黄宗羲，字太冲，浙江余姚人，生平所用别号甚多，有南雷、梨洲、茭湖鱼澄洞主、双瀑院住持、双瀑院长、双瀑堂住持、古藏室史巨、蓝水渔人、雪交亭主等等。由于其代表作《留书》、《明夷待访录》均署梨洲老人，故当时学者都尊称他梨洲先生，而他本人用得最多的是南雷。甫雷在余姚，是唐代谢遗尘隐居之地，宗羲用作别号，既代指故乡，又借以表明自己不仕清朝的素志。逝世之后，其门人私谥曰“文孝”。宗羲一生颇为曲折，依他自己所说，是早年为党人，壮年为游侠，老年为学者。他博学多才、名重天下，当时就被誉为“国初三大儒”之一（另两人是李颙和孙奇逢）；近代以来，人们又把他与顾炎武、王夫之并提，合称为“明清之际三大思想家”。
明万历三十八年八月初八（1610年9月24日），黄宗羲出生于绍兴府余姚县通德乡黄竹浦，其地现名浦口村，属浙江省余姚市明伟乡。降生前夕，母亲姚氏曾梦见麒麟入怀，所以，宗羲乳名“麟儿”；不过，宗羲的人生历程却布满荆棘：少年时期，父亲即遭迫害，惨死狱中，成年之后更是历尽艰辛，既饱尝战乱兵燹，又造经官府追捕，“濒于十死”而患难余生，可以说丝毫也没有蒙受到这个吉兆佳名的呵护。
据《竹桥黄氏宗谱》记载，黄氏原居婺源（今属江西），其先人南宋初年为庆元（治今浙江鄞县）通判，建炎四年（1130）金兵南侵时不屈而死，有子三人，分头避乱，其中名叫万河的到了余姚，便定居下来，是为竹桥黄氏之一世祖，至宗羲生时已历17世500年。宗羲的父亲初名则灿，后改尊素（1584—1626），字真长，号白安，是一个正直并且关心时政的读书人。
宗羲8岁时，去年春天考取进士的尊素被授予宁国府（明宁国府治今安徽宣城）推官的职务，宗羲随侍父母赴任所，这一年是万历四十五年（1616）。从此，尊素涉足风涛险恶的宦海，而宗羲在父亲的熏陶习染下，随着年龄的增长，也逐渐萌生、培养起强烈的爱国思想和政治意识。毋庸置疑，正是这一点最终影响和决定了宗羲的一生。天启三年（1623），尊素迁监察御史，宗羲亦通过童子试，取得秀才资格，新近补为仁和（今杭州）县学博士弟子员。是年秋，宗羲随父亲来到北京，开始了新的学习生活。
读书的日课，当然是所谓“时文”，即八股制艺，由父亲亲自督促指点；而少年黄宗羲对小说家言及稗官野乘却颇感兴趣，“课程既毕，窃买演义如《三国》、《残唐》之类数十册，藏之帐中，俟父母睡熟，则发火而观之一”（《南雷文钞·家母求文节略》）。这种不务“正业”的举动不久就被父母发觉。明建国之初，太祖朱元璋曾下诏，称“非科举者，毋得与官”（《明史·选举二》），所以姚氏夫人十分担心麟儿因放松举业而有碍前程，可是，“少即博鉴经史，不专为科举之学”（《黄宗羲全集》第一册，《黄氏家录》）的尊素对此却并不介意，还认为“亦足开其智慧”（《黄梨洲先生年谱》），或许他在爱子身上又见到了当年的自己吧。
天启时代的明帝国，承嘉靖、万历之后，已是风雨飘摇，正处于分崩离析的前夜。建州女真首领努尔哈赤崛起白山黑水之间，万历四十四年（1616）建国称汗后，声势日盛，不但屡屡攻扰辽东，而且随时都有可能叩关南向；南边的明朝却武备松弛、将骄兵惰，卫所制度也名存实亡，有的地方兵员不及定额的半成，甚至军器仅有一张弓！朝政情况更是一塌胡涂、乌烟瘴气。庸儒的熹宗皇帝朱由校非但不思励精图治，反倒宠信太监魏忠贤（本名进忠，后赐改忠贤，河北肃宁人，1568—1627），听其擅专国政，广植党羽。官僚集团中则上自内阁六部，下至四方督抚，大批趋炎附势者竟相奔走奸宦之门，阁臣魏广微呼忠贤为叔，给事中阮大铖、礼部尚书顾秉谦、太常卿倪文焕等拜忠贤为父，此外还有“五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙”之类不堪入耳的名号，中外勾结，形成既丑恶又凶残的“阉党”，造够了酵竹难书的无边罪孽。而与其对立的一方，便是东林党人。
所谓“东林党”，其实始终不曾是一个有纲领的政党式团体，也并未真正结党，最多只是一个带有政治色彩的学术集群。“东林党”这个称谓，是由阉党强加的。
万历二十二年（1594），吏部郎中顾宪成（字叔时，江苏无锡人，学者称东林先生或径阳先生，1550—1612）因“京察”案革职家居，与同里高攀龙（字存之，一字景逸、云从，1562—1626）、钱一本（字国瑞，号启新，江苏常州人，1539—1610）等人讲学无锡东林书院，嗣后邹元标（字尔瞻，号南皋，江西吉水人，1551—1624）、赵南星（字梦白，·号清都散客，河北元氏人，1550—1627）等亦相继讲学，远近士子，闻风相从。上述诸人后来被认为是东林党的创始人物，其中顾宪成，邹元标、赵南星被誉为“海内三君”。在学术上，东林人士反对阳明学术末流“盛谈玄虚”、以致“遍天下无不皆禅学”（刘宗周《刘子全书》）而造成的空疏不切实用的流弊，主张回归正统的朱子学，提倡避免空谈心性、强调做学问应以平治天下为终极目的，表现出期望在实践上济世救民的强烈政治责任感，这完全合乎正宗儒家“兼济天下”的传统观念；至于“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”（《明史·顾宪成传》），也无非是中国士大夫之根深蒂固的习惯，自东汉以来就是如此，一般情形之下，大权在握的当道者不妨对这类往往无伤大雅的“清议”冷笑置之而已。然而天启朝的情况不同。明初，朱元璋曾严厉规定一内臣（按即宦官）不得干预政事，预者斩”（《明史·宦官传》），而天启朝的宦官魏忠贤居然权倾中外、势焰熏天，内阁诸大老则仰其鼻息、助纣为虐，这些眼前的现实自然成了东林人士“讽议”“裁量”的主要内容，两下里针锋相对，看来也有义气用事的成分：“处论所是，内阁必以为非；处论所非，内阁必以为是”（《明儒学案‘东林学案》）；而且“京中朝士慕其风者”（即一些较为正直的官员）又与东林诺人桴鼓相应。这样一来，阉党遂将东林人士视如仇雠，阮大铖等寻机进言魏忠贤：“此俱东林党，每事与公相忤”（《明季北略·魏忠贤浊乱朝政》），顺便还把所有不依附不顺从他们的士人统统打入东林的阵营，以至“凡一议之正、一人之不随流俗者，无不谓之东林”（《东林学案》）；终于送兴冤狱，杀戮党人，株连极广，致使“忠良惨祸，亿兆离心”，官僚集团中的正直之士零落殆尽，大明帝国也即将坠落到那覆亡的终点。
宗羲的父亲黄尊素是东林党中著名人物，当初升监察御史，即因缘于东林领袖邹元标的赏识。尊素为人精敏强干，“謇愕敢言，尤有深识远虑”（《明史·黄尊素传》），供职京师期间，东林党重要人物，如杨涟（字文孺，号大洪，湖北应山人，1572—1625）、左光斗（字遗直，号浮丘生，安徽桐城人，1575—1625）、魏大中（字孔时，号廓园，浙江嘉善人，1575—1625）等，与尊素过从甚密，常常夜至黄家，主客共论时事，这种场合，宗羲都随侍在侧，聆受教益。父辈那种为国事激昂慷慨、奔走呼号的斗争精神令宗羲深受感染，在了解朝局清浊、认识到政治斗争的残酷复杂的同时，他也领略到了立身处世的基本准则。
黄尊素的机智和富有策略，曾几次使阉党罗织罪名迫害东林的企图未能得逞，因而被对方目为“狠心辣手”，必欲去之而后快。天启四年（1624）六月，左副都御史杨涟上疏皇帝，以“二十四大罪”搏击魏忠贤，尊素虽在事先曾指出这一行动欠妥、结局不容乐观，但仍然继杨涟之后上疏劾魏，以为声援，结果受到“传旨切责”的处分。翌年，魏忠贤兴起大狱，杨涟、左光斗、魏大中等人被捕，在狱中受尽酷刑而死，尊素则被指为“东林护法”，革职还乡。天启六年（1626）二月，魏忠贤再兴大狱，一时缇骑四出，搜捕党人。圣旨点了周宗建、缨昌期、周顺昌等人姓名，称他们“尽是东林邪党”，命令锦衣卫将其“扭解来京究问”；由于阉党要角、提督苏杭织造太监李实告发尊素，说他虽家居讲学，但与高攀龙私交甚密，于是黄尊素亦在同案被逮之列。当锦衣卫至苏州捕周顺昌时，引起民众公愤，士民数万围殴堤骑，势如山崩，当场打死一人，其余差官仓皇逃匿（张溥《五人墓碑记》即记此事）。这天，往浙江捕黄尊素的锦衣卫旗校恰好泊舟城外，也被愤怒的民众驱逐，诸旗卫仅以身免，行李公文及所乘船只都被沉之于河。当时有人劝黄尊素，说：抓人的公文已经遗失，锦衣卫也不敢露面，这正是亡命出逃的好机会，尊素却说：“抱头鼠窜，岂免一死？昂首伸眉，落得骨头香耳！”（《黄氏家录》）于是慨然投案。黄宗羲陪送父亲登途，直到常州，父子方挥泪而别。此一分首，便成永诀。
尊素入狱后，特务头子、锦衣卫镇抚理刑许显纯亲自罗织周纳，诬陷尊素“受贿银二千八百两”，五日一审，榜掠备至。闰六月初一日，一片刚肠、坚贞不屈的黄尊素惨死狱中，年仅43岁。同时被捕入狱的周顺昌等人，也被许显纯以极其残暴的手段先后害死。
凶讯传到余姚，黄氏一门举家恸哭，母亲姚氏悲痛欲绝，晕而复苏，祖父黄曰中则大书“尔忘勾践杀尔父乎”八字贴在墙上，让宗羲进进出出都能看到，以激励孙儿报仇雪恨。此时黄家极为贫困，幸赖家乡父老及尊素的同年故旧慷慨解囊，才得以纳还“赃银”，使阉党对黄家的迫害暂告一段落。
1627年8月，熹宗朱由校死，其弟情王朱由检嗣立，是为崇祯皇帝。朱由检颇想有一番作为，来挽救朱明王朝的颓运，即位之初，便着手整顿朝纲、收拾间党。十月，罢免魏氏得力干将、名列“五虎”之首的兵部尚书崔呈秀，并将其逐出京师，令回原籍居住；十一月，宣布魏忠贤十大罪状，阉党分子阮大铖、许显纯等纷纷自请免职，又将魏忠贤赶出大内，押往凤阳“看守皇陵”。魏忠贤见大势已去，这才收拾摒当，带上珍宝40车、骏马千匹，还有800“壮士”随从护卫，前呼后拥，迤逦南行；崇祯又向天下公布魏阉之罪，谓“逆恶魏忠贤，擅窃国柄，诬陷忠良，罪当死，姑从轻发凤阳；乃不思自惩，素蓄亡命之徒，环拥随护，势若叛然。命锦衣卫逮治”（《明通鉴·天启七年》）。魏忠贤行至阜城（今属河北）闻知此讯，确信死灰已难复燃，于是自缢身亡，结束了罪恶的一生；崔呈秀自知难逃法网，乃“列姬妾、罗诸奇异珍宝，呼酒痛饮，尽一囗即掷坏之”（《明史·崔呈秀传》），然后也上吊自杀。十二月，将逆党田尔耕、许显纯等人逮捕下狱。
崇祯元年（1628）正月，黄宗羲满怀对魏忠贤阉党集团的血海深仇，赴京为父讼冤。到得北京，形势又有进一步的发展，朝廷赠恤天启年间死难诸臣，尊素被追赠为太仆卿（三品；南明福王时又追谥“忠端”），算是替他平反昭雪。于是宗羲上疏，请求皇帝依法严惩李实、许显纯等送党分子，崇祯指示刑部“作速究问”。
五月，刑部会审许显纯及其帮凶锦衣卫指挥崔应元，黄宗羲到堂对质。许显纯名列“五彪”，是魏忠贤心腹爪牙之一，东林党前后“六君子”的冤狱都系他一手罗织，前后“六君子”的“供状”全是他一手伪造，他的双手浸透了东林志士的鲜血；崔应元则参与了许显纯所有这一切罪恶活动。面对凶顽，宗羲怒不可遏，从怀袖中取出早已准备好的铁锥猛刺许显纯，许显纯血流被体、狼狈不堪，还声嘶力竭地为自己辩护道：“我是孝定皇后外孙，依照法律，应该得到从轻发落！”宗羲义正辞严地痛加驳斥：“许显纯与魏道内外勾结、朋比为奸，多少忠臣义士命丧其手！许显纯罪同谋反！犯谋反大罪的，如帝子神孙、贵为亲王的高煦、宸濠，尚且依法诛戮，何况皇后家的外亲！”又挥拳奋击崔应元，拔下他的胡须，以祭奠先父忠魂。刑部大堂之上，无不为之动容。六月，许。崔伏法，家属流放。
宗羲又联络一批被害志士的子弟，如周宗建之子延柞、夏之令之子夏承等人，将直接下毒手残害前后六君子的狱卒叶咨、颜文仲处死。
这时，已入另案待审理的李实大起恐慌，悄悄托人向黄宗羲送上白银3000两，哀恳宗羲放他一条生路，不要出庭对质。这一手对大义凛然的黄宗羲不起丝毫作用，他当即上疏朝廷，说“时至今日，李实犹敢贿赂公行，他的申辩岂会符合事实！”
审讯结束之后，宗羲组织被难诸家子弟，设奠于诏狱正门，公祭死难的父辈，一时悲声大作，震天动地，旁观者无不下泪……
宗羲这一系列行动显示了他的果决刚毅的个性，他的大智大勇大孝大义有胆有识敢作敢为给人们留下深刻的印象，一时名动京城，声闻天下，人们都呼之为“黄孝子”。这一年，宗羲19岁。
秋天，宗羲扶柩离京，回到余姚。
宗羲对于科举功名素不热衷，尤其是在遭家难之后的这几年中，作为长子，他或因昭雪父亲的冤狱而南北跋涉，或为一家之衣食生计而东西奔走，虽然仍读书不辍，却“无暇更理经生之业”（《黄宗羲全集》一，《思旧录》）。不过，在那个时代，科举的道路被天下视为读书人立足社会施展抱负的正途。天启三年（1630），宗羲到了南京，与沈寿民（字眉生，安徽宣城人，侨居南京）邂逅相识。这一年逢午，正是乡试开科之期，寿民劝宗羲应考。如能中举，对家人也是一种安慰，因此宗羲参加了庚午科南京乡试，结果却名落孙山。返乡途中，在镇江遇见文震孟（字文起，号湛持，江苏苏州人，崇祯八年曾一度入阁），两人同乘一船，直到苏州。开中叙话，言及这次科考，宗羲便将自己的试卷呈上，请身为父执辈的文起先生指教；震孟阅后极为赞叹，“嗟赏久之”，对宗羲说：你日后“当以古文呜世，一时得失，不足计也”（《思旧录》）。
这番经历，使宗羲进一步认识到“科举之学锢人生平”，于是更为自觉地把精力集中在能够经世致用的“实学”上。虽然后来宗羲也曾数度入场屋参加科举考试，其实都是聊以应景，早已不存有博取功名之类的心思了。
当年尊素被逮入京时，曾谆谆告诫儿子：“学者不可不通知史事”（《年谱》）；途经绍兴，刘宗周（字起东，号念台，学者称蕺山先生或念台先生，浙江绍兴人，1578—1645）为尊素饯行，尊素在席上又嘱咐儿子拜宗周为师。宗羲牢记父亲的遗嘱，回到家乡后便开始发愤治学。蕺山先生是当时名儒，曾在东林书院讲学，政治上十分同情和袒护东林党人；学术方面提倡“慎独”、“诚意”，毕生研讨程朱理学和阳明心学，而对两者又有所批评。宗羲在蕺山门下问学，致力于研究宋明以来的理学思想。地处浙东的绍兴素为人文荟萃之区，讲学论道之风极盛，所谓“自宋元以来，号为邹、鲁”（全祖望《鲒埼亭集》外编16《槎湖书院记》），宗周之学，出姚江学派（王阳明心学）。崇祯二年（1629），宗周与陶爽龄一同讲学于绍兴证人书院，陶氏宗阳明学末流，喜欢援儒入释，与弟子“授受皆禅”，“姚江之绪，至是大坏”（《梨洲先生神道碑》），宗周对此十分不满，刚入蕺山门下的黄宗羲攘臂而起，约集“吴越中高材生六十余人，共侍讲席”，破斥陶氏之说，使蕺山“慎独”说更为发扬光大。在问学蕺山门下同时，宗羲又开始有计划地阅读史籍。他从《实录》入手，将本朝自太祖迄光宗共十三朝《实录》细细研读，然后再读二十一史，“每日丹铅一本，迟明而起，鸡鸣方已，两年而毕”（《年谱》），这样，不但“通知”了本朝史事，还深入了解了中国上下数千年的史事，为“经世致用”奠定了坚实深厚的学问基础；不仅此也，宗羲还多方搜求、广泛涉猎，邀游于中华学术的海洋中，“旁求之九流百家。既尽发家中藏书读之，不足，则抄之同里世学楼钮氏、澹生堂祁氏，南中则千顷斋黄氏，吴中则绛云楼钱氏。穷年搜讨，游履所至，遍历通衢委巷，搜鬻故书，薄暮，一童肩负而返，乘夜丹铅。次日复出以为常”（《神道碑》），极为深入地钻研了四书五经、诸子百家，旁及天文、地理、历算、音乐、释老等各类书籍。这使他锻炼养成了别具只眼的独立思考能力，往往能“凿空新义，石破天惊”，生发出卓异而深刻的见解。
宗羲有四个弟弟，其中大弟宗炎（字晦木）、二弟宗会（字泽望），都由宗羲亲任教导之责，一不数年，皆大有声，儒林有‘东浙三黄’之目”（《年谱》）。这一时期，黄宗羲不过20多岁，却一时名声大噪，“所居虽僻远城市，不乏四方之客”（《年谱》），他也因此结识了当时不少名流，与沈寿民、陆符（字文虎，浙江鄞县人）、万泰（字履安，与文虎同里）最称莫逆。
在发愤力学、刻苦攻读的同时，宗羲仍然十分关心国家大事，以高度的责任感注视着天启以后的政治风云。
当时，虽然魏忠贤等已经伏诛，他的羽翼爪牙也被剪除，但是，阅党残余远未销声匿迹。尽管崇祯二年（1629）曾“钦定逆案”，将阉党分七等定罪，前六等俱处以流放，末等则“冠带闲住”，虽保留名位却无实权，然而“其党犹满朝”。他们虽蛰伏朝野，却一直在窥测试探，待机翻案，企图东山再起。崇祯三年（1630）六月，温体仁入阁。体仁宇长卿，乌程（今浙江湖州）人，貌似恭谨忠厚而内心残刻，又颇具心机，巧于揣摸迎合皇帝的心意，因而很受崇祯宠信，居内阁掌朝政达8年之久。此人早在天启年间就曾赋诗为魏忠贤歌功颂德，与东林党则格格不入。崇祯初年廷推阁臣，礼部侍郎钱谦益名列第二，温时为礼部尚书，但资望尚浅，不在被推荐者之中。他意会到崇祯对钱心存疑虑，便大张挞伐，翻出7年前已有定论的旧案，攻击谦益受贿、“结党欺君”。结果，在其他大员一致认为谦益无罪的情况下，谦益仍被革职回籍、等候处理，一些受此事牵连的官吏如瞿式耜等都遭贬谪；而钱氏曾被指为“东林恶党”，当年阮大铖向魏忠贤上所谓“点将录”，将钱列为三十六天罡”中的“天巧星”。由于这些缘故，当温体仁入阁，不久又擢为首辅、大权在握之际，“魏忠贤遗党日望体仁翻旧案、攻东林”（《明史·温体仁传》）；而体仁亦“庇私党，排异己，与举朝为仇”（《明季北略·朱国弼劾温体仁》），对正直势力形成极大的威胁。
当时士大夫集团中正直一派的急先锋，是以少年名士为主体的复社。
明中叶以来，士大夫集会结社之风特盛，三五同道，声气相求，即可组成团体，或者赏花赋诗、饮酒衡文，或者讥弹时政、臧否人物，已成为当时文人生涯之一组成部分。万历之后，因为朝局清浊不定、政争频繁，这种结社也就往往更含有较浓厚的政治气息。江南人文渊薮，集会结社尤为普遍，天启、崇祯间，较知名者就有应社、国门广业之社、读书社、小筑社、诗社、文社、几社、登楼社等等，不一而足。
崇祯三年（1629），名士张溥（字天如，号西铭，江苏太仓人，1602—1641）联合诸文社，在吴江尹山聚会，以“兴复绝学”为号召，成立复社，此为复社第一次会议，史称“尹山大会”。翌年，张溥又在南京召集“金陵大会”，当时恰好也在南京的宗羲经友人周镳（字仲驭，江苏金坛人）介绍参加复社，成为社中活跃人物之一。这年，宗羲还加入了由名士何乔远（字穉孝，号匪莪，福建泉州人）为首领的诗社；后来，宗羲与万泰、陆符及其弟宗炎宗会等还在余姚组织过“梨洲复社”。到崇祯六年（1633），张溥在苏州召集“虎丘大会”，与会之复社人士多达数千，规模之大，为前所未见。从此，复社作为继东林之后而起的具有相当影响力的团体，出现在崇祯时代的政治舞台上。一时俊彦，如陈子龙（字卧子）、吴伟业（字骏公）、冒襄（字辟疆）、侯方域（字朝宗）、陈贞慧（字定生）、吴应箕（字次尾）、顾炎武（字宁人）等人，俱荟聚复社旗下；宗羲与社中诸同志时时往还，相互之间切磋学问、砥砺志节，使自己增长了见识，眼界亦更为开阔。
复社初期，其锋芒主要即指向温体仁。当时朝堂之上，“政府大僚多用攻东林者，而言路则东林为多”（《明季北略·门户大略》），这种格局出自崇祯宸衷独断、精心安排。对温体仁入阁及秉政，虽然言路藉藉，攻劾几无虚日，但皇帝不为所动，而且，“丑劾体仁者，无不见责；为体仁劾者，无不立罢”（《明季北略·罢文震盂》）。针对这一现实，复社采取迂回的策略，企图使皇帝所能接受的周延儒再度入阁。周宇玉绳，江苏宜兴人，崇禧二年（1629）底入阁，六年（1623）六月，因被温体仁排挤而罢免。其人“庸驾无才略，且性贪”（《明史·周延儒传》），政治态度上则依偎于逆党和东林之间：延儒早年即与媚事魏忠贤的阁臣冯铨关系密切，故崇禧初年曾有如“延儒柄政，必为道党翻局”的说法；而当温体仁准备起用道党中人王之臣时，延儒却反对。他与东林人士颇有往来，后与钱谦益争入阁，又仇恨东林；而崇祯四年（1631）主持会试，所取进士又多为复社中人（张溥即其中之一）。加上受温排挤罢相等因素，复社诸人认为延儒倘能再度入阁，东林即有希望有机会出头。不过这一设想迟迟未能实现。
崇祯十年（1637），事情有了变化。温体仁与宦官首领司礼太监曹化淳相互攻讦，矛盾激化，曹向皇帝揭发温的种种劣迹，于是，温体仁佯称有疾，请求引退；六月罢相，第二年病死，崇祯还深表惋惜。温居相位8年，对当时内忧外患交迫、民不聊生的严重局势“未尝建一策，惟日与善类为仇”（本传，下引同），由他汲引入阁者如薛国观辈“皆庸才，苟以充位”，以此反衬出自己的才干，加之善于迎合帝意，所以深获荣宠。这样一来，推周延儒上台的目的虽未达到，毕竟大敌已去，复社的斗争矛头进指向在南京蠢蠢欲动的阉党余孽阮大铖。
阮大铖（1587—1646）字集之，号园海，一号百子山樵，怀宁（今属安徽）人。此人颇富文才，又极工心计，可以说是奸狡巨猾。早年投靠魏忠贤，曾杜撰“百官图”、“点将录”之类，陷害罗织东林党人及正直朝士；天启末为大常少卿，对魏忠贤极其恭顺，经常登门请安，暗中却重金买通魏府门房，索回谒见时使用过的名刺以消除痕迹，不久又自行去职；魏伏诛后，知道朝局将有变动，立即写了两通奏章飞寄死党杨维垣，一章专攻魏忠贤、崔呈秀，一章将东林及魏、崔各打五十大板，嘱在朝中任职的杨维垣视情况择一代奏，因此得迁光禄卿。崇祯二年定“逆案”，阮大铖因“结交近侍”被判流配，赎为民，从此郁郁不得志；后来还在家乡组织并操纵中江文社，可见其不甘雌伏。
崇祯八年（1635），农民军入安徽，阮大锨避居南京。自明成祖迁都北京，作为“留都”的南京仍设中央六部，遂成为东南政治中心。阮寓居南京后，格外活跃，一方面大肆招纳所谓“豪杰游侠”，日日谈兵说剑，把自己妆扮成能为国御侮的守边之材，同时又竭尽心力与清流拉关系，甚至以金钱美女为诱饵，企图收买复社人士。及至温体仁罢相，而宦官集团之声势复振，逆案中人纷纷弹冠相庆，“即东林中人如常熟（按即钱谦益）亦以退闲日久，思相附和”（《神道碑》），阮大铖更是以为出山在即。此时，复社志士联袂而起，东林子弟以顾宪成之孙顾果（字子方）为首、天启被难诸家以宗羲为首，由周镳、陈贞慧、吴应箕执笔，写成《目都防乱公揭》在南京四处张贴，揭露阮大铖“献策魏珰、倾残善类”的本来面目及在目都“招纳亡命”、“阴险叵测”的丑恶嘴脸，在公揭上列名的复社成员共140人。同时，宗羲还组织被难遗孤在秦淮河畔桃叶渡集会，声讨阮大铖的恶劣行经。阮大铖“杜门咋舌欲死”，躲入城外牛首山弘觉寺达数年之久，从此更对复社志士恨之次骨。
这次斥逐阮大铖的行动，是宗羲首次投身于实际的政治斗争，充分显示了宗羲及复社志士们“但知为国除奸，不惜以身贾祸”的浩然正气，使南京的阉党残余噤若寒蝉，对朝野及社会各界都产生了很大影响，同时也替自己种下了祸根。这一年为崇祯十一年（1638），宗羲29岁。
崇祯十五年（1642），黄宗羲来到北京，参加北闱乡试，一同下场的，还有好友周延柞。这是宗羲一生当中最后一次游京师。本年，蓟辽总督洪承畴和锦州镇总兵祖大寿先后降清，李自成张献忠两支农民军又纵横中原腹地、大江南北；大明帝国的日子已经屈指可数，这是谁都不会怀疑的了。
三场试毕，宗羲依旧名落孙山，将束装南返。已在上年重新入阁的大学士周延儒意欲推荐宗羲为中书舍人。然而，一个从七品的内阁小书记对大局何有裨益？况且夫子早就说过“邦无道，谷，耻也”这样的话，保持自己的超然地位、置身于朝廷之外，倒可以更自由地发表意见以尽忠忱，此外，举主是周延儒，这大约也是宗羲所不能接受的；于是，宗羲力辞不就。
冬月初十，宗羲回到余姚家中。
第三年便是甲申（1644）。三月十七，李自成兵临北京城下；十九日城破，随着最后一个皇帝朱由检自缢煤山，传国276年、历16帝的明朝就此画上句号；四月甘九，吴三桂引清兵入关，在山海关一片石大败李自成；五月初二，清睿亲王多尔衮入北京。
自此以后，整个形势急转直下。激昂然而安宁的生活氛围不复存在，代之而起的，是刀光剑气、血雨腥风。
京师失陷的消息传来，黄宗羲立即随刘宗周赴杭州，在海会寺与章正宸（字羽侯）、朱大典（字未孩）、熊汝霖（字雨殷）等日夜筹画“召募义旅”。五月初四，南京兵部尚书史可法（字完之，号道邻，河南祥符人，1601—1645）与凤阳总督马士英（字瑶草，贵州贵阳人，阮大铖死党，约1591—1646）领衔，拥立逃难至南京的福王朱由崧（崇祯从兄，1607—1646，史称弘光帝）为监国；五月十五，由崧即帝位，召刘宗周为左都御史，章正宸等亦恢复原官，宗羲便随老师来到南京。
这时，阮大铖已复起，为兵部右侍郎。当初阮避居南京，即与削职流寓金陵的马士英沆瀣一气，狼狈为奸；崇祯十四年（1641）周延儒内召将入阁，途经扬州，阮大铖以重金行贿，求周帮忙，周延儒说：“吾此行谬为东林所推，子名在逆案，可乎？”阮沉吟良久，说：“瑶草何如？”马士英乃得为凤阳总督、不久又升兵部左侍郎。所以，马士英一朝掌权，便拉阮大铖上台；而阮大铖一上台，便对复社人士进行报复。他故技重施，将列名于《目都防乱公揭》之140位复社成员的姓名编成“蝗蝻录”，诬蔑东林、复社人士为蝗虫，意欲一网打尽。结果陈贞慧被捕、周镳入狱后被害死，署名揭首的顾果和黄宗羲则因掌管刑部的邹虎臣与顾家有姻亲关系而侥幸逃脱。刘宗周因为是宗羲的老师，也被阉党纠弹；此前宗周曾几次谏劝弘光帝，说“不去阮大铖，江左不得安宁”，但弘光帝置若罔闻。于是，刘宗周亦辞官归里。
清顺治二年（1645），史可法在扬州殉国，清兵渡江，相继攻下南京、苏州及杭州；马士英、阮大铖临阵脱逃，钱谦益投降，弘光帝则做了俘虏。刘宗周在绍兴听到这些不幸的消息，决意自尽明志。黄宗羲得知宗周绝食，立即徒步200余里，赶去见老师最后一面。当时宗周水米不进已有20来天，看到宗羲时已经说不出话了，只能微微点头；宗羲强忍眼泪，与老师诀别。
这一时期，江南烽烟遍地，各处士民纷纷揭竿而起，组成抗清义军。闰六月，举人张煌言（字玄箸，号苍水，浙江鄞县人，1620一1664）在台州（今浙江临海）拥立鲁王朱以海（朱元璋第十子朱檀之后，1609—1662）为监国，前支科给事中熊汝霖和前九江道企事孙嘉绩（字硕肤）也在余姚举起义旗；宗羲马上积极响应，与宗炎、宗会“纠合黄竹浦子弟数百人”驻军江上，被人们称为“世忠营”……在这几支势力的拥戴下，监国移驻绍兴。不久，马士英、阮大铖等率其残部，也来依附监国。
第二年二月，监国授予黄宗羲兵部职方司主事之职，宗羲推辞再三，请求仿照“李泌客从”的前例，以平民身分为国家效力；然而监国不同意，还给宗羲加上一个监察御史的职衔。面对采取包围战略的清军，宗羲曾多次建议应主动出击，他写信给将领王之仁，希望之仁“沉舟决战，由赭山（在浙江萧山县，为江海门户）直趋浙西”，才有可能取得战场上的主动权；或者以小股兵力进逼崇明县（今属上海市），亦足以打乱敌人部署，减轻绍兴一线所承受的压力。王之仁深以为然，于是上流鲁王说：“……臣为今日计，惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战”（《明季南略·王之仁请战》），可惜鲁王拒而不纳。
前景是极为黯淡的——稍早于鲁王以海监国绍兴，皇室的另一成员唐王聿键（朱元璋第二十三子朱松之后，是以海的叔辈，1602—1646）在福州被总兵郑芝龙（字飞皇，福建南安人，郑成功之父，1604—1661）等人拥立为帝，年号隆武。大敌当前，危若累卵，即使齐心协力，至多也不过苟延残喘于一时，而朱家这些不肖子孙竟囗囗于争“正统”，加之马阮等小人挑拨其间，以至闽浙叔侄之间势同水火，甚至不惜同室操戈、兵戎相见；文武臣属之中，虽不乏宗羲、之仁等忠勇之士，更多的人却贪生怕死、心存观望，尤其是手握重兵的武将如方国安辈，他们“未建寸功辄封侯伯……平日骄横，卑视朝廷，一闻敌至，莫不逃降”（同上），在这种局面之下，无论宗羲等一班孽子孤臣如何呕心沥血惨淡经营，其必然的结果都将注定是枉费心力。应当说，宗羲对这一点早就看得相当清楚，40年后，他在为孙嘉绩撰写的墓志铭中写道：“血路心城，岂论修短？……从未亡社，虽加一日，亦关国脉”，就算国脉只能延长一天，他也认为自己的心血没有白费！宗羲和他的同志们不愧是令人肃然起敬的殉道者，对他们所作的一切，如果用“成败利钝”之类的字眼加以简单评估，则未免过于冷漠。
在宗羲极力鼓动下，熊汝霖率所部渡江，攻占海盐，终因军力单弱，不得不仍撤回余姚。到得五月，孙嘉绩将其麾下的火攻营拨交宗羲指挥，宗羲又与兵部主事兼余姚令王正中（王之仁之侄，字仲伪，宗羲友人）合军，共3000人，渡过杭州湾，在坛头山会同浙西各军，准备由海宁再攻海盐，而此时清军统帅博洛已开始动作。二十五日，清军分水陆两路进兵；二十七日，拥兵20余万的浙江总兵方国安挟持鲁王南逃，除王之仁所部外，其余各军皆不战而溃。六月初一，博洛渡过钱塘江，王之仁退兵漂泊海上，浙东全线瓦解。宗羲收拾残部，率500余人遁入四明山结寨自守，然后独自下山探寻鲁王行踪，临行，宗羲告诫部将“联络山民”，与附近群众搞好关系。不料下属违背节制，就近取粮，激怒百姓，当宗羲回山时，寨子已被山民焚毁，部众也或死或散，而清军又正在到处搜捕他，于是宗羲只得奉母逃难，避居位于四明山北麓的化安山雨舍（黄尊素墓园所在），第二年才返回故居。
顺治六年（1649），鲁王由闽返浙，驻跸健跳所（今浙江三门以东），宗羲得知这一消息，又渡海追随，升为左金都御史，不久又晋左副都御史。其时，大权尽归定西侯张名振（宇候服，南京人，1601—1656），而名振自恃功高，开始变得专横跋扈起来，其余诸将也骄蛮无比，“文臣稍异同其间，立致祸”（《年谱》）；宗羲手中无兵，难以有所作为，只好每日与鲁王的礼部尚书吴钟峦（字峦稚，号霞舟）谈论学问，再有闲暇，便注释《授时》、《泰西》、《回回》三历。不久，由于清廷伤令各地将前明遗臣中不降顺者的家属登录上报，宗羲担心累及老母，忧心如焚地叹道：“主上以忠臣之后信我，我所以栖栖不忍去也。今方寸乱矣！不能为姜伯约（按即姜维，三国时蜀将）矣！”（《神道碑》）于是陈情监国，请求归家，获得准许。吴钟峦亲驾三板船送出20里，波涛声中，两人呜咽而别。宗羲改名易姓，从小路潜回故居，时为本年八月。
九月末，张名振火并听从隆武帝号令的将领黄斌卿（字明辅，福建甫田人，隆武政权封其为成虏侯），攻占沿海最大岛屿舟山；十月，监国移驾舟山，再召黄宗羲还朝，并派他和兵部左侍郎冯京第（字跻仲，号簟溪，浙江慈溪人）为澄波将军阮美的副手，以万历年间李太后颁赐给普陀山的藏经为礼品，出使日本求援。抵达长崎后，知道日本不肯出兵，宗羲等人失望而归。大约自此以后，宗羲就不再在鲁王政权中任职了。
当时，清廷在浙江的地方长吏严厉镇压与鲁王集团有联系的人，黄宗羲、冯京第等的姓名被公布于通衢，他们都在缉拿之列。但宗羲并未因此而脱离抗清复明事业，他与抗清义士的联系仍十分密切，“江湖侠客，多来投止”，与在四明山中坚持抗清的冯京第、王诩之间也常有信使往来。顺治七年（1650）三月，宗羲至常熟拜访故人钱谦益，以在钱氏绛云楼读书为掩护，与谦益密谋策动清“婺中镇将”马进宝起义，以为鲁王声援。九月，清军大举围剿四明山各寨，冯京第兵败遇害，宗羲弟宗炎也被逮捕，关在死牢中，于是宗羲冒险潜入宁波，与好友万泰等人计议，利用种种关系，在处决前夕才将宗炎救出。顺治八年（1651）夏秋之交，清闽浙总督陈锦计划分三路进攻舟山，宗羲侦知这一消息，立即派人入海告警。顺治十一年（1654），张名振造使与宗羲联系，来人在天台（今浙江天台县）被逮，宗羲又遭指名拘捕。顺治十三年（1656），慈湖（在浙江慈溪县东）义军首领沈尔绪被人出卖，牵连到黄氏兄弟，官府认定宗羲为首谋，被指名严拿，这次宗羲的处境十分危险，好不容易才“脱死毫厘间”；宗炎则又被捕，宗羲顿足长叹，说：“这回大概死定了！”幸赖亲友尽力营救，宗炎始得出狱……这以后，宗羲处于官府严密监视之下，轻易不敢有所活动。
前明各股抗清势力的复明斗争也时起时伏：顺治八年（1651）九月，清兵攻陷舟山，张名振护监国由海道往依郑成功（本名森，字大木，福建南安人，1624—1662。1645年，隆武帝赐姓朱，并为改名；1658年被桂兰朱由榔封为延平郡王；1661年收复台湾），于第二年正月抵厦门。然而郑成功以永历帝（朱由榔，神宗孙，思宋堂弟1623—1662。1646年，广西巡抚瞿式耜等人在广东肇庆拥由榔监国，不久由榔即称帝）为正统，故鲁王处于寄人篱下的境地；顺治十年（1653）三月，鲁王以海自行取消监国称号，不过张名振、张煌言仍听命于他。顺治十三年（1656）年底，张名振在舟山去世（据说为郑成功手下投毒致死），遗言以所部归张煌言节制。顺治十六年（1659）五月，张煌言、郑成功大举入长江，七月底煌言兵临南京观音门外江上，待郑成功赶到，煌言又由芜湖取池州（今安徽贵池）、徽州（治安徽歙县）、宁国等地，一时江淮震动。可惜顿兵坚城之下而又懈怠轻敌的郑成功却被清军击溃，南明此次行动仍以失败告终；郑撤回厦门，煌言孤立无援，几至全军覆没，他本人迂回潜行2000余里，方抵浙东沿海。局处西南一隅的永历帝也无法立住足，于同年亡命缅甸。康熙元年（1662），永历帝在昆明被吴三桂杀死，郑成功、鲁王以海亦在台湾先后去世，以恢复明室为目的的大规模武装斗争自此之后基本止息。
这几年中，黄宗羲及家人或伏处海隅，或避居山野，可以说“无年不避，避不一地”（《南雷文定·避地赋》），四处颠沛流离，过着极为艰难困苦的生活。宗羲本人“自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告评者二三，绝气沙墠者一昼夜；其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣！”（《怪说》）他的亲人在东徙西迁、动荡不宁的亡命生涯中也连遭不幸。顺治十二年（1655）除夕，最钟爱的幼子阿寿夭折，数月过后，二儿媳孙氏和小孙子阿运也相继病死，宗羲万分悲痛，长歌当哭，他写道：“(去曷)来四月选三丧，咄咄书空怪欲狂。八口旅人将去半，十年乱世尚无央！”（《南雷诗历·子妇客死一孙又以疾殇》）《南雷诗历》中以“哭寿儿”、“梦寿儿”为题的诗也有八首之多；顺治十六年（1659）避居化安山时的《山居杂咏》，读来更是“横身苦楚、淋漓满纸”
尽管“濒于十死”，尽管“其得不死者，皆有天幸”，然而宗羲并“不为之慑”（《神道碑》）。人生历程中的这许多磨难和打击并没有使宗羲屈服，更不能把他压倒！即使在逃亡之中，他也能处之泰然，过着“数间茅屋尽从容，一半书斋一半农”（《山居杂咏》之六）的生活；而且，这些挫折和危难还淬砺了宗羲的意志，丰富了他的阅历，并促使他对政治、社会、历史、人生进行理性反省和理论探讨，终于为我们铸成一位继往开来的思想巨人。
顺治十八年（1661）冬，黄宗羲与家人返回故居。
各地的抗清斗争相继宣告失败，清王朝的统治日渐巩固，宗羲冷静地接受了这个现实。“锋镝牢囚取次过，依然不废我弦歌。死犹未肯输心去，贫亦其能奈我何！”（《山居杂咏》之一）即使在戎马舟船或亡命山海的日子里，宗羲也从未停止过力学著述，比如《监国鲁元年大统历》、《授时历故》、《勾股图说》、《测圆要义》、《易学象数论》、《留书》等等，都完成于这一期，其中，顺治八年（1651）秋撰写的《留书》是宗羲阐述自己政治思想的第一部重要论著；如今，刀光剑影、不退宁居的日子似将结束，宗羲便将下半生心血倾注在学术事业上。在此后的30多年中，宗羲致力于讲学和著述，开创了在中国学术史上占有重要地位的清代浙东学派，培养了多方面的人才，写作了大量涉及哲学、史学、文学、艺术、天文、地理、数学等领域的学术专著，对中国的思想和文化作出了巨大的贡献。
大致说来，黄宗羲的讲学活动，主要集中在康熙二年至十八年（1663——1679）。
康熙二年，黄宗羲应友人吕留良之请，渡江北上至语溪（又一名语儿溪，在浙江桐乡县东南一里许），吕氏家中之梅花阁设馆，为吕氏子弟授课，到康熙五年（1666）冬方辞去馆事。这几年中，黄宗羲仆仆往来于崇德、余姚间，讲习余暇，则与吕留良及吴之振、吴自牧叔侄诗文酬唱，还与二吴共同编选《宋诗钞》。康熙三年（1664）四月，宗羲与吕、吴等联袂至常熟访钱谦益，此时钱氏已病危，自知不久于人世，一见宗羲，便以丧事相托，并说：“唯见知吾意。殁后文字，不托他人。”（《思旧录》）——谦益死后，其子孙贻别求龚鼎孳（字孝升，号芝麓，合肥人，与钱谦益、吴伟业齐名，合称“江左三大家”）作墓铭文字，宗羲“得免于是非”（《思旧录》）。
康熙六年（1667）春，黄宗羲重游绍兴，自念台先生刘宗周崇祯中立证人书院、大会讲学，倏忽已历30多年。为了纪念自尽殉国的先师，光大师门学说，宗我与同出念台先生门下的姜希辙（号定庵）、张应鏊（号奠夫）等商议筹画，于九月重开证人书院讲席。这次讲会上，宗羲系统地归纳揭示了宗周学术的四个纲领性命题，发前人所未发，即：“静存之外无动察”，“意为心之所存”，“已发未发，以表里对待言、不以前后际言”，“太极为万物之总名”（详参《子刘子行状》卷下），若干年后宗羲撰《明儒学案》，亦据此为纲宗。
此后数年中，黄宗羲曾多次赴绍兴，与同门会讲于证人书院，并着手整理编写一批阐述发明蕺山学术精华的著作，如《子刘子学言》、《子刘子行状》、《证人会语》、《圣学宗要》、《答董吴仲论学书》等等。宗羲对自己的恩师极为尊重，经常满怀深情地谈起蕺山先生对他的教诲，宗羲学术也是上承王阳明，近宗刘蕺山。但他反对盲从，提倡怀疑、提倡疑中求悟求信，当他的学生董元璘（字吴仲）认为“意为心之所存”这一论断“未为得也”（《年谱》），便写了一篇文章，题为《刘子质疑》，向老师请益。宗羲对学生这种钻研精神大加肯定，说：“昔人云：小疑则小悟，大疑则大悟，不疑则不悟。老兄之疑，团将以求其深信也、彼泛然而轻信之者，非能信也，乃是不能疑也。刀（《答董吾仲论学书》）
康熙七年（1668），黄宗羲到宁波，创办甬上证人书院。宁波在甬江边，所以代称“甬”或“甬上”，宗羲好友万泰的家就在此地。万泰生前对“东渐三黄”的气节学问倾倒备至，曾多次对亲友说：“今日学术文章，当以姚江黄氏为正宗。”（李邺嗣《果堂诗文钞·送季野授经会稽序》）他还经常亲率子弟到黄竹浦盘桓问学。顺治十四年（1657）万泰去世，宗羲便写信与泰长子斯年，要万氏兄弟前来受业，一力承担起为故人教育后代的责任，所以，万氏八兄弟都是黄门高弟，其中，以斯同（字季野）、斯大（字充宗）、斯选（宇公择）及斯年之子万言（字贞一）成就最著。早在康熙四年（1665），万氏兄弟与同为黄家三代世交的董氏兄弟（允囗、允珂、允璘、允玮）及陈赤衷（字夔献）等青年学子组织建立“甫上策论会”，并至余姚向黄宗羲求教。康熙七年春，宗羲在绍兴证人书院讲学之后，又应市上诸门生之请，到宁波主持讲席，建立了雨上证人书院、院址先在广济桥万家，后来迁宁波城西万氏别墅白云庄。
宗羲讲学具有明确的宗旨。他强调明经通史，以求经世致用，认为“学问必以六经为根抵，游腹空谈，终无捞摸”（《年谱》），而“经术所以经世，方不为迂儒之学”（《神通碑》），又说：“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务”（全祖望《甬上证人书院记》），所以要求“受业者必先穷经”，“兼令读史”（《神道碑》）；在“经世致用”思想的指导下，除了经学史学外，宗羲还讲授天文、地理、数学、历法等自然科学知识。在宗羲的教诲下，甬上弟子都能刻苦钻研“经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西（按指西欧国家）测量推步之学”，而且“皆卓然有以自见”（万经《寒村七十寿序》），其中不少人成为闻名当代的经学家、史学家、文学家。
市上证人书院的讲学活动持续了8年，到康熙十四年（1675）结束，这8年是宗羲讲学最有成就而且影响最大的时期。
康熙十五至十八年（1676—1679），黄宗羲多次到海昌（今浙江海宁）讲学。其间不少地方官吏也经常前来问学，宗羲对他们说：“诸公爱民尽职，即时习之学也。”（《年谱》）讲学虽仍以《四书》《五经》等典籍作教材，但宗羲反对人云亦云的附会，鼓励学子独立思考，他说；”各人自用得着的方是学问；寻行数墨，以附会一先生之言，则圣经贤传皆是糊心之具，朱子所谓‘譬之烛笼，添得一条骨子，则障了一路光明’也。”（《年谱》）海昌高足，有查慎行、陈汗等人。
黄宗羲反对束书空谈，主张“经世”、“应务”的务实学风，在他本人身体力行、言传身教的倡导下，影响了清初浙东一代学子，弟子中人才辈出，浙东学术团之大盛。
康熙十八年之后，宗羲已是年过70的老人了，基本上不再外出讲学，但仍著述不辍，毕力投入名山事业。
黄宗羲不光是博学多才，而且勤奋过人，“年逾80，尚囗囗不休”，真称得上是没身而后已！故一生著述弘富。然而，由于种种原因，在清乾隆年间即已“散亡十九”（全祖望语），即使如此，今天我们所能了解到的仍蔚为大观。据统计，黄宗羲的著作共有112种，1300多卷，字数在2000万以上，这还不包括《明文海》这类编选性的东西（详参吴光《黄宗羹与清代学术》），这里只能择其要者略加介绍。
康熙二年（1663），黄宗羲在10年前所作《留书》的基础上，写成了《明夷待访录》2卷（原名《待访录》），这是宗羲最有代表性的政治思想论著。《待访录》超越了《留书》中“夷夏之辨”的樊篱，探讨政治学说中最具根本性的问题，是一篇批判君主专制制度的战斗檄文，它奠定了黄宗羲作为一个民主启蒙思想家的历史地位。
康熙七年至十四年（1668—1675），黄宗羲编选成《明文案》217卷。这8年间，他四处访求书籍，潜心搜集整理有明近300年中文人著作，夜以继日，勤奋工作，终于编定了这部保存有明一代文章精华、反映其时代精神的文集。书成之日，宗羲曾自豪地说：“有某兹选，彼千家之文集庞然无物，即尽投之水火不为过矣。”但他并未因此而满足，仍然不辞劳苦，以高龄之身继续奔波跋涉，游踪遍及浙江南北，搜罗明人文集，到康熙三十二年（1693），始将《明文案》扩编为《明文海》，计四482卷。84岁的梨洲老人对儿子说，《文苑英华》为百卷，而明代作者数量超过唐代，所以，一非此不足以存一代之书；顾读本不须如许”（《年谱》），于是又从中精选若干篇，编成《明文授》62卷，以供家人诵读。
后人评价此书，说《明文海》“搜罗极富，所阅明人文集几至二千余家”，“可谓一代文章之渊薮。考明人著作者，必当以是编为极备矣”（纪购《四库全书总目提要》）。
此外，宗羲还编有《宋元文案》、《元文钞》等，后来大多亡佚。
康熙十五年（1676）以后，黄宗羲撰成《明儒学案》。这部62卷、近百万字的巨著，是我国历史上第一部断代学术思想史。全书共收学者200余人，上起崇仁（吴与弼，字子溥，号康斋，江西崇仁人，学宗程、朱，倡“静时涵养、动时省察”。1391—1469），下迄蕺山，“言行并载，支派各分”，而以姚江王阳明为一代理学宗师，共立“崇仁”、“白沙”、“姚江”、“泰州”、“东林”、“蕺山”等17学案；每案之前先用一节文字介绍案主学术宗旨，然后是案主传略以述其平生学行，最后则是辑自案主文集、语录的学术资料，择精语详，体例严谨，自成一家。
《明儒学案》一面世，立即为学者推崇备至。当时理学家汤斌（字孔伯，号潜庵，河南睢县人，有《洛学篇》，1627一1687）评价说：“先生著述弘富，一代理学之传，如大禹导山导水，脉络分明，事功文章，经纬灿然，真儒林之巨海、吾党之斗构也。”（《南雷文定》附《交游尺牍》）以黄门私淑自况的全祖望（字绍衣，号谢山，浙江宁波人，1705—1755）也称《明儒学案》为“三百年儒林之薮”（《神道碑》），近代梁启超更誉为“中国之有学术史，自此始也”（《清代学术概论》）。
黄宗羲还着手编撰《宋元学案》，以整理明代之前学术思想发展的历史。遗憾的是，宗羲辞世时仅成17卷，后来，由宗羲子百家（字主一）及全祖望等续成100卷。
除了这些著作以外，宗羲还撰有《弘光实录钞》、《明史案》、《行朝录》、《历代甲子考》、《易学象数论》、《孟子师说》。《太极图讲义》、《授时历法假如》、《西洋历法假如》、《回回历法假如》、《春秋日食历》、《大统历推法》、《测圆要义》、《割圆八线解》、《勾股图说》、《开方命算》、《四明山志》、《匡庐游录》、《今水经》，《律吕新义》，等等，涉及史学、经学、历算、地理、音乐等门类；至于自著诗文集，则有《南雷诗历》、《南雷文案》、《南雷文定》、《南雷杂著》……限于篇幅，不能一一胪列。
这30、多年中，黄宗羲还多次拒绝朝廷的征召，始终保持了遗民的气节。
康熙十七年（1678），清廷议修明史，于是开博学鸿词科以网罗天下名儒。经筵讲官学士叶方蔼（字于吉，江苏昆山人）向玄烨推荐黄宗羲，宗羲门生陈锡根（字分后，当时在京为官）得知后大惊，说：“这只会使老师象叠山那样啊！”（谢仿得号叠山，南宋遗民，义不仕元，为官府逼迫北上，至京绝食而死。）便极力向叶剖陈利害，此事才算了结。当时被各地推荐的，还有顾炎武、吕田良等，顾、吕也都拒不应召。
第二年开设史局修《明史》，修史总裁徐元文（字公肃，号玄斋，江苏昆山人，1634—1691）又欲聘请黄宗羲出山，宗羲仍然拒绝。当万斯同应聘入京时，宗羲送行之诗说：“不放河汾声价倒，太平有策莫轻题”，明白地表示了自己不与朝廷合作的态度。季野入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。
康熙十八年（1680），徐元文再次向皇帝建议聘宗羲修史，于是，旨下浙江督抚“以礼敦请”，宗羲以“老病”为由，坚执不就；皇帝又下特旨，令地方官把黄宗羲关于明史的所有论著“抄录来京，宣付史馆”（《年谱》）。徐又一力延请黄百家，宗羲不得已而同意——也许，还因为宗羲认为“国可亡，史不可亡”（《南雷文定·次公董公墓志铭》），并给徐元文写信说：“现在我把儿子交给你，总可以因此放过我了吧！”……
不过，由于黄宗羲不反对自己的门生和儿子参与史局，同时，他本人的文章中也有一些赞扬康熙皇帝及当时大臣如叶方蔼和徐氏兄弟等人的文字，所以也有一些人认为黄宗羲“大节不亏，小节可议”，甚至认为“失节”。这种看法，恐怕也未必全面、允当。
清康熙三十四年七月初三，即1695年8月12日，一代哲人黄宗羲停止了呼吸，享年86岁。遵照宗羲“不用棺椁，不作佛事”（《年谱》，参见《南雷文定·梨洲末命》及《丧制或问》）的遗命，七月初四，黄百家率家人以极其简朴的礼仪，将梨洲老人安葬在化安山黄尊素墓北侧。
作为博学多才的一代大儒，作为中国文化学术史上杰出的思想家，梨洲先生的成就和贡献是多方面的，其中最重要的，当推政治思想哲学、史学三个领域。
梨洲有关政治思想的论著不少，而《明夷待访录》则奠定了他的民主启蒙思想家的历史地位。《待访录》包括《原君》、《原臣》、《原法》、《置相》、《学校》等共13篇，对数千年来政制、法律、教育、经济、军事等各个方面加以理性的反省和批判，从而提出了一个富含民主意识的全方位的政治大纲。
中央政制的核心是最高统治者——君。梨洲在《原君》篇中提出，君应该做到“不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害。此其人之勤劳，必千万于天下之人……而己又不享其利”，这才是“君之道”，才是“君之职分”；只有合乎这个标准，才能称得上是真正的君。由此引申，“君”与“天下”的关系应该是“天下为主，君为客”——人民是主人翁，君则是为主人翁获利释害而勤劳的人。这是一部《待访录》开宗明义的总纲。然而历史的现实却是“君为主，天下为客”，他们“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”，而且“视为当然”；梨洲认为，这样的君不折不扣是“天下之大害”。正因为自秦汉以来都颠倒了这个关系，为君者都视天下为自己的产业，做了君主就应当占有一切，所以才会演出一幕紧接着一幕的为争夺这个产业而血肉崩溃的惨剧！这里不存在什么“华”“夷”的区别，作者的批判锋芒是指向历代一切统治者的。仅此一点，就高过同时代的许多思想家。梨洲还从根本上否定“君为臣纲”。他说：臣的职责是“为天下，非为君也；为万民，非为一姓也”（《原臣》，下同），臣不是“君之仆妾”，而是“君之师友”，臣与君的关系是平等的：“臣之与君，名异而实同”，都是为着万民的利益来同心协力治理国家；若不出仕为臣。于君则为“路人”——这已跟“公仆”的含义颇为接近了。至于“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”，更是对忠君观念的彻底批判。关于法律，梨洲认为“贵不在朝廷，贱不在草莽”（《原法》，下同），含有法律面前人人平等的意味；主张“有治法而后有治人”，与儒家传统思想“有治人而无治法”也针锋相对。在《学校》篇中，梨洲认为学校不仅仅是培养人才的场所，而更应该是立法议政的机构，他写道：“必也使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备”；“天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为非是，而公其非是于学校”。大政出于学校，天下事的是和非，要由学校来裁判，这种“学校”及功能不正是近现代议会民主政治的基本形态基本职能吗？梨洲先生的胆略和见识不能不令人敬佩。这些凝聚着民主启蒙思想精华的议论在中国两千多年的封建社会中是空前绝后的，跟西方近代资产阶级民主思想的产生相比，也要早一个世纪。
《待访录》在中国近代政治思想史上有着不容忽视的重要地位。“梁启超谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书节抄，印数万本秘密散布。于清思想之骤变，极有力焉”（梁启超《清代学术概论》），梁启超还说：“我自己的政治活动，可以说是受这部书的影响最早而最深”。（《中国近三百年学术史）《待访录》内容丰富，有些观点也不免幼稚，不免带有理想甚至空想的色彩。这是历史的、社会的局限使然。
在哲学上，梨洲受蕺山先生的影响极深。然而，在生存的历史环境与经历的历史事件这两大方面，师生之间毕竟有着天壤之别，因此，梨洲哲学思想不尽同于蕺山，也不全来自蕺山。
梨洲多次论述理气心性之间的复杂关系，建立了理气心性统一论。他认为，“天地之间只有一气充周，生人生物。人禀是气以生，心即气之灵处……心体流行，其流行而有条理者即性也……流行而不失其序，是即理也。理不可见，见之于气；性不可见，见之于心，心即气也”（《孟子师说·〈浩然〉章》）。所谓“气”，是客观物质之气、即自然界之气；所谓“理”，即物质运动变化的客观规律，理与气是“一物而两名，非两物而一体”（《明儒学案·诸儒学案》）；“在天为气者在人为心，在天为理者在人为性，理气如是，则心性亦如是，决无异也”（《诸儒学案》），理气心性是统一的。所以，不能“离气以求心性”，也不能心外求性。
梨洲在这里力图用心性理气统一论解释历史社会现象，以克服前人在自然观与社会观之间存在的理论矛盾，无疑是理论思维的一个进步，但仍然存在流于机械比附的缺陷。
其次，梨洲提出了“一本万殊、会众合一”的学术史观。他在《明儒学案·发凡》中写道：“学问之道，以各人自用得着者为真，凡倚门傍户、依样葫芦者，非流俗之士则经生之业也。此编所列，有一偏之见，有相反之论，学者于其不同处正宜着眼理会，所谓一本而万殊也”。“一本万殊”是学术发展的客观现实，不能强人就己，而“一偏之见”、“相反之论”也一定有其合理的成分在内；但是，如果不加以“会众合一”的学术归纳，混“金银铜铁为一器”，则令人茫无头绪，难以把握“数百年之学脉”。具有划时代意义的《明儒学案》正是梨洲“一本万殊，会众合一”学术史观的结晶。
梨洲一以史学为根抵”（梁启超语），在史学领域贡献甚伟，既撰有大量史学著作，又有一整套具有真知灼见的史学理论，实为一代史学大师；由他开山的清代浙东学派，也以史学成就最为著称。
“经世应务”是梨洲治学不容移易的原则，因此，其治史的重点主要集中在明代，不仅著有长达244卷的《明史案》，对南明时期史料的搜集保存也极为注意，有《行朝录》、《弘光实录钞》等，一方面探讨、总结有明一代“治乱之故”，同时也借以寄托故国之思。
“寓褒贬于史”，是梨洲史学思想的一项重要原则。他认为史书应起到“扬善惩恶”的作用，如果“为史而使乱臣贼子得志于天下，其不如无史之为愈也”（《晋书·史》）；并且还对各种体例的史书提出适用的褒贬原则，比如他认为地方志应“存美而去恶，有褒而无贬”，不同于正史之“美恶俱载”，“犹其所去，是亦贬之之例也”（《再辞张郡侯修志书》）。
同时，梨洲也十分重视史料的搜求考证，提倡严谨求实的学风，批评那种“不能通知一代盛衰之始终，徒据残书数本、谀墓单辞，便思抑扬人物”（《谈孺木墓表》）的浅陋轻躁习气。
在梨洲自己，无论是摆述历史，还是应人之请而作的碑志序铭等，都是遵循了上述原则的。
为明修史，是梨洲的夙愿，但是，出于民族大义，清政府几次礼聘都被他拒绝了。然而梨洲却始终关注《明史》的编写情况。他认为：“一代是非，能定自吾辈之手，无使淆乱，白衣从事，亦所以报故国也”（黄嗣艾《南雷学案·万石园先生》），因而同意自己的得意门生万斯同等参与史局（万斯同“不署衔，不受俸”，却是事实上的修史总裁）。梨洲虽身居草野，对《明史》的修撰仍起了相当重要的作用，如全祖望所说：“公虽不赴征书，而史局大案，必咨于公”，“历志出吴检讨任臣之手，总裁千里贻书，乞公审正而后定”，“地志亦多取公《今水经》为考证。盖自汉唐以来，大儒唯刘向著述强半登于班史……而公于二千年后起而继之”（《神道碑》）。可见《明史》无论在编撰方针上，还是具体内容上，都有不少地方得自梨洲的贡献。
除了以上概略介绍的几点之外，梨洲在自然科学领域也卓有成就，还为文化学术界培养了为数众多的各种人材，同时，他又是一位文学家、诗人和文艺理论家……
黄梨洲生当中国学术思想发生巨大变化的前夜，他的学术思想承先启后，在中国近三百年学术史上有着崇高的地位。他的那种一生奋斗不息、目光永远向前、不倦追求真知的精神必将永远激励后来的中国人。
主要参考书
2．《清史稿·黄宗羲传》，上海古籍版
3．《南雷文定》，《四部备要》本
4．《明儒学案》，《国学基本丛书》本
5．《黄宗羲全集》第一、二册，浙江古籍版
6．《黄宗羲论》，浙江古籍版