1928年4月30日，瞿秋白将他起草的中共中央第44号通告发出后，匆忙化装来到码头登轮启程。中央第44号通告是接受共产国际的意见，正式以中央名义纠正“左”倾盲动政策的文件。它的下发，标志着这次为时四个月的盲动在全国范围的实际工作中基本结束。瞿秋白乘船至大连后，又赶乘南满铁路火车秘密抵达莫斯科。他此行目的，是根据中央临时政治局的决定，与周恩来等到苏联筹备中共六大事宜的。
离沪赴俄前，瞿秋白、周恩来与留在国内负责中央留守工作的李维汉、任弼时等共同研究了国内工作部署，其中一重要决策，即6月4日中央发出的致红四军前委的指示信，肯定了中国革命性质仍是资产阶级革命，反对不顾主客观条件的盲动主义，指出红四军应在湘赣边界以军事实力发动工农，实行土地革命，造成割据的局面向四周发展，并指定以毛泽东为书记组成前委，以朱德为书记组成红四军军委。这对于恢复和发展红军及根据地，起了重大指导性作用。
中共六大是6月18日至7月10日在莫斯科郊区兹维尼果罗德镇附近的一座乡间别墅中召开的。这是沙皇时代的一个地主庄园，名“银色别墅”，这里林木繁茂，河流索绕，一派田园风光。从白色恐怖的严重威胁下来到这样恬静安适的环境里，本该彻底松弛一下，但瞿秋白难得有闲暇时间。他拖着病弱身躯，承担了大会的主要领导工作。他在一个月内起草了六大的政治决议案，向大会提交了7万多字的书面报告《中国革命与共产党》，并作了《政治报告》和《政治报告讨论后之结论》。瞿秋白对大革命失败后的革命运动进行了认真反省、思索和研究，他在政治报告中对盲动主义进行了无情的剖析和认真的自我批评，痛感自己以及党的一些领导人既缺乏革命实践锻炼，又缺乏革命理论修养，对于革命造成了损害。他说，实际的群众运动，我是受着他的教训，比书本上的教训还要好。又说，吾党缺少理论，革命的党要有正确的理论的工作人员，就算几十人也是好的，无理论的党，必归破产。一个党，一个党员，一个革命者，只有用革命的理论武装起来，才能在革命实践中得到胜利和成功，而经过革命实践的检验，革命理论将会进一步得到丰富和发展，更好地指导革命运动前进。在这次大会上，毛泽东和瞿秋白都当选为中央委员。瞿秋白由于犯了“左”倾盲动错误，当选的票数较少，虽然仍被选为政治局委员，却未能进入常委会。
中共六大闭幕后，共产国际吸取以往的教训，决定不再选派代表去中国，而是通过在莫斯科设置常驻中共代表团来加强对中国革命的指导。从1928年7月至1930年8月，瞿秋白留在苏联担任中共代表团团长兼共产国际执委会主席团委员。这期间，令瞿秋白始料不及的是，来自党内的一股宗派活动的阴风向他袭来，对他开始了一连串残酷的迫害和打击。而且，这种置人于死地的迫害整整紧随了他8年，也使毛泽东等一大批为中国革命浴血奋斗、开辟中国革命道路的中共党人身陷逆境。炮制这种阴谋的不是别人，正是第三次“左”倾路线的制定者王明。