在毛泽东的一再督促下，胡乔木开始亲自为《人民日报》撰写了几篇社论，紧密配合中央的整风部署3月下旬，毛泽东回到北京后，批转了中央关于全党整风的决定。同时，他要胡乔木主管的宣传舆论机构配合整风运动。
4月9日，毛泽东让胡乔木、吴冷西去他那里。毛泽东说，《人民日报》对他在最高国务会议上的讲话“无动于衷”，只发了两行字的新闻，以后又不宣传。全国宣传工作会议甚至连新闻也没有发，好像世界上根本没有发生这件事，倒是《文汇报》、《新民报》和《光明日报》把旗帜抓了过去，大鸣大放。说到激动处，毛的语气就变得严厉起来了。他说，你们不仅不是政治家办报，甚至也不是书生办报，而是死人办报。
几天后，毛泽东将4月13日的香港《大公报》批转胡乔木：可惜人民日报缺乏这样一篇文章。
“这样一篇文章”是指《大公报》上发表的《在社会大变动的时期里》。毛泽东称赞这篇文章，大概出于文章概括地指出了当时国家的政治经济形势。
4月下旬，毛泽东将24日的《大公报》批给胡乔木，并在报头上写下一段严厉的批语：《大公报》、《中国青年报》的理论水平高于《人民日报》及其他京、津、沪各报纸，值得深省改进。人民日报社论不涉及理论(辩证法、唯物论)，足见头脑里没有理论的影子，所以该报只能算是第二流报纸。
4月30日，毛泽东将前一天发表于《光明日报》的一篇文章批转胡乔木，要他安排在《人民日报》上转载。文章是北京大学李汝祺写的，题为《从遗传学谈百家争鸣》。毛泽东亲自撰写了按语，并将文章的题目改为《发展科学的必由之路》，原题作为副标题。
胡乔木遵嘱于次日转载了这篇文章。
在毛泽东的一再督促下，胡乔木开始亲自为《人民日报》撰写了几篇社论，紧密配合中央的整风部署。
5月1日，中共中央在《人民日报》公开发表关于整风运动的指示。将中共指示一开始就在报刊上公开发表，这是不多见的做法。
毛泽东亲自修改了指示，加上了很有分量的一段话：社会关系变化了，人们的思想意识也在随着变化。我们的党和工人阶级要能够进一步地“更好地”领导全社会的改造和新社会的建设，“要能够更好地调整一切积极力量，团结一切可能团结的人，并且将消极力量转化为积极力量，为着建设一个伟大的社会主义国家的目标而奋斗”，必须同时改造自己。(引号内文字为毛泽东修改时加)
中央整风指示发表以后，整风运动便在全国范围内开展起来。
为了将运动推向深入，毛泽东于4月30日在天安门城楼约见各民主党派负责人和无党派民主人士，要求他们以处理人民内部矛盾为题，发表意见，分析矛盾，解决官僚主义的问题。
5月4日，毛泽东起草了《中央关于请党外人士帮助整风的指示》。
毛泽东指出，最近党外人士在各种会议和报刊上发表的关于人民内部矛盾的分析和对于党政所犯错误缺点的批评，对于党和人民政府改正错误，提高威信，极为有益。应当继续展开，深入批判，不要停顿或间断。他说，这批评意见大多数是中肯的，即使是错误的批评，也暴露了一部分人的面貌，有利于我们将来帮助他们进行思想改造。请党外人士帮助整风，可以形成一种社会压力，以利于我们整风成功。待我党取得主动以后，那时就可以推动各界整风（首先是知识界）。毛泽东指示继续邀请党外人士开座谈会，请他们继续帮助整风。
为了落实毛泽东指示，统战部和国务院八办从5月8日到6月8日，分别组织民主党派、无党派人士和工商界座谈会，每次座谈都整理见报；《光明日报》编辑部也在上海等9大城市邀请部分民主人士和高级知识分子提意见，发言全部予以报道。
据统计，座谈会举行近40次，近200人发言。与会者对中共提出了大量的批评意见和建议，会上也发生了不同意见的争论。一些意见虽然尖锐、不中听，但基本是符合实际的。这里，不妨引述具有代表性的几种意见。
无党派民主人士张奚若(曾任教育部长、后任中国人民外交学会会长)批评中共执政以来有四大偏差：一是好大喜功。追求形体之大，组织之大。将社会主义等同于集体主义，将集体主义等同于大，将大等同于不要小的。第二，急功近利。强调速成，把长远的事情用速成的办法去做，结果可想而知。第三，鄙视既往，视历史为封建予以打倒，一切搬用洋教条。第四，迷信将来，认为将来一切都是好的，所以要求尽速发展。
民革中央常委刘斐指出，现在党政关系中，主要问题是上分下不分，早分晚不分，此分彼不分，特别是县以下，只看见党，看不见政。
民革中央常委王昆仑、朱蕴山集中地谈了肃反中出现的问题。他们说，一方面须坚持有反必肃的原则，—方面也要坚持有错必纠的原则。对某些人在哪里受到错误处理，在弄清楚后，就应在哪里为其公开恢复名誉。
民盟中央常委邓初民提出的问题更为敏感。他说，统战工作中“有个死人没有统好，就是陶行知先生。把他一棍子打死，我是心痛的。他的‘生活教育’是袭用杜威的，但内容实质不同，不能混为一谈。
如果到此打住，历史就可以重写了。但是，发言并没有到此打住，局势很快反而走向危险边缘。接下来出现的意见更尖锐、更刺耳。
民盟副主席、中国农工民主党主席章伯钧提出，政协、人大、民主党派和人民团体应成为“政治设计院”；民盟副主席罗隆基提出成立平反委员会、“鼓励大家有什么委屈都来申诉”，同时说现在是马列主义小知识分子领导小资产阶级大知识分子；《光明日报》总编辑储安平提出“党天下”问题。他说，党天下的思想问题是一切宗派主义现象最终根源，是党和非党之间矛盾基本所在；还说，大家对小和尚提了不少意见，但对老和尚没有提意见。储还提到副总理中没有民主人士等。
这些过火意见终于引起毛泽东的警觉。
两个座谈会分别于6月3日、6月8日结束。但在此之前形势已经出现逆转，整风运动迅速发生实质性变化。
毛泽东开始违背初衷。