“三·一八”惨案后，李大钊等领导人不能公开活动。陈毅不断躲开军警和暗探的监视向李大钊汇报情况。和某些人的悲观论点相反，陈毅他们认为革命仍在高涨，主要的潮头乃是南方国共联合的武装的国民革命运动。果然，随着国民革命军的出师北伐，政局出现了新的分化。一天，陈毅向李大钊汇报：他遇到了留法同学喻正衡。喻现为四川军阀杨森的秘书，此次以杨森的全权代表的资格，来北京试探风向，进行联络。原来杨森见到革命高涨，希望共产党和国民党左派的“要人”促请广州国民政府派人去改造他的部队，以便参加国民革命。李大钊当即指示陈毅深入了解，建立联系。不久，李大钊便正式布置陈毅回四川做兵运工作。1926年8月，陈毅带着李大钊、李石曾分别致杨森的亲笔信，在喻正衡陪同下乘火车南下。他们经过尚在直系军阀吴佩孚军事统治之下的武汉，换乘轮船入川。杨森当时还是北洋军阀政府的讨贼联军川军第一路总司令，近日还就任吴佩孚委任的四川拾省长”。
陈毅到万县望见满街“庆祝荣任”的红绿标语，对杨森的投机性印象鲜明。
8月25日，杨森以客礼在其司令部接待陈毅。杨森看过李大钊、李石曾的手札，首先向陈毅说明他参加国民革命的意向，表明他是开明派。甚至说如果需要，他可以发兵10万到两湖去援助北伐军。对于陈毅，他4年之前即已谨致拜请之意，此次又承李公介绍，他欢迎陈毅到他军中参赞军务，可以代表他到各部队走动，自由出入于军部各处以及杨森的私宅。他愿随时听取陈毅的“高见”。陈毅暗自承认杨森安排甚妥：既对共产党及国民革命表示尊重，又不正式任职得罪北洋。杨森可以视时局顺逆而伸缩；陈毅也有接触部队接近杨森的相对自由。陈毅当即表示接受，并借介绍北京及武汉等地情况向杨森说明了吴佩孚不得人心，必难持久的形势。杨森相当坦率地说明他自己是吴佩孚一手提拔的，实难立即背弃；一旦北伐局势明朗，自会及时抉择。
第二天，杨森又邀见陈毅，并介绍“‘第三国际’派来联系的代表”与陈毅相见。这位“代表”叫朱玉阶，四川仪陇人，原是川中名将，与杨森旧交颇深，此次方从德国、苏俄回来。陈毅见这位老军人气度敦厚，胸怀坦荡，晤谈甚为欢洽。不料后来万县共产党的地下组织通知陈毅去南洋兄弟烟草公司万县分公司会见一位党内同志，迎见他的正是这位朱玉阶——朱德。他并非杨森所说的“第三国际代表”。
就在此时，杨森部队面临严重的考验。
8月29日，英商大古公司轮船在四川云阳长江江面浪沉杨森部载运军饷的木船三艘，杨部官兵和船民58人淹死，银元8.5万枚、步枪50余支也沉入江底。英国轮船依仗帝国主义所攫取的中国内河航行权，在川江上无数次撞沉浪沉中国船只，杨部人员也多次受欺。此次事态特别严重，杨部上下震怒，杨森也感到奇耻大辱。
陈毅向杨森分析：反对帝国主义的暴行，是杨部官兵及四川人民的强烈愿望，因而必须采取强硬态度，才能加强杨森的军中威望和政治影响。杨森对此深表同意。陈毅提出：第一，立即向报界披露事件真相；第二，发动工农兵学商各界奋起御侮；第三，扣留肇事船只。朱德完全支持陈毅的意见。
朱德远虑深谋，特别强调在与英方交涉的同时，必须充分准备英方动用武力。
杨森下了决心：一面指示驻重庆交涉员向重庆英国领事提出抗议和惩凶、赔偿要求；一面命令部队加强戒备，随时听命行动。
8月30日，英商太古公司万通、万县两轮由重庆驶抵万县。杨森派兵予以扣留。
英方拒绝赔偿损失，拒绝惩办肇事凶手。英方向北洋政府施加压力迫使吴佩孚电令杨森“和平了结此案”，同时以武力威胁，并发出通谍：限杨森于24小时内将万通、万县两轮放行。
杨森连日召集会议商讨对策。朱德、陈毅一再陈明反帝大义，巩固杨森的决心。陈毅先后主持了反英暴行筹备会及声势浩大的万县各界群众抗英大会，大会后举行了示威游行，并通电全国，揭露英帝暴行。
9月5日，英舰威警号、柯克捷夫号和武装轮船嘉禾号进迫万县江岸，强行靠帮跳舷劫夺被扣的轮船，开枪打死守船的杨部士兵。杨森部队按事先的命令给予回击。英舰劫船受挫，竟用舰炮向万县人口稠密的繁华市区疯狂轰击，并使用燃烧弹。
杨森乃令沿江炮兵向英舰还击。朱德先同杨森一起协助指挥，后又到黄桷树炮兵阵地督战。陈毅奔走在指挥部与火线之间，传达战况，激励士气。
英舰炮火击中万县法国教堂的钟楼，陈毅登上泊于江边的法舰都大号，用法语向法国海军揭露英舰滥轰和平居民和法国教堂的罪行。
在众炮轰击下，英舰先后负伤，拖着浓烟逃去。这是中国人第一次在长江上向英舰作战而迫使其逃遁的壮举！
中国军民死伤以千计，民房商店被毁千余家，造成了著名的“万县惨案”。
然而万县炮战的胜利意义重大。朱德、陈毅在9月6日召开了万县各界万人抗英大会，组成了万县惨案后援会，并通电全国，使反帝高潮又增新浪。
但是杨森在吴佩孚越来越严厉的威压之下逐步降低了抗英的调门，这场斗争以虎头蛇尾告终。
北伐军攻克武昌，吴佩孚向杨森告急，杨森竟公然发兵“援鄂”，以牵制北伐军。
杨森部的工作已难以为继，朱德东去武汉。经朱德介绍，陈毅与中共重庆地方委员会（简称重庆地委，即中共四川省委）接上了关系，被派往达县川军田颂尧部胡翼旅任党代表。在达县的一个多月中，陈毅除了对田部官兵进行国民革命的宣传教育外，还在学生界开展工作。当时的进步学生领袖之一张爱萍在1980年4月回忆：因为国家主义派学生从反动部队搞到了一些枪支，张爱萍他们曾要求陈毅也配备一些枪械给他们，以便对抗。陈毅没有同意。陈毅布置在思想斗争和文化斗争中孤立和分化少数顽固分子，把尽可能多的青年学生争取过来。
11月，陈毅被重庆地委调到重庆，负责共青团和青年工作。
在一次党团联席会议上陈毅得知重庆地委已在策划发动顺庆（南充）、沪州的驻军举行顺沪起义。中共重庆地方委员会军事委员会由杨闇公、朱德、刘伯承组成。陈毅也就在此时认识了刘伯承，得知他是根据中共中央的指示回四川从事军事运动的，并由中国国民党执监联席会议委以国民党中央党部特派员之职到四川负责军事工作，顺沪起义将由他任总指挥。陈毅对这样的武装起义当然热心。因为起义目标虽然在根本上还只是配合北伐，起义的部队也都是缺乏共产党的工作基础的旧军队，但毕竟这是共产党独立领导的正规部队武装起义，而且是第一次。如果起义成功，掌握并逐步改造好这样一支武装，和在杨森部队做工作大不相同。在杨森部队因为有枪有炮，就能击退英舰，但部队是人家的，结果还是有始无终。一旦有了一支自己掌握的部队，革命作用就大了。
陈毅积极了解情况，参与意见，和刘伯承的交往日多。据陈毅回忆：他们曾研究在起义发动后把分驻于沪州、合川、顺庆等地的8个旅北移顺庆，创建革命根据地，由刘伯承任总指挥，陈毅任政治部主任。
沪州、顺庆驻军于12月初提前发难。但驻沪州的袁品文、皮光泽、陈兰亭3个旅贪恋膏腴之地沪州的大量税收，不愿向顺庆转移。据沪州市图书馆副馆长吴孟辉1980年4月谈，陈毅曾到沪州，在万吹楼分别找各旅领导人进行劝说，未奏效。
在中共重庆地委的会议上，合川共产党的负责人请求派人到驻合川的川军二十八军第三师做改造的工作。合川扼嘉陵江、涪江、渠江三江之口，为沪州到顺庆的必经之地，在地理上对起义有枢纽作用。陈毅乃向中共川东负责人刘愿安提出愿去三师工作。刘愿安原来的公开身份就是合川三师政治部的宣传科长，调离不久，深知合川地理和驻军的重要性，表示赞同。
合川三师师长陈书农，兼该师政治部主任。政治部副主任陈梦云，是陈书农的叔父。陈梦云已于两年前和陈毅好友胡兰畦结婚，深知陈毅的胆识才华。陈毅与合川三师驻渝办事处联系，有刘愿安介绍，又有陈梦云的推重，很快被陈书农任命为三师政治部组织科长。12月25日陈毅到合川时，陈梦云及宣传科新任科长范英士等到码头欢迎。陈书农当晚设宴接风。陈书农此后对陈毅的工作始终支持。在陈毅的影响下，陈书农多次表示既已接受国民革命军的名义，一定顺应潮流，沪州的部队着北移顺庆路过合川，他保证不加拦阻，严守中立。30年后的1956年，解放前夕去香港的陈书农表示愿意回内地参加建设。国务院副总理陈毅表示赞同。陈书农抵沪，陈毅在锦江饭店宴请他一家，并说：“以前我到合川，你请我吃饭。今天我们也请你吃饭。这不止是我个人的意思，我是代表周恩来总理请你吃饭的。”
1927年元旦刚过，陈毅在政治部部务会上提出了改进政治部石印刊物《武力与民众》的建议，立即受陈梦云和该刊主编范英士支持。该刊由不定期改为周刊。陈毅积极写稿。该刊在合川军民中有力地宣传了革命的三民主义和国民革命运动。陈毅的工作范围逐步扩大到三师所属各旅和军事教育团，宣传三大政策，并发展中共秘密党员。
身为组织科长的陈毅有责有权开展工会工作和学生工作，他迅速团结了一批工运骨干和学运骨干。3月12日孙中山逝世两周年，各界民众1000余人在城内瑞山公园举行纪念大会。陈毅组织并主持了这次大会，还作了很富鼓动性的演说。
1927年3月，国民革命的形势发生明显逆转，北伐军总司令蒋介石的新军阀气息越来越为政治嗅觉灵敏的旧军阀们所察觉。各地的军阀，包括四川的杨森、刘湘等在内，和蒋介石勾结起来了。
3月24日，英、美兵舰炮击南京下关，对蒋介石示威，造成和平居民死伤2000余人的大惨案。蒋介石妥协求和。全国各地爆发了抗议英、美暴行的群众斗争。重庆人民也在打枪坝召开抗议大会。当时已占领重庆的刘湘接奉蒋介石的旨意要镇压共产党和革命群众。此时便集中军警，预先埋伏，突然开火，制造了死伤近千人的“三·三一”惨案。刘湘随即大肆捕杀共产党人和革命群众。重庆地委书记杨闇公被捕牺牲。
陈毅在合川的活动当然早已为反动分子所注意。此时，师长陈书农正在成都邓锡侯那里开会，一向反对“联俄容共”而且为人阴毒的旅长王学姜代理师长。王学姜忽然亲自邀约，要宴请陈毅，以示团结。陈毅考虑，非但不能赴宴，合川也不宜再留，决心紧急撤离。
陈梦云、范英士关心陈毅的安全，决定二人一同护送陈毅直到重庆。在当时的严酷形势下，和陈毅这样的人一同出走，干系不小，情谊殊深。范英士在1980年4月说：后来查明，王学姜确实准备于宴请时下毒手。而陈梦云和范英士也没有再回三师工作。
为了减小目标，他们在重庆附近的江北县分手，陈毅只身去重庆找新任旅长的郭勋祺。
郭勋祺是陈毅少年时代的同学和球友，陈毅出现在他面前，使他吃惊不校此时的重庆全被白色恐怖笼罩。中共重庆地委和莲花池国民党左派省党部尽被破坏。到处是搜捕、枪杀；一部分人自首叛变。车站、码头全部戒严，向东往武汉去的船只检查尤其严格。郭勋祺把陈毅留在自己司令部掩护了几天，随即亲自布置陪送陈毅前往码头，送上去武汉的江轮。
陈毅来到武汉，暂住武昌蛇山脚下的小旅馆里。和重庆相比，武汉是另一个世界，到处是标语、旗帜、横幅的革命的世界。但是标语的内容急遽地变化着，一夜之间，到处是声讨新军阀蒋介石的怒吼。“四·一二”事变发生了！
接着又是李大钊在北京遇害的噩耗！
革命的怒潮和革命的危机交织。
陈毅急于找党，急于投入斗争。
可是他既无介绍信，又无介绍人，到处碰壁。终于他在街上遇到了留法勤工俭学的同学、他的入党介绍人颜昌颐。颜昌颐是“四·一二”事变后从上海撤到武汉来的，在中共中央军事委员会工作。5月，中共中央军事委员会正式分配陈毅到武汉中央军事政治学校任党委书记。
武汉中央军事政治学校的前身就是原来在广州的黄埔军校。此时，国民党中央撤消了蒋介石的校长职务，改校长制为委员制，校务委员有国民党方面的邓演达、谭延闿、顾孟余、徐谦，共产党方面的恽代英等5人，以邓、谭、恽3人为常委。国民党方面的常委不肯管学校的实际工作，校政实际上由恽代英政治总教官负总责。据聂荣臻1980年9月说：在共产党内，陈毅到任后由恽代英、施存统、陈毅组成校党委，陈毅任书记。但是陈毅的公开身份要利于隐蔽，他的公开职务是校政治部的准尉文书。
军校共产党的组织
是不公开的，但是健全，每个大队和队都有党、团的支部和小组。专职的党委书记陈毅到任后，即到各大队各支部了解情况，秘密开展工作。当时政局动荡，湖南发生了“马日事变”，不久夏斗寅叛乱，武汉吃紧，军校奉命改编为独立师开赴前线和叶挺部队一起平定了叛乱。接着，汪精卫撕下伪装，于7月15日宣布“分共”，白色恐怖笼罩武汉城乡。在这些剧变中，军校大多数教职员工和学生都紧紧地团结在国民革命的旗帜下，无论在公开论战中或在战场上，都敢于和新老军阀及国民党右派斗争。在平叛作战时，陈毅在党内作了有力的动员，保障了作战部队的高昂士气；还布置了对一些考验合格的发展对象举行火线入党。当时在军校工作的徐向前、郭化若都记得陈毅在党内工作很活跃。
工作活跃，言行之中不免会流露出不象个准尉文书之处。当时施存统的秘书，后来曾为蒋介石代笔写《中国之命运》的陶希圣，就对陈毅说过：“共产党真正的领导人是站在幕后的，我看你就是。”施存统告诉陈毅，政治部组织科长叶镛是国民党员，专门监视共产党人。叶镛找陈毅，说“你在我们四川是有名的，怎么来当文书呢？你一定是C、P（共产党）。”并表示了革命的愿望。陈毅见他诚恳，承认自己是共产党，并对他做工作。后来，通过组织发展叶镛加入了中国共产党。这使陈毅的工作多了一层保护和支助。叶镛后来参加了广州起义，担任工农革命军的师长，在战斗中英勇牺牲。
陈毅的堂兄陈修和、胞兄陈孟熙于1925年在广州考入黄埔军校第五期，弟弟陈季让刚考入武汉军校第六期，都在武汉，兄弟们经常聚会。他们政治见解各不相同，经常争论，但感情却很亲密。
陈毅的几位朋友也在武汉。胡兰畦在军校女生队学习。胡兰畦的丈夫陈梦云和范英士后来也到了武汉。他们也常见面，议论政局，观点也不相同，但都忧国忧民。
汪精卫不想保留革命的军校。女生队被解散，胡兰畦只好回到丈夫身边。
政治队提前毕业，陈孟熙得到吴玉章的同意到四川军阀刘存厚部工作。陈修和决心去上海搞造船工业。
陈毅在7月份的主要工作是组织军校人员应变。军校最后被改编为张发奎第二方面军的教导团。当时恽代英已东去九江；施存统也离开了军校。陈毅领导各支部，把有的学员调去叶挺担任副师长的第二十五师七十三团（即原叶挺独立团），让有的学员回乡各找革命之路，大多数党团员隐蔽下来。
他自己一度隐蔽在郭化若任连长的炮兵连，继续负责教导团的党的工作。①当郭化若身份暴露奉命调出时，陈毅转移到党的基础较好的特务连隐蔽，任该连准尉文书，继续和各营连党组织秘密联系。
8月1日，即教导团奉命“东征讨蒋”、准备开拔的前一天，陈毅特地从武昌到汉口，向好友陈梦云、胡兰畦及范英士等辞行。他们纵谈时局、各叙襟怀。陈毅的话至今尚为胡兰畦和范英士所牢记。陈毅说：“以前清朝政府骂孙中山是土匪，现在国民党又骂我们是土匪。好，我偏要去当这个‘土匪’！”
①据原总参军训部顾问刘祖靖1982年回忆：当时有人称陈毅为“总支书记”。
8月2日，教导团2000多人分乘一艘大客轮和多艘小火轮，以及它们所拖引的数十条大小木船，离开武昌顺流东下。
当时教导团的团长是侯连瀛、副团长是杨树松，参谋长是季方。侯、杨虽是共产党员，却并没有组成党委，后来他们都转入了国民党，因而在当时这个团显然还不是共产党领导的部队。陈毅虽是中共党内的主要负责人，但是没有兵权，和上级党组织也缺乏可靠的联系。陈毅只听说了党对教导团这次“东征”的大致意向：趁东行之便，开到江西九江、南昌一带，尽量保存革命骨干，相机参加武装起义。
关于南昌起义的消息，在出发前全不知晓。船队抵黄石，被何键部队强行扣留，经交涉并由何键部队打电报请示驻九江的第二方面军总司令部，才干次日放行。这时才听到传闻说南昌方面出了事。
陈毅在1952年6月14日《关于八一南昌起义》的谈话中回忆：8月4日船到九江。江岸已武装戒严。第二方面军的人乘数艘小艇向分散在江面上的各船官兵传达张发奎的命令：把武器留在船上，徒手上岸集合。
此时部队分散在毫无防御设备的民船上，无法进行战斗通讯联络，团长、参谋长以及“准尉文书”都无抵抗的善策，也无法指挥，只能上岸见机行事。
集合完毕，张发奎亲自来宣布：要大家放下武器是事出无奈，叶挺、贺龙不够朋友，带走了他好几个师，差点把第二方面军搞垮。他说他还是要革命的。愿意跟叶、贺走的，他“礼送”出境。愿意留下的，他带去广州。最后他下令分别站队，共产党站那边，国民党站这边。
没有人站到“那边”，大家早听说要隐蔽待机。
陈毅在当晚召集共产党干部分析形势，商讨对策。情况已趋明朗：南昌已成功地举行了武装暴动，叶、贺掌握了好几个师，张发奎走向反动，但还不愿丢掉革命招牌。大家研究决定：一是连夜分散出发到南昌去找叶、贺军，一是回家乡去搞农民运动。没有暴露党员身份的，可以留下。“大约有200多人愿意留下，这200多人组织了个支部。”①陈毅身份已经暴露，决定星夜去南昌，投入他多时来热切向往的共产党独立领导的革命军队。特务连连长肖劲和他同去。
8月6日陈毅、肖劲赶到南昌，叶、贺军已无踪影，张发奎的部队已进了城，好不容易打听到起义军已去抚州方向。两人决意追赶。
沿途绝少行人，常有反动团练和地痞流氓拦路盘查。途中遇到几个从蔡廷锴部队逃出来的军官，他们说蔡廷锴师本来参加了起义，但在南撤途中脱离了起义军，现在也在“礼送”共产党员。陈毅、肖劲表示了誓必追上起义军的决心。他们终于在抚州城里见到了紧张忙碌而秩序井然的起义军，找到了周恩来和刘伯承。
当时起义军后面有朱培德的追兵，抚州附近是杨如轩的部队。赣东一支绿林武装派人来接头，愿意接受叶、贺军的委任和指挥，条件是给他们一部分枪支。周恩来、刘伯承就要陈毅带着肖劲去联系，到这支绿林部队去做改造工作。但他们按预定办法和对方的司令联系时，起义军已开走，追兵已进了抚州。绿林部队联系代表逃避不见。陈毅、肖劲出城时被哨兵抓祝幸陈①张发奎后来又将武器发还教导团。教导团开到广州，参加了广州起义。
毅说动了哨兵，得以脱险。
8月10日，他们在宜黄再次追上起义军。周恩来与刘伯承等商量后，分配陈毅任第二十五师七十三团的团指导员。周恩来说：“派你做的工作太小了。你不要嫌小！”
陈毅真诚而喜悦地说：“什么小不小哩！你叫我当连指导员我也干。只要拿武装我就干！”
“只要拿武装我就干”，说出了陈毅对于中国革命要靠共产党独立领导的武装斗争的觉悟。这是他亲历四川保路运动的屠杀、里昂护校斗争被武装押送回国、北京惨案、万县惨案、九江被迫放下武器，并结合宏观的认识所得到的宝贵结晶！
使他特别高兴的是：他要去领导的团正是由叶挺独立团的主力改编发展而成的“铁军铁团”。他早就听说，这支部队在北伐中是最出色的前锋，战无不胜。这部队又是党最早创建由周恩来亲手组织的武装，训练严格，战斗力强。现有2000多人，是起义军的一个坚强的主力团！
陈毅面临第一个考验。作为共产党的党代表和政工干部能否取得官兵们信任的考验。这个团毕竟还是国民革命军，官兵们对蒋、汪不满，对共产党比较有认识，但对政治工作人员，许多人还是持保留态度。陈毅自己对武汉时期某些政工人员的满嘴空话与“五皮主义”（皮带、皮靴、皮包、皮手套、皮马鞭）也很反感，所以能够理解官兵们看不起“狗皮膏药”的情绪。他自觉地塑造共产党的政工干部的形象。不高高在上，常到班排谈心。盛暑行军，又加某些地方群众受了欺骗宣传逃避一空，有时一天吃不上一顿饭。他都能和官兵们一样，挨饿走路，还扶助病号，帮士兵背枪。官兵们渐渐相信他的讲话了。更严峻的考验是在战场上。打会昌，七十三团打的是攻克敌人主阵地制高点的恶仗，敌人炮火浓密。第一次上战场的陈毅开始时不知所措，他自己后来说简直象《夏伯阳》里的政治委员富曼诺夫一样，被敌人火力压得抬不起头来。但他清醒地意识到这种考验，立刻奔上最前线，冒着敌火鼓励部队，和团长站在一起指挥作战。这就赢得了许多老兵的称赞，老行伍出身的团长黄浩声也开始另眼相看。
然而第二个考验接踵而至。这是一个人的生命史上极少遇到的严峻而深刻的考验，并不是每一个革命者都能经受住这种考验的，关键就在于对共产党独立领导的军队有超过一切的认识和感情。
南昌起义部队进入广东后，决定以大部攻克潮汕；周士第的二十五师及第九军教育团留守三河坝地区，由九军副军长朱德指挥。这样就把全军最强的叶挺部队的二十四师与二十五师拆散了。事隔25年，陈毅在《关于八一南昌起义》的谈话中痛心地说：“如果三河坝不分兵，我们一共有15个团，而桂系加陈济棠可以集中的不过17个团，力量差不多，我们战斗力强于他们，一定可以击破他们。三河坝一分兵，反革命就以钱大钩牵制朱、周部，集中全力对付叶、贺。叶、贺长途跋涉，队伍疲劳，一路仰攻上去，到了汤坑遂陷入反革命的重重包围”，损失严重。
三河坝位于广东梅江、汀江、韩江的会合口。二十五师为避免背水作战的不利态势，东渡韩江，在以东文部为中心的笔枝尾山、龙虎坑、下村一带设防。10月2日起，钱大钧部以优势兵力3个师10个团多次渡河攻击，伤亡达1000余人。起义军顽强抗击，歼灭渡河之敌，但自己也有数百人伤亡。
10月4日，敌军再次多路渡河登陆。起义军兵力少，久战不利，乃撤出三河坝地区，向潮、汕与大部队靠拢。但行至饶平县茂芝，先后遇见潮汕撤出的部分人员及在揭阳、汤坑失败跑回的零散人员，才知道潮汕失守，起义的领导人已分头撤离。
中国共产党第一次独立领导的革命武装起义失败了！2万多人的起义部队现在只剩下朱德身边这2000余人，而且四面都有占绝对优势的敌人，随时有被歼灭的危险。而如果这支部队的领导人不再坚持领导岗位，部队必将全部溃散。
当时，朱德决心继续斗争，陈毅坚决拥护。他们决定到闽粤赣三省边界地区活动。在饶平县的茂芝，部队进行整编，以七十三团为基础编为第一营（4个连的大营），以七十四团编为第二营，以九军教育团编为第三营。
10月7日，朱德、陈毅率部向闽粤赣边界地区转移。
同时，与饶平地方的共产党组织取得联系，留下一批枪支，分散安置了一批不能随军行动的伤员，并派人秘密赴香港向中共南方局报告请示。
10月15日，中共南方局与广东省委联席会议提出，南昌起义军必须“全部转变为工农革命军”。10月24日，南方局恽代英在致中共中央的信中说：“工农革命军第一师（即二十五师）据彼处派来之人报告，确存长枪1000，驳壳200，机枪约4挺，人2000，??”然而在闽粤赣边立足的意图未能实现。路过峰市，因为后面有钱大钧的追兵，不敢久留。在武平，同钟绍奎的土匪部队遭遇，钟部被击溃，乃进占武平。钱大钧部一个师又猛扑而来，第一师退出武平，向武平以西的山区转移。
部队仰攻险要的石径岭，朱德亲率突击小分队爬绝壁翻山崖到守敌侧后猛袭，始得突破险关。朱德智勇善战的名声此时便在七十三团这样的铁团得到推崇。
进入江西后，情况更糟。对于武装斗争的悲观失望，日益严重地摧毁着部队的意志。与上级党及地方党完全失去联系，两眼抹黑，前途茫茫。时至深秋，官兵们还是南昌起义时的单衣单裤，露宿山林，风寒露冷。山区少人烟，搞不到多少粮食，饥饿削弱体力。病员急剧增多，疟疾、痢疾，没有药品治疗。每天还得长途爬山行军。于是掉队、离队的日多。
部队到达安远县的天心圩。在这里才得到短暂的休息。领导干部聚集起来，议论出路。这时的部队，体力和战斗力都大大削弱，散伙的现象日益明显，有的带着整班、整排公开离队，带着枪自寻出路。部队只剩1000来人了。
还有没有必要和可能维持这一支小小的接近涣散的队伍确实成了问题。即使要奋力维持，有没有必要保持这么些军、师、团职的领导干部也令人怀疑。
朱德态度坚定明朗，他认定南昌起义留下的骨干必不能溃散，一定要带着走出绝境，坚持武装斗争的路。陈毅到北京、上海、四川都有出路，但他既已认定中国革命必须要有共产党所领导的武装，他也决心带队到底。原七十四团参谋长王尔琢也决心带部队，他已蓄起胡须，发誓革命不胜利就不剃掉。后来大家同意去留自愿。这时，团以上领导干部就只剩他们几个人了。
傍晚，在天心圩圩场外的河滩上，朱德召集排以上干部开会。朱德阐述了他在领导干部议论时的主张。他说：大革命失败了，革命的旗帜不能丢。
武装斗争的道路一定要走下去。1927年的中国革命好比1905年的俄国革命。俄国在1905年革命失败后是黑暗的。但是黑暗是暂时的，到了1917年革命终于成功了。只要坚持斗争下去，中国也会有个“1917年”。朱德还说：“要革命的，跟我走，不革命的，可以回家，不勉强！”
陈毅也讲了话。他说：一个真正的革命者，不仅经得起胜利的考验，能做胜利时的英雄，也经得起失败的考验，能做失败时的英雄。
经过天心圩的整顿和动员，许多人的心中又燃起了希望之火。部队继续西进。但实际困难丝毫没有解决，反而更趋严重。饥寒、疲劳、疾并穷困，把部队折磨得筋疲力荆林彪领着几个连长来见陈毅。他们都是黄埔四期的毕业生。林彪说：现在部队不行了，一碰就跨。与其等部队垮了当俘虏，不如现在穿便衣，到上海另外去搞。其他几个也附和，他们劝陈毅走。
陈毅明确表示他不走。他说：“现在我们拿着枪可以杀土豪劣绅，土豪劣绅怕我们。离开了队伍没有了枪，土豪劣绅就杀我们。我们都是共产党员，要经得起失败的考验。”
其他几个连长被陈毅劝止了。只有林彪一度离队，但没走多久又回来了。
因为走到梅关，看到搜查、抢夺、打人、杀人，这样送命太不值了。陈毅批评了他，对他回来还是表示欢迎，让他仍回原来的连队任连长。①部队减员到只剩800多人。可是终于得到了难得的休整机会。他们走到了信丰县。军阀刘士毅的军队远在赣州，信丰没有敌军。这时军阀战争即将开始，他们身后己没有了追兵。赣南地方党也派人来取得联系，他们第一次对赣南的情况有了较全面的了解。
在敌情缓和的情况下开进县城，对这支贫困饥寒、而且是有许多旧军人的部队，是一个新的考验。问题还是发生了，有人进饭馆白吃白喝，有人到当铺“当”手榴弹要钱花。
朱德、陈毅正同城里的地方人士座谈，忽接报告：一家当铺被一伙士兵抢了。朱德让陈毅先去紧急处理。
陈毅下令紧急集合，带领部队跑步到离城20多里的一个山坳里。朱德也飞马赶到。
陈毅站在山坡上发出整队口令。
①陈毅于1971年10月老同志座谈会上发言谈及此事。
朱德应声跑到排头兵位置，肃然立正。王尔琢跟上，站第二名。于是800多人迅速列队。
朱德、王尔琢出列来到陈毅站立的山坡，紧急研究后，由陈毅宣布此次哄抢当铺事件的严重危害性，并当场查明带头肇事的抢劫主犯3名，立即枪决。陈毅又向大家讲述了这支共产党领导的铁军铁团的革命宗旨和光荣传统，要大家自觉执行政策、遵守纪律、一心为公。他特别强调要以朱德为榜样。朱德不屑高官厚禄，1922年就加入共产党。他目光远大，意志坚定，许多师、团领导干部离开了，唯独他不走，他看到这支队伍一定会发达，革命一定会成功。大家要跟朱军长革命到胜利！
官兵们自发地喊出了“拥护朱军长！”“跟朱军长干革命！”的口号。
参加哄抢的士兵，纷纷把抢得的东西交了出来。
朱德感谢大家的支持，完全赞成陈毅的处理，指出革命纪律铁面无私，如果他本人违犯纪律，大家可以同样拿他问罪。朱德并郑重宣布，从今起，这支队伍由他和陈毅共同领导。①通过这一次严肃整顿，既有共产主义的理想和道德，又有铁的纪律，政治工作的威望大增。10月底开进大余县城时，县长吴巨光闻风逃到广东南雄。群众也纷纷离家躲避，随即听说这支队伍不住民房不抓民夫，态度和气按价付钱，又陆续回到城里。这时国民党新军阀之间战争正紧锣密鼓地进行，自顾不暇，朱德、陈毅、王尔琢研究决定利用时机进行思想整顿和组织整顿，并改善物质条件，恢复体力。当时江西由滇军将领朱培德主持军政，各县主政的多云南人，吴巨光也是，且在云南时与朱德有过旧交。朱德乃在县商会筹得1万多元经费，说明为借用，并留信请吴巨光县长拨款归还。部队的整顿工作乃在生活较好的条件下展开。
部队急需调整组织。考虑到和湘赣一带的滇军搞好统一战线关系并利于隐蔽，决定暂时将部队改编为国民革命军第五纵队，下辖3个支队，计7个步兵连，1个重机枪连， 1个特务连（一说迫击炮连）朱德化名王楷任纵队司令，陈毅任纵队指导员，王尔琢任纵队参谋长。
陈毅负责党团组织的整顿。重新登记了党团员，发展了一批坚决革命的人入党，把全部56名党员组成一个党支部，把一部分党团员分配到各连队，“建立了连的指导员”。事隔几十年，粟裕还印象深刻：“那时候我们还不懂得应当把支部建在连上，但是实行了把一部分党团员分配到各个连队中去，从而加强了党在基层的工作，这是对于这支部队建设具有重大意义的一个措施。”
11月上旬，部队移驻湘粤赣三省交界的上堡、文英、古亭一带山区。敌人忙于军阀混战，使他们得到近一个月的休息。离队官兵200余人归队，加上一批参军新兵，部队又有1000多人。部队天天上小课，隔一二天上一次大课。军事方面讲授正规战如何向游击战发展，讲新战术。政治工作方面继续整顿思想、整顿纪律，规定筹款和缴获要全部归公，组织部队打土豪、筹款、各班排分头向群众作宣传，调查情况，帮助群众劳动。陈毅主持了这支部队的政治工作建设，颇多建树，成为中国人民解放军政治工作的开拓者之一。
11月中旬，附近到了一支部队，经联络，竟是秋收起义后经过三湾改编的一个营，该营是一团三营，由张子清、伍中豪带领，因在一次战斗中被敌①《粟裕战争回忆录》，解放军出版社1988年11月第1版，第42至45页。
人切断了和毛泽东亲率的一团团部及一营的联系，三营独立向南发展。得知毛泽东领导着部队在井冈山活动，朱德、陈毅、王尔琢立即派原在第二十五师政治部工作的毛泽东的同胞小弟毛泽覃去与毛泽东联系。同时，与范石生也联系上了。
范石生当时为国民革命军第十六军军长，驻防湘南粤北。他是朱德早年在云南陆军讲武堂的同学、知交，结过金兰。他派该军参谋韦柏萃（原为共产党员）带着他的亲笔信前来联系。范石生希望两军合作，信上还指出该军内部即有一批共产党员，他并未取缔他们的活动，以示诚意。
早在南昌起义军南下时，周恩来即曾授意朱德致函金汉鼎、范石生、杨如轩等滇军将领进行争龋朱德等各军师负责人并带上了中国共产党前敌委员会的组织介绍信备用。此时，朱德、陈毅、王尔琢等对与范石生的合作进行了慎重研究，考虑到部队疲惫，子弹、服装、被盖等也极度缺乏，有建立统一战线关系的必要，乃决定在确实保持共产党武装独立自主的原则下与之合作。
11月21日起，朱德根据党组织的决定到第十六军四十七师师部驻地汝城与范石生的代表、该师师长曾曰唯进行了两天谈判，达成了协议：朱部是共产党的队伍，一切行动听从共产党的调动；范部给朱部的物资补充，完全由朱部自己支配；朱部的内部组织和训练工作等，完全按照朱部的决定办，范部不得进行干涉。
朱德以王楷名义任第十六军总参议、第四十七师副师长兼第一四○团团长，陈毅任团政治指导员，王尔琢任团参谋长。嗣后，又将张子清、伍中豪的一个营改称为第一四一团，将何举成带领的湖南宜章、汝城农军200余人改称为第十六军特务营。为统一这三支部队及十六军原有共产党组织的党的领导，秘密建立了中共第十六军军委，陈毅任书记。
朱德、陈毅有意识地利用滇军与蒋、桂、粤的矛盾，范石生也希望增加友军力量并企图与朱德同回云贵求得发展，再加朱德、范石生彼此友谊甚深，彼此相信对方品德，所以合作是真诚的。朱德在他的一部书稿中曾感慨说：“他接济我们10多万发子弹，一个月还接济我们万多块钱、医生、西药、被单??”“这时范石生去打广东，很多东西留下来了。”“我们始终心心相樱就在红军的发展上来讲，范石生是值得我们赞扬的。”
对这一合作的最好检验，是能否确保这支共产党军队继续实行党的政治主张和革命活动。在上犹、崇义期间，“改编”了的这支部队照旧打土豪，支持农会活动。他们还同各地的共产党组织联系，并于11月下旬在汝城召开湘南各县党组织负责人的联席会议，共同策划“年关暴动”。移驻粤北以后，更有力地支持农民运动。途经仁化时，积极支持恢复农会，帮助组织农民武装，号召开展土地革命。
从另一方面也可看出这支队伍的革命坚定性。——中共中央接连写信给他们，“能否不为范石生所解决，很是疑问”。“为避免被消灭的危险，你们只有坚决的脱离范石生”。中共北江特委常派人侦听他们的情况。有一天陈毅在该团军政干部会上讲话，北江特委派人秘密监听。只听得陈毅说革命是有波折的，要根据客观形势的发展决定革命的方法。但最要紧的是不能被环境所屈服，时刻不忘记自己在中国无产阶级领导的革命运动中应该担负的伟大任务。于是北江特委派人与陈毅接上党的关系，通过北江特委又与中共广东省委建立了联系。
广州起义即将举行，北江特委传来广东省委指示，要朱、陈率部参加。
他们即行开拔，范部也不阻拦。他们途经韶关，请范石生拨给去广州的车皮，范石生也如数调拨。只是临上火车时得悉广州起义失败，临时中止。
嗣后部队移驻韶关以北的犁铺头，继续进行军政训练，并开办了教导队。
陈毅常到教导队讲课。部队仍积极支持农民运动，除继续联系仁化董塘等地外，还派人到驻地附近的曲江西水地区支援农民暴动，使那里的斗争蓬勃开展。
北江特委先后派出熟悉当地情况的龚楚等人来到部队。此时张子清、伍中豪的一四一团已休整装备完毕回井冈山地区，而一四○团收留了陆续归队的人员和广州起义失败后来投奔的零散人员（其中干部80多人），已恢复到1200余人。
12月下旬，何长工受毛泽东的委派来到犁铺头。朱德、陈毅、王尔琢等与何长工促膝长谈，介绍了南昌起义部队的情况和经验教训，也了解了井冈山武装割据建立革命根据地的情况。
1928年元旦刚过，突接范石生从广州派专人送来的密信。朱德正应范部师长之邀赴宴，陈毅拆信。信中大意是：合作事已败露，应从速离开，自谋出路。最后胜利是你们的，现在我是爱莫能助。陈毅等一面急报朱德，一面紧急准备撤离。
脱离范石生部以后，于1928年1月5日攻占仁化县城，并在董塘帮助仁化农军改编为工农革命军独立第四团。
再打乐昌没有打下，就转向湘南。朱德、陈毅他们面对着的是北伐时期群众发动普遍，马日事变、蒋汪合流后受害很深的湘南，控制着湘粤大道四省通衢的湘南。
早在1927年8月3日中共中央拟在湘鄂粤赣4省举行秋收暴动的《大纲》中，即有发动湘南暴动的设想，“准备于不久时期内在湘南计划一湘政府，建设革命政权及一切革命团体，在广东革命委员会指挥之下。”后来因暴动的条件尚不成熟，举行湘南暴动的计划未能实行。
现在各方军阀正在混战，又有了一支久经锻炼的正规主力作为骨干。这支主力部队不仅善战，而且接受了南昌起义、秋收起义、广州起义的宝贵经验和教训，已初步懂得武装斗争和农民运动相结合，初步懂得要建设苏维埃政权和农民革命武装。
朱德、陈毅、王尔琢、胡少海和中共宜章县委军事部长陈东日等详细研究之后，决定首先组织宜章暴动。
胡少海是在部队途经乐昌时加入的。他曾在程潜的第六军当过营长，是宜章岩泉人。其父兄是宜章富户，颇有声望。
这时的宜章官绅们正为传闻中的“年关暴动”担心。忽然接到粤北方面送来的机密信件，说即将有一支国民党的正规部队前来驻防，大喜过望。
1月12日，胡少海带领两个连的先头部队入城。受到以县长为首的官吏绅商的盛情欢迎。大部队接着进驻。于是，就在次日晚欢迎“王楷”的宴会上，扣留了全城所有的头面人物和民团长官。县政府、警察局、团防局的武器很快被铁军铁团所收缴。
宜章女子职业学校，此时成为部队的司令部、宜章暴动的指挥部。中共宜章县委早在做迎接朱德部队和年关暴动的准备工作，故而转瞬之间全城一新。
1月13日，在宜章北门广场召开了几千人的祝捷大会，镰刀斧头的红旗第一次高高地飘扬。朱德报告了暴动简要经过，同时庄严宣告：他们是为工农大众利益奋斗牺牲的工农革命军。由他担任工农革命军第一师师长，由陈毅担任师党代表，由王尔琢担任师参谋长。
陈毅的任务主要是和地方党的干部一起，迅速恢复县总工会、县农民协会和青年、妇女、赤卫队组织并加强农军。起义后25天，正式成立了湘南第一个革命政权——宜章苏维埃政府。
宜章暴动胜利的影响遍及湘南各县。中共郴县县委派李克如前来送信，请求工农革命军第一师出兵郴州，推动郴州工农暴动。信送给了朱德。
陈毅被请去。“党代表，你看怎样回答他们？”陈毅接过信，当着来人的面读出来，读着就连声说：“当然要去！当然要去！”
这“当然要去”实际上就是决心把宜章暴动扩大为湘南暴动。
湘南“赤焰复燃”，驻粤北的独立第三师师长、马日事变的刽子手许克祥，奉命率6个团扑向宜章。他对官兵说：潮汕一战，朱德已成惊弓之鸟，宜章是靠欺诈得手，实际并无几多战力，这次务必收聚歼之大功。
朱德此次指挥铁军铁团，不再有三河坝阵地战的束缚，进退自如。为避敌锋芒，朱德、陈毅率部打着火把连夜撤离宜章。
许克祥亲率两个主力团进占岩泉，而将另外4个团配置在栗源至坪石一线。朱德首先使用主力配合农军打开了很顽强的土豪寨子黄沙堡，在窠壁洞整理部队后便出击，利用许克祥轻视工农革命军而未集中其部队的失误，对运动之敌突然发起攻击，把他两个团打得稀烂，一气追了七八十里。第二天又乘胜追击，从他屁股后头打下去，又把他们打垮了。主力部队有北伐打恶仗打追击的优良传统，农军有地理熟悉，声势浩大的优长，打得敌军建制大乱。溃兵向后狂逃，乱了后续部队的军心和阵脚，未战先败。如此猛打猛冲猛追，竟成“多米诺骨牌”，一路上敌军风声鹤唳，草木皆兵，起义军势如破竹，直杀坪石，攻下了这个敌军后方基地。此役接连击溃6个团，俘敌1000余名，缴获重机枪10余挺，步枪1500余支，手枪100余支，迫击炮8门，马13匹，弹药被服不计其数。许克祥化装混入乱军之中才得逃命。
这次战斗，是主力军、地方农军和赤卫队配合作战获得成功。实战证明，彼此必不可少，尤其是战斗力强过敌正规军的主力军，更是土地革命战争的中坚。
工农革命军第一师重返宜章，随即挥师北上，攻占摺岭，直指郴州。经侦察，郴州南郊的主要守备点大铺桥，守军两个营，多为没有实战经验的学生兵。陈毅乃决定组织喊话，采用军事攻势和政治攻势相结合的办法瓦解敌人。作战中他右手负轻伤，忍痛坚持。守敌被逐一分割瓦解，除少数逃回郴州城，600余人枪悉数俘获。史沫特莱在《伟大的道路》中写道：这些俘虏“被带到一个山谷里，由朱德和陈毅讲解工农革命军的性质和纲领。陈毅的讲话有如跟朋友们叙家常，对于俘虏们影响最大，因为陈毅自己就是从书香门第出身的。”
少数士兵逃回城里，带去了恐怖情绪，守敌不战自乱，争相逃命。先头连尾追入城攻占敌旅部，溃敌向永兴、耒阳逃去。
2月4日傍晚，朱、陈率主力开进郴州。中共郴县县委组织了盛大的欢迎工农革命军入城的活动。
“船到郴州止，马到郴州死，人到郴州打摆子。”
这民谣确实道出了郴州潮湿温暖、蚊蝇扑面，河道淤秽的状况。可是郴州人很快发现，工农革命军不但热心办工农青妇的会，不但认真查案子、放冤犯，成立什么“苏维埃”，还由长官亲自扛锹卷裤带领，铲子、扫帚、畚箕、担桶一齐上，搬走垃圾堆、清除臭水沟。排队来，排队去，心齐力大，河清街净。郴州人都知道朱德，却很少人知道那带头挖污泥的是党代表陈毅。
湘南的革命形势，正如干柴逢烈火。第一师和各县农军密切协同，先后攻下永兴、宋阳、资兴、桂阳、安仁等县城。攸县、酃县也先后举行暴动。
影响所及，临武、嘉乐、衡阳、常宁以及江华、永明都有局部的工农暴动；瑶族等少数民族同胞也揭竿而起。第一师所到之处，都和中共地方党组织密切配合，建立苏维埃政府，建立和恢复群众组织，组建革命武装。继宜章农军成立工农革命军第三师之后，又先后建立郴州的工农革命军第七师，耒阳的工农革命军第四师和永兴、资兴两个独立团。
各地苏维埃政府颁布法令，惩治反革命，没收地主的土地，领导农民插标分田。陈毅满腔热情地从事建立政权、组织农军、指导分田的工作，还挤出时间为宣传员训练班、农运讲习班和党校讲课。此时，湘南暴动已打开了很大的局面，军队完全由共产党独立领导，陈毅与朱德在四川兵运时向往过的“可以伸伸展展地干”的时候似乎来到了。
从不再受国民党任何掣时的意义上说确是如此，但是他们仍然没有得到“自由”。受中共中央内部和湖南省委“左”倾盲动主义的影响，中共湘南特委开始推行某些盲动的政策。在发动农民起来插标分田和惩治反革命的斗争中，“杀杀杀，杀尽土豪劣绅”之类的口号导致惩治镇压的扩大化，并因为农村的宗族矛盾而增加了相互仇杀的数量，还为后来的“白带子”与“红带子”互杀积下了动因。
当军阀混战暂时休止，湘南面临湘、粤两省敌军联合进攻时，中共湘南特委又在“使小资产变为无产然后强迫他们革命”的精神影响下，提出“焦上战略”，为了企图使敌军进入湘南后无房可住，无法立足，硬性推行焚烧湘粤大道两侧30里内房屋和烧毁郴州等县城的决定。指示下达，群众和干部强烈反对。湘南特委一方面逐次让步，将焚烧范围缩小至湘粤大道两侧各5里；一方面仍向各级干部施加组织压力，强令执行。许多区乡干部抵抗不住，只得在大，道旁焚烧了少数房屋。然而消息风传，烟火起处，人心大乱，敌对情绪剧增。
此时正是湘南暴动的战果进一步扩大的时候，中共湘南特委扩大会在永兴召开，准备在3月16日召开湘南工农兵代表会议，成立湘南苏维埃政府，并广泛开展插标分田运动。据当时担任中共良田、拗上区委书记的李克如、李杰及其他人回忆：郴州是湘、赣、粤、桂4省通衢，是中共湘甫特委确定的首批实施焚烧计划的重点，而且城内房屋还是要全烧。
中共郴县县委对群众的呼声有所了解，却坚持要执行特委的指示，认为烧掉郴州使敌人无法立足才是群众的最大利益所在，想以此说服动员群众收拾家什搬迁至县城5里以外，烧掉房子。却不想群众多数对此不能忍受，有的坏人混在群众中煽动闹事。3月12日，县委通知在郴州城里城隍庙召开群众大会，拟由郴县县委书记夏明震说服动员群众在尽量减少损失的措施下执行焚烧的决定，以粉碎敌人的进攻。
这天到会的人格外多，平日空旷的场地已挤得水泄不通。城隍庙入口处手持大刀梭标把守的人有的身份不明。大会于10时开始。夏明震上台说到为阻止湘、粤两省敌人进占不得已实行“坚壁清野”时，台下立即叫喊：“烧房子就是不行！”“杀死他们！杀死他们！”许多人迅速扯下颈上标志革命的红带子，换上事先暗藏的白带子。
一个暴徒窜上台去，一刀砍死了夏明震。混乱的人群刀枪棍棒齐上，县干部与群众组织负责人多人被杀。全场顿时形成一场白带子杀红带子的混战，当场死伤200余人。接着，人们一路呼啸而去，见红带子就杀，见商店就抢，相继捣毁县总工会、少先队等住地。
当天下午，有人散布谣言：“城里的工人要杀农民”，“共产党要烧郴州方圆50里的民房”，煽动数千农民包围了先已搬迁到城外东塔岭的中共县委机关，洗劫一空。
事已至此，中共县、区党组织及苏维埃的负责人只能组织未受煽动的农军、赤卫队及工人进行武装反击。郴州城内又开展了红带子和白带子的血战。
良田、拗上等区的中共党组织曾派出武装力量进城参与平乱。
3月16日，湘南工农兵代表会议在永兴举行。陈毅当选主席团成员。郴州凶信传来，特委立即要陈毅率第一师的一个营赶往郴州。陈毅赶到时，郴州城内及大部分郊区已为“红带子”控制，城郊的五里碑、栖风渡尚未平息，陈毅率领部队配合农军前往平定。
湘南特委决定由陈毅接任郴县县委书记。郴州损失惨重、仇恨恐惧、混乱不堪。除良田、拗上等少数区基本上没有破坏外，无论城乡都遭受了一场人为的大地震。
陈毅作为郴县县委书记首先恢复和整顿县委、县苏维埃的工作，在湘南特委的指示下，建立肃反委员会和革命法庭，同时深入调查研究，查清事件原委。据郴州师范专科学校师生社会调查所得材料：新县委对于参与“反水”的人分别不同情况作出相应的处理。对个别证据确凿的首恶分子坚决镇压。
对于绝大多数受煽动的群众，只要不继续坚持错误，一律不予追究，原来是农会会员的仍然承认其为会员，原来是赤卫队员的仍然承认其为赤卫队员。
原为干部不责令检讨，不给予处分，仍按干部使用。
当时湖南省委及湘南特委本身也认识了这次错误的严重性，很快调动了湘南特委书记陈佑魁的工作（后陈佑魁在长沙被捕牺牲）。陈毅经和湘南特委研究，并在县委会上统一了认识，在局面得到控制后，还以县委名义仍在城隍庙召开了群众大会。大会有数千人参加。会上，陈毅宣布郴县县委对于执行烧城和焚烧湘粤大道两侧房屋的错误决定有不可推卸的责任，宣布取消错误的决定，并代表县委向群众作检讨；同时宣布了有关政策。会后，还以县苏维埃政府的名义发布布告，规定不准焚烧房屋，不准强迫搬家，不准造谣惑众等等。
嗣后，陈毅所主持的郴县县委把工作的重心转到土地革命方面。陈毅经常到各乡了解和指导分田的工作。郴县桥口有一户农民害怕日后地主报复，分给他3块田不敢要。陈毅亲自去给他讲“耕者有其田”的道理，还说：“你实在怕，就让分田的把那3块田写在我陈毅名下好了。田归你种。”在陈毅的积极推动下，郴县的插标分田虽然因为“反白事件”有了耽误，但很快赶上了邻近各县，仅仅10余天就完成了任务的一半。
湘南暴动从1月13日起至4月初，在不到3个月的时间里，取得了辉煌的成就。它坚定地走武装斗争的道路，并在武装斗争和土地革命相结合，武装斗争和革命根据地政权建设相结合，主力正规军、地方农军和赤卫队相结合等方面进行了初步的实践。它还在湘南工农兵代表会议讨论了土地问题，制定了基本上和后来的土地法相一致的分配原则和实施办法。它广泛地成立了县、区、乡的苏维埃，根据《共青团湘南特委徐林关于湘南暴动经过给中共中央的报告》（1928年6月）所载，还于3月中旬成立了湘南苏维埃政府，陈佑魁当选湘南苏维埃政府主席，朱德、陈毅等21人当选为湘南苏维埃政府执行委员。这是在地区一级的较高层次建立革命政权的首次实践。这个政权的建设甚至到了发行湘南苏维埃政府钞票并能一度为市场所接受流通的程度。这颇能说明这个政府当时的社会信任度。在武装斗争方面，因有湖南农民运动的基础，加上第一等的主力革命军及军事领袖和军队政治工作，也得到了新的发展。湘南暴动已由7个县城，发展到11个县，各地农军有很大的扩展，而工农革命军第一师已由1200多人发展到2000多人。如果不是“左”倾盲动主义政策严重破坏了群众之间的团结，严重损害了许多群众对共产党的拥护，湘南人民是会有较多的办法来对付国民党的两拾协剿”的。
大“协剿”来到了。湘、粤两省的国民党军调集了7个师的强大兵力投向这一地区。大军压境，腹背受敌，加上“左”倾盲动政策的破坏，在湘南应付敌人就缺少回旋余地。陈毅同远在耒阳的朱德取得一致意见，并与湘南党政负责人商议，共同作出了退出湘南的决策。
4月上旬，朱德率第一师主力和部分农军由耒阳经安仁、茶陵向酃县进发。陈毅率第一师一部及湘南特委、郴县县委、县苏维埃及农军共4000人转移。撤退之前，陈毅曾布置坚持原地斗争。拗上区委书记李杰便是经陈毅亲自到区里动员说服才愿意留下斗争的领导干部。当时绝大多数干部和革命群众迫切要求随军转移。形势严峻：白军将至；土豪劣绅将复辟；参加过“反水”而被杀的群众家属和虽未受罚但仍对党不满的群众，都会成为对头。陈毅率部到达资兴一带时，队伍已剧增到近8000人。宜章、耒阳、永兴、资兴的农军和自发来归的革命群众纷纷汇集。队伍庞大杂乱，既无协同行军的锻炼，又无统一的隶属关系。挑担推车，类似搬家，拖儿带女，弃家跟随。他们愿意把自己的命运和共产党、工农革命军紧紧连结在一起，劝说无效。作为工农革命军第一师党代表的陈毅，义不容辞地负起这支队伍的领导责任，从行军作战到吃、喝、拉、撒、睡都亲自一一过问。
刚到资兴，就遇敌第十三军1个团由永兴方向扑来。陈毅指挥郴州工农革命军第七师第三团迎击。团长蒙九龄指挥部队队大刀梭标为主的劣势武器在城郊给敌以阻击杀伤后退入城内，展开巷战，敌人付出惨重代价才占领资兴城。农军七师三团英勇抗敌，仅城郊老虎山一仗即牺牲200多人，团长蒙九龄多处负伤壮烈捐躯。他们为整个队伍从资兴一带安全转移赢得了宝贵的时间。
三团完成掩护任务追赶大队时，敌军跟踪追击。幸有从井冈山下来联系的袁文才、何长工率领的工农革命军第一师第二团与之相遇，敌军见工农革命军势大，缩回资兴城内。
在资兴以东的彭公庙，这支历尽艰难的队伍几天来第一次得到休整。陈毅会见了留法老同学何长工，对毛泽东建设井冈山革命根据地的方略有进一步的了解，更加坚定了此行去井冈山的选择。
在彭公庙，陈毅与湘南特委、各县县委、各农军的负责人和井冈山第二团的负责人举行了联席会议，多数人赞成去井冈山。唯有湘南特委新任书记杨福涛等要折回湘南。他们认为既是湘南特委，就“守土有责”，“共产党员应该不避艰险”，回湘南坚持斗争。陈毅、何长工等耐心劝说他们在形势极端不利时暂时转移，即使回去也要分散个别行动。他们却坚持要把七八十人带回衡阳，离队竟去。几天后，即在安仁、耒阳边境全部遇难。
不久，陈毅、朱德分别率领的南、北两路部队在酃县的沔渡、十都等地会合。湘南暴动的万余人的宏大队伍将到井冈山去完成一次他们当时还无法认识其伟大意义的会师。
砻市（当地现称龙市）。先期到达的工农革命军第一师第二团早为湘南部队准备好了驻地。朱德、陈毅、王尔琢等领导人及第一师的领导机关安置在龙江书院。
朱德己在前几天和毛泽东在酃县会过面。陈毅还未见到过毛泽东。在巴黎，蔡和森早就细说过毛泽东在“新民学会”与举办《湘江评论》的贡献。
在武汉，中央农民运动讲习所与中央军事政治学校同在武昌，声气相通，广为流传的《湖南农民革命》一书中全文载有毛泽东的名著《湖南农民运动考察报告》。转战途中，张子清、伍中豪、袁文才、何长工对毛泽东拿枪杆子上山的主张的介绍，更使陈毅对这位毛委员的创见特行满怀敬意和兴趣。
以井冈山为大本营，在周围各县游击，先后占领茶陵、遂川、宁冈等县城，毛泽东正在创建着罗霄山脉中段的革命根据地。这地区早有党组织和农民革命运动。在大革命中，永新、宁冈、安福、莲花等县都组织了农民自卫军。“马日事变”后，当地党组织发动了水新暴动，是南昌起义以前党所领导的地方性武装暴动之一。宁冈的袁文才、王佐，安福的王新亚等农民自卫军都来参加，一度攻占永新城，成立了永新县革命委员会，贺敏学任主席，并成立了赣西农民自卫军，王新亚为总指挥，袁文才、王佐为副。但因反革命势力过于强大，乃分散活动。王新亚退往湖南浏阳，加入了秋收起义，成为毛泽东得知井冈山有“绿林武装”的消息来源之一。袁、王、贺以及贺的大妹贺子珍则率永新、宁冈的农民自卫军上了井冈山。
毛泽东根据中共湖南特委的指示，率部出井冈山策应湘南暴动，先在酃县三口圩等地发动群众，建立苏维埃政权。4月初，敌军“协剿”湘南，毛命所部第二团西进资兴，接应陈毅率领的湘南农军退向井冈山，他自己率领第一团南进至桂东沙田，监视汝城之敌胡凤璋部。当胡部出汝城企图袭击退却中的湘南农军时，毛即率第一团于4月8日袭占汝城，迫使胡部放弃原有企图于4月10日返回汝城。
毛即率第一团返回酃县，并留该团在酃县监视敌军行动，自己返回砻市。
1928年4月中下旬，毛泽东率领的工农革命军第一军第一师的两个团和朱德、陈毅率领的工农革命军第一师的两个团以及湘南农军的大部，在砻市一带会合了。毛泽东与朱德的两支部队至此乃正式会师。
这时井冈山的武装部队人数激增。原有的一团1000多人和二团（袁文才、王佐部各300人编成），湘南来的朱、陈部2000多人，而湘南来的农军达8000人。两支部队的会合，意味着参加过南昌起义和秋收起义，具有北伐战争民主革命传统和正规作战经验，又都有了农民土地革命运动实践的部队的结合。它们保留了一大批军事政治骨干，有了正确的政治路线和军事路线的初步的创造和实践，其主力部队有坚强的战斗力，这就为建立一支由共产党独立领导的新型的人民军队奠定了基矗两支部队的领导人连日开会研究这支军队的统一改编。一致决定成立工农革命军第四军。军中的共产党组织为中国共产党工农革命军第四军委员会（简称四军军委），毛泽东为书记。
据江华1990年谈：改编成3个师，陈毅为十二师师长，邓允庭为党代表。
该师主要为湘南农军5000余人组成，“仅有步枪百余支，余尽梭标，人称‘梭标师’”。当时十师编二十八、二十九、三十共3个团（三十团基本为湘南农军）；十一师编三十一、三十二两个团；十二师编三十四、三十五、三十六3个团。陈毅自称“曾长梭标师”。①三十五团团长黄克诚，三十六团团长李奇中的回忆文章中都肯定此事。
在宁冈砻市，召开了庆祝两军胜利会师大会，陈毅担任大会执行主席，正式宣布成立工农革命军第四军（6月，按中共中央规定，改称红军第四军，简称红四军）。
从此，陈毅作为工农红军创建人之一与毛泽东、朱德一起走上了以武装斗争为主要形式、实行武装割据和土地革命、建立农村革命根据地、最后夺取全国胜利的光辉道路。
两军会师后，江西敌军对井冈山发动了第二次“进剿”。
陈毅率第十二师一部随朱德率领的军部与十师翻越黄洋界。途中，陈毅到以宜章农军为主编成的二十九团驻地，鼓励他们作好战斗准备，在实战中提高杀敌本领。次日，二十九团在黄拗与赣敌杨如轩部一个营遭遇，歼其一部。此战创造了劣势装备的农民地方武装（全团仅2门迫击炮，200多支枪，余为梭标）战胜优势装备的正规部队（全营300多支一色好枪）的一个范例。
杨如轩部第二十七师八十一团由遂川经五斗江企图从拿山进攻井冈山，朱德指挥二十八团在五斗江歼其一部，其余向拿山、永新溃逃。次日，朱德、陈毅指挥部队相继击溃拿山、永新之敌，占领永新。部队到拿山时，进行了整编。毛泽东在永新城内给中央的报告中提及此事：“前湘特委决定朱毛两部合编为第四军，指定朱任军长，毛任党代表，朱部编为第十师，毛部编为第十一师，湘南各县农军编入两师中，朱兼十师师长，宛希先党代表，毛兼十一师师长（本任张子清，因他受伤毛兼代），何挺（颖）任党代表，另一教导大队，陈毅任大队长。”
5月中旬，杨如轩纠集5个团进攻永新。红军主力主动撤出，留二十九团迟滞敌人。当赣敌进占永新时，朱、陈率二十八团以一天100多里的急行军由永新小西区奔袭敌后永新城，在永新县之草市坳与敌主力第七十九团遭遇，二十八团绕敌背攻击消灭了这股敌军，毙敌团长。朱、陈随即率部攻击永新。永新守敌杨如轩原是滇军中朱德的老部下，在护国军时，在朱德那一团当连长，在四川时期，朱德当旅长，杨如轩、杨他生当团长。朱德对他们的战法了如指掌，很快打进永新城，杨如轩跳城墙逃去吉安。朱、陈部第二次攻占永新城。此战缴获迫击炮7门、山炮2门，银洋5万多元。
5月20日，在宁冈茅坪召开中共湘赣边界第一次代表大会，陈毅当选为边界特委候补常委。会后召开了中共红四军代表大会。因毛泽东已任边界特委书记，乃选举陈毅为军委书记。从此，陈毅全力进行红四军党的工作。杜修经在1928年6月15日给湖南省委的报告中说：“军中的工作乃有起色，尤其是各团委渐次的起了作用。”
与此同时，井冈山地区及部队客观存在的矛盾也逐渐加剧。山区产粮不足，1万余人的军队“吃饭大难”。井冈山农民与外来的人存在土、客籍矛盾。8000湘南农民来此，亦有浓厚乡土观念。湘南农军觉得井冈山太差。
井冈山农民说朱、毛的军队好，湘南农军纪律不好。袁文才、王佐部队也不愿意留湘南农军。拿山改编时，把湘南农军大部编在三十团、三十三团两个团中。这两个团的人强烈要求回湘南。只有以宜章农军为主组成的二十九团①《陈毅诗词选注》，北京出版社1978年11月第1版，第320页。
因党的组织较健全，打了胜仗，当时还算稳定。特委、军委与湘南各县委协商，认为井冈山吃粮确有困难，决定三十团和三十三团（5000多人）回湘南，四军就直辖4个团，取消了师一级的建制。三十团和三十三团回湘南后，一部分被消灭，一部分散在农村中了。
朱德在一部书稿中曾说：“5月间曾经把3个团送回湘南。一方面是想恢复湘南工作。一方面是因为井冈山吃饭困难??结果，送回湘南给打垮了。
十二师就是这样垮了的。??那时克服农民意识成为很重要的一件事。因为这些人的回去，结果补充困难，就不够了。”
6月下旬，赣敌5个团对井冈山发动第四次“进剿”。
红四军军委会议分析了形势，决定对比较强大的湘敌取守势，对比较弱小的赣敌取攻势，先破坏两省敌人的联合，尔后伺机歼敌。乃令三十一团佯攻酃县。此举出敌意料，果然吓得湘敌龟缩不前。三十一团随即隐蔽撤回宁冈，红军全力对付赣敌。
6月23日，杨如轩两个团主攻老七溪岭，杨池生1个团助攻新七溪岭。
朱德、陈毅率二十九团、三十一团一营先敌占领新七溪岭制高点，扼住杨池生的攻势；王尔琢率二十八团迎击已抢占了老七溪岭制高点的杨如轩部；毛泽东率领三十二团和部分地方武装间道绕到敌军侧后牵制其行动。战斗从拂晓开始，朱、陈方面多次重创敌军，顿挫其攻势，但直到中午还未能攻占敌军所占山头，形成僵持。老七溪岭方面因制高点在敌手，更难攻取，但二十八团毕竟有铁军铁团的传统与骨干，作战顽强，一路仰攻，终于夺取了制高点。中午，二十八团首先向敌军猛压下去，杨如轩两个团相继动摇，被二十八团逐一击溃。二十八团乘胜直捣白口敌军指挥所。朱德、陈毅适时猛攻，杨池生部向龙源口逃窜。而二十八团已及时包抄到了龙源口。两路红军乃密切配合，天黑时将敌军大部围歼于龙源口地区，少数残敌逃往永新。朱、陈指挥部队奋勇追击，永新农民也汹涌上阵助战，乃第三次占领永新城。
陈毅对红军的英勇作战和农民的热忱配合深有所感。尤其是曾同他一起追赶南昌起义部队、现任二十八团营长的肖劲，在者七溪岭勇猛追击敌人时壮烈牺牲，更使他心潮澎湃。他研墨挥毫，在永新城内自己住房的粉墙上写下了一篇《龙源口大捷随感》，赞颂红军之英勇。杜修经作为中共湖南省委巡视员在6月底到永新还亲眼见过，可惜当时未传抄保存。
龙源口大捷后，军委决定分兵游击，开展群众工作、筹款、分田、打土豪。各团分赴各县。这时井冈山革命根据地拥有宁冈、永新、莲花3个全县，遂川北部、酃县东南部以及吉安、安福各一小部。宁、永、莲、遂、酃5县成立了县苏维埃政府，还成立了湘赣边苏维埃政府，袁文才为主席。区乡苏维埃政府普遍建立，县区两级组织了赤卫队，乡组织了工农暴动队，土地革命日益深入，大部分地区分配了土地，小部分地区也在分配中。毛泽东在《井冈山的斗争》中说：“原因就在于边界党（地方的党和军队的党）的政策是正确的。”而当时边界特委书记是毛泽东，四军军委书记是陈毅。此时为井冈山的全盛时期。