4月12日浙江继广东之后宣布独立，算是护国倒袁宣布独立的第五个省份。浙江独立和滇、黔、粤、桂不同的是它在地区中属于东南，且和以前各省地势上并不毗连。促成浙江独立的，是因为袁打算把驻防上海的北洋军第十师开驻浙江，因此激起浙江方面的反对。在杭州的第二旅旅长童葆暄、警察厅长夏超、宁波独立旅旅长周凤岐、嘉湖镇守使吕公望、台州镇守使张载阳等都有独立趋向。浙江将军朱瑞首鼠两端，他仍采取第二次革命时的老路子不宣布独立，外间且传说朱拟诱杀童葆暄以肃清反侧，童遂于4月11日先下手为强，进攻将军署，朱瑞闻变遂从后门逃之夭夭。第二天童召集省城代表集会商量推举浙江都督，当时浙江军界找不出一个力能控制全省的人物，大家遂推举当时富有人望的浙江省巡按使屈映光担任都督。屈是袁所赏识的人，他对大家说：“我只能以巡按使名义暂兼总司令，维持地方秩序。”屈的目的是保全浙江，不使动乱损害了浙江，所以他又和淞沪护军使、北洋军第四师长杨善德订立了“淞沪互不侵犯条约”。
浙江宣告独立后，由军方人士联名发表通电，全文云：
“北京政事堂，统率办事处，各部院长，各省军民长官，军警商学各界公鉴：滇黔首义，举国景从，公理真诚，皎如天日。公望等徇吾浙军民各界之切望，全体一致于真日宣布独立，公推屈映光为都督。士气奋发，秩序晏然，堪以奉告。溯自辛亥发难，共和告成，海内喁喁，翘首待治。项城以国民付托之重，忘天下为公之心，背弃誓言，破坏《约法》箝塞舆论，劫制正人，外债崇于祁山，苛政猛如虓虎，致闾阎无乐生之气，道路多吁嗟之人。犹复托名筹安，希图帝号。诡密之电腾笑于友邦，警告之声皇皇于五国。不知惟信可以立国，惟德可以服人，狙公之术既穷，土崩之局乃见。公望等于国事岂敢轻试，于项城非有私仇，此次仗义兴师，枕戈待命，理无反顾，义无还心，实欲将顺众情，巩固民国。盖以飘摇风雨，国势已属可危。如其朝四暮三，鲁难伊于何底？欲减除时局之危难，清弭国内之战祸，则不得不鉴天下之大势，示亡秦之决心。权利本无可言，危险更非所计。夫天下非一人之天下，中国岂袁家之中国？项城果尚有爱民惜己之心，宜速为洁身避贤之计，庶足示光明之度，犹不失退让之情。清室尚能以组织全权授诸项城，项城岂不能效法旧君授诸冯、段。冯公在南、段公在北，布置既周于前，祸患自无忧于后。况乎《约法》具存，条文可据，代理既久经规定，争议自无从发生。方今四海分崩，众心离涣，川湘北旅，挫败相寻，各省风云，日益紧迫。项城亦当知大势之既去，覆水之难收，佳兵不祥，群情可见，当不为旦夕之延，以重其殃民之咎。矧威信既失，将何以临民？果拥兵负嵎，则败亡可待。公望等谨整饬军旅，严阵以待。庶几海内君子，鉴此微忱。掬血陈词，伫侯明教！吕公望、张载阳、周凤歧、童荷暄、王桂林、夏超、俞伟、顾乃斌、徐则恂、童绍基、王萼、施承志、李炜章、吴钟镕、傅其永、来伟良、李全义、伍文渊、韩绍基、汪镐基、王文庆、莫永贞、张翅、裘绍、葛敬忠等。皓。印。”
可是屈映光另有密电给袁，叙述自己被推戴的经过，并非出于己意：
“……四月十一日夜四时，突有军民拥至军署，将军失踪，当经密派警队，防护本署。次早军官绅士，以地方秩序关系，强迫映光为都督，誓死不从，往复数四，午后旋有各机关官长，暨绅商领袖全词吁恳，最后即请以巡按使名义兼浙江总司令，借以维持地方秩序，固辞不获，于今日上午始行承诺，以维军民而保治安。现在人心已定，秩序如恒。……”
正当袁世凯日薄西山，门生故吏纷纷叛离之时，屈的态度使袁感到极大的安慰，因此他顾不得屈的电报是一封给他的密电，竟于四月十四日发表申令把屈的电报内容公布了出来，且说：
“……该使识略冠时，才堪应变，军民翕服，全浙安然，功在国家，极堪嘉尚，着加将军衔兼署督理浙江军务。当此时势艰危，该使毅力热心，顾全大局，既已声望昭彰，务当始终维持，共策匡定，并着剀切晓谕军民，俾如今日世界大势，当以国家为重，各尽服从之天职，为保秩序之安宁，造福桑梓，即所以造福国家。本大总统有厚望焉。此令！”
袁嘉奖屈映光的申令本是想鼓励其他各省的人对他效忠，却不料竟置屈于危殆地位，因为屈在浙江并没有实力基础，拥屈的人都是反袁的人，如今看到了袁的申令，原来屈竟有密电给袁，于是浙江各界纷纷通电指责屈，不久宁台镇守使独立旅长周凤岐和嘉湖镇守使品公望都到了杭州，屈被迫辞职，5月6日改推吕公望继任浙江都督。
吕公望出任浙江都督是表示浙江事务由军务的实力人物出而负责，吕就任后发表通电云：
“云南、贵州、广东、广西各都督、总司令、参谋长暨上海各报馆鉴：袁氏世凯背誓食言，殃民祸国，诸公仗义，简甲兴师，攘除奸凶，肃清群慝，义声所播，天日为昭。浙省虽僻在偏隅，誓同护国。独立既倡，万众一心。屈前都督危局支持，心力交瘁，元功弗宰，让德弗居，军民同声，攀援无术。乃责公望承兹钜艰，自愧菲材，艰胜重任。只以四方多垒，元悉未除，敢惜一身，以误大局。兹于五月六日正式就任。区区之志，誓在搜讨义旅，为国驰驱，期与诸公东西策应，虽历危险，在所弗辞。事属同仇，义无反顾。翻云覆雨，窃所痛心，停战迁延，尤非所望。诸公首义，必宏远谟，幸锡南针，共图北首。枕戈待命，临电神驰。浙江都督吕公望。鱼。印。”
袁本计划由海道运北洋军南下增援，这是袁扑灭二次革命时的重要行动之一，他想故技重施，命令海军总长刘冠雄运兵到广东，可是这时听到广东情况发生了变化，又想运兵到浙江，而浙江也独立。4月15日、16日由塘沽装运了北洋军第十二师的一部分，以新裕、新康、新铭、爱仁等轮为运兵船只，以海容、海圻为掩护船，前往华东。4月20日船队到了温州海面遇到了一场大雾，海容舰没有达到护航的目的，反而撞上了新裕轮，两只船舰同时沉没，淹死了官兵700多人，军械物资损失无算。
4月23日，刘冠雄率领其他舰只在福建登陆。