历史的发展从来都不是径情直遂的。
正当刘伯承领导军事学院不断前进的时候，1958年开展的所谓反对教条主义的斗争，使他受到了不公正的对待，也使军事学院乃至全军的军事训练遭到严重的挫折。
这场斗争从军事学院开始，进而波及军队各个院校，并蔓延到各部队和机关，使全军的军事训练走了一段大的弯路，从而大大延缓了人民解放军正规化、现代化建设的进程。
1956年2月，苏联共产党召开第二十次代表大会，赫鲁晓夫在会议期间作了全盘否定斯大林的“秘密报告”。当时，中共中央和毛泽东认为，全盘否定斯大林是不对的。同时也认为苏共二十次代表大会在破除对斯大林的个人崇拜，揭露其错误的严重性方面具有积极意义。因此，中共中央坚持全面评价斯大林的正确立场，同时又以斯大林的错误为鉴戒，探索中国建设社会主义的正确道路。
4月5日，《人民日报》发表了根据中共中央政治局扩大会议的讨论而写成的编辑部文章《关于无产阶级专政的历史经验》。
4月25日，毛泽东主席发表了《论十大关系》的重要著作，提出了探索适合中国国情的社会主义建设道路的任务。同时，也提出了“必须有分析有批判地”向外国学习，”不能盲目的学，不能一切照抄，机械搬运”。并明确地指出“学术界也好，经济界也好，部还有教条主义”。
6月，中共中央发出关于学习《改造我们的学习》等五个文件的通知，要求全党认真学习《改造我们的学习》、《整顿党的作风》、《反对党八股》、《关于若干历史问题的决议》、《关于无产阶级专政的历史经验》等5篇文章，“克服实际工作中的主观主义即教条主义和经验主义，特别是克服学习马克思列宁主义和外国经验中的教条主义倾向，克服学术研究、报刊宣传、教学工作中的教条主义、宗派主义和党八股。”人民解放军总政治部也发出了贯彻中共中央指示的补充通知。
军事学院反对教条主义的运动，就是在上述国际、国内背景下开始的。
早在这一年的5月，刘伯承在中共军事学院第二次代表大会上，在全面总结学院工作的同时，就提出了防止与反对教条主义的问题。
8月，刘伯承赴京出席党的七届七中全会和“八大”预备会议，从北京三次写信给院党委，明确地表示：“我们学了5年多的东西，总算有了几条，教条主义的思想有些发展（即将苏联经验搬用过来），这是合乎情理与事实的。在学习五个文件中，反主观主义（即教条主义与经验主义），着重反教条主义是对的。”
9月4日，刘伯承又一次写信给院党委，提出反对教条主义的方法。他说：“在检讨时必须发扬民主，进行恰如其分的批评和自我批评，肯定那些是对的，就继续发扬；否定那些有错误和缺点的，就改正。不要过分追究个人责任，作过火的斗争??如说有错误，那是院长、政委主要领导青的责任。”
由此可以看出，刘伯承对于反对实际工作的教条主义倾向，态度是明朗、诚恳的，是实事求是的，也是勇于承担责任的。
从9月10日开始，军事学院党委学习五个文件，进行思想整顿。10月上旬，刘伯承在出席中共”八大”会议之后，回到南京，主持召开了院党委扩大会，总结检查全院工作。并召开战役系学员座谈会，听取对学院工作的意见。
当时，学员反映比较强烈、意见比较集中的问题有两个：一个是“6小时一贯制”的课业制度，感到不符合中国人的生活习惯，吃不消；一个是“三堂会审”的考试制度，感到太紧张，太严格。当初，刘伯承坚持制定这两项制度，出发点是对学员严格要求。让学员学得更多一些、更好一些。他考虑，学员都比较年轻，大部分在30岁左右，应该让他们多学点东西，这于国防事业，于他们个人成才都有好处。后来，在执行过程中，由于学员们一再提出意见，刘伯承曾多次派人到地方高等院校调查，不断加以改进。例如，在上午4小时课后加一餐点心，解决“吃不消”的问题。这次，根据学员们的意见，对这两项制度又做了更大的改动，把“6小时一贯制”的课业制度改为8小时学习制，在考试方法上，进一步增加了考查学员理论联系实际能力的内容。还对教材内容、讲授方法也进行了改革，受到学员们的普遍欢迎。
类似这些实际工作中的问题，在当时的历史条件下是在所难免的，一经发现，也是能够很快纠正的。关键是要有个实事求是的态度。在院党委和刘伯承的领导下，军事学院学习五个文件的初期，纠正实际工作中的教条主义倾向，正是坚持了这种态度，所以取得了较好的效果。
由于在长期革命战争中身体受到严重摧残，加之6年来创办军事学院的日夜操劳，64岁的刘伯承越发感到精力难支，脑子、眼睛都出现病症。于是，他向中共中央军委请假治疗，并建议由陈伯钧代理院长，钟期光代理政委。
11月6日，刘伯承赴上海就医。临行时，他对学院的其他领导人感慨地说：“看来，今后我只能当个名誉院长啰！”
治疗过程中，刘伯承仍念念不忘军事学院的工作。他拖着病残的身体，多次给院党委和陈伯钧、钟期光等人写信。在信中，他或提议：“战史系的训练计划，必须靠我们本身根据目的、对象作出，不要多靠顾问”；或嘱咐：“对《原子化学条件下的战役战术》一书，请组织翻译，准确译出，我可作校正，这于国防事业的研究太重要了。”
早在1954年12月初，他曾应苏联红军的邀请，与国防部长彭德怀等人一起，赴苏联参观苏军“在使用原子弹条件下军进攻战斗的实兵演习”。在整个演习过程中，他看得十分仔细认真，对一些有疑问的地方还直接用俄语向苏军有关人员询问。因为他感到，自从1945年美国在日本长崎、广岛投掷原子弹以后，原子化学武器的研制和使用已经进入了新阶段，对未来战争必然产生极其重要和深远的影响。回国后，他给军事学院的全体教研人员和高级系、战役系的学员做了长篇学术报告，介绍苏军原子化学武器的装备状况，阐述在原子化学条件下诸军兵种协同动作的重要性，强调在原子化学条件下作战，尤须加强集中统一指挥，提高各级指挥员的军事、政治素质。他还把从苏联带回的这本《原子化学条件下的战役战术》一书及其他一些资料交翻译室，让他们翻译出来。由于各种原因，这件事一直没有完成。这时他在病床上突然想起来，就立即写信催促。拳拳之心，可叹可钦。
在1956年12月下旬的一封信中，他又就开展学术研究，以及反对教条主义等项工作提出意见与建议。他指出：“科学研究在军事上，若从继承和发扬优良传统出发，即从适应现代国防要求出发，我们似乎应着重研究‘战史’，尤其是研究毛泽东的持久战和抗美援朝战争的经验。同时，我们似应着重研究我们所学现代战争在原子化学条件下的战役战术。以上两种研究又必使之结合起来，以求适应于今后战争可能发展的情况。”并就此联系到反对教条主义问题，强调：“我们反教条主义，提高马克思主义的思想方法，正是为了善于学习，善于致用。现代国防需要的科学知识，我们实在太差，所以毛主席指示学院‘努力学习，保卫国防’??党的“八大”政治决议要我们解决主要的矛盾，即‘人民对于经济文化迅速发展的需要，同当前经济文化不能满足人民需要的状况之间的矛盾’，那我们只有在提高国防科学水平上去努力吧！”
这封信长达2000字。在信的末尾，他署名之后这样写道：“1956年12月26日眼花手抖书此”。
他这种为了党的事业而忘我工作的精神，实在令人感动。
这一年的年底，原军事学院上级速成系第一期学员，后调回志愿军第十五军第四十五师任师长的崔建功，来医院看望刘伯承。
刘伯承看到自己的学生在朝鲜前线打了胜仗回来，心里是非常高兴的。
他招呼崔建功在小客厅坐下，和他拉起了家常，亲切地询问他的工作、生括和家庭情况。
谈到上甘岭战役时，刘伯承意味深长地说：“军事原则，不论是资本主义国家，还是社会主义国家，不论是过去，还是现在，古今中外吧，百分之七八十是基本相同的，一致的。如集中优势兵力消灭敌人，谁不这样说？关键是要活用原则，根据中国革命战争的特点来运用，与当时当地的实际情况相结合。你在上甘岭打得好，但军事学院并没有教给你怎样打上甘岭战役，只教给你一些基本原则。到了战场上，就要靠你结合当时当地的实际情况，灵活地运用。”
刘伯承还举例印证说：
“同一孙子兵法，马谡的用法就是教条主义，孔明就不是；庞涓、孙膑同师鬼谷子，可是一个是教条主义，一个不是教条主义；王明和毛主席读的同是马克思、列宁的经典著作，一个是教条主义，一个不是。所以，教条不教条，重点不在先生，而在学生；重点不在学，而在用。”
刘伯承这一番话，再次说明反对教条主义的目的，是为了更好地贯彻理论与实际结合的原则，更好地学习马克思主义的理论和外国经验；而不能否定一切，采劝左”的一套做法，采取虚无主义的态度。显然，这是针对当时正在全军开展的反对教条主义的运动而言的。
这一年，为了发展军事科学研究事业，刘伯承向训练总监部代理部长叶剑英作了关于制定中国人民解放军学位学衔章程、学位论文答辩与学位学衔授予章程，以及学位学衔审定委员会组织章程等一系列重要报告，以促进研究生的培训工作和军事科学研究工作不断向前发展。
这一年，刘伯承还领导创建了战史系和化学兵系。至此，军事学院计有战役、战史、高级速成、高级函授、政治速成、基本、情报、海军、空军、炮兵、装甲兵、化学兵等12个系，有学员3125人。成为一所既有陆军，又有海、空军；既有军事，又有政治；既有速成，又有完成；既有面授，又有函授的全军最高综合性军事学府。这是军事学院发展的鼎盛时期。
从1957年春开始，军事学院反对教条主义的运动，进入到一个新的阶段。
2月下旬，国防部来人到军事学院检查工作。3月初，向中共中央和中共中央军委写了专题报告。报告中说，“军事学院自1950年成立以来，经过全院同志的积极努力，克服困难，取得了许多工作成绩，首先是比较系统地介绍了苏联的军事学术，并进行了传授，虽然不是介绍和学习了全部，但是一般的内容都已经学习了，也有了一定程度的理解。其次是，正由于对苏联军事学术有了一定的了解，使整理我军的经验，编写我军的条令、教范，具备了更好的条件。再次是建立起来了一个相当规模的军事学院，??并为海、空、炮、装等兵种分别成立学院准备了基础，这是经过该院全体同志艰苦经营缔造的结果。最后就是为部队、机关、学校培养了一批干部，这些干部对于合成军队和技术兵种的作战指挥、组织训练、战术和技术，都具备了一定的知识。这些成绩是显著的。”
报告接着说：“但是在过去几年的教学中，存在一个很大的缺点，就是教学工作中的教条主义相当严重。最主要的表现是教学内容和我国我军当前的实际情况不大相适应。在教材和作业想定中，对于我军党委集体领导和首长分工负责相结合的制度，对于我军的政治工作制度照顾少，多半是采用了‘一长制’的精神。编写教材和作业想定的根据，没有注意我军现有的装备技术条件以及我军最近的将来可能达到的装备技术水平，而是把苏军已经高度机械化的装备技术条件作为依据。在战术演习中，除了注意到一般地形条件下的攻防战术之外，很少针对我国大部分沿海地区山地多、河流多、水田多的特点，忽视了我军长期在复杂地形条件下所采用的渗透、穿插、迂回、包围等战术活动，把大部分演习都设想在一般起伏地带，都设想为大规模的正面攻防战。这样教学的结果，固然一方面可以使干部取得一些现代技术条件下的战争规律知识，但是，另一方面就包含着一个危险，这便是一旦发生了战争，我们的军队就可能不会以劣势的装备去战胜优势装备的敌人，也可能不会在山地、水网、河川地带进行作战，将使我军在战争初期遭受不必要的损失。”
报告在分析产生错误的主客观原因时说：“在军事学院产生这些缺点，是有客观原因的。在学院开办的最初几年，没有适合我军情况的现成教材，因此许多教材不得不请苏联专家替我们编写；学院人力不足，忙于应付施教，不能兼顾研究我军自己的经验；我军的各种条令迟至今日没有编写出来，使教学无所依据。这都是可以理解的，??从学院方面来说，在成立了6年多之后，对于结合我国我军的实际情况进行教学，仍然没有引起应有的重视。
特别是经过1956年9月全院学过五个整风文件，学院中的许多同志已经感到有反对教条主义必要之后，而院党委仍然徘徊、犹豫、拖延，未能下定决心，就使党委领导在教学工作上落后于客观实际了。”
这个报告，对军事学院建院以来取得成绩与存在缺点的评价，显然是不符合历史事实的。报告在肯定学院成绩时，并没有明确指出成绩是主要的，只是说“取得了许多工作成绩”。在批评学院缺点时，武断地说“教学工作中教条主义相当严重”。对于学院成立以来一直坚持党委制、政治工作制，编写了我军的战史教材和战例汇编，三次派见学团去朝鲜学习志愿军的作战经验，以及在军政课程中都贯穿了毛泽东著作的学习等等均未提及，而是批评军事学院的教材和想定作业中“多半是采用了‘一长制’的精神”，没有注意我国的地形条件和我军现有装备技术条件，忽视了我军的传统的战术。
一旦发生战争，我军“可能不会以劣势的装备去战胜优势装备的敌人”，“在战争初期遭受不必要的损失”。最后，不提军事学院在学习五个文件、反对教条主义中工作有何改进，有何成绩，而是批评院党委”对反教条主义，仍然徘徊、犹豫、拖延，未能下定决心”。这样，就把军事学院实际工作——有的已经改正过来，有的正在改正之中的缺点，上纲上线为院党委和学院主要领导人指导思想上的教条主义路线错误。
国防部的这个报告，打乱了军事学院正常教学秩序。院党委和各部、系都不得不成立中心组，全体学员停课一周，学习贯彻报告精神，大张旗鼓地开展反对教条主义。同时，国防部的这个报告，也为1958年中共中央军委扩大会议发动全军范围的反教条主义运动定下了基调，作了理论上、思想上的准备。
刘伯承对这个报告采取了积极、慎重的态度。他虽因脑部旧伤复发一直在上海治疗，但仍指示陈伯钧、钟期光召开院党委扩大会议，学习贯彻报告精神，并作出了关于深入开展反教条主义的决定。这个决定，明确提出“学院成立以来的工作成绩是基本的、主要的”，认为缺点和错误的性质是“在学习马克思列宁主义和外国经验中的教条主义倾向”。对于国防部报告中关于教学工作中教条主义相当严重的批评，委婉地陈述了自己的看法，指出，军事学院的训练方针、训练内容和对解放军经验的估计，对苏联先进经验的学习，基本方向和原则都是正确的，应该充分肯定。工作中出现的一些缺点错误，是属于贯彻执行中具体措施方面的问题。
在当时反对教条主义已经形成气候，军事学院承受着首当其冲的巨大压力的情况下，刘伯承和党委一班人，只能用这种曲折婉转的方式，来表达自己的原则立常7月3日，刘伯承曾倾注过无数心血的战役系52名学员毕业了。他们经过3年的正规训练，在文化知识、政治理论水平及军事指挥艺术等方面都有很大提高，成为全军正规化、现代化建设的栋梁之材。
战役系学员毕业后，军事学院开始了分校建院的工作。7月底，中共中央军委任命刘伯承为高等军事学院院长兼政委。然而，刘伯承的健康状况使他实在难以担任此职。他于8月6日写信给毛泽东和彭德怀，呈请免任高等军事学院的领导职务。信中写道：“原来就是残衰多病的身体，勉任6年学术工作，极感吃力。自1953年患虚脱症以来，脑力、服力、神经和创伤诸旧病反复纠缠，已经难于看书提笔，休假也多；因而不能时常参加教材编审工作，不能更多参加思想提高工作，而深入基层的民主生活、纪律生活和实习工作也逐渐减少以至于无。
这是整顿三风所不允许之事，也是忝列此职成为疚心之事。据此，请求免任我以高等军事教育这么更重要的新职，并请在移交南京军事学院职务之后，乘间疗养一个时期。一俟病愈，再赴北京专任军委委员参加实习机关工作。”
刘伯承的这个请求，后经中共中央军委批准。
9月13日，军事学院召开大会，欢送刘伯承离任，欢迎新任院长廖汉生到职。
几千名教员、学员和机关工作人员，怀着难以形容的心情，倾听钟期光致词。刘伯承由于在上海治疗，未能出席大会。但是，钟期光仍然满怀深情，讲起了刘伯承创建军事学院的功绩。他动情地说：“刘院长关怀国防建设，以国事为己任，60岁高龄，常带头学习；且战略眼光远大，常以有备无患，干部应向科学进军，学多学深一点作号召；特别谦虚谨慎，日夜工作，制军语、译外文、校条令、写教材、上大课，无一不是以身作则，特别关心与指导政治思想工作的进行，尤其注意检查效果。
十次整风，常称‘为党作好事，开路单子，向何处去，过社会主义关’；在反对高、饶反党联盟整风时，他就以此作警语来教育干部。这些模范行为，永远是我们学习的榜样。”
这番话，犹如一股暖流，在几千名与会者的身上涌动着。这是军事学院党委对刘伯承创办军事学院6年工作的实事求是的鉴定与评价。它，道出了广大教职员工的心声。
令人惋惜的是，这位人民解放军的缔造者之一，人民解放军院校建设的奠基人之一，国内外著名的军事家、军事理论家和军事教育家，竞从此离开了他浇灌过无数心血的军事学院，而且实际上也离开了整个军事教育与训练工作的领导岗位。
几个月之后，训练总监部代理部长叶剑英来到军事学院视察，在向2000多名教职员工发表讲话时，专门讲了一段赞誉刘伯承的话。他说：“我们刘伯承同志40多年的战场生活、军队生活，俄文、中文、战斗经验，象他这样是很少的，很红、很专，但就是不剑他曾八九次受伤，为革命、为人民流了很多血，是我们国家和人民的宝贝，应该很好地维护他的健康，负责国家大事。”
正当反对教条主义之风，已经“起于青萍之末”，即将“盛怒于土囊之口”的时候，作为刘伯承的老战友，从领导“八一”南昌起义以来，就一直与刘伯承一起，为中国人民的解放事业并肩战斗；全国解放以后，又一直与刘伯承一起，为人民解放军的正规化、现代化建设共同工作的叶剑英，在大庭广众之中，讲的这番充满革命激情的话，显然是意味深长的，是发人深思的。军事学院2000多名教职员工报以最热烈的掌声。
这一年，刘伯承病痛与忧虑交加。在医院的病房里，他对自己的身体状况作了这样的描述：“感觉残老身体就象一部长久用损的汽车，小修未好又经几年过份使用之后，遂成一部难好易翻的破车。??左脑后部与两太阳穴处常作胀痛，眼复流泪水至头部昏眩”。反教条主义运动更象一块压在他心头上的大石块，使他日益担心刚刚走上轨道的军队正规化、现代化建设被迫中止。医生为了减轻他的病痛和缓解他的焦虑，建议他外出游览疗养。这年深秋，他前往风景绝佳的皖南黄山。面对巍峨耸峙的奇石，苍劲多姿的青松，变幻飘渺的烟云，涌突流淌的清泉，他感到无比振奋与陶醉。他进而联想到在这块雄伟秀丽的土地上曾经有过的革命风云，一种抑制不住的激情涌上心头，欣然吟诗一首：抗日之军昔北去，大旱云霓望如何。
黄山自古云成海，从此云天雨也多。
沉浸在对往昔如火如茶斗争生活的回忆里，他似乎忘却了眼前的病痛和烦恼。
1958年春，中共中央在南宁、成都，连续召开了工作会议，继续大批所谓“反冒进”。结果，党内不切实际、急于求成的“左”倾思想迅速发展起来。各地区、各部门“大跃进”、“放卫星”的计划争先恐后地提了出来。
5月5日，中共八大二次会议召开。会议根据毛泽东的提议，通过了“鼓足干劲、力争上游、多快好省地建设社会主义”的总路线，并轻率地改变了八大一次会议作出的关于国内主要矛盾已经转变的正确分析，断定当时国内主要矛盾仍然是无产阶级同资产阶级、社会主义道路同资本主义道路的矛盾。5月25日，中共八届五中全会增选林彪为党的副主席。
就是在这样的形势之下，中共中央军委于5月27日至7月22日，召开了有高级干部1000多人参加的扩大会议，把反对军队工作中的教条主义的斗争推向了高潮。
中共中央副主席、中共中央军委副主席林彪，从会议一开始就煽风点火、含沙射影、暗箭伤人，起了推波助澜的恶劣作用。他说：“有人一提起学习就想到外国，专学外国的东西，以为只有外国的东西才是好的。这就是迷信，一定要打破迷信观点”“不要一谈到外国的东西就津津有味，把本国的东西看作是‘土包子’”“我们的经验很丰富，不能把黄金当黄土甩掉了”。
他还耸人听闻地说：“有的单位不把毛主席军事著作作为军事基本教材，只作为参考材料，是不对的。有的单位连参考也没有列上，就更不应该。”
林彪所指责的这些问题，事实上哪个单位也不存在。他这样说完全是别有用心，是不点名地攻击军事学院和训练总监部，攻击主持这两个单位工作的刘伯承和叶剑英。
6月23日和29日，毛泽东在中南海听取汇报和召集有关人员座谈时，就一系列问题发表了意见。在谈到形势时，他说：“赶上英国不要五年，两年三年就可以了。五年可以赶上苏联，七年——最多十年就可以赶上美国。
有了粮食、钢、机械，十年内又不打仗的话，人民解放军就大有希望，威力会大大地加强。”在谈到军事工作中有无教条主义的时候，他说：“现在有四种说法：一种是说没有，一种是说有，一种是说很多，一种是说相当多。
说没有教条主义是不存在的。究竟有多少，这次军委会议要实事求是地加以分析研究，不要夸大，也不要缩校要坚持真理，修正错误。”
在谈到军队院校工作时，他批评说：“现在学校奇怪得很，中国革命战争自己的经验不讲，专门讲‘十大打击’，而我们几十个打击也有，却不讲。
应该主要讲自己的，另外参考人家的。”在谈到军事学院和训练总监部的问题时，他又批评说：“不知道军事学院、训总到底有多少马克思列宁主义。
马列主义本来是行动的指南，而他们当作死条条来啃，马克思、列宁在的话，一定批评他们是教条主义。”
毛泽东还讲了一些错误评论刘伯承功过的活。
会议根据毛泽东的指示精神，采取大鸣、大放、大字报、大辩论的方式，批判军队工作中的所谓教条主义路线、资产阶级军事路线、反党宗派活动等等，开展所谓的两条军事路线的斗争。
军委扩大会议开始后，在外地治病疗养的刘伯承，接军委指示，到北京出席会议。在赴京的头一天，他思绪翻滚，一夜没有成眠，左眼球红红的。
在火车上，又呈失眠状态，左眼球更红了。到了北京，他得了青光眼，眼压高达73度，不得不住进北京医院，一面治疗，一面准备检查材料。
对刘伯承是否要在会上作检查的问题，毛泽东曾关照说：“让刘伯承同志好好休息，可以不来参加会议作检讨，表示个态度就可以了。”
中共中央总书记邓小平也说：“刘伯承同志工作积极认真，对组织是尊重的。他今年已66岁了，又有病，不要搞得太紧张。”
豪爽、耿直的陈毅，看到刘伯承这个样子，心里更是难受。他赶到北京医院，对刘伯承说：“你写啥子检讨嘛！要写，我替你写，写一百个字就行了。”
但是，在当时那种政治气氛之下，刘伯承不能不力疾出席，在会上作检讨。
7月10日，中南海怀仁堂座无虚席，1000多双眼睛凝神注视着主席台上的动静。当执行主席宣布大会开始时，鸦雀无声的会场上，笼罩着一种极其严肃而又令人压抑的浓重气氛。由人搀扶着，迈着蹒跚的、沉重的步子的刘伯承，刚刚出现在主席台角的时候，全场立即掌声大作，延续了大约半分钟。
才逐渐停息下来。许多人鼻子酸了，眼睛潮了，眼窝里贮满了泪水。这掌声，这泪水，饱含着热烈的欢迎和由衷的爱戴，也伴合着会心的谅解和深情的叹惜。
年近古稀而又残病交加的刘伯承破扶到讲台前，宣读自己的检讨。他表示拥护毛泽东主席的指示，感谢同志们的批评。严于律己、严于责己是刘伯承几十年来的一贯作风。这次，在“左”的思潮统治一切，上面点名批评，下面有人非议的情况下，自然更免不了对自己过份苛责，说了一些过头的、违心的自我批评的话，这是可以理解的。但是，实事求是同样是刘伯承几十年来的一贯作风。他在发言的前半部分，仍然客观他说明了一些事情的真相，全面总结了军事学院的工作。
刘伯承说，军事学院创办之初，中央军委即给予明确指示，军委发来了祝词，毛泽东主席批准了训练方针。“据此，我们就抓住三个环节：（一）传统教育（党史、政治上作、战史、战例，并专设了战史系）；（二）现代作战训练（战术、战役、海军、空军、炮兵、装甲兵和化学兵等）；（三）实行正规制度：即统一的指挥、统一的制度、统一的编制、统一的纪律和组织性、计划性、准确性和纪律性（毛主席训词），四大制度，四个共同条令。
这三个环节以我军传统教育为基础，使之贯彻到现代作战训练和实行正规制度上面去。”
刘伯承还具体地说明了在传统教育方面，“教了毛主席著作，且经常以毛主席思想方法和中央决议整风和做思想工作，教党史，教政治工作，编讲战史，并曾经三次组织赴钥鲜学习作战经验，和组织学员编出许多战例，汇集作为课业之用。成立战史系主要学党史，毛主席军事著作。”刘伯承还说，在校正苏联红军1944年野战条令时写了序言，着重阐述了以毛主席《中国革命战争的战略问题》的思想方法，作为学习外国经验的指针。
最后，刘伯承强调指出，在训练内容、训练制度方面，如“六小时一贯制”和考试方法等具体工作中的缺点错误，“在学习五个文件以后，在军委指示之下，在院内学员抵触和院外批评之下，大体改正过来”。
总之，刘伯承用大量事实说明，军事学院的各项工作，是遵照中共中央军委和毛泽东的指示去做的。并不是自己的经验不讲，专门讲“十大打击”；更不是如林彪所说的“专学外国的东西，以为只有外国的东西才是好的”，“把本国的东西当作‘土包子’”，“把黄金当黄土甩掉了”。
军委扩大会议后期，“温度”越来越高，过火的批评斗争越来越凶。训练总监部被说成是“教条主义的司令部”，军事学院被说成是“教条主义的大本营”，许多主管院校教育与训练的领导干部，被说成是“资产阶级军事路线的代表人物”而遭到批斗，有的甚至被打成“反党宗派集团”而开除党籍，清除出军队，或遣送边疆劳动改造，致使一些同志后来竟含冤死去。许多院校教授会、教研室主任一级的干部，甚至一些从事军事教学多年的老教员，也被指为“传播资产阶级军事路线的媒介”而被调离院校，改行做其他工作或处理转业。
这样，就严重打击了院校干部和军事训练干部的积极性，使得他们不敢抓院校工作，不敢抓军事训练，不敢学习外国经验，不敢开展军事学术研究活动。建国以后刚刚起步的全军正规化、现代化建设受到严重挫折。这，就是这次军委扩大会议反对教条主义，开展所谓的两条军事路线斗争的结局。
在这场斗争中推波助澜的林彪，于这次会议之后的1959年9月，当上了国防部长，开始主持军委日常工作。
林彪上台后，打着革命旗号，以极“左”的面目出现，继续发展反对教条主义运动的恶果，更使军队建设遭到严重破坏，直至文化大革命的空前浩劫。全军院校被砍掉100多所，军队正规化、现代化建设濒于夭折。其损失之大，是难以估量和无法挽回的。
军委扩大会议结束之后，刘伯承回到南京。
1959年1月19日，刘伯承携眷从南京移居北京。离开南京的那一天，军事学院的许多领导干部到江边为老院长送行，并要送过江去，一直送到浦口火车站。
刘伯承执意不肯，他抢先上了船，向送行的人挥手告别。
渡船徐徐向对岸驶去了，而停留在东岸的人们久久不肯离去。他们远远地望着渡船，望着站立在渡船上的老院长的身影，默默无语。渐渐地，渐渐地，渡船看不见了，老院长的身影看不见了。
这时，军事学院新任院长廖汉生，慨然说出了这样一句话：“这个老首长，没有少受罪！”
这位指挥百万雄师过大江，出任过新中国第一任南京市长；又在南京创办了全军第一所高等军事院校的老元帅，就这样孤单单地离开了虎踞龙蟠的石头城。
历史毕竟有着它自己不可更易的规律。一切颠倒的真伪、善恶、是非.终将回复它们的本来面目，得到应得的评判。1978年以后，随着中国共产党指导思想和路线的根本转变，对一系列历史冤案、错案进行了实事求是的平反昭雪。1980年秋，邓小平代表中共中央明确指出：1958年“那次反教条主义是错误的”。这个重要结论，最终解除了套在刘伯承身上的政治枷锁，也解放了当年跟他一起遭到冲击和批判的一大批人，更重要的，是对人民解放军一段辉煌的发展史作出了正确的评价。