9月10日，聂荣臻还在回味日军所谓“聂荣臻已阵亡”那句谣言的用意，挥笔写了《誓死驱逐日寇出边区》的署名文章。文章历数了日军在这次“扫荡”中实行“三光政策”的种种暴行后指出，“谓我已阵亡??窥其用意，似乎要借此以动摇我军士气，其实这是可笑而无力的”。为了表示与日军血战到底的决心，他在文章的最后写道：“我们全边区的子弟兵，那怕就是战到最后一兵一弹，誓死必将日本法西斯强盗驱逐出边区！”①写完文章，聂荣臻感到轻松了许多。但正在这时，他接到报告，华北联合大学的成仿吾校长带着全校师生正在滹沱河北面，有跳入漫山敌包围圈的危险，聂荣臻立即手书命令一份：成校长：立即带队向河南边转移。
聂荣臻
传令者将此命令揣入怀中，策马飞驰而去。没想到，传令者回来报告说，成仿吾听了该校一个姓李的军事处长出的坏主意，怕师生太疲劳，不愿回来，认为漫山山大，在那儿安全。但实际上，联大师生在滹沱河北边住的20几个村庄，已经被日军发现并有立即陷入重围的危险。“联大”作战科长张西帆要军区传令者火速飞报聂司令员，设法把成仿吾救出来。
接到这个报告，聂荣臻拿起电话，直接找三分区政委王平，要王平赶快派人把成仿吾他们接出来！王平知道情况严重，马上率领唐子安支队等部队赶到漫山，硬是将成仿吾接了出来。王平又向聂荣臻报告：“我们已经把成仿吾和他的妻子、儿女及180多人都接了回来。”聂荣臻后来向中央建议：“联大”共有4000多人，过于庞大，在战争环境中容易吃亏，应予精简。中央采纳了这个意见，将“联大”精简为1000多人，其余人员全部分配到各单位。正好，各地都缺干部，来了个皆大欢喜。
司令部的电台奉聂荣臻之命又恢复对延安、总部以及各分区的联系。聂荣臻这才知道，在那些非常的日子里，因为延安电台呼叫不到他，加之敌台造谣他己阵亡，所以中央很焦急，总部也很着急。延安派了一个电台主任带着密码，前来晋察冀寻找军区电台。中央还命令八路军总部，指示晋冀鲁豫、晋西北方面火速支援晋察冀。当然，现在聂荣臻和军区机关既然已经奇迹般地脱险，“扫荡”的日军也开始撤退，敌情趋于缓和，中央和总部也就放心了，增援的行动也就停止了。
“你们看，滹沱河两岸，稻子长得多好呵，真是晋察冀的乌克兰！”到达薛家河的第二天，聂荣臻带着陈正湘和宋玉琳爬上山头，指着山下金浪滚滚的庄稼说。接着他又说，“侦察员报告，敌人要来抢粮，你们打它一仗，把乡亲们的劳动成果保护好，别让敌人抢了去！”一团奉命，作了布置，几天后把出来抢粮的敌人打得狼狈逃窜。这之后，聂荣臻用他深情、赞许的目光，送别了胜利完成保卫军区机关任务的一团指战员返回一分区。
9月15日，聂荣臻发出了反“扫荡”第二阶段作战指示。指出：敌人“以①刊登于1941年9月30日《晋察冀日报》。
大兵力寻求我主力决战，连续合击，均归失败。经战月余，敌主力之大部已分途先后撤去”。但仍有两万余主力留在管头、和家庄、阜平、陈庄、上寨、下关、耿镇、石咀、洪子店、上社、下站等我根据地的腹心地区，辗转进行所谓“剔抉”、“清剿”。聂荣臻确定的作战方针是：一面集结主力，以适当兵力打击敌人运输部队，歼灭其搜剿部队：一面以相当兵力采取更大的分散，求得尽量控制地区，打击汉奸、伪政权；各地区队、游击队应以积极动作，掩护群众秋收。在边区军民的积极打击下，日军伤亡日增，困难日多，自9月26日起，不得不开始从晋察冀腹心地区撤退。日军使用了“合击”、“杀回马枪”、前后互相掩护交叉退却等措施进行撤退，但仍受到八路军的重大打击，伤亡惨重。历时66天的北岳、平西地区的秋季反“扫荡”，以歼敌5500多人，敌狼狈撤回而告结束。华北敌酋冈村宁次大将10月20日在北平不得不对记者承认：“华北治安的恢复困难，要想很快消灭共匪是不容易的。”“共匪像老鼠，皇军犹如狮子，狮子力量虽然大，但不能捕鼠，要找猫来才行，这猫即是民众。”①“他所谓的‘猫’即是汉奸组织，以华制华那一套。”在反“扫荡”总结会上，聂荣臻针锋相对他说，“但我们说他找的不是猫而是狗——汉奸走狗。狗是永远不能捕捉老鼠的！”
聂荣臻深知，击败冈村宁次的“百万大战”，军区也付出了沉重的代价。
这次艰苦卓绝的反“扫荡”，军区部队伤亡了近2000人，在牺牲的烈士中，有毛泽东夫人杨开慧的侄女杨展，有回民支队司令马本斋的母亲白老太太，还有完成掩护突围任务后舍身跳崖的“狼牙山五壮士”中的马保玉、胡德林、胡福才??10月18日，聂荣臻发布训令，号召全区军民学习五壮士英勇顽强的战斗精神和崇高的民族气节，并决定送带伤归来的葛振林和宋学义入“抗大”二分校学习深造。后来，他还亲自为“狼牙山五壮士纪念碑”题词：视死如归本革命军人应有精神宁死不屈乃燕赵墓雄光荣传统反“扫荡”结束后，军区司令部又回到平山，驻到了离吊儿村不远的寨北。经过一场斗争风雨的洗礼，聂荣臻见到曾经舍生忘死将敌人引向台峪的罗文坊，显得更为亲切，高兴地问道：“哎，你会不会踢足球？”罗文坊回答：“会呀。”“能不能组织一次足球赛看一看？经过两个多月的浴血苦战，让大家轻松轻松。”“行！机关里知识分子多，还有电台人员，我知道有不少人会踢足球。”于是，在寨北村外一块收割过庄稼的地里，一场别开生面的足球赛，把上至聂荣臻，下至炊事员、饲养员乃至寨北村的小孩，全都吸引住了。哨声、笑声、掌声，一阵高过一阵，似乎成了庆祝反“扫荡”胜利的爆竹。
夜深了，聂荣臻仍毫无倦意，在油灯下伏案疾书。他深切地关怀着转移时在马驹石被炸伤的副官长刘显宜。刘显宜负伤后，聂荣臻特地让卫生部长游胜华请柯棣华大夫随担架护理了两个月。他写道：显宜同志：因为全军许多事务依赖着你，当你负了伤，等于打断了我们一只手！昨得游部长报告及你的来信，知道你的伤日渐有好色，甚以为慰！虽处战争环①《聂荣臻军事文逊，解放军出版社1992年7月第1版，第162页。
境，但尚有好的条件给你医治。在游部长附近有柯棣华等同志的看护之下，只要你静心的休养，一定很短的时期就会痊愈的！部队事情我们已找肖子久代替你，一切事情你都可不要挂心，望你好好休养，祝你早日痊愈！
致以
敬礼！
聂荣臻
（十月）二十九日夜
这封信很快送到刘显宜手中。在这艰苦的战争岁月里，聂荣臻对一名做行政工作的副官长体现出来的生死与共、情同手足的深情厚谊，使看完信的刘显宜感动得孩子般地哭出了声。刘显宜将这封充满革命情谊的信件一直珍藏在身边。35年之后，刘显宜逝世了，医生才从他遗体中取出了在马驹石被炸时穿进体内的两块弹片。43年之后，刘显宜的夫人得知聂荣臻在写回忆录，又将这封珍贵的信呈送给聂荣臻。
为配合对北岳、平西地区的大“扫荡”， 1941年日军在冀中、冀东和平北地区，结合“治安强化运动”，也采取了若干重大军事行动。
在冀中，主要是推行“蚕食”政策，重点是大清河以北地区，尤其是处于平津保三角地区之间的冀中十分区。1941年初起，冀中大城、青县、交河、献县、高阳、新安、清苑、张登、藁城、无极、宁晋等地区军民展开了顽强的反“蚕食”斗争，在你来我往的反复争夺中，他们运用地雷战、地道战、麻雀战等多种人民战争的作战形式，歼灭了许多日伪军，但冀中总的形势日趋严峻。
即便如此，为了支援北岳区的秋季反“扫荡”，冀中军民仍展开了声势浩大的交通破击战。从9月开始到12月结束，3个月累计动员群众40多万人次，在武装部队的掩护下，破坏铁路30多公里，公路360多公里，多次炸毁日军的军运火车、铁甲车、汽车等，还平毁封锁沟100多公里，摧毁碉堡37座，收割电线1.8万多公斤，给了日军以沉重打击，有力地配合了北岳、平西地区的秋季反“扫荡”斗争。1941年，冀中部队作战1100多次，毙伤俘日伪军1.4万多人，缴获大批武器装备。但这一年冀中根据地日益缩小，敌人的碉堡、封锁沟密度不断增多的趋势未能制止，困难越来越大。
1941年5月底至7月下旬，日伪军出动4万多人对冀东进行大“扫荡”。
冀东军民艰苦转战，主力未受大的损失，并歼敌1000多人，但人民群众遭受重大损失。8月起，中共冀东区委分会根据中共晋察冀分局和晋察冀军区的指示，以主力两个团挺进热南，开辟了大片地区。11月起，日军组织了4万多“治安军”开进冀东，妄图以这些伪军接替日军统治冀东。冀东军分区随即组织了粉碎“治安军”的战役，至1942年2月，接连打了许多胜仗，歼敌数千人，缴获大批武器弹药，“治安军”溃不成军，迫使日军又将主力第二十七师团调回冀东。1942年4月以后，冀东八路军屡挫日军“扫荡”并击毙日军佐佐木、高宁麻二大佐等高级军官多人，聂荣臻特于8月通令嘉奖。
几乎与北岳、平西地区秋季反“扫荡”的同时，平北抗日根据地也经历了艰苦的反“扫荡”斗争，以劣势兵力巧妙地与1万多日伪军激战两月，共歼敌2700余人，粉碎了敌人的“扫荡”计划。
1941年2月4比平北冀热察挺进军第十团团长白乙化在冀热边与日军激战中牺牲。1942年2月17日，冀东军分区副司令员包森，在遵化县野瓠山战斗中英勇牺牲。聂荣臻痛惜不已。
总之， 1941年整个晋察冀边区军民经受了严峻的考验，虽然损失很大，但也给了日军以沉重的打击，根据地在人民战争的战火中坚持了下来，有些地方并有所发展。