由于在红四军七大上落选，毛泽东离开部队来到了上杭县的蛟洋。这时，病魔又向毛泽东袭来。在贺子珍精心陪护下，毛泽东恢复了健康。
红四军三打龙岩取胜后，赣南闽西革命根据地的形势处于一个相当稳定的时期。此时，担任代理前委书记的陈毅主持召开了筹备红四军七大的前委扩大会。
当时，红四军内部在党的领导、政治思想工作、红军的任务等不少问题上存在着意见分歧。解决这些问题，对28岁的陈毅来说并不是一件轻松的事。
关于红四军党内的分歧，毛泽东在当时已把问题说得很清楚：“到近日两种不同的意见最明显的莫过于军委问题的争论”，“争论的焦点是在现时军部要不要的问题。”
要说明这个问题是怎样产生的，需要回顾一下红四军党的领导机构沿革的情况。
1927年4月，朱毛会师后，成立红四军时，毛泽东任军委书记。5月20日举行湘赣边界第一次党的代表大会，成立湘赣特委。毛泽东当选为湘赣边特委书记，军委书记改由陈毅担任。6月，恢复由湖南省委直接领导的前敌委员会，毛泽东为书记。
红四军政治部主任陈毅。10月，中央指定毛泽东任前委书记兼政治部主任，朱德任军委书记。1928年11月，红四军召开第六次党代表大会，选举产生新的军委，朱德当选军委书记。陈毅改任红四军士兵委员会主席。这期间，军委在前委领导下做了不少的工作。
但红四军向赣南、闽西进军后，环境恶劣，军情紧急，遇事要开会商量，原来存在的前委和军委两个机构就显得有些重叠，不适于战争环境灵活机动地指挥作战。于是，前委会议讨论决定军委暂停办公，把权力集中到前委。这样，朱德领导的军委就暂时停止了活动，当时大家并没有什么意见。
经过艰苦转战，红军向赣南、闽西的进军获得很大的成功。根据地扩大了，红军发展了，原来的前委既要负责军队，又要负责地方工作，十分繁忙。在这种情况下，前委又开会决定恢复组织军委。正好这时中央派来了曾在苏联学过军事的刘安恭，前委便让他担任了军委书记一职，同时兼任红四军政治部主任。当时，大家对恢复军委和新任军委书记两决定都表示拥护。
可是，刘安恭上任后，机械地搬用苏联红军的一些做法，在军委会上提出：前委只讨论行动问题，不要管其他事，并作出相应的决定。很显然，这个决定限制了前委的领导权，使前委无法开展工作。这就促发了红四军党内关于建军原则的一场争论。
5月底，在福建永定县湖雷村，毛泽东主持召开中共红四军前委会议。会上，就党对军队领导的问题发生争论。争论的焦点是红四军内是否仍要设立军委。一种意见认为，“既名四军，就要有军委”，指责前委“管的太多”，“权力太集中”，是“书记专政”，有“家长制”。一种意见认为，当前前委的领导工作重心仍在军队，“军队指挥需要集中而敏捷”，由于战斗频繁和部队经常转移，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设立重叠的机构，并批评在前委之下、纵委之上硬要成立军委实际上是“分权主义”。
争论中，大家的意见没能达到统一，前委书记难以继续工作。
6月8日，毛泽东在上杭县白砂召开的红四军前委扩大会议上，一度以书面提出辞职。会议以压倒多数票通过取消临时军委的决定，刘安恭的临时军委书记自然免除。但争论的根本问题仍未解决，少数人还把党内分歧意见散布到一般指战员中去，情况日趋严重。
会后，第一纵队司令员林彪给毛泽东写了一封信，请江华转交。江华后来回忆说：“当天夜里，林彪给毛泽东同志送来一封急信，主要是表示不赞成毛泽东同志离开前委，希望他有决心纠正党内的错误思想。”
毛泽东根据前委“各作一篇文章，表明他们自己的意见”的要求，于6月14日给林彪写了回信，并送交前委。
这封复信从历史和环境两方面考察红四军党内存在的问题和争论的原因，归纳为“个人领导与党的领导”、“军事观点与政治观点”、“流寇思想与反流寇思想”、“形式主义与需要主义”、“分权主义与集权”等十四个问题。指出红四军还没有能建立起党的绝对领导的原因是：第一，红四军的大部分是从旧式军队脱胎出来的，便带来了一切旧思想、旧习惯、旧制度；第二，这支部队是从失败环境中拖出来结集的，原来党的组织很薄弱，因此造成了个人庞大的领导权；第三，一种形式主义的理论从远方到来。
复信还批评了不要建立巩固的根据地的流寇思想，指出：流寇思想历来在红军中是很厉害的。流寇思想产生于四军中的游民成分。党与这种思想曾经作过许多的斗争，但它的尾巴至今还存在，这种思想影响到城市政策与红军军纪。
毛泽东在复信中还指出：红四军中向来有些同志偏于军事观点，同站在政治观点即群众观点上的人的意见不合。复信指出：“四军党内显然有一种建立于农民、游民、小资产阶级之上的不正确的思想，这种思想是不利于党的团结和革命的前途的，是有离开无产阶级革命立场的危险”，必须“克服这种思想，以求红军彻底改造”。
从这封信的内容可以看出，毛泽东在信中总结中国共产党领导的人民军队建设经验，系统地提出了党对红军的绝对领导和红军建设的一系列根本原则，为半年后起草古田会议决议打下了初步基础。
1929年6月22日，红四军七大在龙岩城中山公园公民小学召开。当时军政治部驻扎在这里。出席的代表有四五十人，有前委委员，有各支部的代表。除各级领导骨干外，还有一些士
兵党员参加。
军政治部主任陈毅是大会的主持人之一。他首先代表前委作了红四军七大的工作报告。这个报告事先征求了毛泽东的意见，有些问题吸收了毛泽东的观点，有些问题则坚持了陈毅自己的看法。
毛泽东在会前曾向前委提出建议：通过总结过去斗争经验的办法达到统一认识，解决红军建设中存在的主要问题，以提高红军的政治素质和战斗力。这个建议没有被采纳。
当时，毛泽东正在长汀生病，病得很厉害。他原来就有恶性疟疾的根子，这次不仅是疟疾发作，还可能有其他病，根据地医疗条件很差，诊断不出来。他开始发高烧，烧退以后，只觉浑身酸痛，两腿无力，行动困难，连大小便都要贺子珍搀扶。他在病中，仍惦记着红军的问题，打算通过红四军第七次党代表大会，让大家坐下来，把这些问题研究研究，统一思想。
所以，他抱病来到龙岩，出席了这次代表大会。
红四军七大由陈毅主持，号召“大家努力来争论”。代表们围绕井冈山斗争以来的各方面问题进行讨论。会议所作的决议对许多具体问题的结论是正确的或比较正确的。
然而，会议却错误地否定了毛泽东提出的党对红军领导必须实行集权制(当时对民主集中制的称谓)和必须反对不要根据地的流寇思想的正确意见。
会议通过的决议说：“流寇思想与反流寇思想的斗争，也不是事实”，还把“集权制领导原则”视为“形成家长制度的倾向”。会议认为，毛泽东是前委书记，对争论应多负些责任，给予党内“严重警告”处分。
大会改选了红四军党的前敌委员会，在选举前委书记时，由中共中央指定的前委书记毛泽东没有当选，陈毅被选为前委书记。
毛泽东在会上最后发言说：现在还是要根据我们历来的实际斗争中间的经验，加强这个政治领导，加强党对红军的领导，军队要做群众工作，要打仗，要筹款；至于会议对我个人有许多批评，我现在不辩，如果对我有好处，我会考虑，不正确的，将来自然会证明这个不正确。
当年参加会议的江华后来评论说：“那时召开七大是完全必要的，是想统一思想，解决分歧，结束争论，加强团结，以利革命。七大的决议，对井冈山时期的一些历史问题和红四军实行的一些制度等结论，也是基本正确的。七大非一无是处。至于七大未能解决分歧，这也是客观的历史局限性所决定，并非任何个人的主观意志所能转移。”“总之，我国国情复杂得很，在我军初创时期，大家都没有经验，在探索革命道路的过程中出现分歧，发生一些曲折，是不可避免的。”
江华对红四军七大的决议“基本正确”的评价是中肯的。
因为在红四军七大上落选，毛泽东于7月8日暂时离开红四军，到闽西上杭蛟洋养病兼搞调查研究、做地方工作去了。
毛泽东在福建上杭才溪乡调查旧址。
尽管他心里很为红军的前途不安，但仍以大局为重，没有采取任何出格的举动。只是因为毛泽东离队，红军付出了更多的代价，下一步的行动受到了更大的损失。
这时，红四军已经实行纵队建制。原来二十八团、三十团和两个营改编为一、二、三纵队，福建地方武装组成第四纵队：前委留下第四纵队守闽西，二、三纵队去闽中。红军大队开走后，毛泽东同贺子珍一起来到上杭县的蛟洋继续养病。
那时，闽西特委正准备在上杭县蛟洋召开中共闽西第一次代表大会。毛泽东到蛟洋后，发现党代会的准备工作还不够充分，提议会议推迟一周召开，由代表先在本地区进行调查。他自己也参加调查，并为大会制定切合实际情况的方针政策作准备。20日至29日，代表大会举行。毛泽东在会上作政治报告，指出闽西党的任务是巩固和发展革命根据地，同赣南红色区域连成一片，建立中心工作区域。并且论述了实现这个任务的三项基本方针：深入土地革命；彻底消灭民团土匪，发展工农武装，有阵地地波浪式地向外发展；发展党的组织，建立政权，肃清反革命。
在毛泽东指导下，大会总结闽西土地斗争经验，通过《土地问题决议案》。这个决议比井冈山和兴国《土地法》又有新的发展；对大小地主加以区别对待，对地主也“酌量分与土地”；对富农土地只没收“自食以外的多余部分”，“不过分打击”；对中农“不要予以任何的损失”；“对大小商店采取一般的保护政策”；在土地分配上，以乡为单位，在原耕基础上“抽多补少”，“按人口平均分配”。会后，闽西在六百多个乡进行土地改革，约八十多万贫苦农民分得了土地。
此时，毛泽东虽离开了红四军的领导岗位，又身患重病，但他的心一时一刻都没有离开军队、根据地和人民。他仍以极大的热情，关注这里的一切。贺子珍陪着他，从龙岩到上杭，从上杭到苏家坡，毛泽东一路走，一路把自己看到、想到的问题和意见，告诉前来看望他的干部，提出各种建议。
“现在稻子快熟了，你们要赶快把田分完，农民拿了一季稻子，情绪就稳定了，我们的队伍就站住了。”
“分田地一定要注意发动好群众，群众没有起来，分田地是假的，农民还会把打到的粮食送到地主家去。”
毛泽东这种关心大局、不计较个人恩怨的作风，使周围的同志很感动。即使是一些在红四军的七大上对毛泽东有意见的人，也不得不承认毛泽东是一心为了革命的。
最后，贺子珍和毛泽东来到了苏家坡。苏家坡是永定县的一个村子。村子比较大，坐落在一个山沟沟里，很偏僻。
朱德带部队出发前惦记着毛泽东的安全，专门调了一个支队的士兵来担任警戒。永定县委书记张鼎丞，怕支队的兵力太弱，又抽调了相当一个连的地方武装配合警卫，同时封锁毛泽东住在这一带的消息。
他们这样周到的考虑并不是多余的。毛泽东和贺子珍在这里生活了两个多月，几次遭到敌人的袭击。他们在一个村子里住长了，消息就很难封锁住。一些对苏维埃政权有仇恨的人，偷偷地给附近的地主民团和保安队送信，他们不一定知道住在这里的是谁，但他们能猜想到是个重要领导干部。
于是，地主武装就利用晚间人们不防备的时候，搞突然袭击。有一次还来了几个连的国民党正规军，他们倒是在白天行动的。
那时，毛泽东还不能自己走动。遇到紧急情况，战士们就把他扶上担架，抬到山上去隐蔽，等敌人走了，再回来。一到晚上，他们也不敢有一点大意。
白天，住在村子的这户人家；入夜以后，他们又换到村子的另一头的人家住宿，使敌人摸不着他们的行踪。这样，敌人的多次袭击，都扑了空。
永定县委的同志非常关怀毛泽东的健康。他们送来了银元、大米和蔬菜，还专门派来一位中医跟着毛泽东行动，为他治病。
根据地的老百姓和红军心连着心。他们了解到附近的敌人有什么动向，都会自动跑来报告，并且承担掩护工作。毛泽东和贺子珍住到哪一家，哪一家的群众就同红军一起放哨，让毛泽东睡个安稳觉。
同志们的友谊，群众的深情，温暖着毛泽东的心。他的病慢慢好起来了。他在病中最好的消遣，就是同这里的群众聊天，从天时地利、风土人情到年成的好坏，他都想听，而且听得津津有味。他还详细了解这里进行土地革命的情况，群众对分田政策的意见。他同这里的群众聊天，往往一坐就是大半天。
在苏家坡，消息十分闭塞，报纸很难看到。这使毛泽东感到难以忍受。幸好县委常有人来，给他们介绍外界的情况。红四军出击闽中失利，已经回到闽西根据地的消息，这是县委的同志告诉他和贺子珍的。毛泽东很关心这次战斗，详细询问了作战的经过。
9月下旬，红四军决定在上杭召开党的第八次代表大会，前委通知毛泽东去参加。毛泽东虽然能自己走路了，身体仍很虚弱，贺子珍放心不下，就劝他说：
“这次会不去算了。”
毛泽东不肯同意，耐心地对妻子说：“这是一个做思想工作的好机会，我怎能不去?”
毛泽东拖着虚弱的身子，坐着担架到上杭去了。
贺子珍没有一起去，留在苏家坡。
当毛泽东到达上杭时，会议已结束。但这次会议没有解决什么问题。大家见毛泽东的病情较重，全身浮肿，就决定让他继续休息。
几天以后，毛泽东回来了。贺子珍见他神情不悦，心里明白一定是说服工作又没有效果。原来，前委又接到中央来信，说粤桂的军阀又发生新的冲突，这是打广东的好时机，重申要红四军立即到广东去活动的指示，毛泽东在会上反复劝说，仍然没有得到战友的理解。会议以后，红四军留了一个纵队守根据地，其余三个纵队开到广东去了。
此后不久，贺子珍陪护毛泽东在上杭临江楼继续治病。经过一位名医吴修山十多天的治疗，病情明显好转。正逢重阳节，看到院中黄菊盛开，毛泽东诗兴大发，填了一首《采桑子·重阳》：
人生易老天难老，
岁岁重阳。
今又重阳，
战地黄花分外香。
一年一度秋风劲，
不似春光。
胜似春光，
寥廓江天万里霜。
10月下旬，毛泽东和贺子珍随闽西特委机关撤出上杭县城，转往苏家坡，又休养了一个月。
毛泽东不安于无所事事的休养生活了。从聊天中，他了解到这里的农民大多不识字，就向贺子珍提议说：
“我们办个农民夜校，教这里的群众认字吧!”
贺子珍也觉得这是个好主意，非常赞成。经过几天筹备，农民夜校就开学了。这天，太阳落了山，农民回家吃过饭后，就欢欢喜喜来到夜校上课了。毛泽东宣布开学后，便和贺子珍轮流教他们认字，最后，毛泽东还用农民亲身经历的事例，深入浅出地给他们讲革命道理。农民们听得津津有味，直到很晚才下课回家。这个夜校一直办到他们离开。
白天，贺子珍经常陪着毛泽东走家串户，同村干部一起研究土地革命中出现的问题和解决的方法。他常对贺子珍说：
“农民世世代代想的是有一块属于自己的土地，我们要巩固苏维埃政权，扩大工农武装，动员农民支援红军，最根本的一条，就是要解决农民的土地问题。”
他走到哪里，都要宣传土地革命的意义，要干部们注意，一定要让农民在自己分得的土地上获得第一个好收成，好让农民实际看到革命胜利成果。
毛泽东这次病得不轻。在转往苏家坡的途中，他对曾志说过：看起来我这个人命大，总算过了这道“鬼门关”。这时国民党报纸却造谣说，他已死于肺结核病。共产国际在莫斯科也听到毛泽东病故的误传，第二年初在《国际新闻通讯》上发了一千多字的讣告，对毛泽东
作出很高的评价：
“据中国消息：中国共产党的奠基者，中国游击队的创立者和中国红军的缔造者之一的毛泽东同志，因长期患肺结核而在福建前线逝世。”“这是中国共产党、中国红军和中国革命事业的重大损失。”“毛泽东同志是被称之为朱毛红军的政治领袖。他在其领导的范围内完全执行了共产国际六大和中共六大的决议。”
“作为国际社会的一名布尔什维克，作为中国共产党的坚强战士，毛泽东同志完成了他的历史使命。”
这个“讣告”，虽因传闻失实而来，但它透露出一个不容忽视的事实：那就是毛泽东在中国革命和中国共产党中的重要地位不仅为国内而且也已为共产国际所承认。以后，毛泽东虽又多次遭受“左”倾领导者的错误打击，但他们仍不敢完全抹煞毛泽东的地位，同这个因素和事实多少也有关系。