朱德这次回延安，正是国际国内风云险恶、抗日战争十分艰苦的时候。
当时，国际法西斯势力正十分猖撅。在欧洲，德国法西斯以闪电战击破英、法等国组成的联军，接连占领欧洲许多国家。法同贝当政府已经投降，德国已准备对英国本上实行登陆作战。在远东，日本侵略者同德国法西斯遥相呼应，扬言要迅速解决“中国事变”。他们一方面发动湖北宜昌等战役，并截断中国西南的国际交通线，对重庆的国民党政府施加更大的压力；另一方面，对敌后抗日根据地连续不断地进行“扫荡”，力图巩固它的占领区。
在如此严重的困难面前，中国抗日战争阵线中一部分人更加动摇，国民党内出现一股妥协投降的暗流。蒋介石对抗日前途感到悲观，妥协思想有所抬头。
全国人民强烈要求打击日本侵略者，摆脱抗战困境，争取时局好转。
在中国共产党内部，指导思想上仍存在着分歧。先后犯过“左”倾和右倾严重错误的王明，在六届六中全会后留在延安，并没有承认自己的错误。
就在朱德这次回延安前不久，王明又将他一九三一年所写的鼓吹“左”倾教条主义的纲领性小册子《两条路线》改名力《为中共更加布尔什维克化而斗争》，重新出版。朱德在党内和军内都有很高的威望。因此，尽管华北前线非常需要他，但中共中央还是决定朱德留在延安协助毛泽东工作。
作为中共中央军委副主席和八路军总司令，朱德留在延安自然仍协助分管军事工作。这以后，从延安发出的重要军事文电一般由军委主席毛泽东、副主席朱德和军委总政治部主任工稼祥三人署名。朱德离开前方后，八路军日常工作由彭德怀主持。但八路军总部发出的重要文电仍由他和彭德怀等共同署名。因此，有些由八路军总部发出而有朱德共同署名的电报，收件人中又有“并报朱总”的字样。此外，由于朱德还担任着第二战区副司令长官兼第十八集团军总司令的职务，因此，同国民党军事当局之间的文电，一般也由他和彭德怀两人或由他们和叶挺、项英共同署名。
朱德回延安后还有一项任务：许多需要中共中央领导人出面的活动，往往由朱德担负。这就减轻了毛泽东的工作负担，使他能集中更多精力来研究重要间题。所以，朱德的兼职很多。据不完全统计，他在这一时期的兼职就有：筹备中共七大的军事问题委员会负责人，中共中央海外工作委员会主任，军事教育委员会和军事学院负责人，整风学习高级军事干部学习组组长，东方各民族反法西斯大同盟执行委员，中共中央政治工作委员会成员以至延安新体育会会长等。
由于抗日战争正面对着严重困难，如何坚持抗日民族统一战线、加强国内团结、战胜困难、克服投降危险，便成为放在中国人民面前头等重要的问题。其中，特别需要注意团结的是还保存着抗战积极性的广大中间势力。这些中间势力包括：国民党中的多数党员，中央军中的多数军官，多数的杂牌军，中等资产阶级，中小地主及开明绅士，上层小资产阶级，各抗日小党派。
五月二十九日，朱德向中共中央书记处报告华北磨擦问题时谈到了这个问题，强调要继续争取中间力量，继续坚持和发展抗日民族统一战线。他说，对中央军，我们经常有人和他们来往。我们和卫立煌的关系很好，使他在国共两党的磨擦中保持中立。卫立煌表示要坚持进步。我们得到一个大的教训，这就是争取中间力量是非常重要的；对顽固势力也要争取，毛泽东很赞同朱德的意见，插话说：朱总报告说得很对，我们还要争取中间势力。对顽固派也要争取与分化，就是打了他们也还要争取他们。①六月二十六日，中共中央政治局讨论时局问题的会议上，朱德又说：目前我们要加强民族统一战线的工作。不要把民族利益与阶级利益对立起来。
地主、资本家一般也还有民族思想，不要把他们看成汉好。统战工作做得好，地主愿意把粮食供给我们；如果工作做得不好，他们会跑掉。②当抗日战争跨入第四年时，中共中央发表了对时局的宣言，明确指出：“现在是中国空前投降危险与空前抗战困难的时期，我们不应当隐蔽这种危险与困难，中国共产党认为自己的责任是向全国提醒这种危险与困难。”《宣言》再次号召全国人民团结起来，为克服投降危险和战胜困难而斗争；并要求必须取消现在存在着的“反共”、“限共”、“溶共”、“防共”、“制共”的政策，因为它己产生削弱抗战力量、引起人心不安的严重结果。③同时，在党内作出《中共中央关于目前形势与党的政策的决定》，提出全党必须执行”的十六项政策，其中有一条重要的规定：八路军、新四军军事力量的发展必须“限制在战区与敌人后方及陕甘宁边区二十三县境内，而不向国民党后方作任何可以引起冲突的行动”。同时也说明：在敌后，“必须继续扩大与巩固八路军、新四军及抗日游击队”，“我们站在自卫立场上的斗争是不能停止的”，“过去的斗争也正是为着争取团结。”这一切的目的都是为了巩固抗日民族统一战线，继续团结抗日。
朱德这时在《新中华报》上发表了《为争取抗战最后胜利而奋斗》一文，说明：“日寇速战速决的企图是早已失败了，于是日寇便想用‘以华制华’的方法，引诱中国上层地主资产阶级投降来奴役我全中华民族；用‘以战养战’的方法，将战争的负担放在中国人民身上，来达到灭亡中国之目的。”
文章指出：由于一部分上层地主资产阶级不愿意进步，就形成今日新的投降妥协的严重危险，文章还总结了华北军民三年来同日本侵略军进行斗争的经验，指出：“三年以来，在华北与人民呼吸相关的军队非但没有被敌寇消灭，反而日益巩固和壮大起来，非但没有被削弱和疲惫，反而在斗争中锻炼得更加坚强、更加英勇了！”“我们能取得这样的成绩，完全应当归功于民众，归功于民主。”强调要继续发动群众，进行人民战争。④这时，日本侵略军急于“迅速处理支那事变”，“迅速摧毁敌人（指中国人民）继续抗战的企图”，⑤决心加强对中国的军事压力。他们把深入敌后坚持抗战的八路军和华北各抗日根据地视为腹心大患，在反复进行“扫荡”的同时，竭力推行“治安强化”运动，对抗日根据地实行“囚笼政策”，企图“以铁路为柱，公路为链，碉堡为锁”来扼杀敌后抗日根据地，消灭八路军。因此，这时华北军民同日本侵略军的斗争焦点便是粉碎日军的“囚笼政策”，开展大规模的交通破袭战。
早在抗战初期，朱德就曾指出：“交通对于现代化的军队，是一个决定胜负的要素”。“交通并非不可变的。可以修理，亦可以破坏和阻塞。因此我军对于敌人的交通，要经常进行破坏，使敌人的交通由最便利的变为不便利的。”⑥敌人的“囚笼政策”是企图利用便利的交通条件，发挥他们现代化装备的优势，来消灭八路军，荡平敌后抗日根据地。为了保存敌后抗日根据地，坚持抗战，交通破袭战势在必行。在朱德动身去洛阳谈判前，他和彭德怀综合敌军在华北的活动情况，指出：敌军近日“加强铁道线军事封锁线及经济封锁”；“强化交通，增修道路”，“且于道侧掘深、宽之沟，此不特妨害军事；且妨害根据地之经济流通”。因此，他们下达了破坏敌方主要交通干线的命令，规定从四月十日起开始动作，并向毛泽东等人作了报告。⑦在华北交通线中，正大铁路占着十分重要的地位。当时，平绥铁路到同蒲铁路还不能通车，石家庄到德州的铁路也远未修通。因此，日本侵略者把正大铁路看成是连接山西和河北的重要交通命脉。八路军的交通破袭战，也把重点放在破坏正大铁路上。
朱德回到延安后，在六月二十二日和彭德怀、左权向八路军各部正式下达破袭正大铁路战役的预备命令。命令中对发动这次战役的缘由，这样指出：“敌寇依据几个交通要道，不断向我内地扩大占领地区，增多据点，封锁与隔截我各个抗日根据地之联系，特别是对于晋东南，以实现其‘囚笼政策’，这种形势日益严重。又迭据各方情报，敌寇有于八月间进犯西安企图。为打击敌之‘囚笼政策’，打破进犯西安之企图，争取华北战局更有利的发展，决定趁目前青纱帐与雨季时节，敌对晋察冀、晋西北及晋东南‘扫荡’较为缓和，正大沿线较为空虚的有利时机，大举破击正大路。”战役主要在正大铁路沿线进行，“基本是截断该线交通为目的。”命令规定“直接参加正大线作战之总兵力应不少于二十二个团”，要求在八月十臼前完成各项准备工作，并报告了中共中央军委。⑧八月八日，朱德、彭德怀、左权正式下达战役行动命令，对战役部署和作战地域区分作出具体规定，并“限八月二十号开始战斗。”②八月二十日晚，大规模的破袭战正式开始。由于八路军广大指战员和根据地民众痛恨日军的“囚笼政策”、迫切要求给他们以沉重打击，参加破击战的积极性非常高，八路军总部原来规定参战兵力不少于二十二个团，结果实际参战的兵力超过了一百个团。战役开始后一天多的二十二日中午，朱德、左权作出指示：“正大战役是抗战以来华北军队积极向敌进攻之空前大战，总合兵力共约百个团，故名‘百团大战，，以便向外扩大宣传。”⑩从此，“百团大战”的名称不仅轰传中外，而且永垂史册。
由于此次战役的突然性，加以八路军各部之间和军民之间的紧密配合，给了日军以出乎意外的沉重打击，八月二十一日还一度攻占日军坚固设防的天险娘子关。二十五日，朱德、彭德怀、左权等致电参战部队进行嘉奖。为了扩大战果，二十六日，又对参战部队作了进一步部署。到九月二日，破袭正大铁路的预定计划已基本完成，朱德、彭德怀、左权指示参战部队，基本上结束正大战役。
但是，敌军在华北平原地区推行“囚笼政策”的情况仍很严重。他们通过构筑交通线，准备把冀中、冀南分割成许多小块。如果听任他们继续构筑，将使八路军有“在平原地区无法立足”的危险。因此，朱、彭、左在九月七日电令冀中、冀南部队领导人，“应乘百团大战之胜利，敌已被调集中平汉、正大、同蒲沿线及青纱帐未倒以前”的机会，大规模破击敌军交通线，以粉碎他们不断分割抗日根据地的图谋。电文强调：“必须知道，没有交通上之胜利，坚持平原是不可能的。”(11)九月十六日，朱德、彭德怀、左权部署了百团大战第二阶段的作战任务，规定这个阶段作战的基本方针是：“1、继续破坏敌寇交通；2、克服深入我基本根据地内之某些据点。”(12)这一阶段作战，从九月二十二日到十月上旬，重点在太行山区的榆社、辽县一带，战斗十分激烈。由于日军已有准备，而八路军在连续作战中过于疲劳，牺牲较大。十月五日，朱德、彭德怀、左权下令基本结束这个阶段的作战，要求各部集结主力进行战后整理和整训，恢复体力，总结经验以利再战。
这一个半月连续不断的破袭战，使受到沉重打击的日本侵略军恼怒异常。为了扭转这种不利局势，他们从华东。华中抽调乓力回援华北，以两万多日军加上大批伪军，开始对根据地疯狂“扫荡”。他们从晋东南开始，然后扩大到平西、北岳区和冀中区，所到之处实行杀光、烧光、抢光的“三光政策”。来不及进行休整的八路军立刻投入反“扫荡”斗争，直至十二月上旬才粉碎这次“扫荡”。至此，历时三个半月的百团大战宣告结束。
百团大战确如朱德、左权所指出的那样，是抗战以来华北战场上空前未有的主动积极向日军进攻的大会战。在华北前钱直接指挥这次战役的彭德怀后来说：“此役共消灭日伪军三万余人，自动瓦解溃散的伪军、伪组织比此数要大得多。正大路、平汉路一个多月未通车。收复大量县城，有些得而复失。
在破袭时一度收复有四、五十县，最后得到巩固的县城还有二十六个以上。”
“这次破袭战，相当严重地破坏了敌人的交通运输，消灭了相当多的伪军和伪组织，摧毁了伪军在我根据地内为数不少的堡垒，收复了不少县城，缴获了大量物资，是抗日战争中缴获最多的一次。
这次战役大大提高了华北人民群众敌后抗日的胜利信心，对日寇当时的诱降政策以及东方慕尼黑(13)阴谋以很大打击，给蒋管区人民以很大兴奋。
此役也给了投降派又一次打
击，提高了共产党领导的抗日军队的声威，打击了国民党制造所谓八路军‘游而不击’的谣言。蒋军有后方接济、国际援助。八路军深处敌后，毫无援助，为照顾大局，还能进行百团大战，把抗日救国的神圣事业引为已任。
让全国人民去评断，去教育自己。在对日大规模破袭战中，我军也取得了一部分攻坚经验，便利了以后我们开展敌后的敌后武工队的活动。在华北伪军、伪组织中的瓦解工作也迅速开展。大片解放区的恢复，改变了两面负担的局面，减轻了人民痛苦。
此役胜利的消息传到延安，毛主席立即给我来电说：百团大战真是今人兴奋，象这样的战斗是否还可以组织一两次？所以这次战役是取得了不少胜利的。”(14)九月十臼，中共中央关于时局趋向的指示指出：“我党五十万大军积极行动于敌后（尤其是此次百团战役），则给了日寇以深重的打击，给了全国人民以无穷的希望。”
同时，中共中央书记处提出“击敌、和友”作为“目前军事行动的总方针”，要求：“我八路军、新四军全部力量，在目前加强团结时期，应集中其主要注意力于打击敌人，应仿照华北百团战役先例，在山东及华中组织一至几次有计划的大规模的对敌进攻行动，在华北则应扩大百团战役行动到那些尚未遭受打击的敌人方面去。”“对于友军则不论何部，即使是最反动、最顽固者，在目前时期中，在彼等没有向我进攻或进攻已为我击破时，均应采取缓和态度。”(15)在百团大战取得初步胜利后，陕甘宁边区各界人士兴奋异常，热烈举行庆祝活动。九月十九日，哪甘警备区在陕西鄜县（今富县）召开庆祝百团大战胜利、纪念“九一八”大会，正在那里工作的朱德应邀参加。他在会上赞扬百团大战取得的胜利。第二天，延安各界也举行庆祝百团大战胜利暨纪念“九一八”九周年大会，参加的有两万余人，毛泽东和朱德被推举为大会主席团成员。朱德刚从哪县回到延安，就匆匆赶到会场，受到热烈欢迎。他在大会上讲话时指出：百团大战是我们对付敌人“囚笼政策”的办法，这个办法还能拖住敌人，延缓他们进攻我大后方的计划。
几天后，朱德又为《新中华报》撰写代论《扩张百团大战的伟大胜利》，指出：百团大战虽然是胜利的游击战争的战役进攻，但它带有全国性的伟大战略意义。他号召全体指战员和政工人员，发扬艰苦奋斗精神，自力更生，做到部队给养部分自给，只有这样，敌后抗日武装才能继续坚持，才能扩大已得的胜利。(16)中共中央军委其他领导人都赞扬了百团大战的巨大胜利。
全国各地各界人士也交口赞誉。象卫立煌这样对八路军友好、坚持抗日的国民党高级将领，曾命令在晋南的中央军向白晋、同蒲两路南段积极进攻，以配合八路军发动的百团大战。(17)蒋介石也致电朱德、彭德怀：“贵部窥此良机，断然出击，予敌甚大打击，特电嘉奖。”(18)但他又害怕由此更扩大共产党、八路军在全国的影响，在十月十九日由侍从室通知国民党中央宣传部：对百团大战“此项名词及有关之新闻，以后应绝对禁止登载，希即饬遵。”(19)由于百团大战充分显示了八路军的力量，日军随即从正面战场抽调更多乓力到华北，加紧对敌后抗日根据地的进攻，根据地遇到严重困难，有人对百团大战以至华北早期抗战的战略方针是否正确提出疑问。一九四五年五月三十日，朱德在中共六大作关于军事问题的结论时，回答这个问题说：华北抗战一般地执行了中共中央的战略方针，因此，抗战初期八路军只有两三万人，到一九四○年已发展到几十万人；粉碎国民党顽固派进攻的反磨擦斗争也是正确的。至于百团大战，在战术上是有成绩的，部队打仗也打得好。问题在于当时我们的力量还不足以单独战胜敌人，在敌人进攻，我们防御以至退却的时候，却用我们的力量去阻止敌人的进攻，成了攻势阻御，这一点是错了。另外，在百团大战中有几个比较小的战斗带有攻坚性质或正面防御性质，这也是不该打的。
尽管百团大战正在激烈地进行，尽管中国共产党明确地提出了“击敌、和友”的方针，国内的政治局势却越来越险恶了。
这种变化，直接受着当时国际形势急遽动荡的影响。九月二十六臼，德、意、日在柏林签订协定，正式结成三国同盟。他们要求国民党政府放弃抗日，加入他们的同盟。英、美两国也愿以种种条件争取国民党政府加入他们的同盟。与此同时，蒋介石还继续得到苏联的援助。这使蒋介石自感身价陡增，得意忘形。毛泽东在十月二十九日有一个分析：“在七、八月问蒋介石确曾准备于重庆失守时迁都天水，准备亲苏、和共与某些政治改良，至九月已动摇，至十月乃大变，这是德意日同盟与英美对日积极化的结果。”(20)在这种形势下，蒋介石以为时机对他有利，可以为所欲为，于是便下了发动第二次反共高潮的决心。
正当百团大战后期反“扫荡”战斗还在继续时，十月十九日，也就是蒋介石密令对百团大战的新闻“以后应绝对禁止登载”的同一天，国民政府军事委员会参谋总长何应钦、副参谋总长白崇穗致电朱德、彭德怀和新四军军长叶挺，以最后通牒的形式，限黄河以南的新四军和八路军各部于电到一月内全部撤至黄河以北。这就是皖南事变前震动中外的“皓电”，是国民党发动第二次反共高潮的信号。
一九三九年春，中共中央已委托周恩来同新四军负责人商定“向北发展，向东作战，巩固现在阵地”的方针。但中共中央东南局书记、新四军副军长项英对向北发展的方针始终犹豫观望，迟迟不作有力部署。在国民党顽固派积极活动时，毛泽东、朱德等十分担心新四军特别是军部的安全。九月六日，中共中央军委电告新四军领导人：“据重庆周、叶报告，确悉军令部已向顾祝同发出‘扫荡’江南北新四军之命令，请叶、项、胡服准备自卫，皖南尤须防备。”十月八日，毛泽东、朱德、王稼祥又向他们指出：“我们意见军部应移动到三支地区，(21)如顽军来攻不易长期抵抗时则北渡长江，如移苏南尚有可能，也可移苏南。向南深入黄山山脉游击，无论在政治上、军事上是最不利的。”但是，项英仍强调困难，不准备将主力北移。十月十二日，毛、朱、王再次向他们指出：“因蒋是站在反日立场上，我不能在南方国民党地区进行任何游击战争”，有的部队就是这样在东江失败的。道理已经讲得很清楚了，项英仍不听劝说。
当新四军问题变得愈来愈严重时，朱德正在第三五九旅视察工作。十一月三日，急于寻找朱德的毛泽东致电第三五九旅旅长王震，请他转告朱德：“有事待商，拟派汽车来接，请准备回延。”如此急迫地需要朱德回延安商议的，就是新四军北撤问题。这时，离何、白“皓电”规定的新四军和八路军一部北撤时间只有十几天了。如何回答“皓电”，涉及对整个形势的估量和斗争的策略。经过中共中央认真研究后，以朱、彭、叶、项的名义在十一月九日复电何应钦、白崇穗，驳斥他们在“皓电”中的无理命令和对共产党、八路军、新四军的攻击，尖锐地指出：“国内一部分人士，复正在策动所谓新的反共高潮，企图为投降肃清道路。内外勾煽，欲以所谓中日联合剿共，结束抗战局面，以内战代抗战，以投降代独立，以分裂代团结，以黑暗代光明。其事至险，其计至毒，道路相告，动魄惊心，时局危机，诚未有如今日之甚者。”为了顾全大局，朱德等在复电中仍表示新四军在江南的正规部队将遵令北移。这就是得到国内中间分子广泛同情的“佳电”。
可是，正当新四军军部和所属皖南部队九千余人，遵照国民党军事当局命令并经中共中央同意后移师北上时，一九四一年一月在安徽泾县茂林地区突然遭到预先埋伏在这里的国民党军队七个师八万多人的包围袭击，这就是同室操戈、震惊中外的皖南事变。
一月十三日，朱德、彭德怀、叶挺、项英联名发表通电，向全国揭露皖南事变真相，要求国民党军事当局“立解皖南大军之包围，开放挺等北上之道路。撤退华中之剿共军，平毁西北之封锁线，停止全国之屠杀，制止黑暗之反动，以挽危局，以全国命。”但是，国民党当局仍一意孤行，悍然发布通令宣布：“着将国民革命军新编第四军番号即予撤消，该军军长叶挺着即革职，交军法审判，依法惩治，副军长项英着即通令各军严缉归案讯办。”
国民党军事当局发言人还同时发表谈话，诬称新四军“叛变”。第二天，中共中央发言人就皖南事变发表谈话，历数国民党顽固派在全国各地制造反共磨擦事件的种种事实，揭露他们有计划地在皖南围歼遵命北移的新四军的阴谋，指出：“过去内战之悲惨局面，又有重演之势，三年半全民抗战之英勇业绩，有中道而废之可能。歼灭皖南新四军之无耻罪行，不过是整个阴谋计划公开暴露之一部分，仅仅是亲日派阴谋家和反共顽固派以内战代抗战，以分裂代团结全部阴谋公开实行之开端。”
当时，党内外一些人认为国共合作快要破裂，内战可能全面爆发。但日本侵华战争正在继续，大敌当前，全国上下普遍反对内战，要求团结抗日。
中国共产党在这种情况下采取了坚定有力而仍把民族矛盾放在第一位的克制态度，在政治上坚决反击，在军事上严守自卫。一月二十日，中共中央军委发布了重建新四军军部的命令，任命陈毅为代军长，刘少奇为政治委员，继续坚持在长江甫北的敌后抗日战争。同时，公布大量事实。揭露国民党破坏抗战的阴谋，提出解决皖南事变善后事宜的办法。
经过中国共产党有理、有利、有节的斗争；同时，由于国民党发动皖南事变不得人心，遭到国内外各界人士的强烈谴责，使它不得不放弃反共的军事进攻计划。日本侵略军从自己的利益出发，并不希望把新四军和八路军全部调往华北，在一月下旬，在正面战场上发动新的猛烈进攻。这也迫使蒋介石不得不放弃他的反共战争计划。一月二十八日，毛泽东、朱德、王稼祥对皖南事变后新四军的行动方针作了指示：统一战线原则不变；注意收集皖南散失力量，加强指导；积极布置皖西、鄂东及河南方面的游击战争。
以后，一九四三年国民党当局又乘共产国际解散之际，企图再次发动反共高潮，进攻边区。根据中共中央指示，朱德在七月四日致函胡宗南，指出：“自驾抵洛川，边境忽呈战争景象。道路纷传，中央将乘国际解散机会，实行剿共。我兄己将河。防大军向西调动，弹粮运输，络绎于道，内战危机，有一触即发之势。当此抗战艰虞之际，力谋团结，犹恐不及，若遂发动内战，必至兵连祸结，破坏抗战团结之大业，而使日寇坐收渔利，陷国家民族于危亡之境，并极大妨碍英美苏各盟邦之作战任务。”
六日，他又致电蒋介石、何应钦和军令部长徐永昌，呼吁团结，要求制止内战。中共中央指示，将朱德致胡宗南电等文件印成小册子，向边区附近的国民党军队散发。国民党当局看到中国共产党已有准备，不敢轻举妄动。
这样，国共两党的合作关系终于维持到抗战胜利，没有破裂。