孙中山主张先裁兵再谋全国统一的计划，曾获黎元洪、张绍曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。不过张绍曾认为裁兵问题必须召集全国性的军事会议才能解决，所以他仍主张先召开“国事协议会”解决统一问题。黎、张两人本来打算派代表到上海与孙商讨实现和平统一的具体办法，不料12年1月26日广州发生了沈鸿英的江防事变，张绍曾错误地认为孙中山在南方已没有实力，已经无足轻重，因此所派代表临时中止出发。
同一时间，曹锟和吴佩孚一再催促北京政府发表孙传芳督闽、沈鸿英督粤的命令。吴佩孚本来很瞧不起沈鸿英，认为沈是个反复无常的小人，可是陈炯明垮台后，吴觉得沈鸿英还可利用，所以要他督粤。张绍曾本来反对这两道任命，曾以去就力争，拒绝发表。江防事变后，张认为沈在广州得势，所以也打算同意沈的新命，不过在北京国会中的国民党议员却大为反对，因此张于1月30日改下命令嘉奖陈炯明下野，希望在广东的主客两军互谋谅解，勿再从事私争，并派林俊廷为广西军务督理，丁槐为两广慰问使。这些命令引起了国民党的极大不满，因为孙中山最痛恨的，是陈炯明犯上作乱，现在陈被逐下台，北京政府竟嘉奖陈炯明，不说他是被逐而说他是下野，这简直给孙和国民党极大难堪。同时国民党认为发表林俊廷为广西督理也是极不友好的行为。
直系方面则大力向内阁施以压力，曹锟、吴佩孚、萧耀南、蔡成勋联名电催发表沈鸿英督粤命令，吴佩孚的代表钱秉鉴连日坐守国务院当面催促，张绍曾感到十分为难，又想先发表孙传芳督闽的命令，以减轻来自洛阳方面的压力。
就在这个时候，齐燮元派孙发绪携带“统一方案”来到北京，方案内容包括总统问题、宪法问题、裁兵问题、财政问题、善后问题五项。这个方案的实质是先统一后裁兵，先选举总统后制定宪法。在善后问题上，建议设立元帅府以安置高级的失业军人，以孙中山为元帅府首长；并设立元老院以安置高级的政客，以段祺瑞为元老院首长。这个计划的幕后设计人有前任国务总理靳云鹏等，由孙发绪起草，齐燮元出面，并叫孙发绪带到北京来先统一北方意见。争取曹锟、吴佩孚、冯玉祥、张绍曾等共同签字，然后正式向南方提出。孙发绪到处宣传某人愿意签名，其实完全是买空卖空。首先曹、吴两人就反对设立元帅府。
黎元洪也不赞成这个方案，他曾在一次宴会上痛骂孙发绪招摇撞骗，情同造反。孙发绪乘兴而到北京，如今一见风头不对，就悄悄地溜之大吉，跑到保定，在曹锟身边做了高等顾问。
统一问题困难重重，不过张绍曾并不因此灰心，他打算先发表四川、湖南、云南、贵州四省督理、省长的任命，以粉饰纸上的统一。吴佩孚赞成这么做，他曾劝诱湖南取消省宪，如果不愿取消，则由北京政府任命赵恒惕为湖南督理，赵可以采取既不接受，又不反对的态度，借以表示赞助统一。可是张后来根据各方情报，知道这些命令如果发表，一定会引起西南各省的否认，因此又不敢发表。
孙中山于12年2月21日回到广州后，22日北京政府就发表尊重《约法》的命令。这个命令具有双重作用：一方面阻止孙在广东重组政府；另一方面阻止曹锟武力篡夺总统，或者采取非法手段促进总统的选举，因为国会已在北京复会，另组政府就是破坏《约法》的行为，而在宪法未完成以前选举总统，也是违反《约法》的行为。
当孙中山在广州成立大本营，以大元帅发号施令后，曹锟和吴佩孚认为这就是破坏《约法》，破坏和平，主张下令“讨伐”。曹锟派项致中、吴佩孚派李倬章到北京催促发表闽、粤两省督理的命令，曹锟并且一天连打几次长途电话来催问，项致中见张绍曾时曾拍案大骂他全无心肝。张绍曾突然强硬起来，对曹、吴不买帐，3月8日国务会议决定拒绝发布闽、粤两省督理的命令，并且用总辞职手段回答曹、吴的压力，当天并以内阁名义发出了庚电云：
“绍曾等受任之始，即宣言以和平统一为职志，以促成宪法之指归。近日以来，粤中有僭名窃位之行，各方呈枕戈待旦之兆。和平立破，调剂无方。惟有引咎辞职，以谢国民。”
这个电报获得不少的同情，不过国民党和直系都是不喜欢这个电报，国民党反对电文中有“粤中有僭名窃位之行”一句，直系则反对“各方呈枕戈待旦之兆”句。国民党议员发表通电说僭名窃位的，不是别人，正是张绍曾自己，因为黎元洪并非合法总统，则黎所提出的内阁自然也是非法。
张绍曾内阁敢于和直系大军阀相抗，不失其有硬骨头，所以当时颇能赢得大多数人鼓掌，因为北洋时代的内阁，久已成为军阀的应声虫了。像张绍曾这样有勇气和决心，则是北京政府历届所无的。
不过问题的真相却是这样，原来内阁中的阁员分为总统府派和津保派。政学系阁员李根源、彭允彝属于府派；高凌霨、吴毓麟、刘恩源则属于保派。黎元洪要拉拢孙中山，而孙又和岑春煊（政学系领袖）有合作关系，所以政学系的阁员们就反对任何足以伤害孙的命令。
3月8日张绍曾在军阀的威胁下拟就两道命令：一道是发表孙传芳为福建督理；另一道是“诰诫”孙中山勿在广州组织另一政府。但是政学系阁员反对第二道命令，保派阁员则主张对孙下讨伐令而不是诰诫令，双方各走极端，互相对骂，甚至拍案喧哗。吴毓麟首先大嚷着说：“内阁既然不能统一，我们大家还是下台吧。”张绍曾也表示除了下台别无他法，因此大家作出了内阁总辞职的决定。张绍曾为了骗取全国的同情，就用拒绝发布闽、粤两省督理的命令，作为内阁总辞职的借口。
张绍曾并不是真心想辞职，因此他提出辞职后，天天期待各省的挽留电报，吩咐国务院随时把这些电报油印下来分发到各报去发表。果然卢永祥、何丰林、王永泉都有电报来挽留他，卢、何等是属于皖系的，他们不是对张有什么好感，而是借题发挥，打击曹、吴。他们对北京政局毫无影响力量，不足以左右北方政局。
忽然，报上出现了吴佩孚的“昌密”灰、真两电，挽留张内阁，这是强有力的声音。有一位记者怀疑吴佩孚电报的真实性，所以打电到洛阳探询，洛阳回电话：“我们这里根本没有发过这样电报。”
真正不愿意张绍曾下台的是黎元洪，他声泪俱下地请求吴景濂、王有襄支持这个内阁，张绍曾也表示愿意帮总统的忙，不使政务停顿，每天在私宅处理公文，副署命令，是一个在家办公的国务总理。
张绍曾大家背地里称他“张疯子”，说他做事有头无尾。他宣布辞职后，疯病显得更厉害，经常喃喃自语，自称九重天宫的古佛下降人间，当代人物多系他手下的星君托胎转世，不过也有妖魔鬼怪下凡作祟，他念动经文请求仙师赐以神斧斩尽妖魔。
3月16日，他忽派程克乘专车到天津，迎接财政总长刘恩源、交通总长吴毓麟回京复职；又派汽车守候在车站，等到专车开回时，就把这些阁员迎接到自己住宅讨论复职问题。果然，17日这两位保派阁员都服贴地回来了。于是在张宅又开了一次销假复职的内阁会议。刘恩源首先表示他是保定的代言人，现在复职问题是要看保定方面所提的两道命令是否能够发表？如果能发表，就可以复职。吴毓麟补充说：今天会议不必多所讨论，两道命令的发表一句话就可决定，先解决这个问题，再研究复职问题。于是张绍曾表示大家意见已趋一致，两道命令当可发表，遂定于19日全体复职。
局势为什么会急转直下呢？因为曹锟表示愿暂时维持张内阁。曹为什么还要维持张呢？因为张暗中向曹表示对南方针完全一致，闽、粤督理命令可以发表。因此曹即电嘱刘恩源和吴毓麟，令他们回京复职。
内阁复职既已决定，但是张绍曾却觉得发表这两道命令对自己面子太不好看，因此想仿照蔡成勋为江西督理的前例，用参隆办公处的电令发表，而不用总统的命令，这个办法不为保、洛两方面所接受。
19日复职的张内阁举行国务会议，吴毓麟首先提出讨论闽、粤两省督理一案。张绍曾说：“我现在已经大彻大悟，所以今天一定要发表这两道命令。前些日子我们为了这个问题闹辞职是错误的。”他的话刚说完，以前坚决反对发表这两道命令的两位政学系阁员立即一致附和，李根源愿意负责疏通总统盖印，原来他们为了保全阁员地位，也只好和张绍曾走同一的路。
3月20日，北京政府下令特派沈鸿英督理广东军务善后事宜，杨希闵为军务帮办，林虎为潮梅护军使兼粤军总指挥，陈炯明、钟景棠为广东陆军第一、第二两师师长，温树德为广东海军舰队司令。特派孙传芳督理福建军务善后事宜，王永泉为军务帮办，臧致平为漳厦护军使。照这名单，已超过了保、洛两方面所要求的范围，督理以下的任命是张绍曾自己加进去的，这是张为了更进一步讨好保、洛两方面而做的画蛇添足举动。
这一来张内阁原来标榜和平统一的野人头，到此原形毕露了，同时这个内阁和国民党之间公开敌对了。
4月3日，北京政府继续任命刘冠雄为闽粤海疆防御使，显然有调动海军进攻广东意图。同日任命洪兆麟为洪威将军兼广东陆军第三师师长，李易标为广惠镇守使，申葆藩为钦廉镇守使。这表示把所有反对孙中山的势力都集中起来，准备总攻广州。
但是黎、张两人却还在大唱和平统一的论调。3月27日派王宠惠携带全体阁员的联名函件南下，劝告孙中山取消大元帅府，或者亲赴北京，或者到上海赞助和平统一。黎还授意金永炎致函湖南省议会议长林支宇，表示并不反对联省自治，希望湖南也赞助和平统一。
这真是痴人说梦。直系一方面埋首要武力统一，而总统和国务总理却高唱和平统一，当然是背道而驰的。以此对付南方，南方怎会合作？
王宠惠奉派南下，是和杨天骥同行的，他携带一封内阁全体阁员联名函给孙中山。
王、杨联袂抵沪，先访浙督卢永祥，托卢疏通，卢认为应先取消闽、粤两省督理的命令。王在上海又和孙中山所派代表胡汉民、孙洪伊、徐谦等进行统一问题的谈判，胡等亦提出撤消闽、粤督理为南北统一的先决条件。孙洪伊还提出黎元洪下野的条件。王宠惠的随员杨天骥电告北京，如果孙文下台，吴佩孚必须同时解除兵权。报纸把这个电报登了出来，徐谦、孙洪伊质问王宠惠说：“这话从何而起？”
4月15日，张绍曾到保定商谈对孙、对奉等问题，并同意齐燮元所提的，召开南京会议解决南北统一问题的建议。曹、吴本来不重视黎、张二人所进行的和平统一，不过要利用他们分化南方，所以曹锟对张绍曾的和平建议采取了“姑妄听之”的态度。
4月10日张作霖给孙中山一电，解释外间的谣言，电云：
“近日报纸登载，奉省有图谋复辟之说，此种无意识之谣诼，在稍有常识者见之，不值一哂。惟市虎杯蛇，深引起一般误会。作霖素性光明磊落，但知爱护共和，顾念大局，我公夙所深悉，敬祈代为宣布，转饬各报更正，无任祷企。精卫兄已来奉，厚意至感，并谢。”
这时正是孙、段、张三角联盟时，孙中山曾派汪兆铭到北京从事联络，4月上旬汪到了奉天，所以张作霖给孙中山电报中提及。
孙中山于收到奉张来电，即复电云：
“蒸电复辟谣诼，并嘱宣布，转饬各报更正，具见矢忠民国，曷胜钦佩。国建共和，十余稔矣。中经复辟之变，不旋踵而灭。国体既定，诚有非顽民所能颠覆者，执事之明，岂或屑此。不图乃有以为中伤者，人心之险，良可浩叹。执事通电明志，国人皆将喜闻此祥和之言。文亦将视力之所及，勉为执事剖白之。更冀本爱护共和之初衷，进而为解决大局之盛举。文虽不敏，至愿与时贤共之也。”
12年4月中旬，沈鸿英终于叛变。
原来沈之参加逐陈，主要目的是为自己，当沈进入广州时，即欲恢复省议会，选举政学系林正煊为省长，借以取得广东的政权；又拟借江防会议，杀尽国民党要员。怎知这二事都失败，因此只好伪称服从孙中山，移防肇庆。北京任命沈为督理广东军务后，沈即于4月15日在新街就任督理，通电请孙中山离粤。
4月16日拂晓4时，沈军开始进攻，李易标六七营分三路扑攻广州市：一路由白云山向农林试验场猛攻滇军杨希闵总司令部，滇军已获沈军叛变的消息，所以立即出队抵御，孙中山亲偕杨希闵督战，沈军当场被击退。一路扑攻造币厂，为卢师谛部击退。一路进攻流花桥，为刘震寰部所阻，李福林闻警，即调所部福军八营，渡河助战。孙中山亲登观音山督战，广州市转危为安。
沈鸿英自任中路，沿奥汉铁路南下，沈荣光出英德、四会，直攻三水；西江一带之沈军亦响应沈鸿英。
孙中山以大元帅名义褫夺沈鸿英桂军总司令，电云：“沈逆鸿英，反复无常，奸诈成性，阴谋内乱，逆迹久彰。本大元帅念其微劳，怒其既往，展示优容，冀与感化。不意狼子野心，始终不悛，一面呈报移防，一面阴行鬼蜮。竟于昨夜擅自称兵，进袭省城，幸我军将士用命，戒备有素，当经击退。似此恣行叛逆，甘为戎首，扰乱军纪，贻害地方，实属罪不容逭，法所必诛。沈鸿英应即褫夺桂军总司令本职，着滇军总司令兼卫戍总司令杨希闵、东路讨贼军总司令许崇智、西路讨贼军总司令刘震寰、大本营驻江办事处全权主任古应芬、东路讨贼军第三军军长李福林、中央直辖第七军军长刘玉山、中央直辖第三军军长卢师谛、海军舰队司令温树德、驻汕海军各将领、广东江防司令杨廷培、广东海防司令陈策等，各督饬所部，分途兜剿，迅速扑灭，以正法纪，而遏乱源。”
孙同时电驻沪代表向王宠惠提出严厉质问：
“北方阳为言和，阴实迷信武力，且借以懈我之备，言之殊堪痛恨。”
17日孙中山函汕头许崇智，告以陈天太部已出四会，现战情已变，江门军当全数出三水、芦包，向高塘、新街方面进攻，以速扫灭袭击省城之敌为先，然后再为第二步进取。
18日滇军收复瘦狗岭，福军追击至龙眼洞，刘震寰收复小坪。19日滇、粤、桂、福联军予沈鸿英以决定性之一击，白云山一带完全克复，沈部狼狈向北路江村、新街败退。蒋光亮之第四师及第二混成旅胡思舜部担任三水、芦包、炭步等地右翼作战，以抵御西江一带沈军。
沈鸿英投靠北京，在广州叛变，当然是吴佩孚的策动。当时孙中山在广东的局势并不稳定，孙回广州后，沈鸿英虽在广州，却并未见面。至于滇军也有问题，孙早就发表杨希闵为广州卫戍司令，可是杨到了3月12日才宣布就职。当朱培德部滇军由广西开抵三水、河口的时候，孙即将该部改编为拱卫军，令其驻守广州。朱培德和杨希闵虽同为云南人，但完全是两个不同的系统，同时并不和睦，孙为了避免这两支滇军发生误会，所以指定以河南为朱部滇军的防区，自己也将大元帅府移往河南水泥厂。
沈失败后，北京政府于4月21日任命洪兆麟为汕头防务督办，叶举为惠威将军，尹骥、李云复、赖世璜、苏世安、杨坤如、翁武亮为广东陆军第五至第十师师长。这些人事命令全是企图把陈炯明的旧部争取过来，使其和沈鸿英联合夹攻广州。
孙中山认为北方已没有商谈的诚意，最大阻碍是吴佩孚，因此令驻沪代表通知北方，如果北方诚意言和，就应先罢免吴佩孚，否则和谈可以终止。
王宠惠本想做孙中山和吴佩孚之间的桥梁，孙、吴关系破裂，他放弃了北方代表身份，到广州谒见孙中山，随后出国到海牙任国际法庭的审判官。
孙虽然发表蒋中正为大本营参谋长，可是他还在上海，孙屡电催促来粤，杨庶堪、古应芬、廖仲恺亦纷电促驾，蒋中正乃由沪赴粤，途行五日，4月20日抵广州，就任大本营参谋长。26日孙偕蒋中正赴江村劳军，全体将士闻大元帅莅临，大为兴奋。
沈鸿英叛军于21日自新街退据源潭，和滇军杨希闵相持。25日滇军攻占清远，沈荣光先溃逃，29日滇、粤、桂联军以全力进攻粤汉路沿线之沈军，30日攻克源潭。5月2日滇、粤军克琶江。3日孙中山至源潭劳军，6日至三水慰问伤兵。
7日，孙中山调廖仲恺为广东省长，以叶恭绰继任财政部长，郑洪年为次长。叶和郑都是旧交通系，交通系的领袖梁士诒受奉张支持组阁，在阁揆任内被吴佩孚用一连串的电报轰了下台，梁下台后和他的主要助手叶恭绰都避居香港。迨孙、段、张三角联盟后共约抗曹、吴，梁士诒遂举旧交通系支持孙中山，孙这时在广东最困难的，就是财政问题，梁士诒、叶恭绰等均以长袖善舞著称，所以孙中山遂邀叶恭绰任财政部长。大本营的财政由旧交通系支撑，对内对外都产生了信心。