13年9月15日，奉军向朝阳方面进迫，9月下旬山海关方面有空战，前线发生接触。
北京方面获悉奉军入关，军情紧急，即电召直系巨头吴佩孚赶速率部入京。
吴佩孚自11年7月由北京遄返洛阳后，即专意练兵，独树一格，不愿和曹锟左右同流合污。他在洛阳修建继光楼以款接天下士，并在楼上亲题一联：
得志当为天下雨；
论交须有古人风。
其时天下名士奔走于洛阳道上，张謇、章炳麟、康有为都是门下客。12年4月22日（阴历三月初七）吴佩孚五十寿辰，各方显要到洛阳庆贺的，达七八百人，康有为手撰著名的寿联是：
牧野鹰扬，百岁功名才半纪；
洛阳虎视，八方风雨会中州。
这时是吴一身鼎盛之际，当曹锟贿选前，曹之嬖幸李彦青副官长曾来洛阳，向吴游说。吴平素最鄙视李，见李时即斥责说：“老帅需要你照料，你来此何为？赶快回去，已替你安排好了车辆，快回去吧。”
曹锟就任总统后，吴和曹的左右感情日恶，决心在洛阳埋首练兵，先后设幼军兵团、学兵团、讲武堂军官讲习所、铁甲车队，并扩大巩县兵工厂，经常调训所部官兵。
这时，吴的直属军队共为五师一混成旅，自兼第三师师长驻洛阳，第八师师长王汝勤驻宜昌，第廿师师长阎治堂驻潼关，第十四师师长靳云鹗驻信阳，第二十四师师长杨清臣驻开封，陕军第一师师长胡景翼驻顺德，第二十六师师长田维勤驻河南。此外还有若干独立团合计兵力10余万人，飞机30余架，尚有由温树德指挥的渤海舰队，辖两艘巡洋舰海圻、海琛，两艘驱逐舰肇和、豫章，三艘炮舰永翔、同安、楚豫，总吨数1．3万余吨。
吴佩孚待部属以严著称，吴五旬寿诞时，曾禁止部属入洛阳，并在各报刊有“谢入洛宾客启”。吴的部下很怕这位秀才大帅，所以对祝寿又想来，又不敢来。河南督军张福来地近咫尺，又和吴有金兰之好，自觉万无不来之理，当吴见到张，立即厉声说：“你来干吗？”张毕恭毕敬地回答说：“为大帅祝寿。”吴说：“怎么？你没有见到我的电报？有功夫拜寿，何不去约束一下你的兄弟，你的兄弟比赵前督的兄弟好不了多少。”这时在吴座上还有河南各界代表，张福来不觉愧汗如雨。吴又提出逐四凶、除八怪。这所谓的四凶八怪，都是张手下的红人，包括张的兄弟及督署参谋长、秘书长、军需处长等。
张福来受了这一场呵责，丢人可丢大了，回到开封后，一肚子怨气都出在那些人身上，把他们一律革职，并电报呈称：
“以后用人行政，事事禀命而行。”
河南督军本是“河南王”，可是自从吴佩孚驻节洛阳后，河南王变成了矮屋下的小媳妇，赵倜任督军时畏吴如虎，冯玉祥任督军时也深感榻侧有虎为患，张福来是吴的直属部下，吴对张更不客气，亲而不尊，常对人说：“子衡（张福来字）为人老实，我不能不好好监督他。”
吴素以关羽自况，在当时自然受到中外注视，想不到这位“关夫子”竟惹起外国小姐眷恋。有一位德国小姐露娜从北京到洛阳，抱着崇拜英雄心理，由她的亲戚德国外交官写了一封信，不远千里而来见吴。吴正襟危坐接见了她，这位露娜小姐返北京后竟寄来一封求婚的信，一开头就很干脆地说：“吴将军：我爱你，你也爱吗？”这封信让翻译的人员大伤脑筋，不敢译给大帅，乃请示郭秘书长（其时郭还未死），郭笑着说：“翻译总要的，你们无权扣留大帅的情书。”译员只好硬着头皮呈了上去，见吴并未发怒，且面带笑容，才放下了心。不过吴并没有回信，露娜小姐不死心，一连来了好几封信，回德国后仍还不断来信。纠缠了两年之久。
吴的正室李夫人，在湘军援鄂时去世，吴一直没有续娶之念，如夫人张佩兰亦未扶正。自从闹出德国小姐求婚的风潮后，张夫人便吵着要扶正，为了这桩事，吴还到山东蓬莱把吴家李家的族长请来洛阳开了一次联席会议，这些老头子都不赞成，搞得很不愉快。最后张夫人终于扶正。
13年1月28日，北京内阁总理孙宝琦移樽就教，亲来洛阳访吴，吴执弟子礼甚恭。
当吴极盛时代，在直系内部树敌也是很多的，不只是曹锟左右，就是直系大将也和吴貌合神离。曹锟贿选前后，反直的国内派系曾组织三角同盟，前面已提到就是孙、段、张。而在直系内部亦有小三角联盟反吴佩孚，观察家如此说：“直系以外有三角联盟，直系以内亦有小三角联盟，小三角联盟是以同盟罢工为逼曹去吴之手段。”
吴志在以武力统一中国，为了军事行动，必须先求战时指挥之统一，乃制定以师为单位，凡巡阅使、督军之兼任师长者应解除师长一职。民国初年军阀们不管官做到多大，绝对不放弃兵权，当时师是最大的军队编制，大军阀们总是身兼师长。吴佩孚、齐燮元都是师长而兼巡阅使，其他多是师长而兼督军。军阀们心理很矛盾，一方面拼命往上爬，一方面又死守住师长位子不让，大家都知道，没有兵的话，巡阅使也好，督军也好，都是空的，爬得愈高，会跌得愈重。
吴佩孚想统一军权，就想削藩。他自己首先倡导，呈请辞去第三师师长兼职；曹锟却不答应，曹说：“第三师是北洋正统，非老弟莫属。”吴对曹仍极恭顺，曹这么说，吴也就不再坚辞；却将直隶督军王承斌所兼的第二十三师、河南督军张福来之第二十四师、湖北督军萧耀南之第二十五师师长一律开去。还想开去齐燮元的第六师师长，王怀庆的第十三师师长、郑士琦的第五师师长，这就招来了直系诸将的极大反对，郑士琦表示宁愿降阶，辞去山东督军而不放弃第五师师长。
13年5月，王承斌因师长被夺（吴派王维城继任），而请辞直督，当时与王呼应的，有冯玉祥和齐燮元，这就是直系内部的小三角联盟，他们的箭头是指向吴佩孚。
王承斌去见曹锟时，当面提出辞职，曹问王为了什么？王不好明讲是因为师长被夺，只说情绪不好，曹很坦率地说：
“要不干，在家一齐不干。”
冯玉祥反吴，是因为河南督军被撤职，当时吴要查办冯，冯托了张绍曾和张廷锷二人向曹锟去求情，曹打电报给吴说要调冯到北京当面查询；吴碍于曹的面子，才让冯去北京，冯到了北京，曹遂发表冯为陆军检阅使，吴只好同意，冯因此得以继续保持他的军权和军队。
齐燮元一方面是因为吴要他让出师长职务，另一方面吴对于江浙的争端，并不热烈支持齐，所以参加反吴联盟。
第二次奉直战争，在未开战前，直系已是四分五裂了。
13年9月15日张作霖率奉军入关后，在北京的曹锟便连打十万火急、百万火急、限即刻到的电报召吴佩孚入京。在洛阳的吴佩孚深知直系诸将离心离德，旧将不可用，而新兵又未练成，自己派到关外的“第五纵队”羽毛尚未丰满，后勤没有准备，面临的战争，完全没有把握，内心颇感痛苦。可是曹锟的电报，加上大敌当前，他不能置之不理，于是乃于9月17日乘专车入京。
北京以隆重的礼节欢迎吴，从车站到总统府，五步一哨，十步一岗。直系大将冯玉祥、王承斌、王怀庆等都排队欢迎，这是黎走曹继以来，吴到北京的第一次，也是他生平最威武显赫的一次。
曹锟充满喜悦，像吞了一颗定心丸，堆着笑脸迎接吴，吴向他行礼，他连声说：“子玉，辛苦你了；我老了，一切请你作主。”
直系诸将对吴都表示极端的恭顺，吴本来顾虑内部不团结的疑云为之一扫而空，他相信兄弟阋于墙外御其侮的大道理。
曹锟于吴入京的当天，下令讨伐张作霖，特任吴佩孚为讨逆军总司令，王承斌为副司令，以四照堂为总司令部。
9月17日讨逆军吴总司令在四照常就职，并亲笔点将，吴和总部政务处长白坚武各据长案一端，代理国务总理颜惠庆（国务总理原为顾维钧代理，奉军入关的第二天顾请辞职，曹乃派颜代理）走来时，白坚武竟大模大样地端坐着，只把头略点一下，意气之盛，简直不把堂堂国务总理放在眼下。
吴佩孚是测量学校出身，微时在吉林从军有年，洞晓东北的山川形势及每一军略要地，他的点将，就是完完全全的作战计划：
第一军总司令兼第一路司令彭寿莘（第十五师师长）
第一路副司令冯玉荣
军副司令兼第二路司令王维城（第二十三师师长）
第二路副司令葛树屏
军副司令兼第三路司令董政国（第九师师长）
第二军总司令王怀庆（第十三师师长）
军副司令米振标
前敌总指挥刘富有
副总指挥龚汉治
第三军总司令冯玉祥（第十一师师长）
第一路司令张之江
第二路司令李鸣钟
第一军兵力有三师，在山海关方面与奉军第三军张学良对抗，人数约4万，是主力；第二军兵力一师两旅，以热河为根据，向朝阳方面抵拒奉军第二军李景林部之进攻；第三军兵力一师三旅，由古北口出承德、赤峰，对付吴俊升、许兰州之军事行动，人数不下二万五千，为直军劲旅。
后援军总司令为张福来，曹锳、胡景翼、张席珍、杨清臣、靳云鹗、阎治堂、张治功、李治云、潘鸿钧、谭庆林分任十路援军司令，曹士杰、林起鹏、田维勤、马灿林、吴长植、张金标分任二、四、五、八、九、十路援军副司令。另派定各省后方筹备总司令：河南李济臣、李炳之，山东熊炳琦，京兆刘梦庚等。总兵力不下二十万。
海军总司令杜锡珪，副司令温树德，总指挥迟云鹏。海军系以杜锡珪之长江舰队和温树德之渤海舰队合组而成，当时上海独立舰队因归降杜锡珪而势力消失，故直军乃倾其全力向辽东湾活动，以大沽口为根据地，秦皇岛为战区，葫芦岛为前线。并拟利用海军征集商船，运输陆战队及他路援军驻安东、营口，由南满铁路进扼沈阳之背。
至于空军方面，编成四队。第一队驻北戴河，第二队驻滦县，第三队驻朝阳，第四队驻航空处。合计储存于南苑、洛阳、保定、清河及停止京戴、京津航空线所得之飞机共有70余架。航空司令为敖景文。
吴佩孚这次点将，从下午2时直到晚上12时，最后写到总司令吴佩孚几个大字，总统府全部电灯突然熄灭，这本是例行的每晚12时正换电，可是不巧在吴点将的最后时刻，点到他自己名字，眼前一片漆黑，令人联想到这是不祥之兆。