刘宗周是明代最后一位儒学大师，也是宋明理学（心学）的殿军。他著作甚多，内容复杂而晦涩。他开创的蕺山学派，在中国思想史特别是儒学史上影响很大。清初大儒黄宗羲、陈确、张履祥等都是这一学派的传人。刘宗周的思想学说还具有承先启后的作用。当代新儒家学者牟宗山甚至认为，刘宗周绝食而死后，中华民族的命脉和中华文化的命脉都发生了危机，这一危机延续至今。
刘宗周，初名宪章，字起东（一作启东），号念台，浙江山阴（今浙江绍兴）人。后因讲学于山阴县城北蕺山，学者尊称为蕺山先生。他出生后不满一岁，父亲就去世了，因此，自幼随母依养于外祖父章颖家中。
章颖字叔鲁，别号南洲，是当时浙东一带很有名气的儒者，精通《易》学。年青时期屡试不第，遂以讲学为生，与族兄章礼、章焕号称章氏三杰。他有一套独特的教学方法，故门生之中不乏擢高第、登显宦的人，如徐阶、陶望龄、周应中等著名学者和官僚都出自他的门下。
刘宗周受到外祖父的培育，学问日进。17岁时，又从鲁念彬学习制艺。由于他本人的努力，加上先生善于造就，只用了一年左右的时间，刘宗周的八股文就做得很好，为以后登第创造了条件。
万历二十五年（1597），刘宗周考中了举人，4年以后，考取了进士。但因母亲去世，他没有受官。后来经人介绍，他又师从湖州德清学者许孚远。
许孚远字孟仲，号敬庵，是湛若水（甘泉）门下唐枢（一庵）的弟子。其学以“克己”为要，“笃信良知，而恶夫援良知以入佛者”，因此与罗汝芳（近溪）一派讲学不合，认为罗及其弟子“以无善无恶为宗”，不合王阳明的“正传”，故作《九谛》与之论难。刘宗周拜许为师时，问为学之要，许告以“存天理，遏人欲”。刘宗周受许孚远影响很大，从此“励志圣贤之学”，认为入道莫如敬，以整齐严肃人，“每有私意起，必痛加省克。”
次年（万历三十二年，1604年），刘宗周北上京师赴选，任行人司行人。路过德清，拜别许孚远，许勉励他“为学不在虚知，要归实践”，刘宗周“为之猛省”。他一生对许非常推崇，曾说：“余年26，从德清许恭简公游，邑己问学，于今颇有朝闻之说”，“平生服膺许师”。后来他提倡“慎独”之说，与许孚远很有关系。
当时朝政黑暗，权臣当道，朋比为奸，排斥正人。万历皇帝昏庸腐朽，深居官中，服食炼丹，数十年不出，大明江山，已是“山雨欲来风满楼”之势。刘宗周任官不到一年，就以侍亲为由，告辞还乡。不久，外祖父、祖父相继去世，他承重守制，于居丧之暇，在大善寺僧舍延课生徒，以此为生。他闲居七年，贫病交加，敝衾破缶，衣食不继，往往靠借贷度日。但他足迹不至公庭，官吏有慕名造访的，他也拒而不见。
万历四十年（1612），因人推荐，朝廷下诏恢复刘宗周行人司行人的旧职。在北上途中，路过无锡，拜访高攀龙。高与顾宪成都是当时的理学巨子，又是东林书院的创建人，天下士大夫仰之为泰山北斗。刘宗周在无锡短暂停留，与高相互切磋学问，有问学三书，一论居方寸，二论穷理，三论儒释异同与主敬之功。从此刘宗周论学更反躬近里，从事治心之功。
当时东林党人与朝中大臣互相攻讦，形同水火。刘宗周上《修正学以淑人心以培养国家元气疏》，指出当时廷臣日趋争竞，党同伐异之风行，而人心日下，土习日险。他希望朝廷化偏党而归于荡平，不必以门户分邪正。这篇奏疏对当时的党争作了持正的分析，不全以东林党人为是，也不全以东林党的政敌为非。但朝中党派倾向已很明显，刘宗周在前疏中发明顾宪成之学，被认为同情东林党。他鉴于群小在位，党祸将兴，就申文吏部，请给假放归。这时江西巡抚韩浚上疏弹劾刘宗周，比之为少正卯，说他“行伪言坚”，足以乱天下而有余，乞赐尚方加诛，以为惑世诬民之戒。归于顾，刘廷元又相继对他进行攻击。于是他踏上了归乡之路。
解官后，刘宗周的心情反而觉得轻松。他早就想潜心学问，摆落世事的缠绕。在《与周生书》中，他写道：
不佞少而读书，即耻为凡夫。既通籍，每抱耿耿，思一报君父，毕致身之义。偶会时艰，不恤以身试之。风波荆棘之场，卒以取困。愚则愚矣，其志可哀也。然而苦心熟虑，不讳调停，外不知群小，内不见有诸君子，抑又愚矣，其志亦可哀也。嗟乎，时事日非，斯道阻丧，亟争之则败，缓调之而亦败。虽有子房，无从借今日之著，直眼见铜驼荆棘而已！《易》曰：“小人剥庐，终不可久也。”此曹何利之有？吾侪为天地立心，为生民立命，万物一体，亦会为此曹著忙。若夫一身之升沉宠辱，则已度外置之矣。惟是学不进，德不修，快取容足之地，而亡其所为天地立心，生民立命之血脉，于世道人心又何当焉？此不佞之所倦倦而不容自已也。昔韩退之中废，作《进学解》以自励，遂成名儒，其吾侪今日之谓乎！
小人当道，国事日非，既不能作济世之名臣，不妨作一个弘道之名儒。因此，刘宗周更加走向了注重内省的治学道路。
刘宗周“早年不喜象山、阳明之学”，认为陆、王心学“皆直信本心以证圣，不喜言克己功夫，则更不用学问思辨之事矣”，容易导致禅学化。所以他曾说：“王守仁之学良知也，无善无恶，其弊也，必为佛老顽钝而无耻。”但到了中年，他的学术主张发生了很大变化。这次解官后，他闭门读书，“悟天下无心外之理，无心外之学”，转向了陆王心学，著《心论》一文，阐发了自己的心学观，认为“只此一心，散为万化，万化复归于一心”，“大哉心乎，原始要终，是故知死生之说”。表明刘宗周完成了对心学从“始而疑”到“中而信”的转变。
在教学之暇，刘宗周撰成《论语学案》、《曾子章句》两部重要著作。在《论语学案》中，刘宗周强调“学字是孔门第一义”，指示“君子学以慎独，直从声外立根基”，“视听言动，一心也；这点心不存，则视听言动到处皆病，皆妄矣。若言视思明，听思聪，言思忠，动思敬，犹近支离。”反映了他的学术思想既由心学中脱胎，又希望矫正心学之失的特征。这表明刘宗周对阳明心学开始了由“中而信”到“终而辨难不遗余力”的转变。
刘宗周家居三年。这期间，他的学术思想日渐成熟，名声远扬。而这时明朝的内忧外患也越来越严重，东北的满洲日益强大，明军连年失利；朝中则党争不已，政治腐败。刘宗周虽身在江湖，但还是心系魏阙，不在其位，并非不谋其政。他在《与周绵贞（起元）年友书》中，以强烈的忧患意识写道：
今天下事日大坏，莫论在中在外，皆急需匡救，以缓须臾之决裂。况遐荒远激，尤非帖然无事之日，又重以茸囗子之酿成弊也久矣。今得一二正人在事，地方之患犹不至一日瓦解耳。敌患孔亟，当事者苟率而处军国，无一举动可人意，恐旦夕有变，吾辈士大夫诚不知死所。
他认为，国事弄到现在这个样子，“吾党与有罪焉”，不能只怪所谓“奸党”。他对“正人”的行为作了深刻的反思，指出“吾辈出处语默之间，亦多可议。往往从身名起见，不能真心为国家。”只顾自家博取好名，不以国家为念，如果天下一旦土崩瓦解，将死无葬身之地。所以刘宗周痛切地说：“所云吾党之罪，在宋人之上，不为虚也！”
明熹宗即位，登用东林党人，刘宗周被起用为礼部仪制司添注主事。这时熹宗乳母客氏、近侍魏忠贤干预朝政，刘宗周上疏参劾。疏入，传旨廷杖六十，幸得叶向高相救获免。当时上书者多请逐客氏，而纠弹魏忠贤，则自刘宗周始。后来魏忠贤大兴党祸，扰乱国家，刘宗周不幸而言中。天启三年（1623），刘宗周升为尚宝少卿，旋告归。次年，奉圣旨“刘宗周升通政司右通政”，朝廷照会赞扬刘宗周“千秋间气，一代完人。世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗。”将推他进入内阁。但刘宗周鉴于群贤被逐，不愿出山。他上疏推辞说：“世道之衰也，士大夫不知礼义为何物，往往知进而不知退。及其变也，或以退为进。至于以退为进，而下之藏身愈巧，上之持世愈无权，举天下贸贸然奔走于声利之场。”他要以自己的行动，来矫正士风，砥砺气节，为衰世树一榜样。他又作了二疏，一申理诸君子发明忠邪之界，一参魏忠贤误国之罪。二疏送到通政司，司中人目瞪口呆，说：“此何时？进此疏耶？大祸立至矣。”仅把辞职一疏上闻。果然熹宗大怒，降旨说：“刘宗周藐视朝廷，矫性厌世，好生恣放！着革了职，为民当差，仍追夺诰命。”
此时魏忠贤阉党当道，缇骑四出，削籍的士大夫遍天下。刘宗周既因得罪魏忠贤得祸，于是慨然叹道：“天地晦冥，人心灭息，吾辈惟有讲学明伦，庶几留民彝于一线乎！”他召集诸生，于蕺山之麓会讲。他认为世道之祸，酿于人心，而人心之恶，以不学而进；今日理会此事，正欲明人心本然之善，他日庶不至凶于尔国，害于尔家。
会讲每月举行一次，到年终辍讲。每次会讲，刘宗周都令学者收敛身心，使根抵凝定，为人道之基。他曾说：“此心绝无凑泊处。从前是过去，向后是未来，逐外是人分，搜里是鬼窟。四路把截，就其中间不容发处，恰是此心凑泊处。此处理会得分明，则大本达道，皆从此出。”于是他提出“慎独”之说，作为自己学术思想的根本所在。
“慎独”说是刘宗周学说的宗旨。他在自己的著作中反复强调“慎独”之重要。他说：
慎独是学问的第一义。言慎独而身、心、意、知、家、厕、天下一齐俱到。故在《大学》为格物下手处，在《中庸》为上达天德统宗、彻上彻下之道也。
又说：
《大学》之道，一言以蔽之，日慎独而已矣。《大学》言慎独，《中庸》亦言慎独。慎独之外，别无学也。
可见刘宗周把“慎独”提到了很高的地位。他认为“君子之学，慎独而已矣”，“学问吃紧工夫，全在慎独，人能慎独，便为天地间完人。”[?那么什么是“独”？刘宗周的学生陈确解释说：“独者，本心之谓，良知是也。”“独”即是本心，即是良知，是人具有的一种主观道德能力，“慎独”则是一种内省的道德修养功夫。刘宗周把“独”提升到本体论高度，而把“慎独”说成是最重要的修养方法：“独之外别无本体，慎独之外别无功夫。”“独即天命之性所藏精处，而慎独即尽性之学。”所以，“独”是“至善之所统会”，所谓“致知在格物，格此而已。”“独者，物之本，而慎独者，格之始事也。”这里，不仅宇宙中的万事万物，而且人类的一切道德准则都统摄在“独”（或者叫本心、良知）之中：“独中具有喜、怒、哀、乐。四者，即仁、义、礼、智之别名。”
既然“独”相当于王阳明所说的“良知”，“慎独”的功夫相当于“致良知”，那么为何刘宗周还要立异呢？他本人对此有所解释：
千古相传只慎独二字要诀，先生（指王阳明）言致良
知，正指此。但此独字换良字，觉于学者好易下手耳他认为“良知”说不如“慎独”说简易明白，后者更便于学者下手。而且“良知”说还有流于禅学的危险。
“慎独”说是刘宗周的道德修养论。他在当时历史条件下提出“慎独”，主要是针对当时的士风，希望通过内省的功夫，收拾人心，使人人向善，跻于道德之域，以解救“世道之祸”。因此，他高度概括了“慎独”的重要性：
君子由慎独以致吾中和，而天地万物无所不本、无所不达矣。达于天地，天地有不位乎？达于万物，万物有不育乎？天地此中和，万物此中和，吾心此中和，致则俱致，一体无间。
人心与天地、万物关系极大，通过“慎独”的功夫治心，心为天地万物之本，本正则天地万物悉正，以此为出发点，齐家则家齐，治国则国治，天下太平则易如反掌。这里，体现出刘宗周思想的心学特征。
“诚意”与“慎独”密切相关。如果说“慎独”是刘宗周全部学说的宗旨，那么“诚意”则是他的全部学说的根基。这里，先要理解什么是“意”。刘宗周说：
意者，心之所以为心也。止言心，则心只是径寸虚体耳，著个意字，方见下了定盘针，有子午可指。
心之主宰日意，故意为心本。不是以意生心故曰本，犹身里言心，心为身本也。
因此，“意”是“心”之本体，是人心中超越的价值，是“至善”，是“道心”，是“至善之所上”。刘宗周还特别指出，“意”是“有而未始滞于有，无而未始沦于无，盖妙于有无之间而不可以有无言者”，也就是说，“意”合摄了一切价值但又不表现为任何具体的价值规定，具一切相而不落于任何实相。所以“意为心之所存，非所发”，为未发之中。
“意”既然不是现实的活动，而只是一种超越的潜存，那么它就不可能是“动念”，而是“至静”。刘宗周与弟子的一段对话说：
在关于“未发之中”这一点上，刘宗周揭出“意”这一个重要范畴，指出“意无所为善恶，但好善恶恶而已”，也就是说，“意”只是善必好，恶必恶的一种潜在意向，不是好善恶恶的具体活动。由此出发，他对朱熹、陆九渊、王阳明等人都进行了批评：
朱子惑于禅而辟禅，故其失也支；陆子入于禅而避禅，故其失也粗；文成（即王阳明）似禅而非禅，故不妨用禅，其失也玄。
刘宗周所说的一意”既然如此，那么如何“诚意”呢？他说：
意根最微，诚体本天。本天者，至善者也。以其至善还之至微，乃见真止；定静安虑，次第俱到。
也就是说，通过“定静安虑”的功夫，使意“以其至善还之至微”，以实现对超验价值本体的还原。《中庸》说“诚者，天之道也；诚之者，人之道也”，《孟子》说“诚者，天之道也；思诚者，人之道也”，“诚意”就是要以“思诚”的人道践履实现天道的本诚。刘宗周说：“诚意云者，即思诚一点归宿工夫也。”正因为“诚意”是一点归宿功夫，故正心先诚意，这是“由末以之本”，因为“诚以体言，正以用言”，诚意是体，正心是用。
“诚意”的功夫就是“慎独”。刘宗周说；
《大学》之道，诚意而已矣。诚意之功，”慎独而已矣。意也者，至善归宿之地，其为物不二，故曰独。其为物不二，而生物不测，所谓物有本末也。格物致知，总为诚意而设，亦总为慎独而设也。非诚意之先，又有所谓致知之功也。故诚意者《大学》之专义也，前此不必在格物，后此不必在正心也。亦《大学》之了义也，后此无正心之功，并无修治平之功也。
这样，诚意、慎独与致知、正心实际上是合一的，没有先后之分，格物致知的目的就是诚意。在《学言》中，刘宗周又说：
《大学》之教只要人知本。天下国家之本在身，身之本在心，心之本在意。意者，至善之所止也，而工夫则从格致始。正致其知本之知，而格其物有本末之物，归于止至善云耳。格致者，诚意之功。功夫结在主意中，方为真功夫。如离却意根一步，亦更无格致可言。故格致与诚意，二而一，一而二者也。
可见，格致是诚意的手段或方式（功夫），诚意则是格致的目的或归宿。通过“格物致知”这样的经验性方式，去体认人心中的超越的至善本体——意。因此，格致与诚意是二而一、一而二的。
牟宗三先生将刘宗周这种“诚意”、“慎独”的学说概括为“以心著性”、“归显于密”。的确，诚意、慎独的内倾性极为明显。刘宗周希望通过对内在超越的道德本体的探求，找到一个现实道德实践的理论基础，然后再向外展开，去寻求这种超验本体的实现方式，达到本体与功夫的合一，由诚意而正心、修身、齐家、治国、平天下。
刘宗周被革职后，闲居讲学达四年之久。在这一时期，明代闭祸达到顶峰。东林、首善等讲学书院被毁，并榜东林党人姓名于天下。很多士大夫被削籍为民、逮捕入狱甚至被处死，知识界遭受到空前浩劫。天启五年（1625）七月，杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等“六君子”先后被魏忠贤掠杀于镇抚司狱中。这六人之中，有好几位都是刘宗周的密友。刘宗周知道他们的死讯，以悲愤的心情写了一篇《吊六君子赋》。随后，密友高攀龙自沉于止水，黄尊素也被杀害。刘宗周本人也被列入了黑名单。不久熹宗崩，信王朱由检嗣位，改元崇祯，大赦天下，解除了党禁，斥逐阉党，为死难者恢复名誉，给还削籍诸臣官诰。刘宗周才幸免于难，被起用为顺天府尹。崇祯即位之初，即欲改弦更张，励精图治，朝政出现了一些新气象，明朝的社稷似乎有了一线新希望。刘宗周饱含热情，来到北京，上《面恩预矢责难之义以致君尧舜疏》，希望崇祯“超然远览，以尧舜之学，行尧舜之道”，崇祯认为这是迂阔之言。崇祯求治心急，人才、饷粮、流寇、边患等常萦绕在心，希望群臣能拿出一些行之有效的具体措施。刘宗周却认为这些都是刑名之术，近于功利，人主应以仁义为本。因议论不合，他只作了一年顺天府尹，就告病回乡，与陶爽龄成立“证人社”，会集同志讲学。会期定于每月的三日这天，辰集午散。刘宗周撰定《证人社约》，分为学撤、会仪、约言、约戒四部分，作为证人社的章程。后来刘宗周将证人社历次会讲编为《证人社语录》。
这以后，刘宗周又独自讲学，先后著《第一义》等说，辑《乡约小相编》、《刘氏宗约》、《圣学宗要》，著《证人小谱》，又辑《孔孟合壁》、《五子连珠》等书，一方面对程朱陆王的学说进行筛选，另一方面继续自己独立的思考和学术活动，完善自己的哲学思想。
崇祯九年（1636），朝廷诏升刘宗周为工部左侍郎。此时东北满洲已建国号为清，日益强大；明王朝内部人民起义已经如火如荼，江山已摇摇欲坠，崇祯求治的希望化为泡影。刘宗周多年赋闲，对明王朝的痼疾了解得很清楚。冰冻三日，非一日之寒，急功近利，是无法解决国家的根本问题的。他希望能从皇帝本人做起，先修德治心，亲近儒臣，这才是为治的根本。他向崇祯上《痛切时艰直陈转乱为治之机以仰纾宵旰疏》，历数从前弊政，请崇祯帝更调化瑟。他说：
抑臣闻之，有天德者然后可以语王道，其要在于惧独。故圣人之道，非事事而求之也。臣愿皇上视朝之暇，时近儒臣，听政之余，益被经史，日讲求二帝三王之学，求其独体而慎之，则中和位育，庶几不远于此而得之。
刘宗周向崇祯推销自己的“慎独”之学，崇祯帝当然不会感兴趣。这位后来的亡国之君急求向往的是如果打退清兵，平息内乱，如何筹集军饷，解决财政危机。他认为刘宗周的话是迂阔无用的陈词滥调。疏中刘宗周对他的所作所为加以批评，这位刚愎自用的皇帝不想再听逆耳之言，龙颜大怒，传谕内阁，想加以重处。后来他又想，刘宗周素有清名，不妨放他一马，我也乐得一个能容直言的名声。刘宗周才得以平安过关。
也许作名儒比作名臣容易一些，刘宗周入朝后，很有些勉为其难。他在给儿子刘伯的信中说：
勉强拜命，真如牵羊人屠肆耳。及既拜命，则不便再容易抽身，只得以老病之身许之君父，意欲得当以报君恩，以了生平耿耿之怀，是以有前日之疏。
既然入了朝廷；食了君家的俸禄，就要为朝廷分忧。但犯颜直言吧，人家认为迂阔，不高兴，不说吧，又对不起自己作为孔孟之徒的良心。刘宗周就是以这种心情，勉强入仕。他始终认为，人心为祸之烈，皇帝躬亲庶务之非，必须自去其聪明，慎独用贤，昭世教以正人心，崇儒重道，始可救衰亡于万一。但他对国家大事的关切，得不到皇帝的赏识。这时有人上疏说“刘宗周才谓不足而道学有余，主治未获经纶之益，甄士殊多砥砺之功”，于是刘宗周再次告病求归。行至德州，上《微臣身切时艰敢因去国之辙恭申慰悃兼附刍荛之献疏》，极言贤奸颠倒，任用匪人之祸，崇祯大怒，降旨：“刘宗周明系比私敌政，颠倒是非，姑著革职为民！”
政治上的失意，却换来了学术上的丰收。刘宗周从宦海漩涡之中解脱出来，将更多的时间投入讲学与著述之中。在他的学术主张中，“诚意”、“慎独”始终占据了重要地位。但直到这时，他才把自己关于《大学》“诚意”、《中庸》“已发”、“未发”的学说向学者系统地公开，刘宗周的哲学思想已臻于定型。
崇祯十一年（1638），刘宗周完成了《阳明先生传信录》一书的删定。他做这项工作的目的，是要纠正王学末流之弊，故选录他认为功夫最切近、最合于王阳明早年笃实精神的部分，并加了按语，反复辨析，澄清混乱。早在天启六、七年间，刘宗周就辑过《皇明道统录》一书，共七卷，体裁仿朱熹《名臣言行录》，首记平生行履，次抄语录，末附断语，褒贬俱出独见。该书对当世推为大儒的薛(王宣)、陈献章、罗钦顺、王畿等人都有贬词，而对曹端、胡居仁、陈选、蔡清、王守仁、吕(木冉)诸人无间言。当时他特别推崇王阳明，说：
先生承绝学于词章训治之后，一反求诸心而得其所性之觉日良知，因示人以求端用力之要日致良知。良知为知，见知不囿于闻见；致良知为行，见行不滞于方隅。即知即行，即心即物，即静即动，即体即用，即功夫，即本体，即上即下，无之不一，以救学者支离眩骛务华而绝根之病，可谓震霆启寐，烈耀破迷，自孔孟以来，未有若此之深切著明者也。
但是，因王阳明的学说与朱熹之说不无抵牾，且极力表章陆九渊，故有人疑“良知”之说或出于禅。刘宗周虽然承认阳明之学“从《五经》中印证过来，其为廓然圣路无疑”，但又说：“特其急于明道，往往将向上一几，轻于指点，启后学躐等之弊有之”。由于王阳明语焉不详，后学之人曲解了他的意思流入禅学，这在阳明弟子王畿（龙溪）那里表现得尤为明显。刘宗周批评说：“至龙溪直把良知作佛性看，悬空期个悟，终成玩弄光景，虽谓之操戈入室可也。”操戈入室，指入禅门之室。如关于有名的“四句教”，刘宗周认为考之《阳明集》中并不经见，为阳明的未定之见，平日虽曾说过这样的话，但未敢笔于书以滋学者之惑。至王畿始云“四有之说，猥犯支离”，势必进之四无而后快。刘宗周批评说：
既无善恶，又何有心意知物？终必进之无心无意无知无物而后玄。如此，则致良知三字著在何处？
王畿“四无”说，认为“心是无善无恶的心，意是无善无恶的意”，将心中本来具有的“意”的至善品格抹杀了，只剩下一个空寂虚无的心，这样，就堕入了禅学，使“致良知”三字没有了着落。
刘宗周虽然没有过多地对王阳明进行正面批评，但他认为王阳明在有些问题上语焉不详可能导致后学者误入歧途。因此，他极力辨解王阳明“似禅而非禅”。王阳明主张“看喜怒哀乐未发前气象”本身没有错，这正是儒家修养的正途，错的是他不知先天有止，却叫人在念起念灭时用为善去恶之力，终非究竟一着，故失之粗。
对于“四句教”，刘宗周认为其根本错误在于对“意”的理解上。他多次说过。“阳明将意字认坏”，“先生解《大学》，于意字看不清楚”。如第一句“无善无恶心之体”，刘宗周认为应该改为“有善无恶心之体”。因为“意”为心体，是人类具有的一种先天性的好善恶恶的潜能，应该是纯粹的善。第二句“有善有恶意之动”则错得更远。因为“意”是超越动静的“至静”，它是不动的，是“未发”，动的是“念”。第三句“知善知恶是良知”第四句“为善去恶是格物”虽然没有大错，但因大本已失，所谓“良知”，所谓“格物”也就徒劳无功。所以刘宗周总结说：
若心体果是无善无恶，则有善有恶之意又从何处来？知善知恶之知又从何处来？为善去恶之功又从何处起？无乃语语断流绝港乎！
王畿从王阳明“四句教”中推论出“四无说”，就与禅学没有什么区别了。因此刘宗周又对禅学进行了批评。他说：
释氏之学本心，吾儒之学亦本心，但吾儒自心而推之意与知，其功夫实地却在格物，所以心与天通。释氏言心便言觉，合下遗却意，无意则无知，无知则无物，其所谓觉，亦只是虚空圆寂之觉，与吾儒尽物之心不同。
对禅学的批评实际上就是对王畿等人的批评。他认为禅学、儒学虽然都在谈“本心”，但禅学之“本心”没有任何内容，是虚寂，而儒学之“本心”中有“意”这种超越的至善存在。所以两家在认识心的本体上有很大差别。不仅如此，在功夫上也是截然不同的。禅学的功夫是觉，通过顿悟去觉此心之空，万事皆空；儒家则强调“格物”的功夫，由格物而有三纲领八条目。王畿的“四无说”，以党育性，一觉无余事，是率天下都是禅，因而背离了儒学，甚至也不合王阳明的原意。刘宗周主张将“四无说”改为“四有说”，即：“心是有善无恶的心，则意亦是有善无恶之意，知亦是有善无恶之知，物亦是有善无恶之物。”这样，就解决了本体与功夫之间的关系问题，划清了儒与禅间的界线。
除《阳明先生传信录》外，刘宗周还撰定了《经籍考》、《古学经》，辑《古小学集记》、《古小学通记》，并著《原旨》、《治念说》。这些学术活动的目的，都是与他的学术主张密切相关的。
崇祯十五年（1642），刘宗周被重新起用为左都御史。尽管刘宗周不太情愿复出，但君命难违，他还是去了。入朝后，刘宗周多次上疏，请崇祯革除弊政，以摆脱国家的危机。在《敬循职掌条列风纪之要以佐圣治疏》中，他提出“建道撰”、“贞法守”、“崇国体”、“清伏奸”、“惩官邪”、“饬吏治”等策略。刘宗周虽素负清望，但毕竟只是一位饱读诗书的学者、思想家，而不是一位运筹帷幄的政治家，因此他的一些主张并不合时宜。在当时明朝江山已是风雨飘摇，但刘宗周认为“今天下非无才之患，而无本心之患”，因此主张“治心”是解救时艰的根本。他要求崇祯“明圣学以端治本”、“躬圣学以建治要”、“崇圣学以需治化”。这表明在刘宗周那里，儒家经世致用的实效已经丧失。
在关于西洋传教士汤若望的争论中，刘宗周的主张更暴露出当时儒学已经缺乏应变能力。崇祯帝在万般无奈的情况下，打算用汤若望制造火器，希望利用西洋的先进技术，解决内忧外患问题。如果崇祯此举能顺利进行，也许中国可以从此由冷兵器时代进入火器时代，并由兵器制造业引发一场工业革命，甚至中国近四百年的历史都要重写。但是，刘宗周坚决反对重用汤若望，更坚决反对制造火器。他说：“臣闻用兵之道，太上汤武之仁义，其次桓文之节制，下此非所论矣。”“今日不待人而恃器，国威所以愈顿也。”“火器终无益于成败之数。”他把汤若望看成异端之人，请崇祯“放还本国，以永绝异端之根。”他坚持“仁义”说，反对革新兵器，更拒绝接纳西洋的天主教。表明儒家传统已失去了宽宏大量的开放精神，这也许是近四百年来中国落伍、中华文化发生危机的原因之一。
崇祯帝急于求治，刘宗周却说先治心，崇祯帝要求才望之士，刘宗周却说操守第一；崇祯帝访问退敌弭寇之术，刘宗周却说仁义为本。故崇祯说他“愎拗偏迂”，又一次将他革了职。这一年刘宗周六十五岁，这是他第三次被革职。他在《与祁世培书》中说：“抱头南下，便无面目见江东父老。”
革职后，刘宗周继续进行学术活动，发挥“诚意”、“慎独”的学术思想。他又写下了《读易图说）、《易衍》、《古易钞义》、《大学诚意章章句》、《证学杂解》、《良知说》、《存疑杂著》等重要著作。他对王阳明及其后学进行了批评，认为“后来学问只有一个工夫，凡分内分外，分动分静，说有说无，劈成两下，总属支离。”他对先儒分析支离之说，统而一之，兹列表如下：
可见，刘宗周在一些关键问题上，对宋明理学进行了总结。
崇祯十七年（1644），李自成率领的农民军攻破北京，崇祯自缢身亡。福王朱由崧在南京监国，建立南明，诏起复刘宗周左都御史原官。福王政权不仅于内政外交上没有任何作为，反而继承了崇祯朝的所有弊端：党争，苛敛，苟且偷安，等等。刘宗周上疏献计，一曰据形势以规进取，一曰重藩屏以资弹压，一曰慎爵赏以肃军情，一曰核旧官以立臣纪。又上疏请诛内外不职诸臣，于是他成为众矢之的，受到排挤。刘宗周对崇祯亡国的原因进行了分析，认为“先帝无亡国之征，而政之弊有四：一曰治术坏于刑名，二曰人才消于党论，三曰武功丧于文法，四曰民命促于贿赂，所谓四亡征也。”他希望福王政权能改弦易辙，吸取教训，但这只是他一厢情愿。在愈演愈烈的党争中，他不得不辞职。但他没有忘记尽一个孔孟之徒的责任，在出都门前，上《再陈谢悃疏》，对福王进行最后忠告。他的忠告有五条：一曰修圣政，无以近娱忽远猷；二曰振玉纲，无以主恩伤臣纪；三曰明国是，无以邪锋危正气；四曰端治术，无以刑名先教化；三曰固邦本，无以外衅酿内忧。福王不予理睬。刘宗周历经万历、天启、崇祯、弘光四朝，“通籍四十五年，在仕六年有半，实立朝者四年。”
回到绍兴后，刘宗周与门人编定了《中兴金鉴》。该书原本为福王而作，旨在总结历史上中兴之主的历史经验，作为福王的借鉴。分为祖鉴、近鉴、远鉴、王鉴、五帝鉴。该书最终没能送到福王手中。刘宗周又对《大学》进行了考订，著《大学参疑》，确定了《大学》的文本，并略为诠解。
这一时期他最重要的工作是改订《人谱》。该书原名《证人小谱》，成书于崇祯七年（1634），以后三易其稿。在定稿自序中，刘宗周说：
刘宗周对《人谱》极为重视。他认为佛教谈因果、道教谈感应，都出于功利目的，不能真正成就圣贤人格。而儒者所传的《功过格》，也难免入于功利之门。他认为：“今日开口第一义，须信我辈人人是个人。人便是圣人之人，圣人却人人可做。”如何成圣？这便是《人谱》一书的目的。该书先列《人极图》，第二篇为《证人要旨》，第三篇为《纪过格》，最后附以《讼过法》、《静坐法》、《改过说》。“言过不言功，以远利也。”他认为“诺人者莫近于是”，“学者诚知人之所以为人，而于道亦思过半矣。将驯是而至于圣人之域，功崇业广，又何疑乎！”
《人谱》是刘宗周的绝笔。他后来在绝食期间对儿子刘灿说：“做人之方，尽于《人谱》。”弘光元年（1635）五月，清兵攻破南京，福王被俘遇害，潞王监国。六月十三日，杭州失守，潞王降清。十五日午刻，刘宗周听到这一消息，时方进膳，推案恸哭说：“此予正命时也。”于是他决定效法伯夷叔齐，开始绝食。他说：
至于予之自处，惟有一死。先帝（指崇祯）之变，宜死；南京失守，宜死；今监国纳降，又宜死。不死，尚俟何日？世岂有偷生御史大夫耶？
当时江南士大夫纷纷降清，做了贰臣，玷污各教，背叛了平时所学之道。刘宗周要以自己的行动，成就自己的人格，为衰世作一表率。弘光元年（1635）闰六月初八日，刘宗周前后绝食两句而死。其子刘汋遵照他的遗命，书其囗曰：
皇明蕺山长念台刘子之柩。