接下来是佛的慈悲。
“设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。”“设”，就是现在白话文－－假使。希望我成佛的时候，在我的佛土中，假使有人犯了这些戒行，只要一听到我的名号－－药师琉璃光如来，便会获得清净。
当我们一念“药师琉璃光如来”的名号，自私心就来了，心想他大概会送点药给我吃吃；再念“消灾延寿药师佛”那可乐了！又来给我们消灾，又给我们延寿，又给我们药吃，最后还让我们发财，对不对？如果以这种心情念，不知道灵不灵？庄子说：“夫子之心，其蓬也夫。”琉璃光明怎么进得来？并非他不进来，好比普照大地的阳光，并非阳光不照你，是我们自己挡住了光明。“拍案惊奇”的作者淩蒙初有两句诗说得好：
我本将心向月,奈何明月照沟渠
所以要看清除，“闻我名已”，不是听人家念，闻的下面是思、修、慧。“官印阀门”从闻思修入三摩地。听了这个道理以及佛的愿力后，要用心思惟，要去研究。一般人大多在迷信中学佛，念佛有三种心态。
（1）依赖心。好像念了一万声佛，佛就欠了你似的。
（2）功利。哼！我佛都念了，结果还是没有效果，你说气不气人？这是功利主义。
（3）糊涂心。只晓得念，脑子也不思考，不知道佛号所包含的意义。佛法并没有禁止你思考，处处都叫你正思惟修，否则就是迷信。
然而佛法绝对不是迷信，何以不是迷信？因为任何一个法门的修持都是从“闻，思，修”而证得菩提。所以，我们看经，文字都很容易懂，正因为文字太容易懂，就不去思惟。人都有惰性，吃饱了饭就懒得用心，不喜欢用脑子，还以为自己了解呢？
其实，再进一步，听到“药师琉璃光如来”的名号，何以能够使我们烦恼、污染的心还得清净？换句话说，你的心光、性光要与药师佛的心光相感应，自心还到自性的光明中，那是最大的大药，这个药是不死之大药，所以药师如来是修长寿法。
西藏密宗的修法很有意思，很有趣，也很有深意。他传你修破瓦法的时候，一定同时传你修长寿法，不死之法。因为光修破瓦法，很容易走掉，同时修药师琉璃光如来的长寿法，你才可以留形住世，等到要走的时候，潇洒而去。因此弥陀佛修法一定配合药师佛法合修。
事实上，东方琉璃光世界与西方极乐世界是相通的，这个道理在《法华经》、《维摩经》都已经讲得非常清楚。再说，真到了愿力修持成就；怎么叫成就啊？“还得清净”时，梵行成就，念得一念回机，得到清净，你的心光自然与十方三世一切诸佛光光相接。药师如来就是光，不过不是世间的光。
药师如来的愿力使一切众生不至于犯戒，也就是没有一个众生不道德，因此也不会堕落在恶道；恶道众生都因为不道德而堕落进去。此道德之标准包含内容广泛，那就是“三聚戒”。
看了药师佛的第五大愿，是否想到它与中国文化的“改过迁善”和论语“过则勿惮改”的道理完全一样？这又证明《药师经》与东方文化的关系密切。