中华民国临时政府第一任内阁总理唐绍仪，于民国元年6月15日离京，27日辞职获准，袁世凯于6月29日发表外交总长陆徵祥出组新阁。袁想强调这个新阁是一个“超然内阁”，既不属于袁系，也不是同盟会或君主立宪派。陆徵祥字子兴或者为子欣，1871年（同治十年）6月12日生，江苏上海人，毕业于广方言馆和同文馆，攻读英、法、德、俄文，随清朝驻俄、德、奥、荷四国钦差大臣许景澄在驻俄使馆任翻译，此后即一直在外交界服务，民国成立前，已升任驻俄公使。他在国内政治上是个超然的、无色彩的外交家，又对国内政情不十分熟悉，因此是一个最好利用的人物。
陆徵祥的内阁，有四个部的总长获得连任，就是外交陆徵祥兼，内务赵秉钧，陆军段祺瑞，海军刘冠雄，由于这四名阁员连任，所以不提交参议院征求同意。另外六个新阁员名单是：财政总长周自齐、司法总长章宗祥、教育总长孙毓筠、农林总长王人文、交通总长胡惟德、工商总长沈秉堃。决定这份名单以前，袁预定邀请同盟会会员的名单中，除了孙毓筠和沈秉堃外，还有的属意于胡瑛，曾派熊希龄及总统府秘书曾彝进分别去和孙、沈、胡接触。袁认为这三个人和周自齐都曾任过都督，于内政皆有经验，如能入阁，对于军民分治和内政统一均有帮助。至于内定交通总长胡惟德，是陆徵祥所主张，由于陆徵祥回国未久，对于本国政界情形多不熟习，所以要找一个和他关系较深的朋友来配合，胡和陆共事多年，服务外交，洞悉条约，交通部所掌事业多和交涉条约有关，故要胡惟德主交通。
胡瑛是南京临时政府时所派的山东都督，他循海路赴烟台，由杜潜率闽军三千乘海筹等五舰护送抵烟，成立都督府，委张学济为秘书长，连绍先为鲁军司令。但山东方面已有袁派的张广建自称山东都督，所以大家只好称胡瑛为烟台都督。他电邀在天津办报的胡鄂公来烟台，想请这位本家做鲁军总司令。胡鄂公问他：“你有多少枪？多少兵？”胡都督答：“尚待调查。”又问：“张广建有多大力量？”胡瑛亦摇头说：“不大清楚。”胡鄂公说：“既不知己，又不知彼，这战争如何打？”不久，胡瑛、张广建两败俱伤，袁乃派周自齐以度支部首领调任山东都督，另任胡瑛为陕甘经略使，其后再改为新疆、青海屯垦使。当胡、张互争都督时，在武昌的黎元洪，为了调停山东争督事，曾发出通电：“胡都督贤劳国事，奔走拘囚，自武汉起义，赞助外交，东南半壁倚为长城，元洪饮水思源，尤所深感，乃因蕲求统一，竟请取消重任，归隐故园，视富贵若浮云，爱共和若性命，此等人格，直当铸金事之。……至张都督内清伏莽，外固边防，而人地似不相宜，再四思维，惟有恳袁大总统将胡都督准予离职，张都督调离东任”云云。
陆是于元年6月29日受任国务总理，7月18日经参议院以74票通过其出任总理。即日以总理身份赴参议院报告施政方针。由于陆颇有国际声誉，所以议员们认为必有高见，怎知陆演讲说：
“徵祥今日第一次到贵院与诸君子相见，亦第一次与诸君子直接办事，徵祥非常欣幸。徵祥二十年来，一向在外，此次回来，又是一番新气象。当在外洋之时，虽则有二十年，然企望本国之心，一日不忘。公使三年一任之制，尚未规定，所以二十年中，回国难逢机会。然每遇中国人之在外洋者，或是贵客，或是商家，或是学生，或是劳力之苦民，无不与之周旋。因为徵祥极喜欢本国人。此次回来，本国朋友非常之少，尚望诸君子以徵祥在外洋时周旋本国人来对待徵祥，则徵祥非常荣幸。二十年间，第一次回国仅三个月，在京不过两星期。第二次返国，还是在前年，在本国有十一月左右。回来之时，与各界之人往来颇少，而各界人目徵祥为一奇怪之人物。徵祥不愿吃花酒，不愿恭维官场，还有亲戚亦不接洽，谓徵祥不引用己人，不肯借钱，所以交际场中，极为冷淡。此次以不愿恭维官场不引用己人不肯借钱之人，居然叫他来办极大之事体，徵祥清夜自思，今日实生平最欣乐之一日。在外国时不知有生日，因老母故世颇早，此回实可谓徵祥再生之日。以上所说之话，不在公事之内”云云。
议员们听了陆这篇演说为之大哗。第二天参议院投票表决陆所提的阁员同意案时，遂主张以不信任总理而悉数予以否决。不过也有主张让陆一试，其理由为：（一）陆在参议院的演说，系说明提出阁员的理由，并非发表政见；（二）当前局势有政府总比无政府好，陆组阁还未成，未经考验，无从分别其好坏；（三）陆叙其生平不赌博不做生日，正见其人不矫饰不欺人；（四）袁事后对人表示，即使不擅长演说，亦不见得不足以担任总理。俾斯麦一到议会便面红耳赤，然俾斯麦却是一个伟大的政治家；（五）陆徵祥在参议院获得74张同意票，今若因一席谈话便推翻其总理，则当日之74张同意票岂非盲举。
尽管袁和部分参议员有上述主张，可是参议院仍然予陆以极大的难堪，在不给陆总理面子的原则下，一口气把陆所提的六位阁员名单全部否决。陆徵祥还未过了国务总理的瘾便先尝到当总理的苦头，吓得只好称病住进医院，其实也是无脸见人。他住进医院后，抵死也不肯出来。
自参议院否决了陆内阁新阁员名单后，同盟会的议员们认为袁世凯的“超然内阁”路线走不通，于是大家又唱出“政党责任内阁”。拥宋派主张由宋教仁组阁，亦有主张由黎元洪组阁，其下由同盟会和统一共和党联合参加。这个酝酿并且见诸行动，是在什刹海的集贤堂公开讨论，由唐内阁秘书长魏宸组提出，宋教仁极力赞成。还有一派主张由蔡锷组阁，因蔡是统一共和党人，而其主张又和共和党接近。同盟会对蔡亦引为同志，蔡锷出来组阁，同盟会和统一共和党都会全力支持，共和党亦无从反对。
当组阁问题正在酝酿时，国际间发生了两件大事：一是《日俄同盟条约》签订，过去日俄对立，在侵略中国行动上互相监视，于中国是有利的，这是李鸿章外交上的大原则。日俄同盟，联成一气，可以同心协力瓜分中国，于中国是大不利；另一事是英国宣布在西藏有绝对自由行动的权利。由于这两个外交事件的刺激，使陆徵祥组阁化险为夷，因陆长于外交，正符现实需要。
同时参议院中部分议员亦认为应该委曲求全，其他如孙毓筠则认为总统可以解散参议院，与其无政府，不如无参议院，北京各报亦赞成孙的提议。
对议会的反感可由章炳麟、张绍曾、孙毓筠、王赓等致武昌一则电报表露无遗，电云：
“武昌黎副总统鉴：借款不决，东使西行，处分支那，已在商议，往返四月，势即瓜分。原其借口，在中国政府之无能力，政府之无能力，在参议院之筑室道谋，议在锥刀，破文拆字，用一人必求同意，提一案必起纷争，始以党见忌人，终以攻人利己。财政部制议二月而不成，陆总长名单以众炉而反对，裁兵之案延宕逾时，省制之文磋磨累月，以致政务停顿，人才淹滞，名曰议员，实为奸府。时不待人，他族入主，当是时，议员各鸟兽散矣，尚能为国民负责任耶？追念前清之亡，既由立宪，俯察后来之祸，亦在共和，迩来南北智士，金谓改定《约法》，尚待来年，急在燃眉，岂可坐俟？大总统总揽政务，责任攸归，此存亡危急之顷，国土之保全为重，民权之发达为轻，国之不存，议员焉附，宜请大总统暂以便宜行事，勿容拘牵《约法》以待危亡。为议员者亦当重国家，暂舍高权，总己以听，此盖众心所同而未敢冒死以争者也。某等辁材绵力，人微言轻，以公首倡大义，勋业格天，一言之重，逾于九鼎，为此冒死直陈，不避斧钺，敢请昌言建议，并与各都督协商，速振纪纲以救灭亡，不胜煌悚待命之至。”
另有武昌军界首领前鄂军第四镇统制邓玉麟、军务部长阎鸿飞、军政府军咨官方兴等，联名致函参议员，全函略云：“参议院诸君惠鉴：诸君非代表全国，自负为忧时爱国者乎？亦曾思廿世纪为何时代？中国所处地位为何地位乎？自第一期内阁推翻，新内阁组织月余，尚未完全，列强对于远东政策为之大变。外交团借债决裂，日皇亲临议会，西藏风云日形紧急，库伦之兵进攻科布多，瓜分惨祸悬诸眉睫。其所以迟迟未发者，盖一二野心国欲肄鲸吞独占优胜，均势之局尚未协议妥洽耳。今则桂太郎业已首途西游矣，日俄同盟业已腾播世界矣。当此万钧一发之时，诸君即协力同心，消融一切，孜孜焉讨论大计，力图补救尚虞不济……竟于日昨政府提出之新国务员六名，概以不同意否决之，似此视国事如儿戏，腆然糜月薪二百元，真全无心肝，不知人世何者为耻辱！无论该六员中若沈、王、周之久历封疆，夙著成效，即胡、孙、章，亦为近今人材。诸君于其中二三人不能满意，尚属情理，今概以否决了之……玉麟辈嫉恶如仇，不知忌讳，今与诸君约，苟能痛改前非，以国家为前提，则宽其既往，予以自新，以观后效；如仍怙过不悛，则玉麟辈一介武夫，为国家起见，惟知以武力判断，虽受破坏立法机关之痛骂，亦所不计。……良言止此，听则国民之福，不听则努力自爱，各行其是，逆耳之言，惟希亮察！”
这批军人的公开指责，毫无问题是袁指使的，袁透过一批武昌将领出而挑衅，比由北洋军人出面高明得多了。
由于参议院否决了陆内阁的六名新阁员，爆发了国会和政府的大危机，各方对参议院的行动多有微辞，袁世凯也用尽方法对参议院施加压力，军警会议发表公开电就是袁的法宝。袁同时招待全体议员，宣布国际间的危机，以及无政府的危险。这时出现了许多奇奇怪怪的通电和传单，有谓要杀议长吴景濂及谷钟秀，有谓要用炸弹对付议员，有匿名电话给议院说军警要暴动，这都是初期民主政治的怪现象。由于这千奇百怪的威胁，许多寄居财政学堂的参议员竟偷偷地搬了出去，同时不敢出席参议院。
军警会议公所除了发表公开电而外，还召开特别会议，中级以上的军警官佐都出席，会场中情绪甚为激烈，认为参议院误国，应用武力解决之，最后决议：（一）请大总统再规劝参议院；（二）公推代表往谒陆总理，请其打消辞意；（三）如参议院仍顽固不化，仍不投同意票，则请大总统解散参议院。最后还发表一项声明，说是明知军警不应干涉政治，但为了国家前途不得不出此。第二天军警代表四十余人趋赴国务院谒陆。陆徵祥着燕尾服，一副外交家派头和来宾握手、问姓名、寒喧。军警代表余大鸿首先致词说：当前外交危急，非总理维持不可，外间虽有阻力，但请总理千万不可求去，这是我们军警界全体的意思。本来我们军警界并不想干预政治，不过我们亦是国民一分子，国家到了如此地步，我们本于国民天职，不能不有此一来，何况南北之能达到统一，就是由于南北军人以国家为前提，不忍兵戎相见，使国家纷乱，同胞受苦。今天如果总理一去，国事瓦解，外患相侵、战祸必不能免，所以我们才来见总理，请你打消辞意云云。
陆徵祥答辞说：我自十多岁作学生起，原想牺牲一身为国家尽力，数十年如一日，直至今天，此志不变，所以在唐内阁时代虽曾屡次辞职，仍奉命留职至于今日，即是由这种思想演变而成。现在承各位的好意，我是非常感谢的。我在外国多年，还没有见到军人对国务员有如此的诚恳和善意，使我不仅感激，而且十二分感动。今后无论如何必将尽全力服务，即使牺牲名誉，牺牲地位，牺牲性命亦在所不惜。请各位把我的意思转达全体军警界的同人，我非常谢谢云云。
这一幕演得很动人，据一位代表事后追忆说，这位通洋务的总理，态度倒是非常诚恳，不过他的讲话实在不敢恭维，怪不得参议院有反感，他的话不脱上海土音，声音又低，而其文法又是外国语文组织，因此如果不仔细静听，则无法洞悉其全部意思。
在参议院第二次投票同意陆阁阁员前，北洋军系的四位巨头：毅军总统姜桂题、直隶提督马金叙、执法处长陆建章、拱卫军司令官段芝贵，约请同盟会会员陈策，假安庆会馆宴请参议员、新闻记者和政界人士。其中还邀了一位女领袖，是革命军女子北伐队队长沈佩贞女士。首由陈策致辞，他说：“今天主人有军界的四巨公，由于鄙人和各位先生较熟，所以邀鄙人同列为主人，以资介绍。现在想请孙少侯先生为临时主席。”孙少侯即是孙毓筠，他起立致辞，谢主人的盛情款待，同时希望这类联络感情的聚会应该多举行，既可沟通各方意见，又可免除许多不必要的误会。接着便由主人之一的陆建章演说。陆很会说话，说得很动人，他说：
民国成立以来，大家都忙，因此各方很少能共聚一堂，交换意见，敦睦感情；由于缺少这种联系，所以产生了许多不必要的误会。我们很久以来便希望邀请各界联欢，借得机会请教一切，今日之会就是这个目的。不过因主人都是军界人士，可能外面又会生出两种误会：一是以为今日之会在调和党见。各位先生各有其党，各持自己的党见，这是民主，用不着调和，更不需要军人调和；二是认为我们干涉政治。这就更严重了，身为军人而干涉政治，我们虽然愚顽，还不会出此下策，亦没有胆子敢如此作。然而我们既不调和，又不干涉，则有何打算呢？要知道，我们军界人士亦有国家观念，当今外患日迫，财政愈危，我们希望诸君舍内而对外，移缓而就急，今日内阁人员所致力的急务是外患和财政，如果长期没有政府，亡国的责任应在何人身上？近日外间有个传说，说是军人将干涉参议院，我们四位主人各有统率的军队，我们敢向各位保证，绝对没有其事，我们愿意请各位查一下，如果有证据证明军人真有此动机，我们甘愿受国法制裁，希望各位参议先生勿听谣言，以国家为重。今天在座还有新闻记者先生，我们知道，这次推翻满清，成立共和，新闻记者最有大功，因为报纸上每天的报导都说南军如何精强、如何凶猛、如何众多，铺张扬厉，皆系为了鼓吹共和，这不能算是造谣。如今民国告成，各位记者先生何妨用这种生花妙笔为国家鼓吹，如：今日财政虽十分困难，诸位记者先生何妨在报上说还能支持应付；当前党见虽有异同，各位何妨在报上强调并无党见；国内形势虽然还不十分统一，诸君何妨说已臻统一了。新闻记者是时代的领导，你们说在前面，大家就会跟你们说了。
陆建章的话，颇使听者为之动容，与会人士偷偷说：如果国务总理的那个姓陆的（指陆徵祥）有这个姓陆的口才，则参议院绝对不会印象如此恶劣，也不会发生这次政府危机的。
民国元年7月26日，袁世凯再以咨文给参议院，略谓：时局阽危，朝不保暮，阁员悬旷，百务废弛，中外共瞻，险状何可思议。前次提出六员，既经贵院否决，兹特重行遴选，拟任周学熙为财政总长，许世英为司法总长，范源濂为教育总长，陈振先为农林总长，蒋作宾为工商总长，朱启钤为交通总长，依照《临时约法》第卅四条咨请贵院同意云云。这个咨文事先很秘密，提交参议院时，各方预料可能仍有一半或过半不能通过，结果出乎意外，只有工商总长蒋作宾未获通过，改由刘揆一递补，获得参议院同意。这一天出席参议院的议员91人，会场秩序甚为静穆，投票进行时，有一位议员拈了一张条子给隔邻的议员。旁观席上的记者用望远镜透视会场情形，看见这张条子上写着四个字，是：“议员无骨”。
自6月27日唐绍仪辞卸国务总理后，僵持了整整一个月的无政府状态乃告结束。
在政府真空状态中，袁世凯发表了各省都督名单：黎元洪兼领湖北都督，谭延闿为湖南都督，孙道仁为福建都督，朱瑞为浙江都督，李烈钧为江西都督，尹昌衡为四川都督，张凤翙为陕西都督，胡汉民为广东都督，陆荣廷为广西都督，冯国璋为直隶都督，赵尔巽为奉天都督，陈昭常为吉林都督，宋小濂为黑龙江都督，程德全为江苏都督，柏文蔚为安徽都督，周自齐为山东都督，张镇芳为河南都督，阎锡山为山西都督，赵惟熙为甘肃都督，杨增新为新疆都督，蔡锷为云南都督，唐继尧为贵州都督。
同时在总统府内设立财政会议，每星期一开会一次，由袁世凯亲自主持，出席会议的人几乎全部和借款事有关连，计为：梁士诒、叶恭绰、梁如浩、胡惟德、施愚、熊希龄、周学熙、赵秉钧。
中国银行则于元年8月1日正式营业。前面已提到，中国银行的前身是大清银行（光绪卅四年成立）资本1000万两，官商股各半。辛亥起义后，营业停止，损失甚巨。其后改为中国银行，被官定为民国政府的中央银行，由吴鼎昌任监督，旧大清银行的商存各款1000万两，及商股500万两，均改为中国银行的存款，由银行分笔摊还。
中国银行成立后，发行兑换券一元、五元、十元三种，由财政部分咨内务部、交通部及各省都督指令商民及邮电、路、轮、税、厘各公司机关一体适用，不得留难折扣。
陆内阁难产，但终于呱呱坠地。这位被各方尊为外交长才的陆徵祥，在外交紧张空气中登台，不料他上台后首先碰到的，不是外交问题而是内政问题。