阿难同大众，听了佛的开示教海，心中的疑惑便都消除，明白了自性的实相。身意顿时感觉轻安，觉得从来所未有。他又继续问：“自性本体虚妙正觉灵明的真心，充满周遍于宇宙间。虽然能够包含孕育十方国土的佛世界中的万有，但自性还是清净庄严，依然灵妙正觉。可是佛又斥责我多学博闻是无益的，不如努力修习佛法。我今天犹如飘泊在旅途当中的人，忽蒙大王赐我富丽堂皇的大宅，但是还不知道入门的门径。希望佛的慈悲，指示我们一般在黑暗中的人，如何舍弃修学小乘，证得自性寂静的本际，开发我们明白自性真心的大道。使一般求学佛法的人，知道怎样降伏素来的攀缘心，得到总持法门，而进人佛的知见。”
这时，佛哀悯在会得到小乘果，或者对于正觉真心还不能自在的人。也为了将来在佛过世以后，末法时代想要发明真心自性正觉的人。去开示一条上乘的微妙修行的道路。就向阿难说：“你们既然决定发正觉的心，对于佛境界的灵明大定，立志勤求不生疲倦，永不退转。应该首先明白，要发明正觉自性的基本初心，开始就要认清两点决定性的义理。什么是那两点基本初心决定性的义理呢？”
“第一，你们若要舍弃小乘的声闻果，修学大乘的菩提道，进入佛的知见境界。应该仔细观察，发心的动机，与证果时候得到正觉的真心是相同的？还是不相同的？假若最初发心修证自性的时候，是用生灭的心，作为基本修行的因素，而想要用它证得佛乘不生不灭的果位，那是绝对错误的。因为这个道理，你应该透彻观察一切物理世间，可以造做的事物，都会变化消灭。你再观察世间可以造做的事物，哪一样是不坏的？但从来不曾听说虚空会烂坏，为什么呢？因为虚空不是可以造做的，所以始终不能变坏与消灭。你的身中坚固的（如骨骼等）是地的种性。润湿的（血液等）是水的种性。暖触的（温度暖力）是火的种性。动摇的（呼吸循环等）是风的种性。综合起来叫做四缠，构成一个人身。因为有此四大种性的四缠作用，分化了你澄澄湛湛圆妙正觉灵明的真心自性的功能，发展而成为身体各部分的作用。所以能看、能听、能感觉、能思惟观察，从始至终，受时间空间的五叠混浊所牵缠。何以叫做浊呢？譬如清水，本是清洁的，因为含有尘土灰沙等的物质，所以本来的清洁受了障碍，清浊两种体性，是不相同的。例如一个人，拿尘土投在清洁的水里。那么，土质就失去固定留碍的作用，同时净水也失去清洁的本相，而形成混浊的状态。所以名之为浊。你的浊，共有五种。它之所以成为浊，也同是这个道理。”
“五浊的说明: 你见到虚空遍满十方界。虚空与所见的作用，不能分别。虽有虚空现象，而没有虚空自体。虽有所见的作用，而所见的性能不能知觉。虚空与诸现象，互相交织，妄成世间相，这是第一重，叫做劫浊。你的身体，组合地、水、火、风四大种而成，见、闻、觉、知的功能，受到生理的限制，被身体上有限度的本能所留碍，而地、水、火、风的变化性能，又使你有知觉，这种心理与生理的互相变化交织，妄成精神作用，这是第二重，叫做见浊。你心里有记亿、知识、诵持、习惯等作用发生所知所见的性能，包容显现外界的色、声、香、味、触、法（事物）等影像。离开外界，就没有现象可寻。离开知觉，就没有自性可得。心里变化互相交织，妄成身心现状，这是第三重，叫做烦恼浊。你随时随地心思生灭不停，‘知见每欲留于世间，业运每常迁于国土。’意识知见，希望现实景象，永远存留于世间。但是业力自然地运行，却使一切景象，经常随时间空间而变迁。矛盾互相交织，妄成人间世事的痛苦，这是第四重，叫做众生浊。你们能见与能闻的，与本来的觉性原是没有两样。因为外界的现象不同，所以生理上的觉性作用也就互异了。而实际在心灵上又都能互相知觉，只是在应用上不一样而已。这种体用上的同异，失去准则。二者互相交织，妄成生命的历程，这是第五重，叫做命浊。”
“修证的法则：你现在要想从见闻觉知的功能上，契合自性本来常乐我净的佛境地，应当先自抉择死生的根本原因。然后依据本来不生不灭，圆满澄湛自性本能的原理。以澄澄湛湛的境界，旋转虚妄生灭的妄想作用。渐使还归于原来的本觉自性，得到元本灵明正觉没有生灭的自性本体。你应当这样来决定修学佛法的因地发心，然后再精进修证，圆成佛的果地妙用。例如要想澄清浊水。初步必须先把浊水贮放在静止的器皿里面，使它要静静地深沉不动，沙土自然会沉下，清水就显出来了。这样名叫初伏客尘烦恼。由此再加精进去掉泥滓，保持水的纯清。这样名叫永断根本无明。最后复加精进，使清洁灵明的性相益发精纯，对于一切变现不再生烦恼心。而能起一切变现妙用，都能自然而然地使之合于自性本体寂灭的清净妙德。”（以上说明，如果只依据物理生理来求自性正觉，是不究竟的。）
“第二， 你们如果决定抛弃一切小乘。发起勤求自住正觉的真心，对于大乘的菩萨道，以大勇猛的精神去求证。便应当详细审查烦恼的根本。这个使你在无始以来，发生业力生命的作用，究竟是谁作谁受呢？你要修证自住正觉，假若不详细观察烦恼的根本，就不能知道心理生理的虚妄颠倒作用，是从哪里发生的。如果颠倒在哪里还不知道，却怎样去降伏它，证取佛的果位呢?你且看世上解开绳结的人，如果他看不见结的所在，却怎样知道去解开呢?谁也没有听到虚空可以被你解开的。为什么呢?因为虚空没有形象，根本没有结需要你去解。 你要知道，现在的眼、耳，鼻、舌以及身，意，这六个就是你的贼媒，自己劫去自己的家宝。因此从无始以来，众生世界，就生出互相缠缚的纠结，所以不能够越脱物质世间。”
“众生世间与时空：怎样名叫众生世间呢？所谓世，就是时间的迁流。所谓界，就是空间的方位。你应该知道，东西南北，加上东南西南，东北西北，以及上下，都是空间的界位。过去、现在、未来，就是时间的世相。空间的方位有十位。时间迁流的数目有三个。一切众生，始终受时空的交织，构成万有的各种现象。身中的变化，与时空世界的关系，互相牵涉干扰。空间方位，虽然设立十个。它的方位，各有确定的范围，看来是很明白的。但是平常只注意东南西北四方。因为上下不能有固定的位置，中间也没有固定的地方。空间只要取四个位数就可以明白应用了。空间四位，同时间的三位，互相配合。三四四三，宛转相乘就得十二的数字。（物理作用，只有六位。生理的六根，也只有六个。与时空世界相对，分做十二位。所以身心也只取十二根尘为基数。）这些数字用时间空间的三四数再重叠相乘，就可以得到十百千的无穷数目。因此总括始终，六根当中，各各有一千两百功德。你又当在这些作用中间，决定其本能的优劣。譬如眼晴观看的本能，只可以看见前面，不能见到后方，前方完全明白，后方完全暗昧、视线旁观左右，也只能看到三分之一。综合眼睛所做的功德并不完全，只能算得三分的功能，一分却没有德业。所以当知眼睛只有八百功德。例如耳听声的本能，可以周遍一切处所。十方所发的声音，完全没有遗漏。声音一动，无论远近，都可以听得到。静止的时侯，又没有边标可穷。所以当知，耳的功能，圆满了一千两百功德。例如鼻子嗅闻的本能，可以使出入的息流通。虽然有出有入，但缺了中间的交互作用，实际鼻子的作用三分缺一。所以当知鼻子也只有八百功德。例如舌的本能，可以发出言语，宣扬表达所有世间或超越世间的智慧和理论。言语虽然有区域分别的不同，能说各种道理的功能，却无穷尽。所以当知，舌的功能，圆满了一千两百功德。譬如身体感觉知觉的本能，知道舒适与不舒适，不能有中性的知觉，离开了外物，便知道离开的作用，接触外物就有身和物的作用。因此验证身体的本能，也是三分缺一。所以当知，身体的功能，只有八百功德。例如意识的本能，能够包含十方三世，一切世间出世间的各种事物思惟的法则。无论圣人与凡夫，没有哪样不被包容。而且都可以尽其边际。所以当知，意识的功能，圆满一千两百功德。”
“身心超脱的原理：你现在想逆转生死欲海的巨流，要返还穷究生死流力的根元，达到不生不灭的自性的实际。应当体验生理的六种机体，哪个是相合的？哪个是相离的？哪个深？哪个浅？哪个圆通？哪个不圆满？如果能够在这些作用上，领悟到圃通的根本，用它来逆转无始以来互相交织的业力之流，就须要知道用哪一个修怔，容易得达圆通，哪一个不容易得到圆满。如此选择比较它的优劣，对于修行证果的时间来说，等于一日与一劫数的出入。我现在完全说明了生理六根的澄湛圆明的功能，本来所具的功德数量。随你自己去详细选择一个可以入门的，我将为你再加阐发明白，使你能够增加进步的速度。十方世间的已成佛者，在十八界的身心作用上，随便用哪一门都能修行，也都能得圆满无上正觉。在这些生理机能中间，对于他们并无优劣之分。但是你的智慧低劣，不能够在这许多作用当中，可以自在运用，自使智慧圆满。所以我才这样明白宣扬，使你只选定一门深入。只要深入一门，到达真心无妄的程度，身心的六根知觉性能，也就都能一时清净了。”
阿难又问：“如何逆转生死之流，一门深入，能使六根都得清净呢？”
佛说：“你现在已得到须陀恒果。已经灭除欲界、色界，无色界，三界中众生世间的见解上所断的疑惑。但是你还不知道生理六根的机能当中，累积有多少生世以来的虚妄习气，这些习气，还要修证才能断得。更何况这些根境作用中间，还有生起，存在、变异、灭亡四大过程中，多少不同的数量和纷繁的头绪。现在你且观察显现在前的六根功能，究竟是一个还是六个呢？假若是一个，耳何以不能见？眼何以不能听？头何以不能走路？足何以不能说话？如果六根功能决定是六个，例如我现在为你们阐扬微妙的法门，你的六根功能，是哪个来接受？”
阿难答，“我用耳来听。”
佛说：“是你的耳在所，和你的身体与口，又有什么关系？何以又用口来问道理，同时身体又起来表示恭敬呢？因此你应该知道，它不是一个就是六个，不是六个就是一个。总不能随便就说你的六根也是一个，也是六个。一定要弄清楚，六根究竟只是一个功能，还是有六个功能呢？你应该要知道：六根的功能，既不是一个，也不是六个。因为无始以来，自性圆明，妄起颠倒交互变化，才有一个或六个的作用发生。你得到须陀恒果，虽然六根的外驰习气已经消除，内在还是有一清净的境界存在。犹如一个大虚空，包含各类物质的东西。因为物质的东西形状各有不同，所现的空间就不同了。如果除去了物质东西以外去看虚空，就说虚空是完整的一个。其实，太虚空，哪里可能随你去说成同的或是不同的呢？因此，当然更不能说虚空就是一个，或者不是一个了。所以你的那个能够了然明白六根根本的功能，也同是这样的道理。因为有光明与黑暗等两种相对的现状，在圆妙的自性中，胶着澄澄港湛的酶灵明，发生能见的功能。能见的精灵与色相反映，生起变化，就凝聚成生理机能。这个机能，就是眼睛。它具备地、水、火、风四大种性能的微妙成分，构成如葡萄形状的眼珠。四大种微妙性能生起放射飘浮的作用，追逐着外界的色相。又因为声音响动与安静，两种现象互相激发，在妙圆的自性中，胶着澄澄湛湛的灵明，发生能闻听的功能。闻听的精灵与声音动静的反映，含藏声波的作用，就凝结成生理机能。这个机能，就是耳朵。也具备有四大种性能的微妙成分，构成耳朵犹如卷曲的树叶形状。四大种微妙性能生起放射飘动的作用，追逐着外界动静的音声，生起本能的奔流作用。又因为畅通与闭塞等两种不同的现象互相激发，在妙圆的自性中，胶着澄澄湛湛的灵明，发生能嗅的功能。嗅觉的精灵与香臭等气味的反映，吸收香臭的放射作用，就凝结成生理的机能。这个机能，就是鼻子。也具备有四大种性的微妙成分。如一双垂爪似的鼻子形状 。四大种微妙生起放射飘动的作用，追逐着外界香臭等气味而起本能的奔流作用。又因为淡味与各种变味的两种现象互相参合，在妙圆的自性中，胶着澄澄湛湛的灵明，发生能尝味的功能。能尝的精灵与各种变性滋味的反映，产生能尝滋味变化性的功能就凝结成生命的机能。这种机能，就是舌头。也具备有四大种性能的微妙成分，犹如偃月形状的舌头。四大种微妙性能生起放射变化的作用，追逐着滋味的变化性而起本能的奔流作用。又因为分离与接触两种相反的现象互相摩擦，在妙圆的自性中，胶着澄湛湛灵明，发生能感觉接触的功能，能感觉的精灵与接触反映，生起变化，就凝结成生理感触神经的全部机能。这个功能，就是整个身体，也具备有四大种性能的微妙成分，犹如充满空气的皮囊形状，四大种微妙性能生起放射感受作用，追逐着外界的感触而起本能的运动作用。又因为生起和变灭两种现象互相连续不断，在妙圆的自性中，胶着澄澄湛湛的灵明，发生能知觉的功能。知觉的精灵与事物的法则反映，集揽累积事物的法则，就形成身心知觉的机能。这个机能，也具备有四大种性的微妙成分，形成意识思想，犹如阴暗室内看影像的现状。四大种微妙性能生起放射思想作用，追逐着外界事物的法则。”