1945年11月，陈果夫被任命为国民党中央财务委员会主任委员。
10月，陈果夫又被任命为中国农民银行常务董事董事长。
11月1日，陈果夫宣布就职，在就职仪式上，农行总经理李叔明向大家宣布：“孔董事长因身体曾经割治，尚未复元，故辞去董事长职务，以便休养……现在本行董事长一职，由党国元老陈果夫先生继任。”
这时陈果夫好不得意，他梦寐以求的独掌中国农民银行的愿望终于实现了。回味着李叔明的“孔董事长因身体曾经割治，尚未复元”几句话，看看出席会议的保养的极好的孔祥熙，暗暗好笑。不禁想到了《红楼梦》中“乱哄哄你方唱罢我登场”。
陈果夫想道：“自己也会下台吗？不会的！自己一定不会下台，一定要牢牢坐稳董事长这把交椅。
上任伊始，陈果夫开始着手完善农行各项制度。农行在孔祥熙任职内，任人唯亲，公私不分，纪律松弛，现在由他执掌大印，就得有新的施政纲领。
于是，陈果夫公布了他亲自斟酌制订的《中国农民银行经营方针》，该方针共18条，其中规定：
中国农民银行必须成为为中国农民谋福利之银行，其业务方针，应以实现三民主义之经济政策为方针，投资方向，应着重农业机械化，乃农产品加工、运输、”储藏、保险等，注重于农业仓库业务，由此扩展至各信托业务，以代替旧式之典当；并可施行实物放贷，在收复区域……本行应参加接收、经营，以便配合运用，应利用土地开发等方法……更可利用实物发行债券，以为周转；中国农民银行之分支行处，应普设于多数农民集中交易农产品之中心地点，务与合作金库及合作社配合发展，以逐渐完成金融网；银行职员……应人人明了三民主义等等。
这个经营方针，是陈果夫历年来参与国民党各种事物的经验总结，也是他对金融行业发展方向的设想。
虽然陈果夫打着三民主义的招牌，把为农民谋福利摆在重要位置，但细察其内容，除了要设法采取各种形式积聚更大资本，以向各个方向发展外，看不出从哪方面能给农民带来好处。
为了表示他与前任的区别，陈果夫亲自为农行题写了“清慎勤敏”的行风，并解释说：“一人不取谓之清，深筹远虑谓之慎，刻苦耐劳谓之勤，注重时效谓之敏。”
陈果夫十分清楚，中国农民银行并不是单纯的经济组织，它当初成立，就是为了防共反共。
陈果夫担任董事长以后，蒋介石在给陈果夫的信中，仍然十分强调农行的政治功能，要农民银行以经济力量配合乡镇保甲制度组训农民之方法，以更好地反共产党。
总之，要反共，就必须在经济上支持地主，剥夺农民。
陈果夫上任不到两个月，蒋介石就将一个很重要的任务交给了他。
1946年1月20日，陈果夫收到一个机密件，拆开一看，内容有一条，上写道：
陈董事长，李总经理，王监察：
中国农民银行应本该行既定方针，以发展农业经济、办理农民福利事业，提高农民生活水准为唯一任务，同时并应研究如何利用地方农业金融机构及农村合作事业，以经济力量配合乡镇保甲制度组训农民之方法。希本此指示，所拟该行今后业务计划呈核为要。
中正
民国三十五年元月二十日
此时抗战刚刚结束，国共两党高级会议确定了国内和平的基本方针。蒋介石一面与共产党周旋，一面却积极备战。
与军事行动相呼应，地方乡镇保甲制度正在严厉推行。陈果夫自然知道农行的特殊地位，他为农行制订出周详的计划，积极配合蒋介石的中心工作。
农民银行作为专门的农业银行，中心任务应是农业贷款，土地金融及普通银行业务，其中农业贷款是农民银行的一大特权，这是二笔巨额财政专项拨款，一般分为普通贷款、特别贷款。
普通贷款用于农业生产、加工、种子、运输、副业等；特别贷款用于茶叶、蚕丝等，一般春荒时放出，秋收后收回。
陈果夫为了牢牢掌握这笔款项，亲自拟定了“放款政策”方案，提出优先贷款的原则，对农村的地主富豪、工商业者优先，对官僚资本企业优先，实际上大量资金均进入这些领域。
对一般佃农，陈果夫也规定给予贷款，但佃农自己有1／3资金以上，方可贷款。
当时农村的情况是：佃农生活极端困难，一无土地，二无生产资料，三无资金，只靠出卖自己的劳动力过活，哪里有1／3以上的资金呢？实际上农贷等于把他们排除在外。
另外，按《中国农民银行农贷办法》规定：发放农贷必须邀请当地民意机关及其有关团体与地方公正士绅协同办理。
这样，农贷发放实际上掌握在地主豪绅手里，他们怎么把这些实惠让给农民呢？
当然，有些地方更加巧妙、乡长、村长、地主豪绅在信用社向他们放款时，他们也填上农民的名字，而实际上他们自己将贷款扣押，到秋收后收款时，农民莫名其妙地要还款，扣掉的钱已经追不回来了，可是银行的钱必须还，最后晦气的当然还是农民。
陈果夫标榜的这种为农民谋福利的农贷业务，实际上是坑害农民。就连当年国民党金融管理局局长李立快也说：农民银行所谓支援农业，实际上是支持了地主、豪绅、还乡团。
陈果夫所领导的中国农行，经他稍加改变，又成了农产品的最大承包商。
农产品在国内是大有利可图的商品，又是出口的重要物资，抓住了粮食等农产品，就抓住了中国最大的财富。
陈果夫支持农行各分支机构，大量设置仓库。但是，他又不愿用现金去收购，而是按在江苏设计并得到蒋介石赞同的方式，即用粮食库券来收购老百姓的农产品，农民将用自己血汗收获的粮食交到农行仓库，得到的是以当时价格折合的农行自己印制的代价券粮食库券。
农民也可凭粮食库券按市价到粮仓兑换粮食，这样，农行一张废纸，即囤积了大量的粮食。
任凭这粮食库券的一进一出，农行即收益不少，而当粮食价格暴涨时，或将这些粮食运出境外时，农行的收益则难以计量了。
当时，解放战争正激烈进行，为了应付第三次国内战争，蒋介石需要大量军粮，原由国民党政府粮食部收购，但粮食又一是收不起来，二是大量贪污粮款，蒋介石便将收购军粮的任务交给了陈果夫。
仅1946年11月至1949年3月，农行就从江苏、安徽。江西三省收购军粮146万市石，而1947年底到1948年初，农行在南北主要产粮区购进军粮50万石。
对此，南京政府非常满意。
1949年1月4日，蒋介石发电给农行董事长陈果夫和总经理李叔明，嘉奖他们购办军粮，颇获成效。
陈果夫更是卖力，他曾设想将收购粮食完全纳人农民银行的业务范围，后因全国解放，，这一设想成为泡影。
对于农贷和粮食收购中的获利，陈果夫并不满足，他在主掌农行以后，其业务活动的重点转向信托活动。
以前，农民银行靠滥发钞票大肆赚钱，1942年，发行集中了，农民银行被取消了作为“法币”发行银行的资格，靠发行钞票赚钱的这块肥肉被挖掉了，因此，便把重点转向倒卖物资，转向信托的商业机构。
当时，因为通货膨胀的原因，使产业利润落后于银行利润，银行利润又落后于商业利润，在这种情况下，中国农民银行把资金抛到商业活动中便可瞬息万利。
陈果夫正是看出了这一发财的契机。
中国农民银行信托总部设在上海，同时在南京、汉口。杭州、广州、福建、重庆、汕头、蚌埠、西安、南昌设有分部。
农民银行的纯益大部分来自信托部，而农民银行信托部的纯益，主要来自中国农业供销公司。
农业供销公司由农民银行直接拨资建立，是农行投资的公司行号中投资最多的一个，公司高级职员均由农行派驻，以100亿万作为本金，该公司主要收购农产品，然后从中渔利。
在农产品中，一为棉花，农行一面以低价格向棉农收买，另一方面又以商价卖给厂商，这是一本万利的买卖，而且当时政府规定，由政府拨些款收购国棉，并由中央银行这一“发钞供应所”无代价地供给，农民银行转手之间便可获得大量利润。
由于政府的支持，陈果夫的投机生意做得又大又无风险可担。
1947年至1948年，农业供销公司经营的棉花，因为陇海铁路不通，陕西的棉花运不出，他们就利用飞机运到上海，取得巨额利润。
对于杂粮及其它经济作物，陈果夫也十分重视，大搞贱买贵卖的投机活动。如
1947年，他们在万县、常德购进500吨桐油，周转期只3个月，按当时上海市价，除去损耗利息外，总共盈利25亿元。
同年，农行在汉口、蚌埠两地收购蚕豆4000吨，大豆300吨，4个月的周转期，盈利45个亿。
他们远在河南等地大量收购杉木、桐木及木板等，运到南京、上海销售，本廉售昂，致获暴利。
除农业供销公司外，陈果夫还指使农行独资开设了中和盐业公司。
中和盐业公司于1947年2月成立，其业务范围为购运汤盐和精盐，行销几个省、市、地等单位，并在上海、天津。汉口、长沙、衡阳等地设立门市部，其独占势力，遍及国统区各大、中、小城镇。
该公司资本额登记时为200万元，1947年增为1个亿，后又增到10个亿，1947年决算利润为33亿万，利润为资本总额的3倍多。
陈果夫主持的农民银行为牟取暴利，不择手段地进行投机活机，也曾受到当时社会舆论的猛烈抨击。
1945年，参政员黄宇人便提出了“查中国农民银行运盐、售油、囤糖违反法令，有营私舞弊嫌疑，拟清政府初查案。”并认为，“已触犯刑章，应即移交法院办理。”
对于典当事业，陈果夫一直念念不忘。
在江苏执政期间，他对典当改革问题曾提出设想，可惜没有时间去实践。主掌农民银行后，他既有钱，也有权来实施这一计划了。
1946年11月的一次会议上，陈果夫向与会的同僚直率地说：“合作事业交给合作金融库后，农行对农民做什么工作呢？我想要做典当。”
1947年3月14日，在陈果夫的支持下，农民银行召开典当座谈会。
陈果夫说：“典当设立原为打击高利贷之猖撅，以前经营典当者多为公正士绅，多认为是正当职业，我认为典当行业是高尚的，是为了救济那些进当铺的人开办的，是一项慈善事。”参加会议的代表见陈果夫执意要搞典当了，也就不再说什么了，便大谈典当为民解难的职能。
在陈果夫的控制下，这次典当会议最后做出决议：农民银行自行选择示范典当，农业贷给项款，并派员督导。
资金：公典基金应请地方政府筹4成，中央政府拨6成。私典营运资金：由中央、中农两行洽谈，于中、农行透支办理。各地典当资金存农行。
最后，中国农民银行在湖北、江西、河南等一些地方举办典当。在农村，一般叫农民抵押贷款所，实际上是旧典当，典当100元要索取年利20至30元，甚至更高，实际盘剥程度甚于旧式典当，是一种更加残酷的高利贷。
陈果夫通过此举，每年可以安稳地嫌取高额利润。
农民银行手中有了粮食、棉花、茶叶等大量农产品，就可以操纵出口业务，换取大量外汇。以前，农行并未开办外汇业务，当时仅有外汇而无负债。
陈果夫执掌农民银行后，由于实力增强并拥有大量出口农产品，农行被指定为经营外汇的银行之一，于是农行更加肆无忌惮地出口大量农产品。
1947年上半年，农行发放棉花贷款160亿元，蚕丝货款3460亿元，烟叶贷款64亿元，茶叶贷款160亿元。
这天文数字般的巨额，实际上在当时已不值几何，任凭这张废纸，全国很大一部分粮食、棉花、大豆、粮油、蚕丝、茶叶等，被农行搜罗起来，运送出境，换得大量外汇。
除了抓出口换外汇外，陈果夫当然不会忘记进口物资。他很明白，宋子文、孔祥熙就是靠把持这些东西发财的。
当时，联合国善后救济总署每年都要拨给中国一部分物资。按规定，这批物资应归宋子文专管。陈果夫看出这里的甜头，决定设法力争这笔物资的分配权。
陈果夫抓住宋子文假公济私这一把柄，把宋搞得狼狈不堪。他利用其在国民政府的职权，尽量给宋子文施加压力。
这样，宋子文不得不让出一部分“好处权”给农民银行。
1947年，联合国救济总署向中国提供一批化学肥料，这批化肥应该由农行负责发放。
根据农民银行宣布的数字，化肥总数为88771吨，其中实物贷放51000吨，免费发放35000吨，其余2771吨作为调剂之用，这一大笔物资，农行当然捞到不少好处。
另外，陈果夫还控制着几个私人的银行钱庄，其中如中国通商银行，是盛宣怀于1887年办的中国第一家银行。这个银行在1933年由国民政府接办，由杜月笙任董事长兼总经理，不过实权人物是陈果夫的亲信骆清华。1942年成立的中国工矿银行，是由陈立夫任董事长的。
上海的春茂钱庄，在1947年吕月12日董监会上，改由陈果夫的77岁的父亲陈其业担任董事长。另外，上海大中银行、成大银行也是由CC系的人把持着。
从40年代初起，陈果夫经过一番苦心经营，终于在国家四行二局一库中，独占一行一库，分享一行二局（此时交通银行正由赵棣华任总经理，中信局局长是陈的信徒）7分中占有4分。仅中国银行、中央银行尚未钻进去。
这样，一个新兴的金融帝国俨然建立了，它雄视一切，力图与孔、宋二大金融巨子一比高低。
对于陈氏家庭的迅速崛起，蒋介石喜忧掺半。
一则为报陈其美当初的提携之恩，他觉得应该让陈家二虎充分施展自己的能力，但他担心陈氏家族发展太快，其他派系会有怨言。
蒋介石一直兼着中国农民银行的理事长，这是在其他银行都没有的奇怪的职务。
陈果夫对此耿耿于怀。
一天，蒋介石与陈果夫、李叔明商谈农行发展事宜时，就直截了当地说：“农民银行的事，你陈果夫都可以管，但人事你不能管，农行的人事让李叔明管。”
蒋介石又对李叔明说：“农行的主管人员应该在老人中挑选，不要滥用新人。”
李叔明当然也不能管人事，他必须请示蒋介石同意，得到蒋的直接点头，才能执行。
蒋介石还想用移花接木的手法将陈果夫赶出农民银行，只是陈果夫善施解数，决不退让，蒋介石也拿他没办法。