1966年，中国开始进入史无前例的“文化大革命”时期。
这一年，5月中共中央政治局扩大会议和8月八届十一中全会相继通过了《五一六通知》和《关于无产阶级文化大革命的决定》，对所谓“彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆反党集团”和所谓“刘少奇、邓小平司令部”进行了错误的斗争，对党中央领导机构进行了错误的改组，成立了所谓“中央文革小组”，并让它掌握了中央的很大一部分权力。林彪、江青、康生、陈伯达、张春桥等乘机煽动“打倒一切，全面内战”，全国陷入了混乱局面。
“文化大革命”开始，身为中央书记处书记和军委副主席兼任军委秘书长的叶剑英，负责主持军委日常工作。他重任在肩，异常繁忙，心情一直处于紧张和矛盾之中。他虽然从一开始就感到运动来得迅猛，处于“不理解”的状态，但出于对毛泽东的长期信赖和深厚情感，还是力图跟上毛泽东对运动的部署。他根据毛泽东的指示，曾一度负责首都工作小组，保卫北京市的安全。然而随着运动的深入，越来越乱，问题暴露的越来越多，他觉察到运动的矛头所向不对，开始为国家与军队的命运和前途担忧，对运动中出现的一些错误逐步进行抵制和斗争。①斗争集中围绕着“要不要党的领导和要不要稳定军队”问题展开。
林彪、江青一伙从“文化大革命”一开始就企图否定党的领导，制造天下大乱，同时搞乱军队。他们指使军内外“造反派”冲击军事机关和围攻军队领导干部，妄图从乱中夺权，改变人民军队的性质，使之成为他们随心所欲的篡党夺权的工具。
叶剑英和军委几位领导人始终坚定地认为：“天下不能乱，长城不能毁”，人民解放军这支几十年来在党绝对领导下的革命军队，无产阶级专政的坚强柱石，无论天下怎样乱，一定要稳住阵脚。只要军队不乱，天下就保得祝②因此，叶剑英要求军队必须保持高度戒备，听从统一指挥，并同徐向前、聂荣臻、陈毅、贺龙等几位元帅和总政治部主任萧华、副主任刘志坚等多次研究，制定了一系列稳定军队的规定和措施。据查阅中共中央、中央军委有关文件和会议记录，以及访问刘志坚、李曼村等回忆，主要的有：（一）5月25日，向全军发出《关于执行中央5月16日通知的通知》。通知明确规定，全军各级党委对运动“加强领导”，“在连队和一般机关干部中，着重进行正面教育”。并且规定要“点名批判”的人，由各大单位常委批准。（二）6月14日，向全国县团级以上单位发出《关于部队开展文化大革命运动几项措施的请示报告》，明确规定在连队和师以下战斗部队中着重进行正面教育。
军队一律不准上街游行，一般不参加地方的批判大会。而且把军内“文化大革命”限制在宣传、文化等少数部门。决定在总政设立全军文化革命小组和文化革命办公室。同一天，叶剑英向毛泽东、周恩来作了《关于建立军委常务会议问题的请示》。经批准后，凡涉及军队的重大问题，由军委召开常务会议讨论决定，以加强军委的集体领导。（三）6月21日，叶剑英批准下发关于军队“文化大革命”的六条指示。指示要求对各院校的情况进行具体分析，区别对待，并决定“整风彻底”的院校不开展“四大”，即不搞大鸣、①访问韩双亭、史进前、吴德谈话记录，1985—1994年。
②叶剑英谈话记录，1982年11月11日。
大放、大辩论、大字报。（四）7月8日，叶剑英在《部队文化革命动态》上以总政治部名义加上一个批语：军队“文化大革命”只限制在23所高等技术学校中进行。（五）8月16日， 23日，叶剑英主持军委常委会继续强调军队与地方不同，军队运动一定要在各级党委领导下进行，不能乱，不能随便揪斗、处分干部。“罢官”问题要等运动后期处理。不能不经过批准查阅军委和总部机关档案，要严格控制。（六）9月3日，经叶剑英批准，总政治部发出不准军队院校师生来京串连的三条指示。（七）9月23日；叶剑英主持军委常委会讨论通过《关于干部战士亲属被斗被抄情况及处理意见》，在会上提出，各大军区目前工作重点应即转向抓好部队工作，保证部队正常秩序。由于及时采取了这些措施，在“文化大革命”初期，军队开展“四大”仍由各级党委领导，在党委领导下设立文化革命小组及其办事机构具体掌管，并限定“四大”只在宣传，文化、院校科研等少数部门和单位开展，从而使军队基本上保持了稳定的局面。
在此期间，叶剑英还派出联络小组出席海、空军党委扩大会议，交代联络员“只带耳朵，不带嘴巴”，进行大量调查。当发现林彪暗中指使李作鹏等人搞派性，制造混乱，妄图夺取海军领导权时，叶剑英即报告刘少奇、邓小平，在中央、军委常务联席会议上，对海军问题作了专题研究。他根据总书记邓小平的指示，亲自到海军党委扩大会议上讲话，明确指出：一、萧劲光等是好同志，有错误可以检讨！二、军队不能罢官夺权，会议本身作决议撤换领导是错误的；三、按党的民主集中制办事，不准搞地下活动，强调分清是非，搞好团结，批评了某些人“抢班夺权”的错误。对空军也是如此，他亲自打电话给空军司令部参谋长何廷一，告他“不要卷进去”，站稳立常由于采取了相应措施，从而有效地抵制了林彪一伙夺取海、空军领导权的阴谋活动。①但是，林彪、江青一伙出于乱军夺权的卑鄙目的，对叶剑英等抵制“文化大革命”、稳定军队的做法怀恨在心，多次密谋要槁乱军队。在钓鱼台中央文革小组的一次碰头会上，陈伯达叫嚷：军队已经跌到了修正主义的边缘！
江青质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动？对军队那些“走资派”为什么不揪？我看就是有人压着。她说的“有人”，首先指的就是叶剑英。他们经过精心策划， 10月1日在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织“红色造反纵队”的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。林彪下令要全军文化革命小组立即发一个紧急指示，让军队院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞。于是， 10月5日发布了《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》：“根据林彪向志的建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消”，明令取消军委、总政关于“军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导”的规定，以及不在军种、兵种院校范围外的地方院校串连等其他许多规定。要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。同一天，中共中央向全国转发了这一文件，并要求全国大中学校坚决贯彻执行。这个“紧急指示”发布后，军队院校和某些机关中的一些“造反派”到处“踢开党委闹革命”，乱冲乱①访问问廷一、胡友之、朱军、莫阳、李文芳等谈话记录，1986—1993年。
闯。军队受到了很大冲击，战备训练受到了影响。叶剑英目睹“造反派”自毁长城的破坏活动，又无力制止，甚为焦虑。他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。随后，即以总政治部名义，起草了《关于各总部、国防科委、军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知》，要求“我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。各总部、国防科委、各军种的主要领导同志，在完成上述任务中担负着重要的责任。必须保证他们对部队实施经常的指挥，不能中断。未经军委许可，他们不能离开指挥岗位”。“对于机关的办公室、通信设施、保密设备要妥为保护，以免影响他们对部队的指挥和日常工作的进行。”这个通知，林彪看后转送给“中央文革”，被陈伯达以“借战备压革命”的罪名加以扣压。为了控制由于林彪下令炮制的《紧急指示》所造成的日益混乱的局面，刘志坚根据叶剑英的指示精神，曾先后起草过5份电报，但都被陈伯达扣压了。
紧接着，在北京召开的10月中央工作会议上，双方又展开了针锋相对的斗争。在这次会上，陈伯达作了题为《无产阶级文化大革命中的两条路线斗争》的报告，点名攻击刘少奇和邓小平，大肆批判所谓“资产阶级反动路线”。
林彪亲自出面讲话，抛出了所谓“群众运动天然合理”的谬论，说：“一个是群众路线，一个是反群众路线，这就是我们党内两条路线的尖锐的对立。”
并把斗争矛头对准刘少奇、邓小平，说刘、邓搞了另外一条路线，对抗毛主席的路线。
针对林彪、陈伯达的谬论，叶剑英在会议期间作了多次发言，反复提出这样的问题：军队怎么搞？农村搞不搞？小学如何搞？哪些可以办，哪些一时不好办？请大家考虑。他在发言中极力坚持军队师以下单位不搞“四大”，进行正面教育；要抓组织纪律，抓思想，抓政策；主张对干部的缺点错误，要靠后期自己整风纠正，总结经验教训。他坚决反对“造反派”随便揪人和抄家。他强调指出，不论是社会上抄家，还是对机关干部抄家，都要提到政策上考虑。①林彪、陈伯达无视叶剑英的正确意见，他们利用手中的权力，向全国大量印发他们的“报告”和“讲话”，流毒甚广。自从他们提出了批判所谓“资产阶级反动路线”之后，林彪、江青一伙的追随者们到处煽风点火，迅速在全国各地掀起批判的浪潮，军队的形势急转直下，院校师生“造反派”纷纷外出串连，参与造反活动。总部和各军区机关不断被冲击，许多负责干部被揪斗。到11月，进入北京的军队院校师生已达10万人。林彪、江青一伙唆使一些不明真相的人带头冲击国防部，冲击中共中央和国务院所在地中南海。局势一发不可收拾。
叶剑英感到，事态的发展越来越严重，如果听任年轻学生盲目的行动，可能酿成更大祸害，使军事首脑机关完全陷入瘫痪状态。他同军委、总政的领导人紧急磋商，决定动员军队院校师生员工离京回校复课闹革命。经报毛泽东批准， 11月13日，总政治部在北京工人体育场召开军队院校和文体单位来京人员大会（即第一次“10万人大会”），周恩来、陶铸、贺龙、徐向前、陈毅、叶剑英、萧华、杨成武以及各总部负责人同时出席。大会由总政主任萧华主持。几位军委副主席作了重要讲话，强调稳定军队，军队不能乱，对“文化大革命”中出现的许多非正常现象和错误作法提出了严肃批评，动员大家离京返校。
叶剑英在讲话中，首先“检讨”去年院校整风问题，然后谈到军队院校在“文化大革命”中的任务和政策。他说，同志们要掌握党的政策，使运动沿着正确的方向发展，我们不仅同情，还支持。但是真理是有限度的，列宁说过，真理跨过一步就成了谬误，越过了一定的量就会发生质变。叶剑英批评一些单位揪斗领导干部，外出串连，搞打砸抢，败坏军队的名声等错误行为。他说，我们是睁着一个眼睛，闭着一个眼睛。闭着一个眼睛放手，睁着一个眼睛看情况。
叶剑英引证毛泽东的话说，鲁迅的《阿Q正传》中有个人，是不准别人改正错误、不准人家革命。要允许人家犯错误，允许人家改正错误，允许人①叶剑英在中央工作会议上的发言，1966年10月9日。
家革命。毛主席说，过去旧戏是《三娘教子》，文化大革命是“子教三娘”。
我们要向青年学习。但是我们奉劝青年同志们，不要把毛主席著作当圣经念。
不要再犯教条主义错误。
叶剑英劝大家要有阶级感情。他对有些“造反派”不顾老干部心脏病发作，不管人家死活，硬要把人家抓去批斗的做法，表示十分愤慨！他批评这些人没有无产阶级的感情，不是无产阶级的军人！要大家警惕少数别有用心的人，不要受坏分子利用。??正当叶剑英讲话时，解放军兽医大学“红色造反团”的一名“战士”（学员）递条子给会议主持人萧华，责问这个大会“林副主席批准没有？”、“你们四位副主席的讲话是不是林副主席批准的？”叶剑英在主席台上当众宣读了这张条子，气愤地问大家：“同志们，他怀疑我们大会是偷偷开的，同学们相信不相信我们？”台下回答：“相信军委。”叶剑英接着说，“我代表军委的全体同志感谢同志们信任我们，请同志们信任我们。”他告诉大家，四个人的讲话是军委集体讨论过的。他重复说，现在文化大革命是“子教三娘”，儿子教育老子，教育爷爷。但他希望递条子的那个学员也要接受教育帮助。①这次大会，在全国范围内，尤其在北京引起巨大反响，陈毅、叶剑英等元帅的讲话迅速传播四方。受迫害的老干部和一切正直的人们，无不表示赞同，而林彪、江青一伙及其追随者们则认为陈、叶的讲话违背了“十六条”和“紧急指示”，是“镇压群众”，“资产阶级反动路线的猖狂反攻”。有几个院校成立“批资筹备处”，准备批斗几个元帅。“陈、叶讲话必须批判”的大标语出现在街头。
11月29日，在工人体育场再次召开了军队院校师生大会（即第二次“10万人大会”）。据曾经参加这两次大会的杨德中、曹清、董守福等回忆，这次大会比上次大会气氛更为紧张。“造反派”在林彪、江青一伙指使下，决定利用这次大会，进行“反击”。他们在会场贴满了大字标语，声言陈、叶上次讲话有“严重错误”，必须“彻底批判”。周恩来得知这一情况后，对大会非常关心，亲到会场看望大家，绕场一周随即离去。陈毅第一个讲话。
他在讲话中，满腔热忱地鼓励和教育青年军人，要他们学会正确对待路线斗争，“应该弄清思想，团结同志，共同对敌”。在陈毅讲话之后，叶剑英再次作长篇发言。他首先念了几张台下递来的条子，回答了所提的问题。对有人提出要为上次递条子的学生恢复名誉问题，叶剑英耐心地讲明道理，明确表示了否定的态度。接着，叶剑英着重阐述了毛泽东对青年一代的亲切关怀和殷切希望，以及军队院校培养学生的重要意义。他肯定绝大多数师生是革命的，是好的，同时对少数人不守纪律，“住大房子”、“坐小汽车”，讲排尝摆阔气等破坏解放军优良传统等不良倾向提出了严厉批评。他说，一小撮人煽动一部分群众到毛主席办公的地方猛冲、猛打，这行吗？这些人如果不改，就是废品，将来不能用的。有人说我又挑动群众斗群众，不是！我不敢挑动群众斗群众。这样的人不是群众，是废品，要洗刷！有人冲我们的国防部是个大错误，严格讲是反革命！最后，他苦口婆心地劝说同学们回校闹革命，搞好本单位的斗、批、改。①也就在这次大会的同一天，叶剑英针对①叶剑英在接见军队院校革命师生大会上的讲话，1966年11月13日。
①叶剑英在接见军队院校革命师生大会上的讲话，1966年11月29日。
一些“造反派”提出怀疑中共中央某些领导人的问题，明确指示军事博物馆要保留刘少奇和邓小平在各个革命历史时期的照片。
叶剑英和军委其他领导人两次参加“10万人大会”并发表讲话，是对“文化大革命”的第一次公开对抗，也是对解放军院校师生进行的一次深刻教育。
叶剑英和其他几位元帅理直气壮的讲话，使党内外的广大干部和群众受到了鼓舞，也促使一些狂热的青年学生听到了不同的声音，开始重新思考问题。
有相当一部分院校师生接受了劝说，离京返校，甚至宣布退出“造反”队伍，这对林彪、江青一伙是一次“反冲击”，正因为这样，他们掀起了疯狂的反扑狂潮，诬蔑叶剑英是挑动群众斗群众的“罪魁祸首”，是“军内资反路线的代表”，为刘少奇、邓小平“树碑立传”等等，挑拨不明真相的学生和群众对叶剑英进行“火烧”、“炮轰”。江青和康生等秘密策划，煽动“造反派”再开一个“10万人大会”，批斗叶剑英和陈毅。
叶剑英无所畏惧，泰然处之。他稳坐在自己的西山住所，面对满墙遍地“大字报”的包围和“造反派”指责他“老机”、“老右”的一片叫嚣声浪，始终保持着冷静的头脑，继续坚持不屈不挠的斗争。他说：“大字报尽管贴，该讲的我还是要讲。”他排除一切纠缠和干扰，埋头攻读马列经典著作，希望从“老祖宗”那里得到新的启示。针对当时社会上无政府主义思潮泛滥，他特意从书架上取下列宁的《共产主义运动中的“左派”幼稚卜重新研读，并要秘书帮助摘编有关论述，“温故知新”。他联想俄国当年的情形，越来越感到当前这场运动确像列宁说的那样：“否认党性、否认党的纪律”，“无政府主义往往是对工人运动中机会主义罪过的一种惩罚”，“无产阶级政党的内部需要实行极严格的集中制和极严格的纪律，才能抵制这种恶劣影响??。”他从马列著作中吸取了力量，增加了斗争的勇气和智慧。陈毅元帅来到西山叶剑英住处，看到他和办公室人员认真研读列宁《共产主义运动中的“左派”幼稚卜的情景，连声叫好，表示了极大的兴趣和钦佩。①12月8日，叶剑英冒着挨批斗的风险，照常出席军委召开的13所军队院校师生代表座谈会。他针对有人攻击他和陈毅在“10万人大会”上的讲话，严正地提出“反批评”说：“有人不是要搞大民主吗？他们有讲话的自由，我也有讲话的自由！”他驳斥一些别有用心的人攻击军事首脑机关的流言蜚语，斩钉截铁地说：“军委、总政没有反动路线问题”，“军队自上而下不存在一条黑线，不但没有反动路线，而且始终是同错误路线作斗争的。”
这一年冬季，叶剑英和聂荣臻住在西山，常和陈毅、刘志坚（中央文革小组副组长，全军文革小组组长）等在山上会晤，有时徐向前、刘伯承也来。
几个人谈论形势，商议稳定军队的大计。一天，陈毅气愤地说，把老干部都打倒了，军队和国家能保住吗？叶剑英深有同感，说：“这样搞，把我们的老传统都搞乱了！”“军队无论如何不能乱”，并谈了继续稳定军队的办法。
陈毅听了，举起双手说：“我到阴曹地府也举双手赞成你！”
有一次，几位元帅在西山聚会。年高体弱、双目失明的刘伯承元帅，激动地问大家：“我的眼睛看不见，现在是什么样了？”他边说边走到其他的元帅身边，伸出双手，一个一个地从上到下抚摸着老战友。大家握着他的手，热泪盈眶，舍不得放开。陈毅沉痛地说：“现在看不见最幸福，看见了更是糟心！”
形势日趋恶化。叶剑英和几位元帅以及军委各总部的负责人遭到越来越猛烈的围攻。但叶剑英一直保持坚定乐观的情绪，天天爬山不已，锻炼体魄。
①在陈毅遭到“造反派”连日批斗、处境最困难的时刻，叶剑英特书《虞美人》词相赠：串连炮轰何时了，官罢知多少？赫赫沙场旧威风，顶住青年小将几回冲！
严关过尽艰难在，思想幡然改。全心全意一为公，共产宏图大道正朝东。
这首词深刻表达了处在逆境中的两位老战友肝胆相照、热情关注的真挚①访问张廷栋、王文理、陈效良等谈话记录，1992年5月。
①访问王冠三、王德禄谈话记录，1987—1993年。
②《叶剑英诗词选集》，人民文学出版社1983年4月版，第53页。
友谊，是对“文化大革命”的一篇檄文，也是对共产主义的一曲赞歌。正当“炮轰”风暴席卷全国之时，它却不腔而走，流传各地。陈毅读后，提笔写道：“绝妙好词，陈毅拜读”。
林彪、江青一伙对几位元帅的迫害，有增无已。他们指使“造反派”纠缠陈、叶在两次“10万人大会”上的讲话，没完没了，硬逼他们继续检查。
此事上告到毛泽东那里。毛泽东想为陈、叶开脱，说：“检讨一下，了此一案。”12月31日，年末岁尾，叶剑英根据毛泽东的指示，被迫到军队院校革命师生大会，即所谓“师生代表”会议上违心地进行“检讨”，算是“送旧迎新”。但是此事并未了结。军内造反派在“中央文革”一些野心家的策动下，成立“批判资产阶级反动路线筹备处”，确定1967年1月5日联合召开“批判资产阶级反动路线大会”，指名要陈毅、叶剑英到会检讨。开会的“通知”有两种颜色、两种写法，发给陈毅、叶剑英的是“到会接受再教育”，给其他人写的是“到会指导”。叶剑英接到通知后，向周恩来作了汇报。周恩来听后，当即质问：是谁同意他们开这个大会的？为什么不报告？果断地说，不能叫他们开这个批判大会，即使开，老帅也不能参加。然后，他亲自出面在人民大会堂连续两个晚上接见群众组织代表说：陈毅、叶剑英几位元帅都是拥护毛主席的，你们把他们作为全军资产阶级反动路线的代表，是“不符合实际的”，“明天的会，我们不赞成”！经过耐心说服，制止了这次批判大会的召开，又一次保护了陈、叶等元帅。
1967年元旦一过，从上海开始向全国各地卷起的“一月风暴”猛烈地冲击着人民解放军的机关和部队。为了配合“造反派”的夺权斗争，林彪等人抛出了“揪军内一小撮”的口号。1月4日，总政治部副主任、全军文革小组组长刘志坚被打倒。1月10日，江青授意中央文革小组成员关锋，王力等人起草了一个《关于<解放军报>宣传方针问题的建议》，进一步抛出“彻底揭穿军内一小撮走资本主义道路的当权派”的具体纲领和措施。经过林彪批准“完全同意”。于是林彪、江青一伙明目张胆地把斗争锋芒直接指向叶剑英等几位元帅和军队各级领导干部。1月11日，经毛泽东批准，中央军委发出改组全军文化革命小组的通知。由徐向前任组长，萧华、杨成武、王新亭、徐立清、关锋、谢镗忠、李曼村等任副组长（3月30日又增补谢富治），江青任小组顾问，组员有叶群、王宏坤等10人。新的全军文化革命小组由中央军委和中央文化革命小组直接领导，不再隶属于总政治部。江青、叶群等凭借自己攫取的干预军队“文化大革命”的权力，在全国煽风点火，刮起了一股反军乱军风。北京、沈阳、昆明、福州、广州、南京、兰州、成都、新疆等军区和各总部、各军兵种的许多负责人遭到揪斗，被逼得东躲西藏，奔赴异地。告急的电报、电话纷至沓来，要求叶老帅给以保护。有些无路可走的，如刘志坚、刘震、成钧、苏振华、赵永夫、王恩茂、赵尔陆、许世友、李达、杜义德、王诤等，直接找到叶剑英住地求救。躲进大别山的许世友打电话呼救，叶剑英设法把他接到北京，住进京西宾馆保护起来。后来，许亲自打鸟，设家宴，请叶剑英和西哈努克，以报答“救命之恩”。受叶剑英保护的同志中，也有过去伤害过他和整过他的人，他不计旧恶，对身边工作人员说：“革命者要学会容忍。一个人能够容忍别人所不能容忍的事，就是英雄。”
据周家鼎、张佐良等回忆，主管军委日常工作的叶剑英经过请示周恩来，开列出要保护的老干部名单，竭尽最大努力，采取紧急措施加以保护。凡来者不拒，既来之则保之。叶剑英在军事科学院内的二号楼和西山驻地，一时成了老干部的“庇护所”。床上、地板都住满了，轮番睡觉，分批开饭。这里住不下就送到京西宾馆。在极端困难的条件下，叶剑英还特意关照要做好他们的医疗保健工作，护理好每一个老同志。与此同时，他还同地方有关部门打招呼，想方设法保护钟惠澜、薛愚、柯麟、谢铁骊、华君武、袁世海、谢芳、李维康等知名人士。尽管如此，仍然不能从根本上解决问题，揪斗之风越刮越烈。
面对这种严峻的形势，中央军委从1月8日起连续召开军委碰头会，军委扩大会议。会议期间，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等继续同林彪、江青一伙进行激烈的斗争。在一次军委扩大会议上，叶剑英针对全国、全军混乱不堪的局势，气愤地说：“他们主张越乱越好，什么党、政府、军队，他们一概否定，都要推倒重来，说这是无产阶级向资产阶级夺权。我们的各级干部，他们给扣上走资派、黑帮、反动权威或其他什么罪名，企图一律加以打倒，说这才是毛主席的无产阶级革命路线。这怎么行呢？这怎么会是毛主席的思想和路线呢？”叶剑英讲到这里，有人当场高喊：“他们有野心！”
“我们要和他们辩论！”会场上对江青等人的愤怒情绪达到了顶点。但是，作为会议的主持者叶剑英，还是开导大家冷静下来，要加强团结，加强组织纪律性，搞好战备。这一期间，叶剑英在参加和主持军委的一系列会议的同时，还经常出席周恩来主持召开的中央政治局会议。在会议上，只要有机会，就同江青等进行面对面的交锋。在一次政治局会议上，叶剑英针对搞乱军队问题，再次强调指出：“地方越乱，军队越要稳。不然，敌人乘虚而入怎么办？”他列举大量事实说明，全国13个军区，有7个军区在搞运动。全军157所院校都在搞运动。到处抓反动路线的代表人物。目标就是抓各个军区、军种兵种的领导人。三个总部，总后瘫痪了，总政几乎瘫痪，总参部分瘫痪。
海军瘫痪了，空军瘫痪了。凡瘫痪了的单位，所有的办事机构、会议室、招待所全部被占领。领导人来一个抓一个。他激动地说：“现在空军指挥部只好转移到战备工事中去。如果全国空中有什么事，指挥中断了，事情谁去办！”
叶剑英据理力争，手里拿着全国军分区以上单位受冲击的统计表指给江青看，严肃地说：内忧必然引起外患，稳定军队是党和国家的根本利益！经过时剑英等力争，在周恩来支持下，1月14日，中共中央发出了《关于不得把斗争锋芒指向军队的通知》。通知强调军队担负备战和保卫国防的任务，不许任何人、任何组织冲击人民解放军的机关。这个通知对稳定军队发挥了重大作用。1月18日，叶剑英又主持制定了《关于各军区开展文化大革命步骤问题的决定》，继续强调一定要保持军队的稳定；各大军区、省军区机关运动必须分期分批进行，不要与地方同时展开；规定济南、南京、福州、武汉、广州、新疆、昆明七个军区推迟或暂停“文化大革命”。
据总参作战部王宪志等部分同志回忆，“文化大革命”开始以来，叶剑英经常听取军委总参谋部作战、情报等部门汇报，掌握部队动态，加强战备，保证部队的稳定。他还抽空视察部队，主持军委常委会听取导弹、核武器的试验，军工生产等情况的汇报，并作了大量的指示。