1939年6月9日，叶剑英来到中国西南山城重庆。这时的重庆，是中国抗战的陪都，国民党政府所在地，也是中国共产党中央派出的代表机关中共中央南方局的所在地。叶剑英到来后，担任南方局常委兼军事部长、统一战线工作委员会副书记，在南方局书记周恩来直接领导下立即投入紧张的工作。①这时，全国抗日战争的局势正朝着日益恶化的方向发展。日本侵略者占领武汉、广州以后，开始对南京国民党政府采取政治诱降为主、军事打击为辅的策略，在继续对华南、华中地区进行军事进攻的同时，加紧进行政治诱降活动，积极筹划“蒋汪合流”，企图诱使蒋介石集团就范。早已沦为汉奸的汪精卫正在与日寇进行卖国谈判。国民党政府对日妥协和反共的倾向日益增大，连续制造了一系列反共磨擦事件，准备掀起反共高潮。面对这种困难复杂的局势，周恩来、叶剑英等遵照中共中央《关于反对投降危险的指示》，决定集中全力巩固国共合作，继续贯彻抗日民族统一战线的政策，与大大小小的投降分子、反共分子制造的一切投降阴谋和反共行为进行坚持不懈的斗争。
叶剑英来到重庆的当天，就与周恩来分析在国共两党发生磨擦的情况下日军新的动向，并致电毛泽东，作了如下预测：从军事观点看，日军如攻西北，主力仍会在晋西南三角地区渡河，目前还未准备好。从政治观点看，日军有单独攻入陕北以降低我们的影响，并增强国民党进攻我方借口的可能。
6月10日，叶剑英陪同周恩来面见蒋介石，商谈近期抗战与国共合作中的问题。由于蒋介石此时正热衷于策划反共阴谋，致使商谈没有取得结果。
周恩来于18日离开重庆返回延安。
平地起风波。6月12日，国民党军第二十七集团军根据蒋介石的密令，突然包围袭击设在湖南平江嘉义的新四军留守通讯处，惨杀新四军参议涂正坤和通讯处军需员吴贺泉，并将八路军少校副官罗梓铭等人活埋，制造了“平江惨案”。由于国民党当局严密封锁消息，叶剑英直到7月1日才获悉此事，当即致电国民政府军事委员会副总参谋长白崇禧、军政部长何应钦，向国民党当局提出严正抗议。22日，周恩来、叶剑英致电军令部长徐永昌并军委会及各部长官，严正驳斥国民党军歪曲报告惨案经过及当局对新四军平江留守通讯处的诬蔑，要求派员驰赴肇事地点，查明真相，为死难者雪冤，将凶手治罪。蒋介石为敷衍舆论，责成第九战区代司令长官薛岳进行所谓调查。而薛的报告，依旧将“犯法者文饰为有功”，“无辜者武断为有罪”。28日，周恩来、叶剑英再电国民政府军政部长何应钦并军委会及各部长官，据理驳斥国民党的诬蔑攻击，要求另外遴派公正大员前往乎江嘉义调查，将其肇事者交法庭审判，并保障被害人家属及同事有陈诉与质证之自由。
“平江惨案”发生后，中共中央高度重视和关心，连续提出郑重抗议，要求严肃追究事件凶手的责任。8月1日，中共中央在延安召开各界人士追悼“平江惨案”被害烈士大会，毛泽东在会上发表了《必须制裁反动派》的演说。
8月13日下午2时，第十八集团军办事处在重庆红岩村举行追悼新四军①在中共重庆市委档案馆、红岩、曾家岩革命纪念馆，重庆参事室查阅的资料，1984年11月。
平江嘉义留守处被害同志大会。叶剑英主持大会并作了长篇报告，他义正辞严地指出：“平江新四军通讯处在涂正坤、罗梓铭两同志领导之下，在平江嘉义镇工作了1年又9个月。在这一期间，该处负责治愈伤病员使其重返前线者70余人。涂正坤兼任过平江动员委员会委员，积极参加兵役动员工作，曾经协助政府肃清平江附近土匪。在武汉撤退时，帮助友军收容伤病员，并妥善送交友军。事实恰恰说明，涂、罗两同志领导的工作，不仅不是勾结土匪，而是帮助政府肃清土匪；不仅不是劫夺友军，而是帮助友军收容伤病员；不仅不是破坏团结，而是更加巩固民族团结；不仅不是捣乱后方，而是帮助政府安定后方。”接着他驳斥了顽固派的诬蔑，说：“平江残酷的事件，所根据的口实只是一种狼要吃羊的借口，用来掩盖那些破坏抗战的顽固分子实行反共的狠毒企图的。军队抗战于前，奸徒捣乱于后，公理不会容许的，抗日军民不会容许的。”叶剑英最后号召：“全国同胞，应该坚持国内的团结，克服投降分裂的危险，推动全国各方面的进步，加强抗战力量，才能排除万难，争取战争的胜利，完成民族解放的伟业。”“平江惨案”激起了全国各地爱国军民的强烈义愤。在长沙、南昌等地，在共产党组织主持下连续召开了追悼会、纪念会。毛泽东、周恩来、朱德、彭德怀、叶剑英等领导人亲自撰写挽联、挽诗，凭吊平江惨案死难烈士，谴责国民党顽固派。叶剑英的挽诗是：人类有余悲，豺狼亦已歌；何以寄凭吊，按剑复摩裟。
其后，叶剑英怀着极大的义愤撰写了《论平江事件》，深刻地揭露“平江惨案”的事实真相，全面地评价了平江新四军办事处为抗战作出的积极贡献，痛斥国民党顽固派的血腥罪行。文章一针见血地指出：“某些反共顽固派和汪精卫投降派，实质上同是日本法西斯蒂的工具，葬送民族的掘墓人。
他们的反共活动，是与从前已经公布、现在听说的所谓限制异党活动的决定互为因果的。”
风云变幻。叶剑英密切注视着国内外时局的变化，与南方局军事组钱之光、李涛、边章武、曾希圣、薛子正、王梓木、雷英夫、张清化、陈家康、傅大庆等同志经常分析“敌、我、友、外”各方面的情况和动态，研究对策，进行各种形式的斗争。①1939年9月1日，法西斯德国大举进攻波兰。3日，英、法对德宣战，英、美、法各国害怕日本与德国配合在东方向他们发动进攻，一方面表示同情和支持蒋介石政府的抗战，以牵制日本；另一方面则希望在不损害其在华既得利益和牺牲中国部分权益的条件下，同日本达成妥协。蒋介石受日本的诱降和英美对日本侵略采取绥靖主义政策的双重影响，加紧推行其消极抗战、积极反共的政策。这一年11月间，何应钦和贺耀祖（国民政府军事委员会办公厅主任）约见叶剑英，挑衅性地提出一些无理要求。何应钦声称：第一，为了维持法市信用，你们在华北不能自发钞票。第二，你们过去答应委员长，在军队改编两年后可以由中央派少数人到军队中工作，现在已两年多了，为使宣传口号得到兑现，中央政府特派人到第十八集团军政治部工作，以资联络。第三，以后发给十八集团军的经费，直接发到师，以免你们把军费用到其他方面，如延安办许多学校之类。第四，委员长训示，如同意上述意见，第十八集团军可增编成为三个军六个师。对这些问题，何应钦要叶剑英致电延安征询意见。叶剑英经请示中共中央后，以个人名义作了如下答复；（一）八路军并未发行钞票，河北地方政府所成立的银行及其所发行的钞票应如何统一，请中央（国民政府）转知各地方政府共谋解决。（二）关于人事任免，事实上已经统一，八路军团长以上官长，都是呈请中央委任的，至于中央要派政工联络员的问题，须请示前总。（三）经费用途，我军都用到军队本身，陕北所办各种学校，其经费均源自学生自筹及南洋华侨捐款。对于叶剑英针锋相对、有理有据的回答，何应钦只好保持缄默。
1940年1月4日，叶剑英在重庆与何应钦再次举行会谈。何要求中共取消所谓“违令扩充”的部队及“非法”设立的军区，企图限制共产党抗日武装力量的发展。叶剑英说：“这些军队和军区，是在抗日斗争中发展起来的，它肩负着严重的抗敌任务，故不能取消。”他进一步指出：为坚持抗战，争取胜利，国民政府应允许八路军现有的三个师扩编为三个军九个师，并承认陕甘宁边区及其所辖地区，承认在抗日前线肩负着指挥抗敌任务的各军区。
因何应钦坚持其无理要求，这次谈判无任何实质性进展。
何应钦在谈判桌上和叶剑英的交锋，只不过是国民党顽固派制造一系列反共“政治磨擦”的一个插曲，顽固派在加紧制造更大的“军事磨擦”。这两种“磨擦”构成了一曲反共的大合唱，声浪越来越高。1939年冬到1940年春，蒋介石布置石友三所部进攻河北南部的八路军；朱怀冰、庞炳勋、张荫梧、侯如墉等部进攻太行山八路军；阎锡山所部在晋西地区进攻共产党所领导的新军决死队；蒋鼎文、胡宗南所部进犯陕甘宁边区，从而掀起了第一次反共高潮。这是抗日战争进入相持阶段后，日寇对正面战场减少军事压力，采取以政治诱降为主，对八路军、新四军和各抗日根据地加紧“扫荡”，实行“三光”政策的情况下，蒋介石集团为对日妥协投降进行准备的一个重要①访问雷英夫、张清化、冯大璋、黄常等谈话记录，1988—1993年。
标志。共产党、八路军和各抗日根据地人民在坚持有理、有利、有节的原则下，被迫进行自卫还击，粉碎了这次反共高潮。
1940年3月，蒋介石在重庆召开各战区军以上参谋长会议。国民政府军事委员会通知十八集团军参谋长叶剑英和新四军参谋长张云逸参加。
蒋介石企图通过这次会议，公开宣布共产党、十八集团军的“罪状”，进而发动更大规模的反共高潮。
在会议开始之前，蒋介石作了精心安排：由他以军事委员会委员长的名义，要求检查1939年底至1940年初对日军冬季攻势作战失利的原因，企图歪曲事实，加罪于十八集团军，并提出整顿军纪、军令的口号，目的在于逐步消灭十八集团军、新四军。安排天水行营、第二、第八、第十战区及第三十四集团军的参谋长发言，向十八集团军发起围攻，进行诬蔑诽谤，制造“惩办讨伐”的口实。但对国民党军在华中进攻新四军的事实避而不提，以便集中攻击十八集团军。规定每个战区集团军参谋长的发言都不得超过30分钟，这样就可以限制叶剑英参谋长的申辩发言。
叶剑英在接到国民政府军委会的开会通知时，正在养伤。几天前，他从红岩村外出办事，因天雨路滑，不慎滑倒摔伤了胳膊。在这种情况下，第十八集团军驻重庆办事处内部对于叶是否出席会议有几种意见：一种意见认为这种会是例行会议，开不出什么名堂，叶又在病中，可以不去。另一种意见认为，叶不去不好，因为张云逸不能来，来了按规定也没有发言权，如果叶不去，只有新四军参谋处处长萧正岗一人参加会议，难以应付。还有一些人担心这次会议正值国民党顽固派掀起的第一次反共高潮失败的时候，蒋介石很可能要搞阴谋诡计，不宜前往。
叶剑英和南方局的秦邦宪、董必武等商量后，认为这是全国性的会议，不论发生什么情况，都要做好准备，应付这场斗争，于是决定自己带病出席。
为了更好地应付复杂的局面，赢得这嘲交战”的胜利，叶剑英组织军事组和有关人员日夜加班工作，搜集资料，分析形势，研究对策；通过各种关系，了解蒋介石的企图和各有关战区、集团军派来参加会议人员的动态；汇总八路军几年来的战绩和1939年冬季作战的材料。同时，叶剑英和重庆十八集团军办事处的同志一道查找了过去积累的磨擦材料，请刚到重庆请求赈灾的冀南代表齐燕铭等，详细地介绍了石友三所部在冀南制造磨擦、迫害人民、破坏抗战的许多典型事例；请刚从山西战区来的地下党的同志和朋友，介绍阎锡山所部进攻山西新军并准备对日妥协投降的材料；同时向有关方面收集到朱怀冰、张荫梧、侯如墉等制造磨擦进攻太行山八路军的许多罪行材料，特别是找到了张荫梧联合日伪皇协军共同进攻八路军的命令、文件等最有说服力的铁证；还找出了国民党军委会政治部印发的《敌伪广播》材料，上面载有1939年11月19日共同社有关中共晋察冀部队在涞源县作战中，击毙日军独立混成第二旅团旅团长阿部中将详细情况的广播原文。日本共同社在这篇广播中，称阿部中将是日本的“名将之花”，说他“在与八路军三天惨烈的血战中，作了悲壮无比的牺牲”，因而日本“全军将士，莫不切齿痛恨，立誓尽歼共军，以飨阿部中将之英灵”。这篇报道从反面有力地证明八路军是全国最坚决抗战并得到了最光辉战绩的主力军。这无疑是一个有力的宣传武器，对国民党所谓八路军“游而不击”的流言是最好的反击。
根据党中央、毛泽东提出的坚持抗战反对投降，坚持团结反对分裂，坚持进步反对倒退的方针，叶剑英确定在这次会议上的态度是拥蒋抗日，反对磨擦，一切以抗战、团结、进步的大局为重，充分摆事实，讲道理，晓以大义，争取更多人的同情，粉碎国民党顽固派的阴谋诡计。
开会那天，叶剑英按照规定，身着黄呢子军服，佩带中将军衔，进入会常他虽然伤未痊愈，臂带石膏夹板，但仍精神抖擞，仪态从容。
会议刚开始，蒋介石就杀气腾腾地批评冬季攻势打得不好，要进行检讨，整顿军纪军令。接着，话锋一转，说接到很多人报告；这次冬季攻势之所以失败，是因为十八集团军“游而不击”，“破坏抗战，制造磨擦”等等不法行为所造成的。现在要彻查此事，严肃军纪。
蒋介石的话音一落，按照他们预定计划，天水行营参谋处一个姓盛的处长就破阵而出，说第二战区之所以没有完成冬季作战任务，是因为山西新军叛变，十八集团军公开掩护叛军，袭击友军，不让民众与友军接近，致使友军作战十分困难；冀察战区没有完成冬季攻势作战任务，是因为十八集团军屡次袭击鹿钟麟、石友三、侯如墉、夏维礼等部，给敌人以“扫荡”的机会。
接着，第二战区参谋长楚溪春，冀察战区参谋长黄百韬，第八战区章参谋长，第十战区周副参谋长，第三十四集团军参谋长罗泽闿等连珠炮式地发言，抛出什么十八集团军“袭击友军”、“掩护叛军”、“破坏政权”、“强征粮食”、“滥发钞票”、“贩卖毒品”等等罪名，大肆进行攻击。蒋介石、何应钦自以为得计，眉飞色舞。而那些比较正直的且有抗日救国心的人，则提心吊胆，为共产党、八路军的代表叶剑英参谋长捏一把汗，为团结抗战的前途和国家民族的兴亡担忧。
面对种种充满恶意的攻击，叶剑英不动声色，泰然自若，冷静地倾听每个人的发言，准备后发制人。第一天散会回来，他立即同南方局的领导同志和有关工作人员一起，针对会议上反映的问题，将原来准备好的发言，进行了修改补充。
3月8日，叶剑英见时机成熟，便要求发言。在得到会议主持人同意后，他仪态大方地走上讲台，环顾四周，胸有成竹，有针对性地集中讲了两个问题：一是作战问题，二是磨擦问题。
关于作战问题，叶剑英主要讲了八路军的战略指导思想以及如何按照统帅部的抗战命令，艰苦奋战并获得伟大战果的情况。他首先说明，华北战场是整个抗战的重心，十八集团军坚持华北抗战，必须同敌人进行全面的斗争。
华北敌后是一盘棋，各个地区，包括山地、平原、湖、海和城市、乡村，包括党、政、军、民、学，野战军、地方军、民兵自卫队等等，必须互相配合，必须军民结成一体，才能坚持抗战，争取胜利。为此，十八集团军进出敌后各区，发动群众，建立政权，积极配合作战，乃是抗日战略的需要。其次，他讲到，抗战两年半来，十八集团军在敌后作战，克服了缺衣少食，缺乏武器弹药和敌人残酷“扫荡”等种种困难，付出了巨大代价，获得了辉煌的战绩，计大小战斗2689次，歼敌8万亲人，十八集团军将士阵亡1.5万余人，负伤4万亲人，十八集团军的战绩不仅为全国人民和全世界进步人士所称道，为蒋介石和统帅部所嘉奖，也为敌人所承认。第三，叶剑英说明，八路军接到统帅部举行冬季攻势作战的命令时，华北敌军正在对晋察冀等根据地进行大“扫荡”。尽管十八集团军许多部队正在进行紧张的反“扫荡”作战，但仍然抽调了15.5万余人的兵力，周密部署，努力作战。他列举大量事实详细说明了十八集团军冬季攻势战役的具体部署、作战经过和所获战绩，特别引用国民党军委会印发的敌伪广播材料，说明十八集团军不仅圆满地完成了冬季作战任务，而且完全是按照最高统帅部的抗战命令办事的。十八集团军坚决、积极、英勇的作战行动，同国民党军队在正面战场上消极抗战，望风而逃的情况，形成了鲜明的对照。
叶剑英以这些从战略到战役战斗方面的具体事实，有力地驳斥了所谓十八集团军“游而不击”的论调，粉碎了蒋介石想借检查冬季攻势作战失败为名，加罪于十八集团军的阴谋。
叶剑英紧接着谈磨擦问题：
他首先承认，各有关战区和集团军所提磨擦事件，是抗战中的一个严重问题。接着，他提出了从政治上、战略上正确解决这一问题的4个原则。第一，我们提出磨擦问题的目的是要把磨擦事实加以研究，找出磨擦的原因，求得正确解决的方法以消除磨擦，决不应是扩大磨擦。第二，许多磨擦都是由于政治意见、战略思想的分歧和奸人的挑拨离间所造成的，如果把磨擦的现象当成原因来看待，抹杀了产生这种现象的政治、战略原因，仅仅从武装冲突的本身来解决，这个问题不仅不能解决，反而会产生更严重的后果。第三，有人把十八集团军当作异军看待，这是完全错误的，这是许多磨擦发生的根源。抗战中各友军由于各种历史、地理等原因，确实存在着不同的特点，但只要团结抗战就都是友军，不应看作“异军”。政府的政策应该一视同仁，发挥各自的长处，求大同存小异。第四，十八集团军和友军之间的磨擦不是不能解决的敌我矛盾，而是在大敌当前全民抗战的前提下，所存在的局部的、一时的现象，换句话说，抗战中民族矛盾是第一位的大问题，磨擦则是从属的。决不能搞颠倒了，更不应有意把局部磨擦扩大为全面内战，干那种亲者痛仇者快的蠢事。
叶剑英对各地磨擦的具体情况，实事求是他说明了真相。如对发生在黄河以东、以北的华北敌后磨擦问题，黄河以西、以南的陕甘宁边区的磨擦问题，他抓住何应钦当时说过的一句话为根据，说明这两个地区的磨擦属于政治问题，应该由国共两党谈判解决，不是参谋长会议讨论的范围。这样高屋建瓴地提出问题和认识问题，就从气势上压倒了对方。对于在河北等地区发生的磨擦问题，叶剑英列举事实，澄清事实真相，说明错误完全在国民党军队方面，十八集团军则是处处以国家民族利益为重，只是在忍无可忍的情况下，才被迫自卫还击的。叶剑英指出，有些国民党军队，为了反共反人民，不惜和日伪军勾结，围攻十八集团军，惨杀抗日的人民群众和干部，这是无耻的卖国行为。①叶剑英在发言过程中，全场座无虚席，鸦雀无声，当讲到30分钟时，军委会参谋次长刘斐遵照蒋介石的命令，警告说时间到了。这时叶剑英向蒋介石说：“委座，我还没有讲完！”蒋只好让他讲下去。当讲到张荫梧勾结日伪军进攻十八集团军的罪行时，蒋介石沉不住气了，大声质问：“有这回事吗？”叶剑英响亮地回答：“有！”，立即把缴获的张荫梧和日伪军勾结的有关材料拿出来，一件一件宣读，并交给蒋介石看。蒋介石作梦也没有想到叶剑英的皮包里藏着这些法宝，而且又当场示众，弄得唉声叹气，直摸脑袋。
叶剑英越讲越有劲，一直讲了一个半小时。由于他的发言大义凛然，有理有据，使许多人心悦诚服。②①叶剑英：《关于作战与磨擦问题》，1940年3月8日。
②访问李世鹏、曹美成谈话记录，1984年12月。
会议结束后，陪同时剑英赴会的新四军参谋处长萧正岗，一跨进八路军办事处的大门，就高兴得跳了起来，绘声绘色地向大家讲起了叶参谋长发言的前前后后，会场上人们情绪的急剧变化，与会人员的热烈表情及蒋介石、何应钦等的狼狈窘态。大家听了都非常高兴，办事处里一片欢腾。
正当大家说得热闹的时候，电话铃响了。军事委员会委员长侍从室来电话说，蒋委员长要请叶剑英参谋长去吃晚饭。大家不明白这是怎么一回事，正在分析的时候，侍从室又打来电话，说蒋委员长今晚有事，改日再请叶参谋长吃饭。半个钟头以内蒋介石侍从室连着打来两个完全不同的电话，说明内中必有缘故，很可能是蒋介石进退两难，政策上有什么变化。叶剑英回忆说，这件事，没有蒋介石批准，下边不敢打电话。但究竟是怎么一回事，当时弄不大清楚。后来，才知道其中奥秘。据日本出版的《蒋介石秘录》中记载，蒋介石1940年3月7日曾拟定了一个对十八集团军参谋长叶剑英的“训示”，要点是：（一）不应以防地为私有，不应掩护叛军，袭击友军。（二）应言行一致，协力互助，建立共信。（三）不应擅委官吏，更不应残杀政府官吏。（四）不应尽征民粮，断绝民食。（五）不应擅发私钞。蒋介石原以为叶剑英在会上遭到围攻是无法招架的，顶多申辩几句。这样蒋介石就可以在晚宴上用“训示”的办法，宣布十八集团军的五大“罪状”，然后发动更大规模的军事进攻就师出有名了。万没有想到叶剑英一篇讲演，把蒋介石的预谋打乱了，使其处于十分被动的地位。侍从室按预先的布置通知了叶剑英赴宴，蒋介石在散会后，神情沮丧，下令赶快取消晚宴，取消“训示”。这就是蒋介石那天既通知叶剑英去参加晚宴，马上又取消了晚宴的真正原因。
1940年底到1941年初，第二次反共高潮爆发。从第一次反共高潮到第二次反共高潮，能够争取到10多个月的时间，原因是多方面的，有政治的、军事的、国内的、国际的各种因素，叶剑英在参谋长会议上的有力反击，也是其中的一个重要原因。这次会议之后，叶剑英给党中央写了一个报告，连同发言稿一起送上。毛泽东把叶剑英的这篇著名讲演交给中央领导同志和其他同志传阅，并在讲演稿上作了批示：“叶剑英同志1940年3月初在全国参谋长会议上的报告，此报告得到了广大的同情。”董必武赞誉这次讲演是“叶剑公舌战群儒”。秦邦宪高兴地说：“参座，老将出马，大败蒋家，打了一个大胜仗！”后来，毛泽东在中国共产党“七大”期间的一次发言中说，叶剑英在长征中获取张国焘的密电，立了一功，挽救了中央，避免了损失。在重庆与国民党斗争，“舌战群儒”又立了一功，有这两条是完全可以信赖的。
叶剑英在与国民党顽固派斗争的同时，继续协助周恩来等与国内外友好人士会晤，促进抗日民族统一战线工作的发展。
1940年3月26日，南洋华侨回国慰劳团发起人、华侨筹赈总会主席陈嘉庚、副主席庄西言等一行5人，自仰光飞抵重庆，代表南洋近800万华侨，回国慰劳和考察，准备将广大民众和各党派团结抗战等材料，带回南洋，增加侨众的爱国热心，更好地以财力援助祖国抗战。4月初，叶剑英同林伯渠、董必武至嘉陵宾馆访晤陈嘉庚，又在八路军办事处举行茶话会，欢迎陈嘉庚一行。叶剑英等相继在会上致词。5月，陈嘉庚率领慰劳团第一组到达延安，受到毛泽东、朱德等中共领导人及广大军民的热烈欢迎。7月24日，叶剑英会见从延安等地返重庆的陈嘉庚，就国共两党关系和谈判情况再一次进行了交谈，促进了团结抗战大业。叶剑英在重庆期间，在周恩来领导下，与董必武、徐冰等建立南至香港、东至上海、西至西康，包括江西、两湖、两广、云贵川各省的秘密交通线。他通过中共在香港的地下组织，与港澳以及海外侨胞取得联系，进行团结抗战。①1939年和1940年夏，越南胡志明（胡光）曾来重庆，与叶剑英等会晤，就国际形势以及印度支那共产党的活动、越南国内建立根据地、开展武装斗争等问题交换了意见。胡志明在红岩八路军办事处住了一个多月，叶剑英和办事处同志给以热情帮助。叶剑英和秦邦宪在重庆还热情接待来访的印度国大党领导人尼赫鲁，洽谈抗日救国和维护世界和平问题。
国民党顽固派发动第一次反共高潮被打退后，尽管中共方面一再表示出改善国共两党关系，继续团结抗战的诚意，然而蒋介石并没有停止制造反共磨擦。他继续在国共双方已经达成协议的问题上无理纠缠，在华北、山东、华中等地连续制造了一系列袭击八路军、新四军部队，杀害共产党员及其家属的严重事件。
为了克服国民党顽固派的反共逆流，挽救时局危机， 1940年6月上旬，刚刚从苏联疗伤回国经延安返渝的周恩来偕同叶剑英，与国民政府军委会正副参谋总长何应钦、白崇禧，就共产党的合法地位、陕甘宁边区的承认、十八集团军和新四军的扩编以及作战地区的划分等问题进行了多次谈判，并向他们递交了中共关于解决目前危局，加强团结抗战的提案。提案要求国民党政府保障各抗日党派之合法存在；释放一切在狱之共产党员；停止查禁各地之书报杂志，给《新华日报》的出版发行以法律保障，允许其登载中共之文件及领导人之言论文章；承认陕甘宁边区（23县）隶属行政院，以林祖涵为边区政府主席；准许十八集团军（八路军）扩编为三个军九个师，新四军增编为七个支队；军械粮饷及医药卫生、交通器材供给应与中央军同等待遇，并划分国共军队的作战区域。7月2日，国民党方面将一复案交与周恩来、叶剑英。接着，双方代表围绕两案中所涉及的各项问题，反反复复地展开了一场拉锯式的谈判。
6月以后，国民党驻苏北的韩德勤部、江南冷欣部及皖南的五十二师迭次包围袭击新四军，并切断交通，事态日益严重。7月7日，周恩来、叶剑英两次致函何应钦，要求国民党最高军事当局立即制止韩德勤等部袭击新四①访问鲁明、袁超竣苏惠、李静谈话记录，1991—1994年9月。
军，制止石友三集团军对第十八集团军的进攻。同一天，国民党战时新闻检查局无理扣压了叶剑英撰写的《第十八集团军抗战三年的几种统计数字》及新四军政治部主任袁国平所写的《三年来坚持大江南北敌后抗战之新四军》两文，《新华日报》即日发表启事，声明两文“奉命免登”，揭露了国民党当局进行新闻封锁的丑行。鉴于国民党顽固派在皖南及其他地区制造反共磨擦呈有增无减之势，叶剑英在周恩来领导下，同国民党政府展开了一连串的谈判和斗争，并将所了解的顽军动态及时报告中央。7月8日，周恩来、叶挺、叶剑英、袁国平联名致电毛泽东、朱德、王稼祥、项英并转刘少奇等：鉴于顾祝同正趁重庆国共谈判的机会，企图切断江北、江南新四军的交通，制造磨擦；李品仙也在压迫李先念部退过平汉路西，建议此时宜专打顾祝同和李品仙，以分散中央军和广西军联合逼我的阵势。7月17日，周恩来和叶剑英就国民党军陈长捷部3个团在日军掩护下，分两路由晋西东渡汾河，向晋冀豫边区所辖之安泽县晋家山一带进犯事，再次致电何应钦，要求予以制止。
9月6日，周恩来、叶剑英电告中共中央、中央军委：国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出扫荡长江南北新四军的命令。当天，中央军委即将周、叶所报情况转告中原局、新四军，正式发出《关于新四军应准备自卫行动的指示》，指示强调：“请叶（挺）、项（英）、胡服准备自卫行动。皖南尤须防备。”
此时，国内的政治局势由于受到国际形势影响而急剧恶化。9月27日，德、意、日在柏林签订协定，正式结成三国同盟。与此相应，英、美也签订了协定。这两大集团势力，此刻都在重新衡量中国这个破码，极力拉拢蒋介石。一方要蒋放弃抗日，加入德、意、日同盟，德国出面劝和，日本加紧诱降；另一方则许以厚利要蒋加入英美同盟。同时，蒋介石还在继续得到苏联的援助。如此一来，蒋介石身处国际上的三大势力之间，自感左右逢源，举足轻重，便有恃无恐，为所欲为，急欲在国内再度掀起反共高潮。对于这种乌云滚滚、风雨欲来的险恶形势，中共中央和南方局都作了充分的估计和准备。根据中央的部署，南方局决定把重庆整个党的组织由公开、半公开状态转入地下，彻底改变领导方式。10月4日，南方局讨论了内部组织分工，根据周恩来的提议，南方局设立统一战线工作委员会，董必武任书记，叶剑英任副书记，下分军政、党派、社会、青年、妇女5个小组，分别由叶剑英、秦邦宪、董必武、蒋南翔、邓颖超负责，并专设“叶剑英工作处”。10月16日，南方局致电中央，就此作了专题报告。局势果然急转直下。10月19比在蒋介石操纵下，何应钦、白崇禧向朱德总司令、彭德怀副总司令、叶挺军长发出“皓电”，诬蔑八路军、新四军，自抗战以来“不守战区范围，自由行动”，“不遵编制数量，自由扩充”，“不服从中央命令，破坏行政系统”，“不打敌人，专事并吞友军”等，并迫令八路军、新四军之各部队，“限于电到一个月内全部开到中央提示案第三问题所规定之作战地境内，并对本问题所示其它各项规定切实遵守，静候中央颁发对于执行提示案其它各问题之命令”。（所谓“中央提示案”，即将活动在江南和整个华中的八路军、新四军全部赶到黄河以北）。这个“皓电”成为第二次反共高潮的信号和起点。
中共中央严正驳斥了“皓电”的反共诬蔑，在揭露国民党反共投降的阴谋的同时，为了顾全大局，缓和同蒋介石的关系，制止或延缓国民党反共内战的爆发，决定将新四军军部和皖南部队北移。同时，通知全党在思想上准备应付最黑暗局面的到来，对可能出现的某种形式的内战要有高度精神准备，对国民党掀起的反共高潮，将实行“政治进攻、军事防御”的斗争策略。
11月中旬，毛泽东速电致周恩来、叶剑英对付国民党掀起反共高潮的具体斗争部署。
根据中央的指示精神，周恩来、叶剑英等常常是彻夜不眠地分析形势，对如何答复“皓电”的内容、时机和形式等重大问题，以及共产党在政治上、军事上应采取的策略措施等，都及时地向党中央、毛泽东提出了很多切实、有益的建议。
11月30日，周恩来和叶剑英根据毛泽东对国民党采劝表面和缓，实际抵抗，有软有硬，针锋相对”的斗争方针，就新四军北移问题，同国民党代表、军令部次长刘为章（即刘斐）谈判。刘称蒋介石表示可以将北移限期推迟，但各地冲突必须停止。周恩来、叶剑英表示，江南新四军决定移动，其余有困难；停止冲突必须由国民政府军队“立即停止军事行动”。12月5日，周恩来、叶剑英致电中共中央，建议以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义电复刘为章，要刘顾全大局，停止桂军和霍守义师对江北新四军的进攻。12月中旬，又电告毛泽东、朱德：李品仙歼灭新四军渡江军队的计划是经何应钦核准的。
为了贯彻执行中央的指示，在此期间，叶剑英陪同周恩来同刘为章和张冲（即张淮南）在重庆连续进行多次谈判。在谈判中，为了击破国民党掀起的反共高潮，坚定地贯彻中共中央提出的十二项谈判条件：（一）我同意将皖南部队北移，但需延缓开动时间。（二）我苏鲁皖部队不能开动，只是皖南的移动。（三）我华北八路军因无粮饷、弹药，准备南下。（四）国军应停止进攻陕甘宁边区。（五）国民党释放罗世文，我释放孙启人。（六）应停止在陇海路、咸榆路捕人扣车。（七）张国焘、叶青不应聘为参政员，否则中共参政员将退出参政会。（八）桂林八办不能撤销。（九）国民政府应给八路军、新四军发饷，欠饷亦应补发。（十）停止石友三隔离黄河的行动。
（十一）保障我在各地办事处之安全。（十二）拒绝同何应钦、白崇禧谈判。
要求与蒋介石直接谈判。在12月24日的谈判中，叶剑英郑重表示：“中国共产党的让步是有限度的，‘佳电’提出新四军过江，已表示让步，如果国民党再不停止进攻，陕北封锁仍不解除，那么，兵戎相见，演成内战，责任完全在国民党。”12月30日下午，国民党代表在谈判中正式宣称：奉蒋介石指示，“中央提示案”内容不变，日期可以延缓。要求12月底，江南新四军移到江北，江北八路军移到老黄河北。越年1月底，江北新四军移到老黄河北，否则冲突避免不了，一切谈不上。周恩来、叶剑英再次向对方郑重申明：第一，江南新四军已经决定移动，其他我军不动；第二，冲突如有，其原因决不如此，最近霍守义师南下，攻击十八集团军彭部，他们已再三让步，故目前国民党必须停止在陕北、皖南和苏北的军事行动。
在同国民党代表谈判的同时，叶剑英协助周恩来，通过各种渠道揭露国民党制造磨擦、破坏国共合作的行径。他们布置工作人员把国民党制造磨擦的文电和反共文件汇集成册，秘密发出，还寄往八路军驻桂林和西安的办事处，广为散发，同时委托国际友好人士王安娜等通过外国朋友把材料带到香港向国外散发。
尽管局势发展已如此严重，但是，中共中央东南局书记兼新四军副军长的项英，却没有坚决执行中央一系列重要指示，对国民党顽固派可能发动的突然袭击，估计不足，缺乏准备。这就使新四军处于十分危险的境地。
1941年1月6日，爆发了震惊中外的“皖南事变”。1月4日奉命北移的新四军军部和所属部队9000余人，于6日在皖南泾县茂林地区突然遭预先埋伏的国民党军第三战区司令长官顾祝同、三十二集团军总司令上官云相所指挥的7个师8万多人的包围袭击。新四军被迫抗击，血战7昼夜，弹尽粮绝，除2000余人突围外，其余6000余人大部壮烈牺牲，一部被俘。军长叶挺被扣，项英、袁国平、周子昆遇难。
事变后的第6天，1月12日周恩来、叶剑英和办事处的同志正在《新华日报》报馆举行该报创刊3周年纪念活动，突然接到中共中央书记处关于新四军在皖南惨遭国民党包围袭击的告急电和中央关于向国民党提出严正交涉，并向各方呼吁的指示，他们立即中断纪念活动，迅速找到国民党谈判联络代表张冲，向国民党方面提出抗议，要求“急电制止”。同一天，周恩来、叶剑英复电党中央，报告了同国民党代表刘为章交涉的情况，电报说，已告诉刘为章：我华北、华中将士得到新四军在茂林被围攻恶讯，义愤填膺，怒不可遏，只有迅速解除围攻，才能免除危机；提出要蒋介石、何应钦立令顾祝同解除茂林包围，让出新四军经苏南渡江的道路。同时直函向蒋抗议，坚持非经过苏南过江不可。请中央询问叶（挺）、项（英），究竟他们采取哪条道路折进苏南，以便作具体的交涉。据当年南方局工作人员左仲平回忆，叶剑英在曾家岩亲自给在上饶的国民党军将领上官云相打电话，痛斥其袭击新四军军部的暴行，上官云相狡辩说，这是“误会”，叶剑英驳斥说：“什么‘误会’？你们所讲的‘误会’就是何应钦、白崇禧一手策划的阴谋！你们‘围剿’了新四军军部，但是新四军的部队还在，八路军也不会袖手旁观的，你们要对后果负一切责任！”
1月13日晨，叶剑英通过电话责问三战区参谋长邹文华：对新四军之北移，你们不但不予以帮助，反借口狙击，这是破坏国共关系，将使问题更难解决。接着，周恩来、叶剑英向何应钦、白崇禧、刘为章、张冲提出最严重抗议，并要他们立刻转达蒋介石，要求立刻解除对新四军的围攻，否则国共关系破裂之责将全由你方担负。14日，周恩来、叶剑英再次致函蒋介石，要求他下令立即停战撤围。17日，周恩来和叶剑英获悉国民党反动当局发布通令，诬蔑新四军叛乱，悍然宣布取消新四军的番号，再次向张冲提出严重抗议。当天夜里，得悉《新华日报》关于揭露皖南事变真相的报道和社论被新闻检查官扣压，周恩来立即为《新华日报》题写了“为江南死国难者志哀”和“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急？”二幅题词，要报馆将题词手迹制版登在被扣去的稿件位置上，加快编排和制版印刷，组织好发行力量，抢在次日各大报发出之前送到广大读者手中。第二天一早，载有周恩来题词的《新华日报》便到达读者手中，并出现在重庆大街小巷的阅报墙上，报纸销量从平时的1000份猛增到5000份。蒋介石看到报纸，大发雷霆，把陈布雷、戴笠骂了一通，说周恩来的题词比一篇社论还重要。
在这些日子里，叶剑英常常是废寝忘食，通宵达旦，陪同周恩来与国民党当局抗议交涉，不仅为解救新四军之危急，尽最大努力，还帮助解决贵阳、桂林等八路军办事处交通站等遭到的迫害问题，与此同时，还与梁漱溟、沈钧儒、邹韬奋、张申府、章伯钧、黄炎培、张君劢等爱国民主人士多次交谈，揭露国民党制造磨擦的真相，巩固和发展抗日统一战线。①1941年1月14日，同苏联驻华使馆武官崔可夫商谈，听取他的建议。
为了彻底揭露国民党反动派制造“皖南事变”的真相和欺骗宣传，周恩来和叶剑英商量，决定写一篇传单广为散发。叶剑英立即召集军事组和其他有关人员共同研究，连夜赶写了《新四军皖南部队惨被围歼真象》一文，概括了八个问题，列举大量事实揭露国民党制造“皖南事变”的真相和阴谋。
传单写好以后，叶剑英作了反复修改，于19日晨送给周恩来审阅定稿。周恩来看完，高兴地说：“恰到好处。”亲自修改了几个地方，指示要赶快印刷，秘密散发出去。传单印好以后，大家分头出动，冲破国民党特务的重重阻挠，通过各种关系和渠道散发到山城重庆，“皖南事变”真相很快大白于天下。
为了表明中国共产党对“皖南事变”的严正立场，中共中央军委发布命令，宣布重建新四军，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。同一天，中共中央军委发言人对新华社发表谈话，提出了中共关于解决“皖南事变”的十二条办法。
1月24日，周恩来、董必武、叶剑英联名致电中共中央，报告“皖南事变”后各民主党派的动向，说他们对国民党大为失望，痛感有加强团结的必要。已与我们交换意见，我等深表赞同。有些民主人士近因当局之压迫，日渐左倾，提出以联苏、联共为中心，主张与我党更密切合作，我们已表示赞同。第二天，中共中央书记处回电：必须采取尖锐对立的步骤回答蒋介石1月17日的步骤，政治上取全面攻势，军事上取守势。周恩来将中共中央解决“皖南事变”、挽救时局危机的十二条办法面交张冲转国民党中央。
不久，蒋介石通过张冲找周恩来、叶剑英，希望恢复两党谈判并以允许中共在江南部队集中延期北移，新四军归入八路军扩大其编制等为条件。周、叶答复：不实行十二条，决无谈判可能。叶剑英针对蒋介石曾以番号、枪枝、子弹、医药四者为诱饵，诱降中共某部失败这一历史事件，写下“两手弹四弦，目送飞鸿去”的诗句讥讽之。①叶剑英在重庆期间，与周恩来、董必武等先后住在红岩和曾家岩50号，一直受到国民党特务、宪兵、警察的严密监视。特别是10月中旬，何、白“皓电”事件之后，蒋介石密令手下监视周恩来、叶剑英，不得让他们离开重庆。
国民党特务头子徐恩曾、戴笠、康泽密商逮捕四川省全部共产党员。面对一片白色恐怖，叶剑英一往直前，毫无畏惧，针锋相对，进行了大量的公开与隐蔽相结合的活动。钱之光回忆说：“从武汉到重庆，叶是周的得力助手，声望比较高，有的事情周出面，有的事情叶出面。皖南事变，叶花了很大的力气。有好几个晚上都没有睡觉。有时，快要开饭了，我说：叶参谋长，吃饭了。他说：不吃了，还要打个电话。我们那时紧张得很，新四军军部被包围了，我们办事处也准备被包围。重要的东西都清理了。准备跑不出去，进集中营。”
获取准确的情报是开展斗争的重要环节。为了及时掌握国民党反共投降、破坏捣乱的情报，叶剑英让曾希圣等出面，同国民党政府军统局电讯总台报务员张蔚林（曾在上海入党，后失掉联系，主动到曾家岩50号，要求恢①访问吴南生谈话记录，1986年4月。
①访问王匡谈话记录，1991年6月。
复党籍）以及与张一起工作的冯传庆建立秘密联系，并根据他们的表现和要求，经过考验，吸收他们加入中国共产党。以后又令张露萍（又名黎琳，从延安调到重庆南方局的地下党员）与张、冯接上头，秘密打入军统局内部，获取了许多重要情报。不幸，他们的活动被敌发现，被捕后英勇牺牲。他们的革命事迹鲜为人知，一直湮没无闻。1983年7月10日，86岁高龄的叶剑英听了中共四川省委组织部复查小组人员的汇报之后，激动地说：“我想得起，张露萍同志外号叫‘干一朝。”（因为黎琳在延安抗大时经常指挥大家唱“拿起刀枪干一潮的歌子，所以延安的很多人都叫她“干一潮）。7月26日，叶剑英就这件事特意给中共四川省委复查小组写了证明：“四十年代初，我们有两名同志打入戴笠那里，后来暴露了。一天，有一个人找到周公馆，我们决定送他去延安。我送给他一件皮大衣，并且把他送到江边。但他来的时候已经被特务钉上了，后来被戴笠的人捕去了。”由此，张露萍以及与她联络的7位“军统”成员，终于恢复了英雄本来面目，一同被追认为革命烈士。①①《党没有忘记他们——红岩英烈》（上），四川人民出版社1984年11月版，第4页。
环境越艰险，斗志越坚定。叶剑英与周恩来带领南方局的同志们，以大无畏的革命精神，在艰难、险恶的环境中，顽强地坚持斗争。他们经常对大家进行革命传统教育。有一次，在南方局召开的全体人员大会上，他和周恩来讲完话后，领着大家高唱革命歌曲。第二天国民党特务部门就在南方局驻地周围增加了人员，进一步加强了监视。面对这种情况，叶剑英坚定地对大家说：“我们共产党人天不怕，地不怕，要沉着应付，处于虎口，稳如泰山。”
1940年5月，朱德经洛阳准备来重庆，曾作《出太行》七绝一首，叶剑英诗以和之：“将军莫唱大刀头，沦陷山河寸寸收。勒马太行烟雾外，伊谁与我赋同仇。”①表现了同仇敌忾，寸土必争，抗战到底的坚强意志。朱德读后，亲笔录下，倍加赞赏。
这一年，叶剑英在重庆读到地下党辗转传来的方志敏烈士狱中手稿，他异常激动，立即建议《新华日报》刊登《可爱的中国》，并向在场的同志讲述方志敏烈士的斗争业绩，然后挥笔写下《看方志敏同志手书有感》：“血染东南半壁红，忍将奇迹作奇功。文山去后南朝月，又照秦淮一叶枫。”②后又将这首诗题写在方志敏同志遗照上。周恩来非常喜欢这首诗。在一次南方局和八路军办事处工作人员大会上，周恩来对大家进行革命英雄主义和革命气节教育。他讲了方志敏、陈铁军、周文雍在刑场上的故事，特意背诵了叶剑英这首诗，号召大家向烈士学习。在场的同志深受感动和教育，纷纷向叶剑英索诗，竞相传抄。郭沫若读后，特次叶韵和诗一首：“千秋青史永留住，百代难忘正学功。纵使血痕终化碧，弋阳依旧万株枫。”
根据斗争形势的发展和需要，叶剑英在重庆期间，先后多次陪同周恩来、董必武等与国内外友好人士会晤。出席各种讲演会、纪念会，发表抗战救国言论，同时为报刊撰写了许多文章，谈形势，论战略，宣传共产党和毛泽东的全面抗战路线，介绍敌后游击战和全国军民抗战的战绩、经验，驳斥某些诬蔑中华民族抗战的谬论，产生了广泛的影响。《新华日报》社应广大读者的要求，于1940年3月将他公开发表的部分文章汇编成《叶剑英抗战言论集》，予以正式出版。全书分为“论战局”、“论抗战中的几个主要问题”、“论战略”、“论敌后抗战”、“八路军抗战的经验”、“纪念和悼文”及“其他”等7部分，共31篇， 13万多字。该书由各埠大书店经售，成为当时发行量很大、深受读者欢迎的一部书。书的后面附有一名记者写的《叶剑英将军访问记》，称叶是全国“著名的抗日健将”，“具备着我们理想中的一个青年革命将领应有的农民般的诚朴，书生般的冷静和英雄般的勇敢。”
①国民党统治区的《新闻天地》发表一篇署名文章，对叶剑英和他的文章这样评价道：“叶剑英是广东人，他在军事上有极高的素养，抗战初期他发表的‘敌人跳我们笑’一文，不仅阐释了游击战略，抑且才华洋溢，脍炙一时。”
著名新闻记者赵浩生回忆他在一次舞会上，与叶剑英一起谈论朗诵英国诗人雪莱的作品时写道：“我的舞伴（读英国文学的女大学生）并不知道他①②《叶剑英诗词选集》，人民文学出版社1991年9月版，第23、37页。
①原文见《云南日报》，1939年9月2日。
是谁，当我告诉她这位熟记雪莱作品的人就是叶剑英将军时，她吃惊之余，对她所受的十几年的反共教育都发生了疑惑，她没有想到被称为‘共匪’的将军，却是一位如此博学多才、温文儒雅的人物。”①这一年，叶剑英与南方局机要工作人员吴博结婚。
叶剑英在重庆期间，热情关怀周围的同志，与傅大庆、冯大璋夫妇，许涤新、方卓芬夫妇，曹瑛、陈维清夫妇等建立亲密友谊。至今保留着叶为他们拍摄的照片、撰写的结婚贺联。
随着形势的发展，根据中共中央“驻渝干部要尽量减少”的指示， 1941年2月1日，叶剑英奉命从重庆飞返延安。离渝时，周恩来将给毛泽东的信及南方局为中央筹措的经费交给叶剑英带回。此外，叶剑英还带有南方局直接领导下的党与非党干部及所联系的同情分子的撤退、疏散和隐蔽计划。叶剑英同赖祖烈一起，乘坐一架国民党政府派的小飞机，经汉中于2月2日到达延安。据赖祖烈回忆，叶剑英顾不得休息，立即到杨家岭见毛泽东，将周恩来给中共中央和毛泽东的信以及邓颖超送给毛泽东的照片亲手交给他，向他汇报了皖南事变前后同国民党谈判的情况。两人进行了长时间的亲切谈话。当晚，毛泽东致电周恩来：“剑英本日上午十时抵延，畅谈五小时。收到来示，欣慰之至。报纸题字亦看到，为之神往。小超同志照片收到，谢谢。”
从此，叶剑英结束了长达4年之久的在国统区的统战工作，回到了延安。
从南京、武汉、长沙、南岳、桂林到重庆，叶剑英作为驰骋于第二次国共合作战线上的“三骑士”（中外有识之士称周恩来、董必武、叶剑英为中共的“外交三骑士”）之一，作为周恩来的得力助手，以他特有的胆识和才智，同国民党进行多方面的接触和多种形式的合作与斗争，在统战工作中发挥了重大作用，建立了不朽的功绩。
①《人民日报》海外版，1986年11月5日。