11年6月12日，黎元洪发表了两道命令：
第一道命令是发表新内阁名单如下——
国务总理颜惠庆署理。
外交总长颜惠庆兼。
内务总长谭延闿。（署）
陆军总长吴佩孚。（署）
海军总长李鼎新。
农商总长张国淦。（署）
司法总长王宠惠。（署）
教育总长黄炎培。（署）
财政总长董康。
交通总长高恩洪。（署）
第二道命令是撤销民国6年“解散国会的命令”。
在内阁人事方面，黎是独断独行的，并未征求曹吴的意见，这是近几年来北京政府一直未办到的事。内务总长本来决定由孙洪伊担任，后来得到消息，这位以前是亲黎反段祺瑞的政客，现在是站在广东方面反对黎元洪复职，所以改派谭延闿。谭可以算是黎的老朋友，并且是与西南方面有关的人物，此时不在湖南，可以借重。至于农商总长张国淦，是黎的老幕僚，又是同乡。王宠惠是当时知名之士，也和西南有关。董康和高恩洪则是吴佩孚所欣赏的。请吴佩孚做陆军总长是想借他的威望和影响力去完成裁兵，同时把全国的军权交付给他，这样他就不会再眷恋一个巡阅使的地位，如果他率先放弃巡阅使，以他的威望作号召就可达到废督的目的。
还有参谋总长问题，本来决定齐燮元，这是为了把他调到北京来，以裁撤江苏督军做为倡导，可是吴佩孚则竭力推荐李烈钧，吴的发言力量太大，黎不能不答应，所以参谋总长便给了李烈钧。
不管怎么说，这个内阁人事总算实现了黎的愿望，而黎的愿望与直系的愿望不谋而合，就是用政治手段瓦解南方，以收全国统一之效。所以黎和新阁员都有电报迎接伍廷芳北上组阁，同时黎还电邀孙中山、张謇、王士珍，靳云鹏、熊希龄等到北京来筹商统一问题。
吴佩孚除电请孙中山下野外，还邀请伍廷芳、李烈钧北上主持大计。直系军人发出一片敦劝孙下野和欢迎西南人物北上的呼声。
因此，好像全国统一呼之欲出，北方军人过去在战场上得不到的东西，现在想通过恢复法统、迎黎复职一套手法来实现。
6月13日吴佩孚亲赴北京庆贺总统复职，但他并未就任陆军总长，他向黎元洪祝贺后，就回保定去了。
6月15日浙江督军卢永祥倡导自行废督，改称军务善后督办。他虽不承认黎是合法总统，却也承认他是事实总统，打来电报称为“暂行大总统职权”。黎就职电中也不以合法总统自居。
黎复职初期颇得中外好感，外交团对黎呼吁废督裁兵一事极为赞同，且对直系不以总统自为，而以维护法统迎黎复职，极为欣赏。
西南各省早已抛弃了护法的旗帜，主张组织联省自治政府，对于“法统”问题并不感到兴趣，不过也不反对黎复任总统。
吴佩孚早在倡议迎黎元洪复职时，就曾向湖南督军赵恒惕献策，吴、赵私交甚睦，因此不拘行迹。吴曾于5月31日电赵，替赵出了三个主意：（一）与广东陈炯明、四川刘湘一致，赞成恢复法统；（二）仍然保持自治，对南北采取中立态度；（三）既不赞成，也不反对。赵恒惕是西南各省推行自治的领导人物，吴希望赵能首先取消“自治”，同时利用他的影响力疏通西南联治派采取一致行动，赵对这个问题没有答复给吴。
不过，黎复职前后，贵州的袁祖铭（6月3日），四川的刘湘（6月8日），云南的唐继尧（6月28日）和川军将领刘成勋（第三军），但懋辛（第一军），杨森（第二军）及旅长以上军官（6月9日）都有电报赞成恢复法统，对黎表示拥护。
广东的陈炯明虽然没有直接表示，但在他6月19日给伍廷芳的电报中曾露骨地说：
“国会恢复，伪府取消，护法目的已达。黄陂复职，法律之争应候法律解释。非常国会擅举总统，恶例一开，乱及百世。炯明力争无效，以此获罪。现维仗公之力，切劝孙公敝屣尊荣，示天下以无私。”
广东省议会及各团体也于6月20日通电赞成统一，电报中竟称黎为总统而称孙中山为先生。这些都显示陈炯明的叛变事件在酝酿中。
黎元洪上台后首先撤销了对孙中山的通缉令以缓和南北之间的局势，并于6月15日下令全国各地一律停战。这时各地都有战争，孙的北伐军已经改道江西北伐，榆关又发生了直奉战争。黎认为南北停战是实现统一的首要步骤，因此派欧阳斌前往江西说服双方停止战斗，并且加委孙所同意的谢远涵为江西省长。其实孙早已任命谢为江西省长。黎这一行动顺得姑情失嫂意，由直系派出的援赣军总司令蔡成勋，看到黎这道人事命令，立刻加以拒绝。
黎在总统府很忙，每天忙于发电报，他一再地邀请孙中山、陈炯明、唐绍仪、李烈钧、岑春煊、谭延闿等到北京来共商大计，并且还派出代表多人分途去迎接。
内阁问题和统一问题是相连的，因此黎相信他要伍廷芳复任总理是一个好办法，同时邀请一些知名之士与南方有关系的人物参加北京政府是有益于统一的。其实他这个办法首先就让拥他出山的直系所不高兴，这就像徐世昌一样，徐是安福国会所拥立的，他上台后也以为自己可以统一中国，因此他的做法先让皖系和安福系所不满，如今，黎也走不出徐的旧路。
黎的梦想逐渐落空，6月15月谭延闿表示不就内务总长，16日黄炎培表示不就教育总长，他们的电报都是打给颜惠庆的，好像根本不承认黎元洪的总统地位。谭的电报说：“延闿从西南义师之后，不能悖护法政府之主张，为湖南人民之一，当服从联省自治之主义。”黎所殷望的伍廷芳也不理黎，6月20日发出通电，认为黎的复职没有根据，不敢苟同，末了并说：“行将息影家园，再研灵学。”李烈钧则参加了一个联名的电报，这个电报上公开骂黎叛国，骂黎元洪和旧国会都是直系的傀儡。
这一连串的反对和置之不理态度，真把黎元洪打得个发昏，简直是十七八桶冷水泼到他的头上，使他一团高兴和一些自以为很不错的做法，完全付诸流水。黎想拉拢南方人物参加内阁，以期促进统一的计划现在是彻底地落空了。
更伤脑筋的，是颜惠庆也不肯长期署理国务总理，吴佩孚也表示不就陆军总长。黎劝吴如果不能长期在北京，亦可遥领，不必坚辞，吴却摆起面孔说怎可尸位素餐。
这一来，内阁不仅不能促进全国统一，而且根本就残破不全，七拼八凑，不为各方所重视。除了许多热中名利的小政客奔走热闹，像戏台上锣鼓喧天和跑龙套而外，对政局毫无改善。
黎元洪上台前唱出废督裁兵，且以此为条件，当他上台后究竟废督裁兵实行情形如何呢？
先讲废督，首先实行废督的，是江西。江西督军陈光远于6月10日自动宣布解除督军职务，为什么陈光远如此漂亮呢？原来这时广东的北伐军长驱直入江西，使陈光远无法立足，只好借废督下台。陈自动解除督军职务后，曹锟马上保荐“援赣总司令”蔡成勋继任江西督军。黎元洪打电报给吴佩孚，希望废督从江西开始，所有赣军可以归蔡成勋节制指挥，吴佩孚对此无意见。
6月15日黎政府的第一次国务会议开会，黎自称以旁听资格列席，在会中建议批准陈光远辞职，派蔡成勋节制江西各军，嗣后督军如果辞职或出缺，一概不许简派。黎的建议获得通过，当天就发布了准陈光远辞职和派蔡成勋节制江西各军的命令，17日又补下了废除江西督军的命令。事实上，这位节制各军的总司令根本就是变形易貌的督军。
第二个实行废督的，是浙江。浙江的卢永祥，对北京是半独立状态，6月15日他邀集浙江省议会及各团体举行联席会议，宣布废除督军，但又声明，本人并不服从北京政府，废督后仍以第十师师长名义维持全省治安。接着浙军第二师师长张载扬发言，认为师长与师长之间必须有一个联系机构，希望大家作一个决定。于是卢永祥宣称请各团体在两天内商定善后办法，本人一定服从。第二天浙江各团体通过了“浙江军务善后办法大纲”，这个大纲规定设立善后督办一人，仍推卢永祥担任。同一天浙军第二师师长张载扬，北洋军第四师师长陈乐山，浙军第一师师长潘国纲联名推举卢永祥为浙江军务善后督办，浙江各团体通电赞成。20日卢宣布接受新职，并公布“善后纲要”七条。这一废督措施并不是拥护黎元洪，却是对北京政府的变相独立，因为善后纲要的要点为：“自废督后，浙江境内不受任何方面干犯，以防督军制之恢复，并变相督军制之发生。如其假借名义侵入本省，当本诸民意，力图抵抗。自废督之日起，在合法政府成立前，浙江一切维持原状。”这就是变相的独立，如果北京政府敢于变更浙江现状，浙江就要武力对抗。因此这一措施引起了直系极大的忿怒，准备向浙江和上海用兵，以铲除皖系的残余势力。曹锟、吴佩孚电请北京政府裁撤淞沪护军使，改设上海镇守使，归江苏督军节制。新任海军总司令杜锡珪准备装载苏军6000人在上海登陆，何丰林在上海颁布了戒严命令，可是黎元洪不主张用兵，曹、吴也不敢干为戎首，遂授意齐燮元和杜锡珪向卢永祥、何丰林解释误会，江浙之间的大战才告避免。
第三个表示赞成废督的是奉系领袖张作霖，他也承认黎元洪为事实上的总统，并且写信给黎赞成废督裁兵。事实上东三省已经没有督军了，因为奉系战败退回关外时，他就改用东三省保安总司令的名义行使东三省的统治权，孙烈臣和吴俊升则用“保安副司令”的名义行使吉林和黑龙江的统治权。奉直停战协定成立后，黎本打算叫张作霖用“镇威上将军”名义办理东三省军务善后事宜，这也就是变相的东三省巡阅使，因为由北京发布了这道命令，就在形式上使东三省仍成为北京政府的管辖区，而废督的省区又增加了三个，岂不是使黎面子好看得多，可是由于不能打通吴佩孚这一关，所以这一道命令没有发出。
吴佩孚对于废督裁兵问题，主张在全国范围内建立几个军区，实际上“军区长”就是“巡阅使”，黎早在鱼电中表示反对，未便接受。由于全面废督问题有困难，黎又打算下一道先行裁兵的命令。正在这个时候，曹锟打来一个电报，认为督可废，而兵不可裁。理由是北伐军深入江西，奉军仍图再举，各省土匪横行，裁兵必须推迟进行。曹锟这通电报到了北京，裁兵命令便留中不发了。
因此黎元洪的废督裁兵，变成了督不能废，兵不能裁，吴佩孚又不肯就任陆军总长，使黎的第一炮完全放不响。黎为了下台，遂在国务会议上建议设立全国裁兵委员会，以北洋派王士珍为委员长，南方的李烈钧为副委员长。这个建议也无法实现，因为王、李两人都不肯就职。其实，即使他们就了职，也无法贯彻裁兵的任务。
后来，黎终于想出了一个好主意，对于兼任省长的督军，裁去督军，存留省长，就用省长名义办理一省的军务善后，对于不兼省长的督军，改派为督理军务善后事宜。
黎打电报给山西督军阎锡山，劝他辞去督军名义专任山西省长。又召见新疆驻京代表，叫他劝杨增新辞去新疆督军。
又打算派冯玉祥为苏豫皖剿匪总司令而将河南督军一职裁撤。
山西的阎锡山和新疆的杨增新都不理睬黎元洪的主张，根本就不答复黎。同时江苏的齐燮元则反对黎把江苏划入苏豫皖剿匪区域，因此黎的这三个打算也都无法实现。从6月18日到7月24日，黎下令任命高凌霨为直隶省长，张绍曾为陕西省长，张其锽为广西省长，王永江为奉天省长，汤芗铭为湖北省长，王瑚为山东省长，韩国钧为江苏省长，原任直隶省长曹锐是曹锟的兄弟，高凌霨怎敢取而代之，黎乃改派王承斌。后来除了王承斌和韩国钧外，其他五位黎任命的省长都没有到任。
黎元洪的废督工作由于受制于军人，因此根本行不通，彻底破产。而曹锟和吴佩孚还和他开玩笑，一再来电保荐蔡成勋继任江西督军。黎既不敢拒绝，又不愿接受。因为江西虽因情势改变面废督，可是究竟还是第一个废督的省份，所以他只好用参陆办公处的名义，派蔡成勋“督理江西军务善后”。这和卢永祥改称军务善后督“办”只有一字之差。
裁兵问题也一样破产，曹吴电保靳云鹗升任第十四师师长（旅扩充为师），周荫人升任第十二师师长（这一师本是陈光远兼师长，陈已下台）。黎对于曹、吴这个电报违反裁兵原则，不好答复，改由陆军部批准备案。