15年3月间冯玉祥离平地泉宣布出国赴俄，于23日抵达库伦。代冯出任国民军第一军司令的张之江却请辞西北边防督办和察哈尔都统，并保李鸣钟和鹿钟麟继任。北京阁议复电慰留。25日国民一军将领一致拥护张之江，张不得已勉强主持国民一军大计，所谓大计就是固守京畿，倘无和平办法及正式交代，决不放弃京畿。倘欲国民军让步，须通过和平途径，武力压服决不接受。这都是国民军中鹰派的主张。鹰派的代表人就是鹿钟麟，他认为国民军以前应付滦州、沧州、保定、朝阳、大同各战线都能支撑，现在缩短了战线，怎么不能守一个北京城。当时国民军的兵力共有步兵十一师，除甘、热、察、绥留四师外，在京畿附近的有步兵七师，骑兵两师。而国民二、三、四、五四军残部已完全撤至长辛店及北京西郊，实力仍完整，足可一战，所以应该凭借掌握北京作为谈和的条件。
4月1日国民军将领在北京警卫部开紧急会议，一军鹿钟麟、韩复渠、郑金声、门致中、程奇圣。二军弓富魁，三军胡德甫，五军方振武均出席，一致决议听鹿钟麟指挥、备战、筹饷、谋和。一、二、三、五各军并组联合办公处。
当时对北京具有威胁性的，是奉军和直鲁联军，这两支军队都是奉军系统，由于奉军对国民军有威胁性，同时由于有郭松龄联结国民军对奉张倒戈的一幕，所以奉张咬牙切齿派兵入关，当然要消灭国民军以报一箭之仇。在这个时候，国民军内部多以联吴拒奉为改善当前困境的一着棋。由于直系巨头曹锟在北京，也可以说在国民军手中，如果恢复曹锟的自由，就是疏通直系之路。
和平运动本是由北京父老王士珍等组织调人团向各方疏通，奉张表示需国民军放弃直隶、热河、京畿三区为先决条件。这当然是国民军无法接受的，于是国民军乃派王乃模、何遂赴保定与吴军先头部队田维勤搭线，接触情况颇顺利，田并派耿乃熙入京，会见鹿钟麟，鹿且领衔国民军将领公宴耿，即席表示欢迎直军入京，驻防南苑，共同御奉。4月9日丁春喜电鹿钟麟，谓吴佩孚必先去段，恢复曹锟自由，才有谈和余地。耿乃熙亦以相同意见告鹿。吴的条件驱段释曹，比张作霖的退出北京和直隶，热河要好办得多，因此鹿钟麟遂决心发动政变。
15年4月9日夜10时，北京警卫司令鹿钟麟先下手为强，派出大刀队监视电话局，断绝通话，另派大刀队、保安队5000余人分守九城和交通机关，由东单牌楼起断绝行人。以（一）金佛郎签约。（二）屠杀学生。（三）挑拨战争诸大罪包围执政府。宣布讨段迎吴。段率安福系诸要员在国民军进入执政府前逃入东交民巷。
北京警卫司令部于4月10日发布布告云：
“为布告事，照得段祺瑞自就任执政，祸国殃民，无所不至，其最巨者，如擅定金佛郎案，枪毙多数学生，尤为国人所痛恨。其左右亲信皆系安福余孽，逢奸长恶，违法营私，挑拨战事，涂炭生灵。……本军为国家计，为人民计，迫不得已……。并电请吴玉帅即日移师入都，主持一切。京师地方秩序，仍由军警负责维持，合亟布告商民一体周知，各安营业。倘有造谣生事，妨害治安之徒，一经捕获，即依法惩治，以警效尤……。中华民国十五年四月十日。总司令鹿钟麟。”
北京政变后，段祺瑞及其亲信逃入东交民巷，即令国务院发布两则通电如下：
“十万火急，各省区军民长官鉴，本月九日夜半，鹿钟麟率兵围困府院，截断交通，意图危害。不特一切政务无由执行，且致首都秩序不保，市民恐怖异常。在此扰乱期间，所有捏造事实，假借名义之文件，概属无效。各省区地方治安，均盼军民长官妥为维持。奉谕特达。国务院。蒸一。”
“十万火急，各省区军民长官钧鉴，蒸一电计达，本院暂行停止办公，执政安全。国务院。蒸二。”
北京国务总经理贾德耀于15年4月12日通告外国驻北京的公使团，告以政变经过，内云：
“径启者，顷因京畿警卫总司令鹿钟麟，突于本月九日深夜之际率兵围困府院，意图危害，以致一切政务之执行，暂时陷于停顿之状态。本总理诚恐上述事变之真相及其结果，不无足以引起贵公使及各国公使深切之注意，是以不得不说明其要点如左：
（一）现在段执政虽为在京一隅之暴力所障碍，暂时不能得使其职权，然未尝因此而为辞职之表示。且对于全国治安业经通电训令各省区军民长官，本其职守，妥为维持。并严重声明，在此纷扰期内，所有一切捏造事实及假借民意之电文，概属无效。
（二）此次鹿钟麟之轨外行动，不能得任何方面之同情，其他深明大义之各军事当局，及训练有素之军队，且将自动激起而制止之。预计在最短期间必能排除目前一切之障碍，而恢复从前之政治原状。
以上两点颇关重要，用特专函奉达贵公使，即希查照。中华民国国务总理贾德耀。”
国民军逐段后即往迎曹锟，希望因此而得到吴佩孚的谅解，联吴以讨奉。其起事的通电中，对吴推崇备至，有云：“吴玉帅以命世之才，抱救国之志，数奇不偶，养晦黄州，志士仁人无不扼腕。彼乃密派兵舰前往加害……。几摧柱石，此又异邦人士全国妇孺同深愤慨者也！……用是萃集将领，共同讨论，佥以法统不复，无以树立国之基，障碍不除，无以开和平之路。……谨于四月九日保护总统，恢复自由。所有祸国分子分别监视，静待公决。……此后动定进止，惟吴玉帅马首是瞻……”
4月11日国民军全体将领再致吴佩孚并孙传芳、阎锡山等电云：
“蒸电计达，查此次促段下野，实因顺全国之舆情，平各方之公愤。原冀实行监视，听候解决。不意敝军改编卫队之消息传出，段已事前风闻避入使馆界内。现在京师治安，业由军警负责维持，秩序如常。至于建国大计，诸公素抱伟略，当能主持一切。敬祈随时见教，俾有遵循，无任感祷。鹿钟麟、何遂、方振武、郑金声、唐之道、韩复渠、徐永昌、石友三、佟麟阁、门致中、孙连仲、庞炳勋、顾占鳌同叩。真。”
这时，北京新华门外又是一番新气象，昨天还是待罪的阶下囚曹锟，被人指责斥骂，忽然摇身一变而为人人拥戴的“总统”了，请安者不绝于途，馈遗者亦络绎于路。曹锟有蒸电给吴佩孚云：
“子玉吾弟……鹿君识见过人，深明大义，愿隶麾下，以当前驱。已于本日不动声色，不鸣一枪，复我自由，拘彼元恶。即遣该军师长韩复渠赴汉报告。兄亦派刘中将文亮同往。乞予优待，以示奖借。时至今日，论公论私均无再战之理，鹿君如此倾向，尤应曲全，即电奉方停止军事。兄忧患余生，智尽能索，得脱危疑之境，端资号召之功，私衷庆幸，欲言不尽。”
曹并且亲书“文武吉甫”四字赠吴，以酬庸吴救驾之功。并跋云：
“孔子作春秋，拨乱世而致太平。拨乱以武，致治以文。文武之道，一张一驰，不刚不柔，布政优优，子玉仁弟兼之矣。锟志于军旅，疏于政治。思维吾人陈力之诫，恝然远行，未尽之责惟吾弟竟之。天下至大，责任至重，服天下者不惟其力而惟其心，治天下者不惟其名而惟其实。文王至圣，小心翼翼，桓公九合，失在一矜，吾弟勉乎哉！诗曰：文武吉甫，万邦为宪，敢以此言为吾弟颂。曹锟跋。”
曹锟这篇跋，有推崇，也有勉励。所谓“恒公九合，失在一矜”，这个矜字就是曹所勉责于吴的。吴尝自况关羽，关羽也是失在一矜。
曹锟受够了国民军的苛待，他的兄弟曹锐死于冯玉祥倒戈政变时的冯军司令部中，他的佞幸李彦青也为冯所杀，他不会对国民军有好感，可是他获释后，仍在国民军手中，他便不得不虚与委蛇。
吴佩孚在查家墩收到曹锟蒸电，在电末批“假电”二字，虽不中亦不远。
当北京的“投靠”电报到达查家墩吴佩孚总部时，这真是天降喜事，两年来随吴流离转徙，吃尽了苦头的直系，如今总算重见天日了。冯玉祥出国，冯的军队无条件地听吴的驱策，吴佩孚叱咤风云的黄金时代又重新出现了。大家都静听大帅的命令——如何接收国民军？如何胜利旋师北京？如何重组政府？
吴佩孚没有一点喜色，踞坐公案，拿起毛笔在北京来的鹿钟麟投靠电报上批了四个大字“全体缴械”。这一下可让吴的部下倒抽了一口冷气，大为失望，他们平素对吴的任何决定都无条件的信从，然而今天对吴的决定却大为不满。因为叫国民军全体自动缴械根本是不可能的，困兽犹斗，逼上梁山，这简直是和自己作对。
吴不仅要国民军全体缴械，并且亲自草拟答复鹿钟麟等的电报，中有“恨不能食汝之肉，寝妆之皮”句。
吴总部的低级幕僚面面相觑，不能说话，只有二三高级干部向吴要求，对于缴械问题予以考虑。吴岸然地说：“我用不着考虑了，他们可把枪械缴存在保定军库，我派齐抚万（燮元）前往点收就行。他们既然来电说绝对服从我，我叫他们缴械他们就得遵令以示诚意。”
吴佩孚的不善运用权术，又一次得到了证明。他不乘奉张之危而逼垮奉张，现在也不愿拣便宜利用冯军。如果他收容了冯军，令他们去打奉军，自己隔山观虎斗，待他们两败俱伤，然后一举而消灭这两支军队，北洋天下岂不是吴佩孚的。他不愿这么做，宁愿逼冯军上梁山。
本来吴的威严是不可侵犯的，其左右只可唯唯诺诺，然而对于纳降问题，兹事体大，祸福攸关，所以他的左右一再苦谏，几至声泪俱下，吴才稍稍改变，涂去“全体自动缴械”字样，改为“除酌留张之江一师听候改编外，其余一概缴械”。这一改等于不改，大家觉得这样办法还是逼冯军为敌。吴的倔强自矜，在人格上不肯欺世取巧，可是在政治上则太不能随机应变。
吴认为：第一赤祸不可不防（由于冯赴苏俄更足证明冯投靠外国），政纲不可不振，这不是区区恩怨问题而是是非问题。第二已经和奉张联合讨冯，自不能今天联甲倒乙，明天联乙倒甲，这种翻复，姓吴的是决不干的。
张之江有电来，派门致中为代表，愿竭诚拥护，听候改编调遣，吴命秘书电复：
“除执事与瑞伯（鹿钟麟）下野交出部队外，别无善策。盖执事非如此不能表示反赤之决心，鄙人非如此不能取信于群帅。一俟群疑尽释，自当借重长才。”
鹿种麟的孤注一掷完全没有成功，因为段逃入东交民巷，释曹后又未发生预期联吴的效果，其他国民军巨头张之江、李鸣钟、宋哲元等亦不赞成鹿的这着险棋。鹿曾派人赴天津请张绍曾入京，张虽热中政治，亦裹足不来。
北京执政府要员大多数逃入东交民巷，但还有外交总长胡维德（原任颜惠庆于3月25日辞职）、财政总长贺德霖、司法总长卢信、教育总长胡仁源未入东交民巷，政变当晚四位阁员开会，推胡维德往谒王士珍，请暂任维持，王予拒绝。又推贺德霖往访座钟麟征求意见。11日又在胡维德寓开会，一派主张维持现状，一派主张辞职，可是现状既不存在，请辞的辞呈又无处投递，谈不出一个要领。12日下午再开会，内务、陆军、海军、交通、农商五部次长亦均列席，经议决正式政府未成立之前，暂维现状。
段祺瑞在东交民巷亦部署一切，密令驻通州的国民军第九师唐之道放弃通州撤返北京。唐之道这一师原是段的内弟吴光新的部队，段早已和这支部队暗通声气。唐之道接受了段的命令，率军回师北京，对鹿钟麟来说，这是一个突变。
让鹿钟麟决定退出北京的，还是吴佩孚的缴械复电，吴既然不接受国民军谋和的要求，留在北京等于是困兽在笼子中。
天下事的微妙即在于此，鹿钟麟欲驱逐段祺瑞，想不到却被段的伏兵所驱逐。
4月15日晚鹿钟麟率领国民军退出北京，撤退前要求退兵费200万元，北京银行公会勉强凑齐。
唐之道军队奉段令入城，即驻守警卫总司令部，段祺瑞也于当天从东交民巷返吉兆胡同，并发表通电云：
“民国成立十有五年，纷乱相仍，迄无宁日。本执政莅事以来，振导和平，不图德不足以感人，才未足以弭变。……本月九日之乱，关系国家纪纲，军人职责者至钜。曩临时政府开始，曾规定应办事项，此后是否按程继进，本执政听诸公论，当此乱极思治，不无贞下起元，共速拟妥善后，俾国政不致中断，佥谋朝同，初服夕具。本执政从容修省，得为海烟逸民，休养余年，所欣慕焉。”
段的通电主旨，在表示虽复职而依然愿意下野。
才恢复自由几天的曹锟，在15日傍晚即赴东交民巷格兰顿旅馆。
贾德耀于同日通电，恢复办公。当天阁议决定齐燮元、张志潭、张英华、吴景濂，刘永谦等免予通缉。免除鹿钟麟本兼各职。免除司法总长卢信职，以王文豹次长代理部务。
段这次复职，是打算联络奉张以抗吴，所以派遣亲信策士曾毓隽到天津，会同吴光新游说奉系诸巨头。可是奉方对曾毓隽和吴光新都很冷淡。
国民军退出北京后，奉军、直鲁联军和吴军都向北京疾进，奉军进驻北京城东北郊，吴军进驻北京西南郊，直鲁联军进驻北京东南郊，奉系派参谋长李藻麟晋京，与吴军会商防区划分问题。
4月16日北京城内组成了京师临时治安会，由王士珍、赵尔巽、熊希龄、颜惠庆、江瀚、孙宝琦、恽宝惠、王家襄、王宠惠、汪大燮、江朝宗、冯恕、周作民、张嘉祐、高金钊、师景云、吴炳湘领衔，于15日起在市公所办事，办事范围包括（一）和平之呼吁，（二）民食之维持，（三）闾阎之治安，（四）外侨之保护。
17日国务总理贾德耀向段祺瑞投了辞呈，文云：
“呈为弭变无方，引咎自劾，请予罢斥事。窃德耀猥以庸才，谬承知遇。投艰遗大，本属难胜。月余以来，备深兢惕。不图事变纷乘，赞襄无策，上惊钧驾，使中枢政务同时停顿。揆诸持危扶颠之义，既亏职责，弥疚神明。此时若再辱高位，不特难资表率，尤恐贻误国家。惟有具呈仰乞钧座俯予即日罢斥，另简贤能，以重枢寄。不胜悚惶待命之至。谨呈。”
附呈段手折：
“窃以四月九日变起非常，前警卫总司令鹿钟麟，称兵犯上，罪不容辞。现虽免其本兼各职，率师退去，纪纲具在，自应按法以绳。惟一年以来，京师治安，鹿钟麟始终维持，不无功劳足录。我执政豁达大度，靡所不容，拟恳宽其既往，免予深咎。是否有当？出自逾格鸿慈，无任惶恐待命之至。谨呈临时执政！”
4月17日贾德耀致冯玉祥电云：
“十万火急，库伦探投冯上将军焕章弟赐鉴：自审辁材，难胜钜任，受命危难，实秉尊旨。月余以来，险阻备尝，勉力支持，万不获已。所以然者，执政知遇之雅，吾弟督责之殷。苟利国家，宁惜顶踵。不意四月九日变起非常，事前既无所闻，临时又无法补救。虎兕出柙，龟玉毁椟，焉用彼相，良用咎心。我公平日主张，所以拥护执政者甚至。德耀之敢于任事，亦即在此。喋血都门，倒戈内向。此等举动，明知决非尊旨，是以不敢随声附和，更背初衷，此中委曲，当荷鉴谅。今西北各军全师以去，奉直军队亦未入京，以后政治应如何改善之处，自应听之全国贤豪。惟德耀个人经此变故，外惭清议，内疚神明，已呈恳执政准予辞职。特将经过情形奉达左右。贵军虽退南口，实力甚充，此次树敌太多，各方应战，以平日训练之精，故能支持如是之久，纪律功绩，有口皆誉。此后分驻西北，正可广辟利源，精炼劲旅，抚此大地，永备于城。一时政治之得失，本不足计较也。素承推置，敢布腹心，伫候明教，无任企祷。兄贾德耀叩。”
段祺瑞复出后，能不能存在端在讨冯诸军对段的态度，因此，段于4月17日分电张作霖、吴佩孚、阎锡山、孙传芳等，电云：
“祺瑞自前岁出膺艰钜，原冀内维国本，外应潮流。民国前途，期于巩固。乃一年以来，事与愿违，心力具瘁。能忍辱而不能负重，欲撒手而无以卸肩。进既招尤，退亦惧祸。回心九转，如坠深渊。自九日事变发生，纲纪凌夷，肝肠尤裂。德薄至此，更复何言。弟等均系患难至交，论公为国家干城，论私为祺瑞手足。纪纲应如何整饬？大局应如何奠定？公忠体国，不乏嘉猷。询谋佥同，必能善后。祺瑞以迟暮之年，既无希冀，复无成见，区区此心，谅获鉴察。祺瑞筱。”
这通电报段希望能得各方复电，俾有商量余地，19日张作霖有复电云：
“段芝老钧鉴：筱电敬悉。法律政治问题，自有海内名流公同讨论，霖本军人，早经宣言不问政局。敬复。”
张作霖这通复电既不称执政，又顾左右而言它，对段是一个很重的打击，然而更重的则是吴佩孚方面。吴根本对段的筱电不作答复，但却有巧电给唐之道和他的所属的三个旅长，要拿办安福党人，监视段祺瑞，同时以王怀庆为京师警备总司令，吴电全文如下：
“北京唐之道师长、王、李、武三旅长鉴：……顷据路透社电，段氏又因冯贼远去，恢复执政。又据探报，借尊衔通电拥段者，系曾毓隽所为各等语。该安福党祸国至此，尚敢横行都下，望从速将安福党人拘捕，并监视段氏，以便依法控其卖国诸罪。至于京师治安，已电王懋帅从速入京维持。所有保护京城军队，除调毅军张恺臣旅就近听调外，所有贵部统归懋帅指挥调遣。应即以王懋帅为京师警备总司令，请即速电迎懋帅入京为要。除电雨帅、懋帅、抚帅及张、李、靳、王、田各司令外，特达。吴佩孚。巧。”
19日下午5时，段祺瑞在私邸召开会议，根据各方情况，已无法恋栈，遂决心下野。6时段携眷偕安福系要员赴东交民巷暂驻。曾毓隽、吴光新、梁鸿志于19晚自天津赴北京迎段，段乃于20日下午1时半偕眷及吴光新、姚震、姚国桢、曾毓隽、梁鸿志、龚心湛、许世英、段宏纲、张树元、章士钊、曲同丰等乘专车赴津，段在行前发布三道命令：
（一）国务总理兼陆军总长贾德耀呈请辞职照准。
（二）特任胡维德署国务总理。
（三）本执政兹已决定引退，自即日起着由国务院摄行临时执政权，此令。
同时发出下野通电云：
“祺瑞忝居执政，一载有余，时局愈纷，心力交瘁。自经本月九日之变，内疚尤深。兹决定引退，已于本日下令将政权交付内阁暂维现状。谨布悃忱，诸维公鉴。”
张作霖在国民军宣布投靠吴佩孚的时候，捏了一把汗，他自郭松龄之变后，元气已伤，担心吴佩孚真的和冯军联合讨奉。可是吴态度光明磊落，对冯军不假辞色，因此使奉张印象更深。他有急电给吴云：“鹿等施其挑拨伎俩，我辈一切举动无不光明磊落。”
吴佩孚既然拒绝国民军投降，国民军唯有自谋出路了。当时的情况，北京是守不住的，只有撤出北京城，重新作一番部署，其部署是：张之江在张家口统筹全局，鹿钟麟在怀来指挥南口的保卫战，宋哲元、孙连仲在多伦以抵挡奉军吴俊升、汤玉麟的骑兵，徐永昌、韩复渠，石友三则在平地泉、丰镇一带防山西阎锡山袭扰国民军后路。国民军后方的安全地带是甘肃，由刘郁芬率孙良诚、张维金入甘。派李鸣钟和刘骥绕道赴广东连系国民党。
南口是京北重镇，有居庸关和八达岭等天险，万里长城也经过这儿。早在15年3月间，国民军刘汝明的一师约15000多人就开到南口加强工事。守南口的决定，是刘汝明所部三十旅旅长王书箴建议。