当黄兴在南京组织讨袁军后，江苏都督程德全阳为赞成，阴存观望，于7月17日托病由南京赴上海。迨7月25日，袁军已攻下江西湖口，程德全乃发出通电，向袁输诚，电云：“南京独立，系黄兴及第八师师长陈之骥所为，现已另刊关防，召集水陆军警，亟图恢复云云。”这时，上海的讨袁军因受外人干涉，司令部被解散，南京无以为恃。冯国璋、张勋乃各率大军沿津浦路南下，黄兴于是功败垂成，退出南京，陈之骥亦取消独立，以师长名义维持南京秩序。8月11日何海鸣重组讨袁军于南京，与冯、张两军作殊死战凡20日，9月1日袁军大举进攻，何兵外无奥援，孤军苦战，困疲万分，不能再守，南京遂被袁军攻占。张勋和他的辫子军攻城时，曾下令城下之日大掠三日以为奖赏，于是南京城被辫子军攻下后，遂遭浩劫。
北洋军对南京的作战任务，是由张勋部攻打太平门，雷震春部攻打南门，冯国璋部攻打北门。张勋使用掘地道、埋地雷种种方法，轰倒了一段城墙，于9月1日攻进了太平门。城破后，北洋军放火烧了下关，城内还有三五成群的讨袁军残部在巷战，这时的讨袁军总司令何海鸣，躲在马棚草堆下得以乘机逃脱。从9月1日至3日，张勋大纵兵士任意地奸淫抢劫，他于9月4日才进城。洗城的那三天中，雷震春军在南门，张勋军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地烧杀抢掳，上自天花板，下至阴沟都不放过。许多妇女投秦淮河自杀。由于讨袁军总司令黄兴是湖南人，坚守南京的部队也绝大部分是湖南人，因此张勋对湖南人恨得最厉害，湖南会馆先被查封，湖南人被杀的也不计其数。在抢劫过程中，城内大街小巷出现了各式各样的怪现象，有些兵士脱下军衣，把步枪当作扁担来搬走他们的“战利品”，有的强迫人力车替他们搬运，有的则因抢夺赃物而互相枪击。张勋虽然打了一次胜仗，可是等到士兵们归队点名时，却少了很多，这些士兵不是战死而是失踪，他们为什么失踪呢？原来他们打完了仗，老总们都饱掳满载，发了一笔不小的财，于是他们便开小差回家去享福了。
南京市民用罢市运动来抗议辫子军的罪行，张勋用武力对付，强迫商人开市，他认为开门七件事最要紧，乃勒令柴、米、油、盐、酱、醋、茶店铺首先开门，其余的则一概不理。
9月9日，沪宁火车首次通车，南京市民们扶老携幼，不约而同地都赶到火车站，想搭车离京，以逃避辫子军暗无天日的洗劫。火车站上人山人海，拥挤不堪，人人都争先恐后要离开南京这座黑地狱。因为辫子军在南京的洗劫，毫无终止的迹象，同时又听说张勋且要驻节南京，遂使南京市民们一传十、十传百，这是由于张勋过去治理南京的余悸还深印在大家心上。
提起张勋实在是中国近代史上的一个怪物，他的辫子军杀人放火无所不为。当清帝退位前，他曾率军勤王，勤王军在天津被洋兵挡阻，他才怏怏回到德州。这次听到革命党又在南京“造反”，“袁宫保”又要和革命军打仗，他乃自告奋勇率兵剿“匪”。袁派他会同冯国璋攻南京，这正给他恢复自己因辛亥革命而失去的江南地盘的大好机会。
张勋和辫子军攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了也为之惊讶，于是发电给南京各军师，全电如下：
“阅路透电，称南京城内住宅商店，茅舍草屋，无不被抢，妇女老小贫富，多被奸淫，其余均入外人家避难，各军皆然，而张部蓝衣兵实占多数。各官长目睹不理，所谓不伤一人，不惊一户之宣告，完全背弃。日本民居，亦多被害，有自日领署出者，被兵枪毙三人，受伤一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此强暴行为，如果尽确，则是丧尽名誉，大干军律。查各国军人素尚文明，即俘虏亦无凌虐。吾国削平内乱，自残同类，已属可矜，况无辜良民，久困匪中，日望援救，闻者坠泪，见者痛心。若以盗贼之行为，尤而效之，各国传布报纸，目为野蛮，于立国大势，所关非细。且乱党乘间抵隙，执为口实，更足以煽动人心，东南大局，何时可定？各弁目等，谁无身家妻子，入伍为兵，退伍即民，易地以观，忍乎不忍？民纳税以给饷，兵出力以卫民，不能卫之，而反扰之，天良何在？为之官长者，目睹何忍？本大总统治军数十载，素以保民为宗旨，闻此情形，不禁泣下。仰即传集各该官长，剀切诰诫，并明查暗访，得有奸抢实据，立按军法严办，以期湔洗于万一。至保护外人生命财产，更属文明通例，尤应格外留意，勿因细故，败坏大局为要。”
张勋复袁电一：“大总统钧鉴：鱼电谨悉。此次南京城下之日，各军争功，蜂拥而进，与匪军巷战一二昼夜，全城鼎沸，子弹纷驰。嗣后匪军逃窜，乘机抢掠，土匪助虐，益肆凶残，多有假冒官军情事。当此之时，秩序已紊，加以各军号令不一，非以严刑，难期整饬。勋因破除情面，随派干练弁兵，巡行街市，随地正法者二百余名，截留衣物无算。然后始得渐就平复，此金陵各国旅居洋人之所共见。今路透电，乃以蓝衣兵独占多数为言。查勋军入城，仅占东北一隅，此处荒僻，民户无多，其余各处繁盛之区，均由各军分扎，孰抢孰否，不难按户而稽。且前次我军夺取天保城各要隘时，匪军屡次乔扮勋军装服，希图混进。且蓝衣之说，亦难据为确实证据，亦何所用其回护。应请简派公正大员来宁，亲赴被难之家，确实调查，以昭信谳，而全军誉。”
张勋虽复电给袁，推卸洗劫南京的责任，可是辫子军的暴行，中外目睹，所以袁世凯和北京参谋本部、陆军部都来电彻查，使他也极为伤脑筋，不得不再二再三申复。下面是张勋的第二、第三次给袁复电：
张勋复袁电二：“大总统钧鉴：拱密。参陆西部阳电，传奉钧令，敬悉。此次南京倡乱独立，城内闾阎，本已重遭糜烂，迨及城下之日，诸军萃集，巷战连朝，土匪溃军，乘机焚掠，于时秩序已紊，诸统将专事杀敌，兼顾难周。一二不法军人，趁各军号令尚未统一之际，继匪军劫掠之余，见物辄取，固所不免，当经派员率队巡行街市，但见有持挟衣物抢掠者，无论军匪，概行立地正法。计共斩决二百余名，截留衣物无算，均交商会分别给主认领，并将约束不严之该管官弁斥革。中外商民，皆所共见。现仍会同诸军竭力稽查，认真根究，务得实犯，严加惩办。谨此复陈，伏乞垂察。”
张勋复袁电三：“大总统钧鉴：鱼日电谕敬悉。重承责问，滋切悚皇。此次叛兵占据金陵，反复哄争，闭关自毒，地方秩序，业已破坏不堪。迨海陆各军，会合围攻，全城均当战线，攻者愈力，守者愈坚，居民迁徙避藏，受无妄之灾者亦愈众。既而逆首知势不敌，窜匿无踪，合数万之悍贼骁匪，以及失业游民，麇集一隅，漫无约束，其任意勒索，多方蹂躏，人言凿凿，闻者寒心。勋等逆料及此，迭经通饬营队，晓谕军人，务以恪守纪律，不扰善良为第一要义。复传集各官长剀切告诫，不啻三令五申。惟民匪同困重围，本属断腕求瘳之计。若战斗中而复责以保护，智勇俱难为力。坚城既破，我军如墙而进，肉搏冲锋，贼匪梗顽，尚在竭力抵御，黠者褫装弃械，随处搜括，纷纷溃逃。地痞流氓，争取所遗衣械，遂得假冒兵士，乘机劫夺，快意须臾。与勋前攻天保城时，叛军多草帽蓝衣，希图扰乱伎俩，如出一辙。贼倡其先，匪踵其后，荒衢僻巷，亦几十室九空。其时我军师旅团营，参伍综错，注重占领要隘，警备非常，不能遽尔分兵四出剿捕。营垒粗就，始得派遣游骑周匡侦巡，余孽渐次肃清，而公私已荡然尽矣。勋等驰入宁垣，察视情形，虽不至如路透电所云之甚，然疮痍遍地，目击心伤。一面会同出示招集流亡，并分别严申军令，拿获抢劫之犯，随时立正典刑，兵士间有取携，亦挥涕斩殉不少宽假。连日捕杀约百余人，所有赃物，概发商会招领，市面略定，人心少安。勋与国璋，督师分道南来，既未能不战而屈人，又无从临战而弭祸，彷徨中夜，内疚良多。而路透电竟以贼匪强暴惨虐之行为，独使我军蒙其重谤，不惟勋等难甘默认，即全军官长均受有完全教育，讵肯明知故纵，弃隳身名。事实始终，历历在目，固非一人一时之言所得掩饰，又岂容悠悠诋毁，淆惑听闻。应请大总统派员来宁，切实调查，秉公核办，以息谣诼，而定是非。冒渎钧聪，伏希垂鉴。”
袁世凯在癸丑之役陆续击溃了革命军后，就颁发了大批勋章和晋级命令。张勋得到勋一位和江苏都督。袁的本意是要把江苏都督给他的亲信冯国璋的，可是这次南京之战，首先攻城的，是张勋所统的辫子军，为了表示大公无私，和嘉奖有功，便不得不改变计划，把江苏都督给了张勋。因此，冯国璋在收编南京城内外的讨袁军残部后，便一声不响地率领他的部队渡江而去。
张勋做了江苏都督后，偌大的一个南京城立刻就看不到一点民国气象，完全恢复清代的气氛。他绝对不准他的兵士们剪掉辫子，因为辫子已成他的军队的特别标志。他看见穿西装剪短头发的人就生气，看见留辫子的就引为同志，于是，南京城内突然流行起拖辫子，扎假辫子的风气盛行一时。他绝对不许用“前清”字样，他认为在他统治下的区域，应该仍是“大清天下”。
江苏都督府的大柱和栋梁他都涂上一道朱红色，把旧两江总督时代的吹鼓手和炮手都找了回来，每天开吹三次，开炮三次。这一切都是清代的官制和排场。他不但恢复了厘捐总办、粮台总办、督销总办、道台、知府、知县等等，而且一切都是“扎委”。南京城内就有一个知府“江宁府杨”，和两个知县“江宁县左”、“上元县沈”。知县的衙门里恢复了刑名老夫子、差快等等。县太爷坐堂，恢复了藤条、小条等刑具。南京城内大小官员们都拖着辫子，打轿子上院，谒见时要先递手本，见了“大帅”要行跪拜礼，要自称卑职。所有这一切都是两江总督衙门的规矩。
辛亥起义，张勋被江浙联军赶出南京城时，城内警察曾经欢迎革命军人入城，张勋因此记恨在心，这次他收复了南京后，首先把所有的南京城内的警察一齐革职，用辫子兵代替警察站岗，然后从北方招了一批北洋警察来。辫子兵的各营都用龙头令箭，官长们则穿的是清代的蓝制服，军营中不许悬挂中华民国的军旗，而要悬挂红色白边的蜈蚣旗。民国的国旗也不许悬挂，江苏都督府门前大桅杆上挂的是一个斗大的“张”字红旗。所有这些怪现象，袁都装做不曾晓得，可是外国使节们对此非常惊讶，他们曾质问南京城不挂民国国旗的原因。袁待外国人抗议了，才打电报责备张勋不该禁止悬挂国旗。
9月17日，南京城内才有五色国旗出现。
当张勋在南京胡闹时，辫子兵乱烧、乱杀、乱抢，无所不为。有一天杀错了人，杀伤了三个日本人，日本全国为之震动，军人们竟向日本外相牧野请愿出兵中国。日本驻华公使山座向袁政府提出了严重抗议，要求中国政府向日本谢罪，同时黜免张勋。袁派张勋的同乡李盛铎到南京来调查，李劝张对日本人让步，以免引起两国关系恶化。张乃和日本驻南京领事船津直接谈判，谈判的结果是张勋亲自到日本领事馆道歉（9月28日），日本放弃了要求撤换张勋的要求。可是日本问题虽告解决，美国和英国也一而再提出了撤换张勋的要求。由于外国人有这样的要求，正好给袁撤换张勋的好借口，何况袁这时在外交上正亲美英，使他对美国和英国的建议愈加认真。10月上旬，他派张勋的老友阮忠枢前来南京，把外交团的意见委婉地告诉张勋，要他自动辞职，以免引起外交上的更大压力。
张勋正兴高采烈做他的“两江总督”，听了阮忠枢的话，直气得一佛出世，二佛升天，跺着脚说：“我的这个印把子，是拿自己的性命拼来的，袁宫保要怎办就怎办，用不着拿洋人来吓唬我，也用不着劳你的大驾来劝我。”阮败兴而归，把张的一切回报了袁。袁对这位张辫帅也有点伤脑筋，又派李盛铎、刘恩源、钱能训、段芝贵陆续前往南京劝张，接受新命——长江巡阅使。段芝贵最长辞令，他说：“总统确有苦衷，不愿意惹起外交上困难。”然后他传达袁的意旨，请张改任长江巡阅使，他描绘巡阅使在官职上是比都督大一级，都督只管一省的军事，而巡阅使却管好几省的军事。
张果然动心了，同时他也没有能力敢于抗命，于是提出了三个调职条件：一是他在江苏都督任内开支的65万元准予报销；二是调职后请再拨开拔费50万元；三是他奉调长江巡阅使必需有实际的权力，要节制湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省的水上警察。
段芝贵把张勋的条件回报给袁，袁毫不考虑便全部接受。12月16日，袁发表了新的人事命令，调张勋为长江巡阅使，任命冯国璋为江苏都督。巡阅使这个官位，在袁最初的意思，也同于屯垦使、检查使之类，徒有空名的大头衔，怎知张勋手中有兵，又预约了条件就职，于是巡阅使这个官位后来竟成为凌驾都督之上，割据数省的大军阀。
在二次革命期间，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起义后，他是清军协统，领导浙军，参加江浙联军攻打南京，负责进攻紫金山，因为没有大炮，所以攻打不下。沪军都督陈英士的参谋丁怀瑾率领沪军先锋队助攻，特自上海讨来炮兵一队，并使用江边炮台，发炮三枚入城，目标地是城内北极阁，恰遇两江总督张人俊、提督张勋及各司道在北极阁会议，闻炮声骇散，不二日，道员江某和英领事奉命悬白旗向革命军要求停战，南京遂告光复。丁怀瑾有诗纪事，中有句云：“两张（即张人俊和张勋）心胆应惊碎，一炮声威欲避难。”
民国成立，朱瑞任浙江都督，二次革命时，朱瑞和云南都督蔡锷都是宣告中立的。
朱瑞虽然保持中立，袁对中立的也要整肃，因此，他于9月25日电令朱瑞克日来京商洽要公。朱奉到电报，乃遄赴北京，换了一套军服，按照疆吏入觐大总统的仪式，在总统府承启处等候召唤。忽然有一个承启官悄悄走到朱身边说：“总统吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形迹，请换便衣来见。”朱听了就站起身要回去换装，又被承启官加以阻止，同时引领他走进一间更衣室，拿出一套现制的狐皮袍子和马褂给朱，朱穿上身，对着镜子一照，简直是“增之一分则长，减之一分则短”，完全好像量了身订做的。承启官恭而敬之地说：“总统知道朱都督初次来京，一定还没有订制，所以先给您准备的。”朱还来不及说谢字，承启官已把他领到了居仁堂，一个矮矮胖胖须胡皆白的老头子，和颜悦色地坐在大厅的中间，也穿着一套狐皮袍子和马褂，颜色、花样、质料都和朱身上的那套一式一样。朱还是初次谒见袁，他知道这位老头便是威名赫赫的袁大总统，紧张得连话也说不出，那料到这位大总统却像老熟人一样，请他就坐，然后东南西北，海阔天空地胡扯一通，谈到高兴时则哈哈大笑，使得朱慢慢地松弛了紧张情绪。朱正感轻松时，袁突然把话题转到南方讨袁运动，并出其不意地问朱：“介人（朱瑞字）你若是反对我，就应该宣布独立，若是反对敌党，就该明白表示，你宣告中立是何用意？”朱对这问题显现得很为难，一句话也答不出来。袁看出朱很窘，马上用别的话岔开，脸上也一直和善而亲切，好像对朱中立这问题毫不介意，谈到末了，站起身来说：“你应该早点回去，地方治安要紧。”
过了几天，朱瑞仍然穿了袁所赐狐皮袍子和马褂到总统府向总统辞行，到了总统府后，气象为之一变，三步一哨，五步一岗，戒备严密，像在进行大典一样。朱走进了居仁堂，那儿也站满了全身披挂的武装士兵，袁世凯穿了一套金边耀眼的大元帅服，巍然高坐，还没待朱开口，袁便声色俱厉地告诫了朱一场，什么“军人不可无纪律”，“军人应以服从为天职”。这一番话完全是长官训斥部下的口吻，朱在下面所了，吓得一个字也说不出，头也不敢抬起来，浑身淌着大汗，内衣内裤都湿透了。
朱这次在北京，就只见了袁两次，两次的见面彻底相反，弄得朱如同丈二金刚，摸不着头脑。
袁惯会做戏以玩弄他的部下，“怀之以德，然后临之以威”，使得他的部下很吃他这一套手法。
和朱瑞采取中立立场的，还有云南都督蔡锷。
袁于民国2年9月25日下了一道命令：“蔡锷准给病假三月，着来京调养。调唐继尧署理云南都督。派刘显世为贵州护军使。”
蔡锷于10月10日把都督印信交由军长谢汝翼代管，没有和任何人告别，悄悄地离开了美丽而四季如春的昆明。民政长罗佩金也随他离滇。本来袁对云南有鞭长莫及之苦，现在袁军事上已膨胀至长江以南，声势上已统一了全国，因此就不把云南放在眼中，所以他用给假三月来调蔡锷入京。
蔡锷到了北京，袁依样葫芦，用对付朱瑞那套戏法来对付蔡。可是蔡锷不是朱瑞，他有胆有识，头脑又冷静，意志又坚强，因此袁的戏法在蔡身上完全不发生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿这个“宝古老”（湖南人称宝庆人为宝古老）没有办法，深感难于对付，因此不放他离京，并且派密探监视蔡的一举一动。
袁本来有一个计划下蔡的毒手，制造了一份假情报，诬蔑蔡在云南计划脱离中国版图，另建一国，自封为“大汉王”。袁在这个假情报上亲批“应查”两个字归档。这个举动是寓有深意的，因为他发觉蔡是个长于治军而严肃不苟的人，很想争取蔡为心腹干部，如果蔡在云南抗命不交出都督大印，或是不就范听话，他便随时可以抽出这件档案来加蔡一个叛国罪名，这就是所谓“不用则杀”的办法。
蔡在北京期间，袁派为陆军部编译处副总裁，总裁是段祺瑞。11月奉派与李经羲、梁敦彦、樊增祥、宝熙、马良、杨度、赵惟熙等组织政治会议，李经羲为会长，又和阎锡山、张绍曾、尹昌衡、蒋方震等11人组织军事研究会。
当国民党二次革命失败后，有一件政治秘密，除了极少数袁的亲信外，是很少有人知道的。原来袁在对南方用兵前，就决定要逐步进行“废省改道”的计划。这个计划是废除省一级，而以省以下的道（一省可以分为几个道）为地方行政的最高单位。道设道尹管理民政，又设镇守使管理军政。这个计划准备先在几个省区实行，然后全面推广，达到全国废省改道的目的。为什么他要决定这样一个缩小行政区域的计划呢？他是为了避免藩镇之祸。他在用兵初期，就不露声色地进行这个计划，他任命李纯为江西护军使、王占元为湖南护军使、张勋为江北镇抚使、倪嗣冲为皖北镇守使、龙济光为广东镇守使。这一连串的人事命令中没有一个都督名义，他初意在这些地区都不设立都督。此外黑龙江只有护军使朱庆澜，后来贵州都督唐继尧调任云南都督后，也只提升刘显世为贵州护军使而不给以都督名义，福建都督刘冠雄调任海军总长后，就派李厚基以镇守使名义统率该省军队，这三省不设都督，就是先废都督以达到第二步废省设道的目的。
可是，袁这个计划对北洋系军人来说，是遭受到彻底反对的。他们过去“只知有袁宫保，而不知有大清朝”，后来“只知有袁大总统，而不知有民国”，他们所以如此，是为了“水涨船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他们打天下，他们则利用袁作为个人取得功名富贵的桥梁。
在对南方用兵开始时，就有人劝袁对废省废督问题不应操之过急，因为可能影响到前方将领的士气。袁自然更懂得这个道理。待到南方军事胜利后，又有人劝他不能执行这个计划，因为统一的局面还不够稳定，如果使到北洋军将领情绪低落，岂不是给了国民党重振旗鼓的大好机会，因为这一个做法是降低北洋军人的地位和削减他们权力，在天下未彻底稳定以前，是需要从长计议的。于是这个计划便无限期地拖延下去了。
秘密逐渐泄漏了，慢慢地传到北洋系军人耳中，他们开始对他们的“老头子”不满了，于是大家都抓紧了自己的军队，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后来的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牵涉到有关利害权位问题时，他们对袁并不完全服从，同时采取强硬的态度，如张勋调离南京时提出条件就是一个例子。
袁在赣宁之役战胜国民党后，表面上他是统一了中国，军事力量由北方达到了南方，可是也就是从此开始，北洋军系已不是可以称心如意，由他摆布。他在外形上好像是威望提高了，其实他的控制力却相对地减弱了。