出献机祝寿主意的是陈果夫，去北方避寿的蒋介石却避出了一场“西安事变”，而陈果夫也是主张对张杨“武力讨伐”最烈的人之一。
1936年10月31日是蒋介石50大寿寿辰。由于这时蒋正积极充实军备、修筑国防工事，陈果夫想出了一个发动全国各界人士向蒋介石献机祝寿的主意。他的这个建议是向何应钦提出的，理由是：“委座生日，最好发动由各方面捐献飞机，作为寿礼，可固国防”。何应钦表示赞成。这样，一场轰轰烈烈的献机祝寿活动便在全国展开了。
等到10月31日那天，祝寿典礼在明故宫飞机场举行，同时，由各地方各团体举行献机典礼。国民党中央大员、各界代表以及南京市民和学生等参加者很多，场面非常热烈。在献机当天，空军还举行了飞行表演。
这次献机活动，由于全国抗日气氛高涨，民众涌跃捐款，数量非常可观。献机祝寿当天，捐款购回飞机已命名者达50多架。全国捐款已收到的有600多万，未收到的有500多万，总数有1200多万元。这次捐款所购飞机都购自美国，由于美国对日本在远东咄咄逼人的气势表示恐惧，又同情中国抗日，所以在飞机价格和性能上都对中国照顾。
空军是兵员少，费用大的兵种。由于财政困难，中国空军此时还在初创阶段，力量单薄，距离可以和日本空军抗衡的目标，远远不及。此次捐款购机，是在此以前中国空军史无前例的一次大采购，对以后中国空军的建设影响非常之大。陈果夫任主席的江苏省献机九架，他在10月31日下午乘汽车由镇江到句容，亲自主持江苏全省各界献机祝寿命名大典，民众到者数千人，各界代表到会者也不少。江苏所献九架飞机来自：①党政系统；②政法军警系统；③小学生；④教职员与学生；⑤商界；⑥商界；⑦商界；⑧自治人员和农民；⑨童子军与自由职业者。
此次献机，在献机祝寿活动发起时，明确表示是作抗日军用。事实上既是公开的整顿军备，又是调动全国民众情绪的一种试验，其国际上的敏感性自不待言。蒋介石此时已确认中日战争不可避免，因而加强军备就是势所必须；但是，祝寿活动是明目张胆地加强军备，此时由于中国准备未周，蒋介石还不愿和日本人明确摊牌。最后蒋介石采取了“避寿”的办法，既接受所捐飞机，又避兔了和日本人立即公开对抗。
1936年10月22日，在祝寿典礼的前一个多星期，蒋介石偕宋美龄飞往西安，在游历了华山之后，于10月29日，飞赴洛阳。蒋介石此次离开南京的原因，名义上是“避寿”，“闻京中将有盛大庆祝，乃决意离京”。实际上至少还有两个目的，一是部署和协调东北军、西北军和中央军的陕北“剿共”；二是检查坐镇洛阳的中央陆军军官学校洛阳分校教育长祝绍周和中央军军长樊崧甫、刘峙等人负责的河南军队整理和沿黄河一线的国防工事修筑情况。
正当蒋介石坐镇洛阳，部署北方军事时，1936年12月2日，张学良前往洛阳见蒋介石，对蒋说西安形势紧迫，或将生变，请蒋务必去西安一次。通过各种情报来源，蒋介石也知道情况紧迫，在这一天的日记中，他写道：“东北军之兵心，为察绥战事而动摇；则剿赤之举，几将功亏一篑。此实为国家安危最后之关键，故余不可不进驻西安，以资镇慑，而挽危局，盖余个人之生死早置诸度外矣！”
东北军之所以军心不稳，与上述所谓察绥战事关系很大。1936年11月，傅作义率部在绥远百灵庙击败德王、李守信部和汉奸王英的大汉义军，取得了当时震惊中外的“百灵庙大捷”，对全国人心影响很大。在德王、李守信、王英向百灵庙进攻时，日本关东军曾协同行动，而李、王二部的实际战场各级指挥，均为日本顾问，所以，傅作义击败李守信、王英，在当时的影响上，类同于击败关东军。而东北军在北洋军阀时期及以后，素称能战，1927年宁汉对峙期间，以东北军独力，对付冯玉祥的西北军和阎锡山的晋军二部合力尚有余，当时傅作义率部攻占琢州后为张学良包围，傅作义虽拼死力战，但最后终因力尽接受改编。但自“九一八事变”之后，东北军几乎是每战必败，一丢东北三省，二丢热河，1933年长城抗战，西北军宋哲元、中央军杨杰、晋军傅作义诸军都有上佳表现，唯有东北军何柱国，一战便丢了九门口，滦东尽失，致使东北军大丢脸面。以后蒋介石把东北军只放在后方支援的位置，不再放在正面前线，蒋此举对东北军来说简直是奇耻大辱。东北军离开华北之后，辗转于湖北，陕西，因失去基地，经费缺乏，蒋介石减去该军军饷的五分之一，使该军将士更有倍受歧视和颠沛流离之感。时时梦想打回东北，一雪屡败之耻，二复经济待遇。因此，当看到傅作义取得“百灵庙大捷”之后，东北军对打回东北更加跃跃欲试。
东北军被蒋介石逼赴陕西剿共，实非东北军所愿，所以在作战中，也就难免打滑偷懒。正当蒋介石坐镇洛阳督阵时，胡宗南率军向陕北进攻，按计划东北军应协助作战。但东北军诸部或梭巡不前，或行动迟缓，最后形成了胡宗南孤军深入的局面，1936年11月，山城堡一战，胡部一旅被歼，一旅被击溃。
而在此时，东北军从上到下都对共产党产生了某种程度的同情。对此，在1936年10月22日蒋介石第一次入陕，蒋即有所察觉。在《西安半月记》中，蒋写道：“中正于二次入陕之先，即已察知东北军剿匪部队思想庞杂，言动歧异，且有句通匪部、自由退却等种种复杂离奇之报告，甚至谓将有非常之密谋与变乱者。”
从当时的情况看，蒋之所以派东北军去剿共一是因为东北军不愿去贵州，另外还有个原因，就是蒋系中央军诸部正忙于整理，不愿因向西北大规模派兵而致整理中断。所以1936年12月4日，蒋决定亲赴西安，安排剿共，并把陈诚、卫立煌、蒋鼎文、陈继承、朱绍良、蒋方震、陈调元、邵元冲等人召到西安，召开西北“剿共”会议，任蒋鼎文为“剿共”司令，卫立煌为前敌总指挥，调蒋鼎文、卫立煌、王均、樊崧甫、万耀煌诸部中央军近三十万人，开往西北，准备如果东北军和杨虎城部厌倦剿共，便将之调往福建、安徽，而将中央军调至前线。
这时正值1935年“一二九运动”一周年前夕，因为蒋介石在西安，西安学生和群众举行了盛大的游行示威，要求停止内战，一致抗日。张学良也趁势向蒋介石提出联共抗日的建议，对于张的建议，蒋称张“年轻无知”，并声称：“你就拿枪打死我，我也不能停止剿共。”在这种情况下，张杨发动了“西安事变”。
在南京，最先察觉西安发生问题的是陈果夫的老友曾养甫。因为他主管交通通讯，当西安张学良、杨虎城发动政变后，曾一度下令和外界断绝一切通讯联系，曾养市发现这一异常情况后，立即命令查找原因，12日下午5时，证明西安发生事变。陈果夫立即从曾养甫处得到了消息，但关于蒋的下落，曾未能查明。在曾养甫查明西安发生事变之前，为查核有关西安方面的消息，陈果夫还找陈布雷打听情况，据陈布雷日记记载“是日下午一时余方在寓，忽接果夫电话，询余有无西安之消息，余怪而问之，则谓西安至南京电报已不通矣。”
有关蒋介石个人的消息，最早来源是军方。1936年12月12日下午4时，驻扎在豫西一带的樊崧甫部转张学良西安去电，称蒋在西安“失踪”。下午6时左右，南京政府接到了张杨在西安发出的通电，通电除提出八大主张外，明告南京发动事变的目的是“学良等多年袍泽，不忍坐视，因对介公为最后之诤谏，保其安全，促其反省”。这些消息在南京首先为何应钦得到。
1936年12月12日下午5时，陈果夫在从曾养甫处得到西安发生政变的确实消息后，立即又打电话向何应钦核实，何应次回复说确有其事，但真相到底如何，还不清楚。陈果夫于是在和曾养甫商量之后，召集在南京的国民党中常委丁惟汾、戴季陶、于右任等人到他的寓所商量对策，这时西安方面的八大主张已传到南京，大家略做商量之后，便一齐来到何应钦的住宅。
等他们到何应钦住宅时，何宅已聚集了很多人，冯玉祥也到了。在成立军事委员会时，蒋介石为委员长，以冯玉祥为副委员长作陪衬，这时冯玉祥在蒋被扣的情况下，想以副委员长代行委员长职权，但大家都不同意。查阅军事委员会组织法，因无此项规定而作罢。最后，李烈钧出面调和，决定将军权付与军政部长何应钦，由何统一指挥军队，负军事全责。经过内部协调，决定于午夜一点在中央党部召开紧急会议，商议对策。在紧急会议上，戴季陶态度最为坚定，坚决要求讨伐张杨，孙科未说话，而冯玉祥语言含糊，会议开到凌晨三点，做出了决定：一、明令免除张学良、杨虎城本兼各职，通电全国，将张杨罪行公布于众；二、军事委员会执行委员增加七人，包括何应钦、陈诚、李烈钧、朱培德、唐生智、陈绍宽等；三、军委会工作由副委员长冯玉祥与各执委共同负责，军队指挥权归何应钦。四、行政院由孔祥熙副院长代理蒋介石之行政院长职。
12月13日，陈果夫又与叶楚伧、陈布雷和曾养甫等三人在叶楚伧家开会，讨论对外宣传口径，最后决定：一、由全国各报，用同一口径发表一声讨张杨宣言；二、由叶楚伧拟稿，电令各省市党部指导民众团体主张一致；三、由陈布雷拟稿，由陈果夫用江苏省主席名义，电各省主席一致主张，寄镇江拍发；四、由何应钦领衔，以何和黄埔同学会名义电各省各军，共同发布宣言。这四条办法实行后，遂造成了国民党地区舆论上的一致。各地省主席相继向陈果夫复电，表示自己的态度。据陈果夫自己说：“各省主席复电，大都很好，其中以龙云有决断，复电最快，以马鸿逵来电最有情感。”陈果夫还给杨虎城去了一电，“反复劝导，及晓以利害，杨亦有回电。”
宋美龄在10月22日本和蒋介石一起飞西安，但返回洛阳后，因病前往上海治疗。所以，12月4日蒋介石再去西安，宋美龄没有同行。西安事变的消息传到上海后，宋美龄还在治疗。她后来回忆说：“时适在沪富开会讨论改组全国航空建设会事，财政部长孔祥熙得息，携此恶耗来余寓，谓：‘西安发生兵变，委员长消息不明。’”宋美龄得此消息，甚为恐慌。“时西安有线、无线电报交通皆已断绝，越数小时，仍不得正确消息。然谰语浮言，已传播于全球，骇人者有之，不经者有之；群众求知之心切，颇有信以为真者，世界报纸，竟根据之而作文字之标题矣。”当晚，宋美龄、孔祥熙偕蒋介石的顾问端纳一起乘夜车返回南京，12月13日上午7时到达。
宋美龄一到南京，立即获得了南京政府有关应付政变措施的信息，她颇不以为然。她认为：“此次事变，决非中国既往一般称兵作乱之叛变所可以比拟；而其关于国际与外交者，尤有特殊之形势，倘处置失当，即酿成民国以来空前之战祸。”因此她指责进攻西安和通电惩办张杨的决议“太硬”。她认为，“中央诸要人，于真相未全明了之前，遽于数小时内决定张学良之处罚。余殊党其措置太骤；而军事方面复于此时，以立即动员军队讨伐西安，毫无考虑余地，认为其不容委卸之责任，余更不能不臆断其为非健全之行动。”因此，宋美龄声称她对南京方面已作出的决议：“个人实未敢苟同。”13日下午3时，南京再次开情况通报会，陈果夫会见了一些人，听取各方意见，并与叶楚伧商定了宣传口径。因宋美龄、孔祥熙返回南京后，在如何处理事变问题上与何应钦发生激烈争论，13日晚，陈果夫至孔祥熙寓与孔和宋美龄等人商量进攻与谈和的利害问题。14日下午5时，陈果夫返回江苏省政府所在地镇江。当天，陈果夫“因离京距西安更远，消息隔阂，京中各方面意见不一致，晚上穷思苦想，竟不能安眠。”第二天中午，与江苏省党部成员聚餐，因江苏省党部人有召开镇江市民大会，声讨张扬的计划，陈果夫劝罢。他认为“镇定后方，不能自造肇乱之因。集会结社足以肇乱，是以有戒严令之颁布。几处变时必须明顺逆、正反与动乱之关系。”陈果夫又告诉他们：“事变突发时，应注意各方建议之抉择，万不可如急病时之乱投药石也。”15日下午乘车返回南京。
12月16日上午，国民党中央政治会议决定讨伐张学良，任命何应钦为讨逆军总司令，何立即就职，并举行了白衣誓师仪式，把蒋已看作死人。在就职誓词中，何发誓要“督率三军，指日西上。”调动十几个师开向西安，在华县与杨虎城部发生战斗。同时，何应钦命令空军轰炸西安，由于孔祥熙、宋子文、宋美龄的坚决反对，才改为轰炸西安近郊，以向张杨示威。同一天，陈果夫以中央政治无人负责为由，与曾养甫商议，拟请正在上海的张静江到南京主持。同时，修改了主张讨伐的意见，“各方建议营救者，分别派出工作，或接受其意见。”但仍主张讨伐是最有效的办法。
宋美龄反对何应钦讨伐张、杨的理由，最得力者为两点：一、讨伐必然导致内战，而日本“正盼中国之内战爆发，俾得以借口以大规模之侵略，完成其统制中国之迷梦，则此种现象之造成，自将引起彼方无限制之干涉”；二、讨伐必然导致蒋介石被杀，而蒋的死活关系重大。“为中国计，此时万不能无委员长以为领导；委员长生还之价值，实较其殉国尤为重大。”何应钦对宋美龄的主张并不尊重，他公然声称：“妇道人家在这种情形下不可能保持理智的看法。”但他也不敢承担“引起日本侵略”和“蒋被杀”的罪名。恰在此时，日本的一则声明在舆论上帮了宋美龄的忙，12月17日，日本外相声明：“绝对不能与张学良妥协，否则，日本政府将不能坐视”，在要求南京进攻张、杨的同时，日本答应日本将给予军事援助，并授意内蒙伪军李守信通电与南京政府合作，共同讨伐张杨。日本此举，无疑于昭告世人南京进攻西安对日本有利，这等于是证实了宋美龄的日本“正盼中国之内战爆发，种得以借口以大规模之侵略”。而日本政府指使李守信通电支持南京讨伐张杨，更使何应钦难堪，这简直是把何应钦看作等同于李守信的汉奸。性急的日本外相本想趁机置蒋介石于死地，却由于手法拙劣而起了正好相反的作用，这使宋美龄在和何应钦的争论中逐渐取得了主动。她继续采取措施，一方面竭力采取行动阻止讨伐扩大化；另一方面给去西安调解的端纳打电话，要他立即向蒋介石报告情况，下停战命令。蒋介石于是下令停战三天。但何应钦以该命令是蒋介石在被胁迫下作出的为由，拒绝执行。17日上午，国民党中央常会再次举行，孔祥熙报告了蒋鼎文已被释放一事和其它有关消息。张静江由上海到达南京。陈果夫断言，张学良发动政变不是共产党主使，而是张学良已接收共产党的思想。
12月18日，蒋鼎艾携蒋介石亲笔手令从西安返回南京，要求南京停止对西安的攻击宣传，命令停战。蒋鼎文向南京政府报告了事变的全过程，并通告了邵元冲死难的消息。19日，蒋鼎文将从西安捎回的蒋介石日记一本交给陈果失。陈果夫致电山西赵戴文，又请张静江致电阎锡山，要求二人居中周旋，请张学良放蒋介石。20日，赵戴文复电陈果夫，说他已向张学良说项，但张回话含糊其词，所以未奉阎锡山命亲去西安。同一天，宋子文和端纳直飞西安，会见蒋介石和周恩来。当天晚上，阎锡山致电南京，说张学良已缩小要求目标，不造内战，但求抗日。同一天，和张学良关系密切，对张颇有影响力的杜重远应陈果夫之召到南京，陈果夫问他对事变的看法，杜重远说：“张意无非：①求出路；②好奇、立异、喜新；③冲动。所谓释放六人及抗日主张无非掩饰之辞。此事不可为，此人亦不足有为，已去电责之矣。”陈果夫认为杜重远是人民阵线人物，所以向他介绍了蒋介石处理对日问题的想法：①如果打，就一定要打败日本；②不能糊里糊涂葬送了国家；③国策不能任意改变。比如对付日本，不先巩固北平、天津，却先去收复察哈尔、绥远的失地，必然导致混乱。
12月21日，宋子文自西安返回南京。孔祥熙告诉陈果夫说，张学良在找台阶下台，要价已经报出来，以后要看我们的还价了。由于宋子文可以和蒋介石直接谈话，陈果夫大为不满，他抱怨说：“留学生问题极为重要。凡变乱之起，常有不明国情而言之成理之新归国留学生在内，故今后派遣留学生，不能不重订办法。”第二天，宋子文与宋美龄、蒋鼎文、戴笠三人飞往西安，具体和张学良谈判放蒋事宜，23日谈判成功，26日，蒋介石在张学良陪同下回到南京。
当宋子文、宋美龄在西安与张学良、杨虎城、周恩来等协商放蒋时。1936年12月23日上午，国民党中央常会再一次召开，决定以林森代理国民党中央政治会议主席，补选居正为中央常务委员，并兼代中央常务委员会副主席。随后召开中央政治会议，以林森为主席。24日下午，蒋鼎文，戴笠返回洛阳的消息传到南京，南京各大员认为解决西安事变已成功在望。25日下午，蒋介石在张学良陪同下回到洛阳，消息传到南京以后，“一时全城欢欣若狂，爆竹声深夜未止。人人欢跃，面有喜色”。26日中午12时，蒋介石在欢迎人群的欢呼声中走下飞机，“腰腿两部行动时，似不自如，”“幸精神尚健旺”。“明故宫机场人山人海，热烈欢迎。下午5时，委座召集训话，叙事变经过，与本人态度始终表示不屈之精神，听者无不感动，至于泪下”有趣的是，当洛阳、南京群众举行盛大欢迎会欢迎蒋介石安全归来的同时，西安也举行了盛大庆祝会。陈公博回忆说；“蒋先生离陕的那夜，说张杨服从蒋先生的命令了。然而西安那夜也全城放鞭炮，警察也一样的拍老百姓的门叫放鞭炮，说蒋先生服从张杨的主张了。”
经过“西安事变”十几天的折腾，陈果夫感慨颇多：一是他认为人民的觉悟已达到相当的程度，而各地军政长官之觉悟程度相差甚远；二是青年运动最难处理，有主张搞的，有主张禁止的；陈果夫自己认为有计划、有组织地搞青年运动，会有好处，但具体办，怎样适度，很难掌握；三是不要轻易负责任，在事变期间，有很多人对陈说：“你的责任重大”，“此事你要做点主”，“你负起责任，然后才有办法”之类的话。陈果夫认为，对说这些话的人要留心，因为乱子很多就是这些人引起来的。
12月27日早9时，陈果夫乘车返镇江，“到时镇江民众正从体育场出发，秩序井然，甚为欣慰。有许多小孩，闻委座出险，莫不发狂打跳，大人则跳跃一如儿童”。28日晚，陈回到南京。29日上午，南京召开会议，取消了所有的讨伐案和讨伐令。蒋介石以西安事变虽为张学良所发动，但他本人为全国最高统帅，应负失察之责为由，向国民党中常会提出辞职。国民党中常会立即通过了一个挽留决议，并由国民党全体中常委前往蒋的寓所，当面挽留。蒋介石坚决请求辞职，最后中常会准给蒋一个月的假，回老家休息。12月31日，陈果夫也返回了江苏省政府所在地镇江。至此，惊动一时的西安事变结束。
在西安事变发生期间和西安事变发生之后的一段时间，还有一些关于蒋介石和陈果夫等人的趣事：
1、陈果夫得到蒋介石被扣的消息后，首先打电话通知了在南京汤山休假的戴季陶，戴季陶立即驱车赶回南京。在车上，他忽发奇想，认为蒋介石不会有危险。因此在以后开会中，他坚决主张武力讨伐张、杨，对反对武力讨伐的人，他说服不了人家，就拿出吴稚晖的看家本领，装着要给人家下跪。
2、宋子文要去西安试探和谈，因反对的人太多，恐生是非，就去常府街陈果夫的住宅和陈商量。陈果夫“特别鼓励他去”，说：“此时应以蒋委员长的安全为第一，不必顾忌，”而此时陈果夫又坚决主张讨伐张杨。
3、当西安事变发生时，国民党中央政治会议的正副主席都不在南京，是否开会取决于除行政院长蒋介石外的四位院长。结果四人“往往是甲是乙否，莫所适从”。戴季陶的主张最激烈，常常激愤失常；而孙科的主张却往往和戴季陶相反，所以每次会议，二人都要针锋相对地大吵一场。面对戴、孙二人针锋相对的主张，居正和于右任两位院长不置一辞。最后是陈果夫将中央政治会议主席张静江从上海请回南京，才停止了这种局面。
4、杜重远对张学良有影响力，为说服张学良，陈果夫让齐世英打电报将杜从江西请回南京。杜颇重视人们对西安事变的评价，在途中仔细调查了人们的看法。到南京以后和陈果夫见面时，杜对张的行动颇有异义，并起草电文，由陈果夫代拍给张学良，劝张放蒋。
5、张、杨发动西安事变，当时各界均认为是受共产党的指使。陈果夫和上海的共产国际代表一直有联系，于是便派人将潘汉年请到南京，由“曾养市与陈立夫两人，与他面谈，潘不承认。”陈果夫要求潘汉年向西安方面打电报陈述意见，潘拟稿后由陈果夫代为拍发。
6、陈果夫手下的江苏民政厅警务处督导员邵清淮出生在东北，和王以哲交情深厚，自愿去西安游说王以哲。陈果夫介绍邵清淮去见何应钦，并向他说明了劝导方法。邵到西安后，在王以哲处住了一晚。回来后说：“王满口承认错误，并愿将功赎罪，以事实表现。”但不久张学良即陪蒋介石到南京。
7、12月18日蒋鼎文携蒋介石手令到南京后，政府诸要员会商应派谁去西安。看看已经没有大事的陈果夫自告奋勇提议：“可否派我去？”结果机未投成，会议没有通过。
8、在西安被张、杨扣押的诸大员中，蒋雨岩颇受优待。他喜欢玩麻雀牌，张学良便给他麻雀牌一付，整天有牌可打，颇不寂寞。等到回了南京，在12月28日晚参加国民党中央慰勉西安被难诸大员时，他代表答词。可此公颇不识时务，在张学良已马上成阶下四时，没有趁势痛打“落水狗”，而是知恩图报，对张一口一个“张副总司令”，引得请大员愤愤不平。
9、陈果夫一会儿主战，一会儿主和，在蒋遇难的关键时刻耍奸打滑，蒋介石当然不会看不出来。所以等蒋回到南京，他就加倍地陪小心。1937年1月30日，他不辞辛苦，“为看蒋先生，上午由京起程，十二时过苏州，经苏、嘉汽车路转嘉兴，六时二十余分抵杭州”。2月2日见到蒋介石，3日、4日两天数次和蒋介石谈话，5日离开杭州，经莫干山、湖州、宜兴、溧阳，下午5时返回南京。
正当1936年年底蒋介石于西安被捉时，蒋介石的同父异母兄蒋锡侯在奉化原籍病逝。1937年4月，蒋介石回乡安葬其兄。4月12日，陈果夫亲自去奉化，为蒋锡侯吊丧，同去的还有CC干将张道藩、洪陆东和陈果夫的弟弟陈惠夫。14日晨，“由宁波赴溪口吊丧。十时，谒见蒋先生，谈五、六事。十一时至蒋母王太夫人坟上拜谒，午后游千丈岩、妙高台、雪窦寺等处。又往奉化上周谈游先生墓。”15日，“上午由宁波赴溪口送丧。饭后返宁波，游阿育王寺、东钱湖、象山港等处。”16日回到杭州，17日返抵南京。
陈果夫因为未经住“西安事变”的考验，在事后不得不陪许多小心，以挽回在蒋介石面前的信誉。由于蒋陈关系非比寻常，蒋虽对陈不满，但还未达到不信任的程度。其他对蒋怀有二心的人就不同了。何应钦历来是仅次于蒋介石的黄埔系的二号当家人，这次因想趁机置一号当家人死地，取而代之，而再次获咎于蒋，险遭不测。但何毕竟树大根深，经得住考验，其它一些人的命运就不怎么样了。曾任蒋介石侍从室主任，此时正任西北“剿总”参谋长的晏道刚，因未发现张扬兵变阴谋，被蒋骂为“无能”。在黄埔中岁数最大，有“曾大哥”之称的曾扩清，因附和张杨声明，被蒋骂为“无耻”而弃置不用。自诩为复兴社第一号理论家的贺衷寒，因与何应钦秘密勾结，发动黄埔系将领联名通电“讨逆”，坚决主张进兵讨伐和轰炸西安而受到蒋介石的嫌疑，以居心叵测而大受冷落，以后仕途竟一蹶不振。
敢于扯旗造二陈反的人，数目不少。对这些二陈所痛恨的人，有时蒋介石还相当欣赏。张厉生背叛了二陈，蒋介石仍支持他当了国民党中央组织部长。
CC班底是1926年陈果夫去广州协助蒋介石接管国民党中央组织部时拼凑的。CC大将如余井塘、张道藩、潘公展、洪陆东、段锡朋、郑异、萧铮、王宇春、郭春涛、吴铸人等都是国民党中央组织部的成员或组织部派往各地的视察员或指导员，这些人除了王宇春是共产党，大革命失败时被处死，郭春涛投靠了冯玉祥外，其他人构成了CC派以后的基干。但这时CC派作为一个派别名称尚未出现，而王、郭只是叛离了CC，并不是扯旗造反。
1928年蒋介石再次出任国民党中央组织部长后，陈果夫以副部长行使部长职权，这时CC团已名声在外，但内部也还算统一。CC分子在陈果夫整理党籍、重新登记党员的旗号下，几乎控制了南京政府势力所及的所有省市党部，在一片胜利的欢呼声中，召开了国民党第三次全国代表大会。但没想到，千虑一失，祸起萧墙。
可以说，在整理各省市党部、重新登记党员时，各地干将功劳都不小，但三全大会代表有限，陈果夫在分配时又分配不公，立即便引起了反响。在江西，“五四”运动时的北京大学游行队伍总指挥段锡朋，自组AB团（意为反共团），在清党和整党中功劳最大，但由于段是一个脑袋长在自己脖子上的人，对陈果夫的话并不怎么听，所以陈果夫划掉了段锡朋，而内定比较听话的无论资历还是能力都比段锡朋差得多的程天放当了中央委员。而在北方人中，没有对北洋军阀秘密工作的“新中革命青年社”的头子童冠贤、张清源；浙江人中没有“三民主义实践社”的头子周炳琳。于是他们联合起来大闹三全大会会场，攻击陈果夫包办大会代表选举，最后竟相率退出大会会场，企图拆台。蒋介石、陈果夫本想将三全大会开成一次“团结的大会，胜利的大会”，没想到因分赃不均而后院起火，内部人起来拆台，大煞风景。蒋介石在震怒之余，表示支持陈果夫，一不做二不休，干脆免去了这些人的代表资格，另指派代表代替这些退席者。从此段锡朋倒向陈诚，他成了第一个敢于和二陈公开对抗，曾为二陈手下干将而又反出CC，能够在南京政府站住脚的人。
对CC派打击最大，叛出CC团的人是张厉生。张厉生和陈诚的关系很早，1927年，他曾任陈诚的南京警备司令部秘书，所以他在以后的闲谈中，常常自称他和陈诚的关系比和陈果夫早。这一方面以示和陈诚关系亲密，另外也是有意和二陈拉开距离。1928年蒋介石再次出任国民党中央组织部长时，张厉生出任秘书，尽管主持工作的是陈果夫，但张一直称自己是蒋介石部长的秘书，实际上除了表示和蒋的关系非同一般而外，也是有意地拉开和陈果夫的距离。
张厉生除了和陈诚保持亲密的关系外，和“复兴社”的黄埔学生们也极力维持良好关系。如在北平时，他和曾扩情、刘健群的关系处理得非常好。1936年，北平张厉生的“诚社”和“北平中华复兴社”在联合破坏了“一二九运动”后，北平“诚社”负责人和“北平中华复兴社”负责人又联合组成给蒋介石的“献剑团”。张厉生在北方军队中也有所活动，1933年，他和曾扩情联袂赴宣化庞炳勋军中作抗日鼓动工作，同时防其倒向冯玉祥的察绥抗日同盟军。张厉生一步步倒向陈诚。1933年秋，陈诚偕其妻谭祥到北平游览，张设宴招待。而在此时，张将胡梦华组织的反动学生组织定名为“诚社”，并声明“诚社”是取“修辞立其诚”的含义。陈诚字辞修，张厉生将学生组织取名“诚社”，其讨好陈诚的意图昭然若揭。
张厉生标新立异、自作主张的意图，二陈当然不会不了解，所以对张时时加以限制，加以约束。但是，张背后有陈诚撑腰，在1933年破坏察绥抗日同盟军，1935年破坏“一二九运动”和组织南下考察团、组织“献剑团”，在蒋面前出尽了风头，手段看上去比二陈还高明，蒋大加赏识。同时，张对二陈也不再那么逢应，1936年考察团到南京后，张先头还想率团前往江苏省会镇江去考察一下陈果夫的政绩，但当考察团员一露出不愿的意图，张立即下台，在南京解散了考察团。
1935年12月间，南京国民党五届一中全会决定将国民党中央组织、宣传、民众运动指导三个委员会恢复为部。监察院长戴季陶、考试院长于右任对蒋介石说，近些年来，国民党中央组织机构都是操在陈果夫、陈立夫二人手中，居于一职太久，容易生弊，也容易引起别人非议，该换换了。于右任更强调说，国民党中央组织机构以前是邹鲁和谢持把持，后来是陈果夫、陈立夫，他们都是南方人。南方人总是把重点放在南方，北方被忽视了，所以新的组织部长应由北方人担任，也该由北方人试试了。蒋介石听后，觉得这些话也有道理，便老实地将原话转告了陈果夫。陈看到二陈让出组织部长一职已是势所必然，以后只能是设法控制下一任组织部长。所以他向蒋介石提出了一个人选名单。上列三人，由蒋介石圈定。这三个人，第一名是徐恩曾，第二名是张厉生，第三名是叶秀峰。他希望蒋介石在徐恩曾、叶秀峰二人中圈定一人为部长，把张列为副部长，既敷衍了于右任要北方人当组织部长的意见，而又不失组织部大权。
徐恩曾、叶秀峰都是办特务出身，手下有一帮打手，在徐、叶的授意下，特务们列队到蒋介石中央军校的寓所请愿，又向陈果夫示威，坚决要求任命徐、叶二人分别为国民党中央组织部正副部长，声称这样便可以增加国民党的活力，加强国民党的团结。正在这时，又发生了一件让二陈大伤脸面的事，在国民党五次代表大会会场，为争当中央委员候选人，CC分子刘志平和陈立夫由当面对骂进而动武，互相揭露丑事，并和张道藩打得滚成一团。蒋介石看到如此场面，也觉得实在不成体统。这时陈诚去见蒋介石，除了大夸张厉生能干，是国民党中组部长的最佳人选外，攻击徐、叶等“中统分子全是鸡鸣狗盗之徒，不配当国民党中央组织部长。”蒋介石听了陈诚的话，加上CC派在五全大会上的丑恶表演，立即决定由张厉生出任国民党中央组织部部长，而另以改组派名人，素以敢做敢为著称的谷正纲为副部长。结果徐、叶的企图完全落空。陈果夫一计不成，又生一计，企图控制张厉生的手下，控制该部班底。推荐亲信骆美奂为主任秘书，使掌组织部内部大权。张厉生无法拒绝，便想出了新招，只以骆美奂为秘书，而以他在北平带来的亲信王星舟为主任秘书。骆美奂地位本比王高得多，这次要屈居王下，心有不甘，所以未去就职。张厉生正如心愿，马上便提升原训练科长、谷正纲的亲信沈苑明为秘书。既赶走了陈果夫的人，又拉拢了谷正纲。
接着，张厉生又把“同志会”和“中统”赶出了国民党中央组织部。
“同志会”是以二陈为正副干事长的小组织，在该组织中，张厉生只为常务干事。所以只要“同志会”还在国民党中央组织部中，二陈就是张厉生的当然上级，顺便过问一下组织部的事，也就是当然的了。张厉生把“同志会”赶出组织部，也就等于是不让二陈再过问组织。张厉生就任组织部长后，第一件事就是将附设在组织部的“同志会”中央干事会书记处推出去，“同志会”中央干事会书记长是洪兰友，“同志会”没地方去，其办公地址只好搬到南京水西门崔八巷洪兰友家中。“同志会”地位一落千丈，从国民党中央组织部附设机构一下子变成了洪兰友家中的附设机构。张厉生虽将“同志会”干净利落地踢出组织部，但他心里明白，“同志会”是二陈的班底，不让它控制了自己只是问题的一个方面，最好是自己能控制住它。所以，张厉生又以该会与组织部配合方便为名，将大批亲信安置在了洪兰友的手下，如由张厉生调派的潘涯、林品石、李白虹、林光耀等人，都为“同志会”中央干事会办事员，接替了洪陆东，骆美奂等人。
“中统”一直由徐恩曾控制，而张和徐历来不和。对于张所控制的“诚社”，张厉主严禁“诚社”分子参加“中统”。1933年在北平举行座谈会和1936年在南京举行训练班时，张厉生对“诚社”分子牛传钦印象颇好。但到1943年，牛到重庆见张，张因听说他已参加“中统”而拒绝接见。张厉生更看不起徐恩曾，“背后常骂徐是流氓头子，中统是鸡鸣狗盗之徒，不学无术之辈，在社会上招摇撞骗，强取豪夺，无所不为，败坏了国民党的名声，应该清除这些败类，以免亡党”。徐恩曾也常常骂张，说张“是伪君子，欺世盗名，小人之尤”。
1935年12月推举国民党中央组织部长时，张、徐矛盾达到白热化阶段。张由于有于右任的要求、陈诚的撑腰和在华北的“功绩”，大占上风。徐恩曾虽也有二陈全力支持，但二陈此时名声不佳，是在主管组织的位置上被赶下来的，自己尚且说不清楚，在支持徐恩曾时也就难免不那么理直气壮，所以徐恩曾只得自己赤膊上阵。当他得到蒋介石已经决定陈立夫辞去国民党中央组织委员会主任委员，改组织委员会为组织部、由张厉生出任部长的消息后。立即指使中统分子去二陈家中请愿。这些人要求由徐恩曾出任组织部长，自称“中统”是国民党的新生力量，经徐一手培植，应作为国民党的中心和核心。同时对张厉生进行严厉攻击，说张封建意识浓厚，偏向北方人。如果当了组织部长，将最后导致国民党的毁灭。由于二陈也知道张厉生是一个异己分子，趁势将徐的话告诉了蒋介石。蒋这时对张厉生甚为赏识，所以拒绝了二陈。
争夺组织部长一战之后，张厉生事实上已脱离了CC派。张厉生也确实有一手，他在踢走“同志会”以后，又把“中统”甩了出去。表面上看，张让徐恩曾出去，自成系统，是对徐有利。但事实上，张指挥不了徐，也奈何不得他，在组织部内只能成为障碍。而且徐手下有一帮特务，偷取情报，刺探隐私是这些人的特长，让徐恩曾在身边，无异是和炸弹作伴，早晚有被他弄个粉身碎骨那一天，把他弄出去，是甩了一个包袱。所以张厉生的留法老同学袁昌曾对张厉生的亲信胡梦华说，张厉生“有一套鬼谷子术”。
此后，张厉生几乎处处和二陈作对。1938年，陈果夫充任中央训练团第一期教育长，张厉生手下的“诚社”分子田文奎、李宝谦到重庆参加受训。陈果夫叫胡梦华开一张“诚社”成员的名单给他，事为张厉生所知，张不让胡开，陈果夫哪儿，由他去说。陈无奈，只好作罢。而在同年，陈立夫调任教育部长，在“同志会”中央干事会上，张厉生公开指责陈立夫说，“办教育不是办党，不能把办党的搬来办教育，要用些教育界的新人物，一新社会耳目”。然后，他更公开站在北方人的立场上，建议以西南联大前清华大学工学院院长顾毓琇为教育部政务次长，北京大学教育系主任吴俊升为教育部常务次长。张厉生气势汹汹，而且公然以北方人利益的代表自居，确实能博得北方人的同情。陈立夫无奈，只得把教育部的肥缺分给张厉生一部分，由顾毓琇任政务次长、张道藩为常务次长，吴俊升为高等教育司长。
第三个公开叛出CC团的是刘不同，刘本是1928年被二陈派去天津整理国民党天津市党部的人，也算是二陈的亲信。1938年刘不同由英国回国，陈立夫和徐恩曾设宴为他接风，刘当面对陈立夫说：“我要退出青白团，决定登报声明退出原因，希勿见怪。”陈立夫回答说：“我们已经解散了这个组织。”以后刘在财政部、立法院工作，在重庆复旦大学、南京金陵大学教书时，每每公开攻击CC，且在上海《大公报》、南京《大学评论》等报刊上公开发表。刘在CC和“中统”中都是颇有地位声望的人，抗战时，每当空警躲进防空洞时，刘总是站在防空洞门口高谈阔论，公开攻击，引起了许多CC下层分子的共呜。他对徐恩曾一点也不尊重，一次，“中统”内部因分赃不均引起纠纷，徐恩曾不得不在总理纪念周上讲话抚慰说：“我们干的事业是无名英雄的事业，不为发财，不为升官。升官发财的人谁不是靠我们。我们若同他们一样，谁来替我们做保卫政权的工作？总裁说过：我们的主要力量，一是军事，二是政治，三是经济。我们担负的是政治工作的核心工作，谁看不起这工作，就是看不起自己，谁还要争官位就不配在我们这个团体待下去。”听着徐恩曾说得冠冕堂皇，刘不同大为不满，当即叫嚷着说：。“天下乌鸦一般黑，明明是乌鸦，插上花毛也不会是凤凰。我是当婊子的，我不要起贞节牌坊！说我们不想要几个钱，那孔祥熙也可以称为孔夫子大圣人了。”当场揭了徐恩曾的疮疤。徐恩曾虽然厌恶他，却也无可奈何，最后只是把他搞出“中统”了事。1948年，刘不同更在南京报纸上揭露二陈为豪门资本。陈果夫派余井塘找到刘不同，余以陈日常生活简朴辩护，刘拿出了做“中统”特务的本事对付余井塘，将他所掌握的有关陈果夫所掌握的银行情况拿给余看，余才不再说话。
以后，又离开CC派的还有高宗禹和何思源等人，由于二陈吸取了和段锡朋、张厉生打得不可开交的教训，基本上是好和好散。不过，二陈对背叛CC的人是不轻易放过的。杨廉本属CC系，后来改投黄埔，在任四川省教育厅厅长时，被CC告发贪污伤兵经费被审判枪决。
各地CC分子争作一团，情急之下把蒋介石勾结日本特务头山满的事也给捅了出来。蒋介石气急败坏，对陈立夫大加申斥。
痛恨二陈的人大都是受到二陈的压抑或在CC团内部争权夺利失败的人，这些人在达不到个人目的之后，往往把怨气撒到二陈头上。而二陈往往也不冤，那些失利的人，一般都是受了他们的欺压。1943年9月，国民党五届十一中全会期间，河南代表段剑民在竞选中央委员被二陈划掉后，曾写打油诗一首泄愤：“剑民革命二十年，中委不值半文钱，蒋家天下陈家党，愿你花好月常圆”。可见其对二陈的痛恨程度。
总的来说，在CC团内部，敢象段锡朋、张厉生、刘不同这样敢和二陈公开对敌的人并不多，更多的是敢怒而不敢言。但是，由于CC团是一个以利益关系结合起来的团体，所以因利益而引起的矛盾冲突也就比比皆是。一般说CC团的内部矛盾可分为几种：上层分子阶层和下层分子阶层之间的矛盾；上层分子与上层分子、下层分子与下层分子之间的矛盾；政府官员与党务官员间的矛盾；当权者与不当权者的矛盾；南方人与北方人之间的矛盾。上述段锡朋、张厉生、刘不同已反出CC，已不能算内部矛盾。
CC上层分子余井塘、萧铮、曾养甫、徐恩曾、叶秀峰、洪兰友、潘公展、何思源、齐全英等人，都受过高等教育，几乎都是国外留学生口国，而且回国之后马上就出任高位，在个人事业上一路顺风，无论家世、学历、见识、地位都高人一筹，在当时也确实堪称人才。但国民党的组织系统并不完善，为了尽快凑齐一批人，发展势力，在组织各省市以下各级党部时，为了凑够人数，只能鱼虾混杂，一并兼收。开始时，迅速壮大了力量，看起来是很好看。但不久问题就来了，这些人来了不是“革命”的，而是要官、要权、要钱。给了的高高兴兴而去，不给的一级一级往上闹，省党部的直接找二陈，县党部的找省党部。再加上在各地收集的这些人大多都是些不争气的角色，既无修养，也无能力，干上党部委员后又不知夭高地厚、忘乎所以，到处发号施令，不可一世，所以很快就成了上级党部的负担。以至张道藩、余井塘、曾养甫、叶秀峰这些上层分子对他们的很多下级也看不起，把他们称为党根和钻狗洞的。这些下层CC分子胡闹一番，是很少得到上级提拔的，除了北平、上海、南京的一些学生出身的CC下层分子以后走上高层外，其它省市党部除了中央派下去的指导员或原来就和中央有联系的人外，升为高层的几乎没有。
由于这些下层CC分子流氓气十足，动辄撒泼耍赖，闹得二陈有些时候也没办法。国民党五次代表大会时，刘志平因当不上中委候选人当场和陈立夫大打出手，闹得二陈下不了台。陈果夫出任江苏省主席后，各地CC分子听到消息，奔走相告，齐趋镇江谋任县长或局长。由于接待的人太多，陈果夫家的门槛都被踏平。陈无奈，只得在镇江专门开辟了一个招待所招待他们。就这样，谋得县长职者喜笑颜开，拜别陈果夫后高高兴兴上任，得不到实职的吵骂不休。
一个CC分子得到实职后，马上就得考虑应付还未得到实职的同僚和下级们，但这些党混子实在太多，没有那么多实缺安排，他们自己又碌碌无能，上级也看不起，所以大多高兴而来，败兴而去，这就又造成了有实职者和无实职者间的矛盾。国民党五全大会以后，CC分子单成仪对刘不同说：“这些小子们都做了官了，忘了老子们的汗马功劳。看罢，六次代表大会再讲。”
CC内部南方人和北方人的矛盾其实质是由谁控制中央组织大权。北方各党部一直不是南方人掌握，但由于南方人掌握中央，一些肥缺都操于南方人之手，这样利益矛盾便以南北矛盾的方式表现出来。北方人中最会利用南北矛盾的是张厉生，在他和二陈闹翻后，他一直以北方人利益的维护者自居。朱家骅接任组织部长后，主要也是利用北方人。但是，由于二陈的多年经营，南方人毕竟年久根深，北方人大多数时候，只能是聚在一起，大骂一痛潘公展、萧铮、程天放等人如何淫逸、奢侈、腐败和无能。只有极少数，让他们抓住把柄赶下台的，如骆美奂，被北方人抓住把柄告到蒋介石面前，最后吓得他逃到美国避难。
CC分子的内争，最有火药味，最能体现“水火不容”四个字的是各省市党部成员对政府部门几个CC分子可以而且应该控制的实职的竞争，主要是党部领导权和教育厅长一职。
在河南，CC分子的中心人物陈泮岭和李敬斋互不相容，为争夺国民党领导权和教育厅长一职，各自结成了自己的派系。陈泮岭在中央有二陈支持，组织了“三民主义革命同志会”，与李敬斋有关系的党员一概拒收，而只要反对李的人，都收为会员。CC系把党权从政学系手中夺回以后，陈拌岭惜机清洗与李有关系的人，李被逼无奈，查知陈与一李某妻子私通，便出钱买通李某，让李出面向法院控告陈诱奸和霸占有夫之妇，并运动法院出票传陈出庭。为了扩大影响，李还指使喽啰散发传单、扩大影响，揭露诱奸情况。但由于陈后台太硬，李还是撼动不了，最后只是把陈伟岭担负的福中公司总经理职位搞掉。
东北的CC分子在离开东北后，除了在江苏陈果夫手下得到一些安置外，所占有的实职更少，竞争也就更激烈。CC在东北的中心人物是梅佛光、马毅，但齐世英声望颇高，又很得二陈赏识，双方竟斗了个棋逢对手，不分胜败。于是在各自组织小团体、拉支持者，在学生和知识分子中大肆活动之余，各向陈立夫控诉对方的不是。梅佛光以中山中学为基地，马毅站在梅的一边；齐世英控制了东北教育救济处，其支持者是臧启方、周天放。双方互揭短处，互相指摘。马毅终于未把握住，把齐世英曾代表蒋介石到日本勾结特务头子头山满的事，作为丑闻给捅了出来。此举城门失火、殃及池鱼，蒋介石无缘无故受了池鱼之灾，震怒之下，将陈立夫召去，大加申斥，把陈立夫弄得狼狈不堪。由于东北的CC分子离开东北后，找实职不容易，所以召开历次代表大会时，代表的名份就显得特别重要，以至每次国民党选举，当谈到东北代表问题时，火药味就特别重。抗战时期，出生东北的王星舟，也加入了反齐战团，组织“东北民众抗日后援会”，以和齐世英的“东北协会”相抗衡。王是张厉生的亲信、颇具实力。
其它地方，CC高层的内争也比较激烈，河北省有陈访先与詹朝阳的斗争，山东省有何思源与刘志平的斗争，北平市有陈石泉与鲁荡平的斗争，天津市有时子周、邵汉元与邵华的斗争。上海市是CC的基地之一，斗争也最具特色。
在上海，CC的最早领导人是潘公展和吴开先，但二人不久便开始了争斗，以至上海的党务工作无法开展。这二人，潘公展是二陈湖州小同乡，上海美国教会学校圣约翰大学毕业。1926年北伐战争进行时，潘公展已和陈布雷在上海秘密开展国民党党务工作，以后并协助上海“清党”。所以南京政府成立后，潘公展被任命为首届上海特别市政府的代秘书长兼市政府第一重要局社会局局长及国民党上海特别市党务整理委员会常务委员，在政府系统其地位仅次于市长张定措。吴开先主要和上海地方势力关系良好，杨虎、杜月笙等都是吴的支持者，而杨和杜在蒋介石面前又都是说得上话的人，所以一时间二人竟斗了个势均力敌，蒋介石不想抛弃播公展，也不想得罪吴开先，所以最后在二陈的转圜下调吴醒亚去上海，接任潘公展的社会局局长，潘改任教育局局长。CC上层两大将无论在资历、才能和与蒋介石的亲疏关系上，都比不得吴醒亚，而吴又带有蒋介石的尚方宝剑和二陈的全力撑腰，再加上对上海地方势力及党务工作都颇熟悉，潘吴二人不得不服。一时间，上海CC上层内争竟消失得无声无息。1936年吴醒亚死后，为争夺吴留下的社会局局长一职，播公展和吴开先再次展开生死搏斗，市长吴铁城视而不见，坐观生死。最后还是二陈请蒋介石出来说话，以精简机构为名，裁去社会局，将社会局的职权归给了教育局长潘公展，而对吴开先另加抚慰。
CC内部高层的斗争，有时二陈也没办法，每到紧急关头，很多时候二陈还得请出蒋介石来。事实上，蒋介石才是能最后拍板的老板，二陈受攻击，很大程度上是为蒋介石分谤，必要时，蒋也就得出来了。