1945年8月15日，日本宣布无条件投降。9月2日，日本天皇、政府及帝国大本营的代表在投降书上签字。至此，中国人民历时8年之久的抗日民族解放战争胜利结束。
抗战胜利以后，全国人民迫切希望实现和平民主，休养生息，以恢复战争创伤。8月11日，中共中央在《关于日本投降后我党任务的决定》中指出，国民党正准备抢夺抗日胜利果实，中共应准备对付内战，同时，将依据国内外形势，恢复与国民党的和平谈判，以求成立民主联合政府。而蒋介石在美国政府的支持下，玩弄反革命两面手法，一面准备发动内战，一面侈谈国内和平，电邀中共中央主席毛泽东到重庆举行和平谈判。中国共产党针锋相对地采取了革命的两手：一方面积极准备对付国民党军队的进攻，另一方面决定同蒋谈判，争取国内和平。经过43天的国共重庆谈判，于1945年10月10日签订了《政府与中共代表会谈纪要》（即“双十协定”）。
“双十协定”的重要内容之一，是尽快召开政治协商会议，停止国共两党军事冲突，各党派在一起共商国是。1945年11月，美国统治集团企图运用政治的手段，帮助蒋介石建立一个统一的、亲美的政府，以实现其“不战而控制全中国”的目的。美国派遣马歇尔以总统特使的身份，于12月15日启程来华。12月16日，担任军委副总参谋长的叶剑英作为中国共产党出席政协会议的代表之一，在周恩来率领下，从延安飞抵重庆，并与国民党代表就停止国共军事冲突问题进行谈判。12月23日，叶剑英与周恩来拜会了马歇尔。1946年1月5日，国共双方代表初步达成《关于停止国内军事冲突的协议》。1月10日，国共双方正式签订停战协定并颁发了停战令。为了贯彻实施停战令，双方决定建立一个军事调处机构，并签署了《建立军事调处执行部的协议》。按照协议规定：军事调处执行部（简称军调部）设委员三人，其中一人代表中华民国国民政府，一人代表中国共产党，一人代表美国政府。
虽然“美国参加军事调处执行部仅为协助中国委员实施停止冲突命令”，但美方代表仍被邀请充任主席。三委员各有否决权，一切事宜，均须经三人一致通过。经三委员一致同意的正式训令，以中华民国国民政府主席的名义公布。①为执行建立军调部的“协议”，中国共产党、国民党政府及美国方面都派出了自己的代表。叶剑英受中共中央派遣，出任军调部中共代表。国民党政府代表为郑介民，美国方面的代表为饶伯森（又译“罗伯逊”）。
叶剑英在重庆参加政治协商会议的同时，积极进行赴北平参加军调部工作的准备。他认真领会中共中央关于争取和平、准备对付内战的决策精神，分析国内外形势，把握谈判的方针、政策和策略。他清醒地看到：美国参加谈判的根本目的，是要摧毁中国人民的革命力量，扶持国民党政府统治全中国，以便在中国推行它的殖民政策，但在当时国际舆论和国内广大人民群众要求中国停止内战、改组国民党政府的情况下，不得不在表面上采取调停的姿态来处理中国问题。国民党政府同意停战并参加军事调处，其目的是遏制、削弱中国共产党和中国解放区军队的力量，争取时间，调兵遣将，准备全面内战。而中国共产党则要利用军调部这一合法机构，揭露国民党反动派的内①《停战谈判资料》，四川人民出版社1981年6月版，第3—4页。
战阴谋和军事进攻罪行，保护革命力量，为实现国内和平而努力。这样看来，即将开始的军事调处将是一场充满各种矛盾的极其复杂、尖锐的斗争。
叶剑英又仔细研究了谈判对手的情况。
郑介民，时任国民政府军事委员会军令部第二厅厅长兼军委会调查统计局局长。1898年出生于广东省海南岛（今海南省）文昌县， 1925年毕业于黄埔军校，随即赴苏联入莫斯科中山大学学习。回国后，历任蒋介石的侍从副官、广西省政府委员、国防部参谋本部上校参谋、少将处长。抗日战争爆发后，升任现职。
饶伯森， 1894年出生于美国弗吉尼亚，青年时期曾专攻银行学、经济学及商法。第一次世界大战中入美国航空学校受训，为驱逐机驾驶员。1922年任银行及信托公司经理、交易所长等职。1942年脱离企业界，步入政界，担任美国政府租借法案对奥执行处处长，后入国务院研究中国问题。1945年4月，随美国国务卿参加旧金山会议，与出席会议的中国代表团商讨中国问题。同年5月来华，任美国驻华大使馆经济事务参赞、代办。
这就是叶剑英即将在谈判桌上面临的对手，一个是国民党的政客兼特务头子，一个是美国政府的所谓“中国通”。
1946年1月10日，叶剑英出席了举世瞩目的政治协商会议。13日，他同郑介民、饶伯森及各自的随行人员一行15人，从重庆乘专机飞抵北平。叶剑英等住进了北京饭店。
当天，叶剑英在北京饭店会见记者，发表了简短谈话。他说：本人从未来过故都，适才于北平上空俯视一周，深感其名不虚传，堪称我国最伟大的都市。这次我等三委员北来，负责执行部工作，决心本着合作精神，采取一致行动。他着重指出，今日和平建国乃为全国一致要求，我们当立即停止冲突，恢复交通，从事建设。①①《军事调处执行部三方面委员昨飞北平》，载1946年1月14日《新华日报》。
三委员到达北平以后，立即着手建立组织机构。按照马歇尔、周恩来、张治中军事三人小组在重庆最初协商的方案，军调部三方人员的配备名额为：美方125人，国民党方面和共产党方面各170人。在组织结构上，规定三委员各带助手、随员数人，下面各设一参谋部，配若干参谋人员。执行主任由美国人白罗德担任。这一职务犹如三委员的参谋长，可直接指挥三方参谋人员。预定派出8个执行小组。但是，工作正式开展以后，由于局势的变化和任务的增加，三委员对组织问题进行了多次协商，组织机构随之不断地扩充和加强。首先确定在三委员之下各设一名参谋长：中共方面由耿飚担任（不久由罗瑞卿接任）；国民党与美方分别由蔡文治、海斯凯担任。在各自参谋长之下分设4个科：计划执行科、新闻发布科、总务科、通讯科。叶剑英为了加强中共方面的力量，利用军调部更多地开展工作，经报请中共中央批准，在机构和人员配制上又有所变化：在委员之下设一秘书长，由李克农担任，管理秘书、通讯、机要、编译、救济等组；参谋长之下设计划执行科、新闻发布科、行政科；另外，还设了几名顾问，由饶漱石、滕代远、徐冰等担任，马海德则以卫生顾问名义参加工作。①在机构组建过程中，中共方面人员由于通讯不畅，交通阻隔，要在较短时间内集中到北平，困难很大。为此，叶剑英及时请示中共中央，请中央迅速从各地抽调人员赶赴北平，并解决电台配备问题。同时，他利用美国政府提供给军调部的飞机，分别派李克农、罗瑞卿飞往延安、晋察冀等地，专程接到北平的工作人员。他还从各解放区来军调部汇报战地情况的人员中，物色合适对象留下来工作。另外，又从北平地下党选调了一批工作人员。
叶剑英对调到军调部工作的干部十分关心，逐个同他们谈话，要求他们尽快适应新的斗争形势和环境，主动、机智地进行工作。他还教给他们参加谈判斗争的艺术和方法，告诉他们，同国民党代表和美国人打交道时要注意：第一，话不要说得太多，每说一句话都要经过充分的考虑，话一说出口就不好改变；第二，三方达成协议并签字时要慎重，写在纸上的东西，用斧头砍都砍不掉；第三，要注意保密工作，防止他人钻空子；第四，要及时请示报告，以便统一步调。②1月22日，叶剑英在给冀中军区司令员孙毅的信中，曾谈到抽调人员、组建机构的情况：“我们于13日由渝飞平，已十日了。先后到此的有罗瑞卿、李聚奎、耿飚、李克农、伍云甫等五十多名同志。今天可能到的有滕代远等十多位同志（由太行飞此）。山东、华中各地同志，亦派人来此。北平城正放射着国内和平的异彩。虽然各地仍继续有一些大小的冲突，历史的总趋势是和平与民主，这是不可抗拒的力量。”
机构刚刚建立，叶剑英就紧张地投入了新的斗争。从他2月9日写给在军委总参谋部工作的戴镜元的信中，可以看出他的境遇和心绪。信中写道：“我刚到渝不久又飞平，现处在和美国人、国民党人三方合作、三角斗争中，这是新学校、新课程，做错了不少，也学得不少。”“我还好，只是把我忙①叶剑英办公室张廷栋等提供的档案资料。
②《李聚奎回忆录》，解放军出版社，1986年9月版，第237页。
瘦了许多。”
5月24日，马歇尔、周恩来、张治中三人小组电令北平军调部三方各增设一副委员，并明确副委员可全权代理委员离职时之职务。据此，美方的吉伦、国方的蔡文治、中共方面的饶漱石分别出任副委员。参加军调部三方的工作人员，亦大大超过了原来的规定数额。据不完全统计，整个军调部人数最多时达9000余人（中共方面仅600余人）。这是一个相当庞大、复杂而又特别的机构。中共方面先后参加军调部工作的主要负责人，除委员、参谋长、秘书长、顾问之外，还有：执行处长宋时轮，交通处长耿飚，整军处长陈士榘，新闻处长黄华，秘书处长冯铉，行政处长伍云甫。东北执行分部中共方面负责人为饶漱石、李立三、伍修权。还有薛子正、张经武、荣高棠、赖祖烈、黄逸峰、柯柏年、黄镇等，也先后担任过一些部门中共方面的领导职务。
军调部作为履行停战协定的机构，首要任务是实行军事调处。主要方法，是遵循1月10日中国共产党与国民党政府签订的停战令，通过三方会谈，商订出关于停战原则的协议，予以发布，国共双方共同执行、遵守。对于发生冲突的地区，则派遣由三方代表组成的执行小组或交通小组，到实地调查双方争端的真相，就地解决各种问题，制定地区性的协定，使双方部队共同遵守，保证实现停战。执行小组不能解决的问题，呈报军调部处理。军调部不能解决的问题，上报军事三人小组议决。
叶剑英与国、美代表就停战原则达成的第一项协议，是1月15日发布的第一号公告并附“和字”第一号命令。第一号公告宣告：军调部将于1月16日派美国海军陆战队的飞机往绥远、山东、河北各省的14个城市、村庄，散发1月10日的停战令。“和字”一号命令的内容为具体调处河北省永丰县境内国共军队的军事冲突。命令要求双方即刻停止冲突，各留在原地，停止敌对状态，恢复城内外交通，并允许粮食、商品出入。总的看来，三委员对这一协议达成得比较顺利。而争论激烈、斗争复杂的是军调部“和字”第二号命令、关于修订“和字”第二号命令的电报、“和字”第六号命令等协议。
军调部刚开展工作不几天，叶剑英就同国、美代表开始了关于停止国共双方军事冲突的具体原则的谈判。国、美代表的主张是，停战以后双方部队必须实行隔离，才能防止冲突再起，而隔离则以城市为基准，占城者不动，城外者撤退一日行程（60里）。叶剑英则提出，停战以后主要是恢复1月13日24时的位置，谁非法侵占则由谁退出，被侵占者回到原来位置，双方均复位，冲突自无。这个争执由美方折衷后，把两方意见都容纳进去，拟定了“和字”第二号命令，三委员于1月20日签署后予以发布。这一协议从表面上看双方互有让步，双方意见均有采纳，似是公平合理，其实对中共方面不利。
“和字”第二号命令第一条实施停战的原则这样规定：“所有冲突的双方部队，接到本执行部的停战指示以后，必须立即停火，并施行双方冲突部队的隔离，以保证冲突不再发生。”这一条中并具体规定，双方撤离冲突地点一日之路程至少为60华里。这一命令发布不久，各地小组均发生了争论，国、美方代表到处要中共军队撤退。听命于蒋军的伪军从被围的城镇出来扰乱，蒋军并越出点线故意向解放区军队挑衅，其阴谋在于迫使各地解放区军队都向后撤退60里。叶剑英很快发现了这些问题。同时，中央也来电指示，要求纠正这一规定。叶剑英立即动员中共方面人员，围绕执行“和字”第二号命令问题，开展新的斗争。1月24日，他致电陈毅、饶漱石、刘伯承、邓小平，提出：“执行部‘和字’第二号命令关于停战隔离之规定分为原则与办法两项，原则是要停战，要隔离，要恢复联合命令中所规定的时限以前的位置。隔离之办法必须按照当时当地的情况适当规定。??各地区在实施停战隔离之时，必须根据情况决定。各停战小组的中共代表，在实际执行隔离时有自己的否定权，可以坚决抵抗并将办法中实际行不通的情形电告我们，以便根据实际材料作新的规定。”1月27日，叶剑英又致电各解放区负责人，对如何执行“和字”第二号命令提出一些具体的变通办法，供各地在同国民党方面交涉时参考。与此同时，在执行部三委员会议上，叶剑英对国、美方面要求解放区军队撤退的无理要求坚决予以驳斥。他指出：（一）对包围中的伪军（如：枣庄、德州、兖州、聊城、永丰、元氏、保定等）应是解放区军队受降问题而非部队隔离问题：（二）同蒲路南段未发生冲突事件，没有实行隔离的必要；（三）大同等地阎锡山军出城挑衅，是破坏停战令行动，应予以处罚，不应令解放区军队撤退。否则赏罚不明，鼓励了挑衅的一方；（四）集宁虽暂有冲突，现已停止并且已经隔离（傅作义军已撤至旗下营）。
集宁原为解放区军队驻地，无再撤出的必要。同时，为证明“和字”第二号命令本身的缺点，并使国、美方面也感到有不利之处，叶剑英具体指出两个地区，国民党方面应当撤退：一是平绥路青龙桥地区的蒋军，应离康庄60里（如此必须撤至南口附近）；二是豫北蒋军应撤离孟县60里（如此即退到黄河以南）。国、美代表无法答辩，终于同意修正原令。2月4日，三委员发布“和字”第二号命令的修正指示，其主要内容是：拟定“和字”第二号命令之际，执行部各委员会曾商定停止冲突及撤退一日行程（60里）之办法，但凡有执行小组在场或虽无执行小组在场，而双方部队已建立联络机构之处，前述议定办法可经双方同意就地按照情况加以变更。
在“和字”第二号命令修正案发布前后，叶剑英向各执行小组中共方面代表发电指出，坚持恢复1月13日位置是实施停战的基本原则，必须切实监督执行，反对强调隔离部队而取消原来目的，对各地蒋军拒不执行者必须严肃处理。与此同时，叶剑英同饶伯森单独进行多次谈话，说明中共方面对恢复1月13日位置有最大诚意，只要蒋军肯撤出非法占领地区，解放区军队1月13日以后占领的地方均可全部退出。中共方面并拟出解决这一问题的草案事先交美方考虑。美方这时正为战斗序列问题未达成协议而焦虑，便借机提出，在此命令草案中加入战斗序列的内容，要双方指挥官召开会议，在小组监督协助之下，提出双方战斗序列，以便具体商讨1月13日位置问题。这显然是一种交换条件。时剑英权衡利弊，认为利大于弊，于是表示同意。随后经反复讨论，于3月22日签订了“和字”第六号命令。这一命令的主要内容是：为彻底停止冲突起见，政府及中共军队必须停驻于1946年1月13日下午12时整所在之位置，任何部队曾越过上述位置者，应立即退回。任何指挥官如不遵令撤退至1月13日下午12时之位置或双方同意之改正位置，将以违反停战令论罪。
自此以后，在停战问题的谈判上，中共方面便完全转入主动，国民党方面在政治上完全处于被动。
后来，叶剑英曾就“和字”第二号命令发布前后的情况回忆说：“军调部刚刚开始工作时，我们没有经验。美国人起草了个协议条文，送给三方委员，说是已经讨论过的东西，各方的意见都吸收了，要求签字。
那时黄华做我的翻译。当时我想，刚一开始就闹僵了不好。于是我采取灵活的办法，在协议上签了字。协议公布以后，很快发现问题比较大。我立即给我方各战略区部队打电报，告诉他们，在执行中要坚持有理有利的原则。我一连发了几个电报给部队。后来中央领导对这个事情也有批评。六号命令发布以后，中央领导又来电报，给予了表扬。那时，我们同美国人和国民党代表一起谈判，一开始确实缺乏经验埃”①①叶剑英谈话记录，1982年4月15日。
调处各地军事冲突，主要是通过向冲突地区派遣执行小组的方式来进行。执行小组是军调部领导下的基层组织。1946年1月15日军调部三委员经过协商，确定其任务是执行军调部的协议，对国共双方军队执行停战令和军调部协议的情况实行监督。
既然派遣执行小组是履行停战的主要手段，那么，往哪些地区派出执行小组，就成为国共双方争论的突出问题。国民党方面拼命要求向对他们有利的地区派小组，以便谋取军事上的好处。面对这种情况，叶剑英根据中共中央和周恩来的指示，同中共方面人员一起，商定了对付国民党和美国人的基本办法：在解放区军队力量薄弱的地区，要争取派遣执行小组，防止敌人进攻，在蒋军集结重兵的地区，要配置执行小组，以监视敌军的调动；在敌人可能利用的港口，应争取派小组，以防对方通过港口运兵；在敌人准备进攻的重点地区，必须派出小组，以便制止敌人的进攻和揭露他们的阴谋。
同时，叶剑英还提出，要充分利用建立军调部协议中“三委员各有否决权，一切事宜均须经三人一致通过”的规定，来对付国、美方面的勾结，遇到国、美双方联合对付我们的时候，我们即可使用否决权，使他们的阴谋无法得逞。
在半年多的会谈斗争中，军调部先后向各地派出29个执行小组，7个交通小组。这些小组，是由三方协议派遣的。尽管国民党方面有美国代表的帮助和支持，但是，由于叶剑英和中共方面人员针锋相对的斗争，结果，双方提议派遣成功的停战小组的数目大体相等。①军调部的第一个执行小组，是派往绥远（今属内蒙古）集宁地区的。停战令发布时，集宁县城在解放区军队手中。国民党方面为了抢夺战略据点，于停战令生效后的1月14日凌晨2时，向解放区军队驻守的集宁县城发动进攻，并于上午11时占领了该城。解放区军队调整部署，包围了该城，同国民党军展开了争夺战。郑介民得知这一消息，立即提议军调部派一执行小组去集宁，监督停战。叶剑英根据集宁前线发来的情报，严正指出，集宁在1月13日前，为解放区军队驻守，国民党军队进占，违犯了停战令，必须立即退出。郑介民狡辩说，1月13日24时停战令生效时，国民党军队就在集宁城内。他反诬共产党军队挑起冲突，向集宁城的国民党军队进攻。美方委员饶伯森见双方争执不休，遂以“中间人”的身份予以调解。他判定，1月13日24时国共双方军队均在集宁城内。
因此，要实现集宁的停战，双方军队均撤出集宁一日行程（60华里），划集宁为中立县城。但是，郑介民仍坚持要解放区军队单方面撤退。叶剑英则严词拒绝。事情就这样僵持着。到了1月17日，叶剑英得到解放区军队在18日前有把握夺回集宁的情报，于是，表示同意国、美方面关于派执行小组去集宁的提议。1月18日上午11时，当由国民党、美国和中共代表组成的执行小组乘飞机在集宁降落时，集宁已无战事。小组代表们看到的情景是：共产党军队驻防在这座县城，社会平静，秩序良好。小组的美方代表耸了耸肩，摊开双手，无话可说。国民党代表虽然窝着一肚子火，但也无可奈何。
郑介民对这次失败很不甘心，耿耿于怀。3月，马歇尔、周恩来、张治中三人小组视察集宁时，军调部三委员和晋绥军区司令员贺龙陪同。郑介民①访问耿飚谈话记录，1991年3月。
和张治中又提出了集宁调处的是非间题。周恩来、叶剑英当然毫不让步。后来，马歇尔只好说：“过去的事情就让它过去了，更重要的是今后的事情。”
围绕集宁调处问题的斗争，是中共代表团在叶剑英领导下坚持停战原则的一个成功范例，它对于后来中共方面处理其他地区的军事冲突问题，提供了经验。
广东东江纵队的处境，是叶剑英一开始就十分关注的一个重要问题。东江纵队在8年抗战中，积极打击日伪军，先后建立了总面积达6万余平方公里、人口约450万以上的解放区。香港沦陷后，他们救护港九同胞脱险，援助香港文化界人士，支援英美军事当局工作，受到中外人士赞扬。然而，国民党当局竟将这样一支抗日有功的人民军队诬蔑为“土匪”，在停战令颁布以后，公然以“剿匪”为名，疯狂地向东江纵队进攻。
为了制止国民党军队的进攻，叶剑英在军调部三委员会议上，多次提出，应迅速派执行小组到广东调处。国民党代表极力反对，声称广东没有中共部队，没有必要往那里派出执行小组。叶剑英则摆出事实，据理力争。后来，郑介民、饶伯森被迫同意派出广东执行小组。1月25日，该小组代表抵达广州。
执行小组到达广州的次日，广东国民党军方就发表谈话，拒绝承认中共领导的华南抗日游击队，污蔑游击队为“土匪”。对于国民党当局颠倒黑白的谎言，小组中共代表方方理直气壮地进行了驳斥。在北平军调部，叶剑英一次次地揭露广东军事当局进攻东江解放区的罪行，要求军调部立即发电制止，并令广东执行小组到现场监督停战。
在国内外进步舆论的压力下，经过军调部的督促，广州行营于2月18日“奉命同意”广东执行小组前往惠州地区“视察”。
2月25日，叶剑英致函郑介民和饶伯森，指出张发奎让广东小组赴惠州，是精心策划的骗局。因为，他们事先已派出军队进攻并占领了惠州我东江纵队驻地。他们让小组到达该地“视察”，无非是为其“东江无共军”的谎言进一步找借口。叶剑英再次呼吁广东军事当局停止对东江纵队的进攻，并允许小组对真实情况进行调查。
然而，广东军事当局一意孤行，继续阻挠调处。在此情况下，叶剑英致电在重庆的周恩来，请三人小组讨论广东调处问题。三人小组研究了叶剑英的电报，经过磋商，国民党和美国方面的代表不得不承认以曾生为司令员的东江纵队的存在，并同意将东江纵队撤离广东，由美方协助运送山东烟台。
东江纵队撤退的协议达成以后，广东小组就实现这些协议的具体内容，继续进行商谈。至4月下旬，大多数问题都已得到解决，但有两个问题在广东小组和军调部本部又进行了反复磋商，才达成协议。
其一，关于东江纵队撤退途中的安全问题。中共代表主张，为保证东江纵队由内地撤到海岸港口的安全，驻淡水的国民党部从应撤到平山，驻龙岗的部队撤至平湖或深圳。国民党代表坚持原来驻军的位置不动。在三委员会议上，郑介民说，如果驻龙岗和淡水的国民党部队撤出，到时地方民团发动进攻，他们不能负责。鉴于这种情况，叶剑英提出三点建议：由军调部三委员致电张发奎，令其保障东江纵队撤退安全及考虑走廊区问题；在东江纵队撤退途中，除派小组随行监视外，并令该地国民党部队派联络参谋随军行动；由叶剑英与郑介民分别致电张发奎，请他重新考虑东江纵队撤出的安全。郑介民对此表示没有意见。饶伯森见此情景，开玩笑说：我非常同意这个办法。
两位委员都是广东人，我想一定能得到一致协议。
其二，关于东江纵队撤退费用借款问题。中共代表计算需要法币①9.8亿元，国民党代表提出为2.73亿元，因数目相差较大，无法取得协议。在三委员会上，美方代表提出一个3.326亿元的折衷方案，征求双方代表意见。双方代表对此仍存在分歧。后经军事三人小组商定，由广东当局垫忖粮款3.7亿余元。与此同时，叶剑英经请示中共中央同意，在军调部又设法筹集了一部分经费，派人送给东江纵队。此后，东江纵队按指定地点集中，除复员1700名战士外，留下2500人，由曾生司令员率领，于6月29日开赴大鹏湾。傍晚，北撤部队登上军调部派来的美军的五八五号、五八九号、一○二六号三艘军舰， 30日8时启航，7月5日，安全抵达山东解放区烟台市。至此，叶剑英心中的一块石头才落了地。
中原地区的军事冲突，是叶剑英通过军调部迫切需要解决的又一突出问题。停战令公布后，中原军区部队为执行停战协议，从桐柏山区转移到了鄂豫交界的罗山、光山等地区。然而，国民党方面一再违反停战协议，先后调集11个军26个师共30余万人的兵力，将中原军区部队重重包围，妄图予以“围歼”。
军调部建立不几天，叶剑英即将中原地区的严重局势提到了国民党和美国代表面前，要求立即派出执行小组去监督停战。而国民党代表却借故拖延。
经过叶剑英一再争取，国民党和美国代表才同意组成由中共代表薛子正、国民党代表邓为仁和美方代表福特组成的汉口第九执行小组。1946年1月下旬，小组奔赴河南罗山、应山视察，并会同当地国共双方驻军代表——中共代表王震、国民党代表宋瑞珂，签定了《罗山协定》与《应山协议》。两个协议中规定，双方部队在国共问题未解决之前，均停驻于现地，不得向对方进攻。可是，国民党军队不仅不执行协议规定的停战条款，还变本加厉地向中原军区部队发动进攻，占领解放区村镇1000余处。他们还派遣特务到中原军区部队驻地造谣，放毒，暗杀，并实行经济封锁，妄图“困死饿毙”解放区军民。
对于中原军区部队的困境，叶剑英忧心如焚。2月中旬，他就如何解决中原军区部队的粮食供应问题，向军调部提出两项紧急措施：第一，准许中原军区部队主力根据联合命令第二条规定，移驻于平汉路西产粮区，以便就地解决粮食困难；第二，如上述措施难以实现，中原军区部队则转移到皖东、苏北地区，靠近新四军军部，以便于将来进行整编。国民党和美国方面的代表对此却不同意。3月初，叶剑英随军事三人小组到武汉视察，又提出中原军区部队易地就食的问题，国民党政府代表仍表示拒绝。
中原军区部队和中原局总共有近8万人，每月需要补助给养经费法币3亿元左右。为了解决这一难题，叶剑英在极其困难的境况下，利用他在军调部的合法地位和身份，采取许多措施筹集经费，然后设法送到中原军区，帮助他们渡过难关。
为了更有效地制止国民党军队对中原军区部队的进攻，叶剑英在军调部经过反复斗争，并经过周恩来在三人小组的努力，迫使国民党、美国方面的代表同意，于5月10日签定了《关于停止中原内战的汉口协议》。此后，国① 1935年11月4日国民党政府实行法币政策，规定以中央银行、中国银行、交通银行（后增加中国农民银行）发行的钞票为法币，禁止银元在市面流通。同时规定法币汇价为一元等于英镑一先令二便士半。至1946年，法币已急剧贬值。1948年8月19日，国民党政府发行金圆券以代替已崩溃的法币。
民党军队的进攻行动暂时有所收敛。
在紧张激烈地进行停止军事冲突问题谈判的同时，叶剑英还同国民党和美国方面的代表，进行了关于恢复交通问题的谈判。
早在1945年8月至10月国共两党在重庆谈判时，恢复交通就是一个争论很大的问题。中共代表提出：恢复交通必须以全面停止内战为前提，必须停止国民党部队对解放区的进攻和侵占。国民党代表不同意中共方面意见，并以“遣返日俘”和“恢复经济建设”为名，要求解放区军队让出铁路线。
由于双方立尝主张尖锐对立，虽经多次会谈，均未达成协议。随着停战令的颁发，恢复交通的问题随即提上了军事调处的重要日程。
在军调部三委员讨论如何恢复交通的会议上，叶剑英提出，恢复交通与停战问题既有联系又有区别。在双方冲突地区，只有先停战，交通才有恢复的可能。而且，恢复交通还有比较复杂的技术问题和物资准备问题，以及铁路、公路、水路的恢复修整等一系列问题，都需要认真考虑。他建议先作调查，制定一项计划，然后由三委员讨论决定。他还主张把对日军的缴械与遣返，铁路警戒与路线管理等问题，同恢复交通放在一起讨论。
此时，蒋介石正积极调兵遣将，部署全面内战，急需靠铁路运兵。郑介民根据蒋介石的旨意，极力主张先讨论恢复铁路交通，其他问题暂时放后。
美方代表虽说法不同，但实际上与国民党代表唱的是一个调子。后来，三委员同意授权三方的参谋长拟定一项恢复交通的基本方案。争论了两个星期，迟迟未能达成协议。
为进一步阐明中共方面的原则立场，叶剑英于1月28日下午，邀请美方委员饶伯森和执行主任白劳德进行私人谈话，就如何改革交通机构，实现民主管理问题，提出三点建议：交通部门在组织上可采用过渡时期的办法，设立交通委员会，在军调部领导之下，处理一切交通问题；各级交通机构，应实行民主管理，应有中共代表参加；鉴于遣送日本俘虏与恢复交通有关联，应把受降与遣俘问题包括在交通委员会的工作范围之内。
饶伯森对叶剑英的三点建议表面上不置可否，但行动上继续寻找借口支持国民党代表提出的“先恢复铁路交通，其他问题暂时放后”的主张，会谈没有结果。后来，经重庆军事三人小组会谈，达成一项关于恢复交通的协议，作为“和字”第四号命令下达双方部队执行。2月14日，军调部三委员据此就修复铁路的程序问题举行会谈，确定在华北、华中8条铁路线上，设立7个交通小组。在交通小组出发前，叶剑英、罗瑞卿于2月18日对中共方面执行“和字”第四号命令应注意哪些问题，提出八项措施，报告中共中央。中央立即全文批转给各战略区执行。这个电报，对已经达成的协议应当怎样贯彻，对未答成协议部分应当如何对待，以及执行协议后可能出现的问题，需要采取什么对策等问题，都作出明确规定，为交通小组中共代表指明了斗争的方向。
经过一系列磋商，7个交通小组根据本地区实际情况，先后签定了一些地区性的临时协定。按照协议规定，解放区军民积极开展铁路修复工作。他们在技术、器材极端困难的情况下，动员一切人力，不分昼夜，不避风雪，抢修铁路、桥梁，主动平毁在解放区交通线上的堡垒、壕沟和工事。在短短的20多天内，津浦、胶济、陇海、平绥等铁路的干线和支线，就有851公里通车，其余也在修复中。
但是，国民党军队却拒不执行“和字”第四号命令。他们在津浦、平汉、平绥、胶济等沿线不仅不平毁工事，反而大修特修新的堡垒工事。他们还违令调动51个军、129个师，共131万多人，并不断向解放区发动进攻。对此，叶剑英进行了全面揭露，多次提出抗议。
在执行“和字”第四号命令的过程中，国民党代表还就解放区的铁路和邮政管理问题无理纠缠，妄图由国民党政府交通部委任人员管理解放区的铁路，并企图以考试为名剥夺解放区邮电人员的资格。叶剑英同他们进行了面对面的说理斗争。
经过时剑英和军调部中共方面人员不屈不挠的斗争，国民党政府和美方代表被迫同意：在2月15日前（军调部第十一号公报发出时间），中共方面在铁路、邮政所委派的人员继续留任，以后委派需经再度讨论。这样，挫败了国民党妄图插手解放区铁路和邮政管理的企图。
1946年6月26日，蒋介石悍然撕毁国共两党之间的停战协议，以30万大军向中原军区部队发动进攻。以此为起点，相继在晋南、苏北、鲁西南、胶东、冀东、绥东、察南、热河、辽南等地，向解放区展开大规模进攻，发动了全面内战。在此危急形势下，中原军区部队顽强反击，分几路主动向预定地区进行战略转移，经过多次激战，于7月底以前分别到达华中解放区和陕西南部、湖北西北部地区，建立了陕南、鄂西游击根据地。
国民党发动全面内战后，随着战火的蔓延，军调部的斗争更趋激烈。1946年7月29日，在位于河北省香河县平津公路线上的安平镇，发生了一起美蒋军队联合进攻中共军队的严重事件。
本来，驻天津和塘沽一带的美国海军陆战队是以“帮助”中国遣返日俘为名来华的。他们为了顺利在平津之间通行，多次向军调部中共委员叶剑英请求，准予他们通过解放区军队驻守的香河县路段。叶剑英经请示中共中央批准，给他们发了护照，并且规定美军通过这段公路时，必须插上美国国旗作为标志，以免发生误会。
然而，美国海军陆战队不守信义，屡次向解放区军队挑衅。为此，叶剑英曾多次以备忘录形式，向美方委员饶伯森提出抗议。
7月29日这一天，美军联合国民党部队向安平镇发动了进攻，解放军被迫自卫。战斗持续4个多小时后，国、美方面派出增援部队，并以美机多架助战，解放军被迫撤出安平。国、美军队遂占领该镇。
“安平事件”迅速引起了中外舆论和各方人士的关注。
在军调部，国、美代表不顾事实，首先向叶剑英递交了所谓“抗议”备忘录，称美军在安平遭到解放军“预谋”的伏击，伤亡15人。叶剑英则根据晋察冀军区副司令员萧克从承德的来电，就美军联合国民党军向冀东解放区发动进攻一事，分别向饶伯森和郑介民提出抗议。
军调部三委员就三方递交的备忘录举行会谈，最后确定成立第25特别小组进行调查。其任务是调查谁先发动进攻，以及冲突部队的番号及其主使者。
小组代表出发之前，叶剑英主持召开了中共代表团党组会议，研究斗争策略。他在会上指出，“安平事件”同以往冲突事件的性质不同。它表明美军参加了中国的内战，侵犯了中国主权。小组会谈开始，应反对美方继续担任主席；小组的一切活动，应先确定调查程序，谁不按程序办事，谁就要负破坏调查工作的责任。
第25小组的活动一开始，就围绕着调查程序和小组主席问题争论不休。
由于国、美代表对这些问题持不公平态度，致使小组先后举行11次会议，均未得到任何结果。
为了打开小组会谈出现的僵局，三委员多次举行会议。叶剑英在会上一再提出，应按照三方对等的原则，首先解决调查程序和小组主席问题。经过反复协商，三委员终于在8月14日达成八条协议草案。然后，叶剑英与饶伯森又飞赴南京。周恩来、叶剑英与马歇尔、饶伯森在南京再次进行协商。最后，由周恩来和马歇尔批准了第25特别小组调查程序和主席由三方轮流担任的协议。
根据调查程序的规定，特别小组到安平镇察看了事件现场，听取了美方三个“证人”的报告，访问了香河县中共方面的5位证人，最后还访问了晋察冀军区司令员聂荣臻和驻华美国海军陆战队司令骆基。经过反复调查，事件经过终于搞清楚。就在小组准备向三委员写出调查报告之际，美方代表忽又节外生枝，提出有两个新“证人”，要求小组询问取证。
叶剑英接到小组中共代表的报告后，同意再作一次让步，并提出除询问他们的新“证人”外，还要询问参加作战的国民党军队有关官兵。但是国民党方面的代表表示反对。小组谈判再度陷入僵局。后来，马歇尔竟令小组的美方代表单独询问所谓的新“证人”，并说必要时可单独发表公告。
由于国、美方面代表的破坏、阻挠整个调查工作时断时续，一个多月后，终于无法再继续下去。中共方面不得不于9月9日，举行中外记者招待会，单独公布事件的真相，叶剑英向记者发表了《关于安平事件调查结果的声明》，中共方面参加小组的代表黄逸峰公布了《军调部第二十五特别小组中共代表关于安平事件调查报告书》。叶剑英明确强调，安平镇发生的事件，是美国海军陆战队在冀东若干地区，不断配合国民党军队向解放区进攻的必然结果。他向美方提出四点强烈要求：（一）美军应向我方正式道歉，并保证不再发生类似事件；（二）立即把安平镇交还我方；（三）驻华美军应全部撤出中国；（四）美国政府必须停止对国民党政府和军队的援助，以维护中美人民之间的传统友谊。
叶剑英的声明和中共方面关于“安平事件”调查报告的公布，澄清了事实真相，粉碎了国民党企图借此类事件将美军拉入中国内战漩涡的阴谋。在这种情况下，美方不得不考虑直接卷入中国内战的后果。9月中旬，马歇尔被迫下令，撤走驻秦皇岛至塘沽之间的美国海军陆战队。这是解放区军民在中共的“针锋相对”方针指导下进行斗争的结果，也是叶剑英在军调部谈判桌上进行斗争取得的又一重要成果。
叶剑英在军调部领导中共方面人员，还就全国其他地区军事冲突的调处问题，同国民党和美国方面代表进行了反复的谈判和斗争。其中主要有：东北地区，华北的河北、山西、绥远等省的部分地区，中原的新乡、安阳等地、华东的山东、江苏省的部分地区，等等。通过斗争，在一段时间内阻止了国民党军队的进攻，赢得了应付国民党发动全面内战的时间，捍卫了革命利益。