袁世凯在小站练兵时，清廷发生了一件重大的事件，就是“戊戌政变”。袁世凯和戊戌政变有重要的关系，因此我们在叙述这一段历史之前，必须先把西太后和光绪之间的种种作一个交代。
同治皇帝死后，因为他没有儿子，也没有过继儿子，于是没有主见的慈安太后（东太后）和有野心的慈禧太后（西太后）便共同商定，以醇亲王（奕譞）的次子载湉，为咸丰帝的承继儿子，继承皇位，这就是光绪皇帝。按照清室的皇位继承法，这本是不合理的，因为同治和光绪都是“载”字辈，他们俩人是堂兄弟，兄终弟及，在满清还无先例。可是光绪的父亲奕譞是咸丰皇帝的兄弟，光绪的母亲是西太后的妹妹，两兄弟娶两姊妹。西太后既是光绪的大伯妈，又是光绪的大姨妈，亲上加亲，除了亲生儿子，这种关系应该是最亲的了。选择这样关系的亲人来做皇帝，是有把握可以控制的，何况这时西太后有极旺盛的权力欲望，如果她不作太后，则如何垂帘听政呢？
光绪五岁即位，还是个不懂事的小孩子，清廷一切政事全由东西两位太后垂帘听政。东太后素来不愿管事，因此西太后便掌握了实权。到光绪十二年（1886年）光绪已17岁了，这时东太后也死了五年多，西太后不好意思再继续听政，乃宣布于明年正月“还政”，其实还政不过是个名目，她换了个“训政”的名目继续揽权。到了光绪十四年（1888年）光绪才宣告亲政，这时光绪已19岁，可是二品以上大员的黜陟，仍要由慈禧决定。
不论从哪方面说，光绪帝总算是一个可爱的、值得同情的年轻小皇帝。他想做一个有为的好皇帝，可惜在一个无可施展的政治环境中，上有慈禧的专横，而朝中满籍官吏尽是顽固守旧愚昧无知，不要说政治上他不能有作为，甚至于在爱情上也不能自由。清王朝的家法本来就极严格，加上慈禧的跋扈，结果造成同治和光绪两朝的皇帝悲剧。
清宫中有一个不公开的秘密，就是关于慈禧迫死他亲生儿子同治和他的皇后一件公案。据说选定同治的皇后是东太后所主张的，所以西太后不高兴，在同治新婚时借口皇后年轻，不懂宫中礼节，所以不许小夫妇在一块。同治出天花时，慈禧把皇后喊去斥责，皇后深感委曲，乃遄赴养心殿同治皇帝处哭诉。同治劝她忍受，安慰她说：我们夫妻终将会有出头的一天。不料这句话却惹来了大祸。原来慈禧既不喜欢这个媳妇，因此早就在同治周围设下了监视的耳目。这天她听说皇后在探视同治，就不许声张悄悄到养心殿的东暖阁外偷听儿子和媳妇的谈话。这对小夫妻万没料到说几句私房话会闯下了滔天大祸，只见慈禧怒气冲冲地闯了进来，一把抓住皇后的头发，举手痛打，并且叫内廷准备棍仗侍候。同治吓得昏厥过去了，慈禧因此没有对皇后用刑。等到同治一死，慈禧便把责任全部加到皇后的头上，下令限制皇后的饮食。两个月后，皇后也就被折磨死了。皇后死后，慈禧的怒气还不消，又革掉了皇后的父亲崇绮的侍郎职位。第二年，有个多事的御史上了一个奏折，说外边传说很多，有说皇后死于悲痛过度，有说死于绝粟，总之，节烈如此，应当表彰，赐与美谥云云。结果皇后的谥号没有争到，这位御史把自己的官也丢了。
在同治死前，慈禧、同治母子不和已是一件公开的秘密。故宫的老太监都证实同治给东太后请安，还留下说一些话，在自己亲生母亲那里，简直连一句话也说不出来。同治亲政时，西太后在朝中的亲信羽翼早已形成，东太后又一向不大问事，皇帝办起事来如果不先问问西太后，根本得不通。这就是母子不和的真正原因。慈禧是个权力欲非常强烈的人，绝不愿丢开到手的任何权力，她为了自己的权威，对自己的亲骨肉或亲信都是顺我者生，逆我者死。
光绪年间，她的脾气更加喜怒无常。有一个太监陪她下棋，说了一句“奴才杀老祖宗的这只马”，她立刻大怒道：“我杀你一家子！”就叫人把这太监拉了出去活活打死了。
慈禧还政后，恣意享乐，通过李莲英卖官鬻爵，挪用海军款修颐和园。中日甲午战争时，她正在做60岁生日，从西苑到颐和园，沿途扎彩，奏乐演戏。她还当着皇帝的面对大臣们说：“谁使我生日不高兴，我便使他一辈子不高兴。”慈禧既然对待她自己亲生儿子同治都那样专制，因此她对待光绪自然也极霸道，尤其表现在光绪选后方面。她强迫光绪选她的内侄女为皇后，就是隆裕，可是光绪却喜爱自己所选中的珍妃。隆裕在光绪大婚后倍受冷落，光绪宠爱珍妃，也被慈禧禁阻。光绪比同治勇敢，他看到慈禧穷奢极侈，又顽固地把持朝政，甚至连皇帝的婚姻也不能自由，内心起了极大的反感。加以当时的清王朝已到了危亡的关头，这位年轻皇帝于是大胆地接受新的思想，真正地掌握朝政。可怜他生不逢时，维新变法只不过百日，他就被慈禧打入冷宫里去了。
戊戌政变是维新运动的结果，维新运动可以说是康有为所一手促成的。康有为的维新运动是自上而下，方法是上书皇帝。康第一次上书是在光绪十四年（1888年），那时他应顺天乡试落第，于是上书请变成法。这篇文章约6000字。当时清廷都是些顽固保守分子，只有国子监祭酒盛昱、翰林院编修黄绍箕、刑部主事沈曾植和光绪的师付翁同龢很赞同康的意见，但大臣们都没有胆量把康的文章递上去。到了光绪廿一年（1895年）康以举人身份入京会试，正值甲午战后中日议和，他联合了1200位举人，费了一天一晚的时间起草一个万言书，内容是反对和议，迁都再战。重要条目是：下诏鼓天下之气，迁都定天下之本，练兵强天下之势，变法成天下之治。这封书亦未被转上，可是，却传遍了北京城，就是有名的“公车上书”。公车上书的第二天会试发榜，康中进士第五名，殿试降二甲48名，授职工部主事。他再起草一个奏疏，请及时变法，富国养民，教士治兵，求人才而慎左右，通下情而图自强。这奏疏由都察院转递，终于被光绪看到了，非常感动，命抄四份，一份呈西太后，一份留军机处并分发各省督抚将军，一份存乾清宫，一份存勤政殿。由于这次奏疏被光绪赏识，康乃再上一个奏疏，主张设立议院，下诏求言。这次奏疏都察院不肯转，工部衙门也不肯转。可是康的议论已被翁同龢所欣赏，特地找康谈变法，又把康的著作都拿了去看。由于翁是帝师，又兼军机大臣，和光绪皇帝最亲近，翁因此常把康的变法维新思想向光绪灌输。光绪的倾向变法，这时已开始了。
光绪廿一年（1895年）六月，翁同龢得到光绪皇帝的同意，令陈炽起草实行新政的诏书12道，准备陆续颁布，但怕慈禧和一班守旧大臣反对，于是去说服恭亲王奕訢山作主颁布。奕訢不肯同意，事情便搁了下来。这时清廷的守旧派都很不欢喜乱上书的康有为，大学士徐桐、御史褚成博都上奏劾他，陈炽、沈曾植劝康有为暂离北京，康乃于八月底出京回粤。第二年慈禧杀太监寇良才，杖责珍、瑾二妃，太后和光绪之间的关系势成水火，变法维新是完全谈不到了。
光绪廿三年（1897年）冬天，德人强占胶州，康有为又赶到北京上了一个很长的奏章，陈说国际形势和当前中国处境，提出几个要点：（一）实行君主立宪。（二）整顿吏治与财政。（三）实行新式教育政策。（四）兴办社会福利。（五）振兴工商事业。（六）听任疆臣各自变法。（七）仿效俄法日以定国是。这篇洋洋大文不仅传遍北京，连上海的报纸也刊载出来了。
由于上述这篇奏章震动了朝廷上下，光绪本想召见康，但奕訢说：“本朝成例四品以下官吏不能召见”，于是乃改为大臣代表皇帝传康到总理各国事务衙门谈话。
光绪廿四年（1898年）正月初三日下午三点钟，康有为和当时清廷著名大臣李鸿章、翁同龢、荣禄、廖寿恒（刑部尚书）、张荫桓（户部左侍郎）等会见，地点是在总理衙门西花厅。这是一幕精采的辩论会。荣禄说：“祖宗之法不能变”。康有为答：“祖宗之法是为了治理祖宗的土地，如今祖宗的土地都不能守，则还守什么祖宗之法？举例来说：现在谈话的总理各国事务衙门，也不是祖宗时候就有的，因时制宜是适应需要。”他的回答驳倒了荣禄。廖寿恒问：“变法如何着手？”康有为答：“应从改革法律官制入手。”李鸿章问：“那么六部可以尽撤，则例可以尽弃吗？”康有为答：“法积久而弊生，而且今昔异势，现在的法律官制实在应该改弦更张，就是一时不能全改，也应斟酌情形逐步更改，这样才能推行新政。”接着他从政治谈到经济财政，又说日本因仿效西洋维新而富强，如今制度已很完备，中国和日本邻近，应该向日本学习。这次谈话由三点钟谈到天黑才散。
第二天翁同龢把谈话情形报告光绪，光绪又要召见康，恭亲王主张叫康先条陈意见，于是光绪命康具折上陈，并把康所著《日本变政考》、《俄大帝彼得变政记》一并进呈。康有为乃在正月初八日上了一个“统筹全局”的奏折，折中说：“现万国之势，能变则存，不变则亡，全变则强，小变仍亡……方今之病在笃守旧法而不知变……”然后举明治维新时的改革为证，要求光绪先做三大事：（一）大集群臣于天坛，诏定国是，除旧布新；（二）设上书所于午门，派御史二人收书，许天下士民上书言事；（三）设制度局于内廷，选天下通才数十人入直其中，皇上每日亲临，损益庶政。并于庶局下设法律、度支、学务、农、商、工、矿、铁路、邮政、电报、陆军、海军等12局。康并在著作的序文上警告清廷，如果不自动变法，等别人来变时，清朝就完蛋了，但如能自动地变，则清廷仍可以永远统治下去。在康有为的奏折里一方面强调变法可以富强，而变法又是非常容易。这些意见把年轻而有抱负的光绪皇帝完全打动了，他把康有为的著作和奏章都放在案头，天天翻阅。
康有为不仅只争取光绪皇帝赞同他的变法主张，同时还联络许多能接受新思想的官吏和知识分子。他在长兴里讲学时，已经拔识了几个同门弟子，其中最著名的是梁启超。后来康中了进士，名气日大，在京中结识了翰林侍读学士徐致靖、御史杨深秀、给事中高燮曾，以及张荫桓、李端棻、杨锐、林旭、刘光第等一班同志。在督抚中得到陈宝箴、张之洞（后来反对康）的支持。其他如黄遵宪、陈三立、徐仁寿、汪康年、屠守仁、黄绍荃等都给予他精神上的响应。他还有一个私淑弟子谭嗣同，是他同志中最得力的一员。
推行维新运动，组织方法是创立学会，宣传方法是开办报馆。光绪廿一年（1895年）康在北京自己出钱创刊了一份日报，名叫《中外纪闻》，由梁启超、麦孟华负责编撰。每天印2000份托送邸报（清政府的公报）的人随邸报附送。七月间由文廷式出面组织强学会，会员有江标、袁世凯、黄遵宪。每十天集会一次，每次有人演说。张之洞特别捐了五千金作会费，办了一个强学书局，刊行书报，翻译各国名著。九月间康南下，特别到南京去见两江总督张之洞，促成在上海设强学会分会。后来北京强学书局改为官书局，最后官书局改为京师大学堂。上海方面强学会分会发行了一种《时务报》，销路很好。接着各地纷纷组织会社，湖北有质学会，广州有圣学会，湖南有南学会、地图公会、明达学会，广东有粤学会、群学会，苏州有苏学会，上海有不缠足会、农学会、译书会、蒙学会，北京有知耻会、经济学会，陕西有味经学会。
光绪廿三年（1897年）康有为到桂林，和唐景崧、岑春煊开圣学会。其后再返北京，邀各省旅京的人士倡设学会，有粤学会、蜀学会、闽学会、陕学会等，这是以各省旅京人士来负责把维新运动推广到各省去的。接着由御史李盛铎和康有为发起一个保国会，其宗旨是保卫国家的政权和土地，保卫人民的自立，讲求变法之宜，研究外交之利等等。由于保国会成立，各省乃成立地方组织，如云南成立保滇会，浙江成立保浙会等。守旧派乃又加以攻击，御史黄桂鋆上奏弹劾，可是光绪却置之不问。御史潘宪澜再劾保国会，军机大臣刚毅主张查禁，光绪说：“这个会能够保国，岂不是一个很好的组织么，何必还要查究呢？”后来礼部尚书许应骃、御史文悌先后上疏弹劾康有为，说他发起组织保国会，是保中国，不是保大清。光绪仍不理睬，而文悌却因此革职。不过由于反对派的强力攻击，保国会的工作也无形停顿了。