正当北方杀伐之声惊天动地，长江中游突然又爆发了主和的声浪。7年2月14日冯玉祥在武穴发出通电宣布自主，力斥南北战争是一种最无意识和最无情理的战争。他以前奉令“援闽”开到浦口不再前进，就是为了促进南北和局。而和谈的基础是岳州归湖南，荆襄归湖北，各守疆土，两不侵犯，并不是不能达到的。最后他说军人应当服从总统。而总统从来就是主和的，所以主和就是服从总统。他的结论有两途：“或罢兵，或杀玉祥以谢天下。”冯此举当然是主和派的安排，以打乱主战派对湖南进攻的步骤，因为武穴处于湖北与江西之间，冯的行动对主战派的第一、第二两路军都有影响。据说这是陆建章在幕后策划的，陆并且还有突袭安徽，赶走倪嗣冲的计划。倪在安徽并不得人心，赶走了倪，陆就可取倪而代，如此一来，安徽加入长江三督的阵营，津浦南段全在主和派掌握中，力量就大了。与冯玉祥发表寒电的同时，鄂皖边境和霍山、六安一带出现了安徽讨逆军，发布讨倪檄文，公推陆建章为讨逆军总司令。倪嗣冲仓皇调兵自卫，并且电请北京政府下令罢免李纯，讨伐冯玉祥。
然而冯玉祥和陆建章的行动，竟未能够得到长江三督的响应，因此孤立无援，主战派大声疾呼要惩办他，王士珍则像个老僧入定，绝不开口。
7年2月25日北京政府下令免冯玉祥旅长职，交曹锟查办，以该旅团长董世禄代理旅长。冯玉祥电张怀芝愿戴罪图功。冯旅全体官兵亦于3月1日电请北京政府收回撤换旅长的成命，电云：
“六年四月一日我旅长骂傅良佐办事不公被免职，讨逆时始得复职。……此次调兵，杨书记道沫在浦口阻止出发，于二月二日投江死。……宁与旅长同死，不愿任其独去，如不获请，请将我官兵九千五百十三人一律枪毙，以谢天下。”
段祺瑞对于冯玉祥突然主和极为震动，因此把一切愤怒都集中到冯国璋身上，决心要搞一次军事政变以驱冯下台。可是由于皖系的兵力都调赴南方，所以手中没有足够的兵力来支持他的计划，因此便派其亲信智囊徐树铮，以“接洽国防”为借口，前赴东北找张作霖，说动张作霖调派他的奉军入关，来执行驱冯计划。
张作霖虽然绿林出身，但他早有大志，他在关外拥兵自重，就是等待机会问鼎中原。段向他求援，他慨然应允，立即挥兵入关。奉军入关消息传出后，最感不安的当然是冯国璋了，奉天是在北京后方，朝发夕至，说来就来。早在袁世凯时代对关外力量就刮目相看，极力怀柔。冯国璋不由想到一年前张勋率辫子军入京后，黎元洪就被逐下台，现在奉军入关，可能旧戏重演。他是个无兵无权的总统，在北京身不由己，他预感自己随时可能被逐或被软禁，因此他盘算三十六计，仍以走为上计，暗中布置第二次“南巡”，打算由京汉路南下到湖北，可是段系的人怎会放虎归山。当然不让他离开北京城。
不过，段祺瑞召集他的亲信举行秘密会议后，大家又把军事政权改为军事威胁，使冯旦夕感受威胁而不立即驱逐他。
同时计划早日召集新国会以便提早改选总统。
2月17日，冯国璋被迫公布了临时参议院所修正的国会组织法与两院议员选举法，18日命令内务部筹备新国会的选举。
段系同时发动倒阁，王士珍正企望辞职，正好乘此下台，提出辞呈后即不到院办公。2月20日冯国璋勉强地派内务总长钱能训代理内阁总理。
2月24日京奉路火车被奉军扣留运兵。25日奉军第廿七师第五十三旅关到滦州，奉天军署参谋长杨宇霆带兵到秦皇岛，把日本政府根据中日军械借款协定第一批运到的步枪27000余只劫走。消息传到北京，冯国璋和段祺瑞，同感震惊；尤其是段祺瑞向日本借款购买的这批军械是为了训练自己嫡系部队“参战军”的，如今却被奉军捷足先登，怎不大伤脑筋。26日段电张作霖请“原物交还”，运来北京。张也在同一天发出通电，说他早已布置南征，因缺乏军火，所以未便开拔，现在未经呈报即提去军火，因怕往返请示费时，所以不得已先留用后呈报。27日他答复段说：
“此次奉天请领军械，系奉元首讨伐明令，整饬军队，为政府之后盾。所练军队，无论对内对外，均属拥护中央，一旦编练成军，悉听政府驱策，运京留奉，宗旨无殊。盖全军均属国家，尚何器械之足计？”
张作霖并不是擅自劫取军火，因为他并不知道这批军火抵达秦皇岛。那么是谁暗示张作霖的呢？原来却是徐树铮，小徐奉命到关外召奉军入京，他知道如不许以重利，张作霖不会奉召的，而事实上奉军不入关，北京局势不会一面倒向皖系，可是段为人刚愎，事先如果向他请示，他一定不许，唯有用行动先做了再说。他做过陆军部次长，知道购买日本军火的详情，同时在他交卸次长职以前，曾留下好几张盖了印信关防的陆军部空白公文纸，因此他用劫取这批军火作为交换条件换张作霖派兵入关，奉军即是持小徐发给的假陆军部证件去劫取这批军火的。
由于奉军迅速入关，使冯玉祥进攻安徽的“奇兵计划”无法实现。北京政府前此撤换冯玉祥旅长的命令，冯曾以全体官兵同旅长共进退为威胁，这时情势也迫得他低头了。倪嗣冲请北京政府迅电曹锟派兵夹击冯旅，以弭长江巨患，并且控诉冯抗不交代，又于武穴上下游加兵扼堵，暗中与苏督往返密商军略，足见野心不悛，受人指使。但是曹锟不肯派兵，所以倪嗣冲也不敢单独进攻。
冯玉祥这时已出人头地。张怀芝建议调冯旅到黑龙江驻防，冯玉祥当然不肯充军，“发往边疆效力”。而张作霖也不欢迎这支军队。直到3月18日，北京政府采纳曹锟的意见，给冯玉祥“革职留任”的处分，掳去陆军中将，暂准留任旅长，交曹锟节制调遣。
奉军入关后，张作霖提出罢免李纯和讨伐冯玉祥两个要求，他说这是为了“拥护元首”。可是被他拥护的元首却吓得心慌意乱。2月26日在总统府召集紧急会议讨论奉军入关的对策。冯用悻悻的眼光问段：“这次奉军出兵入关事前既未奉令，也未呈报，居心何在？”段答不知。冯又大声问：“前任陆军次长徐树铮到奉天作何勾结？”段更忸怩无以置辞。这次会议当然没有结果。冯想要段叫张作霖退兵，段就是召奉军入关的原始人，他怎会再要奉军退出呢？何况召虎容易退虎难，他即使愿意叫张退兵，事实上也办不到了。
段何尝不知道关外王张作霖不是好惹的，请了来就不容易请出去，可是既然饮鸩止渴，也只有“硬行”了。
冯知道叫段退奉军是办不到了，他只得央请前清末年做过东三省总督，亲手招抚过张作霖的赵尔巽到奉天说服张作霖退兵，然而时移势易，张作霖早就不买他老上司的账了，赵尔巽自然是白跑一场。
冯国璋这时的痛苦，真是求为太平百姓而不可得，他现在是一个光杆总统，内阁总理虽由钱能训代理，可是钱不肯代下去，天天闹着要交代。冯写信给杨士琦，要求这位安徽老狐狸出山，杨连信都不回。而督军们自作自为，目无总统，奉军不仅是擅自出兵，而且还擅取军械，是而可忍，熟不可忍？
3月4日冯国璋拟就如下的通电致各省军政首长：
“国步屯邅，日甚一日，内则蜩螗羹沸，干戈之劫难回，外则惨淡风云，边境之防日亟。剥肤可痛，措手无从。国璋代行职权，已逾半载，凡所设施，力与愿违，清夜扪心，能无愧汗？然国璋受国民付托，使国家竟至于此，负罪引慝，亦何必哓哓申诉，求谅国人。但揆其所以致此之由，与夫平日之用心，为事实所扞格，屡投而不得一当者，缘因复杂，困难万端。欲避贤求去，苦无法律之可循；欲忍辱图全，又乏津梁之可济。长此悠忽，必召沦胥。诸君子为国干城，同负责任，用特披沥肝鬲，为一言之。溯自京畿变生，国祚半斩，元首播越，举国骚然。于是黄陂委托于前，段前总理敦促于后，皆援副总统代职之规定，强国璋以北来，明知祸乱方殷，菲材绝难负荷，惟冀黄陂复职，主持有人，则不佞捍卫南疆，尚可分担艰钜。乃商请无效，各省区督军省长、及文武官吏，分驰电牍，敦促入都。猥以藐躬，过承督责，汤火之蹈，且不容辞，矧安危不仅系于个人，匡助可取资群力乎？惊涛共济，全恃同舟，初不料玺绶方承，而内部转愈趋纷扰也。国璋抵京，首先奉政黄陂，不获许可，而后受职。其时国会早经解散，政府尚在板舆，继绝布新，有同草创。段前总理投艰遗大，独任贤劳，正宜共济时艰，中外一致，而西南诸省，忘再奠共和之绩，以非法内阁相攻，别挑衅端，遂开战祸。迨内阁改组，宜可息争，国会问题，又生枝节。对于中央之任命官吏，则啧有烦言，对于石黎之扰乱荆襄，则引为同志。是非乖忤，真相莫明。譬解百端，欲促返省，初不料唇舌俱敝，而结果仍诉诸兵戎也。民国元二之交，风雨漂摇，几毁家屋，项城运其雄才大略，曾不数月，而七省同时戡定，大权集于中央。国璋能力，固不逮项城，然前事之师，不妨相袭，徒以观念所在，元气之凋残，民生之疾痛，实过元二年。佳兵不祥，古有明训，内讧宜息，人具同情。本无厉行专制之心，何取经营力征之举？以故军事初起，第望促进和平，不因败绩而求伸，反示包容而停战，无非欲融洽南北，尽释猜嫌，耿耿寸衷，可质天日。乃北则疑其寡断，兵气几为之不扬，南则信其易欺，骄蹇益难于就范。湘桂各军，乘机陷岳，意在示威，予政府难堪，激同胞之宿愤。中央纵无统驭，亦何至听命于地方？必背公德而矜强权，不留余地以相让步。则最后解决，惟战乃成。因事制宜，绝非矛盾。更不料干城之寄，心膂之司，或竟观望不前而损声威，行动自由而滋谣诼也。凡此种种，皆事实上随时发生之障碍，足使国璋维持大局之希望，悉消灭而无余，而逆计未来应付之难，事变之钜，则更有甚于此者。国会机关，虚悬日久，颇闻旧议员麇集粤省，有自行开会之说。姑无论前此解散，是否合法，既经命令公布，已不能行使其职权，即各省区人民，亦断无承认之理……正式选举总统之期，转瞬即届，根本无着，国何以存？此大可忧者一。财政艰窘，年复一年，曩者政府每值难关，亦当恃外债以为生活，然能合全国之财力，通盘筹画，犹得设法挹注，勉强撑持。萧墙哄争，外省内解之款，大半截留，来源渐绝，而军政费之支出，复倍蓰于平时。罗掘久穷，诛求鲜应，主藏作仰屋之叹，乞邻有破产之虞，桑孔再生，亦将束手，此大可忧者二。内阁负责，取法最善，段前总理为国戮力，横被口语，托词政策挠屈，与各国务员相率引退，而总理一职，后来者遂视为畏途。聘卿暨今诸阁员，皆国璋平昔至契，迫于大义，碍于感情，暂允劻勷，初非本愿，满拟时局渐臻统一，再行组织以符法治，心力相左，激刺尤深。今聘卿业已殷忧成疾而在假矣，设钱代总理诸人，复谓事不可为，褰裳而去。强留则妨友谊，觅替则恨才难，推测其终，将陷于无政府之地位，此大可忧者三。至目前外交之情形，尤应激起吾人之警觉，个中利害，另电详闻。国璋一武夫耳，因缘时会，谬握政权，德不足以感人，智不足以烛物，抱救民之念，而民之入水火益深，郁爱国之忧，而国之不颠覆者亦仅。澄清无术，空挥三舍之戈，和平误人，错铸六州之铁。驯至四郊多垒，群盗如毛，秦豫之匪警频闻，畿辅之流言不息，虽名义同于守府，而号令不出国门。瞻望前途，莫知所届。何敢久居高位，自误以误国家？自应求卸仔肩，归还政柄，惟民国既无国会，而总理现属暂摄，又不能援《约法》条例，交其代行，追原入京受职所由来，实出诸君子之公意，国璋既备赏艰阻，竟不获补救于万一，坐视既有所不能，辞职又无从取决，只有向各省区督军省长暨文武官吏，详述危殆情形，应请筹商办法，为国璋释重负，为民国求安全，宁使国璋负误国之咎于一身，而不使民国纪年，随国璋以俱去。不胜至愿。特此飞电布达，务希于旬日内见复。至统治权所寄，国璋在职一日，仍当引为己责，决不肯萌怠驰之心而自丛罪戾也。敢布诚悃，伫盼复音。”
这个通电稿被总统府秘书长张一麐知道，立即从机要室追回，并邀同总统府军事处长师景云一同谒冯，劝他暂勿发出这道通电，亦勿消极，冯只苦笑。
奉军自入关后，其声势咄咄迫人，3月5日奉军一部由天津开到廊房，在车站检查往来旅客，使中外人士大吃一惊，北京国务院去电劝止，说明廊房不是戒严区，不可以检查旅客，奉军依然继续执行勤务，置之不理。而张作霖所发通电则顾左右而言他，他说：“出兵扣械，系坚元首主战之心，兵已入关，无可撤退，长江有事，即可南下应援。”他请北京政府在天坛一带指定营房以便奉军进驻，并没有等待答复，他的部属已在天坛、南城一带找兵房了。
这时北京城内外又产生了新的恐怖，认为辫子兵复辟的局面又将重现。因为主战派军阀有联名通电保释张勋，张勋和张作霖是儿女亲家，张作霖幕中有许多复辟派，而奉军又长驱入关，直迫京师，一切都好像张勋入京前夕一样，怎不使人重惊旧事。因此，北京城内许多富豪达官纷纷出京，车站上挤满了出京的旅客，扶老携幼，恍如大难临头。
冯国璋在总统府春藕斋举行紧急会议，报告局势的险恶，认为自己唯有引退，一边说一边把先一天未发出的通电原稿给大家传阅，与会人士苦脸相对，鸦雀无声。会议还是无结果而散，冯的通电也没有发出。
冯在此以前，曾派财政总长王克敏到蚌埠去会晤倪嗣冲，希望倪的态度能趋缓和。这时王克敏有电给冯，说倪嗣冲对总统没有成见，只请总统起用芝老（段祺瑞），罢免李纯。另一方面，冯又接到天津的报告，说张作霖仍然拥护元首，张的目的是在铲除主和派，组织强有力的内阁。一切迹象显示皖系和主战派并不是想即刻逐冯下台，只是想进行新国会的选举。3月6日冯发表命令指定5月24日进行众议院议员的选举，6月20日进行参议院议员的选举。
3月7日奉天方面发表张作霖和曹锟、张怀芝的往来电，张3月5日（歌）电表明他的宗旨“拥护中央，维持大局，始终团结，戡平内乱，联络同志，共救危亡。”又说天津会议将奉军编入第一路，后来又改编入第二路，他都极表同情，现已编成六个混成旅，若不开拔，则对同志为不信，对我兄为不义，各旅不日即可到徐，会合大军，敬听指挥。张作霖在这通电报中极力解释“自己毫无个人野心，自己对财产身家功名权位皆已逾量，尚复何所希冀，只以目前时局为重，弟处扩张实力，专以辅导我兄起见，此外毫无私意，若有虚言，鬼神鉴察。”曹锟3月7日的阳电是欢迎奉军入关，称赞张作霖耿耿大义，磊落光明，骨肉之交，谊共生死。请奉军集中徐州，加入第二路；还请加派一个或两个混成旅开到汉口，加入第一路。张怀芝的阳电称道奉军入关为“壮我士气，固我后援”，并称已指定韩庄为奉军南下的第一站。
就在3月7日这天，冯把已搁置了三天的通电发出。
冯国璋的通电发表后，情势似乎缓和了，主要原因是皖系和主战派并不想立即驱逐冯下台，所以主战派的曹锟、张怀芝、张敬尧等都有回电对冯推崇，直、鲁、苏、皖、赣等六省督军发出联名电，力斥推倒元首和准备复辟为无稽谰言。张作霖亦发表庚电（3月8日）说：“挽救时局，只我大总统一人。”不过，张作霖建议“择定总理一人，组织完全内阁，总理得人，各方同意，政令自行，切勿轻怀退志”。这是明说主战派非段祺瑞组阁不可。冯国璋假装糊涂，他复电说：“组织强有力之内阁，自系正当办法。可速联合各省，商定何人应任总理，予当依众议而行。若凭少数推举，恐各方意见不同，中央即无办法。”冯想用各省一致同意的总理来抵消主战派拥戴段祺瑞。
3月8日，北京局势显得十分紧张，总统府处于紧急戒严状态，府学胡同段宅也有重兵把守。
3月9日，王士珍化装逃往天津。他抵天津后，写了一封信给冯和段两位老友，他发誓决不回京任职。
皖系在此一期间，用一切力量压迫冯国璋排斥李纯。冯虽然软弱，可是在李纯问题上却很强硬，他表示总统没有权罢免督军，如果他有罢免督军的权力，则他第一个要罢免的督军，不是李纯而是擅自率兵入关，劫取军火的张作霖，李纯如果有罪名，只是主和，主和并不犯罪，张作霖自由调兵威胁总统，比主和的罪大多了。冯请徐世昌电邀张作霖进京一谈，他说：“最好雨亭（张作霖）自己带兵去打秀山（李纯），不要逼我下一道不能执行的命令。”这时，有一部分奉军开到了韩庄，李纯连来三个电报职辞，可是他不甘示弱，在职辞电报中痛斥张作霖“派兵入关，要挟中央免纯职务，并劫夺军械，不允交还，种种情节，殊堪诧异。值此外患逼境，吉黑危在旦夕，全力御外尚虞不足，今反以大军入关，其用心奸险，司马昭之心路人皆知”。
段祺瑞指使皖系的阁员在国务会议上通过议案：李纯经常请假，叫他离职养病，不开去本缺，派卢永祥代理江苏督军。冯国璋拒绝在这个命令上盖印，同时指使李纯即日销假以资抵制。段祺瑞又建议内调李纯为参谋总长，冯国璋也不同意。由于段的压力不断增加，冯才答应仿照以前处置陈光远的办法，给李纯以“革职留任”处分，段也不同意。
3月12日极端的主战派倪嗣冲又来天津，并电邀张作霖到天津共同策动拥段组阁和罢免李纯。而奉军就是这一天在距天津50里的军粮城设立关内奉军总司令部，张作霖自兼总司令，徐树铮以副司令名义代行总司令职权。
3月14日，冯国璋被迫只好亲到府学胡同段寓敦请段祺瑞再度组阁，段向冯表示拒绝。