孙大总统在南京接到清帝退位和袁世凯赞成共和两电后，即以两电致袁世凯，告以推让之意，并再促其南来。电曰：
（一）“万急。北京袁慰庭先生鉴：电悉。文以菲材，辱膺国民推戴，受任以来，拮据张皇，力不副愿，尝恐覆餗贻羞，负国民委托之重。自惭受任无状，日夜希冀推贤让能。苟得如公者，举而自代，其缔造国民幸福，当非意料所能预揣，文即引躬退在草野，为一共和国民，于愿已非常满足。无如时势未来，形格势禁，致公未得即遂共和进行之愿，文实尸位至今。幸得清帝逊位，民国确立，维持北方各部统一，此实惟公一人是赖。语云：英雄造时势，盖谓是也。文徒何功？过蒙奖誉，曷胜愧汗。新旧交替，万机待举，遗大投艰，非公莫办，谨虚左位，以俟明哲，易胜伫立，翘望之至。孙文。元。”
（二）“万急。北京袁慰庭先生鉴：真电及唐转来真（十一日）电具悉。清帝辞位，执事宣言赞成共和，民国从此大定，不胜忻庆！盖全国人民之幸福也。现即报告参议院，提出辞表，推荐执事。至共和政府不能由清帝委任组织，若果行之，恐生莫大枝节。执事明于理势，当必知此，请即速来宁，以副众望；如虑一时北方无人维持秩序，当可由执事举人，电知临时政府，畀以镇守北方全权。谨布候复，并表欢迎之至意。孙文。”
同日，孙大总统以清帝退位，袁世凯宣布绝对赞成共和，乃以“功成身退”之襟怀，向参议院提出辞职咨文，并为巩固民国而附提三项条件。咨文曰：
中华民国临时大总统咨：前后和议情形，并昨日伍代表得北京一电，本处又接北京一电，又接唐绍仪电，均经咨明贵院在案。本总统以为我国民之志，在建设共和，倾覆专制，义师大起，全国景从。清帝鉴于大势，知保全君位，必然无效，遂有退位之议。今既宣布退位，赞成共和，承认中华民国，从此帝制永不留存于中国之内，民国目的，亦已达到。缔造民国之始，本总统被选为公仆，宣言誓书，实以倾覆专制，巩固民国，图谋民生幸福为任。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，本总统即行辞职。现在清帝退位，专制已除，南北一心，更无变乱，民国为各国承认，旦夕可期，本总统当践誓言，辞职引退。为此咨告贵院，应代表国民之公意，速举贤能，来南京接事，以便解职。附办法条件如左：
——临时政府地点设于南京，为各省代表所议定，不能更改。——辞职后，俟参议院举定新总统亲到南京受任之时，大总统及国务各员乃行解职。
——临时政府《约法》为参议院所制定，新总统必须遵守；颁布之一切法制章程，非经参议院改订，仍继续有效。此咨参议院。
同时，孙大总统践履前约，提出推荐袁世凯候选临时大总统之咨文。文曰。
“临时大总统孙咨：今日本总统提出辞职，要求改选贤能。选举之事，原国民公权，本总统实无容喙之地，惟前使伍代表电北京有约，以清帝实行退位，袁世凯君宣布政见，赞成共和，即当推让，提议于贵院，亦表同情。此次清帝逊位，南北统一，袁君之力实多，发表政见，更为绝对赞成，举为公仆，必能尽忠民国。且袁君富于经验，民国统一，赖有建设之才，故敢以私见贡荐于贵院，请为民国前途熟计，无失当选之人，大局幸甚。此咨。”
以上两咨文，于同日通电全国各报馆，除全文发表外，并电请各报馆宣扬袁氏促成清帝退位、巩共和之功。
由孙大总统这两件咨文便可以看出他是个伟大的革命人物，不恋权位，重然诺，视大总统为公仆；不过他了解袁是一个只知实力政治而不尊重法治的人，所以他有所保留，附带了条件，促使袁到南京来继任总统而脱离北京的封建势力，同时把临时参议院所制定的《临时约法》作为一道紧箍咒套在袁的颈项上，借以约束袁的野心，而使其走上法治轨道。
袁世凯在清帝退位后即以全权名义布告中外大小文武官署，全文如下：
“现在共和国体，业经宣布，世凯忝膺组织临时政府之任，力小荷重，深惧弗胜。窃念政府机关，不容有一日之间断，现值组织临时政府，所有旧日政务，目下仍当继续进行。庶政方新，百端待举，全赖群策群力，互相匡济，务以保全治安，共维大同为要务。在新官制未定以前，凡现在内外大小文武官署人员，均应照旧供职，毋旷厥官。所有应行公务，应司职掌，以及公款、公物均应照常办理，切实保管，不容稍懈，倘有借端规避旷厥职官者，不独违背官规，抑且放弃国民义务。窃愿在官诸君子，共懔此意！”
同日并将退位诏旨致各国公使，转达各国政府。袁称临时政府首领，各部大臣名为首领。
元年2月15日，临时参议院开临时大总统选举会，到17省代表人，共计17票。投票结果，袁世凯得17票，当选为中华民国临时大总统，当即致电北京，电文曰：
“北京袁慰庭先生鉴：昨孙大总统辞职，经本院承诺，业已电知尊处。本日开临时大总统选举会，满场一致，选公为中华民国临时大总统。查世界历史，选举大总统，满场一致者，只华盛顿一人。公为再见。同人深幸公为世界之第二华盛顿，我中华民国之第一之伟业，共和之幸福，实基此日。务请得电后，即日驾莅南京参议院受职。共和万岁！中华民国万岁！”
2月20日，临时参议院公举黎元洪任中华民国副总统。
民国议和代表伍廷芳及参赞温宗尧、汪兆铭，以清帝退位，民国统一，议和任务告一段落，乃于2月16日向孙大总统及各省都督通电报告关于清帝退位与优待条件之交涉经过，并作数项解释。电文曰：
“南京孙大总统、武昌黎副总统、各省都督公鉴：廷与前清内阁协议清帝辞位后之优待条件，已于初九日致各省都督青电，略陈梗概，谅蒙洞鉴。初十、十一等日，与前清内阁往复磋商，昨日得其复电，已全体承诺。案清帝辞位问题，彼此筹商，一月有余，关于辞位以后优待条件，尤费筹划。民国政府宗旨，在合汉、满、蒙、回、藏各民族，以建中华民国，已屡次剀切宣明，而所定满、蒙、回、藏各民族赞成共和之待遇条件，于平等大同之义，委曲调护之心，皆已周至。然满、蒙王公所注目者，不仅在本族之位置，尤在清帝辞位后待遇之厚薄。果使清帝辞位，得蒙优待，则皆以为清帝且如此，满、蒙诸族更何所虑。设其不然，则皆以为清帝犹不免如此，满、蒙诸族更无待言。此种存心，骤难解说。前因优待条件，久未商定，大起恐慌。谓即不见容于汉人，不如托庇于外国。东三省及蒙古等处。已见端倪，因疑成隙，将为巨患。延劳心焦思，迭与临时政府商酌，以为中国历史上，凡遇鼎革，兴朝对于胜朝余裔，恒从优看待，既以成宽容之德，亦以安旧臣之心。况今者民国政府持人道主义，又值清帝赞成共和，自愿辞位，民国政府法汉高雍齿且侯之意，承明祖宽待元裔之风，予以优待，必为国民所不拒。惟事关重大，廷虽受议和全权代表之任，而再三审度，不敢擅作主张。爰于本月初四日，将前清内阁所开优待条件，携赴南京，面商政府诸公，于所开条件，有所修正后，提交参议院再加修正，得多数表决。并谓将来字句之间，如稍有斟酌，无关大体者，不必复须得参议院之同意。廷以议决案电达黎副总统，承表示同情，复前清内阁后，复有所争持，当经稍加修改，告以自此无可再让。民国政府于赞成共和自愿辞位之清帝，虽可予以优待，然万不能于共和国体稍有妨碍，致蹈虚君位之嫌。迨十二日下午，得前清内阁回电，已全体承诺，同日清帝辞位之诏，亦已宣布。自此清国统治权全归消灭，中华民国统一，全国永无君主之余迹矣。详审优待条件中，多关于清帝之一身及其祖宗家族等事，与政治无关。其必宜注意者，应一一解释，以期共喻。谨历举如下：
一、清帝名号案关于清帝一身之待遇，廷前只许以待外国君主之礼待之。旋经彼此磋议，以为虽以外国君主之礼相待，不能无所称谓，乃予以让帝之号，而彼方以为近于谧法，坚不肯从，始定为清帝辞位之后，尊号仍存不废。清帝与大清皇帝，名称不过有详略之殊，犹之直隶总督，简称则为直督。故参议院所坚持者，在辞位之后四字，而于清帝与大清皇帝之别，谓为无关宏旨，可以大清皇帝辞位之后，尊号仍不废，为最后之决定，盖如是则辞位之后，自可称为已经辞位之大清皇帝，与虚君位主义风马牛不相及也。至于清内阁初所要求者为大清皇帝尊号，相承不替，廷已严加拒绝。彼亦虑蹈于虚君位之嫌，承认廷所主张矣。
二、清帝居住前清内阁所要求者，为大内宫殿，或颐和园，随意居住。廷以专制君主为万目所共瞻，且居城之中央，阻碍东西南北之交通，必法拆改。清帝只居颐和园，不可仍留宫禁。而前清内阁谓严寒之际，仓猝之际，未能即行迁移，应听暂为居住，日后再退居颐和园，此不过暂时之事。
三、禁卫军编制前清内阁以清帝辞位后，虽不应仍有禁卫之军，而数近万人，一旦解散，将以失业之故，而起恐慌，要求将该军额数、俸饷，仍如其旧。廷以该军原名禁卫，必改归中华民国陆军部编制，然后可侪于国民军之列，而不使人疑为已经辞位之清帝，仍有宿卫之兵。四、王公世爵案美、法同为民主之国，法有世爵，而美无之，此各因于其历史。美以平民手创新国，故世爵之制，无自而生。法以革命之力，变君主为民主，其历史所贻留之制度，苟无碍于共和主义者，未尽改易，故世爵之制，仍存不废。今我中华国体新定，而蒙古、回、藏各处，因于历史，部落之制，未尽蠲除，一旦去其王公，各部惊疑，必滋大乱，故待遇满、蒙、回、藏条件，有王公世爵概仍其旧一条。此中情形，想必为识者所鉴谅。颇闻论者有谓：既受世爵，不宜再享公权。案共和国以国民平等为原则，即有爵号，不过以历史所贻留，为一家一姓之荣誉，故平时以私人资格，虽可以爵号自娱，而当其行使公权，如为官吏及议员等，则不能以爵号并列。故关于清皇族待遇及关于满、蒙、回、藏各民族待遇条件，于一面留其爵号，于一面使其公权、私权，一切与国民平等，庶于共和国体无所妨碍。
以上条件，固易滋疑议，故略为解释。其他皆清帝辞位后，关于一身及祖宗家族等事，无关宏旨，予以优待，使各国晓然于此次革命，纯持人道，尤为民国之荣誉。至于待遇满、蒙、回、藏各民族之条件，系因满、蒙、回、藏各民族赞成共和，合五大民族同建中华民国，民国当然有此办法，非因清帝辞位之故。参议院既已切实宣明，已一并于清帝辞位之后，由两方代表照会驻京各国公使，请其电达各国政府矣。兹将全文电陈左右，尚祈鉴察为幸。全权代表伍廷芳、参赞温宗尧、汪兆铭。铣二。印。”
清帝退位后，定都问题成为当时一个争论的焦点，大多数人主张仍应以北京为首都，宋教仁、章炳麟持之尤力。章认为南京不能控制满蒙，清命虽黜，遗孽犹在，北军未必没有怀念旧主的、加以蒙古和满洲为其后援，则死灰将复燃。章并撰有致参议院公开信刊于2月13日上海《大共和日报》，力陈建都南京的五大害，参议员读了章函，颇受其影响。但同盟会要员则恐惧袁世凯在北方有雄厚势力，若定都北京，袁为总统，则推翻清朝换来袁世凯，亦是以暴易暴，所以坚主定都南京。
当2月13日孙大总统辞职和举袁自代的咨文送到参议院后，参议院对选袁为总统一事全无异议，但对于都北抑或都南一事，则争辩甚烈。议员谷钟秀、李肇甫等力主建都北京。投票结果以20票对8票的多数，决议定都北京，并以咨文复孙大总统说：
“今日南北既经统一，即应统筹全国，图所以统一之道。临时政府地点为全国人心所系，应在可以统驭全国之地，使中国能成完土，庶几以维系全国人心，并达我民国合五大民族为一国之旨。前经各省代表指定临时政府地点南京者，因当时大江以北尚在清军范围内，不得不暂定临时政府适宜之地。今情势既异，自应因时制宜，定政府地点于北京。将来新举总统无论何人，应在北京接收事权，事经议决，请查照行之。”
孙、黄等闻悉参议院决定，均怒不可遏，急召参议院中同盟会议员黄复生、邓家彦、康宝忠、李伯中，严责参院不该通过此案而甘为袁世凯应声虫。黄兴尤为愤怒，两手插入军服口袋中，踱来踱去。黄、邓等主张由大总统再交参议院复议。黄兴则认为参议院应自动推翻此案，否则黄将以宪兵入参议院拘所有同盟会议员。
2月14日孙大总统率文武官员往祭明孝陵，秘书长胡汉民则称病留府，草拟咨文将建都北京案退交参议院复议。于是参议院临时变更议程，首先讨论此案，争论仍极激烈。同盟会籍参议员某君且痛言此案如不获通过，则将身殉会场。投票表决结果，以19票对8票的多数，决议临时政府仍设南京。
表决后孙大总统才祭陵完毕，一场国都风潮始暂告平息。
在这两次国都表决时，直隶、奉天、江苏、云南、陕西、山西六省的议员始终投票主张建都北京。
清帝退位，改朝换代，中华民国正式取代清王朝。临时政府参议院接受孙大总统辞职，并以17票一致通过，选举袁为临时大总统，到此时止，问题的重心便落在袁世凯愿不愿到南京就职了。在革命同志看来，袁世凯虽不是理想的民国元首，可是他已履行了逼迫清帝退位的工作，革命党人都重然诺，所以只有迁就事实，选袁代孙。如果袁能脱离封建官僚遗毒甚深的北京，加上还有国会的牵制，同时正在起草的《约法》是采取内阁制，有这种种因素，总统便没有什么实权，袁当总统后总不致会太背叛民国的。这当然是一种天真的想法，袁是个纯粹讲实力政治的人，卅年政治生涯的起伏，使他相信必需要有实力才能谈政治，他怎肯离开他的老巢——“北方”，怎肯离开他的资本——“军队”。他心目中既无中华民国，更谈不上国会和《约法》，所以他的私心，根本就未考虑过到南京去就这空头的大总统。因为他认为叫他南下是调虎离山，所以他在2月15日给南京方面的电报，就明白地表露他不肯南来。原电曰：
“南京孙大总统、黎副总统、各部总长、参议院、各省都督、各军队长鉴：清帝退位自应速谋统一，以定危局，此时间不容发，实为惟一要图，民国存亡胥关于是。顷接孙大总统电闻，提出辞表，推荐鄙人，嘱速来宁，并举人电知临时政府，畀以镇安北方全权各等因。黄陆军总长暨各军队长电招鄙人赴宁等因。世凯德薄能鲜，何敢肩此重任？南行之愿，真（十一日）电业已声明，然暂时羁绊在此，实为北方危机隐伏，全国半数之生命财产万难恝置，并非因清帝委任也。孙大总统来电所论共和政府，不能由清帝委任组织，极为正确。现北方各省军队暨全蒙代表，皆以函电推举为临时大总统，清帝委任一层无足再论。然总未遽组织者，特虑南北意见因此而生，统一愈难，恐非国家之福。若专为个人职任计，舍南而北实有无穷窒碍：北方军民尚多纷歧，隐患实繁；皇族受外人愚弄，根株潜长；北京外交团向以凯离此为虑，屡经言及；奉、江两省时有动摇；外蒙各盟迭来警告；内讧外患遽引互牵……然长此不能统一，外人无可承认……反复思维，与其孙大总统辞职，不如世凯退居。……今日之计惟有南京政府将北方各省及军队妥筹接收以后，世凯立即退归田里……决不欲以大总统问题酿成南北分歧之局……已请唐君绍仪代达此意…………袁世凯咸（十五日）”。
袁世凯有很真实的理由不能南来，其一是各国驻华外交团的意见；其二是北方的军队；其三是满蒙两地的不稳。所以他在咸电中竟使用摊牌式的口吻如：“与其孙大总统辞职，不如世凯退居”，如：“由南京政府将北方各省及各军队妥筹接收以后，世凯即退归田里。”云云，这种语气不仅是要挟，而且简直就是挑战。
袁世凯最大的凭借就是全国人民都不愿再有战争和流血，人心厌乱，认为清帝已经退位，凡事可以用和平手段达成，因此袁的予智自雄面孔并没有引起反对，只是孙大总统认为无论如何还要坚持袁的南来。所以南京临时政府乃于2月18日派出教育总长蔡元培为欢迎专使，参议院副议长王正廷、外交部次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、前议和参赞汪兆铭、参谋次长钮永建、法制局长宋教仁、陆军部军需处曾昭文、步卅一团长黄恺元为欢迎员，偕同袁所派的代表唐绍仪前往北京迎袁南下，并将欢迎人员名单电告袁氏。
迎袁专使蔡元培等一行，于2月21日由上海启程，26日抵天津，27日抵北京晋见袁世凯，面陈孙大总统手书，劝袁南下就职。函曰：
“慰庭先生鉴：文服务竭蹶，艰大之任，旦夕望公。以文个人之初愿，本欲借交代国务，薄游河朔。嗣以国民同意，挽公南来，文遂亦以为公之此行，易新国之视听，副舆人之想望，所关颇巨。于是已申命所司缮治馆舍，谨陈章绶，静待轩车。现在海内统一，南北皆有重要将帅，为国民之心膂，维持秩序之任，均有所委付，不必我辈簿书公仆，躬亲督率。今所急要者，但以新民国暂时中央机关之所在，系乎中外之具瞻，勿任天下怀庙宫未改之嫌，而使官僚有城社尚存之感。则燕京暂置为闲邑，宁府首建为新都，非特公之与文，必表同意于国民，即凡南北主张共和及疾首于旧日腐败官僚政治之群公，宁有问焉？至于异日久定之都会，地点之所宜，俟大局既奠，决自正式国论，今且勿预计也。总之，文之志愿，但求作新邦国，公之心迹，更愿戮力人民，故知南北奔驰，公必忘其自暇。嗟乎！我辈之国民，为世界贱视久矣！能就民国之发达，登我民于世界人道之林，此外岂尚有所恤乎？公之旋转之劳，消磨其盛年，文亦忽忽其将衰，耿耿我辈之心，所足以资无穷之方来者，惟尽瘁于大多数幸福之公道而已。公其毋以道途为苦，以为强勉服务者倡。公旗南莅，文当依末光，左右起居，俾公安愉。俟公受事而文退。翘盼不尽。”
袁世凯用最隆重的礼节，打开正阳门来欢迎蔡等。他对这些客人不再谈到拒绝南来就职，而反过来用非常诚恳的态度商谈南行的路线问题，他打算由京汉线南下，先到武昌和黎副总统见一面，然后换乘轮船到南京就职。他的这种态度使来迎的专使们松了一口气，认为袁基本态度已有改变，同时南京方面则认为袁的软化是怕南京方面翻脸，采取新行动，或挽留孙中山先生留任，或另行改选一位新总统。
其实袁葫芦里究竟卖什么药，谁也不知道，他不动声色地作自己的安排，他在蔡等抵达北京的当天，即予接见，倾谈欢洽，并招待晚餐。第二天又召集谈话会，袁且把自己南行的路线提出来让与会人士研究。至于袁离开北京后，北京留守决定何人亦要蔡元培和北方人士共商。蔡分别和北方的各统制及民政首长会晤，征求大家意见，以何人为最理想，大家都很谦让，使留守的人选未能决定。
蔡等抵达北京后，北方的一般舆论都对袁世凯南行就职不予同意，甚至有认为袁的南行是自投罗网，使蔡等感到一种无形的压力。袁个人的态度虽然乐观，但其他方面的空气则和南方的意见完全相反。