袁世凯不能和国民党共存，可以说是先天就注定了，不必待宋教仁被刺才真相毕露，不过宋教仁案加速了袁和国民党的对立。
袁对他的大敌国民党的处理，非常矛盾，他口中不离“乱党”两字，同时部署一切军事计划要铲除国民党在南方的一切力量。可是他这时还是一个临时大总统，由临时大总统过渡到正式大总统，必须经由国会产生，而国内的多数党却正是国民党，如果解散国民党或者宣布国民党为非法党团，那么国会便不足法定人数，正式总统也无法产生。北洋军系的人主张由军人共推袁为总统，以显示军人力量，袁没有考虑走这一条路，因为时代不同了，现在是中华民国，不是中华军国。
对国民党既然还有些投鼠忌器，因此他对于北京的国民党员就比较客气一点；而身在北方虎穴中的国民党员，也比较有妥协性一点，这是没有办法的事。袁授意北京总检察厅票传国民党北京支部部长吴景濂到案，质问黄兴是不是国民党的领袖，如果黄的“逆叛”行为与国民党有关，那么国民党就该负起“谋叛”的责任，如果黄的行为与国民党无关，国民党就该立刻开除黄兴党籍以明责任，限吴景濂三天内答复。吴景濂拿这个难题无法解决，很想召开一次北京支部大会来研究处理，可是时间太仓促，这时留京的国民党员已伤透脑筋，拿这问题来谈岂不是更头痛。会议召开不及，三天限期转眼即到，吴景濂没有办法，只好想出一个应付的办法，他以个人名义在北京报纸上刊登一段启事：“黄兴除名一案，非经大会不能决定，但限期甚迫，不及召集大会，因即遵令除名。”
袁系骂黄兴是捣乱领袖，其实黄在宋案后一直是主张委曲求全的，对宋案本身言，黄主张纯以法律解决，求是非，讲法理。对于袁政府的态度，黄鉴于外交严重，各国尚未承认民国，蒙藏风云紧急，所以反对用武力对付袁。他的主张受到多数人支持，因此在袁下令免三省都督前，国民党对于解决纠纷的办法是：“宋案责成法院，借款责成议会。”并拟推岑春煊、王芝祥、章士钊、汪兆铭等为调和专使前往北京。
袁免赣、皖、粤三省都督后，国民党方面仍希望不致决裂，所以6月10日李烈钧有蒸电报告袁政府“遵令免官”，并且通电将已经调动的部队撤回原驻地点。6月16日胡汉民有铣电“请授赴藏方略”，并且解释“宋案借款之争，仅系建言作用，不敢出法律范围”。而柏文蔚早在调任令发表之前就表示要辞职。这一切并非国民党施缓兵之计，实在因为国民党的多数派还不打算对袁进行武装抗争，宁愿解除自己的武装力量，只求保存国民党是一个合法政党，在国会中占多数，所以迁就到底。
黄委曲求全终不能全。其实不独黄主张如此，汪兆铭自欧回粤，亦主张国民党可作在野党。汪本内定为北上调和专使，因情势改变而作罢，他的把兄袁克定曾有电给他：“别来经年，想见若渴，弟扶病北来省亲，晳子云兄将来，喜甚。惟迟行未至，伏枕怅望，尚冀早来，借慰病友。克定谏。”
在这纷扰的期间，还有一个酝酿，据说是日本在幕后策动的，就是要在南京另外组织一个政府，推举岑春煊为总统。
民国2年7月28日熊希龄的通电，曾经揭破这个密谋：“报载四省独立，有在宁设立政府，推举岑西林为总统之谣。前南北议和时，犬养毅等于前年冬来华，运动南北分立，渠与希龄本属旧交，屡至沪寓密告希龄，谓袁如得志，中国可危，不如劝孙、黄公推岑为总统与袁对抗，并要求希龄介绍往见。希龄与张謇、汤寿潜、庄思缄、赵凤昌诸君与犬养毅接谈数次，竭力反对。幸黄兴当时力主和议，岑亦病辞不见，犬乃回国。去年春间再到上海，乃不与希龄接洽矣。此日本民党利用我南北分立之实在情形也。”
岑春煊在南京组府之说传了一个时期，后因袁军事力量直扫南方，因之没有出现。岑、袁两人在清时就有大隙，袁依赖奕劻，而岑则反对奕劻。宣统年间盛宣怀红极一时，挟隆裕和载涛、载洵以自重，辛亥起义后，盛主张用岑，奕劻则主张起用袁，其后袁因缘时会，水到渠成，遂代清而为民国元首。岑去福建。福建之役，岑怨袁欺，大失所望，拂袖而去，袁又请岑继黄兴为粤汉路督办。袁与南方决裂，督办亦撤销，袁、岑之间遂更成水火。岑在上海，据说孙、黄都去拜望他，他告诉访客说：“别人都怕袁世凯，我是不怕他的，倒要和他较量一下。我本无意大总统，今既有现成的，就不妨试试看。”
袁既然冒天下之大不韪，用武力来解决问题，他的军事目的当然并不止于撤换国民党系的三省都督为已足，他要粉碎国民党在各省的军事力量和基础，同时还借此铲除所有非北洋系和袁系的军事力量与政治力量，所以袁的最后目的是想达到武力统一全国。
尽管被撤职的江西、安徽和广东三省都督不准备继续进行抵抗，可是北洋军仍按照原定计划分两路南下：第一军军长段芝贵统率第二师师长王占元、第六师师长李纯两部担任湖北、江西之线；第二军包括冯国璋、张勋、雷震春等部（因第二路军不止是一个军，所以称为第二路军），由冯国璋统率，沿津浦路南下进攻南京。这都是北洋军的嫡系。段芝贵和冯国璋都是袁的心腹大将，袁心目中的两个重要棋子，袁心中内定段芝贵是湖北都督，冯国璋是江苏都督。
江西和南京是北洋军进兵的两个主要目标，湖南和上海也是袁用兵的两个目标，由于北洋军没有足够的兵力配备到各个目标上，因此袁派特务放火焚毁长沙的军械库以削弱湖南可能产生的抗袁力量。
7月上旬又派兵乘应瑞、肇和诸舰抵沪，派海军中将郑汝成以总执法官名义为统帅，团长就是后来齐卢之战有名的将领臧致平。这些兵舰运兵到吴淞登陆，以图控制上海。
北洋军得寸进尺，咄咄逼人，造成了一种形势，即使国民党的不抵抗政策进行到底，国民党想委曲求全，以合法政党地位继续存在也将势不可能，因为国民党军队必将被北洋军吞吃掉，国民党人也将无容身之地了。
李烈钧是国民党四个都督中最有实力的，袁最嫉恶李。李被免职后，孙中山派居正、白逾恒、吴铁城前往南昌慰问，并劝李不受乱命，宣布独立。李颇踌躇，认为：“被免了职才起兵讨袁，人将以为恋栈挟嫌，岂能言顺。”所以决定离江西至上海谒孙中山再作计较，于6月15日经安徽至上海，下榻斜桥路60号。柏文蔚是主张使用武力的，且打算首先在安徽发难，曾密赴上海向孙中山请示。孙因为安徽逼近北方，且可拱卫南京，似不宜先动，最好由湖南、广东、江西各省先行独立，迨袁出兵，安徽便可截击，所以劝阻了柏。柏被袁免职即赴南京升平桥小住。
李烈钧在上海分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等，反复会商今后对袁应付策略，深感袁当时作法是斩尽杀绝的毒招，既不可理喻，又难以感化，当前只有一途，就是举兵反抗。黄兴这时已派人在南京运动军队。李激于义愤，愿任首难之责，遂于7月7日自上海轻装潜返江西，7月8日抵达湖口，召集旧部第九、十两团，及辎重工程两营，于7月12日占领湖口炮台，檄告中外，宣布独立。李部混成团团长林虎，自告奋勇，愿任九江前敌军总指挥。第一师师长欧阳武，第二师师长刘世均，赣南第四旅旅长蔡森，均电告整军备战。
中华民国2年7月13日，江西省议会公举李烈钧为江西讨袁军总司令，慷慨誓师，发布讨袁檄文，略云：
“民国肇造以来，凡吾国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为。灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买！禄位无限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之！”
这就是民国史上的“二次革命”，也称“癸丑之役”、“赣宁之役”。
事实上李还未就讨袁总司令以前，江西军便已和北洋军有了接触，7月12日晚北洋军步兵第24团团长张敬尧，已率全团抵赣。12日拂晓，北军开始攻击，赣军以一连应战，气壮山河，一举大捷，俘虏北军百余人，掳获甚多。北军第12旅旅长马继增赶来增援，而赣军已奏捷后鸣金收兵了。这一战张敬尧惨败，赣军夺获北军枪枝百余支，毙连长一名，排长五名，士兵200余人，俘虏营副一人。讨袁军只伤了士兵一人。
李烈钧湖口倡义后，湖南都督谭延闿亦宣布独立，福建方面师长许崇智亦宣布起义。福建都督孙道仁犹存观望，许迫孙，孙不得已乃勉强加入讨袁军。安徽方面柏文蔚交卸都督后，本已至南京小住，当李烈钧返江西后，柏文蔚亦于7月17日返安徽宣布独立，以响应江西，不幸安徽军师长胡万泰已被袁世凯收买，反戈对付柏，深夜勒兵围攻都督府，柏文蔚不及躲避几遇险，乃出走芜湖。胡万泰联合海陆军进攻芜湖，柏力战不支，惨遭失败。南京方面，黄兴于7月15日据南京组织革命军宣布独立，进兵淮北，江苏都督程德全弃职走上海。上海方面则由陈其美策划部署。广东由都督陈炯明与胡汉民联合于7月18日宣布独立，本拟出兵援赣，但因广西都督陆荣廷、巡防统领龙济光为袁收买，广东受广西牵制，乃不能出兵。四川方面川军第三师长熊克武于8月4日组织讨袁军，宣布独立。
李烈钧在江西发动讨袁后，孙中山乃急促南京和上海响应，且打算亲赴南京主持。黄兴觉得戎伍之事非孙中山所长，乃自告奋勇请缨，于7月14日赴南京，临行急促甚至连其夫人均未通知，直到抵南京后才致书夫人。黄抵宁后，即召集驻南京的第一、第八两师军官会于八府塘李鸿章相府，决议组织讨袁军，响应江西。当时南京驻军中，要塞司令吴绍璘，讲武堂副长蒲鉴，要塞第二团教练官程凤章均为袁党，持反对态度，黄乃捕杀之。遂以江苏都督程德全名义宣布独立，并任命黄兴为江苏讨袁军总司令，组织总部，以黄葆仓为参谋长，许崇灏为参谋主任，秦效鲁为筹饷处长，沈缦云为造币厂厂长，朱寿颐为接收马府街袁政府陆军部仓库专员，同时檄令驻徐州第三师冷遹部堵击南下袁军，第一师章梓、第八师陈之骥出兵临淮关控制要隘，7月15日慷慨誓师。
陈其美在上海计划讨袁时，恰逢蒋中正和张群由日本返沪，陈大喜，即与二人会商军事，张群主张先攻海军，蒋则以兵工厂为军队命脉，应先夺取兵工厂。陈其美赞成蒋计划，遂积极部署。蒋曾在辛亥年光复上海时组织军队，旧部甚多，后因赴国外考察，乃将一手训练之部队交张群统领，张其后又赴英国考察工业，乃移交陈某。这时陈任团长，所率士兵即蒋当年训练者，今见蒋、张两位旧主归来，欣喜若狂，均愿接受指挥，于是蒋乃号召旧部，拥陈其美为上海讨袁军总司令。
袁世凯既派海军中将郑汝成统率警卫军1300名驻守高昌庙兵工厂，又派海军司令李鼎新率黄浦江军舰协同保护。陈其美宣布独立，屡劝郑汝成让出高昌庙兵工厂，郑不答应，陈乃命蒋率所部及钮永建之一团分道进攻，相持数日，讨袁军因子弹接济不及，遂告败北，其后回兵进攻吴淞，也因众寡不敌，未能获胜。