一九二六年七月十二日，朱德乘坐海轮，回到阔别近四年的祖国，和他同船返国的有欧阳钦、秦青川、章伯钧、房师亮等二十多人。
朱德从当时秘密设在上海的中共中央军委机关里了解到：就在他到达上海前几天，国共合作下建立起来的国民革命军已正式誓师北伐。他们在“打倒列强，除军阀”的雄壮歌声中，向湖南迅速挺进。中国共产党人直接控制的国民革命军第四军独立团，作为北伐先遣队，五月初已在团长叶挺的率领下从广东进入湖南。接着，先后攻占湖南的醴陵和浏阳。七月十一日，国民革命军进占湖南省会长沙。控制两湖的直系军阀首领吴佩孚那时正在直隶（今河北省）长辛店督师，和奉军、直鲁军一起，向原冯玉祥部西北军扼守的南口天险发动猛攻，一时无力南顾，因此，企图联合四川军阀，牵制并阻遏国民革命军继续向北推进。
位于长江上游的四川省，战略地位十分重要。四川军阀政治态度的向背，对北伐战争能否在长江流域胜利发展是一个重要的因素。因此，中共中央决定派得力干部入川，策动四川军阀易帜，并在可能的条件下建立自己的武装，配合北伐军在两湖的作战。
在上海，朱德会见了中共中央总书记陈独秀。朱德后来回忆说：“我由苏回国，到上海见陈独秀接受任务。当时陈说有两件工作：一是去四川杨森处，杨当时要和我合作，向我们要人，我们如能抓住，可以迎接北伐；另一件是去广东，准备北伐。”①朱德立刻表示：杨森曾同他在护国军中共事，他出国前杨森还许愿一定“虚席以待”，因而要求到杨森那里去。陈独秀同意朱德的请求，并要他在上海停留期间去一次南京，利用他在旧军队中的关系调查孙传芳部的兵力部署状况。
七月二十六日，朱德和秦青川按照中共中央的指示，以广东国民政府代表的名义登轮前往杨森司令部所在地——川东的万县，江轮先到汉口。那时，国民革命军已越过湘北的泪罗河，吴佩孚已下令在汉口实行戒严。朱德在汉口下了船，他看到码头、街口到处是吴佩孚的北洋军在盘查过往行人，如临大敌。朱德在汉口停留了一天，又继续乘船西上。船行到宜昌，遇到水灾，耽搁了四天。八月十一日，朱德和秦青川才抵达万县。②朱德一到万县，立刻被迎进杨森的高级招待所——王家花园，受到杨森的热情款待。
当时，四川正处在军阀割据的状态中，刘湘、刘文辉、杨森、邓锡侯等各霸一方。杨森直接指挥的军队有枪枝二万七千支左右，受他控制的军队共十多万人，盘踞在川东万县一带，拥兵自重，对时局的变化抱观望态度。他的心理状态颇为复杂：看到国民革命军北伐进展顺利，便派人向广东国民政府输诚，表示要加入国民革命军，又派人到北京找中共北方区委负责人李大钊，请调人到万县帮助他工作；他同吴佩孚又有较深的历史关系，此前不久吴佩孚刚任命他为四川省省长。朱德到达万县后第三天，奉军和直鲁军攻占南口。原在直隶长辛店督师的吴佩孚准备率师南还，抵御国民革命军北伐。
因此，杨森仍心存观望，态度并不明朗。
朱德针对杨森这种脚踩两只船、四面迎合的暧昧态度，明确提出：国民政府在目前情况下不可能提供钱和枪，但是，北伐革命是会胜利的，如果同国民革命军对抗，注定是要失败的。杨森口口声声表示赞成北伐，却又借口兵饷来源困难，不愿脱离吴佩孚。
八月二十五日，正在中共北京地委工作的陈毅受李大钊派遣随杨森的秘书长喻正衡（是陈毅的留法同学）从北京来到万县。杨森对陈毅说：“李大钊是我的知交，要我参加国民革命是可以的，但我是吴佩孚提拔起来的，不便背信弃义去反对他。”③经过杨森的介绍，朱德结识了陈毅。两人一见如故，共同商议如何设法争取杨森易帜。
就在陈毅抵达万县后不久，国民革命军在农民群众支援下，相继攻克通往武汉的要冲汀泗桥、贺胜桥，歼灭吴佩孚亲自督战指挥的主力部队，一直推进到汉口外围。
吴佩孚主力惨败的消息传到万县，使杨森如坐针毡。就在这时，另一件使他更为气恼的事情发生了。
八月二十九日，杨森部官兵在云阳提取盐款及粮税各款后准备搭乘英国太古公司的商船“万流”号回万县。他们分乘两艘木船，准备押款登轮。“乃该轮于木船接近时突开快车上驶，所载士兵、款项之木船二只登时浪沉。计损失银八万五千元，连长、排长各一员，士兵五十六名，枪枝五十六支，子弹五千五百发。”④英国轮船无视中国主权和有关规定，在江中任意加速行驶，浪沉中国船只、淹毙中国军民的事件本已屡见不鲜。杨森得知他的运饷船被浪沉一事后，又气又恼，却又无可奈何。他很清楚英国人是吴佩孚的靠山，不敢轻易得罪。可是，人员的伤亡，特别是巨额军饷的损失，又使他不甘心就此罢休。于是，就去找朱德和陈毅商量如何处理这一事件。
事件发生后，朱德已同陈毅和杜钢百（杨森的同乡，清华大学研究院毕业，和陈毅一同赴川。）进行过商议。杜钢百后来回忆道：“朱德和陈毅分析说：北洋军阀的背后，都有帝国主义的靠山，所以反帝与反封建军阀是一致的。人民痛恨帝国主义，我们就要动员群众力量，迫使杨森转向广东政府，割断他和北洋军阀的联系。”“最重要的是我们要广泛发动群众，领导群众，掀起一个像‘五卅’那样的群众反帝政治运动。”⑤三人商定：由朱德出面做杨森的工作，陈毅负责动员民众，杜钢百携朱德的亲笔信赴重庆向中共重庆地委（即后来的四川省委）书记杨闇公汇报情况。
这时，杨森亲自到王家花园找朱德商量，朱德知道杨森内心正处于矛盾状态中，便抓住他的弱点，表示只有将肇事轮船扣留，提出赔偿要求，才有可能挽回损失。
在朱德的说服下，第二天，杨森下令扣留了途经万县的肇事英轮。
九月二日，朱德在陈毅主持召开的万县各界代表的预备会议上讲话时指出，帝国主义列强无视中国人民的生命财产，在我内河肆意横行，浪沉我船只，这不是一件小事，而是关系到国家主权的大事，只有打倒封建军阀，把帝国主义赶出中国，国家才会有真正的独立，人民才有真正的自由。⑥他号召各界民众联合起来，行动起来，抗议帝国主义的罪行。连续几天，万县中学的学生一直在举行反英示威游行。各种传单贴满了大街小巷。
杨森扣留英轮后，立刻派人同英国领事卢思德交涉赔偿事宜。但是，英国领事态度蛮横，拒不答应杨森提出的条件，而且调遣军舰分别从重庆和宜昌驶往万县，企图对中国当局进行威吓，并用武力劫夺被扣留的轮船。于是，朱德和陈毅便鼓励杨森采取强硬手段，做好还击的准备。
九月五日下午，英国军舰三艘强行靠近被扣英轮，企图用武力劫夺，遭到中国守军的抵抗。在激战中，英舰长达理被击毙。在下午五时左右，英舰悍然开炮轰击万县城区。
这时，正在寓所的朱德突然听到炮声，立刻赶往杨森司令部，敦促杨森封锁江面，予以还击。
但是，英舰凭藉着火炮优势，对人口密集的万县城区连续炮轰达两个多小时，使军民死伤千余人（其中死亡六○四人），房屋千余间被击毁，财产损失更不计其数。据万县海关的外籍人员报告：“大火持续到第二夭凌晨两点左右。”⑦万县城内最繁华的南津街、陈家坝一带变为一片瓦砾，令人惨不忍睹。这就是震惊中外的万县“九五惨案”。
惨案发生的当天，朱德立刻向杨森建议：“速将惨案发生的前后经过通电全国各革命组织，并吁请北洋政府向英方提出严重抗议交涉，要求赔偿、惩凶、道歉，内伸民愤，外张公理，以重国权，而雪耻辱。”⑧促使杨森向全国发出通电陈述“九五惨案”真相。第二天，朱德又派孙壶东出面组织“万县九五惨案后援会”，一面做好死难同胞的善后工作，一面开展抗英斗争。
并且向全国发出通电，呼吁各界给予支援，对英国进行制裁，以雪国耻。
为了声援万县民众的抗英斗争，九月九日，“万县惨案四川国民雪耻会”在四川巴县成立。十八日，重庆市民六万多人愤怒集会，会后举行示威游行，当时又有十多万人举行火炬游行。接着，重庆的英美烟草公司华工宣布罢工，市民组织宣传队，四出进行宣传。十月五日，成都各界人士万余人也举行抗议集会和示威游行。四川各地纷纷成立反英组织，爆发较大规模的反英斗争。
全国各重要城市，如上海、北京、武汉、广州、天津、长沙、厦门、烟台、济南、芜湖等，相继成立各种组织，开展反英斗争。中共中央为此在《向导》周报发表告民众书，号召“民众起来，用自己的力量，使用一切方法对付这个强盗的帝国主义。”⑨万县惨案极大地激怒了中国人民，使全国掀起一场声势浩大的反对英帝国主义的群众运动。同时，也促使杨森被迫转向广东国民政府。他委派朱德赴武汉，表示愿意接受国民革命军的称号。朱德回到武汉，在一次大会上讲话时说：“此次开炮，兄弟亲与此役，英人之强横可笑，亦复可怜。他以为他的枪才可以杀人。我们川军这回也不客气，为正当防卫，还他几枪，彼此都有伤亡。不过人民无辜，为他杀得太多了。”“但是，我四万万民众为他打醒了！尽都知道帝国主义非打倒不可，总望军民一致团结起来。”⑩郭沫若也在这次大会上讲了话。
九月二十四日，国民革命军总司令部委任杨森为国民革命军第二十军军长兼川鄂边防督办，朱德为党代表。由于第二十军政治部主任陈启修还在汉口，国民革命军总政治部主任邓演达委任朱德暂代军政治部主任一职。二十八日，朱德率二十余名政治工作人员离开汉口前往万县。
朱德一回到万县，却得到杨森派兵东下援吴的消息。原来，国民革命军攻占汉口、汉阳后，武昌仍在吴军手中，北伐军久攻不下，因此杨森对吴佩孚仍抱有希望。对于杨森这种出尔反尔的态度，朱德十分气愤。他当面质问杨森，并晓以大义，杨森仍不为所动。尽管北伐军在十月十日攻克武昌，杨森的态度表面上有所转变，但仍迟迟不肯下令撤回东进鄂西的三个师，对就职一事也敷衍搪塞，对朱德说：“只要走革命的道路，迟早宣布就职没有多大问题。”(11)实际上是不置可否。
十一月上旬，进犯武汉的杨森部遭到国民革命军围歼，前敌总指挥曾子唯被俘。这才使杨森被迫派代表赴武汉“请罪”，并多次找朱德表示“悔悟”。
二十一日，杨森在宜昌通电就任国民革命军第二十军军长。同时仍致电吴佩孚，表示他对吴的“忠诚”。
这一时期，中共中央加紧了在四川的工作，先后派吴玉章、刘伯承、欧阳钦等人入川，并策反军阀部队，争取在四川打开军事斗争的新局面。11月中旬，以杨闇公为书记，朱德、刘伯承为委员的中共重庆地方委员会军事委员会在重庆成立。刘伯承后来回忆道：“当时我们的策略：对四川军阀一面拉拢使之有利北伐进军，一方面培养自己的实力。所以在战略上是‘前面抵，后面拉’的办法。利用川军矛盾，在顺庆起义以为根据地，在沪州起义——互相策应。”(12)会后，刘伯承赴沪州具体指挥工作，朱德返回万县继续进行争取杨森的工作。
杨森易帜后，在朱德的建议下，设立中国国民党第二十军党部，由朱德任主任委员（当时中国国民党四川省临时省党部常务委员是杨闇公等三人，执行委员还有朱德、刘伯承等六人，党部设在重庆，由国民党中央党部领导。）(13)，并且在万县杜家花园建立第二十军军事政治学校。由朱德带到万县的政治工作人员卢振纲、文强、熊荫寰、江亚中、滕代顺、湛杰分别担任教育长和五个大队的大队长。朱德曾到校讲话，勉励学员说：“一个军人要有崇高品德的修养，要有坚强的革命方向，要为国家为人民做一些光辉事业。”
(14)与此同时，朱德还通过政工人员加强对杨森部队的改造。朱德虽然担任二十军党代表兼代政治部主任，但生活仍然十分俭朴。“每天到杨森总部办公、汇报，都是身着布军服，手拿公文包，胸前佩着总部出入证，与一个普通的工作人员一样，徒步来去。”“他总是和蔼可亲地与人接谈，当面圆满地解决问题，使人心悦诚服的离去。”(15)这种作风在旧军队高级官员中是很少见到的，因而博得军内广大官兵的尊敬。
十二月初，沪顺起义在中共重庆地委军委领导下爆发了。一日，袁品文、陈兰亭率部在沪州起义。三日，秦汉三、杜伯乾率部在顺庆起义。五日，黄慕颜率部在合川起义。刘伯承在顺庆就任国民革命军四川各路总指挥。
革命形势的胜利发展，特别是第二十军在政治工作人员的教育指导下出现新面貌，引起了杨森的疑忌。他担心自己的部队被分化瓦解，于是，就以第二十军军事政治考察团赴武汉考察的名义，要朱德率团前往。
十二月下旬，朱德率领由杨森部八十余名中下级军官组成的军事政治考察团乘“永丰”号江轮离开万县，脱离了杨森的部队。