黎元洪自张振武案后，已经身不由己，非跟袁走不可了。二次革命时，黎更是一面倒向袁，袁知道黎爱戴高帽子，曾亲笔写“民国柱石”四个大字制匾送黎。袁和国民党决裂后，又亲书“中华民国副总统府”八个字，制成宽五寸、长四尺八寸的长匾，派专使送到武昌来，挂在都督府门外，黎乃对袁由怀疑心理而变为心悦诚服的心理。迭次通电，如：“先选举总统”电，“解散国会”电，还有最肉麻的是：“请叙袁克定赞助共和功”一电，这是一通拍马屁的电报，想不到竟碰了一鼻子灰。袁复以：“酬庸之典，以待有功。儿辈何人，乃蒙齿及！鄙人勉服国务，乃为救民，岂有荣施，及于家属。若援奚午举子之例，并无谢玄破秦之功，损智益愚，大人所戒，庸材薄殖，何德何能？俟其阅历稍深，或堪造就，为公奔走，待诸将来，幸勿复言，以重吾过。”
黎虽然对袁死心塌地归顺，可是袁却不放心把这位“民国柱石”摆在湖北都督的位子上，早在袁接收南京临时政府时，就发表过以黎为参谋总长的命令，其用意是想以这个位高而无实权的位子来交换湖北都督职位。二次革命时，袁在对南方用兵过程中，一忽儿要黎兼领江西都督，一忽儿要黎兼领湖南都督，其目的都是在绕着圈子要把黎调出湖北来。
袁为什么对于像黎这样一面倒的人还要下毒手呢？理由很简单，黎不是北洋嫡系，又是一个已有群众基础和人望的社会偶像。他是湖北人，又在湖北带兵，武昌首义又是他为领导人，在湖北已有相当雄厚的力量，像这样的人，无论如何奴颜婢膝，袁也不会对之信任的，所以他千方百计要把黎从湖北都督的位子赶下来。而黎元洪呢？他虽是一个出名的好好先生，可是在生存的基本问题上却非常精明，他也用千方百计来应付袁，总之是死皮赖脸，决不肯离开湖北。
在对南方用兵时，袁本有一个企图，是借军事理由，派段芝贵率兵入鄂，这是“假途灭虢”的故计。可是黎这时一面倒向袁，袁无法借口，因此在国民党兵败后，袁便不止一次用“久仰、渴慕”等甜言蜜语引诱黎北上和他见面，黎则推三阻四，想尽理由来婉拒北上。黎知道袁决不敢对湖北用兵，因为这样做会使天下人为之寒心，所以他敢向袁打太极拳。
袁终于忍耐不了黎的推拖，他认为事机已经成熟，非解决湖北问题不可，于是在民国2年12月8日，借词要公待商，密电召黎入京，同时特派段祺瑞到汉口劝驾，段祺瑞也是8日这天到达汉口。黎当然知道段是袁的第一号心腹大将，派这样一位角色来请驾，是绝对不简单的。段催促得很急迫，要求黎立即动身。黎知道问题很严重，如果不北上是不可能了，乃邀集左右，举行了一次秘密会议，决定派都督府参谋长金永炎代理都督，自己抱着入虎穴的心情决定入京。
段祺瑞在湖北只和黎元洪匆匆一面，就替黎预备好到北京去的专车，12月9日当面催促黎动身，黎只得仓促就道。当他一上了火车，袁葫芦里卖的药就弄明白了，原来他派第一号大将段祺瑞出马，是负有押解黎即日北上，和阻止黎重返湖北的双重任务。因为黎在湖北已有基础，是以副总统的崇高地位兼任湖北都督，要调动他，显然不是儿戏。段祺瑞在清末地位比黎高，又是袁系中第一号人物，用段接替黎显得既郑重又严重，自国民党失败后，袁对黎已经不计较投鼠忌器，也不怕把黎逼上梁山，因为黎已经无山可上了。
12月10日，黎正在北上途中，北京发布了总统命令：派段祺瑞权代湖北都督，派周自齐代理陆军总长。
黎的专车到了北京，袁派自己所乘的金漆朱轮马车到车站迎接，这辆马车在14个月前曾用以迎接革命领袖孙中山先生。黎所受到的热烈而隆重的欢迎，也不下于欢迎孙中山。
袁同时手令规定黎副总统月俸1万元，办公费2万元。这和前一年袁授孙中山为全国铁路督办时的月俸3万元，是一个也不多，一个也不少。
这儿抄录几则有关的电报——
2年12月9日黎元洪上袁世凯电二则：
黎上袁并致各机关电：元洪忝厕戎行，材薄任重，属沧海横流之会，当中原板荡之秋。溯自阳夏媾和，及平赣宁肇变，荆山欲崩，汉水几沸。幸赖我大总统当机斡运，先事绸缪，奠民国于无疆，投元凶于有昊。元洪得依余荫，幸保虚声，未尝不啜茗怀波，茹禾念露，燕云楚树，道阻且长，虽颜色未亲，而神魂久向。只以周旋鞭弭，鞅掌军书，亲从汜水之师，致后涂山之会，盲骑莫适，瞽笑为劳，天命更新，楚氛幸靖。风前退鷁，弥坚向路之心；浪后颓鱼，愈切登门之念。谨于本月九号亲戒行装，面聆迪诲，本府一切事宜，应恳大总统派员代理，俾专责成。专此缕陈，并行通告。
元洪业经起行，本府一切事宜除先行呈请大总统派员代理外，应暂交参谋长金永炎代拆代行。谨俟后命。
黎致段祺瑞电：元洪自鄂频行，过劳远送，至感厚意。兹于本日早七点钟到京，即入觐大总统。面谕代理一节，已有命令暂兼等因。自维治鄂两年，深愧无状，得公替我，知免愆尤，闻命之余，敢为全鄂军民额手称庆！特电驰贺，兼致谢忱，即维垂察。元洪现住小蓬莱，并以奉闻。
段复黎电：在鄂奉教，优礼逾恒，极感盛意。接读真电，敬谂旌旆帜莅都，至为庆慰。过承奖借，愧弗克当。瑞以菲材，随公之后，虽暂承乏，敢不兢兢勉守成规，冀免陨越，尚乞随时箴诫，是所盼祷。
黎致鄂省各机关人员电：本副总统因公入京，于本月初九日自鄂起程，十一日早抵京。追维在鄂两年，同舟共济，诸赖匡襄。此次行期匆促，不及言辞，深怀歉仄。现在鄂都督事已奉大总统令任命段总长兼领。段总长威信素著，忧国为怀，必能造福地方，维持秩序。尚赖诸君子各尽职务，相与有成，本副总统有厚望焉。贱躯安好，知念并闻。
黎上袁书：窃元洪屡觐钧颜，仰承优遇，恩逾于骨肉，礼渥于上宾，推心则山雪皆融，握手则池冰为泮。驰惶摩措，诚服无涯，伏念元洪忝列戎行，欣逢鼎运，属官吏推选之众，承军民拥戴之殷。王陵之率义兵，坚辞未获，刘表之居重镇，勉力难胜。洎乎宣布共和，混一区夏，蒙大总统俯仍旧贯，悉予真除。良以成规久圯，新制未颁，不得不沿袭名称，维持现状。元洪亦以神州多难，乱党环生，念瓜代之未来，顾豆分而不忍。思欲以一拳之石，暂砥狂澜。方寸之才，权撑圯厦。所幸仰承伟略，乞助雄师，风浪不惊，星河底定。获托威灵之庇，免贻陨越之羞。盖非常之变，非大力不能戡平；无妄之荣，实初心所不及料也。夫列侯据地，周室所以陵迟；诸镇拥兵，唐宗于焉驰废。六朝玉步，蜕于功人；五代干戈，胎自骄将。偶昧保身之哲，遂丛误国之愆。灾黎填于壑而罔闻，敌国入于宫而不恤。远稽往乘，近览横海，国体虽更，乱源则一，未尝不哀其顽梗，惨莫惩嗟。前者赣水弄兵，钟山窃位，三边酬诸异族，六省订为同盟。元洪当对垒之冲，亦尚尽同舟之谊。乃罪言勿纳，忠告罔闻，哀此苦心，竟逢战祸，久欲奉还职权，借资表率。只以兵端甫启，选典未行，暂忍负乘致寇之嫌，勉图抛杖观成之计。孤怀耿耿，不敢告人，前路茫茫，但蕲救国。今者列强承认，庶政更新，洗武库而偃兵，敞文园而弼教，际四海困穷之会，急起犹迟；念两年患难之场，回思尚悸，论全局则须筹一统，论个人则愿乞余年。倘仍恃宠长留，更或陈情不获，中流重任，岂忍施于久乏之身，当日苦衷，亦难曝诸无穆之口，此尤元洪所冰渊自惧，寝馈难安者也。伏乞大总统矜其愚悃，假以闲时，将所领湖北都督一职明令免去。元洪追随钧座，长听教言，汲湖水以澡心，撷山云而炼性。幸得此身健在，皆属解衣推食之恩；倘遇边事偶生，敢忘擐甲执兵之报。伏居待命，无任屏营。谨呈等因。
袁复黎书：来牍阅悉，成功不居，上德若谷，事符往籍，益叹渊衷。溯自清德既衰，皇纲解纽，武昌首义，薄海风从。国体既更，嘉言益著。调停之术力竭再三，危苦之词书陈累万。痛洪水猛兽之祸，为千钧一发之防。国纪民彝，赖以不坠。赣宁之乱，坐镇上游，匕鬯不惊，指挥若定。吕梁既济，重思作楫之勋。虞渊弗沈，追论撝戈之照。凡所规划，动系安危，伟业丰功，彪炳寰宇。时局粗定，得至京师，昕夕握谭，快倾心膈。褒鄂英姿，获瞻便坐，逖琨同志，永矢毕生。每念在莒之艰，辄有微管之叹。楚国宝善，遂见斯人。迭据面请免去湖北都督一职，情词恳挚，出于至诚，未允施行，复有此牍，语重心长，虑远思深，志不可移，重违其意，虽元老壮猷，未尽南服经营之用，而贤者久役，亦非国民酬报之心。勉遂谦怀，姑如所请。国基初定，经纬万端，相与有成，期我益友。嗣后凡大计所关，务望遇事指陈，以匡不尽。昔张江陵恒言吾神游九塞，一日二三。每思兹语，辄为敬服。前型具在，愿共勉之！此复。
这两封信，全是言不由衷，假得可笑。辞卸湖北都督的黎被安置在瀛台下榻，这实在是一个极大的讽刺，因为这个地方正是慈禧幽禁光绪的地方。
黎到北京后，立刻便有袁、黎联姻的传说，事实上这不是传说而是真的，袁不待婚礼举行就赶着喊黎亲家。据说两家讨论婚嫁时还有这么一段插曲，因为双方都想做男家。害得奉命做媒人的汤化龙忙得两头吃夹棍，最后让步的是黎，袁把第七和第十子的生辰八字（均九岁），和两人在校中的成绩单给黎看，要黎挑一个，黎征求太太意见。黎太太问：“这两个孩子哪个是大太太生的？哪个是姨太太生的？”黎告以都是姨太太生的，黎太太立即变色说：“那不成，我家女儿都是我所生的，不能嫁给姨太太生的儿子。”黎这时已是身在秦庭，事事不能不迁就，因此又苦苦哀求太太，才算把这亲事搞定。袁的九子克玖和黎的次女绍芳说好婚姻，订婚时，黎赠女婿礼帽一顶，大礼服一袭；袁赠儿媳金手饰数件。这幕婚姻是十足的政治联姻。后来黎家女儿做了袁家媳妇后备受虐待，气成了神经病，终身不愈。是个悲剧下场。
黎初抵北京时，袁每次吃饭总尽可能要请“亲家”来共食。有一个寒冷的大雪天，袁身上披着浙江都督朱瑞花了7500元的代价买来“进贡”的皮大氅，黎偶然说了一句：“这件东西真名贵。”袁立刻解了下来赠送亲家，黎虽推谢，袁却坚持要送。
袁对黎似已做到彻底地“解衣推食”了！
不久袁正式下令，准兼领湖北都督黎元洪辞免都督本官。而段祺瑞在权理湖北都督两个月后，因为他是袁身边重要的帮手，所以不能长期放在外面，袁对湖北人事安排，本预定给他的干殿下段芝贵的，因为调黎入京很难，才让段祺瑞出马，现在黎已入京，又已辞职。所以3年2月1日仍调段祺瑞回北京复任陆军总长，派段芝贵为湖北都督。段祺瑞在湖北虽只两个多月，他的任务是清除黎在湖北的势力，因此他大刀阔斧地把湖北军遣散，把北洋军调入湖北，从此湖北便完全成为北洋军的统治地区。
当段返回北京和黎相见时，他不像袁对黎那么虚伪，他脸孔上流露出一种倨傲之色。段的等级观念很深，他觉得自己在清末曾做到护理湖广总督。当时黎不过是湖北一个协统，至于辛亥革命，黎只是从床下面拉出来顶名字的，谈革命功勋也是假得很；如今则已是袁的政治俘虏。因此他根本不把黎放在眼里。黎段之间这段关系注定了日后的许多纠纷。
黎在北京，实在不愿意以安乐公自居，很想借一个题目离开北京，以便恢复自由生活，曾经一再表示，愿以“答谢各国承认民国专使”名义周游列国，袁怕他一去不复返，就用拖延手段来搪塞，不作肯定的答复。黎既然行不得，也只好在北京瀛台做他的副总统兼参谋总长，实际上参谋总长工作则是由次长陈宦代行拆。
黎在北京初期的生活，简直就是幽居，外间鲜有知者。民国3年1月，北京一位名记者黄远庸曾写过一篇访问记，对黎当时的生活有细致的描绘。特抄录如下：
“黎副总统到京时，适记者南行，今记者既到京，则吾曹新闻记者对此德望并隆中外钦仰之伟人，不能不表示一番敬意。因以国会议员湖北某君之介绍，偕某某两君约见，黎公快然允许，约以初十日午前十一时许往谒，并约予以赐食之光荣。以吾曹藐然与公无素，而阔达优礼如此，足见公之平民主义也。
是早某君约予等同往新华门，入总统府，以先有约，故司阍处（即由大总统之司阍处传达）即命余乘冰船赴副总统所居之瀛台，不须更入门外之招待室候命矣。
海子中之积冰，已层叠深固，故向日之以舟行者，今以冰船行矣。船形如轿，最多可容六人，船夫着毛革之鞋行于冰上，从后推转，故极迅疾，瞬息已抵瀛台矣。
入门则兵卫三五而立，稍进即有与此介绍某君操鄂音道寒暄者。余前此闻黎公在鄂时，守卫已尽易北方军官，足知不尽确。余等所入之客房，榜曰副总统办公处，即前之景星殿。此处一为秘书室，一为副官处，其对过即庆云殿，则饰以洋式陈设，右为应接之洋室，左为大餐间，即副总统赐余等以午餐之处也。
秘书室伏几而办事者有二三人，皆朴素无华。副官长为少将唐君在寅，则竹布之衣，谦光可挹。唐君盖始终随侍副总统，在鄂时固不常出门，到京后绝对未出大门一步者也。
副总统之眷属及厨役乃至马车御者，皆已偕来，惟其左右之领有徽志得以随时出入总统府者只六人。余辈出入，皆须随时传达或许可，足见黎公约束之严矣。
庆云殿中陈设稍新，景星殿则普通木器数事，足供起坐而已。其中间为副总统每日会客之厅，余所见二殿中前清南书房供奉之墨迹依然陈列，皆光绪时全忠恒勋徐会沣所书，长额大字皆录《诗经》、《书经》中成语之关系为君之要道者，字尤板滞无味。某君谓做皇帝最苦，连行书都看不见，可谓确切。余意今日何复更须此等物事，宜并置之高阁而稍易以美术的陈设也。
殿外置有轿子一顶，盖即清制所谓二人肩舆者，凡副总统往谒大总统或大总统来访副总统，均坐此等制度之轿。实则二公所居相距至多不过二百步矣。
余等在殿中候命，而是日适值段芝贵自南返京，即日来谒总统及副总统，坐谈极久，候段氏出，则更会客二班，毕后已十二时，故副总统不于常座见余等，即命余等在庆云殿中之应接室接见。入殿后副总统即入，余等行严肃之一鞠躬礼后，依次入座，副总统略询数语，即命入对过之大餐间会食会。副总统之丰采，读吾通信者，想已面接或已见其写实，固不烦余之叙述。余一言足慰读者，则公之丰采健硕，绝无风尘之色，而一种严肃和蔼之气，自是令余等生畏悦之容者也。
餐座中并副总统共五人，二客系鄂人，中有一客乃从湖北新来者，余与某君则非鄂人。余首问副总统前此何时曾来京？公答尚系光绪三十四年。余问亦常住过北京否？公答首尾不到一个月。故公之语言，乃纯然湖北口音也。
座中所谈，以湖北事为多，公询自湖北新来之某君以都督府近状，以军队近情，而尤以个人消息为多。凡称其人，必称其号，不称其名，并荷关念其人有无饭吃。余以知公之深于情也。
公语及裁兵退伍事，云我们总要给人家一条路走，故我前此于所裁之人予以退伍金，自二千元不等，以其有此款，或耕田，或做小买卖，不致他变也。
公又语及某事，有一名言，谓总不可以激烈对待暴乱。他们本来暴乱，若以激烈（意同操切）待之，则必闹出事来。余证之公起义后在湖北之行事，此寥寥数语，盖足以尽其精神也。至其所语何事，则吾辈秉新闻记者之德义，当然不能泄露也。座客询及章太炎近状，请公设法保全者，公答必可无事，因大总统亦雅意保全之也。惟彼前日来府，穿大毛衣，执一羽扇，挂起勋章，见人就丢茶碗打人，如此难怕不闹出事来。送往各处，各处皆不肯收，故暂送拱卫军之教练处招待。刚才我（黎公自谓）与×××商量，叫他们务必请他夫人来京伴住，令有一种慰藉，或不至生他变，那怕盘费都由我出亦可。某君答其夫人甚有学问，前此有家信来，太炎不忍阅看，谓看后恐消磨其与人家拼命之心。黎公答所以我们必须请夫人来伴居。总统是必给他日用的，若到他处去，这一宗常年的款何处去出云云。足见公之笃于待士也。
余于此一席中，更得悉公之不吸烟，不饮酒，座客皆饮白水一杯而已。鄂中某君语我曰：公自奉既薄，固以推爱及客，在鄂时开茶会，常以中国自制八角一瓶之勃兰地酒供客，客有不堪引满而罢去者。座上水果，往往窳苦不可食。余等是日虽饱德无穷，然公之俭薄，固有可以证明之资料也。
会食既毕，承启官报陈次长来谒，即参谋次长陈宦是也。余等乃谨兴辞而出。闻之人云：公到京后，亦已不甚闻问参谋部事。惟陈次长常往禀承而已。
余归后，有某君问余以谒见黎公后之所感，余方嗫嚅无以形容，某君即谓其天真照人处最为可慕。余不觉点首。呜呼，神圣哉，优美哉，此天真也。”