丛林禅寺，虽然足僧众集团专修的一个佛教社会，究竟它是具有宗教组织，和戒条的管理的。否则，在佛教慈悲平等的观念下，如果发生人事情伪的纠纷，比之普通社会，恐怕还难处理，所以传说中便有“宁带一千个兵，不带一百个僧。”就是这个意思。但是过去的住持和尚们，和其他被请任为丛林的班首执事们，他们的德行才智，姑且不论，就各人的身世经历来说，大多都还有一番涉世的经验，因此古人称此中是“龙蛇混杂，凡圣同居”，确实是最难分辨的。在中国历史上，许多失意英雄，亡国志士，或是身世有难言之痛的，很多都在心灰意懒之余，托迹禅门，参求正果，自以红鱼青磬，了此残生的，事实并不太少。当唐宋以来禅门兴盛的时候，一个丛林中所容纳的僧众，往往多经千计，所以在严格执行清规戒律以外，势必阴以兵法部勒弟子，也是极其可能的事。唐、宋、明，开国之初，少林寺等僧人，帮助李世民、赵匡胤、朱元璋辈平定天下，功成不居，退归林下，这也是历史的事实。例如田雯《游少林寺记》说：唐僧昙宗，住河南少林寺，精通武艺。武德四年，太宗时为秦王，奉命讨王世充。昙宗等十三人，参加战阵。以威猛善战，克敌制胜。太宗奉昙宗为大将军，其余不愿为官者，各赐紫罗袈裟一袭。少林寺便将石刻御剳嵌于壁间云云。
又例如《樵书二编》卷九载，僧兵湖广士兵论云：“明嘉靖癸丑，倭兵入犯苏淞海滨，以兵民御之，败而走者三十七阵矣。操江蔡公克廉募僧兵歼灭之。自后我师与倭战多凯旋。凯旋自天员一阵始也。”“倭犯杭城，三司会僧兵四十人御之。其将为天真、天池二人。天池乃少林僧。于是交兵，大破倭奴。倭人走袭上海太仓。蔡公驻节于苏，走金币至杭，聘取僧兵。杭方戒严，莫肯与。鹿园(僧名)无以谢蔡公，使入请月空等十八人，原非御寇四十人之列。三司遂听之。鹿园与月空曰：尔之见都院也，宜述僧兵众寡小敌之形，徼其礼币而善辞之，脱有不允，可荐少林僧天员为将，见讲《楞严经》于天池山中，乃将材也。月空见蔡公，辞不获，遂荐灭员。天国就聘出山，乃五月十日也。蔡公馆之于瑞光寺，与月空同处。月空领杭僧兵十八名，天员领苏僧四十八人，协力征剿。又选蛇山兵十人，与月空合为一枝。六月初十日遣哨兵六团，有贼百余人。奋力追击，贼惧而逸。复屡战辄胜，凡翁家港所逃，及老营之贼，悉剿灭无遗。计僧所伤亡者四人耳。”
尤其是朱元璋微时，曾在皇觉寺为僧，当然他了解丛林的制度，所以他的初期官制，还有如丛林班首称呼的存在，例如都察院等的称谓，便是丛林的情调。因为明代的官制，是因袭元代的旧制，再参酌唐宋的制度，加以改变而来，元代的官制，受喇嘛教和刘秉忠的影响，许多地方，都带有僧团的意味，虽然有耶律楚材之才之美，仍然难以出其窠臼。
当南宋金元之间，道士丘处机师徒等，便仿照禅宗丛林制度，创立全真道，保存民族文化。到了清兵入关以后，前明的亡国大夫，与一般有知识的人士，独抱亡国之痛，凡义不降清，或者想图谋恢复的，他们有鉴于士大夫的容易变节，便暗中联络江湖豪侠等辈，渐渐就形成为民间帮会的组织，相传如顾亭林、李二曲、黄黎洲、傅青主等人，就是在幕后倡导其事的中坚分子。当然此中参加的，一定有许多逃名避祸的明朝遗老，自藉和尚道士的身份活动的。所以这种帮会社会的组织，除以传统文化的忠孝仁义为骨干，志在反清复明，其他规矩仪式，都是仿照丛林制度的形式。例如清初的哥老会(洪帮)，以及以后分化为青帮、红帮，等等，它的外表只是一种社会活动，内在的目的，还是企图为民族国家，恢复大业。其他如在北方一带，以三教合参的理门，以后称为“理教”，它的组织，也是参照丛林制度的。等而下之，如明清两代的各种道派，以及大刀会、红枪会以及各种似道非道的道术门派，或多或少，总是因袭丛林的规矩来组织的，由此可见丛林制度，它在中国各阶层的社会里，确是有它历史上的特殊影响。