1911年是中国近代史上风云骤变、激烈动荡的年代。清政府以实行铁道国有政策为名，向帝国主义拍卖粤汉、川汉等铁路的主权。这一卖国行径，立即引起广东、四川、湖南、湖北等省各阶层人民的一致反对。四川人民的保路斗争，形成了波澜壮阔的全省规模的群众性的大起义。10月10日，辛亥革命在武昌爆发，以推翻清王朝为目标的革命风潮席卷神州大地。整个四川也沸腾起来。吴玉章、龙剑鸣、王天杰等革命党人先后在荣县、内江起义。
11月22日，革命党人张培爵、夏之时率领起义军胜利占领重庆，并建立了蜀军政府，通电全国宣布独立。11月27日，立宪党人在成都成立了大汉四川军政府。不久，两个军政府协议合并，组成四川军政府。辛亥革命使刘伯承看到了光明和希望。他渐渐感到，武力是一种神圣的力量，它能对抗旧的势力，摧毁旧的势力，挽救国家的危亡。于是决心到万县参加反对清政府的起义。
母亲拉住他的手，难舍地说：“弟弟妹妹这样多，年纪又校你的娃儿也刚落地。你走了，家里怎么过啊？”刘伯承劝慰说：“妈，你别难过。与其守着穷家破舍过一辈子，不如出去闯一闯，或许是条出路。”
乡间的亲朋好友也好言相劝，说是“好铁不打钉，好男不当兵”。乡人李云伍鼓动他去学经商，试一试做买卖的“生财之道”，莫去闯那“刀丛火海”。
对于这些劝说，刘伯承婉言谢却，慷慨激昂地说：“大丈夫当仗剑拯民于水火，岂顾自己一身之富贵。”他毅然剃掉了辫子，参加了反对清朝政府的学生军。就这样，青年时代的刘伯承，“怀着富国强兵的爱国主义思想和民主改革的思想，投入了孙中山先生领导的民主革命”①。
声势浩大的反清斗争在全国各地风起云涌，统治中国260多年的清王朝终于被推翻，绵延了2000多年的封建君主专制制度终告结束。1912年元旦，孙中山就任临时大总统，宣告“中华民国”成立。
独立后的各地民国政府纷纷广招兵员，开办军事学堂，以扩充革命势力。
重庆蜀军政府开办了将校学堂（后改为将弁学堂），招收革命青年和有志之士入学。刘伯承以文武各科的优异成绩被录龋全学堂共有400多学生，分编4个队，刘伯承被编入第二队第一排第一班。
将校学堂设在重庆市对面的嘉陵江以北。在学堂内，竖立着一块醒目的牌告：东望幽燕，尚沦异域。
以会甘陕，警报频来。
得欲整我师旅，贵在将校得人。
爰办将校学堂，以为异日北伐之需。
将校学堂所设军事课程，大多是沿用日本陆军部颁发的“典范令”，即《步兵操典》、《射击教范》、《野外勤务令》。还有初级战术和地形学等。
刘伯承对军事学习十分刻苦，操练时一丝不苟。有时为熟练掌握一个动作，要反复练习几十次，甚至上百次。将校学堂的正规生活，使年轻的刘伯承开始养成谨严、周密、勇猛、稳健的性格。除学习本校课程外，他还广泛涉猎①朱德：《祝刘师长五十寿辰》（1942年12月16日）。
古代的兵书，或找其他军校的教材对照参考，以充实自己。诸如《孙子》、《吴子》、《司马法》和《百战奇略》等著作，更是案头必备，许多章节出口能诵。
在将校学堂，刘伯承是出类拔萃的军人。他不但学业优秀，军事技能出色，而且以举止端正、操守有持闻名全校。他烟酒不沾，牌赌不视，毫无恶习，被同学们称为军中“菩萨”。每月官饷所得，除了买书之外，全部寄给母亲，补贴家用。
经过10个月左右的紧张训练，刘伯承在1912年底以各科目的优异成绩毕业，被分派到熊克武的部队当见习生。熊克武是四川著名的革命党人，同盟会的早期会员之一。辛亥革命后被中华民国临时政府委为蜀军总司令，很快招募到两个团的队伍。由于成都和重庆两个军政府合并为统一的四川军政府，原属两方的军队也统一编组为川军，共有五个师，熊克武所部为第五师。
不久，刘伯承由见习生升任司务长、排长。他漫长的军旅生涯就是这样开始的。
由于资产阶级的软弱，辛亥革命的成果被窃国大盗袁世凯夺龋袁世凯任临时大总统后，进一步投靠帝国主义，实行个人独裁，排斥和打击革命力量。1913年3月，袁世凯指使特务暗杀了国民党著名领袖宋教仁。接着，又向英、法、德、日、俄五国银行团乞取2500万英镑的“善后”大借款，大力扩大反动军队，公开镇压革命党人，逐步暴露出反对共和、复辟帝制的反动面目。7月，孙中山仓卒组织力量在江西、安徽、广东等省发动讨袁，被称为“二次革命”，因战事以江西和南京为中心，所以又称为“赣宁之役”。7月下旬，熊克武等国民党人在重庆密谋响应。8月4日正式组成讨袁军，熊克武任四川讨袁军总司令。并发表讨袁檄文，声讨袁世凯“悖叛共和，大逆不道”。宣称：“本军全体痛愤，万众一心，誓师宣布，共讨袁贼。本拟载兵东下，接应民军，与独立诸省会师北伐，生擒袁逆。惟念胡景伊助桀为虐，毒害川民，狡诈专横，罪不容逆。目前直接讨胡，即所以间接讨袁。”胡景伊原是四川军政府属下的四川陆军军团长，因依附袁世凯被升为四川都督。
讨哀战事从一开始就处于不利的态势。除第五师以外，川军其余四个师都站在胡景伊一边，客居川地的陕军、滇军、黔军约两师兵力也助纣为虐。
一些地方民团、土匪受胡景伊拉拢利诱，也趁势蜂起，烧杀抢掠，袭击讨袁军。刘伯承奉命带领一个排先行到达綦江，向上匪的据点发起进攻。这是他第一次参加实战，有勇少谋，在与敌人交火之后，自己奋勇当先猛冲上去，一下跃到敌人阵地前沿。可回头一看，身边只有四、五个士兵，后面的队伍没有跟上，只好退下阵来。
四川讨袁军兵分四个支队，采用南北防御，中路进击的部署。刘伯承所在的第一支队西趋沪州，担任主攻。当面之敌为战斗力较强的川军第一师的主力旅。战斗从8月4日拂晓开始，一连数日刘伯承率本排随连队参加寒坡场战斗。他吸取了綦江作战的教训，对全排士兵作了很好的组织和动员。他说：“弟兄们，袁贼不除，国难不已。我们要勇敢冲锋，为共和而战！”说罢，就和另一个排长带头冲锋。经过几次拉锯，终于夺下敌人阵地。连长蒲剑鸣怯战怕死，一见情况紧急，伤亡又大，早就跑到营部告“急”，说是“一连人都打光了，赶快增援”。
刘伯承等两个排在前边打了胜仗，回头却找不着连长，只好直接向营长报捷。营长李遐章不禁愣住了：刚才连长“报急”，现在排长“报捷”，到底是怎么回事？待看到刘伯承将俘虏和战利品押送上来，才弄清个中原委。
于是将蒲剑鸣大骂一顿，撤职查办；即令刘伯承代理该连连长，并报请上级正式加委。
8月12日，敌方增派大量援兵疯狂反扑，讨袁军势孤受挫，寒坡场得而复失。第五师重新组织兵力进攻，一鼓作气夺回附近的五里店阵地。双方相持到天黑。敌人一面发起佯攻，一面向后退却。刘伯承等部奉命追击，至石洞镇与在翼部队会合。并绕道袭击敌人侧后，在13日占领立石站，进据离泸州50里的特凌铺。左翼部队也沿长江左岸，自朱家沱进到合江、王尝白米尝望龙场一带。故事发展顺利。正在这时，讨袁军南边防线被黔军突破，滇、陕两军也东西对进夹击重庆。熊克武急令攻泸部队回援。刘伯承随部队兼程东返，当赶至重庆西南的白市驿时，得报重庆失守，熊克武等讨袁军领导人出走。部队折回来风驿。讨袁军前敌指挥但懋辛见大势已去，就把饷银分给各营，资遣官兵回乡。历时50天的四川“癸丑讨袁之役”终于失败。熊克武事起仓卒。发难当日，赣、宁等地的反袁军事行动已纷纷趋于失败，熊克武为免遭胡景伊的吞并才不得不孤注一掷。四川讨袁战争虽然以失败告终，但它英勇地反抗和打击了袁世凯的势力，在近代史上留下了光彩的一页。
在战斗中，刘伯承左脚负伤，他仍以顽强的毅力带领余部撤退，躲避追兵。据他自己回忆，“左遇团练，右遇敌军”，队伍被打得七零八落，处境非常险恶。于是只得把枪支交由当地老百姓保存，各自寻求生路。刘伯承带着伤躲进一座庙里，巧遇原将校学堂一位教地形学的教官，因师生情谊，教官留他暂祝不久，这里风声又紧，刘伯承又潜赴重庆小住一段。后来回到开县老家休息、养伤。
讨袁战争失败以后，四川有300多革命党人被捕杀。袁世凯及其在四川的帮凶胡景伊等人继续大肆搜捕革命党人和讨袁将士。1914年1月23日，胡景伊开列了115人的黑名单，向袁世凯献媚邀宠。袁世凯即传令各拾都督民政长、各地方长官通饬所属，一律按名严行查拿，务获究办，勿使漏网”。
川中许多仁人志士惨遭杀戮，且“籍没家产，株连极广”。侥幸逃出的先后流亡上海，或避居日本、南洋。在讨袁战争中，刘伯承作战英勇，才华初露，已引起反动当局的注意。1914年春天，刘伯承在家乡也呆不住了，便约集军中同事数人顺江东下，到上海避难。
船过三峡，刘伯承伫立甲板，眼观两岸青山对出，前方水天一色，追思往事，瞻念前途，一股豪情从胸间冲腾而起，不觉吟出一首《出益州》的七律来：微服孤行出益州，今春病起强登楼。
海潮东去连天涌，江水西来带血流。
壮士未埋荒草骨，书生犹剩少年头。
手执青锋卫共和，独战饥寒又一秋。
由四川来的流亡者大多藏匿在上海法租界，霞飞路宝康里便是著名的革命党人聚居的地方，刘伯承也住在这里。这时的局势比起几年前更加混乱。
逃亡的革命党人中，思想也相当复杂。有的失望、彷徨，有的沉沦，有的甚至靠告密卖友为生。这正是软弱的资产阶级和上层小资产阶级在革命失败时的流行玻然而，刘伯承却毫不气馁，对革命前途充满信心。当孙中山先生创立中华革命党的消息传到上海时，他大为振奋，决心追随孙中山先生继续摸索救国救民的道路。1914年秋，他宣誓参加中华革命党，并经常同原熊克武第五师的但懋辛、李蔚如、张冲、李遐章等人在一起开展革命活动。这些人大多是老同盟会员，积极拥护孙中山的革命主张，具有强烈的反袁思想。
这段经历对于刘伯承青年时期富国强兵、救国救民思想的形成，有着较大的影响。
袁世凯在镇压了“二次革命”之后，于1914年5月悍然废除《临时约法》，炮制了一部所谓“新约法”，后又自封为终身大总统。在日、英帝国主义的支持下，于1915年12月12日公然宣布恢复君主制度，自称为“中华帝国”的洪宪皇帝。为推翻袁世凯的新王朝，保卫辛亥革命的成果，孙中山号召全国人民起来进行反袁斗争。并组织中华革命军，派革命党人到各省组织起义。
据《民国川事纪要》记载，孙中山委任卢师谛为中华革命军四川总司令，并派吕超、石青阳、刘伯承等到宜宾、达县、忠县、丰都一带组织讨袁起义。
1915年12月，刘伯承和康云程、王旭东等人回川，一行人化装成商人，由上海乘船经武汉至宜昌。因冬季水枯，在宜昌换乘川江小轮。宜昌是人川的重要通道，北洋军在码头戒严检查，搜捕潜往四川的革命党人。
在刘伯承的行李中，有一个装有炸弹的竹篓。同行二人一看岸上军警林立，便示意他把竹篓扔进江里；刘伯承也焦急地思考着对策。忽然，他发现旁边堆有一位参议员的行李。情急生智，他乘人不注意，悄悄将竹篓移入行李堆中。船靠岸后，搬运的苦力前来卸运参议员的行李，问道：“这几件可是参议员的？”刘伯承随口回答：“正是的，快搬走吧。”当行李被运出关卡以后，他从容而出，取回竹篓。正在这时，一个友人匆匆来码头迎接他。
刘伯承立即将竹篓递过去。对方以为是赠送的礼物，连忙推谢。刘伯承轻轻踩着对方的脚面，故意高声说道：“小意思，收下吧，浙江的特产。”对方很快明白了他的意思，赶紧接过去。就这样，两人带着装有炸弹的竹篓，在军警面前扬长而去。
完成递送炸弹的任务之后，刘伯承等继续溯江而上，先后到奉节、万县、涪陵等地，联络革命党人、“哥老会”首领和有志之士，广泛地发动、策划武装起义，进行反对袁世凯的斗争。
1915年12月25日，蔡锷等在云南揭起了护国讨袁的大旗，组成护国军。
蔡锷任第一军总司令，北进四川。李烈钧任第二军总司令，东出两广。唐继尧以云南部督兼任第三军总司令，留守云南，策应各方。
当时，各省军政大权基本上为袁世凯的爪牙亲信所控制，唯有西南川滇黔三省是薄弱环节。反袁的革命势力力图把四川作为一个突破口。而袁世凯早已虑及西南空虚，特派其亲信陈宦为四川军务会办，总揽军政大权。并先后派遣精锐部队曹锟、张敬尧、李长泰（一个旅）约3个师，冯玉祥、伍祥祯、孔繁锦3个混成旅，共约六七万人入川镇慑。由于蔡锷将军亲自率领云南护国军第一军向川南袁军进攻，于是讨袁护国战争的主要战斗在四川境内展开。
刘伯承回川后，先以涪陵为活动中心，策动涪陵警备队长杨光烈率部起义。该部有俄式枪120支，并得到当地开明士绅李次安等人的协助，又吸收了张子昭部义勇军数十人枪，还有夏仲实、曾江柱等人也率部前来投奔。刘伯承把这些部队集结到邻近的大顺场宣布起义，定番号为四川护国军第四支队。中华革命军四川总司令卢师谛任命王维纲（伯常）为支队长。因王维纲随熊克武绕道昆明、宜宾，此时尚未到达川东，该支队由刘伯承指挥。在此前后，奉节、万县一带会党和农民群众也纷纷起义。这样，四川东部的长江通道便处在护国军的监视之下。刘伯承部署起义军沿忠县、丰都、涪陵、长寿等沿江一带进行游击活动，骚扰和拦截从湖北溯江入川的北洋军，给敌人以沉重打击。冯玉祥在他所著的《我的生活》中说：“那时候自重庆以下，宜昌以上一段江面每有船只经过，两岸山上即开枪射击，而忠县一带尤为剧烈。过往军队吃了不少的亏。人们揣测不定，有的说此事是熊克武部队所为，又有说是蔡松坡①早先埋伏的奇兵。”这支奇兵，正是刘伯承所带领的川东护国军。
在川东部署就绪后，刘伯承又应革命党人张明安的邀请，前往壁山县帮助整理、指挥民众起义队伍。壁山位于重庆的西面，是从陆路通往泸州的必经之道。这里的农民深受北洋军曹锟部奸淫掳掠之苦，尤其是丁家坳一带农民常常被北洋军拉夫充苦力。北洋军把抓去的强壮农民关进庙宇里，不但不给吃饱饭，还打骂虐待。一天，农民们饥饿难忍，群起要求供给饭食，遭到开枪镇压，当场惨死多人，还被戴上“骚乱”“暴动”的罪名。愤怒至极的农民们拼死反抗，打死守卫，冲出庙门，全部逃跑。但又不敢回家，便啸聚山林，起义反袁，人数聚集有千余之众。
刘伯承到达后，立即上山和农民首领吴国安、朱建勋等见面，对这支自发的农民武装深表赞誉，晓以反袁大义，欢迎他们投入护国战争。大家听后，一个个磨拳擦掌，纷纷请战，并要求刘伯承留下领导和指挥。刘伯承再三解释，说明涪陵、丰都一带有重任在身，不可能久留壁山，建议由张明安先生出面执掌。张明安是当地的老革命党人，早年任丁家坳小学校长，讨袁战争时与刘伯承相识，后到重庆川东师范学校任教，在这一带颇有声望。前不久，学校被曹锟霸占为行营，师生被赶出校门。张明安对此极为愤慨，密谋用炸弹除掉曹锟，不料被北洋军察觉，便潜回老家避难。经过大家协商，决定成立壁山县义勇军司令部，以张明安为司令。刘伯承常为他们出谋划策，协助张明安领导义勇军抗击北洋军。
据侦察报告，在泸州方面与蔡锷护国军作战的川军周骏师，急需补给5000套军装和一些其他物资，敌人派一名团长率两个连押送，预计次日早晨经过丁家坳。刘伯承赶紧和大家商议，准备设置伏兵，予以拦截。当天晚上，刘伯承带领两个随从，亲赴丁家坳10里外的龙塘，勘察地形，确定设伏地点。
次日上午，敌人的运输队果然开来了。敌军团长骑在马上，催促兵丁和挑夫赶路。刚到龙塘，突然两边枪声大作，杀声震天，几个敌兵应声倒地。
刘伯承冲在前面，并对敌人喊话：“弟兄们，莫替袁世凯卖命啦！前面义勇军多得很，你们冲不过去，也退不回去，只有缴械投降。我们保障你们的性命。快快派人来交涉。否则??”敌人遇到这突如其来的打击，又见义勇军漫山遍野，吓得魂飞胆丧，不得不缴械投降。就这样，两个连的枪支，5000多套军装和一些物资，还有一匹战马，都成了义勇军的战利品。义勇军初战获胜，士气大为振奋，也震动了邻近四乡。壁山县南部十多个尝镇农民群起响应。
刘伯承还协助张明安整顿编制和进行训练，将吴、朱、钟、杨四个首领委为营长，投诚过来的敌方谢克伯连长升为营长，又任命了两位参谋和一个秘书。义勇军也全部换上了新军装，俨然成为正式的军队了。刘伯承治军十分严格，又样样身体力行。他告诫义勇军对人民要公平交易，不准乱拿群众财物，违者严惩不贷，深得农民的拥护。
不久，涪陵、丰都一带军情紧迫，刘伯承又赶回涪陵大顺常后来，这①蔡松坡，即蔡锷，松坡是他的字。
支义勇军在张明安领导下积极配合护国军，开展游击活动，袭击、骚扰北洋军。
刘伯承返回川东以后，即指挥护国军第四支队大规模地开展游击活动，更加猛烈地打击北洋军的援兵，全力配合川南护国军作战。这支400多人的队伍，以突然袭击的战法，将涪陵巡防队的30人枪全部俘获。接着，前往攻打邻近的长寿县。长寿县在重庆下游150多里处，背山面水，地势十分险要。
原来县城警备队长曾约定在四支队攻城时率部起义，作为内应。但当四支队进攻时，城内警备队却没有动作。双方激战两个多小时，城未攻下。刘伯承下令撤出战斗。他对大家说：“凡大军作战，首在将其主力摧破，其余自迎刃而解。现川南决战，正图此举。其次是夺占交通咽喉，断敌后路，使敌在作战上感到非常痛苦，力自不支。现泸、纳吃紧，遮断长江交通刻不容缓！”
他提议立即移兵丰都。因为那里敌军较弱，也料不到护国军会从200里外突然降临。支队长王维纲刚刚到职，指挥上对刘伯承言听计从。于是，部队快速向丰都运动。当行军到马口垭时，刘伯承和王维纲下令停止前进，并对负责联络的康云程说：“此地离丰城约30里，你先进城探明消息，联络党人，再定我军行止。”康云程领受任务后，即携带《讨袁檄文》和四川护国军的《布告》混进城里侦察。
康云程入城探知敌有两团兵力守御，但恐据实报告会引起指挥官的犹豫动摇，便遣人向刘伯承谎报：“城内只驻有北洋军两个营，望速攻击。静候复命。”
3月20日，丰都攻城战发动。刘伯承奋勇当先，亲临第一线指挥。护国军占据有利地形，居高临下，猛击敌军，毙敌百余人。康云程乘机在城内广贴檄文、布告。敌军不知虚实，遍烧民房数千家，一边阻止护国军进城，一边布置退却。
就在率领部众攻打城门时，刘伯承头部连中两弹，一弹擦伤颅顶，另一弹从右边“太阳穴”射入，透右眼而出。他昏倒在血泊之中。几位士兵在乱尸中找到了他，抬进城里邮局内休息，又请来“恒春茂中药店”老板郑慎之，给以治疗，敷些止血的草药。
护国军因兵力不足，又失去指挥，被迫且战且退。部队转移时没有担架，康云程找来一只箩筐，刘伯承顶着一床棉被，蜷缩在筐里，颠簸在崎岖的山道上。部队退到涪陵鹤游坪（今属垫江县），就地休整。刘伯承忍着剧痛，力主召开“阵亡将土追悼会”。当大家看到他满头缠着绷带出现时，纷纷流下了热泪。
由于条件艰苦，环境恶劣，加上缺医少药，刘伯承的伤势日趋恶化，已不能主持军务。支队长王维纲缺乏统驭部队的能力。四支队内部的杨光烈、张子昭等人，看到部队面临困境，感到前途无望，便想拉走队伍，另谋出路。
王维纲发现了他们的企图，但又束手无策，独自一人携款奔重庆去了。杨、张二人更加有恃无恐，便各自带些部队走了。四川护国军第四支队遂告瓦解。
部队瓦解以后，刘伯承在鹤游坪也呆不住了。为了躲避北洋军的搜捕，康云程等不畏艰险，保护着刘伯承辗转奔走，后来藏在当地一个农民家里。
这个农民为人宽厚，给予饭食，代为找药。康云程始终守在刘伯承身边，时常帮助洗伤口、换药，真是患难相依，生死与共。涪陵一带乡亲很爱戴这位反袁战士，纷纷送来鸡蛋和粮食，有的还设法弄来一些药物。一些革命党人也秘密前来探望。当时，北洋军悬赏通缉刘伯承。但乡亲们都冒着风险尽力掩护他，没有一个人贪赏告密。刘伯承在这一带养伤两三个月，身体渐渐得到恢复。
1916年春夏之交，刘伯承由康云程护送，改名换姓化装潜赴重庆就医。
当走到涪陵至长寿间的蔺市镇时，突然遇到匪徒劫场，蔺市镇火光冲天，一片纷乱。雇来的两名抬夫逃得无影无踪。刘伯承只好拖着病体，披着棉被，和康云程一道钻进旁边的豆田里。深夜时分，两人间道而行，到涪陵新妙场李次安家投宿。次日又启程上路，绕南岸渡江进入重庆，藏匿在王旭东、王尔常兄弟家。
在重庆，刘伯承先到宽仁医院治伤。宽仁医院是美国教会在1897年设立的，设备和医疗条件比较好。但医院已被曹锟所部占用，住满了从泸州和丰都来的北洋军伤兵。刘伯承在这里治疗一段脑伤以后，就转到临江门一家德国人开的私人诊所治眼伤。诊所的沃医生医术相当高明，外科手术尤为著称。
刘伯承在这家私人诊所先后做了两次手术。第一次光是割去赘肉，理顺血管。沃医生托人回德国专门配制假眼。几个月后。为装假眼进行第二次手术。当时，诊所设备比较简陋，动手术只能施行局部麻醉。沃医生一刀一刀修割赘肉，每一刀都疼痛钻心，难以忍受。刘伯承却一直安然端坐，接受治疗，长达三个多小时。麻醉药作用早已消失，他仍然面色不改，一声不吭。
待包扎完毕，沃医生见他的坐椅扶手已被汗水沾湿，便关切地问：“疼得厉害吧？”刘伯承坦然一笑：“才割了70余刀，小意思！”沃医生惊异地问他如何知道。刘伯承说：“阁下每割一刀，我就暗记一数，错不了。”
沃医生翘起大拇指，啧啧称赞：“了不起，了不起。你是真正的中国人。”
刘伯承见这位外国医生豪爽、正直，就将自己的经历和处境如实相告。
沃医生听后，更为感佩，连称：“你真是军神、军神！”
由于四川反动当局的通缉，刘伯承在重庆不能久住，只得拖着病体急走永川。为了配合蔡锷军在隆昌一带打击北洋军残部，他曾收集旧部，准备夺取永川县城。因军机泄露，没有成功。他便带领部队在重庆、永川间展开游击活动，袭击敌军，屡获胜利。在护国军的沉重打击下，北洋军节节败退，附北川军也纷纷倒戈。但是，旧川军系统对刘伯承恨之入骨，竞指使壁山县的反动分子，将刘伯承逮捕，关入监狱，准备杀害他。蔡锷闻讯后，立即发来急电，严令壁山县政府保证刘伯承的安全，这才不得不将他释放。
在四川人民支援下，滇、川护国军不断取得胜利，给各地反袁斗争以很大支持和鼓舞。广西等华南六省相继声明反对帝制，另有八省拒绝接受“洪宪皇帝”的命令。1916年3月22日，袁世凯被迫宣布取消帝制。6月6日，窃国大盗在全国人民的唾骂声中猝然死去。护国战争获得了胜利。蔡锷将军有诗云：“护国之要，惟铁与血，精诚所至，金石为裂。”刘伯承正是这样一位热血护国的壮士。
护国战争胜利后，熊克武被任命为第五师师长兼重庆镇守使。不久刘伯承被熊克武委任为第九旅参谋长。起初，同僚中人以为他五官不全，身有残疾，冷眼相看。但一到实际战斗中，刘伯承的智勇往往令他们折服。在用兵上，他精细、严谨、大胆，常常出奇制胜。其勇敢无畏的精神，更为一般军人所罕有。每到打起仗来，他总是亲临火线，冲在前头，英勇善战的名声，渐渐传开了。
那时，袁世凯虽然被人民革命浪潮所吞没，但他留下的北洋军阀势力，在当时中国政治舞台上仍然起着举足轻重的作用。北洋军阀的各派势力依然在帝国主义的指使下，不断进行着争权夺利的斗争。孙中山继续进行着不屈不挠的斗争。但由于国民党缺乏鲜明的斗争纲领和组织上的涣散，这种斗争不可能取得成功。
1917年爆发了护法战争。孙中山以恢复民元约法为号召，发起了讨伐北京北洋军阀政府的战争。这年8月，他邀集原国会部分议员在广州召开“非常会议”，决定组织军政府，举行北伐。孙中山被推举为中华民国军政府大元帅。但“护法”所依靠的主要是与北洋军阀有利害冲突的南方军阀。
在“护法”的旗帜下，四川各派军阀又开始了新的战争。1918年1月，熊克武与滇、黔军联合，加入由云南都督唐继尧组建的靖国军，讨伐由北京段祺瑞政府任命的四川督军刘存厚。特派刘伯承与任滇军旅长的朱德谈判，结成“军事同盟”，共同对付北洋势力。刘伯承和朱德圆满地完成了各自的使命，推动了护法战争的发展。此后，这两位有着共同抱负和志向的爱国军人，在漫长的革命生涯中，成了亲密的战友。
根据谈判协定，熊克武以第九旅旅长吕超为前敌总指挥，率主力向川西前进，直逼成都。刘伯承以旅参谋长名义随部队一起行动。这年除夕下午，当队伍进抵太和镇附近时，遇到了激烈的战斗。太和镇在遂宁、射洪两县之间，是通往成都的要道。属于四川靖国军一方的邱翥双，率400多人与敌已交战了8天。因守敌利用涪江设防，工事坚固，火力猛烈，一直未能突破。
刘伯承赶到前面，和邱翥双部取得联络，得知当面之敌是江防军张邦本部。吕超西进成都，也急需拿下太和镇。于是两部商议一齐向太和镇之敌发起强攻。当地民军数百人也前来助战。
吕超先派前卫营营长王秀生率部从康家渡强渡涪江，包抄太和镇。康家渡离太和镇约十七八里，地势平坦，敌人已占据隔江耸峙的打鼓山予以瞰制，不利部队隐蔽行动。因为渡河点过于暴露，几次强渡未成，部队死伤甚多，营长王秀生急得直哭。
吕超断然将王秀生撤职，任命刘伯承为营长，再次组织渡江。刘伯承把部队稍加整理，厉声宣布：“附北军队，是帝制余孽。我将士当奋勇进击，冲过江去，不能怕死。后退者处以军法！”说完，立即派人调集船只，重新选定渡河点。刘伯承自己乘上第一艘船，冒着敌人的枪弹，向对岸驶去。经过两个多小时激战，抢占了滩头阵地，消灭了打鼓山的守敌。然后直扑太和镇。在邱翥双部和民军的配合下，取得了全胜。随后，刘伯承继续西进，直趋成都。2月19日，吕超部攻入成都北门。刘存厚被迫通电宣言与西南各省一致，收集残部撤往川陕边境。
熊克武占据成都后，被孙中山任命为四川督军。随即着手建立督军署警卫团，以副官长张冲兼任团长，刘伯承任中校副团长。
护法战争在反对北洋军阀政府的目标上是有积极意义的，但在组织上、行动上是涣散而软弱的。它所依靠的主要力量南方军阀势力，只是把护法当作一个幌子，以便利用它来与北洋军阀政府抗衡，达到保存和扩大实力的目的，一旦从北洋军阀那里得到若干让步和妥协，他们就会毫不犹豫地抛弃掉护法的旗帜。1918年5月，孙中山发动护法战争还不到一年，他就被南方军阀逼迫辞去大元帅之职，护法战争也就一蹶不振。尽管1920年孙中山再度又在护法的旗帜下成立“非常政府”，任“非常大总统”，然而仍由于广东军阀陈炯明的叛变，孙中山被迫出走。护法战争最终彻底失败。中国大地上依然上演着军阀间明争暗斗的闹剧。当时。川军有6个师、一个混成旅。客居四川的滇军和黔军，也有数万人。他们各自割据一方，称王称霸，横征暴敛，为害人民。军费陡增一倍以上，达到1300万之巨。北洋军阀又多方挑起川、滇、黔三军之间的矛盾，使四川各派之间的斗争，格外的复杂和尖锐。
熊克武以四川督军的名义一统四川后，招致了川军其他派系的忌恨，他们联合滇、黔客军发动了“倒熊”战争。熊克武积极应战。1920年5月22日，熊克武李第一、第三两个师向驻守简阳、资阳一带的滇军大举进攻。刘伯承率督军署警卫团开赴南津驿，在资阳县属的铜钟河、五凰尝狮子山一带，与滇军顾品珍部激战。顾品珍部放弃资中，向南败退，逃到内江。刘伯承又率全团乘胜追击。滇军凭银祥街两侧高地的险要地形进行抵抗，双方相持达5天之久。一天，刘伯承外出开会，滇军突然进攻，前线发生动遥青年军官文华周心急如火，立即率传令兵数人，手持大刀直奔前沿阵地，大声宣布：“奉刘长官命令，敢于后退者，不论官兵一律砍头！”刘伯承素以治军严格著称，后退官兵闻令各回阵地坚守。刘伯承回部后，对文华周的机断专行，大加赞扬，并提升为上尉副官，3个月后又保举他任营长，此时文华周才19岁。刘伯承破格用人，一时传为佳话。
到了7月中旬，吕超、石青阳率部倒戈，与滇黔军配合向成都进攻，整个战局急转直下。熊克武腹背受敌，被迫向川北阆中撤退。刘伯承随警卫团转移到阆中。
阆中离成都约400里，在这里，熊克武部得到刘存厚补给的粮饷和弹药，进行了扩编，将原警卫团扩编为第二混成旅，由张冲任旅长。原警卫团第二、第三营扩编为第一团，28岁的刘伯承升任团长。
熊克武暂时败退。川军与滇、黔军为争权争地争饷又激发了新的矛盾。
熊克武乘机联合刘存厚等部，组成“靖川军”，展开以“驱逐客军、净化四川”为目标的大反攻。9月5日拂晓，刘伯承率第二混成旅第一团在潼南一带作战。黔军两个旅驻守在磨溪镇、花崖尝海青寺、九岭岗一线顽强抵抗。
当时正值雨天，道路泥泞，部队行动极为困难。刘伯承率部从右翼猛攻，与敌展开白刃格斗。经过9个多小时的激战，将黔军王天培部击溃。随后，又马不停蹄向合川、重庆方向挺进。10月15日，刘伯承部在友邻的配合下，一举攻占重庆，并在官井巷口击毙滇军旅长、重庆警备司令鲁子才。旅长张冲听说刘伯承获得大胜，喜出望外，致电祝贺，称刘伯承“千里转战，凌厉无前，乘胜追锋，奏此奇捷，劳苦功高，至堪佩慰。”接着，刘伯承又协同友邻，一直沿长江向东追去，于11月中旬占据夔门，将盘踞川东的滇、黔军全部驱逐出四川。
杜甫诗云：“蜀道兵戈有是非。”那是说的1000多年前的四川。此时，在充满着战乱的中国，疮痍满目的四川，军阀长年累月在混战着、厮杀着，并无是非可分。然而，他们却都打着“革命”、“正义”、“自主”的旗号，借以蒙骗其部属和人民。所以，对于每一个参战者来说，并不都真正了解自己所投身的战争的目的。刘伯承从参军起，是满怀救国救民的愿望而战的。
他在相当长的时间内，满以为他为之流血拼命的战争，都是为民除害的战争。
可是，事实上许多战争的实质与他的主观愿望是背道而驰的。
熊克武是依靠同盟会起家的，他一贯标榜自己忠实于同盟会和国民党，站在孙中山为首的南方政府一边，宣称“北庭命令，在川省无有丝毫效力”。
但为了达到称雄四川的目的，他暗中与北京北洋政府联络，以求左右逢源。
关于这次驱逐客军战争的理由，熊克武说得十分冠冕堂皇：“此次仗义兴师，驱逐强暴，原以反对联军统治，保持自主资格，建设自治制度为职志。各将士之奋勇争先，前仆后继者，盖为公理牺牲，非为私利牺牲；为主义牺牲，非为党系牺牲；为平民牺牲、非为少数人牺牲。”对于熊克武的“宣言”，刘伯承并不明白个中奥妙，而是信以为真的。
1921年夏天，北洋政府湖北督军王占元部属，在宜昌哗变，劫杀无辜居民，酿成大乱。湖北人士苦于王占元的虐政和兵变，向四川、湖南两省呼吁，请求派兵制止暴乱。此时，熊克武正想向外扩展，加强自己在四川的主政地位。于是，熊克武在和湖南军阀赵恒惕、川军第二军军长刘湘会商后，即兴师出川，展开“援鄂之战”。
8月28日，四川“援鄂军”先后到达湖北巴东、秭归县境。随后分兵三路：中路沿长江北岸直下宜昌，左路由江北进攻当阳。右路由南岸夺取宜都。
三路并进，对宜昌取包围态势。刘伯承率领第二混成旅的第一团附工兵营，共计四个营的兵力，乘船顺江而下，至三斗坪登岸，向安安庙进攻。守敌是北洋军卢金山师张允明旅的段祺澍团。阵地前面是一大片水田，敌人凭借这一有利地形和强大火力，扼守安安庙。刘伯承赶到前沿进行观察后，随即以一部兵力绕道翼侧佯攻，把敌人的兵力大部吸引过去，而以主力从正面水田强攻。一声令下，数千士兵一下冲过水田，将段祺澍团全部包围缴械，俘虏了大批敌军。事后，有的军官不解地问：“团长，你向来不主张正面硬攻，为何这一次冒险？”刘伯承回答说：“敌人满以为有水田作障碍，我会从侧翼进攻，而侧翼正是敌人硬脑壳，碰不得。正因为敌人以为正面不能过，我偏来它个出其不意。”这一仗，刘伯承更以智勇名播川军内外。
当刘伯承所部扫荡残敌，不断向前推进的时候，川军第二军刘湘的部队却有意保存实力，在北岸缓缓蠕动。当第二军费东明旅抵达宜昌西面铁路坝时，刘伯承便渡江与费部会商进攻宜昌城的军事计划，准备日内发起总攻，一举歼灭驻守宜昌的北洋军。后因刘湘与吴佩孚签订《停战分防条约》，川军陆续撤回。
援鄂战事刚刚结束，四川第一、第二军之间的内战危机又迫在眉睫。第二军军长刘湘，原是护国战争时川军第一师的营长，因善于阿谀奉迎，投机钻营，巧于依违于南北政府之间，得以左右逢源，不几年就扶摇直升到军长之职。他的部队是原川军第一师的老底子，属旧军系统，而熊克武的第一军属新军系统，两军矛盾深刻，随时有引发战争的可能。刘湘这时自以为羽翼丰满，又有吴佩孚支持，便企图争霸四川。当时熊克武第一军由湖北退驻万县、忠县一带，占据了第二军原来的“防地”。刘湘便以此为日实，准备大动干戈。为了欺骗世人，刘湘退居幕后操纵，让手下的师长杨森代理第二军军长，向第一军兴师问罪。这就是四川历史上的所谓“一、二军之战”。
1922年7月，杨森从重庆派出4个团的先遣部队，攻击忠县的第一军第一师。企图截断该师与驻万县第二混成旅的联系，然后消灭第一师。第一师得知消息后，主动撤到梁山（今粱平），接着经大竹、渠县到蓬安。刘伯承随第二混成旅也星夜转移，经梁山、大竹、渠县，翻过杜家岩到达南充。杨森部第二师、第九师一路跟踪尾追。第二混成旅等回师迎击。两军在杜家岩鏖战。刘伯承这时升任两团制的第二混成旅第一路指挥官，率部与第八混成旅张仲铭团密切配合，一举摧毁了敌人防线，全歼敌第三十六团，并将其团旗缴获。杨森被迫率部从杜家岩全线撤退。刘伯承等部在杜家岩一战扭转战局后，即乘胜追击。
敌军经罗滩场退到中滩桥扼守顽抗。刘伯承率部追至中滩桥附近，与敌隔江对峙。他赶到前沿阵地观察地形后，吩咐连长李际权：“快请几个土参谋来问一问，要客客气气。”不一会，李际权请来3个当地老乡。刘伯承详细询问中滩桥的地形特征和征求渡江的各种办法。然后制定了佯攻右翼，猛攻左翼的作战方案。决定将主力和预备队全部用上，向敌人左翼发起强攻。
战斗打响后，第二混成旅官兵率先奋勇冲杀，会同友邻将第九师主力打垮。
正当中滩桥战斗激烈的时候，刘伯承又抽出右翼佯攻的小股部队，绕道穿插，直扑渠县县城，袭击第九师师部。这小股部队潜入渠县后，来了个腹中开花。
敌师部顿时乱作一团，四散逃命，大部人员、物资均为第二混成旅俘获。
在渠县取胜后，刘伯承又率部乘势追击，经大竹、梁山、万县，一直追到夔府。杨森企图凭借天险“南天门”死守，无奈手下兵无斗志。当第二混成旅仰攻“南天门”时，杨部官兵纷纷溃逃，争相渡江，被淹死者不计其数。
第二师师长唐式遵抓住一块门板，才逃得一条性命。杨森本人也顺江东遁，出川暂避。刘湘不得已退回大邑老家，称病不出。从此，第二混成旅威名更盛。刘伯承渐渐被人称誉为“川中名将”。
8月中旬，刘伯承随第二混成旅驻扎在万县，夔府一带。他除以小部分兵力担负警戒外，组织部队展开军事训练。他用这样几句话教育部属：“唯一服从命令，国事竭尽忠诚，尊敬各级官长，亲爱同胞士兵，保卫人民幸福，临阵杀敌忘身。”
刚刚登上中国政治舞台的中国共产党，提出了联合国民党及其他民主力量，结成革命联盟的主张，并采取许多实际步骤帮助孙中山，筹备改组国民党，组织力量讨伐北洋军阀。1923年2月，孙中山在广州设大元帅府，将所控制和影响的军事力量改称“讨贼军”，并宣称今后进入了讨贼时期。所谓“贼”，就是指控制北京政府的直系军阀曹锟、吴佩孚和南方叛将陈炯明。
不久，陈炯明叛乱被平息，讨贼的对象就是曹、吴及其在各省的代理人。孙中山派石青阳入川与熊克武会商，策划四川省的讨贼事宜。随后，熊克武就任四川讨贼军司令，下辖第一军军长兼东防督办但懋辛所属喻培棣、何光烈、余际唐3个师和第二混成旅、王丽中第三混成旅、杨春芳独立第一旅、郑英独立第二旅等4个旅；另有川东边防讨贼军总司令石青阳所辖汤子模师、黔军周西成混成旅、湘军贺龙混成旅、周燮卿混成旅；还有川军第三军刘成勋的两个师1个旅、赖心辉部5个混成旅和滇军4个师。这时候，第二混成旅已扩编到万余人。
在北洋军方面，曹锟、吴佩孚命令孙传芳为“援川军”总司令，赵荣华为副总司令，并由赵荣华率鄂军5个混成旅入川。这次刘湘亲自出马，指挥附北川军各帅旅，计有杨森的第二军3个师，邓锡侯、唐廷牧、陈国栋、田颂尧、刘季昭各1个师，川边镇守使陈遐龄所辖一个混成旅，刘存厚驻陕南的两个帅；黔军袁祖铭的两个师，以及甘肃督军张广建派遣的12个营等5省庞大的军队。战争分东西两个战场展开。在东战场，1923年3月1日，杨森部师长唐式遵率前锋部队，从鄂西利川翻越齐岳山、软耳箐等险隘，偷袭万县。在川鄂交界的卡门一带防守的讨贼军喻培棣的第一师麻痹轻敌，被敌人打了个措手不及，一路向西败退。3月4日拂晓，刘伯承率第二混成旅第一路赶来增援，与敌人在磨刀溪一带激战，昼夜枪声不断。连敌军指挥官唐式遵也惊呼“战争剧烈较前倍甚”。刘伯承数度组织部队反攻，因敌据险坚守，始终未能得手。于是撤退到长岭岗作攻势防御，准备调整部署冉行攻击。
正当刘伯承在磨刀溪苦战时，不料后方发生了意外的变化，驻守忠县的杨春芳旅叛变，暗中偷袭万县，威胁到驻万县城内的第二混成旅旅部及直属队的安全。刘伯承得知这一消息，立即决定回援。由于连日激战，官兵们非常疲劳。刘伯承召集营以上军官研究作战方案。他说：“诸位连续作战，确实辛苦得很。要打垮北洋军，完成中山先生交付的讨贼使命，就要有拼死力战的劲头，方能救国保四川。眼下的情况很清楚，如果明日进军，有可能让叛逆杨春芳先入万县据城坚守。而我军立即进行奔袭，杨春芳必然不备。是攻坚城，还是奇袭取胜，请列位选择。”
刘伯承平时就注意听取下属的意见，在紧急关头更是力求上下一致，同心同德。大家一听道理很明白，便不顾疲劳，指挥部队一路急进，从大溪口抢渡长江，迎面发现杨部也正向万县开进。刘伯承指挥部队先敌占领团寨子要地，接着发动进攻。杨春芳万万没想到刘伯承行动如此神速，慌乱中仓促下令应战，结果一触即溃。率部掉头逃窜，计点损失达600余人。
由于杨森兵力强大，第二混成旅孤军难挡。张冲奉命率全旅撤出万县，开往梁山一带。杨森乘虚推进，连占川东各县，沿梁（山）垫（江）大道和沿汪之路向重庆进攻。4月2日，重庆告急，但懋辛飞令刘伯承救援。当夜，刘伯承率部直达重庆以北的两路口，准备经关口尝旱土沱、沙坪场进行增援。不料担任这一带防务的第一师李萼旅被敌击败，放弃关口场退往黑石子。
刘伯承估计在敌我兵力悬殊的情况下重庆已难守住，自己所率两个团这点兵力也难以扭转危局。4月3日深夜，他写信给但懋辛，分析了当前敌集大军兵临重庆城下，本方仅有少数兵力与之对抗，实属独木难支的情势。主张打不赢就走，不能硬拼。建议主动放弃重庆，以集中本方兵力，待机反攻。
次日晨，但懋辛派人送来回函：“适接兄23时半函，具悉一切。此时若退出重庆，则全局瓦解。我兄既到两路口，即请以全力向唐家沱、黑石子方向横击敌人力要。时机万迫，火速进行。千万！千万！”
刘伯承阅过信函，只得服从命令，率领本路向黑石子前进。在寸滩与敌展开激战。无奈敌势强大，友邻第六师一个旅又不肯协同，第一路成了一支孤军。为了避免被敌围歼，刘伯承不得不率部突围到鸳鸯桥，再退合川。
4月6日重庆失陷。讨贼军中一些人乘机指责和中伤刘伯承，把战争失败的责任推到他身上。这些人有的是出于嫉妒，有的是为了诿过。刘伯承感到十分沮丧。这样的事已不是第一次了。有功被压制，无过遭非议。种种委屈和愤懑一齐袭上心头，他提笔向但懋辛写了一份辞职报告：报告4月14日于合城商会指挥部呈为职请撤差查办、另简贤能、以利前途事。窃昭庸材多病，早甘雌伏，此次奉委斯职，即恐陨越，迭辞未蒙允许，不得已始尽绵薄至于今。兹每念无补时艰，无任内疚。
溯此次战事，职路计经三役，除万县团寨子一役系单独动作未遭失败外，磨刀溪、寸滩两役均系奉今协同友军实行任务，卒以当时首当其冲，伤亡过大。厦之将倾，独木难支，以致败北。各方不谅，交相责备，谓昭为令军失败之大罪人。以军人不能致胜疆场，信有罪矣，然视所属官兵伤亡之众，武器损耗之多，神明负过，已属难堪，而败北之咎复集于昭，中心傍徨，莫知所措。住者人地尚可查考，是非不难分别。未来前途关系本军生存，如不另委贤能，以资挽救，则何以收军事之最后胜利，而拯人民于水火。谨恳立予褫职，交旅部看管，静候彻底查办，并简贤能接任指挥官职务，以资进行。明知战时去职，遗羞军界，然计军事前途之利钝，有不容一人留位之痛苦。再四思维，始得出此，临呈无任屏营待命之至。谨呈督办但第一路指挥官刘明昭但懋辛没有接受刘伯承的辞呈。大敌当前，他更需要倚重能征惯战的刘伯承。
但懋辛退出重庆后，率部西移，与在西战场作战的赖心辉、余际唐等会合。4月19日，熊克武、但懋辛、赖心辉、余际唐等在潼南双江镇部署反攻，准备分兵3路，先取成都，然后再图重庆。第一路，由第二混成旅进攻广汉，从北面包围成都；第二路，由赖心辉到隆昌集中边防军，经简阳进逼成都；第三路，由但懋辛率余际唐第六师一部及第一师一部，从遂宁直取成都。刘成勋在新津集中第三军部队，石青阳到涪陵集中川东边防军部队，以为偏师。
战役展开以后，但懋辛率第六师一部由淮口镇间道直趋成都。5月5日，与附北联军在石板滩、廖家尝黄庄一带发生激战。正当但部苦战之际，敌方陈遐龄又率3个旅的精锐赶来增援。双方在川西平原鏖战两昼夜。但部陷入敌军的包围之中，伤亡很大，情况十分危急！
这时，刘伯承正随第二混成旅转战川北，在德阳重创田颂尧师的孙震旅，接着挺进中江、金堂，随后又击败了新都、广汉一带的敌军。当得知但懋辛部告急的消息以后，第二混成旅召开军官会议商议出兵救援。不愿前去的意见占据上风，有的说：“我们北路的任务已经完成，上峰只命令我们在此担任警戒。再者，我军长途劳顿，亟诗休整。”有的说：“我们辗转川北，久战之余，难操必胜。赖心辉近在简阳，以逸侍劳，应该由赖部前去增援。”
刘伯承坚决主张应援。他猛然站起，语调激昂：“现在，敌军据有省城，又以数万兵力包围了但部，气焰嚣张已极。如果坐等敌人吃掉但部，然后移兵来夹击我们，将如何应付呢？况且会攻成都的计划也就付诸东流，所以我们必须火速援救但部。”说到这里，他话锋一转：“如果我们径向石板滩，敌军势众，难以奏效。兵法云：‘以迂为直’，不如直抵成都，拊敌腹背。
这样就可出其不意，攻其不备。”军官们听后口服心服，一致同意了他的意见。
于是，第二混成旅衔枚南指，直抵成都近郊，一举全歼邓锡侯部第三师1个旅，将其旅长刘荫西击毙。随后又直叩蓉城门户。但懋辛见到第二混成旅势如破竹，所向无敌，顿时斗志倍增，马上组织部队进行反击，很快将联军截为东西两段，使其首尾不能相顾。经过一天的激战，将陈遐龄部击溃，全歼其两个团。5月13日，讨贼军夺回成都。
敌军全线崩溃后，邓锡侯部向绵阳方向逃窜。此时，甘军以12个宫的兵力，从青川进入江油附近的中坝地区，支援邓锡侯部。刘伯承奉命率领本路部队，急行军赶到中坝，与甘军在丘陵地一带激战。经过几天的较量，将甘军12个营全部包围、缴械。缴械后的甘军官兵，立即遗散回籍，不许在川境停留。这一仗，从成都东门到中坝，往返300多华里，从出发之日到胜利回师，只用了12天的时间。刘伯承用兵之神速，震惊了敌对双方。
北洋军阀吴佩孚并不甘心失败，再次调集兵力，严令赵荣华督率五省军队，向讨贼军进攻。杨森等附北川军则在简阳迅速集结。两军协力进攻省城。
讨贼军前敌总指挥赖心辉抵敌不住，节节退却到成都东南龙泉驿。
熊克武急令刘伯承回师投入东路战斗。刘伯承在解决甘军以后，正随但懋辛部追击陈国栋等部，部队极为疲劳。但他深知龙泉驿是成都的东南门户，一旦失陷，省城即遭威胁，势必影响到西南讨贼战争的全局。于是星夜东开。
刘伯承赶到龙泉驿以后，他立即跟赖心辉部取得联系，迅速接防了龙泉驿、张飞营等一线阵地。他不顾几天几夜没有睡觉的劳顿，亲临前沿观察地形。5月26日，他亲率部队到石盘铺与敌交火，随后将敌人引到茶店子一线，当场击毙敌军团长杨天骅（杨森的侄子）。5月28日，又同敌人在柳铺沟一线进行夜战，打退敌军数十次进攻，击毙、俘获200多名敌人。敌军伤亡过半，溃退下去。
这次龙泉驿之战，刘伯承等部讨贼军鏖战4天4夜，共击毙、击伤、俘虏敌军2000多人，扭转了战局，使讨贼战争再度向有利的方向发展。熊克武听到胜利的消息，极为兴奋，随即发出通电，表彰这次“龙泉驿大捷”。
6月，刘伯承又随第二混成旅追击杨森第二军部队，当到达内江、隆昌一带时，北洋军卢金山、赵荣华和黔军袁祖铭等部，协同杨森部朝隆昌方面反扑，双方在银祥街一带展开了拉锯战，讨贼军英勇作战，重创敌人。第二混成旅也付出了很大的代价，退到内江、资中一带休整。一个月以后，北洋军于学忠、张允明、宋大需部及杨森的第二军，越过讨贼军在内江、木镇、白马庙一带的防线，再次发起攻势。第二混成旅第一路在刘伯承指挥下，迂回到敌后痛击敌军，使敌人一片混乱，北洋军和杨森部官兵争先恐后通过浮桥向大足方向逃窜，致使浮桥堵塞，敌军官兵纷纷落水，淹死者众多。
接着，刘伯承率部又穷追猛打直奔大足。敌军己是闻风丧胆，纷纷缴械投降。
当第二混成旅在夺取大足县城的时候，隆昌方面又告危急。原来吴佩孚令黔军将领袁祖铭接替赵荣华，统一指挥反熊战争。袁祖铭迅速集结重兵进犯位于讨贼军后方的隆昌。熊克武又急调第二混成旅回兵隆昌固守。不几日，敌军气势汹汹攻到城下。刘伯承率部与第二路出城迎战，在土地坡一带将敌前锋击溃，乘胜追到沪州小市背后的五峰顶。敌军据险顽抗，第二混成旅未能攻下。因连月鏖战，部队已经疲惫不堪，于是转移到玉蝉关休整。
袁祖铭调整力量再度向隆昌发动进攻。刘伯承又率部与第二路回援，在隆昌与荣昌之间的狐林窝与黔军激战。黔军终于抵不住第二混成旅的连续攻击，分别向大足、永川、沪州方向败退。刘伯承率部向大足方向追击，在要隘马颈口遭到袁军王天培部的阻击。刘伯承再次担任主攻。攻击前，刘伯承对部队进行鼓动说：“弟兄们，讨贼之役已经苦战半年，我军接连获胜，重庆已在我掌握之中。中山先生统一中国的宏图大业，不日即可变为现实。诸位要拼命向前，英勇作战。”接着，连续向敌军发起两次强攻。激战中，刘伯承不幸中弹，右大腿负重伤，但仍然坚持指挥部队，直到攻克大足城。后因伤势恶化，在军需官王尔常等人护送下，前往成都就医。至此，刘伯承在川军中转战10年有余，的确是“遍体弹痕余只眼”。然而富国强兵、救国救民的雄心壮志未酬。内有军阀混战，外有列强欺凌的局面日甚一日。残酷无情的现实，迫使刘伯承在身心交瘁之中不得不检讨既往，探索新的革命道路。