉！可不惜哉！（余略）